微卫星DNA标记对5个中外黄牛品种／群体遗传结构的研究

利用4种微卫星DNA标记对南阳牛、延边牛、韩牛、西门塔尔牛、皮埃蒙特牛×南阳牛杂种5个品种／群体的等位基因频率、杂合度、有效等位基因数、遗传距离等进行了遗传检测,在此基础上又进行了聚类分析。从分子水平上揭示了中国牛与外国牛、瘤牛与普通牛品种间的遗传结构关系。     

3个牛品种UCP3基因第5内含子和第6外显子部分序列的多态性研究

以中国西门塔尔牛、安格斯牛和海福特牛为试验材料,设计特异性引物扩增解耦联蛋白3基因(UCP3)的第5内含子和第6外显子部分序列,利用PCR-SSCP技术对牛UCP3基因进行了SNPs检测和基因型分析。结果表明,3个牛品种中的优势等位基因均为B,中国西门塔尔牛和安格斯牛的优势基因型为BB型,海福特牛的优势基因型为AB型;中国西门塔尔牛和海福特牛在UCP3基因位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,而安格斯牛在UCP3基因位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态;中国西门塔尔牛和海福特牛在UCP3基因位点为中度多态,安格斯牛在UCP3基因位点为高度多态。     

澳大利亚肉牛良种的选育及配套技术

一、完善的肉牛良种培育体系1.优良肉牛品种　澳大利亚肉牛品种极为丰富，接近40个，其中起主要作用品种可分为三大类，第一类从欧洲引进的品种，如最早由欧洲殖民者带入的安格斯、海福特牛，20世纪50～70年代引进（活畜、冻精和胚胎）的夏洛来、西门塔尔、短角、利木赞、德国黄牛等；第二类是从美国等国引进的热带及亚热带牛种，如婆罗门圣塔、格特鲁、非洲瘤牛，50年代从巴基斯坦引进的沙西华和辛红牛等；第三类是在引入品种的基础上育成的新品种，以安格斯牛和短角牛杂交育成的墨累灰牛。为适应热带和亚热带环境而杂交育成了抗旱王以及适…     

渤海黑牛和日本和牛mtDNAD-loop区遗传变异研究

研究渤海黑牛和日本和牛线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的遗传变异。采用DNA测序技术测定了这2个品种17个个体mtDNA D-loop区全序列,从Genbank下载了31头日本和牛、9头渤海黑牛、2头欧洲普通牛、2头瘤牛以及21个其他中外黄牛品种mtDNA D-loop区全序列,用lasergene和Mega 4.0.1软件对所得的渤海黑牛和日本和牛57个个体的序列进行了遗传多样性研究,并对渤海黑牛、日本和牛、欧洲普通牛和瘤牛的mtDNAD-loop区全序列进行了同源性分析。以水牛为外群,对23个中外黄牛品种的聚类分析显示它们聚为2类:欧洲型原牛和瘤牛型原牛。渤海黑牛含有这2类的遗传背景,受到过瘤牛血缘渐渗的影响。而日本和牛则来源于欧洲原牛。结论:渤海黑牛和日本和牛mtDNA D-loop区具有丰富的遗传多样性,二者的亲缘关系很近;渤海黑牛含有普通牛和瘤牛的血统、受到过瘤牛血缘渐渗的影响;日本和牛属普通牛类型,欧洲原牛、朝鲜牛和我国北方的部分牛种对于日本和牛的形成可能都起到丰富种群的作用。     

德国安格斯肉牛和西门塔尔肉牛分娩后的母体保护行为及其与生产性状的关系

试验选用390头德国安格斯牛（阿伯丁安格斯牛X德国兼用牛）和西门塔尔母牛,进行了连续7年的试验（2000～2006年）,在其犊牛打耳标时通过母牛分类保护反应测定母体保护行为。试验在母牛分娩后的24h内由固定人员进行。母体保护行为评分（MBS）的差异分析采用以品种、胎次、产犊月份为固定效应的模型以及品种和胎次的互作进行。母牛作为随机效应被参照。品种、胎次以及品种与胎次的互作很大程度上影响母体保护行为评分。德国安格斯牛的评分高于西门塔尔牛,并且相对于年轻母牛而言,经产胎次高的牛评分高。在整个关联母体下测定遗传力,德国安格斯牛为0．14（标准误0．08）,西门塔尔牛为0．42（标准误0．05）。评分重复力分别为德国安格斯牛0．24（标准误0．04）和西门塔尔牛0．42（标准误0．05）。断奶重和犊牛的平均日增重与母体保护行为评分不相关。     

枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪全基因组ROH检测及候选基因鉴定

通过检测枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪的长纯合片段(Runs of homozygosity,ROH),鉴定其与3个猪种经济性状相关的候选基因.利用全基因组单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)芯片数据对这3个猪群体进行全基因组ROH检测,统计ROH数量、长度及分布,计算基于ROH的近交系数(FROH),并在高频ROH区域鉴定候选功能基因.结果显示,从枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪群体中分别检测到1588个、3314个和4419个ROH.枫泾猪的ROH平均长度为12.84 Mb,平均FROH为0.084;梅山猪的ROH平均长度为10.55 Mb,平均FROH为0.164;沙乌头猪的ROH平均长度为10.52 Mb,平均FROH为0.141.在高频ROH区域共鉴定到9个枫泾猪候选功能基因和8个梅山猪候选功能基因.研究结果为枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪的资源保护和分子标记辅助选择奠定了基础.     

东极黑猪群体遗传结构分析及利用

东极黑猪是在我国东北部发现的一种新黑猪群体,试验旨在了解东极黑猪群体结构和遗传多样性,以期更好地保护和利用东极黑猪遗传资源。通过50k SNP芯片研究426头东极黑猪进行遗传多样性、亲缘关系和家系结构,同时加入20头大白猪及20头民猪数据开展主成分分析（Principal component analysis,PCA）。结果表明,东极黑猪57 466个SNPs中有47 389个SNPs通过质检;PCA结果显示,3个群体分别聚类,东极黑猪与另外两个猪种区分明显;东极黑猪群体中部分个体遗传关系较近,状态同源（Identity by state,IBS）遗传距离为0.097 7～0.358 9,平均值为0.275 2;连续性纯合片段（Runs of homozygosity,ROH）分析发现该群体平均ROH为317.3 Mb,主要分布在200～300 Mb,群体平均近交系数（FROH）为0.133,说明存在近交情况。根据基因组亲缘关系和聚类分析结果,可将东极黑猪群体分为15个家系。综合分析表明,东极黑猪群体遗传多样性丰富,品种独特,但存在近交,建议引入新血统以防遗传多样性丢失。     

不同肉牛品种间杂种优势预测

[目的]预测西门塔尔杂交牛（西杂牛）与不同品种牛之间的杂种优势。[方法]以西杂牛为母本,利木赞牛、红安格斯牛、夏洛莱牛、德国黄牛为父本,利用微卫星标记对不同牛种间的遗传距离进行分析,并预测杂种优势。[结果]西杂牛与德国黄牛的遗传距离最大,为1.2598,其次是利木赞牛（1.0546）、红安格斯牛（0.8867）和夏洛莱牛（0.5997）。[结论]西杂牛与其他品种牛之间的杂种优势依次为德国黄牛〉利木赞牛〉红安格斯牛〉夏洛莱牛。     

不同品种公牛精液品质比较

试验选择体态状况良好能正常采精的西门塔尔牛、红安格斯牛、日本和牛种公牛各5头,分别对上述种公牛精液冷冻前后的密度、精子存活指数、精子顶体完整率、精子的畸形率等指标进行检测,探讨现行精液冷冻技术对不同品种公牛精液品质的影响。结果表明,西门塔尔牛的精液密度最大,红安格斯牛次之,日本和牛的精液密度最小,不同品种公牛精液密度之间差异极显著(P<0.01);原精存活率西门塔尔牛高于红安格斯牛和日本和牛,差异极显著(P<0.01),红安格斯牛和日本和牛之间差异不显著(P>0.05);鲜精精子畸形率、顶体完整率,西门塔尔牛、红安格斯牛和日本和牛之间差异均不显著(P>0.05)。西门塔尔牛的精子冻后存活率最低,红安格斯牛次之,日本和牛最高,3个品种公牛精子冻后存活率之间差异极显著(P<0.01)。     

研究表明中国黄牛有3个不同的血统来源

正中国的黄牛是从哪里来的?日前从西北农林科技大学获悉,来自我国多家科研单位的科学家研究表明,中国黄牛有3个血统来源,即东亚普通牛、欧亚普通牛及中国南方瘤牛。这一研究将为我国肉牛新品种培育提供理论基础。该研究由西北农林科技大学姜雨教授     

部分黄牛品种(群体)遗传多样性分析

 用 4个微卫星位点分析了延边牛、南阳牛、西门塔尔牛、皮埃蒙特杂种牛和韩国牛的遗传结构。结果表明 ,4个位点平均基因多样性为 0 .5 7,IDVGA 11位点最高 ,为 0 .6 6 ;5个品种的遗传多样性平均为 0 .5 7,南阳牛达0 .6 6 ,延边牛和韩国牛的多态性相对较低 ,西门塔尔、皮埃蒙特杂种的观测多样性明显低于期望的多样性 ,反映存在选择和近交 ;延边牛和韩国牛、西门塔尔牛与皮埃蒙特杂种牛之间有很高的基因流 ,说明它们的来源相近 ,由于品种间杂交 ,延边牛和西门塔尔牛、皮埃蒙特杂种牛和南阳牛之间也有较大的基因流 ;群体间遗传距离与基因流结果相符。     

肉牛三元杂交模式研究与犊牛性能测定

山东省肉牛杂交改良始于70年代后期,在全省范围内引入国外良种肉牛品种对本地牛进行杂交改良,如短角牛、海福特牛、安格斯牛、夏洛莱牛、利木赞牛、西门塔尔牛、抗旱王牛等,由于当时没有通过杂交组合试验,杂交改良一哄而起,有些品种不能很好适应当时经济发展的需要和当地自然环境,加之传统的饲养方式不能充分发挥杂交肉牛的生产性能,导致1979年后肉牛杂交改良逐渐降温.在以后的时间里,科技人员对各种肉牛杂交组合进行比较试验,取得了第一手资料,从而确定了山东省肉牛杂交改良区域规划及山东省引进国外良种肉牛杂交改良的父本品种.鲁中、鲁西、鲁北、鲁东南地区以引进利木赞牛改良为主,逐渐形成黄色肉牛改良区;滨州地区除渤海黑牛部分县保种外,以黑安格斯牛对渤海黑牛进行杂交改良;胶东地区以肉乳兼用牛西门塔尔改良为主,逐渐形成花色兼用牛改良区.     

热带亚热带肉牛品种

世界上优良的肉牛品种很多，由于它们都是在不同的环境条件下培育形成的，因此其生产性能和对环境的要求也不相同。自1974年以来，云南省曾先后从国外引入西门塔尔牛、海福特牛、安格斯牛、婆罗门牛、沙希华牛、短角牛、墨累灰牛等肉牛品种的种牛或冻精，经多年研究和实践推广表明，一些引进肉牛品种在云南省的杂交改良效果较好，它们对云南省的肉牛业发展起了很大的促进作用。现将目前著名的热带亚热带品种牛介绍于下：     

畜禽全基因组长纯合片段检测的研究进展

长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)是在个体和群体中常见的连续性纯合片段,是亲代将同源相同的单倍型遗传给同一个后代而形成的。ROH蕴藏着种群丰富的遗传信息,这使ROH成为一种有用的工具,可以提供关于种群是如何随着时间的演变而变化的信息。ROH也可以用于估计个体间遗传关系,有助于将近亲交配率降至最低,还可以暴露基因组中有害的变异。ROH在基因组中的大小、分布和频率受到自然选择和人工选择、重组、连锁不平衡、群体历史、突变率和近交水平等诸多因素的影响。近年来,随着高通量基因分型技术的使用以及二代测序成本的降低,畜禽育种已经进入基因组时代。对优秀种畜禽的选择强度大大提高,这在改善畜禽生产性能的同时不可避免地会造成动物的近交,从而导致近交衰退。根据ROH的分子信息能更准确地估计纯合性并可以检测过去和最近的近亲交配情况。基于ROH计算近交系数(F_ROH)反映的是个体的真实近交系数,即为实现的近交系数,而系谱近交系数F_PED得到的是期望值。F_ROH在缺乏系谱信息的情况下,也可以用来推断一个群体的历史和近亲交配水平的信息。选择会改变优良畜禽的表型,并重塑了基因组不同区域的ROH模式。此外,选择增加了目标位点周围的纯合性,有害的变异被认为更频繁地出现在ROH区域,可以通过ROH检测,降低复杂疾病发生的风险。经过长期选择,品种内同群个体相同ROH在基因组中高频出现,产生ROH岛。研究证实了ROH和正在选择的基因组区域之间具有相关性。在实际应用中,可以通过生物信息的方法在ROH岛注释到ROH区域与经济性状相关的基因。此外,ROH也为评估畜禽遗传多样性提供了新的视角,对群体进行全基因组ROH检测,剖析每个群体的遗传结构,并利用F_ROH对当前育种计划中近交的影响进行评估,来调整育种方案,保护品种的遗传多样性。ROH已逐渐成为探究群体历史结构、评估近交水平、鉴定候选基因方面的重要指标。识别ROH主要有观察基因型计数法和基于模型分析两种方法。常用的检测软件有PLINK、GERMLINE、BEAGLE、GARLIC等。在实际应用中,PLINK是最常用的ROH检测工具。在畜禽中,由于牛的SNP芯片推出最早,因此最先开展ROH研究的是牛的群体,牛的ROH研究数量最多、最深入。目前,在猪、羊、鸡等畜禽中关于ROH的研究也逐渐增多。文章主要综述了ROH形成的原理和检测方法,以及在畜禽中的研究进展,以期为畜禽的遗传育种提供参考。     

Y染色体多态性与中国黄牛起源和分类研究

通过常规法、G带和C带对7个黄牛品种染色体进行系统研究所获得的资料,同时汇集了近20年来中国境内22个黄牛品种和1个大额牛种共计30个黄牛品种（其中4个外来牛品种）染色体的研究资料,分析和探讨了中国黄牛的起源、进化与分类。结果表明,中国黄牛Y染色体具有多态性,有中、亚中和近端着丝点Y染色体。中国北方黄牛多为中部和亚中部着丝点Y染色体,南方黄牛多近端丝点Y染色体,中原黄牛在品种内个体间多具有中、亚中和近端着丝点Y染色体3种类型。说明中国黄牛起源的多元性,即源于普通牛和瘤牛。在进化过程中,中国北方黄牛受普通牛的影响大,南方黄牛受瘤牛的影响大,中原黄牛同时受普通牛和瘤牛的影响,是由普通牛和瘤牛长期交汇融合形成的。根据26个黄牛品种Y染色体形态类型,绘制了中国黄牛Y染色体在中国的分布地域图。     

介绍两个国内外热带亚热带肉牛良种

1．婆罗门牛 婆罗门牛育成于美国，是由四种印度瘤牛和一些纯种英国牛杂交培育而成的肉牛良种，是适于热带、亚热带饲养的优良肉牛品种。据国外研究资料表明，普通黄牛导入50％婆罗门牛血统，其后代就能充分体现婆罗门牛的品种特征。云南省南部和中部地区属热带、亚热带气候类型，比较适于引入婆罗门牛进行杂交改良。     

中国南方部分黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传变异与分类分析

【目的】检测中国黄牛品种的遗传多样性和遗传亲缘关系。【方法】扩增、测序并分析了8个南方黄牛品种(川南牛、务川牛、温岭牛、隆林牛、湘西牛、郧巴牛、昭通牛、锦江牛)共计40个个体的线粒体D-loop区(mtDNAD-loop)全序列。【结果】共检测到56个变异位点,17个单倍型,平均核苷酸差异(K)为20.364,核苷酸多样度(π)为2.25%,单倍型多样度(Hd)为0.750±0.074;4种碱基A、T、C、G的频率分别为33.2%,28.2%,25.1%和13.5%;56处多态位点中,转换49处(占多态位点87.5%),颠换4处(占7.14%),缺失/插入3处(占5.36%);在样本数量超过3的群体中,锦江牛和昭通牛分别显示出最贫乏和最丰富的遗传多样性;构建的NJ进化树表明,云南昭通牛与其他7个品种的亲缘关系最远。【结论】普通牛较瘤牛具有丰富的遗传多样性,支持普通牛的多地区起源说;云南昭通牛含有不同于印度瘤牛的瘤牛血统,从分子水平上支持云南是潜在的瘤牛起源驯化中心。     

用20个微卫星标记研究鲁西黄牛和渤海黑牛的遗传多样性

用20个微卫星座位分析了鲁西黄牛、渤海黑牛及用作参照的秦川牛品种的遗传多样性。3个中国黄牛品种在20个座位的等位基因数为4~25个,平均等位基因数接近9个。各座位等位基因长度与欧洲普通牛相似,但平均等位基因数高于报道的欧洲普通牛和部分中国其它黄牛品种。3个品种在不同座位均发现部分特有基因,以渤海黑牛居多,在3个座位检测到7个特有基因。平均有效等位基因数达到6个以上,平均杂合度接近0.8,平均多态信息含量约为0.85,这几项变异参数在3个品种间没有明显差异,但高于欧洲普通牛群体和报道的中国部分黄牛群体的相应值。结果表明,3个品种在当地生态条件下,经数千年的选育积累了丰富的遗传变异,属宝贵的遗传资源。遗传相似度分析结果显示,渤海黑牛先与秦川牛聚为1类,再与鲁西黄牛聚在一起,引证了鲁西黄牛受瘤牛血统影响较大的结论。     

从mtDNA和SRY基因多态揭示云南大额牛杂交起源

从父系、母系全面揭示云南大额牛的遗传背景.采集了云南大额牛、印度野牛(Bosgaurus)、迪庆黄牛、怒江黄牛以及文山高峰牛共5个种群的血液样品,对其中70头牛mtDNA D-loop和39头公牛Y染色体非同源部分SRY基因序列多态检测,结合GenBank已经报道的相关序列,对所构建的单倍型NJ系统树和网络图进行了聚类分析.线粒体DNA数据显示,云南大额牛母系来源于瘤牛(B.indicus)和普通黄牛(B.taurus),云南本地牛母系也来源于瘤牛和普通黄牛;SRY基因序列信息显示,云南大额牛父系来源于大额牛(B.frontalis),云南本地牛父系来源于印度瘤牛.结果说明,云南大额牛为大额牛与黄牛的杂交后代,云南本地牛主要为瘤牛血统.     

贵州关岭黄牛线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性分析

为了解贵州关岭黄牛的遗传多样性及遗传背景,测定了22个个体的线粒体DNAD—loop区全序列。结果表明,关岭黄牛D—loop区全序列中,A T平均含量为61．5％,G c含量为38．5％。经比对,共检测到关岭黄牛D—loop区14种单倍型,核苷酸多态位点54个,其中12种为普通牛血统的单倍型,2种为瘤牛血统的单倍型,说明关岭黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在关岭黄牛22个个体中,其单倍型多样度为0．909,核苷酸歧异度(π值)为2．29％,表明关岭黄牛品种的遗传多样性丰富。