Nucleotide sequence of the Rasheed rat sarcoma virus oncogene: new mutations

The nucleotide sequence of the oncogene of the Rasheed strain of rat sarcoma virus was determined. The oncogene (Ra-v-ras) encodes a 29,000-dalton (p29) transforming protein. This protein is distinct from the immunologically related 21,000-dalton protein (p21) of the Harvey murine sarcoma virus in its amino terminus and in having additional mutations in its carboxyl terminus. Although the functional significance of these changes is unknown, they appear to occur only in rat sarcoma virus.     

A model for the tertiary structure of p21, the product of the ras oncogene

A model was developed for the structure of p21, the protein with a molecular weight of 21,000 that is produced by the ras genes. This model predicts that p21 consists of a central core of beta-sheet structure, connected by loops and alpha helices. Four of these loops comprise the guanine nucleotide binding site. The phosphoryl binding region is made up of amino acid sequences from 10 to 16 and from 57 to 63 of p21. The latter sequence may contain a site for magnesium binding. Amino acids defining guanine specificity are Asn-116 and Asp-119, and sequences around amino acid 145 may contribute to guanine binding. The model makes it possible to visualize how oncogenic mutations of p21 affect interaction with guanine nucleotides.     

Gene product of v-fgr onc: hybrid protein containing a portion of actin and a tyrosine-specific protein kinase

The nucleotide sequence of the region of Gardner-Rasheed feline sarcoma virus (GR-FeSV) encoding its primary translation product, p70gag-fgr, has been determined. From the nucleotide sequence, the amino acid sequence of this transforming protein was deduced. Computer analysis indicates that a portion of P70gag-fgr has extensive amino acid sequence homology with actin, a eukaryotic cytoskeletal protein. A second region of P70gag-fgr is closely related to the tyrosine-specific kinase gene family. Thus, the v-fgr oncogene appears to have arisen as a result of recombinational events involving two distinct cellular genes, one coding for a structural protein and the other for a protein kinase.     

蕨麻猪白细胞抗原Ⅰ类分子3基因的克隆和序列分析

参照GenBank上登录的猪SLA-3基因序列(GenBank登录号:AF464010)设计1对引物,从经ConA刺激的蕨麻猪外周血液淋巴细胞中提取RNA,进行克隆、测序以及同源性分析和蛋白结构预测分析.结果表明:克隆的蕨麻猪SLA-3基因大小为1 086 bp,含一个完整的开放阅读框,编码361个氨基酸,还含有一段21个氨基酸的信号肽序列;核苷酸序列与GenBank上登录的SLA-3参考序列的同源性为93.1%;与牛、绵羊、山羊的同源性较高,而与鸡的同源性最低.蛋白分子结构预测表明,猪SLA-3基因编码的蛋白分子是由胞外区(303个氨基酸)、跨膜区(23个氨基酸)和胞内区(35个氨基酸)组成的一种跨膜蛋白.     

猪Sirtuin3基因的克隆与进化分析

从猪十二指肠肠道组织提取总RNA,采用RT-PCR方法克隆了猪Sirtuin3基因,并与GenBank中的9个其他物种的核酸序列进行了同源性分析,采用邻接法构建了分子系统进化树。结果表明克隆的猪Sirtuin3基因长999bp,编码332个氨基酸,前21个为信号肽;猪Sirtuin3与牛、人的同源性最高,分别为86．3％、79．6％,分子进化树也表明猪的Sirtuin3与牛、人的亲缘关系最近。     

青海野生中国沙棘P5CS基因的扩增及序列分析

以青海野生中国沙棘的嫩叶为材料,扩增其P5CS基因并进行序列测定。结果表明:所得的中国沙棘的P5CS基因的碱基数量为434 bp,其中A碱基115个,T碱基119个, G碱基107个,C碱基93个。另外,通过对中国沙棘P5CS基因的氨基酸的序列分析显示,所得P5CS基因片段编码144个氨基酸,其中强碱性氨基酸21个,强酸性氨基酸8个,疏水性氨基酸53个,亲水性氨基酸34个。     

猪瘟C—株和野毒株p80基因的序列分析

利用RT-PCR及nPCR技术扩增出了C-株免脾组织毒和广西玉林野毒（GXYL）p80基因的一段长942bp的序列，并将其克隆互PMD-18T载体中，测定其核苷酸序列并推导出了相应的氨基酸序列，比较C-株，GXYL株和已发表的Alfort株、Brescia株相应核苷酸序列及氨基酸序列同源性，核茜酸同源性最低为87.46%，最高为98.08%，氨基酸同源性最低为94.27%，最高为98.09%，进一步证实了HCV p80基因的高度保守性。     

四川白鹅白细胞介素-2基因的克隆及生物信息学分析

[目的]克隆分析四川白鹅白细胞介素-2(IL-2)基因。[方法]参照GenBank中发表的鸭IL-2基因保守序列,设计1对引物,采用RT-PCR技术从ConA刺激的四川白鹅外周血淋巴细胞的总RNA中扩增鹅IL-2基因,并进行测序及生物信息学分析。[结果]四川白鹅IL-2基因全长468 bp,含1个441 bp的开放阅读框(ORF),编码146个氨基酸。生物学软件分析表明该序列编码的氨基酸序列中有4个磷酸化位点,1个糖基化位点,含有21个氨基酸残基组成的信号肽。同源性分析表明四川白鹅IL-2基因与鸭、鸡和火鸡IL-2核苷酸及氨基酸序列同源性均分别为92.2%、77.5%、78.2%和85.8%、65.5%、64.1%,而与其他种属的哺乳动物及啮齿类动物(如人、猴、大鼠、牛、马、猪、猫、小鼠、兔和鹿)的IL-2基因的核苷酸和氨基酸同源性均分别低于45%和28%。[结论]四川白鹅IL-2基因与鸭和鸡具有较近的亲缘关系。     

兔IFN-γ基因的克隆、遗传进化分析及其表达

运用RT-PCR技术对用ConA刺激后的中国白兔外周血淋巴细胞(PBMCr)进行扩增,将纯化后的PCR产物克隆入pMD18-T中进行序列测定,并进行遗传进化分析.结果发现:该基因全长501 bp,编码167个氨基酸,其中前20个氨基酸残基构成信号肽序列.与不同物种IFN-γ基因相比,核苷酸和推导的氨基酸序列有一定的差异.在推导的中国白兔IFN-γ氨基酸序列中,在41~43、108~110和117~119位存在3个潜在的N-联糖基化位点,同时存在3个Cys残基.转化重组质粒pETIFN-γ的大肠杆菌BL21(DE3)经IPTG诱导后,重组菌菌体裂解物经SDS-PAGE电泳可检测到相对分子量为22.6 kDa的重组蛋白.经凝胶薄层扫描,重组蛋白表达量可占菌体蛋白的19.2%.     

四川白鹅白细胞介素-2基因的克隆及生物信息学分析(英文)

[Objective] The study aimed to clone interleukin-2(IL-2) gene from Sichuan white goose. [Method] Based on the IL-2 gene of duck accessed in GenBank, a pair of primers was designed for cloning IL-2 gene from total RNA of peripheral blood lymphocytes of Sichuan white goose stimulated by ConA via RT-PCR technology. The yielded fragment was sequenced for bioinformatics analysis. [Result] The full length of IL-2 gene of Sichuan white goose is 468 bp that contains a 441 bp open reading frame(ORF), encoding 146 amino acid residues. Bioinformatics analysis shows that the amino acid sequence of IL-2 gene of Sichuan white goose contains four phosphorylation sites, a glycosylation site and a signal peptide with 21 amino acid residues. Homologies of IL-2 nucleotide sequence and amino acid sequence between Sichuan white goose and duck, chicken, turkey are 92.7%, 77.5%, 78.2% and 85.8%, 65.5%, 64.1%, respectively. By contrast IL-2 nucleotide sequence and amino acid sequence between Sichuan white goose and mammalian and rodents such as human, monkey, rat, bovine, horse, pig, cat, mouse, rabbit and deer, are all less than 45% and 28%, respectively. [Conclusion] The IL-2 gene of Sichuan white goose has closer genetic relationship with those of chicken and duck.     

伪狂犬病毒Fa株gB、gC、gD基因的克隆与序列分析

对猪伪狂犬病病毒闽A株(Fa株)gB、gC、gD基因进行了克隆和序列测定,结果表明:gB、gC、gD基因序列全长分别为2 745 bp、1464 bp、1 215 bp,编码914、487、404个氨基酸残基组成的多肽。序列分析结果显示:Fa株与其他毒株gB、gC、gD基因核苷酸序列的同源性为94.9%~99.9%,氨基酸序列的同源性为91.4%~99.9%。不同PRV毒株gB、gC、gD基因在核苷酸和氨基酸水平上高度保守。基于gB、gC、gD基因的进化树分析表明,中国分离毒株与韩国分离毒株可归为一个进化分支,而日本分离株与欧美分离株归为另一个分支。在前一个分支里,闽A株与鄂A株的亲缘关系特别近,3个基因的同源率均在99.5%以上。在gB蛋白氨基酸序列全长上中国分离株(Ea株、Fa株)比欧美分离株多了1个氨基酸,氨基酸残基的突变主要集中在第50~100氨基酸。在gC基因序列第186~211 bp,Ea株、Fa株比欧美分离株多插入了21个碱基。在gD蛋白氨基酸序列全长上,Ea株、Fa株比其他分离株多了2~6个氨基酸。在gD基因序列第803~837 bp,Fa株核苷酸AGGCCC串联重复最多,达到7个。     

Nucleotide sequence and expression of the diphtheria tox228 gene in Escherichia coli

The complete nucleotide sequence of the diphtheria tox228 gene encoding the nontoxic serologically related protein CRM228 has been determined. A comparison of the predicted amino acid sequence with the available amino acid sequences from the wild-type toxin made it possible to deduce essentially the entire nucleotide sequence of the wild-type tox gene. The signal peptide of pro-diphtheria toxin and the putative tox promoter have been identified, a highly symmetrical nucleotide sequence downstream of the toxin gene has been detected; this region may be the corynebacteriophage beta attachment site (attP). The cloned toxin gene was expressed at a low level in Escherichia coli.     

烟草花叶病毒蚕豆分离物移动蛋白基因克隆及序列分析

根据已报道的ＴＭＶ Ｕ１株系（ＴＭＶ－Ｕ１）的序列设计了特异性引物,利用ＲＴ－ＰＣＲ技术,从烟 草花叶病毒蚕豆分离物（ＴＭＶ－Ｂ）上扩增移动蛋白（ＭＰ）基因及其邻近序列。将此ｃＤＮＡ片段克隆于 ｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔ ＳＫ质粒上,进行测序分析。结果表明：ＭＰ基因由８０７个核苷酸组成,编码２６８个氨基酸。与 ＴＭＶ－Ｕ１的ＭＰ基因序列比较,核苷酸序列及推导出的氨基酸序列的同源性分别为９９．０１％和 ９８．８９％。与ＴＭＶ－Ｙｕ的ＭＰ基因序列比较,同源性分别为９８．１４％和９８．８９％。说明ＴＭＶ的ＭＰ基因 在不同株系中是非常保守的。     

巴西橡胶树线粒体50S核糖体蛋白L21 cDNA的克隆与分析(英文)

[目的]在橡胶生产中,一种叫做"死皮"的生理综合症严重制约了橡胶树(Hevea brasiliensis)单产的提高。为揭示橡胶树"死皮"发生的分子机理,研究对一差异表达的HbmRPL21进行了克隆,并在此基础上对其进行深入的生物信息学分析。[方法]在早期构建的差减文库中,筛选到一条在死皮植株中下调表达的基因片段,该片段编码的蛋白与线粒体50S核糖体蛋白L21(mRPL21)同源。通过ESTs序列拼接和RT-PCR,获得一条853bp的cDNA序列(命名为HbmRPL21,GenBank登录号为HM800425),该序列包含一个完整的开放读码框。[结果]信息分析表明,HbmRPL21编码271个氨基酸,理论分子量为30.52kD,等电点为8.40,HbmRPL21是一个包含Ribosomal_L21p保守结构域的线粒体定位蛋白。进化分析表明,植物和动物界间mRPL21序列差异很大,而植物界内则相对比较保守。[结论]研究为下一步阐明HbmRPL21在橡胶树"死皮"中的生物学功能奠定了理论基础。     

禽大肠杆菌O2、O78菌株外膜蛋白A基因扩增及序列分析

根据Genbank中大肠杆菌K-12外膜蛋白A基因的核苷酸序列设计引物,从禽大肠杆菌O为O2、O78及它们的融合株O2．78(Chl^rNor^r)中分别扩增得到外膜蛋白A基因(ompA),进行序列测定及分析发现3个菌株的ompA均由2276nt组成,核苷酸序列完全相同,只有一个大的开放性阅读框(ORF),长1041bp,编码由346个氨基酸组成的前外膜蛋白A(pro-OmpA),前21个氨基酸残基组成信号肽,成熟的OmpA由325个氨基酸残基组成,相对分子质量为37000．其氨基酸序列也完全相同．从基因水平上证明了禽大肠杆菌O2和O78菌株存在相同的外膜蛋白A抗原。     

柔嫩艾美耳球虫LZ株MIC-5基因的克隆与表达

提取柔嫩艾美耳球虫兰州株孢子化卵囊总RNA,运用RT-PCR技术扩增Et MIC-5基因片段进行测序,并克隆入大肠杆菌表达载体pET28a中进行诱导表达.结果表明,该基因片段长918 bp,编码306个氨基酸.与GenBank报道的柔嫩艾美耳球虫Houghton株MIC-5基因相比,核苷酸和推导的氨基酸序列同源性为99.2%和99.6%.在推导的MIC-5氨基酸序列中,第15~89、90~160、173~242和245~306位保守的cys残基形成4个Apple样结构域(A-domain),推测该蛋白可能在虫体与宿主细胞的黏附中起重要作用.转化重组质粒pETMIC-5的BL21(DE3)经IPTG诱导后,SDS-PAGE和western blot分析证实目的蛋白成功表达,重组蛋白的表达量可占菌体蛋白的15.2%.     

苏云金芽胞杆菌酰基高丝氨酸内酯酶基因的克隆及分析

利用pMD18-T克隆载体从苏云金芽胞杆菌菌株WB12中克隆了酰基高丝氨酸内酯酶基因(AHL-lactonase,aiiA).测序结果表明,该基因(GenBank登录号为DQ000642)由753个碱基组成,编码含有250个氨基酸残基的蛋白质.推测该蛋白质分子质量为28 ku,等电点为4.2,不含信号肽序列.利用DNAMAN软件构建同源关系树.结果表明,该蛋白与已报道具有减弱欧文氏菌胡萝卜亚种致病力的11个A iiA蛋白酶氨基酸序列总相似性为81.2%,并含有相同的氨基酸序列保守区.核苷酸序列的BLAST分析结果表明,与之同源性较高的基因均为蜡质芽孢杆菌组aiiA基因(86%-99%).     

朗德鹅肌肉生成抑制因子基因（MSTN）的克隆及其表达量与日粮能量、血清IGF-I和GH的关系

 【目的】采用反转录－聚合酶链反应（RT-PCR）技术,克隆朗德鹅肌肉生成抑制因子基因（MSTN）,研究MSTN基因表达和日粮能量及其部分血清激素含量的相互关系,了解MSTN的功能,为水禽分子营养和分子育种提供基础资料。【方法】从朗德鹅（Anser anser）的腿肌中抽提总RNA,用两步法RT-PCR扩增出MSTN基因的cDNA编码序列,以pGEM-T Vector为载体,将该片段克隆到大肠杆菌（Escherichia coli）中。通过筛选阳性克隆,双酶切鉴定后测序;以MSTN基因的克隆为基础,以β-actin为内标,构建优化的半定量RT-PCR方法,研究高中低（A:13.38MJ•kg-1、B:12.13MJ•kg-1、C:10.87MJ•kg-1）3种不同能量对朗德鹅21日龄和70日龄2个时期,肌肉组织MSTN基因表达的差异;同时用放免法测定21、70日龄的血清GH和IGF-I浓度。【结果】克隆朗德鹅MSTN基因cDNA的部分序列,其片段大小为1 128bp,编码375个氨基酸组成的多肽,与已发表的鸡、鸭、鹅的MSTN 核苷酸相似性分别为94%、94%、99%;氨基酸的相似性分别为98%、97%、98%;21日龄时,朗德鹅公鹅、母鹅MSTN表达量差异不显著;70日龄时朗德鹅公鹅MSTN的表达量情况为能量A＞C＞B,朗德鹅母鹅MSTN的表达量情况为C＞B＞A;对于朗德鹅21～70日龄阶段的生长,MSTN基因的表达量和血清IGF-I的变化基本一致;与血清GH含量之间并不存在很大关联,GH和能量的高低呈正相关。【结论】日粮能量对21日龄后朗德鹅MSTN基因的表达有影响,且MSTN基因表达量和血清IGF-I具有相关性,和血清GH无较大相关性。