甘肃河西走廊苹果蠹蛾种群遗传分化研究:基于COI基因序列分析

【目的】揭示河西走廊苹果蠹蛾不同地理种群间的联系,分析地理种群间的序列变异、遗传多样性和遗传分化。【方法】采用PCR和基因测序技术,扩增并分析了河西走廊8个地理种群132个苹果蠹蛾个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因片段,应用DnaSP 5.10计算单倍型多样性指数(Hd)、核甘酸多样性指数(Pi)和Tajima’s D值,采用ZT软件包进行Mantel检验,分析种群间遗传距离与地理距离的相关性,利用软件Arlequin 3.11计算成对种群间的固定系数(Fst)。【结果】在获得的132条序列中共发现了8个变异位点和5个单倍型,其中3个单倍型为种群共享单倍型。总体单倍型多样性指数为0.578,种群内单倍型多样性为0.000~0.700。各种群的Tajima’s D值中性检验符合中性突变,说明河西走廊苹果蠹蛾在历史上没有出现群体扩张,群体大小稳定。Fst值表明,河西走廊苹果蠹蛾种群间具有一定程度的遗传分化,而各地理种群的遗传距离与地理距离无显著的相关性。【结论】河西走廊苹果蠹蛾遗传多样性较低,且地理种群间有一定程度的遗传分化。     

珠江水系特有卷口鱼遗传变异的线粒体Cytb基因序列分析

测定了广西合山、柳州、桂平和广东郁南等4个地理群体43尾卷口鱼线粒体Cytb基因1041bp,结果检测到8个单倍型,7个多态位点。4个地理群体的单倍型多样性为0.248～0.700,核苷酸多样性为0.00022～0.00070,表明所分析的卷口鱼群体单倍型多样性和核苷酸多样性低。在分子系统树上,不同地理来源的卷口鱼混杂分布在一起,没有形成明显的谱系结构和地理聚群;4个群体两两间的Fst值为-0.028～0.116,但均不显著(P0.08);AMOVA分析表明1.70%(P=0.21)的分子差异来自群体间,而98.3%的分子差异位于群体内部;表明4个地理群体间没有显著遗传分化。单倍型网络图呈星状结构,中性检测Tajima’sD和Fu’sFS均为显著负值,核苷酸不对称分布分析呈单峰模式,表明珠江卷口鱼可能曾经历过种群的快速扩张,推测在晚更新世(1.5～3.9万年前)出现种群扩张。     

基于线粒体DNA控制区序列的珠江和长江水系光倒刺鲃群体遗传变异分析

【目的】明确珠江和长江水系不同光倒刺鲃地理群体的遗传变异及进化关系,为其种质资源保护和可持续开发利用提供科学依据。【方法】从珠江水系（增江、流溪河、北江、连江、漓江、柳江和郁江）和长江水系（阊江、赣江和湘江）的10个支流（群体）采集347尾光倒刺鲃样本,扩增并测定其线粒体DNA（mtDNA）控制区序列;通过MEGA 6.0、DnaSP 6.10和Arlequin 3.5等在线软件统计序列碱基组成、变异位点、遗传距离、核苷酸多样性（π）、单倍型多样性（H_d）及遗传分化系数（F_st）,并进行分子变异分析（AMOVA）、核苷酸错配分布分析、中性检验,以及构建单倍型的系统发育进化树和网络结构图。【结果】光倒刺鲃mtDNA控制区序列长度为519 bp,其中T、C、A、G占比平均值分别为32.57%、19.16%、32.16%和16.11%。在所有mtDNA控制区序列中共检测到62个变异位点,34个单倍型;10个光倒刺鲃群体的H_d平均为0.917,π平均为0.0359,遗传距离为0.0018~0.0790,F_st为-0.0007~0.9978。光倒刺鲃mtDNA控制区序列63.46%的分子遗传变异来自各地理分组间;单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,10个光倒刺鲃群体聚类为三大支系,除了有个别交集外,东江水系、西江水系、赣江水系+湘江水系的光倒刺鲃群体分布在3个不同的独立分支上,而北江+流溪河水系群体分别与东江水系群体和西江水系群体有较多交集。10个光倒刺鲃群体的Fu’s Fs为-1.339~23.759,平均为9.857,但P均大于0.05;Tajima’s D为-2.613~2.824,仅有3个群体的Tajima’s D为显著性负值（P<0.05）;其核苷酸错配分布图谱呈多峰形式,即珠江和长江水系光倒刺鲃群体尚未发生过种群扩张。【结论】珠江和长江水系光倒刺鲃群体遗传多样性总体上偏低,应加强其种质资源保护,尤其是北江水系群体野生资源相对较丰富宜作为重点保护单元。复杂的地形地貌导致珠江和长江水系光倒刺鲃群体形成明显的地理隔离,群体间已发生明显分化,且受各种人为活动干扰导致其种群收缩,因此亟待采取有效防护措施以保证光倒刺鲃种质资源的可持续利用。     

基于线粒体COII基因序列的长江下游翘嘴群体遗传多样性分析

【目的】明确长江下游翘嘴鲌（Culter alburnus）群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础。【方法】在长江下游水域（淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段）设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COII基因序列分析5个翘嘴鲌野生群体的遗传多样性,使用DNASPv5计算群体单倍型并进行Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验,运用Arlequin 3.5进行遗传多样性分析、群体分子方差分析（AMOVA）及计算遗传距离和基因流（Nm）。【结果】 5个翘嘴鲌野生群体197个个体的COII基因序列有效长度为425 bp,存在31个变异位点,变异率为7.29%;其碱基含量排序为T （29.61%） >C （28.03%） >A （24.19%） >G （18.17%）,AT含量为53.8%,CG含量为46.2%。31个变异位点在197个个体中共定义出13种单倍型（hap1~hap13）,单倍型多样性指数（H_d）为0.273~0.603,以长江群体和长荡湖群体的最高,太湖群体的最低;核苷酸多样性指数（P_i） 为0.001~0.017,以长荡湖群体的最高,淀山湖群体的最低。5个翘嘴鲌野生群体间的遗传距离为0.002~0.015,即群体间无显著差异;不同群体间的Nm为2.443~54.325,以太湖群体与淀山湖群体间的Nm最大（54.325）,长荡湖群体与淀山湖群体间的Nm最小（2.443）; AMOVA分析结果显示,不同群体间的遗传变异为10.47%,而群体内的遗传变异为89.53%。在5个翘嘴鲌野生群体中,仅长江群体的Tajima’s D和Fu’Fs均为负值且具有显著意义,故推测该群体曾发生过群体扩张现象。【结论】长江下游翘嘴鲌群体表现出低单倍型多样性和高核苷酸多样性,遗传多样性较丰富,群体间存在遗传分化但分化程度差异不显著。因此,后续研究应增加野生翘嘴鲌群体的样品数量和调查水域,全面而系统地评估长江下游各水域翘嘴鲌的种质资源状况,为建立自然保护区及人工增殖放流提供科学依据。     

中国近海小黄鱼遗传变异的细胞色素b序列分析

分析了中国近海丹东、营口、舟山、温州和福州32尾小黄鱼线粒体Cytb基因的862bp序列,共检测到31个变异位点,13个简约信息位点,26个单倍型;单倍型多样性为0.984±0.013,核苷酸多样性为0.00395。高单倍型多样性和低核苷酸多样性,Tajima’s中性检验为负值且显著,核苷酸不配对分析呈单峰曲线,在简约性网络图中单倍型呈星状分布,表明小黄鱼经历过种群扩张,扩张年代约为0.14MY前。群体间较低的Fst值和较高的Nm值,在NJ系统树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,分子方差分析都表明群体间未出现明显的遗传分化,与传统的地理群体划分并不一致。推测小黄鱼产浮性卵、生活史中出现大规模的洄游以及扩张后的群体尚未在迁移与漂变间达到平衡可能是未检测到显著地理和谱系结构的主要原因。     

基于线粒体基因标记的太平洋褶柔鱼群体遗传结构及变异分析

为科学管理和开发利用太平洋褶柔鱼（Todarodes pacificus）渔业资源,该研究利用线粒体DNA（mtDNA）细胞色素C氧化酶I（CO I）和细胞色素b（Cytb）两种标记基因对西北太平洋褶柔鱼进行群体遗传结构和变异分析。结果显示：得到太平洋褶柔鱼两种基因片段的序列长度分别为465 bp（CO I）和404 bp（Cytb）,分别定义了18和21个单倍型,总体呈现低单倍型多样性（h=0.493、0.479）和低核苷酸多样性（π=0.0013、0.0014）;遗传分化系数（Fst）值均为负值,而分子生物学方差（AMOVA）分析结果表明该群体变异都来源于种内;太平洋褶柔鱼CO I基因序列的Tajima’s D和Fu’s Fs的中性检验D值和Fs值显著偏离0,且二者显著性检验P＜0.01,与Cytb基因标记的群体结果相似。综上,位于东海和日本海海域的太平洋褶柔鱼种群遗传多样性较低,群体间基因交流频繁未出现遗传分化,且变异基本来源于种内,群体大约在1.2万-1.5万年前出现过种群扩张。故建议将太平洋褶柔鱼划分为一个管理单元,以便该渔业资源更加合理的保护与开发利用。     

基于叶绿体DNA序列atpI-rsp2和psbC-trnS的山药种质资源遗传多样性分析

【目的】基于叶绿体DNA（cpDNA）序列atpI-rsp2和psbC-trnS分析山药种质资源的遗传多样性,为山药种质资源鉴定、创新利用及新品种选育提供理论依据。【方法】以来自14个省（区）的64份山药种质为材料,对其atpI-rsp2和psbC-trnS序列进行多态性扩增并测序,经拼接、比对后,利用MEGA 7.0计算种质间的遗传距离并构建系统发育进化树,并利用DNAsp 5.0分析核苷酸多态性,采用NET Framework 4.6.1绘制单倍型间的中介邻接网络结构。【结果】atpIrsp2和psbC-trnS序列合并序列长度为1938 bp,共有117个插入/缺失位点（I_S）和14个变异位点（V_s）,转换率（S_i） 为49.1%,总体转换/颠换偏倚率（R）为0.928,共产生30种单倍型,其中有21种为独享单倍型,9种为共享单倍型,单倍型多样性（H_d）和核苷酸多样性（π）分别为0.9206和0.00139。atpI-rsp2序列和psbC-trnS序列及合并序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和F*均为负值,其差异均未达显著水平（P>0.10）,说明这2个序列在进化上符合中性进化模式。64份山药种质的遗传距离为0~0.003865,平均遗传距离均为0.001400。中介邻接网络结构分析结果显示,30种单倍型可分为3类,其中,H5为较原始单倍型。【结论】64份山药种质资源的遗传距离较近,遗传背景相似,可能是由于长期地区间引种导致,与地理距离不完全相关。atpI-rsp2和psbC-trnS序列可用于山药物种鉴定和系统进化分析等研究领域。     

基于线粒体控制区Dloop序列的长臀鱼危种群遗传结构分析

【目的】了解长臀Cranoglanis 3个种群的野生资源状况,并对3个种群的物种有效性进行分析。【方法】采用线粒体控制区Dloop基因序列测定技术, 分析了珠江水系、海南水系和越南红河水系长臀种群的群体遗传结构及其变异。【结果】在检测的84个个体中共得到43个单倍型,呈现出较高的单倍型多样性与较为贫乏的核苷酸多样性,其中海南长臀C. multiradiatus群体的单倍型多样性（Hd=0.871）和核苷酸多样性（Pi=0.006 4）最低;Tajima’s D中性检验以及核苷酸不配对分析均表明,3个长臀群体趋于稳定,未经历过大规模的种群扩张。Fst分析发现,海南长臀同珠江长臀C. bouderius、红河长臀 C. henrici产生了一定的遗传分化,而珠江和红河群体未发现明显遗传分化,从遗传距离来看,珠江和红河长臀净遗传距离为0.000。【结论】长臀野生资源较为贫乏,且海南群体最为严重;认为应将珠江长臀和红河长臀归为同一亚种长臀C. bouderius,而海南长臀作为长臀的另一个亚种。     

基于线粒体Cyt b基因的长江刀鲚群体遗传结构分析

基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型.本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(Hd=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(π=0.00078)低于临界水平(0.005),雌性群体的遗传多样性水平明显高于雄性群体.长江刀鲚群体间遗传距离较小,分化程度较低.进一步分析变异组成显示:长江刀鲚群体变异主要来源于群体内,群体间变异不显著,说明长江刀鲚在遗传学上仍为一个分类单元,不存在明显的遗传分化.中性检验结果显示:长江刀鲚群体积累了较多的低频突变,DNA进化偏离中性选择,在历史上发生过历史扩张事件.基于单倍型构建的系统进化树显示31个单倍型聚为2支,单倍型Hap1～Hap13、Hap15～Hap25、Hap27～Hap31聚为一支(n=158),单倍型Hap14和Hap26聚为另一支(n=2),说明长江刀鲚群体中的极少数个体发生了基因突变,也可能是长江刀鲚群体中混杂着其他生态类型.     

基于线粒体Cyt b基因的长江刀鲚群体遗传结构分析

基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型。本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(H_d=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(π=0.00078)低于临界水平(0.005),雌性群体的遗传多样性水平明显高于雄性群体。长江刀鲚群体间遗传距离较小,分化程度较低。进一步分析变异组成显示:长江刀鲚群体变异主要来源于群体内,群体间变异不显著,说明长江刀鲚在遗传学上仍为一个分类单元,不存在明显的遗传分化。中性检验结果显示:长江刀鲚群体积累了较多的低频突变,DNA进化偏离中性选择,在历史上发生过历史扩张事件。基于单倍型构建的系统进化树显示31个单倍型聚为2支,单倍型Hap1～Hap13、Hap15～Hap25、Hap27～Hap31聚为一支(n=158),单倍型Hap14和Hap26聚为另一支(n=2),说明长江刀鲚群体中的极少数个体发生了基因突变,也可能是长江刀鲚群体中混杂着其他生态类型。     

基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析

【目的】利用叶绿体基因组（cpDNA）的间隔区序列（trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL）对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接。利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树。【结果】筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记（trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL）。三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点。在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量（Vs）分别为1、1和5个,单倍型数目（H）分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性（π）和单倍型多样性（H_dπ）最高的序列分别为trnT-trnL（π=0.00052）和trnH-psbA（H_d=0.535）。trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和Fu and Li’s F*均无显著差异（P>0.05）,符合中性进化模式。基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0~1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类~Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类。【结论】52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关。基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料。     

基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列的杂交鲫与野生鲫群体遗传特征研究

【目的】分析杂交起源的合方鲫品系和新型同源二倍体类鲫(NCRC)品系、实验红鲫品系及野生鲫群体的遗传特征,揭示杂交鲫群体与野生鲫群体的种质资源现状,为开展鲫育种工作提供科学依据。【方法】以2个杂交品系(合方鲫和NCRC)、1个实验室养殖品系(实验红鲫)和3个野生鲫群体(分别采自湖南省长沙市望城区、长沙市长沙县和常德市)为研究对象,采用PCR扩增6个鲫群体的线粒体COI基因和D-loop区序列,使用DnaSP 6.12分析群体遗传多样性,利用MEGA 7.0.26计算群体内和群体间的遗传距离,运用TCS Network算法绘制单倍型网络,再以Structure 2.3.4推测群体遗传结构;利用Arlequin 3.5.2.2计算群体间的遗传分化系数(F_ST),并以邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)分别构建系统发育进化树;通过Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结合核苷酸错配分布分析评估群体历史动态。【结果】基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列,从6个鲫群体中共鉴定出25个单倍型(Hap1~Hap25);且3个野生鲫群体的单倍型多样性(h,0.582~0.877)和核苷酸多样性(π,0.00227~0.00532)明显高于2个杂交品系和实验红鲫品系。构建的单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,合方鲫品系可形成独立分支,且与日本白鲫聚在一起。同时,合方鲫品系与其他群体间的遗传距离(0.0539~0.0628)和遗传分化系数(F_ST,0.95147~0.98331)均较大,其次为NCRC品系和实验红鲫品系,说明养殖群体与野生鲫群体间已产生明显的遗传分化。在Structure聚类分析的基础上进行AMOVA分析,结果表明可将6个鲫群体划分为合方鲫品系、NCRC品系、实验红鲫品系和野生鲫群体共4组,且组间遗传变异占绝大部分(90.14%)。从群体历史动态检验结果来看,6个鲫群体在近期历史上保持相对稳定,未曾经历过明显的群体扩张。【结论】合方鲫品系、NCRC品系及实验红鲫品系3个养殖群体与3个野生鲫群体间已产生明显的遗传分化,且存在一定程度的遗传多样性降低等问题。因此,在后续的鲫育种工作中应适当扩大繁育亲本数量,避免近亲繁殖和瓶颈效应,注重保护养殖群体种质资源的遗传多样性。     

秀丽白虾3个地理种群mtDNA 16S rRNA基因序列变异及遗传分化

为探究秀丽白虾Exopalaemon modestus不同地理种群的遗传变异,采用PCR产物纯化测序的方法,分别测定了太湖、鄱阳湖和兴凯湖3个种群共计129个秀丽白虾样品的mtDNA 16S rRNA基因序列。结果表明:在486 bp序列中,检测到10个变异位点,占所测序列的2.06%;共发现8种单倍型,其中太湖种群5种,鄱阳湖种群4种,兴凯湖种群1种;单倍型Ⅰ为太湖和鄱阳湖种群共有,单倍型Ⅳ为鄱阳湖和兴凯湖种群共有,3个种群未有共享单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.691 00和0.002 46,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,3个种群间的遗传变异为29.58%,种群内的遗传变异为70.42%,遗传分化系数(Gst)为0.295 8,基因流(Nm)为0.595 2,3个种群间遗传分化存在极显著性差异(P0.01)。本研究结果可为秀利白虾种质资源保护提供基础数据。     

小麦转录因子基因W16的功能标记作图和关联分析

【目的】开发小麦DREB转录因子基因W16的功能标记,进行遗传作图,并结合表型性状关联分析,为利用分子标记进行小麦遗传改良提供依据。【方法】以六倍体普通小麦及其野生近缘种的二倍体和四倍体为材料,克隆W16的DNA序列;根据序列多态性设计分子标记;利用中国春缺四体材料对基因进行染色体定位,用DH群体（旱选10号×鲁麦14）进行精细定位并作图;以154份六倍体普通小麦材料构成的自然群体分析表型性状与基因单倍型的关联特性。【结果】利用中国春缺四体材料先将W16定位在1A染色体上。后利用DH群体将W16定位于染色体1A的CWM517和WMC20标记之间,距左、右标记的遗传距离分别为7.8 cM和19.4 cM。在小麦自然群体中共检测到W16的3种单倍型,分别与单株穗数、穗粒数、每穗小穗数和籽粒饱满度关联。【结论】确定了W16所在的染色体位置,鉴定出HapⅡ为增加单株穗数和籽粒饱满度的优良单倍型,HapⅢ为提高穗粒数的优良单倍型,该基因的功能标记和关联分析结果为小麦分子育种提供了重要信息。     

中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究

【目的】 地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】 对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1 283份的线粒体DNA片段（D-loop,519 bp）遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】 从1 283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富（6个）;广东省单倍型数量最多（61）,浙江省（19）和海南省（12）较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低（0.736±0.076）,江西省的核苷酸多样性最低（0.00981±0.00072）。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】 结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。     

中国近海真鲷遗传变异的线粒体控制区序列分析

测定了辽宁东港、广东大亚湾和广西东兴3个海域各15尾真鲷的线粒体控制区5′端660bp的核苷酸序列,发现91个可变位点,64个简约信息位点。在45尾样品中共检测到43个单倍型,3个群体的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为(0.99～1)和(0.02522～0.02579),表现出较高的单倍型多样性和核苷酸多样性。在真鲷个体NJ树上出现3个谱系,各谱系中不同地理来源的个体比例相当,不呈现明显的地理聚群,推测各谱系大约形成于晚更新世的末期。Tajima’sD呈负值但不显著(P0.08),表明真鲷历史上没有发生快速扩张,种群大小稳定。群体间遗传分化指数Fst都为负值(-0.0001～-0.0188)但不显著(P0.1);AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(100.49%),而群体间的遗传变异很小(-0.49%);表明我国近海真鲷群体有可能是同一种群。