湖羊PLAG1基因5'调控区多态性及其与早期体重的关联分析

旨在克隆湖羊PLAG1基因5'调控区序列,明确PLAG1基因5'调控区多态性与湖羊早期体重的关系,寻找用于湖羊生长性状辅助选择的分子标记。本研究利用5'RACE技术鉴定PLAG1基因转录起始位点,以456只断奶湖羊为对象,利用测序法筛选PLAG1 5'调控区SNP位点,使用SPSS 18.0软件分析不同基因型对湖羊初生体重和断奶体重的影响。结果表明,PLAG1基因转录起始位点均位于g.30535位点,测序发现,PLAG1基因5'调控序列存在15个SNPs位点,在湖羊群体中均有3种基因型,均处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析发现,g.28888A>T位点AA型、g.28901G>T位点GG型、g.30802C>T位点CC型、g.30825A>G位点AA型的初生体重均显著大于相应的杂合基因型（P<0.05）,g.30737T>C位点CC型断奶体重显著小于TC型（P<0.05）。连锁分析发现,g.28888A>T、g.28901G>T、g.28913T>A、g.29717G>C、g.29724A>C、g.29725G>A、g.29768T>C、g.29771A>G、g.30141T>A、g.30144A>G、g.30691C>A、g.30694A>T、g.30737T>C、g.30802C>T、g.30825A>G,15个位点连锁且有18种单倍型。将样本量较多的5种单倍型与湖羊早期体重进行关联分析发现,AAGGTAGGAAGGTTAATTAACCAATCCCAA单倍型初生体重显著大于ATGTTAGCACGATCAGTAAGCAATTCCTAG单倍型（P<0.05）,断奶体重显著大于AAGGAAGGAAGGTTAATTAACCAACCCCAA单倍型（P<0.05）。上述结果表明,湖羊群体中PLAG1基因5'调控区存在15个连锁的SNPs位点,其中g.28888A>T、g.28901G>T、g.30802C>T、g.30825A>G位点与初生体重显著相关（P<0.05）,g.30737T>C位点与断奶体重显著相关（P<0.05）,AAGGTAGGAAGGTTAATTAACCAATCCCAA单倍型与初生体重和断奶体重显著相关（P<0.05）,说明PLAG1基因可作为湖羊生长性状选择的候选遗传标记。     

大白猪ENO3基因多态性及其与生长性状的关联分析

[目的] 挖掘大白猪β-烯醇化酶（β-enolase,ENO3）基因单核苷酸多态性（SNP）位点,分析SNP间的连锁不平衡程度及其与生长性状的相关性。[方法] 选取大白母猪316头,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定ENO3基因SNP位点。采用GenoPlexs分型技术对每个个体的目标SNP位点进行基因分型,并与大白猪体重达100 kg时的日增重、日龄、背膘厚、眼肌面积和眼肌厚进行连锁不平衡和关联分析,探究ENO3基因SNP与大白猪生长性状的相关性。[结果] 共鉴定出9个SNPs位点,均为已知SNPs,其中rs196953768与rs324943047、rs345530479、rs329283992完全连锁（D'=1,r²=1）,与rs342598032呈强连锁（D'=1,r²=0.99）;rs327882211与rs341541240、rs325279236呈强连锁（D'=1,r²>0.7）。ENO3基因rs196953768及完全连锁位点与大白猪体重达100 kg时的日龄和日增重均呈显著相关（P<0.05）;rs327882211和rs341541240位点与体重达100 kg时的眼肌面积和眼肌厚均呈显著相关（P<0.05）;rs325279236与体重达100 kg时的眼肌面积呈显著相关（P<0.05）;rs786427749和rs342598032位点与上述各性状的相关性均不显著（P>0.05）。[结论] 本研究共鉴定出9个SNPs,4个完全连锁的SNPs;筛选到7个与生产性状显著相关的SNPs,为大白猪的分子标记辅助选育提供了参考数据。     

松辽黑猪NR5A2基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在探究松辽黑猪NR5A2基因多态性及其与繁殖性状的关联性。选取130头松辽黑猪作为研究对象,利用PCR直接测序法查找NR5A2基因6个外显子的SNP位点,通过HRM分型技术分析SNP位点的多态性,使用SPSS 19.0软件分析NR5A2基因SNP位点多态性与母猪总产仔数、产活仔数、仔猪初生重、3周龄重、断奶重及断奶仔猪数、乳头数的关联性。结果显示,松辽黑猪NR5A2基因第6外显子上存在1个SNP位点（C99T）,检测到3种基因型：CC、CT和TT。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,该SNP位点在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）,但C/T突变位点杂合度相对较低,在松辽黑猪群体中的变异较小,属于中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联性分析结果表明,在NR5A2基因C99T位点上,CC基因型个体的总产仔数、产活仔数及断奶仔猪数均最高,且显著高于TT基因型（P<0.05）,产活仔数及断奶仔猪数均显著高于CT基因型（P<0.05）;各基因型仔猪初生重、3周龄重、断奶重及乳头数均无显著差异（P>0.05）。综上所述,NR5A2基因第6外显子存在突变位点C99T,与松辽黑猪产仔数存在显著关联性,但该突变位点能否作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,需要对更大的群体进行进一步研究。     

猪RXRB基因SNPs检测及其与生长育肥和繁殖性状的关联分析

旨在研究猪RXRB基因多态性位点,并筛选与猪生长育肥和繁殖性状显著相关的SNPs,为种猪的遗传改良提供新的遗传标记位点。本研究通过采集962头健康大白猪（美系大白459头,法系大白503头）的血液DNA,利用直接测序法和PCR-RFLP技术分别检测两个品系大白猪RXRB基因SNP位点,并进行遗传多态性分析。利用SAS 8.0软件中的混合线性模型（Mixed）对RXRB基因SNP位点与表型性状值进行关联分析。利用Haploview 4.2软件对RXRB基因SNP位点进行连锁不平衡分析。结果显示,在两个品系大白猪群中共检测到10个SNPs,其中,美系大白有5个SNPs,法系大白有5个SNPs。经X²适合性检验,该10个SNPs在大白猪群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,rs340542491、rs330162688和rs326226767与达100 kg体重日龄达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs330162688、rs336609453和rs332169586与活体背膘厚达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs325538588、rs691889709和rs323107853与初生重达到显著相关（P<0.05）;在体长中,仅rs324141460的GA基因型个体显著大于GG基因型（P<0.05）;rs325538588和rs80789331与眼肌面积达到显著相关（P<0.05）;在乳头数中,rs340542491和rs330162688与左乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs324141460与左、右乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs336609453和rs332169586与右乳头数达到显著相关（P<0.05）。连锁不平衡分析结果显示,在美系大白中,rs326226767-rs325538588处于强连锁不平衡状态（D’=0.96,r²=0.91>0.33）,rs330162688-rs324141460处于完全连锁状态（D’=1）,rs324141460-rs340542491处于完全连锁状态（D’=1）,单倍型组合关联分析结果与单个SNP关联分析结果一致,单倍型组合与达100 kg体重日龄、活体背膘厚、初生重和乳头数等性状存在极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关;在法系大白中,rs691889709-rs323107853处于完美连锁状态（D’=1,r²=1）,单倍型组合关联分析结果显示,单倍型组合与体长和乳头数达到极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关。以上结果提示,RXRB基因内的10个SNPs可以作为猪育种改良的分子标记,同时对深入研究该基因功能具有一定的参考意义。     

京星黄鸡白细胞介素-2基因与H/L的关联分析

本研究选用鸡白细胞介素2(interleukin-2,IL-2)基因作为影响鸡免疫性状的候选基因。以京星黄鸡为研究对象,采用直接测序方法对IL-2基因的5个SNPs位点的基因型频率和等位基因频率、单倍型及其对异噬性粒细胞/淋巴细胞(H/L)指标的影响进行了研究。结果表明,所有位点在试验群体中都处于Hardy-Weinberg平衡状态,5个SNPs位点的多态性都较低,只检测到两种基因型,且纯合基因型为优势等位基因。连锁不平衡分析表明SNP1和SNP2处于完美连锁状态,SNP3、SNP4和SNP5也处于完美连锁状态。单倍型分析结果表明,京星黄鸡试验群体中共检测到4种单倍型,其中单倍型Hap1 (TGACT)为优势单倍型。最小二乘分析结果表明,这5个SNPs位点不同基因型及单倍型组合对H/L的影响没有显著差异(P> 0.05)。这些结果提示以后的研究需要关注IL-2基因其他位置的SNP位点以及与更多免疫指标之间的关系,以更深入地了解IL-2在鸡免疫系统中的作用。     

晋汾白猪母猪繁殖性状的研究

为了研究晋汾白猪母猪的繁殖性状,试验对晋汾白猪1~6胎的繁殖性状指标进行跟踪统计,并与大白猪、长白猪和山西省常见的猪种及组合的繁殖性状进行对比分析。结果表明:晋汾白猪总产仔数、产活仔数、初生窝重、28日龄断奶头数、28日龄断奶窝重2~5胎与1胎之间差异极显著(P0.01),经产母猪3~5胎表现较好,尤其第4胎表现最好;晋汾白猪繁殖性状与国外大白猪、长白猪相比1~2胎差异不明显,3~5胎较外种猪多1~2头;晋汾白猪与山西省常见的猪种及组合相比,初产母猪平均产仔数表现次之,不如大汉梅母本系,但经产母猪平均产仔数晋汾白猪表现最好,极显著高于山西黑猪和长大组合(P0.01);晋汾白猪的初产平均个体重表现最好,经产平均个体重方面次之。综合各项指标分析,晋汾白猪母猪繁殖性状不论与外种猪相比还是与其他优秀组合相比都表现出独特的优势。     

陆川猪和大白猪胰岛素样生长因子2基因对生长性状的效应分析

试验旨在探讨陆川猪和大白猪胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor-2,IGF2)基因多态性与生长性状的关系,以期为猪生产性状标记辅助选择侯选基因的选择提供理论依据。采用PCR-SSCP技术,在陆川猪和大白猪群体中检测到了1个SNP位点,并将这个SNP位点与生长性状进行关联分析。结果表明,IGF2基因对陆川猪和大白猪初生重、平均日增重影响均显著(P<0.05),对断奶重的影响在大白猪上显著(P<0.05),在陆川猪上不显著(P>0.05),可作为用于育种实践的分子遗传标记。     

GnRH基因SNPs与鹅体组成和蛋品质性状的关联分析

本实验旨在研究GnRH基因SNP位点对鹅体组成和蛋品质性状的影响,选择208只四川白鹅(母鹅),采用直接测序法检测SNP和个体基因型,并利用滑动窗口构建单倍型;分别将SNP和单倍型与体组成和蛋品质性状进行关联分析。结果表明:共获得46个SNP位点并构建44个滑动窗口;GnRH基因的SNP位点与鹅初生重、体斜长、胫长、龙骨长、胫围、蛋壳强度、蛋壳重和蛋壳厚度等性状显著或极显著相关(P0.05或P0.01),而与半潜水长、骨盆宽、胫围、蛋形指数、蛋比重、蛋黄颜色和蛋黄重等蛋品质性状无显著相关。可见,GnRH基因的SNP位点可作为鹅初生重、体斜长、胫长、龙骨长、胫围、蛋壳强度、蛋壳重和蛋壳厚度等性状的分子标记之一。     

松辽黑猪RBP4基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪视黄醇结合蛋白4（RBP4）基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取132头松辽黑猪作为研究对象,以与猪繁殖性状相关的RBP4基因为候选基因,采用PCR-HRM分析与PCR产物直接测序相结合的方法检测松辽黑猪RBP4基因部分外显子的单核苷酸多态性（SNP）,分析RBP4基因SNP与母猪总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重的关联性。结果显示,松辽黑猪RBP4基因第3、5外显子上各存在1个SNP位点,分别命名为为G45A和C170T,其中在G45A位点检测到GG、GA和AA 3种基因型,在C170T位点检测到CC和CT 2种基因型。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,RBP4基因G45A位点在松辽黑猪群体中分布较为均匀,遗传变异程度处于中等水平,偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.01）;C170T位点在松辽黑猪群体中分布不均匀,遗传变异程度较低,未偏离Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明,在RBP4基因G45A位点上,3种基因型的总产仔数及产活仔数均表现为：GG > GA > AA,其中GG基因型的总产仔数、产活仔数显著高于AA基因型（P<0.05）;GG基因型仔猪3周龄重显著低于GA基因型（P<0.05）;GG基因型仔猪断奶重显著低于GA及AA基因型（P<0.05）;各基因型在仔猪初生重及母猪乳头数上未表现出显著差异（P>0.05）。在C170T位点上,不同基因型松辽黑猪的总产仔数、产活仔数、乳头数及仔猪初生重、3周龄重、断奶重均无显著差异（P>0.05）。综上,RBP4基因G45A位点对松辽黑猪产仔数具有显著影响,但该位点是否可作为松辽黑猪产仔数相关的遗传标记,有待进一步研究;RBP4基因C170T位点可能不是松辽黑猪繁殖性状相关的突变位点,在后期工作中需扩大群体做进一步验证。     

猪骨骼肌纤维类型和能量代谢相关基因的表达特性研究

【目的】研究马身猪、晋汾白猪和杜长大猪骨骼肌肌纤维类型和能量代谢相关基因的表达特性。【方法】选取6月龄马身猪、晋汾白猪和杜长大猪,屠宰后采集背最长肌和趾长伸肌,采用HE染色检测肌纤维的直径、密度和横截面积,通过实时荧光定量PCR分别检测Ⅰ型、Ⅱa型、Ⅱb型和Ⅱx型肌纤维的标记基因(MYH7、MYH2、MYH4和MYH1),线粒体活性相关基因(ATP5A1、PGC1-α和PPARβ),电子传递链活性相关基因(UQCRC2、SDHA、NDUFA9),以及糖酵解活性相关基因(LDHA、LDHB和GK)的表达量。【结果】马身猪背最长肌肌纤维直径和横截面积均显著低于晋汾白猪和杜长大猪,而密度显著高于晋汾白猪和杜长大猪(P<0.05);马身猪和晋汾白猪趾长伸肌肌纤维直径和横截面积均显著低于杜长大猪,而密度显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌MYH7基因的表达量最高,晋汾白猪最低;马身猪和晋汾白猪趾长伸肌MYH7基因的表达量显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌和趾长伸肌MYH2基因的表达量显著高于晋汾白猪和杜长大猪,晋汾白猪趾长伸肌MYH2基因的表达量显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌MYH4基因的表达量显著低于晋汾白猪和杜长大猪,马身猪和晋汾白猪趾长伸肌MYH4基因的表达量显著低于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌中ATP5A1和PGC1-α基因的表达量均显著低于晋汾白猪和杜长大猪,晋汾白猪PGC1-α和PPARβ基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05);马身猪和晋汾白猪趾长伸肌中ATP5A1、PGC1-α和PPARβ基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05)。晋汾白猪背最长肌中UQCRC2、SDHA和NDUFA9基因的表达量均显著低于杜长大猪和马身猪(P<0.05);晋汾白猪和马身猪趾长伸肌中UQCRC2、SDHA和NDUFA9基因的表达量均显著低于杜长大猪,马身猪UQCRC2和SDHA基因的表达量均显著低于晋汾白猪(P<0.05)。晋汾白猪和马身猪背最长肌和趾长伸肌中LDHA、LDHB和GK基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05)。【结论】马身猪骨骼肌肌纤维直径和横截面积都较小,Ⅰ型和Ⅱa型肌纤维标记基因的表达量较高;杜长大猪骨骼肌Ⅱb型肌纤维标记基因的表达量较高,氧化磷酸化和糖酵解相关基因的表达量均较高。     

Correlation Analysis Between Haplotypes of ApoA5 Gene on Body Weight and Meat Quality in Jinfen White Pigs

This study was aimed to explore the correlation between the haplotypes of apolipoprotein A5 (ApoA5) gene and body weight,meat quality in Jinfen White pigs.180 Jinfen White pigs were selected,PCR was used to detect the single nucleotide polymorphism (SNP) of ApoA5 gene,and the linkage of these SNPs was analyzed by Haploview software.Non-fully linked SNPs were screened to form the haplotypes of ApoA5 gene,and the frequency of different haplotypes of ApoA5 gene were calculated.The correlation between the haplotypes of ApoA5 gene and body weight,meat quality was analyzed by SPSS software to identify the haplotypes of ApoA5 gene with excellent traits.The results showed that ApoA5 gene of Jinfen White pigs contained 21 SNPs and 5 completely linked regions which included 5,2,3,4 and 2 SNPs,respectively.Ten non-completely linked tag SNPs were selected to form the haplotypes of ApoA5 gene,Hap 1 had the highest gene frequency (46.7%).The haplotypes of ApoA5 gene had a significant correlation with the birth weight,weaning weight,6-month-old body weight,intramuscular fat content,shear force and drip loss,but no significant correlation with pH_{24 h} in Jinfen White pigs.Hap 11 of ApoA5 gene in Jinfen White pigs had the highest birth weight,weaning weight,6-month-old body weight and intramuscular fat content,the lowest shear force,and the lower drip loss.Hap 6 had the lowest birth weight.Hap 2 had the lowest weaning and 6-month-old weight.Hap 3 had the lowest intramuscular fat content and the highest shear force.Hap 10 had the highest drip loss.Hap 11 of ApoA5 gene in Jinfen White pigs had excellent traits,which could be used as a molecular marker to use in molecular breeding of Jinfen White pigs and improve the breeding efficiency.     

水貂ASIP基因单倍型检测及其皮肤组织mRNA差异表达分析

试验旨在探究鼠灰色（agouti signaling protein，ASIP）基因单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs）形成的单倍型及皮肤组织差异表达mRNA对水貂被毛色素沉积的影响。通过PCR扩增、Sanger测序技术对金州黑水貂、红眼白水貂和名威银蓝水貂ASIP基因进行SNPs单倍型检测分析，利用实时荧光定量PCR技术检测3种毛色皮肤组织ASIP基因的表达量，分析单倍型及mRNA差异表达与毛色表型的相关性。结果表明，301个样本中共检测到10个SNPs，内含子2中4个SNPs （G18A、A159G、G235T、C1189T）共形成10种单倍型（Hap1~Hap10），其中Hap1（GAGC）和Hap2（GAGT）是3种不同毛色水貂群体的共享单倍型；部分内含子3中6个SNPs （C252T、A290C、G298C、A340G、T343C、T379C）形成4种单倍型（Hap1~Hap4），且Hap2（CCCGCC）是名威银蓝水貂群体的主体单倍型。5个位点（A290C、G298C、A340G、T343C、T379C）均处于完全连锁不平衡状态。实时荧光定量PCR检测显示，金州黑水貂和名威银蓝水貂ASIP基因mRNA表达量分别是红眼白水貂的1.25和0.95倍，三者间差异不显著（P>0.05）。研究结果初步提示，ASIP基因调控水貂不同毛色表型形成的分子机制可能存在差异。     

不同脱脂米糠水平日粮对苏淮猪胴体性状及肉品质的影响

旨在研究不同脱脂米糠水平日粮对苏淮猪胴体性状及肉品质的影响。选取35头初始体重为（62.9±0.8）kg的健康纯种苏淮阉公猪,随机分为5组,每组7个重复,每个重复1头猪,使用奥斯本种猪生产性能测定系统（OTSS）饲喂。对照组（CTRL）饲喂不含脱脂米糠的基础日粮,试验Ⅰ~Ⅳ组分别饲喂7%、14%、21%和28%脱脂米糠的试验日粮,5组日粮的中性洗涤纤维（NDF）水平分别为8.89%、11.80%、12.93%、14.35%和17.94%,各组日粮除纤维水平不同外,其他营养成分基本一致。试验预饲期10 d,所有猪饲喂基础日粮;正式期28 d,分别饲喂基础日粮和试验日粮。试验结束屠宰全部试验猪,测定其胴体性状（胴体重、屠宰率、胴体直长、胴体斜长、眼肌面积、平均背膘厚和皮厚）;采集肉样用于测定肉质性状（滴水损失、剪切力、熟肉率、肌内脂肪含量、pH和肉色）;采集背最长肌样品用于猪滴水损失主效基因磷酸化酶激酶γ1（phosphorylase kinase gamma1,PHKG1）表达分析。结果表明：1）日粮脱脂米糠水平对苏淮猪的胴体重、屠宰率、胴体直长、胴体斜长、眼肌面积、平均背膘厚和皮厚等胴体指标没有显著影响。2）随脱脂米糠水平的提高,苏淮猪背最长肌的滴水损失呈先降低后上升的二次曲线变化（P<0.05）,猪肉的剪切力线性降低（P<0.05）;熟肉率、pH_{24 h}随脱脂米糠水平的增加呈线性增加的趋势（P=0.061,P=0.068）;日粮脱脂米糠水平的增加有降低L_{24 h}^*的趋势（线性,P=0.085）,脱脂米糠水平对其它肉质指标均无显著影响。3）PHKG1基因的相对表达量随脱脂米糠水平的增加趋于二次方升高（P=0.085）。综上所述,日粮脱脂米糠水平对苏淮育肥猪的胴体性状无显著影响,但在日粮中适度添加脱脂米糠可降低苏淮猪猪肉的滴水损失及剪切力,改善苏淮猪猪肉品质,但其背后的机制还有待进一步深入研究。     

北京黑猪MYH3和MYH13基因多态性与肉质性状的关联分析

【目的】 试验旨在研究肌球蛋白重链3（myosin heavy chain 3，MYH3）和肌球蛋白重链13（myosin heavy chain 13，MYH13）基因遗传变异对猪肉质性状的影响。【方法】 利用北京黑猪背最长肌样本进行肉质性状（肌内脂肪（intramuscular fat，IMF）、水分、滴水损失、酸碱度（pH）、肉色L^*值、肉色a^*值和肉色b^*值）表型数据的测定。利用PCR和Sanger测序技术对MYH3和MYH13基因启动子区和CDS区进行基因分型。将性别、场、日龄作为协变量，采用协方差分析，确定与猪肉质性状相关的SNPs，利用实时荧光定量PCR检测基因表达水平。【结果】 试验共筛选到9个SNPs，其中MYH3基因CDS区有1个错义突变（c.5782 G>C）与IMF显著相关（P<0.05），且MYH3基因表达水平与IMF呈正相关；MYH13基因CDS区有4个SNPs，其中2个（c.1923 G>A、c.1308 G>A）与肉色a^*值显著相关，1个（c.963 G>A）与滴水损失显著相关，1个（c.237 G>T）与肉色L^*值显著相关（P<0.05）；MYH13基因启动子区有4个SNPs，其中2个（rs699287502、rs318639161）与肉色L^*值显著相关，2个（rs321315318、rs330770991）与滴水损失显著相关（P<0.05），且MYH13基因表达水平与滴水损失呈负相关。【结论】 MYH3基因有1个SNP与IMF显著相关，且其基因表达水平与IMF呈正相关。MYH13基因中存在3个SNPs与滴水损失显著相关，且该基因启动子区2个SNPs基因表达水平与滴水损失呈负相关；3个SNPs与肉色L^*值显著相关；2个SNPs与肉色a^*值显著相关。以上SNPs均可作为影响北京黑猪肉质性状的候选基因功能位点。     

猪肌内脂肪沉积相关基因的筛选及其表达特性分析

【目的】 通过分析马身猪和大白猪背最长肌转录组测序数据,筛选肌内脂肪沉积相关基因,并对其表达特性进行分析。【方法】 采集180日龄马身猪和大白猪背最长肌,采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析;采用GeneCards在线查询基因功能,进一步筛选与肌内脂肪沉积相关的差异基因;采用实时荧光定量PCR技术检测差异基因在2个品种猪不同组织以及肌内脂肪细胞成脂分化过程中的表达变化。【结果】 获得2个品种猪背最长肌差异表达基因共280个,其中128个表达显著上调,152个表达显著下调。GO功能富集分析注释到46个条目,其中生物过程24条,分子功能8条,细胞组分14条。KEGG通路分析显著富集到PPAR信号通路、MAPK信号通路和脂肪细胞因子信号等脂肪沉积相关通路。GeneCards功能查询获得TRAF2、DUSP1、ACOT4、NR4A1、SLC27A6、PLIN5共6个与脂肪沉积相关的基因。实时荧光定量PCR分析表明,马身猪和大白猪背最长肌中NR4A1、DUSP1、PLIN5基因表达量差异显著或极显著(P<0.05;P<0.01),TRAF2、ACOT4和SLC27A6基因表达量差异不显著(P>0.05),但表达变化趋势与测序结果一致;马身猪腹部皮下脂肪组织中NR4A1和PLIN5基因表达量极显著高于背部皮下脂肪组织(P<0.01),而大白猪背部皮下脂肪组织中NR4A1和DUSP1基因表达量极显著高于腹部皮下脂肪组织(P<0.01),PLIN5基因表达量显著高于腹部皮下脂肪组织(P<0.05)。在背部皮下脂肪组织中,NR4A1、DUSP1和PLIN5基因在大白猪中的表达量极显著高于马身猪(P<0.01);在腹部皮下脂肪组织中,NR4A1和DUSP1基因在大白猪中的表达量显著高于马身猪(P<0.05),PLIN5基因表达量在2个品种间无显著差异(P>0.05)。体外培养的猪肌内脂肪细胞分析表明,随着成脂天数的增加,NR4A1基因表达量呈下降趋势,DUSP1和PLIN5基因表达量均呈上升趋势。【结论】 本研究获得了NR4A1、DUSP1、PLIN5 3个与猪肌内脂肪沉积相关的候选基因,可为后续进一步探讨猪肌内脂肪沉积调控机制提供一定的参考。     

Study on Differences of UCP3 Gene Expression of Reciprocal Crosses F1 with Luchuan Pig and Duroc Pig

In order to breed high quality pig strain and improve the pork quality,the intramuscular fat content and the differences of UCP3 gene expression were studied in Luchuan pigs with Duroc reciprocal cross F1 and its parents Luchaun pigs.8 head of Luchuan pigs,Luchuan pigs with Duroc reciprocal cross F1 generation were respectively selected to analyze the correlation of UCP3 gene expression with intramuscular fat and eye muscle area.Expression of UCP3 mRNA in muscles of different pig breeds were measured by Real-time RT-PCR,and the eye muscle area and intramuscular fat content were measured too.The results indicated that the eye muscle area,intramuscular fat and the UCP3 gene expression were significantly different in the three groups of pigs (P<0.05).The crossbreds inherited the big body size of Duroc,and the high intramuscular fat content of Luchuan pig.The extremely significantly negative correlations were observed between UCP3 gene expression and the pig eye muscle area,the extremely significantly positive correlations were observed between UCP3 gene expression and intramuscular fat content.UCP3 gene should be the main candidate gene for fat trait research in pigs.     

陆川猪与杜洛克猪正反交F1代UCP3基因表达差异研究

为培育优质猪品系,提高猪肉品质,本试验探索了陆川猪与杜洛克猪正反交F1代及其亲本陆川猪肌内脂肪含量和UCP3基因表达差异。试验分别选取陆川猪、陆川猪与杜洛克猪正反交F1代各8头,采用实时荧光定量RT-PCR方法测定肌肉中UCP3基因mRNA在不同品种猪中的表达量,并测定眼肌面积和肌内脂肪含量,以分析UCP3基因的表达量与脂肪和眼肌面积的相关性。结果显示,3组猪在眼肌面积、肌内脂肪含量和UCP3基因mRNA表达量上均差异显著(P<0.05),且正反交F1代均遗传了杜洛克猪体型大、陆川猪肌内脂肪含量高的优势,UCP3基因的表达量与猪眼肌面积呈极显著负相关,与肌内脂肪含量呈极显著正相关。初步推断UCP3基因可作为影响猪脂肪性状的主效基因。     

利用全基因组选择信号方法鉴别影响猪肉滴水损失的候选基因

旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss, DL)表型,计算群体滴水损失估计育种值(estimated breeding value, EBV),选择其中EBV极高(N=48)和极低(N=48)各10% 的个体进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index, Fst)和基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score, iHS)方法对苏淮猪进行全基因组选择信号检测,选择 iHS值在前5%,同时Fst值≥0.15的SNP位点作为受选择的位点,接着对受选择SNP上、下游各50 kb的区域进行基因注释,并对所有基因进行KEGG和GO富集分析,鉴别与猪滴水损失相关的候选基因。通过对芯片分型数据质控后,96个样本的51 705个有效SNPs用于后续分析。通过Fst和iHS选择信号合并分析,共筛选出175个受选择的SNPs,主要位于1、6、7、11号染色体上,其中仅有27个SNPs位于已报道的影响猪滴水损失的QTL区域上。对受选择SNP 位点附近区域进行基因注释显示,175个SNPs涉及到 73 个基因,其中多个基因被报道与肌肉发育以及细胞氧化应激等功能相关,包括PACRG、EZR、MRTFA、LCP1和VKORC1L1基因,这5个基因都是新发现的功能上与猪滴水损失有关的候选基因。选择3个位于功能候选基因上,同时又位于QTL区域内的SNPs进行苏淮猪全群分型,并与滴水损失进行关联性分析。结果发现,位于MRTFA 基因上的rs340037952位点与苏淮猪群体滴水损失存在显著关联(P<0.05),位于VKORC1L1基因上的rs320624660与苏淮猪群体滴水损失存在极显著关联(P<0.01)。本研究通过选择信号分析找到175个受选择的SNPs,基因功能注释鉴别到5个影响滴水损失的候选基因,还分别在MRTFA和VKORC1L1基因上鉴别到与苏淮猪群体的滴水损失存在显著关联的位点：rs340037952和rs320624660,为后续猪滴水损失性状的选育提供了前期基础。     

晋汾白猪生长发育性状的选育研究

晋汾白猪是以马身猪、太湖猪、长白猪和大白猪为育种素材,通过复杂杂交育种和标记辅助选择而育成的一个瘦肉型猪新品种。试验对6个世代后备猪生长发育性状的选育结果进行分析,结果发现,后备公猪6世代与0世代相比,初生重提高了0.13 kg,断奶重提高了0.56 kg,70日龄体重提高了1.69 kg,180日龄体重提高了12.46 kg,70~180日龄平均日增重提高了107.00 g,差异均显著(P<0.05);后备母猪180日龄体重6世代比0世代显著提高了10.84 kg(P<0.05)。后备公猪和母猪4、5世代的初生重、断奶重、180日龄体重和70~180日龄日增重均显著高于0世代(P<0.05)。选育结果表明,晋汾白猪的生长发育性状取得了较大的遗传进展。