利用微卫星标记分析五个家兔群体的遗传多样性

利用15个微卫星座位,分析了新西兰白兔、德系安哥拉兔、美系獭兔、齐卡G系肉兔、福建黄兔5个家兔群体的遗传多样性。结果表明：15个微卫星位点的平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为7．400±1．639个和5．694±1．470个;5个家兔群体的平均基因杂合度和平均多态信息含量分别为0．7367和0．6994;新西兰白的平均基因杂合度和平均多态信息含量最高,福建黄兔最低。5个家兔群体的平均总近交系数（F_is）为-0．03,群体内平均近交系数（F_is）为-0．151,群体平均分化系数（F_is）为0．105（P〈0．001）。采用UPGMA法进行聚类分析,5个家兔群体聚为三类：新西兰白兔和德系安哥拉兔聚为一类;齐卡兔G系和美系獭兔聚为一类,福建黄兔独自为一类。     

苏系长毛兔的遗传多样性分析

为了从DNA分子水平揭示苏系长毛兔遗传多态性和遗传结构,选用6个多态性较好的微卫星标记,对96只宜兴拉必得种兔场发育良好的苏系长毛兔群体进行了检测分析。利用等位基因频率计算苏系长毛兔群体的期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、等位基因数、有效等位基因数。6个微卫星座位全部呈现出高度多态性(PIC0.5),共检测到36个等位基因,每个座位的等位基因数在5~7个之间,平均等位基因数6.00±0.8944个,平均有效等位基因数为3.74±0.8159,该长毛兔群体期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.7257±0.0589和0.6758±0.0721。研究结果表明:苏系长毛兔的微卫星座位有丰富的遗传多样性。通过选育可以使该苏系长毛兔群体进一步纯化,从而使其生产性能稳定。     

长江三角洲白山羊群体遗传结构研究

应用结构基因座和微卫星DNA两种遗传标记探讨长江三角洲白山羊群体遗传结构。结果表明，检测的9个结构基因座位上7个存在多态性，座位的基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数分别为0．1767、0．1457和1．2837；7个微卫星位点上共检测到110个等位基因，位点的基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数分别为0．8867、0．8774和11．2907。群体内的遗传变异程度相对较高，反映出丰富的遗传多样性，而且微卫星DNA标记揭示的遗传变异高于结构基因座。     

陇东绒山羊微卫星DNA遗传多样性的研究

利用9个微卫星座位,8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳PCR扩增产物,对120只陇东绒山羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测,对其群体遗传学特性进行分析。结果表明：陇东绒山羊在9个微卫星座位中共检测到90个等位基因,其中微卫星座位LSCV24等位基因数最多,为14个;BMS1248多态信息含量最高,PIC为0．88;DB6座位多态信息含量最低,PIC为0．79。在所标记群体中平均有效等位基因数为7．69±1．65个,平均多态信息含量为0．84±0．03;遗传杂合度均值为0．86±0．03,均高于国内外部分研究结果。说明陇东绒山羊品种遗传多样性丰富,群体遗传变异程度高,育种潜力大。     

4个肉牛品种微卫星多态性分析

本研究探讨了引进牛种（西门塔尔牛、利木赞牛）和山东地方黄牛（鲁西黄牛、利鲁牛）在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标（等位基因数、多态信息含量和杂合度）及群体间的遗传关系（F-统计量和基因流）。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均>1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。     

闽南黄牛的微卫星多态性研究

：用8个微卫星标记对闽南黄牛的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果：8个微卫星标记在所检测的闽南黄牛群体中都表现出较丰富的多态性，在4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因，每个微卫星标记平均检测到7．2个等位基因（3～11）；8个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0．6471，各群体的平均多态信息含量（PIC）差并不显著；全部群体平均杂合度为0．2930；各群体平均有效等位基因数为3．37。此表明闽南黄牛在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性；根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析，结果表明4个群体间的遗传变异不大。     

北京鸭群体遗传多样性及遗传资源分析

为研究北京鸭群体的遗传结构及遗传多样性,实验分别采集北京鸭F_0(120只)、F_1(100只)和F_2世代(100只)的血液样本,采用荧光标记毛细管电泳方法对北京鸭11个微卫星座位进行分析。结果表明:11个微卫星座位在北京鸭F_0、F_1和F_2世代的平均等位基因/有效等位基因数量分别为4.6/2.5、3.5/1.9和4.5/2.2个;平均多态信息含量分别为0.441 3、0.303 8和0.415 0;平均期望杂合度分别为0.487 7、0.363 3和0.454 2;北京鸭3个世代间的遗传变异指标差异不显著。近交系数及基因流分析结果表明,北京鸭群体3个世代近交系数较低,群体内近交系数为0.086 9,微卫星位点的平均基因流为0.934 1。总体来看,北京鸭群体遗传分化程度低,保持了北京鸭群体遗传多样性。     

4个肉牛品种微卫星多态性分析

本研究探讨了引进牛种(西门塔尔牛、利木赞牛)和山东地方黄牛(鲁西黄牛、利鲁牛)在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标(等位基因数、多态信息含量和杂合度)及群体间的遗传关系(F-统计量和基因流)。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。     

北京油鸡群体世代间遗传结构分析

为探讨北京油鸡群体世代间遗传多样性和遗传分化,评估北京油鸡遗传资源保护效果,对北京油鸡2个世代群体的11个微卫星座位进行检测。结果显示:北京油鸡F0和F1世代平均观测杂合度分别为0.594和0.588,平均预期杂合度分别为0.592和0.604,平均多态信息含量分别为0.487和0.497,近交系数FIS平均值分别为-0.007和0.033,群体间基因分化系数FST平均值0.029。研究提示:北京油鸡群体具有丰富的遗传多态性,世代间的近交程度和遗传分化程度低,维持了北京油鸡群体的遗传稳定性,为北京油鸡遗传资源多样性保护及进一步开发利用提供理论依据。     

新疆地方斗鸡遗传多样性的微卫星分析

本试验利用8个微卫星座位分析了新疆3个地方（吐鲁番、喀什和伊犁）斗鸡群体的等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数等群体遗传变异参数。结果表明,3个地方斗鸡的8个微卫星座位共检测到77个等位基因,多态信息含量（除伊犁斗鸡ADL0298位点外）均大于0.5,表现高度多态信息,群体间平均遗传距离为0.2866。因此,所选取的微卫星位点可用于新疆3个地方斗鸡的群体遗传多样性分析。     

利用微卫星分析中国家兔的遗传多样性

利用10个微卫星DNA标记对七个家兔品种进行了遗传检测。利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,计算了七个家兔品种（9个家兔群体）样本在10个微卫星基因座上的等位基因频率、微卫星的多态信息含量（PIC）、各群体遗传杂合度、群体间的遗传距离、并根据遗传距离对这几个群体进行了聚类分析。结果表明：所选择的10个微卫星位点在所检测群体中均表现了较好的多态性,平均多态信息含量为0．569905。平均杂舍度范围在0．5885～0．6826。表明所研究的家兔品种的遗传多样性较丰富,还可以做进一步的选择利用。根据遗传距离所做的聚类分析图表明吉戎-Ⅰ系和吉戎-Ⅱ系、哈尔滨大白兔、塞北兔的亲缘关系依次较近,与它们的培育历史相吻合。     

利用微卫星分析中国家兔的遗传多样性

利用10个微卫星DNA标记对7个家兔品种(9个群体)进行了遗传检测。结果表明:所选择的10个微卫星位点在所检测群体中均表现了较好的多态性,平均多态信息含量为0.569905。平均杂合度范围在0.5885～0.6826。表明所研究的家兔品种的遗传多样性较丰富,还可以做进一步的选择利用。根据遗传距离所做的聚类分析图表明,吉戎-Ⅰ系和吉戎-Ⅱ系、哈尔滨大白兔、塞北兔的亲缘关系依次较近,与它们的培育历史相吻合。     

5个家兔群体FGF5基因的遗传多样性分析

设计5对特异性引物,采用PCR-RFLP法及PCR-SSCP法对5个家兔群体FGF5基因CDS序列进行分析。结果显示:FGF5-1A发现了2个等位基因、3种基因型,在该引物285~287位点存在TCT缺失;FGF5-3B发现了2个等位基因、2种基因型,在该引物58位点处存在T→C突变。所有的群体均处于哈代-温伯格平衡,且在所选的5个家兔群体的FGF5-1A中,A1等位基因均为优势等位基因,獭兔群体表现为中度多态,肉兔群体表现为低度多态,毛兔未检测到多态。皖系长毛兔与其他家兔群体之间分布均差异极显著(P<0.01),九疑山兔与海狸色獭兔之间分布差异显著(P<0.05)。该研究为FGF5基因是否能作为家兔毛质性状选育工作的分子标记提供了一定参考。     

野生天山马鹿哈密种群微卫星遗传多样性

为了解野生天山马鹿哈密种群的微卫星多态性,本文选用5对微卫星标记引物,利用粪便DNA分析法、PCR和复合电泳银染技术,通过计算基因频率（JP）、有效等位基因数（M）、群体杂合度（1te）、多态信息含量（PIC）和遗传距离,对冬季采集的201份天山马鹿粪便进行了研究,评价了其遗传多样性和系统进化分析。结果表明：成功提取I）NA的194份粪便分属140个体;种群平均等位基因4．200±0．837;平均有效等位基因数3．2167±0．0236;平均多态信息含量0．6332±0．0017;平均期望杂合度0．694±0．035;平均观察杂合度0．792±O．063。整个种群没显著偏离Hardy—Weinberg平衡,种群剧定系数Fis为一0．238。从此可见,野生天山马鹿哈密种群具有比较丰富的遗传多样性.     

样本量和性比对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响

以4个中国地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析数据为例,分析样本量和性比对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响。结果表明:当样本量超过20后,期望杂合度值趋于稳定,样本量与期望杂合度无显著相关,而与平均等位基因数呈正相关,在微卫星分析中性比对群体遗传多样性指标不表现出显著影响;微卫星位点多态性的高低直接影响到检测所需的样本量,在使用平均等位基因数分析群体遗传多样性时,应该充分考虑样本量对检测结果的影响;期望杂合度受样本量变动的影响较小,可作为度量群体遗传多样性的一个最适参数,而且样本量以20～25较为适宜。     

微卫星标记分析5种鹿类动物群体遗传多样性

利用15个微卫星标记对麋鹿、黇鹿、梅花鹿、黄麂、马鹿5种鹿类动物群体DNA多态性进行测定,共检测到95个等位基因,平均等位基因数和群体有效等位基因数分别为6..3333±2.7946个和4.7089±1.8355个,平均期望杂合度为0.5790±0.1025,平均多态信息含量为0.4483±0.1050。群体间的平均遗传分化为29.4%（P〈0.001）,构建5种鹿类动物群体的系统聚类图,结果基本一致,黄麂、马鹿和梅花鹿聚为一大类,黇鹿和麋鹿为一类或各自成为一类。     

盘羊及其杂交后代微卫星遗传多样性分析

为了更好地了解盘羊及其杂交后代（盘羊♂×欧拉羊♀）的遗传信息,为盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良提供理论依据。本试验选取24对微卫星引物,应用PCR扩增和毛细管电泳的方法对24只盘羊和24只杂交羊个体进行遗传多样性分析。结果显示,在24只盘羊中,24个微卫星位点上共检测到167个等位基因,平均等位基因数目为6.9583,平均有效等位基因数为3.3665,平均观测杂合度为0.4497,平均期望杂合度为0.6779,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目最多的是位点MAF70,有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点OarFCB193,观测杂合度最高的是位点ILSTS11;在24只杂交羊中,24个微卫星位点上共检测到154个等位基因,平均等位基因数目为6.4166,平均有效等位基因数为3.4061,平均观测杂合度为0.4566,平均期望杂合度为0.6751,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目、有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点MAF70,观测杂合度最高的是位点OarJMP58。从遗传学角度得出,盘羊和杂交羊遗传指标结果相近,试验所得数据可用于盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良。     

8个微卫星座位在海北金银滩藏羊群体中的多态性分析

研究旨在分析金银滩藏羊的微卫星DNA多态性,以期了解该品种的遗传多样性,为该品种的保种选育和品质的进一步提高提供有益资料。利用8对微卫星引物,以金银滩藏羊为研究对象,通过计算基因频率、多态性信息含量、有效等位基因数和杂合度,评估其品种内的遗传变异。结果表明：在8个微卫星座位中,共检测到83个等位基因,每个座位平均10.38个等位基因;平均杂合度0.893;平均有效等位基因数9.06;平均多态性信息含量0.871。结果提示,金银滩藏羊群体存在丰富的遗传多样性,所选微卫星标记可用于绵羊遗传多样性评估。     

微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性

为探究四川省6个绵羊群体的遗传多样性,实验应用12个微卫星标记计算基因频率、有效等位基因数、杂合度及多态信息含量来评估群体内遗传多样度,通过遗传距离聚类图、群体结构推测图、主成分分析及群体间分子方差分析来评估群体间遗传关系。结果表明:6个绵羊群体在12个微卫星位点的平均有效等位基因数为3.006~3.176,平均多态信息含量变化为0.559~0.612,平均期望遗传杂合度为0.610~0.670;6个绵羊群体间的遗传关系与地理分布情况及育成史实不完全一致,但遗传距离聚类图、群体结构推测图和主成分分析结果均显示,6个绵羊群体中布拖黑绵羊类群与贾洛绵羊类群遗传关系更近;6个绵羊群体间方差组分F统计量结果为0.112 39,处于中度分化水平。