基于重测序的民猪与大白猪SLAⅠ类基因多态性及抗病潜能差异分析

不同中外猪种对疾病的抵抗能力有一定差异，原因之一是不同猪种猪白细胞抗原（swine leukocyte antigen，SLA）分子的多样性不同。本研究旨在探究中外猪种的SLA基因差异，为阐明地方猪的抗病机理提供重要参考。本研究首先对健康的8头民猪以及4头大白猪进行基因组重测序，并对所获得的SNP进一步质控用于后续分析。使用VCFtools、GEVALT软件分析SLAⅠ类基因的SNP以及单倍型，并将SNP利用ENSEMBL中的VEP工具进行注释，在全局层面阐述两个猪种的SLAⅠ类基因多样性。通过Mega软件比对两猪种的经典SLAⅠ类基因外显子2和3的核苷酸及编码氨基酸序列，利用Expasy服务器上的ProtParam工具和Protscale程序分析蛋白质特性，并利用DnaSP软件计算核苷酸多样性，分析两个猪种经典SLAⅠ类基因抗原递呈能力的差异。结果表明，民猪的SLAⅠ类基因具有更多的SNPs和长度较短的单倍型块，并且错义突变的碱基数量较多。在经典SLAⅠ类基因的外显子2和3可分别鉴定出2个等位基因，民猪在等位基因上的核苷酸多样性要明显高于大白猪，并且民猪具有更多的碱基突变以及位于抗原结合位点上的氨基酸突变。两个猪种的经典SLAⅠ类基因氨基酸表现为亲水性，民猪的亲水性要强于大白猪。综上所述，SLAⅠ类基因在民猪上有更强的多态性。民猪经典SLAⅠ类基因的碱基突变数量和抗原结合位点上氨基酸突变的数量都要多于大白猪。本研究所检测到的民猪在经典SLAⅠ类基因ARSs上的变异可为猪抗病育种标记的筛选提供参考。     

不同品种猪PBD-124基因多态性及差异表达研究

【目的】 克隆获得猪β-防御素-124（porcine beta-defensin-124,PBD-124）基因CDS区并探究其多态性,分析PBD-124基因在不同品种猪及同种猪不同组织内的表达情况。【方法】 采用RT-PCR方法扩增并克隆猪PBD-124基因CDS区,利用PCR-RFLP酶切法对大白猪、民猪和野杂猪PBD-124基因的Bln Ⅰ酶切位点进行多态性检测,利用实时荧光定量PCR方法检测该基因在不同品种猪肝脏、脾脏和血液内的表达差异。【结果】 试验成功克隆出猪PBD-124基因CDS区,长423 bp,共编码140个氨基酸,测序结果发现其存在c.257 G>A和c.263 T>G 2个突变位点,因2个突变位点间隔过近,可能存在连锁,仅对第1个突变位点进行酶切,大白猪中检测到GG、GA、AA 3种基因型,而民猪和野杂猪中仅检测到GA和AA 2种基因型,3个群体中AA基因型均为优势基因型,大白猪、民猪和野杂猪的AA基因型频率分别为0.5261、0.9412和0.6452,且3个群体均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。3个群体的多态性均不高,大白猪处于中度多态（0.25<PIC<0.5）,民猪和野杂猪则处于低度多态（PIC<0.25）。实时荧光定量PCR结果显示,PBD-124基因在大白猪、民猪、野杂猪的脾脏、肝脏及血液中均有表达,且存在表达差异。【结论】 猪PBD-124基因CDS区长423 bp,共编码140个氨基酸,与参考序列比对发现2个突变位点,均未引起氨基酸突变;3个群体多态性均不高;PBD-124基因在不同品种猪及同种猪不同组织间表达均存在差异。     

南阳黑猪和大白猪脂肪酸分析及其综合评价

试验旨在研究南阳黑猪脂肪酸组成及含量,以期为中国地方猪种遗传资源的保护及开发利用提供理论依据。以南阳黑猪和大白猪为研究对象,每品种猪各12头,测量背最长肌脂肪酸含量及种类,以脂肪酸种类及数量、单不饱和脂肪酸（monounsaturated fatty acid,MUFA）、多不饱和脂肪酸（polyunsaturated fatty acid,PUFA）、饱和脂肪酸（saturated fatty acid,SFA）、12-16碳饱和脂肪酸（饱和脂肪酸1,SFA1）、其他饱和脂肪酸（饱和脂肪酸2,SFA2）、不饱和脂肪酸（unsaturated fatty acids,UFA）、SFA2/SFA1、PUFA/MUFA、必需脂肪酸（essential fatty acid,EFA）、共轭亚油酸（conjugated linoleic acids,CLA）、PUFA/SFA、ω-6 PUFA/ω-3 PUFA等为指标,从营养、健康、风味及储存方面综合评价两个猪种猪肉脂肪酸品质。结果显示,两个猪种背最长肌中共检出30种脂肪酸,其中23种脂肪酸在两个猪种间有显著或极显著差异（P<0.05;P<0.01）;除SFA2/SFA1和ω-6 PUFA /ω-3 PUFA外,南阳黑猪其他指标均高于大白猪;SFA1、MUFA、PUFA、SFA、UFA、UFA/SFA、SFA2/SFA1、PUFA/MUFA、EFA、CLA、PUFA/SFA、ω-6 PUFA/ω-3 PUFA 11个指标在两个猪种间存在显著或极显著差异（P<0.05;P<0.01）,SFA2和PUFA/MUFA在两个猪种间无显著差异（P>0.05）。综合以上结果,南阳黑猪肌肉脂肪酸品质总体优于大白猪。     

Analysis and Comprehensive Evaluation of Fatty Acid in Nanyang Black Pig and Large White Pig

The experiment was carried out to study the composition and contents of fatty acids of Nanyang Black pig, and to provide a theoretical basis for the protection and exploitation of local pig genetic resources in China. 12 Nanyang Black pigs and 12 Large White pigs were chosen, and the composition and contents of fatty acids in longissimus dorsi muscle were measured, and the quality of fatty acids was comprehensive evaluated from nutrition, health, flavor and storage aspects. Monounsaturated fatty acid (MUFA), polyunsaturated fatty acid (PUFA), 12-16 carbon saturated fatty acids (SFA1), other saturated fatty acids (SFA2), unsaturated fatty acids (UFA), saturated fatty acids (SFA), SFA2/SFA1, MUFA/PUFA, essential fatty acid (EFA), conjugated linoleic acids (CLA), PUFA/SFA and ω-6 PUFA/ω-3 PUFA were used as the indexes of multiple comparison. The results showed that there were 30 kinds of fatty acids were detected and 23 of them had significant or extremely significant differences between the two pig breeds (P<0.05;P<0.01). Nanyang Black pig had higher values of above measured indexes than that of Large White pig in addition to SFA2/SFA1 and ω-6 PUFA/ω-3 PUFA. 11 indexes such as SFA1,MUFA,PUFA,SFA,UFA, UFA/SFA,SFA2/SFA1,PUFA/MUFA, EFA,CLA, PUFA/SFA and ω-6 PUFA/ω-3 PUFA differed significantly or extremely significantly between the two pig breeds (P<0.05;P<0.01), while SFA2 and PUFA/MUFA had no significant differences between the two pig breeds (P>0.05). In conclusion, the fatty acids of Nanyang Black pig were significantly better than that of Large White pig.     

3个地方猪品种BOLL和STRA8基因结构变异位点的群体分布研究

为了探讨BOLL-I6-sv285（15号染色体BOLL基因第6内含子）和STRA8-I4-sv447（18号染色体STRA8基因第4内含子）这两个结构变异在地方猪与欧洲猪品种中的群体分布差异,试验采用PCR方法对从江香猪、江口萝卜猪、荣昌猪和大白猪4个猪品种进行基因分型,并通过在线软件miRBase、UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。结果显示,BOLL-I6-sv285为一段285 bp的插入,经群体验证,3个地方猪品种以DI和DD基因型为主,I等位基因的频率高于大白猪,插入基因型（Ⅱ）对应较高的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关（P<0.05）;STRA8-I4-sv447为一段447 bp的插入突变,群体中DD基因型占优势,从江香猪、江口萝卜猪和大白猪的I等位基因频率高于荣昌猪,插入基因型（Ⅱ）对应较低的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关（P<0.05）。本试验鉴定的BOLL-I6-sv285和STRA8-I4-sv447两个结构变异可作为从江香猪产仔数的候选分子标记。     

猪H-FABP基因第2内含子SNPs分布及连锁不平衡遗传模式研究

本研究以藏猪、鄂西黑猪、大白猪、莱芜黑猪、北京黑猪、野猪、荣昌猪、八眉猪和里岔黑猪等国内外9个品种16头猪为研究对象,应用Primer Premier 5.0软件设计引物对心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid binding protein,H-FABP）基因第2内含子进行扩增测序后拼接,获得了长2078 bp的第2内含子全序列,发现了14个位点的SNPs;对所有突变进行Hudson-Kreitman-Aguade测验等遗传分布分析结果发现,西南型、高原型猪核酸分布值（π）、Tajima’s D测验值（DT）、Fu和Li’s D测验值（DFu and Li）分别为0.18％、-0.52和-0.30,华北型猪π、DT和DFu and Li分别为0.25％、0.76和0.72,培育和国外品种猪π值为0.29％;对所有类型的猪进行分析,其π、DT和DFu and Li分别为0.25％、-0.60和-0.17,在不同的猪种中各个位点的SNPs变异很大,对其进行构建进化树等一系列分析,得到相似结论,并最终推断出可能会影响肌内脂肪（intra muscular fat,IMF）含量的突变位点,为研究H-FABP与IMF的关系提供了理论基础。     

Haplotype diversity in MC1R locus between the Min and white-haired pig breeds

In this article, we investigated the genetic variations in the coding region of porcine melanocortin receptor 1 (MC1R) gene in three pig breeds (Min, Yorkshire and Landrace) with black and white coat colors. Six polymorphic sites were found to be significantly associated with coat color. Two blocks were identified in the linkage disequilibrium map, the haplotypes in the first block are nt67/68indelCC and nt67/68indel--, and the haplotypes in the second block are ACCGA and GTTAG. The median-joining network diagram of MC1R haplotypes showed most Min pigs and other Asia domestic breeds own similar haplotypes to ACCGA, while the haplotypes of Europe pig breeds are similar to GTTAG. The phylogenetic analysis of the MC1R CDS further showed Min pigs are close to Laiwu pigs (Shandong, China), which indicated that the black coat color trait of Min pig might be originated and evolved from the black pig breed in Shandong Peninsula of China.     

松辽黑猪、雷香猪、杜长大白猪肉质性状及肌肉营养成分比较研究

为了比较松辽黑猪、雷香猪、杜长大白猪肉质性状及肌肉营养成分，选取松辽黑猪、雷香猪、杜长大白猪进行屠宰，对肉质性状、肌肉氨基酸及脂肪酸含量进行测定，结果表明：松辽黑猪剪切力、肌内脂肪含量显著高于杜长大白猪（P<0.05），熟肉率显著高于雷香猪（P<0.05），雷香猪剪切力、肌内脂肪含量极显著高于杜长大白猪（P<0.01）；松辽黑猪和雷香猪肌肉中丙氨酸含量极显著高于杜长大白猪（P<0.01），甘氨酸含量松辽黑猪显著高于雷香猪（P<0.05），极显著高于杜长大白猪（P<0.01）；雷香猪亚油酸含量显著低于杜长大白猪（P<0.05）。文章对优质高端黑猪肉生产群体的选择提供了参考。     

猪SLA-DRA基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

为探索SLA-DRA基因作为猪抗病育种分子标记的可能性,本研究采用PCR-SSCP和克隆测序方法对大白、长白和杜洛克共216头猪的SLA-DRA基因外显子2进行了多态性研究,分析了该基因与仔猪腹泻的关联性。结果,在SLA-DRA外显子2上检出了3个等位基因和6种基因型;6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC)在大白猪和长白猪中都存在,而在杜洛克猪中只检出4种基因型(AA、BB、AB和BC)。杜洛克猪与大白猪和长白猪间基因型分布均差异极显著(P<0.01);3个品种的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘法分析表明,品种和性别对仔猪腹泻影响不显著(P>0.05),基因型与仔猪腹泻显著相关(P<0.05);AA和BB基因型个体腹泻评分的最小二乘均值均显著高于AC和CC基因型个体(P<0.05)。本研究表明,SLA-DRA基因不同基因型对仔猪腹泻有着重要的影响,可作为猪抗病育种应用中的一个潜在遗传标记。     

不同品种猪α1-岩藻糖转移酶基因遗传变异初析

本实验采用PCR RFLP方法对 5个瘦肉型猪种杜洛克、长白猪、大白猪、汉普夏猪和皮特兰猪共计 2 5 0头猪的α1 岩藻糖转移酶基因 (FUT1)进行多态性分析。结果表明 :本研究中的 5个猪种在该FUT1基因座位存在多态性 ,均分布着三种基因型 (AA ,AG和GG) ,抗性基因型AA分布频率为 0 .0 2 8,易感基因型AG与GG分布频率分别为0 .2 4 4和 0 .72 8。卡方检验结果表明 ,长白猪与大白猪基因型频率差异极显著 (P <0 .0 1) ,与皮特兰猪之间差异显著(P <0 .0 5 ) ,其它猪种之间差异均不显著。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素（adiponectin,ADIPOQ）基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89 bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸（Val）向异亮氨酸（Ile）的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型：AA、AB、BB,2个等位基因：A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率（0.52）略高于B等位基因（0.48）;在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异（P>0.05）,杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著（P>0.05）,而长白猪和大白猪间差异显著（P<0.05）,任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平（P<0.01）。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型（P<0.05）,AA和AB基因型间无显著差异（P>0.05）,但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

The Expression Characteristics of MYNN Gene in Different Tissues and Muscles of Pig

This study was aimed to investigate the expression characteristics of myoneurin (MYNN) gene in different tissues and its developmental expression in muscles (longissimus dorsi, biceps femoris and psoas major), cerebellum, liver, pancreas, kidney, stomach, spleen and lung tissues of pigs. The expression characteristics of MYNN mRNA in 11 different tissues including heart, liver, spleen, lung, kidney, cerebellum, small intestine, pancreas, stomach, biceps femoris and fat of Large White pigs and Mashen pigs at the age of 90 days and the developmental expression patterns in muscle, cerebellum, liver, pancreas, kidney, stomach, spleen at three strages (1, 90, 180 days) of Large White pigs and Mashen pigs were studied by Real-time PCR. The results showed that MYNN was widely expressed in various tissues of pigs, and there was significant difference among the tissues(P < 0.05; P < 0.01); The expression of MYNN in muscle, liver, pancreas, cerebellum, kidney, stomach, spleen, lung tissues were significant difference at three development stages of Large White pigs and Mashen pigs(P < 0.05; P < 0.01), and also had a specific rule, which indicated that it may play an important role in these pig tissues. The expression of MYNN gene could related to the tissue, age and the genetic background of breeds. The results of this study provided a better understanding of the biological functions of pig MYNN. Further studies are required to determine its molecular mechanisms, especially in the regulation of skeletal muscle development.     

MYNN基因在猪不同组织及肌肉中的表达规律

试验旨在研究myoneurin（MYNN）基因在猪不同组织中的表达特征及其在肌肉（背最长肌、股二头肌和腰大肌）、小脑、肝脏、胰脏、肾脏、胃、脾脏、肺脏组织中的发育性表达规律。采用实时荧光定量PCR技术研究猪MYNN mRNA在90日龄大白猪和马身猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小脑、小肠、胰脏、胃、股二头肌及脂肪共11个组织中的表达谱,以及在大白猪和马身猪1、90、180日龄3个发育阶段的肌肉、小脑、肝脏、胰脏、肾脏、胃、脾脏、肺脏组织中的发育性表达规律。结果表明,MYNN在猪的各种组织中广泛表达,且各组织间表达差异显著或极显著（P < 0.05;P < 0.01）;MYNN在大白猪和马身猪的肌肉、小脑、肝脏、胰脏、肾脏、胃、脾脏、肺脏组织中的不同发育阶段表达差异显著或极显著（P < 0.05;P < 0.01）,并具有特定规律,由此推测其可能在猪的这几种组织中发挥重要作用。MYNN基因的表达与组织、日龄及品种的遗传背景有关。本试验为研究猪MYNN基因的生物学功能提供了依据,但还需要深入的研究来探索其作用的具体机制,尤其是在骨骼肌发育中的调节机制。     

CREB-H基因在猪不同组织中表达谱及肝脏中的表达规律

本研究旨在分析环腺苷酸应答元件结合蛋白H（cyclic AMP-responsive element-binding protein 3-like 3，CREB-H）在猪不同组织中的表达谱及其在马身猪和大白猪肝脏中的发育性表达规律。采用实时荧光定量PCR和Western blotting技术检测1日龄猪12个组织（心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、小肠、小脑、下丘脑、背最长肌、股肌和腰肌）中CREB-H基因的表达谱，以及CREB-H在1、30、60、90、120、150和180日龄马身猪和大白猪肝脏中的表达规律。结果显示，CREB-H基因mRNA在马身猪的12个组织中广泛表达，其中在肝脏和小肠中高表达；CREB-H蛋白在肝脏组织中的表达量显著高于其他组织（P<0.05），在心脏、脾脏和小脑中不表达。猪肝脏CREB-H基因mRNA和蛋白的发育表达受日龄、品种、品种与日龄相互作用的影响（P<0.01）。马身猪和大白猪肝脏中CREB-H基因mRNA和蛋白的表达量均在1日龄时达到最大值。在各发育阶段，马身猪CREB-H蛋白的表达量均极显著高于大白猪（P<0.01），且CREB-H主要在猪肝脏中表达。CREB-H在两猪种肝脏中的表达存在时空差异，可能与猪在不同发育期的脂质代谢能力有关，本试验结果为研究猪的脂质代谢调控机制提供一定的理论依据。     

新民猪和皮民猪ESR基因的多态性检测分析

为了研究新民猪和皮民猪雌激素受体(ESR)基因的多态性,试验采用PCR-RFLP方法,对黑龙江省农业科学院畜牧研究所收集整理的27头新民猪和50头皮民猪F1代的ESR基因进行检测,并与其他已报道的猪种进行比较。结果表明:新民猪ESR基因的A等位基因频率为0.593,B等位基因频率为0.407;皮民猪ESR基因的A等位基因频率为0.720,B等位基因频率为0.280。新民猪与皮民猪的等位基因频率与引进猪种相似,即A等位基因频率略高于B等位基因频率;然而我国大部分地方猪种的B等位基因频率高于A等位基因频率,其中B为优势等位基因。     

藏猪黑素皮质激素受体-4基因TaqI多态性分析

藏猪是我国青藏高原特有的小型原始地方猪种,文中采用PCR-RFLP技术分析了藏猪黑素皮质激素受体-4(MC4R)基因TaqI酶切位点多态性。结果表明:藏猪MC4R基因TaqI酶切位点优势基因型为11,基因型频率达93.56%,与国内梅山猪、二花脸猪、民猪和金华猪等较接近,与汉普夏、大白、杜洛克等外种猪差别较大。     

民猪繁殖性能的研究进展

民猪不仅是世界宝贵的种质资源,还是发展优质绿色猪肉产业的优选猪种。在非洲猪瘟常态化和畜禽品种资源日趋匮乏的大环境下,如何做好民猪的保护和利用凸显重要。文章就民猪的概况、繁殖性能和杂交利用等三个方面进行简要阐述,旨在为民猪的保护、利用及育种工作提供新的思路。     

新民猪和皮民猪CAST基因的多态性检测分析

为了研究新民猪和皮民猪钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因的多态性,试验采用PCR-RFLP法对27头新民猪和50头皮民猪F1代CAST基因的2个突变位点进行检测,并与已报道的猪种进行比较。结果表明:新民猪Arg249Lys突变位点的A等位基因频率为66.67%,B等位基因频率为33.33%;Ser638Arg突变位点的A等位基因频率为18.00%,B等位基因频率为82.00%。皮民猪Arg249Lys突变位点的A等位基因频率为94.00%,B等位基因频率为6.00%;Ser638Arg突变位点的A等位基因频率为28.00%,B等位基因频率为72.00%。与其他猪种相比,新民猪和皮民猪的Arg249Lys突变位点的A等位基因频率偏高,Ser638Arg突变位点的A等位基因频率偏低,从而引起有利单倍型249Lys-638Arg频率较低。     

Single nucleotide polymorphisms of the KIT and KITLG genes in pigs

Here, we report the variability in the KIT tyrosine kinase receptor and its ligand KITLG genes by determining single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 384 individuals including 11 pig breeds, two synthetic-line cross pigs, two cross breeds, and one Japanese wild boar. SNPs and indels within the coding sequence regions of KITLG and KIT and their 5'-flanking regions were detected by aligning sequences from eight pigs, and subsequently the SNPs were genotyped using matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI TOF-MS). Principal component analysis using allele frequencies in the SNP locus showed a distant relationship between Asian and Euro-American pig groups, except for Berkshire and Tokyo X breeds. These breeds were located within the mid-portion of the distribution in the first principal component. The Hampshire breed was distant from the other pig groups on the axis of the second principal component. Haplotype frequencies that were deduced using non-synonymous substitutions of the KIT gene revealed the uniqueness of Landrace, Large White, Middle White, and three-way cross pigs (LWD) and of the Hampshire breed. On the other hand, the haplotypes of KITLG and KIT detected in the Berkshire breed were prevalent in Asian pig groups. This tendency is different from that observed in other Euro-American pig breeds.     

松辽黑猪、大白猪免疫指标和生产性能的比较研究

以松辽黑猪和大白猪为研究对象,在70日龄时采集血液测定白细胞总数、血清IgG、IL-12、IFN-γ含量及中性粒细胞NBT还原力等免疫指标,并测定了猪初生重、断奶重、下网重及180日龄重、180日龄背膘厚、眼肌面积等生产性能指标。结果表明,白细胞总数、中性粒细胞NBT还原力、外周血单个核细胞培养上清IL-12含量和单个核细胞培养上清IFN-γ含量在松辽黑猪和大白猪间差异不显著（P＞0.05）;松辽黑猪血清IgG含量显著高于大白猪（P＜0.05）,IL-12和IFN-γ含量极显著高于大白猪（P＜0.01）;松辽黑猪和大白猪初生重、断奶重、下网重、180日龄背膘厚差异不显著（P＞0.05）,大白猪180日龄体重极显著高于松辽黑猪（P＜0.01）。本试验结果为揭示中外猪种抗病力差异的免疫学机理提供了参考资料。