鸡MHC-B-F基因外显子2、3的SNPs分析

本研究分别选择10个个体通过直接测序并与Ncbi下载的13条鸡MHC-B-F基因序列合并分析了外显子2、外显子3中的单核苷酸多态性位点。结果在外显子2264个碱基的序列中发现了44个核苷酸变异位点,其中有24个引起了氨基酸的改变,在外显子3273个碱基的序列中发现了42个核苷酸变异位点,其中有26个引起了氨基酸的改变。而且核苷酸序列的同源性均高于氨基酸序列的同源性。     

荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域突变分析及蛋白质序列模式预测

为了深入了解荣昌猪SLA DQB基因β1结构域的变异及蛋白质序列模式分布情况,对53头荣昌猪SLADQB基因的β1结构域进行了克隆测序和序列多重比对,并在线预测蛋白质序列模式.结果发现,222 bp区域内存在9个单核苷酸的插入位点、16个单核苷酸的缺失位点和89个SNPs位点.74个氨基酸中仅由SNP位点导致的氨基酸变异位点共37个,其中有24个位点氨基酸的类型发生变化.对50条SLA- DQB基因β1结构域蛋白质序列分析发现7种类型共174个蛋白质序列模式位点.单条序列中蛋白质序列模式位点最多的12个,最少的2个.蛋白质序列模式突变位点主要发生在第9、26、45、53、61个氨基酸上,涉及到5种类型蛋白质序列模式位点的改变.结果提示,荣昌猪5L A- DQB基因β1结构域存在丰富的遗传变异和多样化的蛋白质序列模式.     

ITS序列在橄榄地方品种资源鉴定中的应用

为了探讨更精确有效地鉴定橄榄品种资源及其遗传多样性的分子技术，利用测序方法测定了橄榄品种(系)的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明，橄榄ITS区序列总长度为629-634bp，长度变异仅为5bp，其中ITS1区为232-237bp，ITS2区为234-239bp，5.8SrDNA均为165bp，且高度保守无变异位点。橄榄品种(系)间ITS序列变异位点较少，仅有17变异位点占总碱基数的5.93%，简约信息位点7个占总碱基数1.51%，单一信息位点10个占总碱基数的2.16%，并且ITS1序列较ITS2序列变异丰富。因此，利用ITS序列中变异位点可以作为特异DNA指纹鉴定位点，为部分品种(系)的鉴定依据，但是仅仅利用ITS序列还难以鉴定区别所有的橄榄品种资源。     

8个山羊品种mtDNA细胞色素b基因序列的变异

本研究对8个山羊品种mtDNA细胞色素b(Cytb)基因克隆,并对序列的变异进行分析。结果表明:山羊的细胞色素b基因序列全长为1 140 bp,编码379个氨基酸和一个终止密码子。所有测定的序列中,共产生22个变异位点,其中包括19个单一多态位点和3个简约信息位点,这些变异定义了8个单倍型,单倍型的多样性为1.0%。根据Cyt b基因序列构建了系统发育树,8个山羊品种聚为两大类,每一类品种间存在生产性能上的联系。     

基于mtDNA Cytb基因序列分析广东省东方蜜蜂遗传多样性

采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。     

鸡传染性支气管炎病毒BD01株S1基因的特性分析

用RT-PCR扩增了鸡传染性支气管炎病毒(IBV)DB01株S1基因,获得了约1.7 kb的基因序列,利用DNAMan软件对DB01株S1基因的核苷酸和氨基酸序列与标准疫苗株H120、H52和M41进行比较.结果表明,其同源性均低于80%,亲缘关系比较远.在DB01的S1蛋白氨基酸序列上出现了5个新的糖基化位点,1个糖基化位点丢失,其中有3个变异位点在抗原表位上.亲水性也发生了较大变化.     

青藏高原5种害鼠vkorc1基因的测序分析

维生素K环氧化物还原酶复合物1基因(vkorc1)的变异是导致鼠类对抗凝血杀鼠剂产生抗性的主要原因。本研究利用转录组测序的方法,分析青藏高原地区5种主要害鼠——高原鼢鼠(Eospalax baileyi)、高原鼠兔(Ochotona curzoniae)、长尾仓鼠(Cricetulus longicaudatus)、青海田鼠(Lasiopodomys fuscus)和喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的vkorc1基因序列信息。同时,采集5个种群共54只高原鼢鼠,对vkorc1基因全序列进行测序分析。结果显示,从转录组组装结果中成功获得5种动物的vkorc1基因编码区全序列,其中青海田鼠、长尾仓鼠、高原鼢鼠vkorc1基因编码区长度为486bp,喜马拉雅旱獭和高原鼠兔为492bp;在DNA序列水平上,5种高原动物存在143个变异位点,与大鼠的序列相似性为80.1%~90.7%,而与小鼠的序列相似性为79.7%~89.8%。在氨基酸序列水平上,5种高原动物存在37个变异位点,大鼠的序列相似性为84.0%~92.0%,而与小鼠的序列相似性为85.9%~92.0%;未发现与已知抗凝血杀鼠剂抗性相关的氨基酸位点。对5个种群54只高原鼢鼠vkorc1基因全序列的测序分析显示,比对后的全长为1 808bp,共检测到8个变异位点,其中两个为插入缺失位点,全部变异都发生在内含子区。本研究首次以基因序列为分析对象,可以为青藏高原地区的鼠害防治提供关键基础资料。     

百宜黑鸡与兴义矮脚鸡线粒体DNA 控制区遗传多样性分析

采用PCR和直接测序的方法测定百宜黑鸡和兴义矮脚鸡线粒体DNA控制区全序列,比较分析两种贵州地方鸡种的遗传变异。结果表明,百宜黑鸡、兴义矮脚鸡mtDNA控制区全序列长均为1231 bp;共发现26个变异位点(不包含种内变异位点),占分析位点总数的2.11%,其中12个转换,14个颠换;百宜黑鸡mtDNA控制区的A、T、G、C碱基含量分别为27.096%、33.628%、13.117%、26.159%,矮脚鸡的A、T、G、C碱基含量分别是A26.916%、T33.409%、G13.387%、C26.288%,t检验结果显示,两种鸡mtDNA控制区的A和T含量差异显著。百宜黑鸡和兴义矮脚鸡的遗传距离是0.0379,根据分子钟计算,二者约在190万年前分歧进化。     

昌宁县中华蜜蜂种群遗传结构调查——基于线粒体DNA COX1分子标记

为了探究云南省昌宁县中华蜜蜂的种群遗传结构,以线粒体DNA COX1基因片段为分子标记,利用生物信息学软件对该地区4个采样点共96群中华蜜蜂进行了遗传多样性分析,共获得了89条序列,所得线粒体DNA片段的序列长度为794bp。结果表明(1)序列碱基组成为:A+T74.3%,表现出显著的A+T偏倚性。(2)共发现23个变异位点其中转换变异位点21个,颠换变异位点2个。(3)共定义了16个线粒体单倍型,表现出昌宁地区丰富的遗传多样性和较高的单倍型多样度,显示出昌宁地区中华蜜蜂群体具有相对独立的遗传结构,同时与华南地区中华蜜蜂种群存在有限的基因交流。     

11株螨虫分离株的ITS-2序列分析与系统关系研究

为探讨动物体上一些常见寄生螨虫的分类地位,对11株螨虫分离株的核糖体第二内部转录间隔区(ITS-2)基因序列进行测定,并从GenBank下载21条螨虫的ITS-2序列,用UPGMA法构建分子系统树.序列分析结果显示:6株疥螨分离株ITS-2基因全长均为361 bp,含有335个保守性位点,15个变异位点和9个简约信息位点;序列间的同源性为96.9%～99.7%.5株足螨分离株ITS-2基因存在长度上的变异(225～232 bp),序列中包括184个保守性位点,44个变异位点,9个简约信息位点;分离自黄牛和奶牛的4株足螨分离株的ITS-2序列同源性为92.4%～97.3%,而熊猫足螨分离株同黄牛、奶牛足螨分离株的同源性较低(78.7%～82.6%).UPGMA显示:32株螨虫分离株分成2个支系,第1个支系包括疥螨科的疥螨属Sarcoptes和背肛螨属Notoedres;第2个支系包括痒螨科的足螨属Chorioptes和痒螨属Psoroptes.从分析结果来看,笔者支持疥螨的单种说法;而足螨属中分离自熊猫的足螨和痒螨属中分离自水牛的痒螨的分类地位还有待进一步探讨.     

西藏小型猪线粒体DNA控制区的分子遗传学研究

通过扩增102头西藏小型猪以及16头巴马小型猪、17头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪种进行比较,研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪种的亲缘关系.结果显示,两藏小型猪线粒体DNAD-loop区分3个区域.串联重复序列区处于中间位置,包含有15～29个10 bp的重复片段,分为A、B 2种类型.3'端340 bp,与国内其他猪种的序列相同,比较保守;D-loop 5'端704 bp,共有22个变异位点.由22个变异位点中归纳出25个单倍型,其中有2种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%.根据3个转换位点:305、500、691,将西藏小型猪分成了2组,几乎与串联重复序列所分的A、B 2组类型相对应.与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5'端变异位点较少,分别只有4种和2种单倍型,串联重复区也只有1个类型.说明西藏小型猪可能有2个母系祖先,并且与我国西南地区的猪种有较近的亲缘关系;不同的串联重复片段类型和5'端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记.     

马头山羊线粒体细胞色素b基因遗传多样性研究

测定了马头山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列(1 140 bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况.结果显示:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中8个变异位点上观察到23次T-C间碱基转换,有11次T-G间碱基颠换发生在密码子第2位点,为非同义突变;观察到6种单倍型,单倍型多样度为0.808,核苷酸多样度为0.002 43.以绵羊为外群构建系统发生树(NJ tree).结果显示:马头山羊有两个母系起源,其中支系A占75%(12/16),支系B占25%(4/16).     

传染性支气管炎病毒S1基因遗传变异研究

本文利用计算机互联网分析了传染性支气管炎病毒（IBV）Buead株（呼吸型）和Z株（肾病型）S1基因的遗传变异规律。经与Genbank中50余个传染性支气管炎病毒的S1基因序列比较研究表明：Beaud株和Z株均存在着高度变异和相对保守区，两株病毒S1基因含有5－6个插入变异区。本文同时分析了两株病毒S1蛋白氨基酸序列的变异规律，研究表明：各株传染性支气管病毒之间S1蛋白的氨基酸序列有局部变异，其中105－106个氨基酸保持恒定不变。功能位点分析表明：Z株与Buead株抗原位点的位置和组成已发生变异，糖基化位点除Z株出现两个新位点外，其位置没有发生变化，但其组成已发生较多变异。     

2013年云南省禽流感病毒H9N2亚型监测及其血凝素基因序列分析

为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的变异情况,本研究对2013年云南省16个地区的3 622份家禽临床样品进行AIV的鸡胚分离和RT-PCR检测,其中分离鉴定到97份H9N2亚型AIV分离株,并选取21个分离株进行HA基因测序及系统进化分析,结果表明:21份H9N2亚型AIV分离株的HA基因核苷酸序列同源性为86.0%~99.4%,均属于欧亚分支的类A/Chicken/Bei Jing/1/1994亚分支,而且又进一步划分为Ⅲ-1、Ⅲ-2两个小分支。其中Ⅲ-2分支为云南地区新出现的进化分支。氨基酸比对分析显示,测序的21个HA基因编码蛋白的裂解位点基序均具有低致病性病毒分子特征;与现用疫苗株相比,HA推导氨基酸序列中存在多个氨基酸位点差异;其中,Ⅲ-1与Ⅲ-2分支的AIV的HA氨基酸序列多个位点存在各自特有的点突变(氨基酸替换),这种变异具有一定的进化(亚)分支特异性。此外,HA基因多个受体结合位点氨基酸存在变异,其中234位氨基酸全部变为L,呈现了人流感受体结合特性;部分糖基化位点、抗原表位关键性氨基酸也存在变异。     

山羊线粒体DNA D-loop区部分序列变异位点分析

截取了山羊线粒体DNAD-loop高变区453bp的部分片段（线粒体全序列的15735～16187bp处），共计1182条序列进行了多重比对，并进行系统建树和网络关系分析，结果这些序列明显的分成了4个支系（A、B、C、D），分别含有1001、134、24和13条序列，进一步比对分析，发现这4个支系有各自特有的碱基变异特点，A、B、C和D分别有5、6、18和7个特有的碱基变异位点，除了各个支系特有的变异外，还发现有2个支系共有的变异位点。     

野生与家养乌苏里貉FSHβ和FSHR基因的克隆及序列分析

对野生和家养乌苏里貉的FSHβ基因部分序列、FSHR基因5'端上游调控区和外显子10进行扩增和测序,获得序列长度分别为1257、757和1398 bp,提交GenBank,登录号分别为HQ385977、HQ385978和HQ385979。BLAST比较分析3段序列外显子区,与犬的同源性分别为99%、98%和98%。利用DNAMAN软件对2只野生与2只家养貉进行多序列比对,结果分析,3个基因片段中分别检测到12、10和3个变异位点,其中编码区碱基的突变位点分别有2、1和0个;将2只野生貉的序列相比较,发现3段序列分别有6、9和3个多态位点,而将2只家养貉的序列相比后分别有2、1和0个多态位点,说明野生貉更具有遗传多样性。     

3种不同羽色鸡MC1R基因SNPs鉴定及羽色相关性分析

为了深入挖掘与鸡羽色形成密切相关的SNPs位点,以略阳黑羽乌鸡、青脚麻鸡和丝羽乌鸡为研究对象,对3个品种70个样本的MC1R基因序列进行序列比对,分析序列变异导致的MC1R氨基酸变异、蛋白质结构和性质的变化,进行SNPs与羽色的相关性分析。结果表明:3个鸡种MC1R基因CDS区大小没有差异,均为945 bp,但品种间DNA序列存在序列变异,共检测到8个SNPs位点,其中4个SNPs位点引起错义突变:212(T/C)、398(T/C)、637(T/C)和644(A/C),且与鸡羽色极显著相关(P0.001)。基于SNPs造成的氨基酸序列变异,以红原鸡MC1R氨基酸序列为参考,将其定义为I型,在略阳黑羽乌鸡、青脚麻鸡和丝羽乌鸡发现了Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型和Ⅴ型4种MC1R类型,并对4种类型的理化性质、二级结构和三级结构进行比较分析,发现不同类型的氨基酸差异位点均不在跨膜区上,α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲比例均存在差异,蛋白质三级结构也存在一定变化。研究表明,在3个不同羽色鸡种上检测到的8个SNPs中,有4个导致MC1R蛋白理化性质和结构的变化,进而影响MC1R蛋白功能。     

家鸭GHSR基因部分编码序列的克隆及变异检测

作者旨在克隆鸭GHSR基因mRNA部分编码区序列,并筛查克隆序列中的变异位点。采用RT-PCR法从巢湖鸭下丘脑组织中分离家鸭GHSR基因mRNA中编码区核酸序列,并选用30个个体cDNA,通过构建cDNA池对克隆编码区的序列变异测序检测。结果表明,克隆鸭GHSR基因mRNA部分编码区核酸序列长635 bp(GenBank登录号:EU005225),编码211个氨基酸,与鸡GHSR基因同源核酸相似性达到94%,氨基酸相似性为97%;cDNA池测序检测揭示克隆区段存在3个碱基变异位点,均为同义突变,未使编码氨基酸发生改变。克隆鸭GHSR基因mRNA编码区核酸、氨基酸序列与鸡同源序列的相似性,以及克隆核酸序列的变异检测结果表明,鸭GHSR基因在序列和功能上具有很高的保守性。     

利用线粒体Cyt b为遗传标记分析重庆地区东方蜜蜂的遗传多样性

采用PCR产物直接测序技术对重庆地区117群东方蜜蜂样品的线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)420 bp长度序列进行了分析。结果显示:在所得到的序列中共检测到11个核苷酸多态位点,其中单一变异位点2个,简约信息位点9个,序列突变率为2.62%,序列T,C,A,G平均含量分别为44%,14.2%,32.9%,8.9%,共定义8种单倍型,单倍型多样度为0.773±0.021,核苷酸多样度为0.003 82±0.000 32,单倍型网络关系图揭示重庆地区东方蜜蜂群体没有明显的遗传分化。     

3株H9N2亚型禽流感病毒HA基因变异分析

对近10年来在同一地区分离到的3株H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因进行扩增和序列分析,探讨H9N2亚型流感病毒变异情况.3个毒株的HA基因全长1 683bp,编码560个氨基酸;其裂解位点均为R-S-S-R,属于低致病力毒株;推导的HA基因氨基酸序列均含7个相同的潜在糖基化位点,受体结合位点为禽源性流感病毒特异性序列,左侧臂氨基酸均为NGQQG,右侧臂均为GTSKA.3个分离株与参考株核苷酸与氨基酸同源率均较高,仅有一些非关键位点突变.它们均属欧亚种系,与A/Duck/Hong Kong/Y280/97代表株亲源关系较近.研究结果从分子水平上证明H9N2亚型禽流感病毒近年来未发生较大变异.