绿竹ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以绿竹基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验方法,对dNTPs、Mg~(2+)、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA设置7个不同浓度梯度进行研究,并对退火温度和循环次数进行筛选,建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序,并利用优化后的体系对100条ISSR引物进行筛选。最终确定的最佳反应体系为:20μL的扩增体系中,dNTPs浓度为0.2 mol/L,Mg2+浓度为2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.0 U,引物浓度为0.4μmol/L,DNA用量为50 ng,10×PCR buffer体积为2μL、剩余体积用灭菌dd H2O补全。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,(根据引物的退火温度)复性30 s,72℃延伸90 s,循环38次;72℃延伸10 min,4℃保存。以此体系为基础进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出14条扩增条带清晰、多态性较高、重复性好的引物。本研究建立了绿竹ISSR-PCR最佳反应体系并筛选出高多态性引物,为绿竹的指纹图谱、遗传多样性分析、分子育种和品种鉴定等研究提供了基础。     

花吊丝竹ISSR反应体系的建立与优化

建立关于花吊丝竹的ISSR-PCR反应体系,为花吊丝竹种质资源鉴定提供理论基础。采用单因素试验法,对影响PCR扩增效果的Mg~(2+)浓度、d NTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度及模板DNA用量等5个PCR反应体系主要成分以及退火温度和循环次数进行分析,并利用建立的优化反应体系和扩增程序对100条候选引物进行筛选。结果表明,适合花吊丝竹的ISSR-PCR反应体系为:20μL的反应液中含3.0 mmol/L Mg~(2+)、0.20 mmol/L d NTPs、1.25 U Taq DNA聚合酶、0.6μmol/L引物、10 ng模板DNA、2μL 10×Buffer、8.55μL dd H_2O。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,52.7℃退火30 s,72℃延伸90 s,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。建立的花吊丝竹的ISSR-PCR反应体系能够扩增出清晰、多态性较高的条带,且筛选出的16条引物具有高度多态性。表明该体系具有较高的稳定性、重现性和适用性。     

油橄榄ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

[目的]对油橄榄ISSR-PCR反应体系进行优化,并筛选出多态性ISSR引物。[方法]以油橄榄嫩叶片提取的基因组DNA为模板,通过单因子试验针对反应体系主要因子Mg2+、dNTPs、引物浓度及模板用量进行油橄榄ISSR-PCR反应体系优化。[结果]优化的油橄榄ISSR-PCR反应体系为:总体系20μl中含1×Taq Buffer,3.5 mmol/L Mg2+,0.4 mmol/L dNTPs,1.0μmol/L引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,52～55℃退火30 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。同时利用上述反应体系和反应程序筛选出了扩增稳定、多态性高、扩增条带清晰的ISSR引物11条。[结论]为进一步油橄榄种质资源的多样性研究和品种鉴定奠定了基础。     

应用均匀设计优化文冠果ISSR-PCR反应体系

采用均匀设计,对引物浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度和dNTP浓度4个因素分别设置5个水平,对文冠果ISSR-PCR反应体系进行优化,在此基础上对模板DNA浓度、PCR反应过程中的退火温度进行梯度检测,构建了文冠果ISSR-PCR优化反应体系,在20μL ISSR-PCR反应体系中,各因素的最佳浓度分别为:2×PCR buffer、0.2mmol·L-1 dNTP、0.3μmol·L-1引物、2.5mmol·L-1 Mg2+和0.4UTaqDNA聚合酶,进一步对扩增程序中的循环次数和退火温度,以及ISSR引物进行筛选,获得的扩增程序为:94℃预变性5min,接着进行40个循环:94℃变性35s,52~56℃退火35s,72℃延伸45s;循环结束后,72℃延伸10min。     

九节茶ISSR反应体系的建立及优化

以九节茶叶片提取的基因组DNA为材料,对影响ISSR-PCR扩增效果的一些因素,诸如dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量、退火温度以及循环次数等指标进行筛选和优化.结果表明:20μL ISSR反应体系含10×PCR Buffer、0.4 mmol.L-1dNTPs、2 UTaqDNA聚合酶、0.6μmol.μL-1引物、5 ng模板DNA;PCR扩增程序为:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,44.8℃退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环,最后于72℃延伸7 min,置4℃保存.应用该ISSR体系对10份九节茶种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.     

大头典竹ISSR反应体系建立与优化

以大头典竹叶片为材料,采用单因素分析法和正交设计直观分析法,对影响PCR扩增效果的Mg~(2+)、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA含量这5个PCR反应体系主要成分以及退火温度和循环次数进行筛选。通过研究建立了适合大头典竹的ISSR-PCR反应体系:20μL反应液中含2.5 mmol/L Mg~(2+),0.25 mmol/L dNTPs,1.25 U TaqDNA聚合酶,0.6μmol/L引物,10 ng模板DNA,2μL 10×Buffer,10.55μL ddH_2O。相应反应程序为94℃预变性5 min;94℃变性45 s,54.5℃退火30 s,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。应用建立的优化反应体系成功地筛选出16条多态性较高的引物,表明该体系具有较高稳定性、重现性、适用性,可较好地应用于大头典竹不同地理种源间的遗传多样性研究。     

金银花ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以金银花叶片基因组DNA为模板,通过单因素试验,研究了退火温度、Taq DNA聚合酶的用量及模板DNA、引物、dNZPs、Mg2 浓度等6种因素对ISSR-PCR扩增的影响,建立了适合于金银花IS-SR-PCR反应体系和扩增程序,即在20μ1反应体系中,内合1×PCR反应缓冲液(Mg2 free)、1.5U TaqDNA聚合酶、0.15mmol/L dNTPs、0.41xmo1/L 引物、1.5mmo1/L MgC12、60ng模板DNA.确定了适宜的退火温度为49.9℃.扩增程序为94℃预变性5min;35个循环为94℃变性30s,49.9℃退火30s,72℃延伸1.5min;最后72℃延伸7min,4℃保存.利用优化反应体系,从100务ISSR引物中筛选出10条稳定性和重复性高的引物;以这1O条引物对22个金银花品种基因组DNA扩增,共扩增出108条带,其中多态性条带96条.多态性条带比率为88.9%.金银花ISSR反应体系的建立为利用ISSR标记技术进行金银花品种鉴别、分类、种质资源遗传多样性分析奠定了良好基础.     

荷花ISSR-PCR反应体系的建立及优化

以荷花叶片提取的基因组DNA为材料,通过对影响ISSR-PCR扩增效果的一些因素,如dNTPs浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量以及退火温度等进行筛选和优化,确立了可用于荷花ISSR-PCR分析的最适宜的PCR反应体系:20μL PCR反应体积含0.4 mmol.L-1dNTPs、3.5 mmol.L-1Mg2+、1.5 UTaqDNA聚合酶、0.4μmol.μL-1引物、3 ng模板DNA。PCR扩增程序为:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,54.5℃退火30 s,72℃延伸1 min,45个循环,最后72℃延伸7 min,置4℃保存。应用该ISSR体系对6份荷花种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性。     

柽柳cpSSR-PCR反应体系的建立和优化

[目的]建立并优化柽柳cpSSR-PCR反应体系和反应条件。[方法]对影响PCR反应的5个变量(Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、模板DNA浓度)进行L_(16)(4~5)正交试验设计,并对引物退火温度进行梯度筛选。[结果]最优反应体系:Mg~(2+) 2.0 mmol/L、dNTPs 0.125 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.25 U、引物0.25μmol/L、模板DNA 20 ng,共10μL。反应程序:94℃预变性4 min;94℃30 s,引物退火温度30 s,72℃30 s,30个循环;72℃延伸10 min。[结论]该反应体系成功扩增1个柽柳天然群体的23个个体,为柽柳群体扩散路线的确定奠定基础。     

陕北枣ISSR反应体系的建立及其优化

以陕北地方品种枣树叶片为材料,对影响ISSR反应体系的因子进行优化,研究了TaqDNA聚合酶单位数、引物浓度及退火温度对扩增过程的影响。结果表明:在25μL ISSR反应体系中各组分为1×PCR buffer,12.9μL Easy PCR ystem,0.4μmol/L引物,DNA模板50 ng,1.5 U TaqDNA聚合酶,且退火温度为54.8℃时,PCR的扩增效果最佳;筛选出的引物序列S46重现性好、多态性明显,对11种枣树幼叶的模板DNA进行扩增都能产生清晰、稳定的特征带谱。