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1.
为探究miR-143-3P对从江香猪的表达调控作用,本研究通过SWChen 2.3程序筛选出PRKAA1基因3'-UTR相关的miRNAs,利用生物信息学软件分析其保守性,采用茎环法设计引物克隆miR-143-3P序列,运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测该miRNA在从江香猪各组织中的表达水平。结果表明:通过SWChen2.3软件与高通量测序筛选出共同miRNAs有8个,以其中的miR-143-3P为研究对象;成功克隆出miR-143-3P成熟序列;生物信息学分析发现miR-143-3P在各物种中具有较高的保守性;miR-143-3P在从江香猪各组织均有表达,其中在肝、脾、胃组织中的表达量极显著高于其他组织。  相似文献   

2.
利用生物信息学软件Targetscan预测miR-206的靶基因,并获得6个与肌纤维类型相关的候选靶基因。分析miR-206与其中一个候选靶基因G6PD的结合位点及最小自由能,将miR-206与G6PD野生型和突变型G6PD双荧光素酶报告载体共转染至293T细胞,利用双荧光素酶报告基因系统证实miR-206与G6PD的靶标关系;采用qRT-PCR分别检测miR-206和G6PD在猪不同组织、不同肌纤维类型的肌肉以及高低组肌内脂肪含量样品中的表达水平。结果显示,猪miR-206与G6PD的3′UTR存在3个结合位点;双荧光素酶报告基因系统分析结果显示,过表达miR-206能显著降低野生型G6PD质粒的荧光活性,共转染miR-206后,突变质粒M1、M2、M4的双荧光素酶活性显著高于野生型G6PD质粒(P0.05),而突变质粒M3与野生型G6PD质粒无显著差异(P0.05);猪miR-206在骨骼肌组织中特异性表达,且在快肌中表达量显著高于慢肌(P0.05)。G6PD在脂肪组织中的表达普遍高于其他组织,除心肌外,G6PD在骨骼肌中的表达量最低,但其在快肌和慢肌中的表达量无显著差异(P 0.05)。miR-206和G6PD在高低组肌内脂肪含量样品的表达量均无显著差异(P0.05)。结果表明,猪miR-206通过前2个结合位点靶向调控G6PD,但G6PD不能影响猪骨骼肌肌纤维类型的转化与肌内脂肪沉积,其功能以及miR-206调控肌纤维的机制仍需进一步探究。  相似文献   

3.
试验旨在研究骨骼肌中特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态,分析其与绵羊骨骼肌发育表型的相关性。采用PCR-SSCP技术对miR-133前体序列在特克赛尔羊、中国美利奴细毛羊、阿勒泰羊和湖羊四种不同产肉性能的绵羊群体进行了多态性检测,并分析多态性位点对miR-133前体序列二级结构、二级结构稳定性及加工、成熟的影响。结果表明,miR-133前体序列下游194bp(g.54047535)处检测到AG突变,并且该SNP与绵羊的产肉性能存在明显的相关性,在特克赛尔羊中GG是优势基因型,G等位基因频率高达0.86,是中国美利奴细毛羊群体该位点频率的4倍。二级结构的生物信息学预测结果表明,该SNP位点致使miR-133前体的二级结构发生明显改变,自由能值降低3.2kJ/mol。以上结果提示,绵羊miR-133前体序列的SNP(g.54047535)位点可能对miR-133前体的加工成熟具有重要影响,并最终影响绵羊的产肉性能。  相似文献   

4.
实验旨在研究免疫相关基因miR-182的序列多态性,以期为荣昌猪抗病育种提供新的遗传变异素材。利用PCR、测序、序列多重比对、计算机模拟miRNA折叠、qRT-PCR等方法,分析了275头荣昌猪新生小猪的miR-182基因序列,计算了miR-182基因在荣昌猪群体中各基因频率和基因型频率,检验了miR-182基因在荣昌猪群体中的遗传平衡状态,并检测了miR-182基因序列突变对其成熟体和靶基因表达量的影响。结果表明:miR-182前体第95位发生了一个G/A突变,该位点在哺乳动物中是高度保守;荣昌猪群体中G、A基因频率分别为0.5945、0.4055,GG、AA、GA,基因型频率分别为0.3535、0.1644、0.4821,且该突变在群体内已处于平衡状态;该突变能影响miR-182的空间结构,导致前体自由能升高9.86%,显著影响其成熟体在皮下脂肪组织中的表达量。  相似文献   

5.
为了解猪miR-1307序列和结构特征,阐明其在猪卵巢颗粒细胞周期中的作用,利用生物信息学方法分析猪miR-1307的序列特征、染色体定位和潜在的生物学功能;在体外培养的猪卵巢颗粒细胞中转染miR-1307模拟物(mimics)和抑制剂(inhibitor),利用流式细胞术检测细胞周期。结果显示:猪miR-1307前体序列长度为80 bp,其核苷酸序列(包括成熟序列和种子序列)和基因组定位等与哺乳动物其他物种高度一致;功能富集分析发现miR-1307靶基因富集在rRNA分解代谢进程和蛋白酪氨酸磷酸酶活性等多个重要的生物学进程和分子功能中;在猪卵巢颗粒细胞中,过表达miR-1307可使G0/G1期细胞比例增加,S期细胞比例显著降低(P<0.05);抑制miR-1307可使G0/G1期细胞比例降低,S期细胞比例显著增加(P<0.05)。结果表明:miR-1307是猪卵巢颗粒细胞周期的重要调节因子。  相似文献   

6.
为了研究miRNA表达量与肉质风味表型指标的相关性,试验采用荧光定量PCR技术(Q-PCR)检测了4个猪种背最长肌中miR-27a和miR-378的差异表达。结果表明:背最长肌组织中2种miRNA的表达水平在4个猪种中趋于一致。相关性分析显示,2种miRNA在背最长肌中的表达水平与肌内脂肪含量和硫胺素含量呈正相关,与肌纤维直径、眼肌面积和瘦肉率呈负相关。表明miR-27a和miR-378对猪肉品质具有正调控作用,而对猪胴体品质具有负调控作用。该研究可为阐明miRNA在猪肌肉生长和脂肪沉积过程中的调控机制提供基础数据。  相似文献   

7.
家猪对农业有重要的意义,也是研究人类疾病良好的模式动物,而猪microRNA(miRNA)组图谱研究滞后,有必要建立一个汇总micRNA调节功能和相互作用的文库以便对其信息进行解读。本研究收集了猪从胚胎到成年发育的全部代表性时期共10个阶段的样品,建立了miRNA序列库,并对其miRNA进行了研究。测序结果与哺乳动物miRNA、前体发夹序列(pre-miRNA)、首次公布的猪基因组序列,以及表达序列标签(EST)进行比对分析。该研究结果使猪miRNA组序列数增至867条(623条与基因组序列相匹配),可编码1004个miRNA,其中777个是特异性序列。该研究还运用实时定量PCR技术从47个特异组织样品中选择30种miRNA进行试验,定量结果与测序结果完全一致。本研究成果提供了很多关于miRNA的末端序列变异、miRNA前体结构、染色体定位、特定发育阶段的miRNA表达和保守序列的信息;为猪miRNA组图谱、miRNA种类及异构体和miRNA特征的研究提供了很多宝贵的数据资源;也将大大促进猪生物学和以猪作为模式动物进行的人类生物学和生物医学的发展。  相似文献   

8.
为了解猪miR-23a-27a-24簇的序列及结构特征,分析其在猪卵巢颗粒细胞凋亡中的作用,采用测序技术获得猪miR-23a-27a-24簇前体序列;利用生物信息学方法分析miR-23a-27a-24簇的序列信息、结构和生物学功能;使用双酶切法构建猪miR-23a-27a-24簇的过表达载体,转染至体外培养的猪卵巢颗粒细胞中,qRT-PCR检测过表达效果;通过流式细胞术检测颗粒细胞凋亡率。结果显示:猪miR-23a-27a-24簇前体序列长度为408 bp,核苷酸序列与其他哺乳动物的一致性较高;哺乳动物miR-23a-27a-24簇均位于基因组中ZSWIM和miR-181c基因之间,成员转录顺序相同、间距相近;功能富集分析发现,miR-23a-27a-24簇的靶基因主要富集于RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控的生物学过程和PI3K-Akt信号通路中;成功构建猪miR-23a-27a-24簇的过表达载体,且在猪卵巢颗粒细胞中高效表达;流式细胞术分析发现,转染miR-23a-27a-24簇过表达载体能够显著提高颗粒细胞的凋亡率(P<0.05),极显著提高颗粒细胞早期凋亡率(P<0...  相似文献   

9.
实验采用荧光定量PCR技术(q-PCR)检测藏猪、成华猪、雅南猪、丫杈猪、青峪猪、内江猪和乌金猪7个地方猪种背最长肌中miR-1、miR-27a、miR-369、miR-378的差异表达,旨在研究miRNA表达量与肉质风味表型指标的相关性。结果表明:背最长肌组织中4种miRNA的表达水平在7个猪种中趋于一致,在藏猪、内江猪、雅南猪和成华猪中相对表达量较高,在丫杈猪和乌金猪中相对表达量较低;相关性分析显示,4种miRNA在背最长肌中的表达水平与肌内脂肪含量和硫胺素含量呈正相关,与肌纤维直径、眼肌面积和瘦肉率呈负相关,表明miR-1、miR-27a、miR-369和miR-378对猪肉品质具有正调控作用,而对猪胴体品质具有负调控作用。本研究可为阐明miRNA在猪肌肉生长和脂肪沉积过程中的调控机制提供基础数据。  相似文献   

10.
为研究miRNA表达量与猪胴体及肉质性状的相关性,实验采用QRT-PCR技术检测了引进猪种大约克夏猪和6个四川省地方猪种背部皮下脂肪中miR-27a、miR-27b、miR-378的差异表达情况。结果表明:miR-27a、miR-27b、miR-378在大约克夏猪背部皮下脂肪中的表达水平均显著高于6个地方猪种(P0.05);地方猪种中,3种miRNA表达水平均表现为在雅南猪中最高;3种miRNA在背部皮下脂肪中相对表达量均与瘦肉率、多不饱和脂肪酸含量呈极显著正相关(P0.01)。综上表明,miR-27a、miR-27b和miR-378均可抑制猪脂肪沉积,提高胴体性能,但对猪肉质具有负调控作用。  相似文献   

11.
为了研究miR-206的组织表达分布及其在鸡骨骼肌生长发育中的表达规律,预测其可能的作用机制,本研究采集4周龄金茅黑鸡的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、腿肌和腹脂8种组织及2、6、10、14、16周龄胸肌和腿肌组织,利用实时荧光定量PCR技术检测miR-206在8种组织及不同周龄胸肌和腿肌中的表达,利用生物信息学方法预测其靶基因并进行功能注释。结果显示,miR-206在公、母鸡胸肌和腿肌中表达量均极显著高于其他组织(P < 0.01),在腹脂、心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏中低表达,为鸡骨骼肌特异性表达miRNA;miR-206均在公、母鸡腿肌和胸肌组织生长早期(2周龄)表达最高,之后表达量逐渐下降。靶基因预测和功能分析发现,miR-206共有356个靶基因,其中21个与肌肉生成相关,多个靶基因已知参与调控肌肉生成,包括配对框7(paired box 7,Pax7)、胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor 1,IGF1)、脑衍生神经营养因子1(brain-derived neurotrophic factor 1,BDNF1)、视黄酸受体(retinoic acid receptor beta,RARB)和卷曲类受体7(frizzled class receptor 7,FZD7)基因。此外,发现miR-206靶基因富集到多条已知参与调控骨骼肌生成的信号通路,包括MAPK、Wnt、肌动蛋白骨架调控和黏着斑激酶信号通路。结合表达数据推测,miR-206可能通过靶向调控Pax7、IGF1、BDNF1、RARBFZD7基因和MAPK、Wnt等信号通路参与调控鸡肌肉生成。本研究揭示了金茅黑鸡miR-206的组织表达分布及其在鸡骨骼肌生长过程中的表达规律,并预测了其调控骨骼肌生成的可能作用机理,为进一步研究miR-206在鸡肌肉生长发育中的作用机理和表达调控奠定了基础。  相似文献   

12.
MicroRNAs(miRNAs)是一类重要的调节基因转录的非编码小RNA。其中miR-1、miR-133、miR-206是肌肉特异表达的microRNA,同属miR-1家族。它们在胚胎发育时期的表达及作用已有很多文章阐述,但很少有文章详细分析它们在成体中的表达。为检测这3类microRNA的表达差异,选择BALB/c品系小鼠的股二头肌,提取RNA。设计microRNA专用的茎环状引物,通过实时定量PCR,检验miR-1、miR-133、miR-206和miR-181a在骨骼肌组织中的表达情况。结果发现,miR-133的表达量要明显高于miR-1和miR-206,miR-1略高于miR-206的表达量,作为对照,miR-181a的表达量非常微小。分析该现象,根据资料和网络软件预测,绘制这3类microRNA对肌肉生长发育作用的关系图,初步解释各种microRNA之间呈现表达差异的原因。为下一步研究成体中microRNA及其靶位点提供依据和方向。  相似文献   

13.
本研究旨在分析miR-155在长白猪(瘦肉型)和通城猪(脂肪型)骨骼肌发育过程中的表达变化,以了解其在猪肌肉发育中的重要作用。选用长白猪和通城猪不同发育时期(胚胎期12个时期,出生后10个时期)骨骼肌为材料,利用Stem-Loop RT-PCR方法检测miR-155的表达变化。此外,本研究还分析了miR-155在成年通城猪各组织的表达。结果,miR-155在长白和通城猪骨骼肌发育过程中差异表达呈现不同的表达模式。在通城猪中,miR-155在小肠和肺中表达量较高,在心脏和胎盘中度表达,而在其他组织中表达较低。结果提示,miR-155可能参与猪肌细胞增殖和分化,从而影响猪骨骼肌发育,与猪肌肉的表型有关。  相似文献   

14.
试验旨在研究microRNA-21(miR-21)和转化生长因子β诱导(TGFBI)基因在长白猪骨骼肌中的表达相关性。采用实时荧光定量PCR(qPCR)方法分析了miR-21和TGFBI基因在长白成年猪中的组织表达谱,同时比较分析了其在长白猪不同发育阶段(出生前和出生后共28个发育点)背最长肌中的表达相关性。结果表明,miR-21在长白成年猪的各个组织中均表达,且分布相对平衡,在不同发育阶段的背最长肌中呈现波浪式的表达趋势;TGFBI基因在长白猪胚胎期的背最长肌中高表达,在整个背最长肌发育过程中呈现出不同的表达丰度。相关性分析表明,在胚胎期骨骼肌发育过程中,miR-21和TGFBI表达之间为显著的负相关,TGFBI可能是miR-21的调控靶标基因。  相似文献   

15.
徐建  于鑫  曾芳  童雄  王翀 《兽医大学学报》2012,(9):1260-1265
为了探讨miR-24对猪骨骼肌发育的影响,对体外培养1日龄纯种长白公猪骨骼肌卫星细胞分别转染miR-24过表达载体和干扰片段,发现过表达miR-24后,成肌分化基因MyoD、Myogenin和Myf5表达量显著升高,骨骼肌卫星细胞分化趋势增强;干扰miR-24后,Myogenin的表达量显著降低;同时,靶基因预测结果显示Myogenin可能是miR-24的靶基因。  相似文献   

16.
【目的】 研究miR-495-3p对山羊骨骼肌细胞增殖分化的影响及其在不同组织中的表达情况,为探究miRNA在肌肉发育中的调控机制提供理论基础。【方法】 利用生物信息学方法预测miR-495-3p的靶基因;实时荧光定量PCR检测miR-495-3p及其靶基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、腿肌等组织中的表达水平。构建miR-495-3p的过表达(miR-495-3p mimic、miR-495-3p mimic NC)及抑制物(miR-495-3p inhibitor、miR-495-3p inhibitor NC),在山羊骨骼肌细胞汇合度达60%~70%时进行转染,并用含2%马血清的培养基进行诱导分化,用CCK-8检测细胞增殖活力,实时荧光定量PCR检测过表达和干扰效率及增殖分化相关基因配对盒基因(paired-box 7,Pax7)、细胞蛋白周期E(Cyclin E)、肌细胞生成素(myogenin,myoG)、生肌因子5(recombinant myogenic factor 5,Myf5)的表达;构建miR-495-3p靶基因的野生型和突变型载体并转染至293T细胞,用双荧光素酶测定miR-495-3p与其靶基因的结合情况。【结果】 生物信息学预测结果表明,miR-495-3p的靶基因为心肌肌动蛋白α1(alpha cardiacactin 1,ACTC1),且miR-495-3p和ACTC1在1和10月龄山羊背最长肌中表达量均差异极显著(P<0.01)。miR-495-3p和ACTC1在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、腿肌6种组织中均有表达,在背最长肌中表达量较高。细胞转染结果表明,miR-495-3p mimic极显著促进miR-495-3p的表达(P<0.01),miR-495-3p inhibitor极显著抑制miR-495-3p的表达(P<0.01),说明miR-495-3p mimic和miR-495-3p inhibitor可用于后续试验。实时荧光定量PCR结果表明,过表达miR-495-3p促进骨骼肌细胞分化相关标志基因MyoG、Myf5的表达,抑制miR-495-3p则降低MyoG、Myf5基因的表达;过表达、干扰miR-495-3p对Pax7、Cyclin E基因的表达及细胞增殖活力均无显著影响(P>0.05)。双荧光素酶报告结果表明,miR-495-3p与ACTC1基因存在靶向关系。【结论】 miR-495-3p对山羊骨骼肌细胞的增殖无显著影响,但可通过靶向ACTC1基因促进山羊骨骼肌细胞分化。  相似文献   

17.
MicroRNAs (miRNAs) regulate gene expression by inhibiting the translation of target RNA. Clenbuterol (CLB) is a β-adrenergic agonist that has the ability to modify muscle characteristics by promoting protein synthesis and inhibiting the growth of fat. To determine the expression profile of miRNAs in the muscle of CLB-treated Chinese miniature swine and to predict their target genes, 13 microRNAs were detected and analyzed. We found that miR-133, miR-206, and miR-1 exhibited the highest expression, although no difference in expression levels was observed between the control and the treatment groups, whereas miR-29a and miR-29b were differentially expressed in the CLB-treated muscles. Furthermore, we analyzed the relationship between miR-29a/b expression, muscle growth, and candidate target genes, and determined that the expression of the four target genes (HnRNPF, SWI/SNF, TPM1, and LPL) was regulated by miR-29a and miR-29b and were functionally related to muscle development.  相似文献   

18.
【目的】试验旨在探究circRNA-Zfp609调节C2C12成肌细胞增殖和分化的潜在分子机制。【方法】利用RT-PCR和测序分析小鼠骨骼肌组织和C2C12成肌细胞中circRNA-Zfp609的表达,实时荧光定量PCR检测小鼠心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、小肠、骨骼肌组织及增殖12、24、36、48 h和分化0、1、3、5 d的C2C12成肌细胞中circRNA-Zfp609的相对表达量;实时荧光定量PCR检测分化0、1、3、5 d的C2C12成肌细胞中肌细胞生成素(MyoG)和肌球蛋白重链(MyHC)的相对表达量。用circRNA-Zfp609的干扰表达载体(siRNA)干扰细胞,通过CCK-8测定siRNA对C2C12成肌细胞增殖率的影响;用实时荧光定量PCR检测siRNA干扰对circRNA-Zfp609、MyoG和MyHC相对表达量的影响。通过TargetScan 7.0和miRDB软件预测circRNA-Zfp609上与肌肉分化相关的miRNA位点,将筛选的miRNAs的过表达载体转染HEK293T细胞,利用双荧光素酶报告试验验证circRNA-Zfp609与miRNA的互作关系。根据miRNAs对circRNA-Zfp609的互作,构建circRNA-Zfp609的野生型和突变型载体并转染HEK293T细胞,利用双荧光素酶报告试验验证circRNA-Zfp609对miRNA的靶向关系。【结果】PCR和测序结果表明,小鼠骨骼肌中可表达circRNA-Zfp609;circRNA-Zfp609在小鼠骨骼肌中表达水平最高,在其他组织中的表达量由高到低依次是肾脏、肺脏、心脏、肝脏、胃、脾脏和小肠。与12 h相比,在C2C12成肌细胞增殖的36和48 h circRNA-Zfp609的相对表达量显著增加(P<0.05);与分化第0天相比,在C2C12成肌细胞分化的第1、3和5天circRNA-Zfp609的相对表达量均显著增加(P<0.05),MyoG、MyHC的相对表达量均极显著增加(P<0.01)。与NC组相比,siRNA组C2C12成肌细胞的增殖率和circRNA-Zfp609相对表达量均极显著降低(P<0.01),MyoG和MyHC的相对表达量显著降低(P<0.05)。circRNA-Zfp609上有miR-150-5p、miR-327、miR-344g-3p和miR-615-5p 4种与肌肉分化相关的miRNAs。circRNA-Zfp609与miR-615-5p的吸附能力最强,具有靶向结合作用。circRNA-Zfp609可以作为分子海绵与调控肌肉分化相关的miR-615-5p相互作用。【结论】circRNA-Zfp609在小鼠的组织中广泛表达,在骨骼肌中表达水平最高;circRNA-Zfp609在C2C12成肌细胞增殖和分化的不同时期差异表达,circRNA-Zfp609上有4个与肌肉分化相关的miRNAs,其中miR-615-5p与circRNA-Zfp609具有靶向关系。本研究结果可为与家畜骨骼肌生长发育相关的研究提供参考。  相似文献   

19.
20.
旨在探讨外源注射miR-499-5p对肉鸡腓肠肌肌纤维直径及基因表达的影响,完善miR-499-5p对肉鸡骨骼肌发育的分子调控机制。本研究选用14日龄健康大恒肉鸡公鸡16只,随机分为2组,每组8个重复,均正常饲喂日粮,分别在腓肠肌部位肌肉注射agomiR-NC(对照组,5 nmol)和agomiR-miR-499-5p(注射组,5 nmol),为保证试验效果,每3 d注射1次,共注射6次。注射完成后将16只肉鸡屠宰,采集腓肠肌组织进行肌纤维直径测定和转录组学(RNA-seq)分析。结果显示,注射miR-499-5p可导致肉鸡腓肠肌肌纤维直径显著减小(P<0.05)。转录组测序结果显示,注射组和对照组分别获得308 263 164和316 696 152条clean reads,与鸡参考基因组的比对率分别为90.29%和89.57%。与对照组相比,注射组共有差异表达基因18个,其中上调基因12个,下调基因6个(P<0.05)。其中差异表达最大的两个基因分别是原癌基因FOS(fos proto oncogene,FOS)和早期生长应答蛋白基因(EGR1)。GO富集分析发现,差异表达基因显著富集于跨膜受体蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶信号通路、转录调控、脂质合成和骨骼肌再生等过程。KEGG富集分析结果显示,差异表达基因显著富集于丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路和Wnt信号通路。利用生物信息学软件预测到miR-499-5p的靶基因共78个,GO富集分析发现,靶基因也显著富集于丝氨酸/苏氨酸激酶活性的负调控和转录因子活性等过程。本研究表明,注射miR-499-5p可改变肉鸡腓肠肌肌纤维直径从而影响肌纤维特性,差异表达基因中的FOSEGR1、CYR61和WNT7A基因可能在miR-499-5p的作用下通过上述通路参与了脂肪沉积和肌肉发育的调控。  相似文献   

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