不同甜高粱种质的SSR多态性分析

利用SSR标记研究了32份甜高粱种质的遗传变异,从30对SSR引物中筛选出11对扩增产物是具有稳定多态性的引物。11对引物在供试材料中共扩增出112条带,其中多态性带91条,多态性达81．3％,每对引物扩增出5-16条,平均10．2个,每个位点的多态性信息量（PIC）变化在0．429-0．926之间,平均为0．708。32份甜高粱种质间的遗传相似系数变化范围为0．583-0．969,平均值为0．724,揭示出这32份种质的遗传基础相对比较狭窄。UPGMA聚类分析结果表明,32份供试材料在遗传相似系数0．730处被划分为三大类,HE1和HL2的亲缘关系最近,SART和L-32的亲缘关系最远。     

燕麦光周期不敏感基因的分子标记

为了寻找燕麦光周期不敏感基因的分子标记,本研究采用SSR及AFLP标记对来自加拿大和中国的22份燕麦材料进行了DNA指纹分析及光周期不敏感基因的分子标记研究。结果表明,所选6对燕麦SSR引物中有3对扩增出多态性高的条带,通过带型分析可以将所研究的多数燕麦品种区分开,所选的10对大麦SSR引物和4对小麦SSR引物在22个燕麦品种中多态性不高,不能将不同燕麦品种区分开来。同时利用AFLP标记对其中5个不同熟期的燕麦材料进行了分析,64对AFLP引物组合经选扩共获得18 240个条带,平均57条/引物组合。统计分析AFLP图谱,获得品种特异条带20条,可将各燕麦品种区分开。此外获得光周期不敏感燕麦品种特异条带2条,可作为燕麦光周期不敏感基因的相关分子标记。     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

龙生型花生中的微卫星变异研究

本研究用24份龙生型花生资源作研究材料,采用31个微卫星标记引物检测其分子水平上的遗传变异,其中13个引物能在龙生型花生基因组中扩增出多态性DNA片段.研究结果表明,在龙生型花生基因组中,一对SSR引物可扩增出2条以上的DNA片段,扩增片段数最多的是Pm36,在24份龙生型花生资源中扩增出16个大小不同的DNA片段;由这些多态性标记检测出的遗传距离,平均为0.17,最高为0.33,最低为0.03,但能区分所有的24份资源.对分子标记在花生育种和资源鉴定上的利用前景进行了分析讨论.     

利用SRAP标记分析油莎豆遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对14份不同地理来源的油莎豆资源进行分析,研究其遗传基础和遗传多样性.结果表明,38对具有多态性的SRAP引物组合共扩增出375条带,其中多态性带共306条,多态性条带比率为81.6％,平均每对引物组合的多态性条带为8.1条.UPGMA聚类分析表明,14个参试材料间的遗传距离在0.09至0.72...     

利用SRAP标记绘制中国芥菜基因源分子指纹图谱

以中国9个省份和地区的86份芥菜种质资源为供试材料,利用SRAP分子标记和DNA指纹图谱分析软件,绘制芥菜遗传资源基因组DNA指纹图谱。从270对SRAP引物中筛选出40对多态性明显、条带清晰的引物组合,对86份供试材料基因组DNA分子进行扩增,共扩增出632条谱带,其中多态性条带427条,多态性比率为67.56%,表明芥菜种质资源遗传多样性较丰富。以供试的86份芥菜种质资源的SRAP扩增条带为基础,建立供试材料扩增条带指纹数据库的Excel文件,然后利用自主开发的DNA指纹图谱软件,构建86份芥菜种质资源的DNA指纹图谱,获得了所有芥菜种质资源的分子"身份证"。结果表明,SRAP分子标记非常适合芥菜DNA指纹图谱的构建。     

广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。     

利用SSR分子标记研究花生属种间亲缘关系

以5份花生栽培种资源和花生属六个区组的19份野生种资源为研究材料，通过SSR分子标记技术分析其DNA多态性并进行聚类分析。大多数从栽培种基因组分离出的SSR引物能在野生种中扩增出DNA片段，共筛选出21对多态性SSR引物；每对引物在花生基因组中扩增出的条带数为1～13条，在供试材料中扩增出的总条带数为5～40条，平均18.1条，其中多态性条带为4～40条，平均18.0条；SSR引物的多态性指数为0.92～9.04；供试材料间的遗传距离为0.33～0.91，平均0.76。结果表明，大多数花生SSR引物为多位点引物，花生属种间种质存在丰富的DNA多态性， A. duranensis是花生栽培种（A. hypogaea L.）的野生种亲本之一，与花生区组野生种亲缘关系最近的是异形花区组，最远的是大根区组。     

芥蓝种质资源遗传多样性的SRAP分析

调查56份芥蓝种质的植物学性状,并利用SRAP标记分析其遗传多样性。结果表明,从312对引物中筛选出24对引物,共扩增出稳定清晰的条带747条,其中多态性条带147条,多态性位点比例为19.6%。基于SRAP扩增结果 ,应用NTSYSpc2.1构建聚类树状图谱,供试材料间的遗传相似系数的变化范围是0.524～0.884,在相似系数为0.66的水平上,可将56份芥蓝分为6大类。由于芥蓝原产华南地区,其遗传多样性要小于芸薹属其它蔬菜。     

SCoT分子标记技术在木薯遗传多样性分析中的应用

应用SCoT标记对不同来源的28份木薯种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明：从36条引物中筛选出19条重复性好、条带清晰的引物对28份木薯材料进行PCR扩增。共扩增出171条带,其中多态性条带123条,平均每条引物扩增多态性条带6.5条,多态性条带比率为71.9％。经NTSYS-pc2.10e软件计算分析,28份木薯种质间遗传相似系数在0.631~0.930之间。利用UPGMA法进行聚类的结果显示：在系数0.68处,木薯材料分为2大类,品种BRA354单独成为一类;在系数为0.734处,28份木薯种质资源主要聚为5大类,聚类结果与材料来源有一定相关性。SCoT标记能在木薯种质间检测出一定程度的遗传多样性,可为木薯遗传育种提供新的技术支持。     

78份杧果种质资源AFLP分析

利用AFLP标记技术对78份杧果种质进行遗传多样性分析,结果显示,9对AFLP引物共产生908个等位位点,平均每对引物产生100.89个等位位点,多态性带为794条,共产生42个特异性位点,能区分21份种质,单态带25条,缺失带17条,特异性条带比例为4.63％,多态性比例为87.44％。不同种质间的相似系数范围是0.603~0.913,平均相似系数为0.735。聚类分析结果显示,以遗传相似性系数0.726为阈值,供试的78份种质可分成5个类群。主成分分析结果将供试的78份种质可分成4个类群,通过空间距离更能直观地表现种质间关系远近。     

19个亚洲国家大麦种质材料的遗传多样性分析

为了解大麦种质材料的遗传多样性,并为合理选择育种亲本及保护与利用大麦种质资源材料提供依据,采用21对SSR荧光标记引物对来自19个亚洲国家的175份大麦种质材料进行遗传多样性分析,筛选出的19对SSR引物共检测到134个等位变异,平均每对引物检测到7.05个等位变异,其中SSR17位点对亚洲大麦基因组DNA变异检测最有效,其多态性信息含量指数(PIC)和标记指数MI均最高,分别为0.9和10.77;基于SSR数据,对19个亚洲国家175份大麦材料进行UPGMA聚类分析,结果聚为三组:组群Ⅰ共包含19个国家的161个品种;组群Ⅱ共包含4个国家的12个品种;组群Ⅲ只包括来自土库曼斯坦的2个品种。根据按国家划分的19个群体的遗传一致度数据,聚类分析可以分为3组群(其中组群1可分为4个亚组),主坐标分析可分为3个组群和7个亚组。本研究表明,聚类法和主坐标分析法结果基本吻合,均表明亚洲大麦种质资源存在丰富的变异,但主坐标分析法更精细。     

利用SSR标记分析栽培种花生多态性及亲缘关系

利用11对SSR引物对24个栽培种花生品种(包括四大类型)进行PCR扩增分析,其中4对检测到明显的多态性,共检测到33个等位基因变异,每一个位点上检测到的等位变异数为5～13个,平均为8.25个.根据扩增结果可以将24个品种中的21个相互区分.供试品种间的遗传相似系数值在0.2～1.0之间,平均为0.4788.根据UPGMA聚类分析结果显示供试品种大多数按亚种聚为两大类群(Ⅰ、Ⅱ);在两大类群下,大多数品种也基本上按类型分类.本研究结果表明,SSR在分析栽培种花生DNA多态性和遗传关系方面非常有用.     

中国不同纬度野生大豆和栽培大豆SSR分析

采用SSR分子标记技术对我国不同纬度的野生大豆（G.soja)和栽培大豆（G.max)各22份进行了多样性分析，通过对所合成的40对引物的筛选，12对引物扩增结果表明出良好的多态性，引物BARC-sat39在野生大豆和栽培大豆之间有特异谱带，表明这个SSR标记是与栽培大豆和野生大豆有关的一个等位基因位点，通过对实验结果量化后数据分析；野生大豆和栽培大豆的平均遗传距离分别为0.175和0.150，表明野生大豆的多态性比栽培大豆较为丰富，在遗传距离0.300处，野生大豆和栽培大豆被明显分为二类，与以往大豆属Soja亚属的形态学分类结果相一致，为野生大豆和栽培大豆分为二个种提供了分子水平上的证据。     

花生属不同区组种质主要植物学性状及分子特性

从主要植物学性状如主茎粗、主茎高、侧枝长、总分枝数、结果分枝数等22个性状和SSR多态性方面对花生属不同区组的19份种质资源的主要特性进行了分析。结果表明，不同种质在形态性状方面存在丰富的变异，匍匐区组的A. rigonii(G2)、花生区组的A. batizocoi（G8）和A. duranensis（G11）在形态方面具有显著区别于其他种质的特点。SSR分析结果也证实，不同野生花生种质具有多样化的分子特征，A. rigonii(G2)、A. batizocoi（G8）和A. duranensis（G11）等在形态方面具有突出特点的种质，能通过很多引物检测出来，形态性状的分析结果与SSR分析结果一致。引物10D4的检测效率很高，能鉴定19份资源中的11份。根据25对SSR引物的扩增结果，绘制了19份资源的指纹图谱。     

Large scale identification of SSR marker in perilla by next generation sequencing

Perilla frutescens (L.) is an edible, medicinal crop, and most popular in East Asia. Its molecular breeding and research are hampered by the paucity of molecular markers. Simple sequence repeat (SSR) markers are ubiquitous and widely used in eukaryotic genomes. EST-SSRs identification of perilla was performed in 116,387 reads generated by Illumina paired-end sequencing technology. In total 25,449 unigenes containing SSR and 33,867 SSR loci were identified, and 19,400 primer pairs were designed. Polymorphism of SSR primers was conducted by searching for insertions and deletions (INDELs), and 1,567 unique SSRs were predicted. Totally, 200 SSR primer pairs were selected for polymorphic validation among 23 perilla accessions. Results showed that 175 primer pairs produced amplicons, and 30 pairs exhibited polymorphism. Polymorphic ratio was higher by using INDEL method than using conventional primers. Phylogenetic analysis showed the 2 distinct groups: P. frutescens var. frutescens and P. frutescens var. crispa. Wrinkled leaf trait and seed trait were distinct between these 2 groups. However, no clear leaf color or geographic relationship was detected. The large scale development and identification of SSR marker in this research laid a foundation for genetic analysis and marker assisted breeding of cultivated perilla.     

基于SSR标记的68份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

本研究利用筛选出的10对多态性高、条带清晰的SSR引物,以海南岛68份红毛丹种质为材料,进行遗传多样性分析和SSR指纹图谱的构建。结果表明:10对引物在供试材料中共检测出20个等位位点,多态性条带比例为100%,平均多态性信息含量(PIC)为0.393;对68份红毛丹种质做聚类分析,遗传相似系数为0.290～0.664;采用引物?带型组合法构建了68份红毛丹种质的指纹图谱。该结果为今后红毛丹种质鉴定和分子育种提供重要依据。     

基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

43份茶树品种资源遗传多样性的SSR研究

采用SSR分子标记技术对43个茶树品种(系)进行了遗传多态性分析。用37对可扩增引物对43个茶树品种(系)扩增,经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,其中有34对引物产生多态性,不同引物扩增带数分布在1～11条之间,扩增片段大小介于150～350bp。应用DPS软件,进行遗传距离和相似性系数计算,43份材料遗传距离的变化范围在0.059～0.820之间,说明供试茶树资源间的遗传变异十分宽广。根据UPGMA法构建聚类树状图,在平均遗传距离水平上,可将43份材料划分为7个类群。