首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到16条相似文献,搜索用时 140 毫秒
1.
旨在研究猪RXRB基因多态性位点,并筛选与猪生长育肥和繁殖性状显著相关的SNPs,为种猪的遗传改良提供新的遗传标记位点。本研究通过采集962头健康大白猪(美系大白459头,法系大白503头)的血液DNA,利用直接测序法和PCR-RFLP技术分别检测两个品系大白猪RXRB基因SNP位点,并进行遗传多态性分析。利用SAS 8.0软件中的混合线性模型(Mixed)对RXRB基因SNP位点与表型性状值进行关联分析。利用Haploview 4.2软件对RXRB基因SNP位点进行连锁不平衡分析。结果显示,在两个品系大白猪群中共检测到10个SNPs,其中,美系大白有5个SNPs,法系大白有5个SNPs。经X2适合性检验,该10个SNPs在大白猪群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,rs340542491、rs330162688和rs326226767与达100 kg体重日龄达到显著相关(P<0.05);rs340542491、rs330162688、rs336609453和rs332169586与活体背膘厚达到显著相关(P<0.05);rs340542491、rs325538588、rs691889709和rs323107853与初生重达到显著相关(P<0.05);在体长中,仅rs324141460的GA基因型个体显著大于GG基因型(P<0.05);rs325538588和rs80789331与眼肌面积达到显著相关(P<0.05);在乳头数中,rs340542491和rs330162688与左乳头数达到极显著相关(P<0.01),rs324141460与左、右乳头数达到极显著相关(P<0.01),rs336609453和rs332169586与右乳头数达到显著相关(P<0.05)。连锁不平衡分析结果显示,在美系大白中,rs326226767-rs325538588处于强连锁不平衡状态(D’=0.96,r2=0.91>0.33),rs330162688-rs324141460处于完全连锁状态(D’=1),rs324141460-rs340542491处于完全连锁状态(D’=1),单倍型组合关联分析结果与单个SNP关联分析结果一致,单倍型组合与达100 kg体重日龄、活体背膘厚、初生重和乳头数等性状存在极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)相关;在法系大白中,rs691889709-rs323107853处于完美连锁状态(D’=1,r2=1),单倍型组合关联分析结果显示,单倍型组合与体长和乳头数达到极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)相关。以上结果提示,RXRB基因内的10个SNPs可以作为猪育种改良的分子标记,同时对深入研究该基因功能具有一定的参考意义。  相似文献   

2.
为探讨猪DHRS4基因在骨骼肌中的表达及其与生长性状的相关性,本研究分析了DHRS4基因在长白猪出生后30、180和300 d不同类型骨骼肌中的表达,并在蓝思白猪资源群体中筛选DHRS4基因的多态性位点,进一步通过Sequenom SNP分型技术对DHRS4基因进行基因分型,分析了DHRS4基因多态性位点与猪生长性状(料重比、平均日增重和平均背膘厚)的相关性。结果显示,DHRS4基因在30、180和300 d长白猪的胸肌、腿肌和背肌中均有表达,在胸肌和腿肌中,DHRS4基因在30 d的表达显著或极显著高于180和300 d(P<0.05;P<0.01),而在背肌的不同发育时期中,其表达水平没有显著差异(P>0.05)。此外,本研究在蓝思白猪资源群体中找到了3个位于DHRS4基因上的单核苷酸多态性位点:rs334250151、rs342446613和rs326982309。关联分析结果表明,rs334250151位点与料重比呈显著相关,该位点AA基因型个体的料重比显著低于TT基因型个体(P<0.05)。研究揭示,DHRS4基因可能参与猪的骨骼肌发育,rs334250151位点可以作为一个新的分子标记应用于猪生长性状的遗传改良中。  相似文献   

3.
【目的】 试验旨在研究肌球蛋白重链3(myosin heavy chain 3,MYH3)和肌球蛋白重链13(myosin heavy chain 13,MYH13)基因遗传变异对猪肉质性状的影响。【方法】 利用北京黑猪背最长肌样本进行肉质性状(肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)、水分、滴水损失、酸碱度(pH)、肉色L*值、肉色a*值和肉色b*值)表型数据的测定。利用PCR和Sanger测序技术对MYH3和MYH13基因启动子区和CDS区进行基因分型。将性别、场、日龄作为协变量,采用协方差分析,确定与猪肉质性状相关的SNPs,利用实时荧光定量PCR检测基因表达水平。【结果】 试验共筛选到9个SNPs,其中MYH3基因CDS区有1个错义突变(c.5782 G>C)与IMF显著相关(P<0.05),且MYH3基因表达水平与IMF呈正相关;MYH13基因CDS区有4个SNPs,其中2个(c.1923 G>A、c.1308 G>A)与肉色a*值显著相关,1个(c.963 G>A)与滴水损失显著相关,1个(c.237 G>T)与肉色L*值显著相关(P<0.05);MYH13基因启动子区有4个SNPs,其中2个(rs699287502、rs318639161)与肉色L*值显著相关,2个(rs321315318、rs330770991)与滴水损失显著相关(P<0.05),且MYH13基因表达水平与滴水损失呈负相关。【结论】 MYH3基因有1个SNP与IMF显著相关,且其基因表达水平与IMF呈正相关。MYH13基因中存在3个SNPs与滴水损失显著相关,且该基因启动子区2个SNPs基因表达水平与滴水损失呈负相关;3个SNPs与肉色L*值显著相关;2个SNPs与肉色a*值显著相关。以上SNPs均可作为影响北京黑猪肉质性状的候选基因功能位点。  相似文献   

4.
旨在研究上游远端元件结合蛋白3(far upstream element binding protein 3,FUBP3)及泛素特异性蛋白酶43(ubiquitin specific protease 43,USP43)基因多态性与北京黑猪眼肌面积性状的关系,从而在分子水平指导北京黑猪的育种工作。本研究选取408头北京黑猪收集眼肌面积性状数据并采集肉样提取DNA,根据FUBP3和USP43基因序列设计43对引物进行PCR扩增及测序,运用DNAstar软件分析测序结果,对FUBP3和USP43基因不同基因型与北京黑猪眼肌面积性状进行关联分析并运用荧光定量PCR对两基因进行基因表达差异分析。在FUBP3基因启动子区共有8个突变,其中rs701769847G>A与5~6肋眼肌面积和最后肋眼肌面积均关联显著(P<0.05),rs332131528C>G仅与5~6肋眼肌面积关联显著(P<0.05),rs325550799T>C、rs339464012T>C和rs326069041T>C只与最后肋眼肌面积关联显著(P<0.05);基因表达差异分析表明,rs701769847G>A位点GG型个体的FUBP3基因mRNA水平显著低于AA型个体(P<0.05)。USP43基因启动子区的rs335310752C>T和剪切区的rs323463345G>A均只与最后肋眼肌面积关联显著(P<0.05)。基因表达差异分析表明,rs323463345G>A中GG型个体和AA型个体的USP43基因mRNA水平差异不显著。上述两基因中共有两个位点与5~6肋眼肌面积性状关联显著(P<0.05),6个位点与最后肋眼肌面积性状关联显著(P<0.05),可以作为北京黑猪眼肌面积性状变异的候选基因功能位点,也可以作为潜在的眼肌面积性状分子标记。  相似文献   

5.
试验旨在寻找与猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的分子标记,为猪繁殖性状的遗传改良提供依据。在课题组前期进行的猪全基因组清扫分析的基础上,选定猪3号染色体上的2个SNPs位点(rs338309012和rs335824784),利用目标序列捕获测序分型技术,在丹系大白猪和美系大白猪群中对这2个SNPs位点与猪产仔性状(包括总产仔数、产活仔数、死胎及木乃伊胎数等)及窝内仔猪初生重整齐度进行关联分析。结果显示,rs338309012位点与总产仔数、木乃伊胎数显著关联(P<0.05),AC基因型母猪的总产仔数、木乃伊胎数均显著高于CC基因型(P<0.05);rs335824784位点与有效活仔数、木乃伊胎数显著关联(P<0.05),与产活仔数和死胎数极显著关联(P<0.01),不同基因型对产活仔数和有效活仔数的影响为GG > CG > CC,与之相反,对窝内仔猪初生重的变异系数、死胎及木乃伊胎数的影响为GG < CG < CC。因此,rs335824784位点GG基因型猪不仅产活仔数多,而且窝内仔猪初生重整齐,死胎和木乃伊胎数低,可以作为提高猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度的分子标记。  相似文献   

6.
【目的】探究黔北麻羊黑素皮质素受体-4(melanocortin receptor-4,MC4R)基因多态性及其与生长性状的关联性,为黔北麻羊的选种选育提供理论依据。【方法】选取196只6月龄黔北麻羊,利用DNA混合池结合Sanger测序筛选MC4R基因单核苷酸多态性(SNP)位点,并采用SPSS 22.0软件中的一般线性模型(GLM)对MC4R基因SNP位点与黔北麻羊生长性状进行关联分析。【结果】在黔北麻羊MC4R基因中发现4个SNPs位点:g.59345469 C>A和g.59346773 T>C位点分别位于5'-和3'-端非编码区(UTR);g.59345871 A>C位点突变导致第37位天冬氨酸(Asp)变为丙氨酸(Ala),引起RNA二级结构及蛋白质二级结构、三级结构发生明显改变;g.59346263 A>G位点突变导致第168位异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val),对RNA二级结构和蛋白质二级结构有明显影响。关联分析结果显示,g.59345469 C>A位点对黔北麻羊体重、胸围和管围均有显著影响(P<0.05);g.59345871 A>C位点对黔北麻羊体重、体高、管围和胸围均有显著影响(P<0.05);g.59346263 A>G位点对黔北麻羊体高、体重和胸围均有显著影响(P<0.05);g.59346773 T>C位点对黔北麻羊体重和胸围均有显著影响(P<0.05)。4个SNPs位点联合共检测到9种单倍型和21种双倍型,其联合对黔北麻羊体重、体高、胸围和管围均产生显著遗传效应(P<0.05),纯合双倍型H5H5(AAAAGGCC)个体的生长性状优于其他双倍型。【结论】黔北麻羊MC4R基因存在4个SNPs位点,与黔北麻羊体重和胸围均存在显著关联,可作为黔北麻羊体重和胸围的遗传标记用于分子育种。  相似文献   

7.
试验旨在探究晋汾白猪载脂蛋白A5(apolipoprotein A5,ApoA5)基因的单倍型与体重和肉质性状的相关性。选取180头晋汾白猪为研究群体,利用PCR技术检测ApoA5基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),并采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡程度;筛选非完全连锁的SNP位点,构建不同的ApoA5基因单倍型,统计不同单倍型的基因频率,并通过SPSS软件分析不同ApoA5基因单倍型与晋汾白猪体重和肉质性状的相关性,鉴定优良性状的ApoA5基因单倍型。结果显示,晋汾白猪ApoA5基因共检测到21个SNPs位点,其中5个完全连锁单倍型块,分别包含5、2、3、4和2个SNPs位点;另外10个非完全连锁的标签SNP组合成不同的ApoA5基因单倍型,其中Hap 1的基因频率最高,达到46.7%,远高于其他单倍型;ApoA5基因单倍型与晋汾白猪的初生重、断奶重、6月龄体重、肌内脂肪含量、剪切力和滴水损失均具有明显的相关性,而与pH24 h没有明显的相关性;ApoA5基因Hap 11晋汾白猪的初生重、断奶重、6月龄体重和肌内脂肪含量均最高,且剪切力最低,滴水损失也相对较低;Hap 6的初生重最低;Hap 2的断奶重和6月龄体重均最低;Hap 3的肌内脂肪含量最低,剪切力最高;Hap 10的滴水损失最高。晋汾白猪ApoA5基因Hap 11属于优良性状单倍型,是一个具有优良性状的分子标记,可以用于晋汾白猪的分子育种,提高选种效率。  相似文献   

8.
本实验旨在探究猪丝裂原活化蛋白激酶激酶6(Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase 6,MAP2K6)多态性与猪重要经济性状的关系,为猪育种提供新的标记资源。实验选用法系大白猪为研究对象,采用质谱技术对猪MAP2K6基因的SNPs位点进行基因分型,同时利用线性混合模型分析单个标记位点与猪重要经济性状的相关性,共检测出4个SNPs,通过与生长育肥和乳头数性状的关联分析表明,rs345304630(SNP1)、rs325278117(SNP2)和rs332017877(SNP3)与达100 kg体重日龄和右乳头数显著相关,rs325752048(SNP4)与眼肌面积显著相关;连锁不平衡结果表明,MAP2K6基因SNP1、SNP2和SNP3处于强连锁不平衡状态。结果提示,在育种进程中,通过对优质基因型的选择来缩短母猪达100 kg体重日龄,增加母猪的泌乳和带仔能力,对提高哺乳仔猪的存活率和断奶重具有重要意义,也可为猪生长育肥和乳头数性状的分子标记的挖掘和利用提供一定的理论依据。  相似文献   

9.
实验旨在挖掘大白猪磷酸甘油酸变位酶2(PGAM2)基因单核苷酸多态位点(SNPs),分析遗传多样性、连锁不平衡程度及其不同基因型与生长、繁殖性状的相关性。选取大白母猪316头,提取DNA,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定PGAM2基因SNPs位点。采用多重PCR靶向基因捕获技术对每个个体进行目标SNPs位点分型,并分别与大白猪初产和经产的总产仔数、产活仔数、木乃伊数和死胎数进行关联分析,与大白猪生长性状的达100 kg日龄、达100 kg背膘厚、达100 kg眼肌厚和初生重进行关联分析。共鉴定出5个突变位点,均为已知SNP,其中rs331014516和rs346188790位点为稀有突变,不适合用作分子标记;所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);rs331014516与rs346188790完全连锁,rs80977507与rs80902904完全连锁且与rs343549757强连锁;rs80977507及其完全连锁位点与初产母猪总产仔数、产活仔数显著相关;rs343549757位点与大白猪经产死胎数显著相关。这5个位点的基因型与大白猪达100 ...  相似文献   

10.
为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点(rs268286450、rs268286391和rs268244272),采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28 498 787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30 971 277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2 707 491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量(PIC)分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.01),而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著(P<0.01),与CC基因型差异不显著(P>0.05),TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著(P>0.05),TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著(P>0.05),rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关(P<0.05)。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。  相似文献   

11.
[目的] 试验旨在探讨复合植物提取物对育肥期苏姜猪胴体性状、肌肉品质及血清指标的影响。[方法] 将200头120日龄、体重55 kg的健康苏姜猪阉公猪随机分为5组,每组4个重复,每个重复10头。对照组饲喂玉米-豆粕型基础饲粮,试验A、B、C、D组分别在基础饲粮中添加100、200、300、400 mg/kg植物提取物(由杜仲、女贞子、五味子按4:3:1混合提取,提取物的主要活性成分为绿原酸、齐墩果酸和木脂素等)。试验预试期7 d,正试期45 d。试验结束后采血并屠宰,测定胴体性状、肌肉成分、肉品质、血清生化指标、抗氧化指标及免疫指标。[结果] B和C组平均背膘厚显著低于对照组(P<0.05),B组眼肌面积显著高于对照组和A组(P<0.05)。各组间粗蛋白质、粗脂肪、粗灰分等常规肌肉成分均无显著差异(P>0.05)。试验B组大理石纹评分显著高于对照组、A和C组(P<0.05)。B和D组肉色评分显著高于对照组(P<0.05)。B组肌肉红度显著高于对照组和A组(P<0.05)。B组血清总蛋白含量显著高于对照组(P<0.05)。D组血清白蛋白含量显著高于对照组(P<0.05)。A和D组血清MDA含量显著低于对照组(P<0.05)。B组IgA含量显著高于对照组与A组(P<0.05)。其他指标各组间差异均不显著(P>0.05)。[结论] 在苏姜猪育肥期基础饲粮中添加200 mg/kg复合植物提取物有利于改善胴体性状、肌肉品质及血清生化指标,可在苏姜猪的生产中加以应用。  相似文献   

12.
【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...  相似文献   

13.
旨在探讨DKK3和CCR1基因多态性及其对北京黑猪背膘厚的影响,以期能够筛选出可用于提高北京黑猪背膘厚性状的分子标记,为北京黑猪优良性状定向选育提供依据。本研究以413头健康的北京黑猪为试验材料,对其进行DNA提取、PCR扩增、基因测序筛选候选基因的SNPs,同时利用SAS 9.2软件对突变位点的不同基因型分别与北京黑猪的六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚进行关联分析。结果显示,在北京黑猪DKK3基因的外显子区共检测到10个SNPs,包含1个可变剪切突变、1个错义突变和8个3'UTR突变,其中有4个3'UTR突变位点均与腰荐部背膘厚显著关联(P<0.05),分别为g.47443779 T>C、g.47444258 C>T、g.47444912 G>T和g.47445304 T>C,其余位点与六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚均不显著关联(P>0.05)。在CCR1基因的外显子区共检测到3个SNPs,包含2个同义突变和1个错义突变,其中1个同义突变位点g.29229037 G>A与六七肋背膘厚显著关联(P<0.05)。对DKK3的10个SNPs进行连锁不平衡分析,结果显示,g.47443779 T>C和g.47443783 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47443783 C>T和g.47443858 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47444258 C>T和g.47444275 C>T呈现高度连锁状态(D’=0.98)。综上所述,DKK3和CCR1基因的SNPs分别与北京黑猪的腰荐部背膘厚和六七肋背膘厚有显著关联性,可为北京黑猪背膘厚的早期分子选育提供参考。  相似文献   

14.
为探究寡腺苷酸合成酶1(oligoadenylate synthase 1,OAS1)基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点(G110C),存在3种基因型:GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点(C176T),存在3种基因型:CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点(C145T),存在3种基因型:CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点(G166A),存在3种基因型:GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点(A206G),存在3种基因型:AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态(0.25<PIC<0.5)。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体(P<0.05);C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体(P<0.05);C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体(P<0.05);G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体(P<0.05);A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体(P<0.05)。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。  相似文献   

15.
为探究藏猪和大约克猪肌节线粒体肌酸激酶2(creatine kinase,mitochondrial 2,CKMT2)基因多态性位点及其在各组织中的表达差异,试验采用Sanger测序法对藏猪(50头)和大约克猪(60头)CKMT2基因起始密码子上游1 000 bp区域进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)筛选与基因分型;180日龄藏猪和大约克猪(各10头)屠宰后分别采集心脏、背脂和背最长肌组织,采用实时荧光定量PCR技术检测CKMT2基因在各组织中的表达水平。结果显示,在CKMT2基因起始密码子上游1 000 bp区域,筛选到5个SNPs位点:G-357A、T-469C、G-649T、A-784G和A-953G,且藏猪与大约克猪等位基因频率差异明显。转录因子预测发现,这些SNPs位点与骨骼肌生长发育、肌肉能量代谢、抗缺氧有关。藏猪CKMT2基因在背最长肌和心脏组织中的mRNA表达量极显著高于大约克猪(P<0.01),在背脂中的mRNA表达量极显著低于大约克猪(P<0.01),推测CKMT2基因具有正向调控抗低氧和肌肉组织生成、负向调控脂肪生成的作用,该分析结果与藏猪和大约克猪的品种特性相吻合。本试验结果为进一步探索猪生长发育、脂肪沉积和低氧适应性提供了一定的新思路。  相似文献   

16.
设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号