雌激素受体基因多态性在海南地方猪中的分布

通过PCR-RFLP方法对90头海南五指山猪和70头临高猪进行ESR基因型检测。结果发现,在ESR基因的PvuⅡ-RFLP位点上,五指山猪以BB和AB基因型为主,在临高猪中该位点A等位基因和B等位基因频率分别是0.12和0.88。该结果为海南地方猪的杂交选育提供理论依据。     

海南3个地方猪种SLA-DQB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP法对海南五指山猪、临高猪及屯昌猪的SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行多态性分析。结果表明:五指山猪和临高猪SLA-DQB基因外显子2经限制酶RsaⅠ酶切后出现7种基因型,均由4个复等位基因A、B、C、D控制。屯昌猪中仅出现4种基因型,由3个复等位基因A、C、D控制。经HaeⅢ酶切结果出现8种基因型,这8种基因型在五指山猪群体中均存在,由E、F、G、H4个复等位基因控制;临高猪、屯昌猪经HaeⅢ酶切分别出现6种和5种基因型,均由3个复等位基因E、F、G控制。χ2适合性检验结果表明,五指山猪的RsaⅠ和HaeⅢ酶切位点突变未达到Hardy-Weinberg平衡。临高猪SLA-DQB基因外显子2RsaⅠ酶切位点不符合Hardy-Weinberg平衡状态,而HaeⅢ酶切位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,屯昌猪SLA-DQB基因外显子2的2个酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

金华猪促黑激素皮质素受体4基因多态性分析

应用PCR—RFLP方法对金华猪Ⅰ系(154头)、金华猪Ⅱ系(41头)和金华猪Ⅲ系(53头)的MC4R基因的1269∽1494bp区段进行扩增，并用TaqⅠ酶进行酶切，比较了MC4R酶切后基因型频率分布情况。结果表明，AA基因型频率在金华猪上较高达到0．9194，在Ⅱ系中最高达到0．9512，Ⅲ系次之达到0．9434，Ⅰ系最低达到0．9026，而金华猪的AB基因型和BB基因型频率都较低分别为0．0565和0．0242。     

FSHβ和FUT1基因多态性在海南临高猪中的分布

通过PCR、PCR-RFLP方法对70头海南临高猪进行了FSHβ和FUT1基因型检测。结果发现,FSHβ基因在临高猪中存在AA、AB和BB 3种基因型,其中A等位基因频率为0.81,B等位基因频率为0.19。在FUT1基因编码区的Hin6Ⅰ-RFLP位点上,临高猪以GG基因型为主,该位点A等位基因和G等位基因频率分别是0.07和0.93。试验结果为海南临高猪的杂交选育提供理论依据。     

海南五指山猪Myf5与MyoD基因多态性分析

为研究海南五指山猪Myf5和MyoD基因的多态性分布情况,本试验通过PCR-RFLP方法对80头海南五指山猪进行了Myf5和MyoD基因型检测,并运用生物信息学方法对这两个基因的序列进行分析.结果发现,在Myf5基因第1外显子的HhaⅠ-RFLP位点上,五指山猪以CC和CG基因型为主;在Myf5基因第1外显子的Hsp92Ⅱ-RFLP位点上,五指山猪以AA基因型为主;在MyoD基因第1内含子的DdeⅠ-RFLP位点上,等位基因A在五指山猪中是优势等位基因.此外,Myf5和MyoD基因启动子区域和第1外显子处存在CpG岛.本研究得到海南五指山猪Myf5和MyoD基因的序列信息,为下一步五指山猪Myf5和MyoD基因的功能研究奠定基础.     

MC4R基因主效位点在中外猪种中的遗传多样性及其与生长肥育性状的关联性分析

采用PCR-TaqI-RFLP技术,检测了9个中国地方猪种、3个外来猪种和1个培育猪种的612个个体及白色杜洛克×二花脸资源家系418头F2个体在MC4R基因D298N主效位点的遗传变异,统计分析了MC4R基因型与日增重、腹脂率及肩、胸、腰、臀部膘厚等生长肥育性状的关联性。结果表明:(1)G等位基因在中国地方猪种、长白和杜洛克中呈高频分布,而大白和南昌白猪具有高频率的A等位基因;(2)GG基因型个体的胸、腰、臀部膘厚较AA基因型和AG基因型个体厚,GG基因型个体的240日龄重、至240日龄平均日增重大于AA基因型个体,GG基因型个体的腹脂率高于AA基因型个体,差异显著。试验结果进一步验证了MC4R基因对猪生长肥育性状的影响效应。     

海南地方猪IGFBP6基因多态性分析

采用PCR-SSCP技术,对五指山猪、海南地方猪2个品系(临高猪、屯昌猪)等猪种的IGFBP6基因的多态性进行研究。结果表明,引物P1和P2的PCR片断SSCP分析表现有多态性,且出现3种基因型。随后的测序结果表明,它们都在相应的区域存在着变异;引物P1在海南地方猪种大多表现BB基因型和以B等位基因为主,引物P2大多表现CC基因型和以C等位基因为主。SPSS软件分析五指山猪IGFBP6基因多态性与其3个生长阶段的关联程度,结果发现,引物P1 AA基因型和引物P2 DD基因型的猪个体在2月龄、8月龄、12月龄的生长体重高于其它基因型,但个体差异均不显著(P0.05)。     

19个猪种SLA-DQB基因外显子2多态性分析

本研究旨在系统分析国内外猪种SLA-DQB基因的多态性,以期为进一步研究猪SLA-DQB与疾病抗性的相关性提供理论依据.采用PCR-RFLP方法,野猪、14个中国地方猪种和4个引进猪种SLA-DQB基因第2外显子经限制性内切酶HaeⅢ酶切后,共检测到5个等位基因,9种基因型.其中野猪中仅存在A、B 2种等位基因;家猪群体中出现了野猪群体中所没有的6种基因型和3种等位基因.中国地方猪种与引进猪种相比,RFLP带型较为丰富,五指山猪和淮猪中具有8种基因型,多态性最为丰富.除野猪群体中A等位基因为优势等位基因外,其它所有家猪群体中均以B和C基因为优势等位基因;临高猪中出现其它猪种所没有的D等位基因,表现出独特的特性.本研究结果提示,生态环境和遗传纯度均可能影响SLA-DQB等位基因的多样性,总体上,引进猪种、培育猪种和地方猪种SLA-DQB基因外显子2的基因型分布并不存在明显的差异,但PCR-RFLP带型在具体的品种之间的差别较大.     

五指山猪H-FABP基因不对称PCR-SSCP研究

以海南五指山猪为试验材料,采用不对称PCR-SSCP和测序相结合技术,对海南五指山猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因第3内含子(intron 3)进行多态检测,并分析其与生长性状(体重、体高、体长、胸围)的相关性。结果表明:在五指山猪H-FABP基因in-tron 3中发现了3种基因型,分别命名为AA、AB、BB,对其中的纯合子AA、BB进行测序,发现intron 3的第335位点处发生了突变,都是由碱基A→G的转换造成。AA、AB、BB三种基因型频率分别为63.5%,18.2%,18.2%,A、B等位基因频率分别为73%和27%。不同基因型个体各生长性状的方差分析表明,不同基因型之间的生产性状无显著差异。     

五指山猪H—FABP基因不对称PCR—SSCP研究

以海南五指山猪为试验材料,采用不对称PCR-SSCP和测序相结合技术,对海南五指山猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因第3内含子(intron 3)进行多态检测,并分析其与生长性状(体重、体高、体长、胸围)的相关性.结果表明:在五指山猪H-FABP基因intron 3中发现了3种基因型,分别命名为AA、AB、BB,对其中的纯合子AA、BB进行测序,发现intron 3的第335位点处发生了突变,都是由碱基A→G的转换造成.AA、AB、BB三种基因型频率分别为63.5%,18.2%,18.2%,A、B等位基因频率分别为73%和27%.不同基因型个体各生长性状的方差分析表明,不同基因型之间的生产性状无显著差异.     

五指山猪与长白猪胴体性状和肉品质的比较研究

本试验对五指山猪和长白猪胴体性状、肉质性状、背最长肌氨基酸和脂肪酸含量进行了分析,旨在探讨五指山猪肉和长白猪肉的肉品质差异。结果表明,长白猪宰前重、胴体直长、胴体斜长、屠宰率、眼肌面积、平均背膘厚及瘦肉率均极显著高于五指山猪(P<0.01);五指山猪肌内脂肪含量极显著高于长白猪(P<0.01),pH、熟肉率、滴水损失和剪切力差异不显著(P>0.05);五指山猪肉的鲜味氨基酸、必需氨基酸、饱和脂肪酸和单不饱和脂肪酸含量均极显著高于长白猪(P<0.01)。因此,五指山猪肉品质优于长白猪。     

五指山猪FUT1基因SNP检测及生物信息学分析

为获得五指山猪FUT1基因序列并分析其基因结构,检测FUT1基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点在五指山猪群体中的分布情况,本试验利用PCR扩增猪FUT1基因组序列,通过基因测序寻找该基因中的SNP位点,使用PCR-RFLP方法对120头五指山猪进行了FUT1基因型检测,并运用生物信息学方法对FUT1基因序列进行分析。在猪FUT1基因组中共发现两个单碱基突变,分别位于编码区(A+307G)和3'非翻译区(A+1856C);在FUT1基因A+307G突变位点上,五指山猪均为GG基因型;此外,FUT1基因启动子区域和第2外显子处存在CpG岛。本研究成功获得五指山猪FUT1基因序列信息,为下一步五指山猪FUT1基因的功能研究奠定基础。     

SNP Detection and Bioinformatics Analysis of FUT1 Gene of Wuzhishan Pig

This study was aimed to detect FUT1 gene,analyze its structure,and reveal the distribution of SNP in Wuzhishan pig.FUT1 gene was amplified by PCR.Then the gene mutation was identified by sequencing.PCR-RFLP method was used to detect the FUT1 gene of 120 Wuzhishan pigs.Some characters of FUT1 gene were analyzed by bioinformatics tools.Two mutations were detected in the FUT1 genomic fragment,one in the coding region (A+307G) and the other in the 3'regulatory region (A+1856C).At the A+307G locus of coding region in FUT1 gene,100% of Wuzhishan pigs were GG genotype.In addition,bioinformatics analysis revealed that FUT1 gene promoter and the second exon region contained CpG islands.In this study,we obtained the sequences of FUT1 gene which laid a foundation for further studying its functions in Wuzhishan pig.     

Polymorphism Analysis of Myf5 and MyoD Genes in Hainan Wuzhishan Pig

This study was aimed to investigate the distribution of genetic polymorphisms of Myf5 and MyoD genes in Hainan Wuzhishan pig.PCR-RFLP method was used to detect the Myf5 and MyoD of 80 Wushishan pigs.Some characters of Myf5 and MyoD genes were analyzed by bioinformatics tools.The main results were as follows at the HhaⅠ-RFLP locus of exon 1 in Myf5 gene,CC and CG genetypes were major in Wuzhishan pig.At the Hsp92Ⅱ-RFLP locus of exon 1 in Myf5 gene,AA genetype was major in Wuzhishan pig.At the DdeⅠ-RFLP locus of intron 1 in MyoD gene,allele A was predominant in Wuzhishan pig.In addition,bioinformatics analysis revealed that Myf5 and MyoD genes promoter and exon 1 region contained CpG islands.In this study,we obtained the sequences of Myf5 and MyoD genes which laid a foundation for further studying their functions in Hainan Wuzhishan pig.     

五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析

旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA：PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16 729 364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。     

利用微卫星标记对中国4种小型猪的遗传多样性研究

本研究通过10个微卫星位点对我国特有的4个小型猪种（五指山猪、滇南小耳猪、贵州小型香猪、巴马香猪）进行了遗传学检测，结果表明：除S0003位点表现为单态外，其它9个位点均为高度或中度多态位点；4个小型猪种群体内的遗传多样性比较高，平均基因杂合度分别为0.7165，0.6611，0.6602，0.5990；多态信息含量在0.5774－0.6871之间；五指山猪与贵州小型香猪的遗传距离较近，与滇南小耳猪次之，它们与巴马香猪都较远。     

五指山猪皮下脂肪组织lncRNA和mRNA的鉴定与分析

为了鉴定和分析五指山猪背部和腹部皮下脂肪组织中差异表达的长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)和信使RNA(messenger RNA, mRNA),采用RNA-Seq和生物信息学方法对五指山猪皮下脂肪组织中的lncRNA和mRNA进行分析筛选,运用DESeq鉴定背部和腹部皮下脂肪组织中差异表达的lncRNA和mRNA,并对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果显示:在五指山猪皮下脂肪组织中共鉴定出12 875个lncRNA,其中正义型10 155个、反义型278个、内含子型246个、基因间型2 196个;在背部与腹部皮下脂肪间,存在184个差异表达的mRNA,其中前十位分别是ZIC1、ZIC4、HAND2、CCBE1、RPH3A、ISM1、ANXA8、SLITRK4、DSG2、EVPL,存在45个差异表达的lncRNA,其中6个只在背部皮下脂肪中表达、18个只在腹部皮下脂肪中表达;获得差异表达lncRNA的靶基因共109个,包括顺式作用的靶基因和反式作用的靶基因。本试验为进一步研究lncRNA和mRNA调控猪皮下脂肪发育的分子机制提供科学依据。     

基于祖源分析的猪遗传成分鉴定

解析不同品牌猪肉的遗传成分对商业品牌的保护，防伪溯源及中国地方猪种的改良和开发具有重要参考价值。从市场上选取4种不同来源的猪肌肉组织通过全基因组重测序，并结合已发表的59头猪的数据，对其祖先成分进行分析，推测它们祖先可能的来源及其各祖先成分的含量。利用线粒体基因组数据判断4头猪的母系来源，揭示可能的母系来源。59头参考个体包含12个品种，分别是杜洛克猪、长白猪、大白猪、皮特兰猪、二花脸猪、金华猪、姜曲海猪、梅山猪、巴马香猪、陆川猪、五指山猪和香猪。将12个品种划分为商品猪、中国东部猪和中国南方猪。研究中，利用ADMIXTURE和RFMix软件分别对4头测试个体进行祖先成分的评估。设定4头测试个体的祖先群体为3类时，发现其中一头含有54.8%的商品猪成分和45.2%的中国南方猪成分，另一头含有81.3%的商品猪成分，而剩下的两头含有的商品猪成分占到97.0%以上。设定祖先群体为12类时，发现其中一头含有64.8%的杜洛克猪成分和35.2%的陆川猪成分；另一头含有的祖先成分比较复杂，长白猪的含量为22.5%，大白猪的含量为27.6%，五指山猪的含量为8.6%，二花脸猪的含量为5.5%，梅山猪、姜曲海猪和巴马香猪的含量均在1.2%左右；而剩余两头猪的祖先成分主要是杜洛克猪、长白猪、大白猪和皮特兰猪。另外，线粒体的祖源判断提示其中一头猪的母系来源可能是陆川猪或相近地方品种的母猪。通过常用的祖源分析方法对4头猪进行祖先血统成分的估计，发现4头猪的遗传成分各不相同，并能清晰地知道不同个体中祖先成分及占比。该研究结果证明通过祖源分析的方法可以估算每个测试个体的遗传成分来源。使用祖源成分作为遗传特征，可为品牌猪肉的鉴定和品牌保护提供重要的遗传学参考，也可以为中国地方猪品种的保护、开发提供指导和参考。     

五指山猪线粒体控制区序列分析及遗传多样性研究

为了研究五指山猪遗传多样性和系统地位,本研究采用PCR产物直接测序法得到55条五指山猪线粒体控制区(mtDNA D-Loop)全序列,并结合GenBank中发表的1条五指山猪mtDNA D-Loop全序列进行结构分析、遗传多样性研究及系统发育分析。结果发现,56条序列中出现21次保守区变异,即"TTATAAAACAC"序列重复,共定义13个单倍型,发现14个变异位点,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.838和0.00334,表明五指山猪遗传多样性较丰富。五指山猪线粒体控制区序列构建的系统发育树和Network网络分析呈现两大分支,推测有两个母系起源,且与GenBank中其他23个猪种的聚类结果表明,五指山猪与长江流域以南地区的猪种有着较近的亲缘关系。