高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征

为了研究高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物多样性特征,探究肠道微生物与蛋鸡产蛋水平之间的关联性。应用16SrRNA基因V4~V5区进行高通量测序,检测高产期3个产蛋水平(高产组/低产组/极低产组:6只/6只/3只)蛋鸡粪便样品微生物的组成与菌群分布。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)在3组中均为优势菌群(≥1%),但各自占比在3组中有所差异;在属水平上,高产组中乳杆菌属丰度(66.05%)是极低产组(20.93%)的3倍;PCoA检测显示不同产蛋水平蛋鸡微生物群落结构差异明显,乳酸杆菌属是不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物菌群差异的主要菌属,推测其在肠道微生物中的占比与产蛋水平存在着关联性。     

不同季节圈养岩羊肠道微生物的多样性分析

为研究不同季节岩羊肠道菌群的多样性,选取同一圈养条件下的5只岩羊作为实验对象,收集新鲜粪便,提取总DNA,PCR扩增后,利用Illumina Miseq测序平台,对16S rRNA基因V3-V4区域序列进行测定。结果显示:在岩羊肠道中检测到的微生物共属于25个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(72.73±5.84)%和拟杆菌门(Bacteroidetes)(16.61±4.37)%为优势菌门;岩羊肠道微生物中含有264个菌属,以Clostridium_XIVa(5.99±2.10)%、Bacteroides(2.62±0.96)%、Clostridium_IV(2.42±1.00)%和Alistipes(1.80±0.78)%为主;通过综合各种不同的多样性指数发现,夏季的肠道菌群丰富度高于其他季节;从不同季节岩羊肠道优势菌群的趋势图可知,夏秋两季岩羊肠道优势菌属变化最大。本研究结果表明,季节变化与岩羊肠道微生物丰富度、多样性及优势菌群组分的变化密切相关。     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性的影响

本试验旨在利用末端限制性片段长度多态性技术研究不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性及其组成结构的影响。试验选用8头平均体重为(35.0±2.5)kg的"杜×长×大"三元杂交生长猪,统一安装回肠末端T型瘘管,随机分为4组,每组2个重复。试验分4期,每期每组猪按4×4拉丁方设计饲喂小麦麸、小麦麸加酶、大豆皮和大豆皮加酶4种试验饲粮之一。每期预试期15 d,正试期6 d。试验结果表明:1)大豆皮饲粮组猪回肠食糜微生物的多样性显著高于小麦麸饲粮组(P0.05)。2)小麦麸饲粮组显著提高猪回肠食糜中普氏菌属(Prevotella)和乳酸杆菌属(Lactobacillus)的丰度(P0.05),而大豆皮饲粮组则显著提高猪回肠食糜中瘤胃球菌属(Ruminococcus)及粪便中拟杆菌属(Bacteroides)、毛螺菌属(Lachnospira)的丰度(P0.05)。3)添加细胞壁降解酶显著提高各饲粮组猪回肠食糜中Lachnospira、真细菌属(Eubacterium)及粪便中Lachnospira的丰度(P0.05),但也同时降低了回肠食糜中Lactobacillus、Prevotella及粪便中Lactobacillus、Bacteroides和克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度(P0.05)。综上所述,纤维饲粮可显著提高猪肠道内非淀粉多糖降解菌的丰度,而细胞壁降解酶则可选择性改变肠道微生物菌群的多样性及其组成。     

饲料中添加植物乳杆菌对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响

本试验旨在研究饲料中添加植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响。以基础饲料为对照组,在基础饲料中添加1×106CFU/g植物乳杆菌为试验组,每组3个重复,每个重复25尾平均体重5～8 g的细鳞鲑,在室内养殖56 d后,取中后肠段内容物及其黏膜,提取微生物DNA,采用高通量测序技术检测肠道菌群多样性。结果显示:与对照组相比,饲料中添加植物乳杆菌可显著增加细鳞鲑的特定生长率(P0.05)。α多样性分析显示试验组肠道菌群多样性(Shannon指数、Simpson指数)和丰富度(Ace指数、Chao指数)均较对照组显著降低(P0.05)。β多样性分析发现试验组和对照组肠道菌群分群明显。在门水平上,试验组肠道菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的丰度达96.03%,而对照组主要由几个丰度较大的菌门组成,分别为厚壁菌门(23. 79%)、蓝细菌门(Cyanobacteria)(23. 30%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.95%)、螺旋菌门(Spirochaetae)(6.67%)和放线菌门(Actinobacteria)(5.35%)。在属水平上,试验组肠道菌群中丰度大于1%的菌属仅有3个,为乳杆菌属(Lactobacillus)(58.94%)、微小杆菌属(Exiguobacterium)(26.00%)和肠球菌属(Enterococcus)(10.62%),总丰度达95.66%,而对照组丰度大于1%的菌属达11个,但总丰度仅为58.24%,主要有未命名_蓝细菌门(unclassified_Cyanobacteria)(23.30%)、劳尔氏菌属(Ralstonia)(11.70%)、短螺旋体属(Brevinema)(6.67%)和普氏菌属(Prevotella)(3.90%)。综上,饲料中添加植物乳杆菌能促进细鳞鲑的生长,提高其肠道中乳酸菌的比例,抑制其他菌群的生长,降低肠道菌群的多样性。     

16S rRNA测序揭示猪日增重与肠道微生物的关系

为了探讨杜洛克公猪肠道微生物菌群与日增重的关系,根据91头杜洛克公猪平均日增重的高低,选择极端高低组各10头分为低组(LADG)和高组(HADG),收集粪便,利用16S rRNA测序分析LADG和HADG 2组猪的粪便微生物多样性和组成,并对其功能进行预测。结果:2组的alpha多样性差异不显著(P0.05);杜洛克猪的2个优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势菌属是普氏菌属(Prevotella)和乳酸菌属(Lactobacillus);LADG组中螺旋体门(Spirochaetes)、软壁菌门(Tenericutes)、WPS-2和疣微菌门(Verrucomicrobi)4个菌群的丰度要显著高于HADG组(P0.05),HADG组中的巨球型菌(Megasphaere)、粪杆菌属(Faecalibacterium)和韦荣氏菌(unclassified_f_Veilionellacece)3个菌群的丰度显著高于LADG组;HADG组中的微生物在疾病代谢通路,如嘌呤代谢和核黄素代谢高度富集,LADG组微生物在分泌系统等通路高度富集。试验结果提示:HADG组可能有较高的代谢水平,LADG组的分泌系统可能更发达。本研究丰富了杜洛克猪的早期选种的理论依据,并为理解早期宿主与微生物的相互作用提供了帮助。     

阿拉善马鹿冬季肠道菌群组成的性别差异

肠道菌群对于动物消化及健康有着至关重要的作用,但在性别差异上的研究仍然有限。本研究通过高通量测序技术对贺兰山阿拉善马鹿(Cervus elaphus alashanicus)的20个粪便样本进行多样性分析,雌雄各半,并讨论性别因素对肠道菌群的影响。结果表明,阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的多样性及结构均存在差异,且雌性肠道菌群的多样性更高。菌群构成的门水平上,雄性肠道菌群的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes 49.47%)和疣微菌门(Verrucomicrobia 14.21%),雌性肠道优势菌门为厚壁菌门(54.47%)和变形菌门(Proteobacteria 54.41%)。在属水平上,雌雄肠道菌群的优势菌属都为孢杆菌属(Sporobacter),含量为(雌性:6.79%,雄性:7.97%),拟杆菌属(Bacteroides),含量为(雌性:3.87%,雄性:4.42%),NMDS分析及LEfSe分析表明,性别因素对阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的影响存在显著差异(P<0.05)。本研究表明性别因素对阿拉善马鹿冬季肠道菌群的多样性及构成存在影响,可为深入研究性别因素对阿拉善马鹿肠道菌群的影响提供依据。     

仔猪不同生长阶段粪便微生物多样性分析

旨在利用高通量测序技术分析晋汾白猪和马身猪生长早期粪便微生物的多样性特征及其可能的成因。本研究以马身猪和晋汾白猪为研究对象,采用16SrRNA高通量测序技术,对仔猪初生(1日龄)、断奶(28日龄)和保育后期(70日龄)三个关键的生长发育阶段的粪便微生物多样性进行研究。结果表明:本次测序所得的操作分类单元分属25个门、43个纲、91个目、163个科和470个属的微生物。多样性分析表明,生长在相同环境之下的晋汾白猪和马身猪在不同的生长阶段粪便微生物的组成具有相似之处,初生(1日龄)时容易受到母体及周围环境的影响,假单胞菌和志贺菌属等有害菌属的细菌含量较高,乳酸杆菌的数量随着仔猪年龄的增长而逐渐增加,在断奶(28日龄)和保育末期(70日龄)时粪便微生物菌群的多样性更为相似;在保育末期,两个猪种的仔猪肠道中普雷沃氏菌和毛螺菌科NK4A136等有助于动物消化代谢的细菌更为丰富。本研究的结果可为仔猪肠道微生物定植以及演替的变化规律提供理论参考。     

3～6月龄伊犁马肠道微生物群落多样性的研究

本试验旨在研究3~6月龄伊犁马肠道微生物群落的多样性,揭示断奶前马驹肠道菌群演替的规律,从微生物学角度为此阶段马驹生长发育及肠道健康研究提供理论依据。试验选取平均体重为(89.75±8.81)kg、出生日期相同的3月龄伊犁马5匹,进行为期90 d的饲养试验。分别在试验的第0天(即试验开始的前1天)、第30天、第60天、第90天采集马驹粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示:1)对5匹马驹的20份粪样进行测序,共获得有效序列数157 665条,获得平均操作分类单元(OTUs)1 117个。2)马驹粪便中微生物群落α多样性指数(ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数)随着马驹月龄的增加呈波动性变化,但各时间点之间均无显著性变化(P0.05)。3)在门水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、螺旋体菌门(Spirochaetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、无壁菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、TM7、广古菌门(Euryarchaeota),其中以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及疣微菌门的丰度较高;在科水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为芽孢杆菌科(Bacillaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、BS11、RFP12、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae);在属水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、德库菌属(Desemzia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Ureibacillus、Paludibacter、芽孢杆菌属(Bacillus)、埃希式杆菌属(Escherichia)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、密螺旋体属(Treponema)、艰难杆菌属(Mogibacterium)。由此得出,采用Illumina HiSeq测序技术能够准确地对3~6月龄伊犁马肠道微生物群落进行分类研究;厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门是3~6月龄伊犁马肠道内的优势菌门。     

高通量测序研究膨化秸秆生物发酵饲料对辽育白牛肠道菌群的影响

为研究膨化秸秆生物发酵饲料对辽育白牛肠道菌群的影响,选用体重相近[(300~350)kg]的健康无疾病的辽育白牛40头(10月龄、无阉割),随机分成4组,分别为:对照组(100%基础精料+黄贮饲料),试验1组(80%基础精料+膨化秸秆生物发酵饲料),试验2组(70%基础精料+膨化秸秆生物发酵饲料),试验3组(60%基础精料+膨化秸秆生物发酵饲料)。试验的预试期30 d,正试期130 d,试验牛自由采食和饮水,每天观察牛群的采食情况及健康状况。试验结束,每组随机选取3头牛进行直肠取粪便,用于肠道菌群的高通量测序分析。结果发现:(1)粪便菌群高通量测序分析发现:在门水平上,拟杆菌门、厚壁菌门为对照组和试验组粪便中的优势菌门。在属水平上,孢杆菌属为粪便细菌中的优势菌属。添加膨化秸秆生物发酵饲料的试验组中分解纤维素的厚壁菌门、梭菌属IV增加,尤其试验2组较对照组差异显著(P0.05),且试验组丁酸产生菌梭菌属Xl Va相对丰度有所提高,但差异不显著(P0.05)。(2)粪便细菌Alpha多样性比较发现:试验组香浓指数(Shannon index)、艾斯指数(Ace index)、赵氏指数(Chao index)与对照组比较呈提高趋势,而辛普森指数(Simpson index)呈下降趋势,表明试验2组牛肠道内微生物多样性提高。     

高通量测序技术分析蓝狐肠道菌群多样性

本试验旨在研究蓝狐肠道菌群组成及其多样性。选取8只健康育成期(5～6月龄)雄性舍饲蓝狐,采集新鲜粪便后采用高通量测序技术对蓝狐肠道菌群组成及多样性进行分析。结果显示:从8只健康蓝狐粪便中共获得569 930条有效序列、操作分类单元(OTU)范围为468～574,分布于16个门的209个属。在门水平上以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Baeteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)为主,其中厚壁菌门所占比例最高,为62.97%,其余依次为22.05%、8.89%、5.15%、0.88%。在属水平上以链球菌属(Streptococcus)所占比例最高,为11.75%,其次为乳杆菌属(Lactobacillus)(9.86%)、普雷沃菌属(Prevotella)(9.28%)、巨型球菌属(Megasphaera)(8.21%)、柯林斯菌属(Collinsella)(7.27%)、Blautia(7.08%)、拟杆菌属(Bacteroides)(5.64%)。通过高通量测序技术发现蓝狐具有复杂的肠道菌群结构,且个体间存在较大差异。     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39对比格犬血清免疫指标及肠道菌群结构的影响

本试验旨在比较被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39对比格犬血清免疫指标及肠道菌群结构的影响。制备被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39,采用平板计数法比较不同生物状态的植物乳杆菌LR-39经酸、胆盐环境处理后的存活率。选取15只3.5月龄比格犬,随机分为被膜组、浮游组及对照组3个组,每组5只。被膜组、浮游组每日早上采食犬粮后分别灌饲被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39菌液1 mL (1×10~9CFU/mL),对照组灌饲等体积磷酸盐缓冲液(PBS),连续灌饲28 d。检测血清免疫球蛋白G(IgG)、分泌型免疫球蛋白A(sIgA)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量,并对肠道菌群进行16S rDNA高通量测序分析。结果表明:1)经酸性和胆盐环境处理后,被膜态植物乳杆菌LR-39存活率显著或极显著高于浮游态植物乳杆菌LR-39(P0.05或P0.01)。2)与对照组相比,被膜组血清IgG和sIgA含量极显著提高(P0.01);与浮游组相比,被膜组血清sIgA含量极显著提高(P0.01),血清IL-6含量有降低趋势(0.05≤P0.10);与对照组相比,浮游组血清IgG、sIgA、IL-6、TNF-α含量无显著差异(P0.05)。3)α多样性分析显示,与对照组相比,被膜组和浮游组Observed species指数、Chao指数、Ace指数均升高,被膜组Shannon指数升高,Simpson指数下降;浮游组Shannon指数下降,Simpson指数升高。主坐标分析(PCoA)结果显示,3组样本间有明显聚类现象。4)在门水平上,与对照组相比,被膜组肠道厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度升高,肠道拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)相对丰度降低;浮游组肠道Bacteroidetes、Fusobacteria相对丰度升高,Firmicutes、Actinobacteria相对丰度降低。5)在属水平上,与对照组相比,被膜组肠道双歧杆菌属(Bifidobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Allobaculum、消化链球菌属(Peptostreptococcus)相对丰度升高;浮游组肠道Lactobacillus、Peptostreptococcus、梭杆菌属(Fusobacterium)、普雷沃菌属(Prevotella)、萨特氏菌属(Sutterella)相对丰度升高。6)LEfSe分析表明,被膜组优势菌属是Lactobacillus,浮游组优势菌属是Fusobacterium,对照组优势菌属包括柯林斯氏菌属(Collinsella)、链型杆菌属(Catenibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)。7) Spearman相关性分析显示,血清IgG、sIgA、IL-6、TNF-α含量与肠道富集菌群相对丰度无显著相关性(P0.05)。由此可见,被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39对犬肠道菌群结构影响不同,被膜态植物乳杆菌LR-39具有更强的耐酸及胆盐能力,可有效调整肠道菌群结构并能提高机体免疫水平。     

基于16S rRNA探究应激条件下娟姗牛肠道菌群结构的调控机制

为了探究娟姗牛应激条件下肠道菌群结构的调控机制,本研究选择非应激期（JR1）和应激期（JR2）各6头牛作为实验组进行测定,2组间肠道微生物多样性采用微生物16S r RNA基因测序技术对差异微生物功能进行初步预测。结果显示：Alpha多样性对2组样品6种指数检测结果均明显降低（P>0.05）,说明夏季高温高湿的环境对肠道微生物的丰富度无明显影响,但可降低其物种多样性。厚壁菌门和拟杆菌门为门水平上的2个优势菌门,属水平上有瘤胃球菌属UCG-005、理研菌科-RC9菌属和瘤胃球菌属UCG-010为3个优势菌属。组间差异性分析得出,在属水平上JR2组粪便微生物中的Christensenellaceae R-7 group、Lachnospiraceae AC2044 group、Ruminococcus 2、普雷沃氏菌属Prevotellaceae UCG-004的丰度高于JR1组（P<0.05）。代谢通路富集预测分析显示,主要参与氨基酸代谢、碳水化合物代谢、消化系统、内分泌系统、环境改变、能量代谢、代谢疾病、免疫系统等。采用STAMP差异分析比较2组样品之间功能的丰度,JR2组...     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便，基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明，不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长，厚壁菌门的相对丰度逐渐增加，变形菌门的相对丰度逐渐降低；共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势，在18～22岁达最高；Beta多样性结果表明，组间差异大于组内差异，不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌，34...     

肠炎沙门氏菌攻毒对SPF雏鸡粪便微生物区系的影响

试验旨在探究肠炎沙门氏菌攻毒对SPF雏鸡粪便微生物区系的影响。选择1日龄SPF雏鸡24只,随机分为2组,每组12只。在4日龄处理组口服107CFU肠炎沙门氏菌(ATCC13076)攻毒,对照组口服等量PBS溶液。试验期22 d。结果显示:(1)处理组SPF鸡的存活率为75%,对照组全部存活,期间两组鸡的体重无显著性差异;(2)OTU水平上,相同日龄两组鸡粪便菌群的丰富度相近,中期处理组粪便菌群多样性更高(P0.05),后期对照组菌群稳定性更高,而且攻毒对SPF鸡粪便菌群的影响随日龄增加而减弱;(3)在属水平上,与对照组相比,处理组Bacteroides(拟杆菌门)、Enterococcus (肠球菌属)和Aeriscardovia (卡多维亚氏菌属)的相对丰度明显升高(P0.05);Lactobacillus(乳杆菌属)、Alistipes(另枝菌属)、Faecalibacterium(粪杆菌属)、Romboutsia(罗姆布茨菌属)和Ruminococcaceae_UCG_005(瘤胃球菌UCG_005)的相对丰度明显降低(P0.05);(4)KEGG分析显示攻毒影响了菌群参与的多个代谢通路。综上,肠炎沙门氏菌感染影响了SPF雏鸡粪便菌群的结构组成、稳定性及菌群参与的代谢通路。Bacteroides(拟杆菌门)、Lactobacillus(乳杆菌属)等差异菌属可能对SPF雏鸡抵抗沙门氏菌入侵起到积极作用。     

仔猪不同发育阶段结肠微生物菌群特征分析

旨在通过高通量测序技术比较马身猪与晋汾白猪不同生长发育阶段结肠微生物菌群结构与特征的差异。本研究以马身猪和晋汾白猪为试验对象,分别在仔猪1、28和70日龄3个阶段随机挑选体重相近的3头公猪,采用16S rRNA高通量测序技术对结肠微生物多样性进行研究。通过菌群分类学分析发现,两个品种仔猪肠道微生物分布于15个门、28个纲、59个目、100个科、290个属。厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门,平均所占比例分别为49.03%、31.94%。仔猪刚出生时品种间肠道微生物多样性差异不显著,随着仔猪生长发育,各品种微生物多样性出现极显著升高,在晋汾白猪仔猪保育阶段(28～70 d)基本趋于稳定。两品种仔猪不同阶段的特异菌群随着日龄增加出现显著差异。关联分析发现,肠道菌群与血清中内毒素(LPS)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)浓度之间存在显著相关性(P0.05),而与二胺氧化酶(DAO)和D-乳酸(D-LA)浓度相关性不显著(P0.05)。不同品种间,与LPS、TNF-α、IL-6显著相关的结肠微生物菌群存在差异。综上表明,仔猪结肠微生物菌群结构与组成在不同品种、不同生长发育阶段均存在显著差异,对仔猪免疫性能具有重要作用。     

养殖黑斑蛙肠道微生物结构与功能分析

利用高通量测序方法对养殖黑斑蛙(Rana nigromaculata Howell)前肠、中肠和后肠微生物结构和功能进行分析。结果表明:黑斑蛙肠道核心菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)。拟杆菌属(Bacteroides)、不动杆菌属(Acinetobacter)、支原菌属(Mycoplasma)和叶杆菌属(Phyllobacterium)是优势菌属。肠道中存在不动杆菌属(Acinetobacter)、气单胞菌属(Aermonas)、黄杆菌属(Flavobacterium)等潜在致病菌和芽胞杆菌(Bacillus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)等潜在益生菌。比较发现,前肠和中肠微生物丰度和多样性均显著高于后肠,且在门和属水平菌群结构差异明显;前肠和中肠微生物功能相似,与脂代谢、氨基酸代谢、外源物质降解和代谢等代谢关联微生物丰度较高,而后肠中与碳水化合物代谢、多糖合成和代谢、辅因子和维他命代谢等关联微生物丰度较高,并且后肠中与信号转导、环境适应、免疫、膜转运、基因信息处理等关联微生物丰度高于前肠和中肠。