适体SELEX筛选中单链DNA的制备

探讨建立适体SELEX筛选中单链DNA(ssDNA)的制备方法,生成适体筛选的次级库,为适体SELEX筛选奠定基础.将PCR扩增后带生物素标记的双链DNA(dsDNA)连接在链霉亲和素标记的凝胶上,用NaOH变性解链制备ssDNA.利用荧光法分析dsDNA与凝胶结合所需的时间及NaOH对生物素与链霉亲和素标记凝胶结合的...     

SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化

[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。     

SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化(英文)

[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,TaqDNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。     

一种适用于SELEX技术的单链DNA制备方法

为了建立一种简单、高效制备高纯度单链DNA方法,用于SELEX技术筛选过程中次级文库的筛选,对制备链霉亲和素磁珠的实验条件进行了优化,确定了对称PCR产物与链霉亲和素磁珠偶联的最佳时间和饱和度,并验证了不同浓度NaOH对解链效果的影响,建立了适于SELEX技术的单链DNA制备体系。利用荧光法和聚丙烯酰胺凝胶电泳对本实验所建立方法及传统不对称PCR法制备单链DNA的回收效率和纯度进行了比较,结果表明在最优实验条件下用磁性分离法制备的单链DNA纯度及回收效率均显著高于不对称PCR法。     

抗玉米赤霉烯酮单克隆抗体的制备

为建立快速、简单、灵敏、有效的玉米赤霉烯酮的检测方法,将玉米赤霉烯酮与羧甲氧基胺半盐酸盐反应,合成半抗原ZEN-oxime,通过活泼酯法将半抗原与载体蛋白偶联制备玉米赤霉烯酮人工抗原,以人工抗原ZENBSA免疫BALB/C小鼠,取该鼠脾细胞与SP 2/0鼠骨髓瘤细胞融合,经筛选和克隆,得到了1株能稳定分泌抗玉米赤霉烯酮抗体的单克隆细胞株3D10。3D10的抗体类型及亚类均为IgM,其轻链为Kappa链。制备的单克隆抗体腹水通过间接酶联免疫吸附测定,效价在1×10-6以上。该单克隆抗体对玉米赤霉烯酮的IC50为225 ng/ml,除与玉米赤霉烯酮结构类似物有一定的交叉反应外,与其他参试真菌毒素均无交叉反应。所制备的单克隆抗体可用于玉米赤霉烯酮毒素初筛和定性检测。     

SELEX技术筛选毒死蜱单链DNA适体

试验旨在利用SELEX技术体外筛选毒死蜱的特异性适体。体外合成全长为91 nt的ssDNA文库,以链亲和素修饰的凝胶为载体、毒死蜱为靶分子进行SELEX(配体指数增强系统进化技术)筛选。利用荧光标记法测定适体的筛选效率、亲和力和特异性,通过MFOLD分析软件对亲和力较高的适体进行二级结构预测和结合位点分析。结果表明,经过15轮筛选后,DNA文库的筛选效率达到44.00%;最终获得9条ssDNA适体,其中适体N23对毒死蜱具有最高的亲和力,其结合活性显著高于N23与水胺硫磷、丙溴磷、氧化乐果的结合活性;二级结构表明茎环结构可能是毒死蜱与适体相互作用的结构基础。     

玉米赤霉烯酮降解菌Bacillus amyloliquefaciens MQ01突变体文库的构建

构建玉米赤霉烯酮降解菌Bacillus amyloliquefaciens MQ01突变体文库,以期获得丢失玉米赤霉烯酮降解功能的突变子,克隆玉米赤霉烯酮降解酶基因,阐明MQ01降解玉米赤霉烯酮的分子机制。将携带转座子TnYLB-1的穿梭载体pMarA电转化至玉米赤霉烯酮降解菌Bacillus amyloliquefaciens MQ01中,50℃高温条件下,把穿梭载体pMarA上转座子TnYLB-1随机插入到菌株MQ01基因组中,获得转座子插入突变的阳性克隆,构建MQ01菌株的突变体文库,随机挑选突变子采用PCR和Southern杂交方法进行验证。本研究成功获得了3 000多个TnYLB-1转座子插入突变的阳性克隆,构建了B.amyloliquefaciens MQ01的突变子文库,结果显示TnYLB-1转座子以单拷贝的形式随机插入到B.amyloliquefaciens MQ01的基因组DNA中,从而可以从转座子突变文库中筛选丢失玉米赤霉烯酮降解功能的转座突变子,从菌株MQ01中克隆玉米赤霉烯酮降解酶基因。     

梅花鹿微卫星DNA富集文库的构建与鉴定

梅花鹿基因组DNA经限制性内切酶MboI酶切,用1.5%的琼脂糖凝胶电泳回收400～1000 bp的DNA片段,与MboI连接接头相连接,连接产物与生物素标记的(AC)15微卫星探针变性及退火,再通过链亲和素偶联磁珠亲和捕捉,经吸附,洗涤及洗脱,然后以洗脱产物为模版,以其中一个接头为引物进行PCR扩增,将扩增产物回收纯化并与pMD18-T载体相连接,转化大肠杆菌DH5a,构建梅花鹿(AC)n微卫星DNA富集文库,经测序分析表明该文库含重组克隆约为1 380个,其中计算得到阳性克隆率为82.9%。梅花鹿微卫星文库的建立将为一步进行梅花鹿基因组结构的分析、梅花鹿遗传连锁图谱的构建、分子进化和系统发育研究、标记辅助选择以及经济性状的QTL定位提供大量的微卫星标记。     

应用生物素-链霉亲和素的酶联免疫吸附法检测谷物中的玉米赤霉烯酮

基于生物素-链霉亲和素的酶联免疫吸附法(ELISA),建立了玉米赤霉烯酮(ZEN)的ZEN-ELISA检测方法。该方法的检测灵敏度为0.8 ng/ml,批内、批间变异系数分别为5.1%和8.6%,平均加样回收率为91.2%;抗ZEN单克隆抗体与玉米赤霉醇的交叉反应度为12.3%,而其与赭曲霉素A、脱氧雪腐镰刀菌烯醇、黄曲霉素B1无交叉反应;相关试剂在4℃存180 d后各检测参数基本无变化;该方法与商品ELISA试剂盒对同一样品ZEN测定结果的相关系数为0.943 2。说明该方法的特异性和稳定性较好,测定结果准确,可用于ZEN的大量筛查。     

以金磁微球为载体的H5N1 AIV免疫PCR检测方法的建立

【目的】将高特异性的抗原-抗体反应与高灵敏性的PCR扩增技术相结合,建立快速检测低浓度H5N1禽流感病毒(Avianinfluenzavirus,AIV)的免疫PCR方法。【方法】以pUC19为模板,采用5′端标记有生物素的引物进行PCR扩增,制备含有生物素的报告DNA分子。以金磁微球为固相吸附载体,通过亲和素-生物素的桥联作用,将含有生物素的报告DNA分子与生物素标记的抗AIVH5N1血凝素蛋白的检测抗体分子连接,H5N1AIV与检测抗体结合后,体外扩增报告DNA,间接放大低含量病毒信号,建立可有效检测微量H5N1AIV的免疫PCR方法。对建立的免疫PCR方法的最适报告DNA浓度、最适链亲和素工作浓度、灵敏度和特异性进行确定和评价。【结果】建立的免疫PCR方法最适报告DNA质量浓度为1ng/mL,最适链亲和素工作质量浓度为20ng/mL,该方法可成功检测到10-4EID50/mL的H5N1AIV,而且特异性良好。【结论】建立的以金磁微球为吸附载体的免疫PCR是一种灵敏度高、特异性好的检测微量H5N1AIV的方法。     

寒兰基因组DNA ISSR-PCR反应条件的优化

以改良的CTAB法提取的寒兰（Cymbidium kanran Makino）基因组DNA为模板,通过单因子试验建立最适的寒兰的ISS-PCR反应体系。结果表明,适宜寒兰ISSR-PCR反应体系的扩增条件为：25 μl PCR 反应体积中,1×PCR buffer,2.0 mmol/L MgCl2,300 ng 模板 DNA,200 μmol/L dNTP,1.40 U Taq DNA 聚合酶,0.4 μmol/L 引物。最佳扩增程序为：94 ℃预变性 5 min,然后进行40个循环：94 ℃ 变性 30 s,复性温度根据各引物的Tm值略低1～2 ℃,30 s,72 ℃ 延伸 50 s,循环结束后 72 ℃ 延伸7 min。     

巨竹ISSR反应体系的建立与优化

以巨竹叶片提取的基因组DNA为材料,用引物UBC810(序列为GAG AGA GAG AGA GAG AT)研究了PCR反应体系的主要成分、退火温度及循环次数对该种植物ISSR扩增结果的影响。结果表明,20μL的反应体系含40 ng模板DNA、0.6μmol.L-1引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,2.5 mmol.L-1Mg2+,0.25 mmol.L-1dNTPs,1×Buffer。PCR扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,54.5℃复性30 s,70℃延伸90 s,循环40次;72℃延伸10 min,置4℃保存。     

麻楝ISSR-PCR反应体系的建立及优化

模板DNA、引物、三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）,镁离子（Mg2+）浓度、Taq DNA聚合酶的用量以及退火温度是影响简单序列重复区间扩增?鄄聚合酶链式反应（ISSR-PCR）的主要因素。以麻楝Chukrasia tabularis叶片基因组DNA为试验材料,系统地测试这6个因素对麻楝ISSR-PCR反应结果的影响。结果表明:最优的反应体系为20 L反应体系中含30 ng模板DNA,1.00 molL－1随机引物,0.15 mmolL-1dNTPs,2.50 mmolL－1 Mg2+,2.50 16.67 nkat Taq DNA聚合酶。最佳退火温度为56 ℃,ISSR-PCR反应程序为94 ℃预变性5.0 min,94 ℃变性45 s,56 ℃退火45 s,72 ℃延伸1.5 min,40个循环;72 ℃再延伸7.0 min,4 ℃保存。应用优化的ISSR-PCR反应体系对24份麻楝个体材料进行扩增,均能扩增出丰富稳定的条带。图8表1参27     

研究土壤微生物多样性的PCR条件优化

[目的]对PCR-DGGE法的试验条件进行优化,以更好地分析土壤微生物遗传多样性。[方法]改良高盐法提取土壤DNA,改进引物设计,改变PCR反应过程中退火温度、扩增体系,比较PCR扩增结果。[结果]经过改良的高盐法提取的土壤微生物DNA效果更好。PCR扩增选择20μl体系条带单一,易于操作。退火温度选择在55℃时无非特异性扩增,35个循环次数易于后续DGGE分析。[结论]已经优化的PCR基因扩增体系特异性高且稳定可靠。     

牡丹ISSR-PCR反应体系正交优化设计

以“凤丹(”Paeonia ostii)基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,研究牡丹ISSR反应体系的影响因素,建立了适合牡丹的ISSR反应体系及程序。10 lμ反应体系为:1×反应缓冲液,2.5 mmo1/LMg2+,0.4 mmo1/LdNTPs,1.0 UTaq聚合酶,0.75μmol/L引物,10～20 ng模板DNA。反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性45 s,45～60(℃不同引物退火温度各异)复性45 s,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸7 min;4℃保存。通过梯度退火试验,确定不同引物的退火温度。     

A Multiplex PCR Assay for the Detection of Pathogenic Genes of EPEC, ETEC and EIEC

A multiplex polymerase chain reaction (PCR) was developed to detect three pathogenic genes of en-teropathogenic, enterotocigenic and enteroinvasive Escherichia coli.. In this study three different sets of oligonu-cleotide primer were simultaneously used, and in this way, specific fragments of 880, 600, 150 bp for EPEC eaeA, EIEC ipaH and ETEC ST genes were amplified, respectively. The best condition of the multiplex PCR was: after an initial heat denaturation step at 95℃ for 5 min, followed by 30 cycles of denaturation at 94℃ for 40 s, primer annealing at 51.3 ℃ for 40 s and extension at 72 ℃ for 1 min, final extension at 72 ℃ for 10 min. The detection limit of the eaeA, ipaH and ST primers was 38.7423, 3.60519, 29.9448 ng·mL-1 (4.3×104, 1.5×103, 2.6×104 CFU·mL-1), respectively. It may be a good way for the detection and identification of Diarrhea-causing E. coli. .     

兜兰属植物ISSR-PCR反应体系的优化

以兜兰为试材,用改进的CTAB法提取总DNA,采用正交试验设计,分析Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度和Taq DNA聚合酶用量对ISSR-PCR扩增的影响,并通过梯度PCR确定最佳退火温度,最终建立兜兰ISSR扩增反应体系。最佳反应体系为:25μL体系中,含10×PCR buffer 2.5μL、1.5mmol/L Mg2+、0.15mmol/L dNTP、0.6μmol/L引物、1.0 UTaq酶和40 ng模板DNA。反应程序为:94℃5 min,94℃30 s,56.2℃45 s,72℃1 min,共40个循环;72℃延伸7 min。