松材线虫RAPD-PCR反应体系的优化与分子鉴定标记的筛选

应用随机引物S344、S356和S360比较分析了PCR热循环复性温度、Mg2+浓度和模板浓度对松材线虫基因组DNA的RAPD扩增结果的影响,旨在建立松材线虫的最佳反应体系,并以此进行松材线虫的分子鉴定标记筛选。结果表明:37℃的复性温度、3.0 mmol.L-1Mg2+、10μL反应体系中松材线虫基因组DNA模板1~25 ng是研究松材线虫RAPD特征的最佳反应体系。利用此反应体系,通过对100个随机引物的分析,获得了3条松材线虫区别于拟松材线虫的分子鉴定标记。     

病木样本松材线虫DNA检测方法研究

松材线虫是我国禁止进境的检疫性有害生物,在形态学特征上和拟松材线虫很相似。为提高12I岸木材检疫中松材线虫鉴定速度和准确性,我们开展了从含线虫木样中直接检测松材线虫的初步研究。根据松材线虫和松树内其他寄生线虫核糖体DNA的ITS区序列差异,设计了松材线虫的特异性引物对BXF／BXR,并对7个松材线虫分离物、4个拟松材线虫分离物和1个待鉴定伞滑刃线虫分离物的基因组DNA进行PCR扩增,结果从所有松材线虫分离物中都扩增到长度约为580bp的特异性条带,而其他分离物没有扩增产物出现。采用CTAB法提取含虫病木样本总基因组DNA,用引物对BXF／BXR对不同稀释梯度的DNA样品进行扩增,当含虫木样总DNA被稀释到8倍以上时,可从DNA模板中扩增出特异性条带。特异性引物对BXF／BXR检测木样中松材线虫的灵敏度可达10条线虫／100mg木样。     

运用RAPD研究松材线虫与拟松材线虫的亲缘关系

 松材线虫和拟松材线虫同属伞滑刃属(Bursaphelenchus), 两者从形态上极难区分, 但对松树的危害却有本质的差别.本文运用RAPD技术对来自日本、美国、加拿大、中国等地的18个松材线虫株系、8个拟松材线虫株系基因组 DNA 多态性进行研究.在事先优化的条件下, 从OPA, OPJ, OPK, OPL, OPM, OPN,6组共120个随机引物中, 筛选出15个扩增效果较好的随机引物(OPA03, OPJ12, OPK06, OPK07, OPK08, OPM14, OPM16,OPM17, OPM19, OPM20, OPN02, OPN06, OPN08, OPN13, OPN15), 分别用它们对上述26个松材线虫和拟松材线虫种群进行RAPD扩增, 一共扩增出165 条谱带, 其中151条为多态性谱带, 占总条带数的91.5%, 但未发现能够区分松材线虫和拟松材线虫的特征性差异谱带.     

秦岭野生蕙兰RAPD反应体系的优化

【目的】建立适宜于秦岭野生蕙兰RAPD分析的PCR反应条件,为利用RAPD技术研究秦岭野生蕙兰的遗传多样性提供技术依据。【方法】以秦岭野生蕙兰叶片为材料,采用改良CTAB法,提取野生蕙兰基因组DNA进行RAPD扩增反应。以5′-CCTTGACGCA-3′(S12)为随机引物,通过L16(45)正交试验与单因素试验2种方法,对RAPD反应体系的主要参数(Mg2+浓度、dNTPs浓度、模板DNA用量、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量)进行摸索和优化,并经过验证试验,建立适合秦岭野生蕙兰的RAPD遗传多样性分析体系。【结果】研究得到的适于秦岭野生蕙兰的RAPD遗传多样性分析体系为:25μL反应体系中,Mg2+浓度为2.5μmol/L,dNTPs浓度为0.16mmol/L,模板DNA用量为100ng,引物浓度0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.5U。各因素对RAPD反应的影响程度依次为:模板DNA用量>引物浓度>Taq DNA聚合酶用量>dNTPs浓度>Mg2+浓度。【结论】优化的秦岭野生蕙兰RAPD反应体系扩增效果比较理想,扩增条带的多态性明显、清晰度高、重复性好,可用于进一步的遗传多样性分析。     

冬枣SRAP扩增体系的优化

以冬枣为材料,采用正交设计L₉(2) 对 SRAP PCR 反应体系的2个因素（dNTP浓度、Mg²⁺浓度）在3个水平上进行优化试验。在此基础上,比较不同Taq DNA聚合酶浓度和模板DNA用量对扩增效果的影响,最终建立适合冬枣SRAP扩增体系。结果表明,SRAP PCR最佳反应体系为：在20 μL总反应体系中,含Mg²⁺ 1.80 mmol/L、dNTP 0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5 U、模板DNA 60 ng及引物0.5 μmol/L。并运用5对引物对该体系的重复性和稳定性进行验证,使结果更加科学可靠。     

樱花基因组DNA提取及RAPD反应体系的优化

为确保樱花RAPD扩增结果的稳定性和重复性,对Mg2 、dNTP、引物、模板DNA浓度、Taq酶用量、退火温度,以及PCR循环次数等影响樱花RAPD结果的重要因素进行了初步探索。试验表明,樱花RAPD扩增最适反应体系为20μl反应液中:1×PCR buffer,2.5 mmol/L MgCl2,0.15 mmol/L dNTP,1 UTaq酶,0.2μmol/L 10bp随机引物,20~30 ng模板DNA。最佳扩增程序为:94℃预变性4 min,94℃变性30 s,38℃退火30 s,72℃延伸2 min,循环40次,最后72℃延伸10 min,12℃保存。     

葡萄基因组DNA的提取及RAPD反应体系的优化

[目的]建立适合该地区部分葡萄品种RAPD扩增反应体系.[方法]采用阿克苏地区部分葡萄品种(系)为试材,采用改良的CTAB法提取葡萄基因组DNA,对影响葡萄RAPD反应的Mg2+、Taq酶、dNTPs、引物、模板DNA浓度进行优化.[结果]其最佳反应体系为:模板DNA 100 ng,dNTPs 0.1 mmol/L,Mg2+2.0 mmol/L,引物0.3 μmol/L,Taq酶1.5 U,反应体系总体积为20 μL.[结论]改良的CTAB法具有步骤少、费用低、效率高等特点,比较适用于葡萄基因组 DNA的提取.优化后的体系,扩增产物稳定,条带清晰,重复性好.     

小麦秆锈菌RAPD扩增体系的正交优化

针对RAPD扩增技术在小麦秆锈菌遗传多样性的分析研究中重复性较低的不足,对小麦秆锈菌RAPD扩增体系进行优化。以小麦秆锈菌不同的生理小种为材料,采用L16(45)正交试验设计,考察模板DNA、Mg2+、TaqDNA聚合酶、dNTPs和随机引物浓度5个因素的影响,并对退火温度和循环次数进行优化。结果表明:小麦秆锈菌RAPD扩增的较优体系为25μL体系中含1×Buffer,40ng·μL-1模板DNA,1.5mmol·L-1Mg2+,2.0U TaqDNA聚合酶,0.25mmol·L-1dNTPs,0.40μmol·L-1随机引物;适宜的退火温度为36℃,适宜的循环次数为43次。该反应体系检测多态性能力强、反应系统稳定且重复性好,可以较好地应用于小麦秆锈菌的遗传多样性分析研究。     

大血藤RAPD 条件的优化

在进行大血藤遗传多样分析时, 首先要建立大血藤RAPD 反应优化体系, 有必要就反应条件进行探索。以改进SDS 法抽提藤本药用植物大血藤叶片总DNA , 进行随机扩增多态DNA (RAPD)分析, 分别测试了镁离子、dNTP 、模板DNA 含量、引物浓度、DNA 聚合酶量和牛血清白蛋白浓度对反应结果的影响。通过各因子的组合研究, 得出大血藤RAPD 分析较适宜的扩增条件是:15 L PCR 反应体积, 1 Taq 酶配套缓冲液(10 mmolL-1 TrisHCl pH 9.0 , 50 mmolL-1 KCl , 0.1 %Triton X-100 , 1.5 mmolL-1 MgCl2);25.01 10-9mols-1 Taq 酶(上海华美公司);10 ng 模板DNA ;15 pmol 引物(上海Sangon 公司);2 gL-1 BSA ;dATP ,dCTP ,dGTP 和dTTP 各0.15 mmolL-1 。图4 表2 参8     

思茅松RAPD反应体系的优化

从思茅松幼苗的嫩叶中提取基因组DNA作为模板,运用均匀设计方法,获得思茅松RAPD扩增反应的优化体系:20μL反应体系中,DNA模板用量50ng,引物浓度0.5mmol.L-1,Mg2 浓度4mmol.L-1,TaqDNA聚合酶用量2.0U,dNTP浓度0.75mmol.L-1。用19条引物进行验证,证实该体系重复性好、结果稳定。     

伞滑刃线虫属分类研究进展

 伞滑刃属线虫是重要的寄生线虫。该属松材线虫是中国林业上一种重要的外来入侵性有害生物。随着松材线虫及其近缘种拟松材线虫对森林资源危害性的加重,该属越来越受到广泛重视。迄今报道已有63个种,其中3个种有待查考（species inquirendae）、1个种有待确认（species indeterminatae）、1个种发现地不详（species incertae sedis）、5个裸名（nomen nuda）。对松材线虫和拟松材线虫的区分至关重要。为了弥补形态鉴定的不足,还辅以PCR技术鉴别。已开发出的PCR鉴别技术有RAPD,PCR直接鉴别法、RFLP和SSCP等。     

进境木片松材线虫PCR检测方法研究

利用松材线虫rDNA内转录区（ITS）特异性引物,对泉州口岸入境木片携带的线虫基因组DNA进行特异性PCR扩增,建立一套快速准确的线虫检测鉴定方法。将该检测方法应用于泉州口岸现场检疫鉴定,结果未检测到松材线虫,与传统形态学鉴定方法结果一致。     

恩施市松材线虫病扩散规律研究

利用恩施市历年的松材线虫病除治资料,对该疫区松材线虫病的扩散趋势和发生规律进行了初步分析。结果表明：恩施市松材线虫病的发生范围随着时间的推进,发生地块逐年增多,发生程度逐年加重,发生范围逐年向外围推移。发生面积由最初的2．54km^2扩展到900．00km^2之多,疫木数量呈逐年上升趋势。由于受到山脊阻拦,南北方向的扩散速度与范围远大于东西方向。公路沿线、河流沿岸远重于地势较高的山脊等地。在该病害除治时采用皆伐的方式极易导致环境条件较差的森林群落生境片段化。该研究为恩施市松材线虫病的除治和抑制马尾松群落片段化提供了重要的理论依据。     

松材线虫伴生细菌与松材线虫的关系及致病性机理研究

松材线虫病又称松树萎蔫病,近年来成为了国内严重毁坏型病害。如何治理该病害成为了当今植物保护界研究热点,降低该病害对生产造成的损失尤为迫切,现通过对松材线虫病的危害进行分析,总结前人对松材线虫病的研究成果:分析松材线虫伴生细菌的多样性,发掘松材线虫伴生细菌与松材线虫的关系,结合国内外研究松材线虫伴生细菌的致病性机理研究,总结得出松材线虫伴生菌种较多,没有明显的专一性,结合微生物细菌研究的发展,分离和鉴定出越来越多的细菌种类;指出了松材线虫与携带细菌之间存在密切相关,毒素在松材线虫伴生细菌的致病机制中起着重要作用。     

四川松材线虫与拟松材线虫的PCR-RFLP鉴别

应用PCR-RFLP技术对来自四川省8个地方的枯死松树样品中的伞滑刃属线虫(Bursaphelenchus)群体进行了分子鉴定。结果显示来自邻水、雅安的枯死松树样本中含有松材线虫(B.xylophilus),而来自大竹和遂宁的枯死松树样本中含有拟松材线虫(B.mucronatus)。其他伞滑刃属线虫包括莱鲁尔夫伞滑刃线虫(B.rainulf)、霍夫曼伞滑刃线虫(B.hofumanni)、泰国伞滑刃线虫(B.thailandae)、变异伞滑刃线虫(B.aberrans)。本研究中选用的4种限制性内切酶(DraⅠ、SalⅠ、HhaⅠ、AluⅠ)除SalⅠ外均可对所鉴定的这6种伞滑刃属线虫产生特异性的酶切位点,从而可均有效地鉴别出松材线虫、拟松材线虫和其他4种伞滑刃属线虫,其结果可为今后这几种伞滑刃属线虫的分子鉴定提供一定的参照。     

临湘市具尾尖突松材线虫病病原的鉴定及病源分析

运用形态鉴定和实时荧光定量PCR技术,对湖南省临湘市首次发现的具尾尖突的松材线虫病病原进行了确认,并对其rDNA区的ITS区特异性扩增、测序,病源分析发现其与松材线虫(JN0803)在ITS区内同源性为99.8%.     

鸭茅RAPD分子标记反应体系优化

以鸭茅基因组DNA为模板,对RAPD反应体系中的一些重要参数进行摸索和优化实验,建立了一套鸭茅RAPD分子标记的最优化反应体系。即20μl体系中,最终浓度:Mg2+2.0mm/L,dNTP200μmol/L,Taq酶1.0U,引物浓度0.5pmol/μl,模板DNA量为60ng。     

松材线虫病对北京松树资源的威胁与对策研究

松材线虫病主要危害松属植物,具有扩散蔓延迅速、发病速度快、防治困难等特点.北京市有松材线虫的寄主植物、媒介昆虫和适宜的定殖环境,应引起高度重视.要采取措施,做好松材线虫病的预防和除治工作.     

松材线虫防治方法现状及其展望

对松材线虫的危害后果以及该病现行预防、治理方法及其存在的问题进行了概述,并结合存在的问题对松材线虫病未来防治方法的研究重点作了分析和展望。     

试论如何做好马尾松松材线虫的防控工作

松材线虫病也称松树萎蔫病,是一种由松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)引起,危害松树的毁灭性病害。