利用微卫星标记分析云南省10个山羊品种的遗传多样性

本研究应用微卫星标记技术,选取15个微卫星位点分析云南省10个地方山羊品种(弥勒红骨山羊、圭山山羊、马关无角山羊、师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊)以及参照群波尔山羊的遗传多样性及遗传关系。结果表明:除MCM200外,其他14个微卫星位点均属于高度多态位点;11个群体观测杂合度值(0.573～0.692)、期望杂合度值(0.608～0.696)、平均多态信息含量(0.562～0.655)均大于0.5,表明群体遗传多样性丰富;群体间遗传变异系数为0.112,处于中等以下分化程度,群体近交系数均为正值(除马关无角山羊),表明云南省地方山羊品种内都存在不同程度的近交;群体间的基因流大于1,说明品种间存在着一定程度的基因交流;基于Nei氏遗传距离计算和UPGMA聚类分析,波尔山羊与10个云南地方山羊品种亲缘关系较远,单独为一支;10个云南地方山羊品种分为2个类群,弥勒红骨山羊、圭山山羊和马关无角山羊聚为一支,师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊聚为一支。     

西南地区5个山羊遗传新资源的遗传多样性和亲缘关系分析

为研究新批准的西南地区5个山羊遗传资源的遗传多样性及这5个山羊遗传新资源与其他羊种的亲缘关系,研究扩增了山羊的mtDNA D-loop序列并测序,对序列进行了核苷酸多样性、单倍型和亲缘关系分析。结果表明:在西南地区5个新的山羊遗传资源中,大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊平均多态位点数比较接近,均高于渝东黑山羊和贵州黑山羊;大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊遗传多样性高于贵州黑山羊和渝东黑山羊,渝东黑山羊平均多态位点和遗传多样性在5个羊种中最低。从亲缘关系来看,酉州乌羊和渝东黑山羊与板角山羊亲缘关系近,贵州3个羊种(贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊)遗传距离近,大足黑山羊与乐至黑山羊遗传距离较近。研究认为,渝东黑山羊和贵州黑山羊遗传多样性较低,需要加强遗传资源的保护和提纯。     

贵州4个山羊群体mtDNACytb基因多态性研究

为了从核酸水平上分析贵州4个山羊群体线粒体DNA细胞色素b基因(mtDNACytb)的遗传多样性及亲缘关系,对贵州白山羊、贵州黑山羊、贵州麻羊及贵州小香羊4个山羊群体,共计55个个体mtDNACytb基因片段进行测序分析和比较。结果表明:55条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列;总共发现11个变异位点,观察到10种单倍型;4个山羊群体中单倍型多样性为0.442~0.889,核苷酸多样度为0.00145~0.0025。贵州山羊的遗传多样性处于中等水平;贵州山羊可分为两大类群,即贵州黑山羊和贵州麻羊2个群体为一类;贵州白山羊和贵州小香羊2个群体为另一类。     

基于测序技术的贵州主要品种羊TLR2基因多态性分析

为了解贵州省不同品种羊TLR2基因序列的多态性特征,本研究以不同品种羊血液DNA为模板,对TLR2基因完整ORF进行PCR扩增、测序及序列分析。结果显示,5种羊TLR2基因扩增长度均为2 355 bp。对贵州黑山羊、黔北麻羊、贵州白山羊、波尔山羊和湖羊5种羊TLR2基因进行种内比对结果显示,贵州黑山羊、黔北麻羊、波尔山羊种内TLR2基因序列保守,贵州白山羊种内A1732T位点存在多态性,湖羊种内在G1133A、T1162G、A1949G等位点存在基因多态性;种间比对结果显示,4种山羊有16个核苷酸位点存在多态性,其中有10个错义突变。4种山羊与湖羊进行比对结果显示,湖羊存在较多的多态性位点,其中有11处位点的差异导致氨基酸的变化。蛋白质结构预测分析显示,不同品种羊TLR2基因呈现的错义突变位点引起了其蛋白质二级结构和三级结构的变化,提示可能存在TLR2参与免疫相关信号通路水平的变化。本研究填补了贵州地方山羊品种TLR2基因多态性空白,为探究TLR多态性与羊疫病易感性关系提供基础研究资料。     

利用微卫星标记对7个山羊品种的遗传多样性研究

为了研究小香羊与相邻产区山羊品种之间的亲缘关系,利用7个微卫星位点,以波尔山羊为对照,对中国6个山羊群体进行了遗传检测,计算了各品种群体的等位基因频率、平均杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne),同时分析了各品种群体内和群体间的遗传变异,并根据遗传距离进行了NJ聚类。结果表明,各群体的He、PIC、Ne分别为0.778~0.823、0.766~0.809、4.707~5.767;川东黑山羊和川东白山羊聚为一类,乌羊和南江黄羊聚为一类,其次是马头山羊、小香羊,最后是波尔山羊。微卫星标记分析结果与它们的地理分布及品种形成相一致。     

新批准的西南地区5个山羊遗传资源mtDNA D-loop遗传多样性与亲缘关系研究

为了研究新批准的西南地区5个山羊遗传资源的遗传多样性及其与其他羊种的亲缘关系,试验利用设计的引物对山羊的mtDNA D-loop序列进行了PCR扩增和测序,对序列数据进行了核苷酸多样性、单倍型和亲缘关系分析。结果表明:在西南地区新批准的5个山羊遗传资源中,大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊平均多态位点数比较接近,均高于渝东黑山羊和贵州黑山羊;大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊遗传多样性高于贵州黑山羊和渝东黑山羊;从亲缘关系来看,渝东黑山羊与板角山羊和南江黄羊亲缘关系较近,酉州乌羊与板角山羊亲缘关系最近,贵州3个羊种(贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊)遗传距离近,大足黑山羊与乐至黑山羊遗传距离较近。说明渝东黑山羊和贵州黑山羊遗传多样性较低,需要加强遗传资源的保护和提纯;新批准的5个山羊遗传资源的遗传距离和亲缘关系与其所处的地理位置存在密切关系。     

用5个微卫星标记分析四川7个地方山羊品种的遗传关系

选用5个微卫星标记对四川7个地方山羊品种(类群)进行了遗传关系分析。结果表明:5个微卫星标记检测到的等位基因数从1～7个不等,平均多态信息含量为0.537～0.716,其中ILSTS004、ILSTS030、McM038和OarFCB011这4个基因座位为高度多态性基因座,CSSM004为中度多态基因座,都能较好地用于山羊群体间的遗传多样性分析。7个山羊群体的平均多态信息含量为0.601～0.696,群体平均杂合度为0.530～0.655,群体间的遗传分化系数为0.1167,表明7个地方山羊群体的遗传多样性较为丰富。群体间的Nei氏遗传距离为0.0822～0.7240,以Nei氏遗传距离为基础构建的系统聚类树表明,藏山羊、建昌黑山羊、成都麻羊和北川白山羊聚为一大类,第2类为乐至黑山羊和金堂黑山羊,最后简阳大耳羊单独成一类。     

波尔山羊和山西省地方山羊品种微卫星DNA多态性分析及群体间杂种优势预测

（方法）利用5个微卫星标记对山西省5个山羊品种遗传多态性进行分析,（目的）以预测波尔山羊与地方山羊品种的杂种优势,为山西省肉用山羊新品种培育及波尔山羊在山西省合理杂交利用提供理论依据。（结果）5个山羊品种共检测到70．0个等位基因,各位点的等位基因数在9．0～21．0之间;经群体遗传统计分析,5个山羊品种平均有效等位基因数4．94～6．05个,平均多态信息含量0．7053～0．7982,平均基因杂合度0．7592～0．8316。5个山羊品种间遗传分化系数0．0607;波尔山羊与吕梁黑山羊的标准遗传距离最大（0．5083）,其余依次为阳城白山羊（0．4474）、洪洞奶山羊（0．4332）、黎城大青羊（0．3301）。（结论）5个微卫星位点均为高度多态位点,可用于5个山羊品种遗传多样性评估;5个山羊品种在5个微卫星位点多态性丰富,遗传变异大,品种间遗传分化小。据品种间遗传距离推测,波尔山羊与吕梁黑山羊的杂种优势最大,与阳城白山羊和洪洞奶山羊的杂种优势次之,与黎城大青羊的杂种优势最小。     

利用mtDNA Cytb基因分析湘黔川五个山羊品种系统发育

试验对四川板角山羊、贵州白山羊、贵州黑山羊、贵州麻羊及湖南马头山羊5个山羊品种,共计69个个体的Cytb基因片段进行测序分析比较。结果显示,69个山羊Cytb基因序列均为长1140bp的同源基因,共发现17个变异位点,观察到14种单倍型;5个山羊品种的群体遗传多样性在0．442—0．889之间,核苷酸多样度从0．00145—0．00253。表明5个山羊遗传多样性属于中等;5个山羊品种可分为2大类群,即：贵州黑山羊、贵州麻羊、贵州白山羊和湖南马头山羊4个品种为一类,四川板桥山羊1个品种为另一类。     

贵州山羊生产现状调查与发展对策

2006年末,借开展全国畜禽品种资源调查的机会,笔者很荣幸地与省内养羊专家们一道,先后在赫章、盘县、习水、沿河、榕江5县,对贵州马头羊、贵州黑山羊、黔北麻羊、贵州白山羊和黔东南小香羊等优良地方羊种进行了全面细致的调查。调查结果显示出这些优良地方羊种的养殖规模小、生     

山羊生长分化因子9基因FecTT突变检测

本研究采用PCR-RFLP方法检测生长分化因子9(growth differentiation factor 9, GDF9)基因FecTT突变在济宁青山羊、贵州白山羊、大足黑山羊、陕南白山羊、古蔺马羊、马头山羊、波尔山羊、成都麻羊、萨能奶山羊、文登奶山羊、板角山羊、金堂黑山羊、关中奶山羊、川东白山羊、安哥拉山羊、辽宁绒山羊、内蒙古绒山羊等17个山羊品种中的分布。结果表明,在17个山羊品种中都未检测到FecTT突变,提示,GDF9基因影响Thoka绵羊高繁殖力的FecTT突变对以上17个山羊品种的繁殖力均没有显著影响。     

川渝部分山羊品种(类群)遗传多样性微卫星标记研究

为分析川渝山羊品种(类群)的遗传多样性和系统发生关系,利用30个微卫星标记,对6个山羊品种(类群)进行分析。结果表明:金堂黑山羊遗传多样性最丰富,群体多态信息含量、平均杂合度和有效等位基因数分别为0.777、0.819和6.54;大足黑山羊各项指标最低,分别为0.736、0.787和5.57。对6个品种(类群)聚类分析表明,金堂黑山羊与南江黄羊的首先聚类在一起,然后依次与板角山羊、川东白山羊、大足黑山羊和波尔山羊聚类。各山羊品种(类群)的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

山羊前列腺素内过氧化物合酶2基因的多态性检测及生物信息学分析

本试验以贵州省3大地方山羊品种贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊和2个省外地方品种关中奶山羊和内蒙古绒山羊为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对山羊前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)基因进行单核苷酸多态性检测。结果表明,在5个山羊品种中共检测到6个SNPs位点:A96G、C20T、A239G、T192C、T164A和G91C,其中,A96G和T164A分别位于外显子7和外显子8中,且均为同义突变,其余4个变异位点位于内含子中。生物信息学分析显示,外显子7和8中的2个SNPs位点均导致了mRNA二级结构的改变。     

利用mtDNA细胞色素b分析贵州山羊的系统发育

试验选取贵州山羊4个群体(共55只),设计引物对其mtDNA细胞色素b基因片段进行测序,测序结果与GenBank报道的8个山羊品种mtDNA细胞色素b基因进行比对分析。结果发现,在55只贵州山羊中有11个变异位点,其中转换10次,T/G颠换1次;10种单倍型中有7种单倍型为1个群体独享,3种单倍型为多个群体共享。4个山羊类群间存在较近的亲缘关系,既是独立的类群,其间也存在基因交流,其中贵州黑山羊和贵州麻羊的亲缘关系最近,与贵州白山羊的亲缘关系次之,与贵州小香羊的亲缘关系最远。从山羊品种间遗传距离构建的邻接树可见,贵州4个山羊类群均起源于镰刀状角羊骨羊。     

Study on the Expression Profiles of A-FABP Gene in 5 Goat Breeds

In order to understand the regularities of A-FABP gene expression in Guizhou native goats,and to establish the theoretical basis of molecular marker assisted selection for meat quality traits,β-actin gene was used as control,expression levels of A-FABP gene in livers,kidneys,hearts,lungs,longissimus muscle,semimembranosus muscle and subcutaneous fat of Qiandongnan small Xiang goat,Guizhou White goat,Guizhou Black goat,Qianbei Ma goat and Nanjiang Yellow goat were detected by Real-time fluorescence quantitative PCR.The results showed that A-FABP gene was expressed in all 7 tissues of 5 goat breeds,and the expression levels of A-FABP gene mRNA were all high in subcutaneous fat of 5 goat breeds;In subcutaneous fat,which was the main tissue of A-FABP gene expression in Guizhou native goats,and in longissimus muscle and semimembranosus muscle,which were directly associated with meat production property,A-FABP gene mRNA levels were all high in Qiandongnan small Xiang goat.The results suggested that the tissue distribution patterns of A-FABP gene mRNA in Guizhou native goat breeds were similar to each other.The excellent meat quality of Qiandongnan small Xiang goat might be related with the high expression levels of A-FABP gene mRNA in it's subcutaneous fat,longissimus muscle and semimembranosus muscle.     

5种山羊脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白基因的表达谱研究

为弄清贵州地方山羊脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(adipocyte fatty acid-binding protein,A-FABP)基因mRNA的表达规律,奠定肉质性状分子标记辅助选择的理论基础,试验以β-actin基因为内参,应用实时荧光定量PCR技术检测黔东南小香羊、贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊和南江黄羊共5个山羊品种心脏、肝脏、肺脏、肾脏、背最长肌、半膜肌及皮下脂肪7个组织器官中A-FABP基因的表达.结果表明,5个山羊品种7个组织中都有A-FABP基因表达,且5个品种中皮下脂肪A-FABP基因的表达水平都较高;在贵州地方山羊A-FABP基因表达的最主要组织--皮下脂肪,以及在与产肉性能直接相关的组织--背最长肌和半膜肌中,黔东南小香羊A-FABP基因mRNA水平都较高.结果提示,贵州地方山羊A-FABP基因mRNA的组织分布模式相似,黔东南小香羊的优良肉质特性或许与其皮下脂肪、背最长肌和半膜肌中A-FABP基因的高表达有关.     

贵州地方山羊促卵泡素受体基因部分外显子多态性研究

本试验以贵州白山羊、黔北麻羊和贵州黑山羊3个地方品种为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对促卵泡素受体(follicle stimulating hormone receptor, FSHR)基因进行单核苷酸多态性检测,同时结合在线软件预测不同基因型的mRNA的二级结构。结果表明,在3个山羊品种中共检测到3个SNPs位点:C126T、C1246A和A1412C,其中C126T和C1246A分别位于外显子1和外显子10中,且均为同义突变,A1412C位于内含子中。对外显子1和10中的2个SNPs位点进行生物信息学分析,结果显示均导致了mRNA二级结构发生改变。     

Genetic Diversity of Mitochondrial DNA D-loop Sequences in Huili Black Goat

To explore the genetic diversity and origin for genetic resource protection of Huili Black goat, the mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop was investigated. mtDNA D-loop sequences of 41 goats were analyzed by PCR, sequencing techniques, and biological information and the phylogenetic trees were constructed. The mtDNA sequences of the Huili Black goat ranged from 1211 to 1213 bp, and 2 sequences were 1211 bp, 29 sequences 1212 bp, and 10 sequences 1213 bp. The content of A+T (60.1%) was higher than one of G+C (39.9%). There were 9 haplotypes, and the haplotype diversity was 0.842+0.00368. The nucleotide diversity was 0.01542+0.00034. The phylogenetic analysis showed that Huili Black goat was distributed in a branch, and were closed to Jianchang Black goat, Chengdu Ma goat, Jintang Black goat, Guizhou White goat, Guizhou Black goat, but they were less related to Capra falconeri. Huili Black goats had rather abundant genetic diversity, and were greatly affected by other goat breeds in history.