无角牦牛crtc3基因多态性及其与生长性状的相关分析

为探究crtc3基因在无角牦牛群体中的遗传多态性,开展其与生长性状间的关联性。利用PCR-SSCP技术结合DNA测序对354头无角牦牛crtc3基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件对各基因型间不同月龄(6,12和18月龄)的体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状指标进行关联分析。结果表明,在牦牛crtc3基因的第14内含子的第86 041处发生C→T单个碱基突变,结合PCR-SSCP结果分析后,分为CC、CT和TT 3种基因型。关联分析发现,在6月龄,CC基因型个体体高显著高于TT基因型个体, CC基因型个体胸围显著高于CT基因型个体;在12月龄,CC基因型和CT基因型个体体高极显著高于TT基因型个体,CC基因型个体胸围极显著高于TT基因型个体;在18月龄,CC基因型个体体质量和体高显著高于TT基因型个体。综上所述,在牦牛crtc3基因上检测到第14内含子的第86 041处发生C→T单个碱基突变,该突变位点对无角牦牛各时期的体质量、体高和胸围等生长性状等有显著影响,可以作为一种遗传标记用于辅助选择。     

宁夏西门塔尔杂种牛UCP2基因多态性及其与生长性状的关联性分析

本研究利用PCR-SSCP技术结合DNA测序确定UCP2基因SNP位点,检测其在宁夏西门塔尔杂种牛群体中的多态性,并分析其与生长性状的关联性。结果表明,UCP2基因第1外显子存在3个SNPs位点,分别为T632C、A655G和A689C,结合PCR-SSCP结果分析后,分为AA、BB、AB 3种基因型。不同月龄体高、体重、胸围、体斜长,总体呈AA>AB>BB。AA基因型个体在不同月龄体高、胸围显著或极显著高于BB基因型（P < 0.05;P < 0.01）,与AB基因型之间存在差异,但差异不显著（P > 0.05）。可以确定,T632C位点发生的碱基突变对宁夏西门塔尔杂种牛的体重性状选育存在显著意义,AA基因型个体可作为后期选育方向。     

麦洼牦牛UCP基因多态性及其与生长性状的遗传效应分析

为了探讨麦洼牦牛UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的相关性,为牦牛育种工作中遗传标记的辅助选择提供数据参考,试验以97头麦洼牦牛为研究对象,采用直接测序法获得UCP2基因第1,2,3,4外显子及部分内含子和UCP3基因第3,6外显子及部分内含子序列,比对获得多态位点,研究其遗传多态性与麦洼牦牛生长性状间的关联性。结果表明:UCP2基因第4外显子检测到1个多态位点(T1 499C),第4内含子检测到2个多态位点(A1 766G、C1 925T); UCP3基因第6外显子检测到1个多态位点(T13 190C)。4个突变位点在麦洼牦牛粉嘴和纯黑类群中均处于HardyWeinberg平衡状态(P0. 05); 4个多态位点均表现为低度多态[多态信息含量(PIC)0. 25]。UCP2基因T1 499C位点CT基因型个体体重均值显著高于TT型(P0. 05)。说明麦洼牦牛UCP2和UCP3基因存在多态性,其中UCP2基因T1 499C位点可作为麦洼牦牛生长发育性状遗传育种辅助选择的分子标记。     

垂体特异性转录因子1基因遗传多态性与中国西门塔尔牛生长及育肥性状的遗传效应分析

本研究旨在分析垂体特异性转录因子(Pit-1)基因SNPs与中国西门塔尔牛生长和育肥性状的相关性。试验以118头中国西门塔尔牛为材料,利用DNA测序和PCR-RFLP方法检测Pit-1基因Hinf Ⅰ酶切位点多态性,并进行相关分析。结果表明,Hinf Ⅰ酶切位点与料重比和平均日增重性状呈显著相关(P＜0.05),其中BB基因型个体显著优于AA基因型个体,饲料转化率较低,平均日增重较高;在8、15月龄体高性状,12、15月龄体长性状,8、12、15月龄胸围性状和8月龄腹围性状中,Hinf Ⅰ酶切位点多态差异显著,BB基因型个体表型值显著高于AA基因型(P＜0.05);在宰后体尺性状测量性状中,Pit-1基因Hinf Ⅰ多态位点对胴体长、胴体胸深和腰部肉厚性状影响显著,其中BB基因型个体表型值显著大于AA和AB基因型个体(P＜0.05)。初步认为,BB基因型与优良的生长育肥性能显著相关,对B等位基因的选择有利于优良性状的改良。     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2（PLIN2）基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄（6~60月龄）秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性（SNP）和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919>T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著（P<0.05）,CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933>T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异（P<0.05）,CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015>C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型（P<0.05）;3'UTR区域g.T8496>C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型（P<0.05）;g.C8578>T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型（P<0.05）。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

南德温杂交肉牛生长分化因子10基因多态性与体尺性状的关联分析

以98头南德温杂交肉牛血样为材料,随机抽样构建混合DNA池,利用高分辨率熔解曲线分析技术和直接测序法检测生长分化因子10(growth differentiation factor 10,GDF10)基因的序列变异,研究分析GDF10基因的多态性.采用SHEsis和PHASE软件对GDF10基因多态位点进行配对连锁不平衡和单倍型分析,采用SPSS 17.0进行基因多态位点和单倍型组合与体尺性状关联性分析.结果显示,南德温杂交肉牛GDF10基因检测到3个多态位点1113(G/A)、9569(G/A)和9628(G/A);关联分析表明,南德温杂交肉牛GDF10基因不同突变位点的基因型与体斜长、体高、胸围和管围差异显著(P<0.05);单倍型分析后在群体中发现8种单倍型组合,其中AAA、GGA与南德温杂交肉牛的体高、体斜长、胸围和管围显著相关(P<0.05).由此推断,南德温杂交肉牛GDF10基因3个多态位点和2个单倍型组合与体斜长、体高、胸围和管围显著相关,可以作为肉牛生产性状的候选分子标记,为肉牛遗传资源开发与利用提供科学依据.     

黑安格斯牛UCP基因多态性位点与生长性状的关联分析

为了研究UCP2和UCP3基因的两个多态性位点与宁夏地区黑安格斯牛生长性状的关联性,试验利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)检测确定了783头宁夏地区黑安格斯牛的基因型,用最小二乘法的混合效应线性模型对黑安格斯牛生长性状进行关联分析。结果表明:在UCP2-655位点中,AA型、AG型和GG型的基因型频率分别为0.63,0.33,0.04,其多态信息含量为0.27,呈中度多态;在UCP3-5 465位点中,AA型、AG型和GG型的基因型频率分别为0.01,0.15,0.84,其多态信息含量为0.14,呈低度多态。UCP2和UCP3基因在黑安格斯牛中存在多态性且与生长性状显著相关。UCP2-655位点GG型个体胸围极显著高于AA型和AG型个体(P0.01),且该位点GG型个体的体高和腹围显著高于AA型和AG型个体(P0.05);UCP3-5 465位点GG型个体体重显著高于AG型个体(P0.05)。     

GHRL及其受体GHSR基因多态性与鸭生长及屠体性状的关联性

本研究旨在分析GHRL和GHSR基因部分SNP和单倍型与鸭生长和屠体性状的关联性.试验以三水白鸭为材料,利用PCR-RFLP方法检测GHRL基因C-729T、T+985C和GHSR基因T404C、G3427A共4个SNPs位点的多态性,构建单倍型,进行方差分析.结果表明,C-792T与21、28、35和49日龄体质量、全净膛质量、胸腺质量显著相关(P<0.05),CT基因型杂合子优势明显;T404C与腿肌和脾脏质量显著相关(P<0.05),TT基因型个体均值显著高于CC和TC型个体;G3427A与35日龄体质量、49日龄体质量、屠体质量、半净膛质量、全净膛质量和翅质量显著相关(P<0.05),AA基因型是较为优势的基因型;T+985C与各生长、屠体性状都不相关(P>0.05).所构建的单倍型与单个SNP的分析结果较为一致,表明这3个SNPs是鸭生长和屠体性状的重要分子标记.     

南江黄羊脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因多态性与生长性状关联分析

根据山羊A-FABP mRNA序列设计2对引物扩增南江黄羊A-FABP基因部分外显子3、内含子3和外显子4序列,利用克隆测序的方法寻找南江黄羊A-FABP基因的多态性,采用PCR-RFLP的方法进行多态性检测并与生长性状进行关联性分析。结果显示,在南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子序列上分别发现T143C和T546C2个点突变位点,其中T546C位点为同义突变,这2处突变各自产生3种基因型CC、TC和CC,χ2检验显示,这2个位点均处于中度多态且在南江黄羊群体中分布处于Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）。关联分析显示,T143C位点TC基因型公羊个体的成年胸围显著长于TT型（P〈0.05）;T546C位点CC基因型公羊个体的周岁体长显著长于TT基因型（P〈0.05）,TC基因型母羊个体的6月龄体质量和胸围均显著长于CC基因型（P〈0.05）,其余生长性状在不同基因型个体间差异不显著（P〉0.05）。结果表明：南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子多态性可能对个体生长性状产生一定的影响。     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2(PLIN2)基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄(6~60月龄)秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性(SNP)和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著(P0.05),CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异(P0.05),CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型(P0.05);3′UTR区域g.T8496C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型(P0.05);g.C8578T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型(P0.05)。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

Correlation Analysis between UCP2 Gene and Growth Traits in Ningxia Hibrid Simmental Cattle

To find genotype with fast growth rates in Ningxia hibrid Simmental cattle,the genetic variation of UCP2 gene were detected by PCR-SSCP method and DNA sequencing,then analyzed UCP2 gene polymorphism related with some growth traits.The results showed that there were three SNPs (T632C,A655G and A689C) in UCP2 gene exon 1,which divided into AA,BB and AB genotypes by PCR-SSCP method.Individuals with different genotypes in different months of age,body weight,body height, chest circumference and body length were AA > AB > BB.AA genotype in different age of body height and chest circumference were significantly different than BB genotype (P < 0.05;P < 0.01),and were no significant difference with AB genotype (P > 0.05).The results demonstrated that T632C locus had significant meaning for improving weight trait breeding of Ningxia hibrid Simmental cattle,AA genotype could be the breeding genotype.     

江口萝卜猪UCP2基因多态性与基因表达量及肉品质的相关性研究

为研究UCP2基因与猪肉品质性状之间的关系,本研究测定10～12月龄144头江口萝卜猪11项肉品质指标,并提取基因组DNA构建DNA池扩增UCP2基因全部外显子序列,测序后筛选SNPs位点,单个样本DNA扩增后测序验证并分型,分析不同基因型个体肉品质差异。检测不同基因型个体背最长肌中UCP2基因表达量,研究UCP2基因表达量与肉品质的相关性。结果表明:共发现3个SNPs位点,分别为UCP2-T5728G、UCP2-T5774G、UCP2-C5878T;群体遗传参数分析发现等位基因频率差异均较大,多态信息含量均为中度多态,UCP2-C5878T位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡;UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点为完全连锁不平衡;UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点野生型的大理石纹评分显著高于杂合型,UCP2-C5878T位点杂合型和野生型的剪切力显著高于突变型;UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点杂合型的UCP2基因表达量极显著高于野生型和突变型,UCP2-C5878T位点杂合型和野生型的表达量极显著高于突变型;UCP2基因在背最长肌中的表达量与剪切力呈极显著正相关,与大理石纹和肌内脂肪含量呈极显著负相关。上述结果说明,江口萝卜猪背最长肌中UCP2基因的表达量越高则肌内脂肪含量越低,肉品质越差,UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点杂合型为基因高表达型,肌内脂肪沉积效率降低,对肉品质有不利影响,UCP2-C5878T位点突变型基因表达量极显著降低,肌内脂肪沉积效率升高,有利于肉品质性改善。本研究证明UCP2基因可以作为辅助江口萝卜猪选种选育的候选基因,筛选到的3个SNPs位点均可能是影响猪肉品质性状的重要SNPs位点。     

延边黄牛甲状腺球蛋白基因的SNPs及其与生长性状的关联分析

The SNPs of Yanbian Yellow cattles thyroglobulin (TG) gene were detected by cloning and sequencing, confirmed by technique of PCR-RFLP,and studied the association of polymorphisms of TG gene with growth traits. The results showed that there were C218T and A430G two mutations in the exon 48 in TG gene of Yanbian Yellow cattle. The association analysis showed that the chest breadth with TT genotype in C218T locus was significantly higher than that of CT genotype（P＜0.05）. A430G locus polymorphism significantly associated with the body weight, rump length and hucklebone width（P＜0.05）. The body weight of GG genotype was higher than AA genotype（P＜0.05）, the rump length of AA and AG genotypes were higher than GG genotype（P＜0.05）,and the hucklebone width of AG genotype was higher than GG genotype within population（P＜0.05）.In a word, C218T and A430G SNPs might be a good DNA marker to be used in MAS for growth traits.     

Association Analysis on MAP3K5 Gene Polymorphism Site with Growth and Feed Efficiency Related Traits in Duroc Pigs

This study was aimed to analyze the association of four SNPs of MAP3K5 gene with growth and feed efficiency related traits in Duroc populations. Four SNPs(Ssc1:30769583 A>C;Ssc1:30781169 A>G;Ssc1:30940839 A>G;Ssc1:30962276 G>A)of MAP3K5 gene in Duroc populations were obtained by porcine SNP60 BeadChip（Illumina). The genotype frequency and allele frequency of four SNPs of MAP3K5 gene were analyzed,the result showed that four SNPs were the low-moderate mutation SNPs.The polymorphism of MAP3K5 gene and its association with feed efficiency related traits in Duroc population were analyzed. The results indicated that CC genotype individuals in Ssc1:30769583 A>C had significant lower RFI（133.08 g/d）than AA genotype individuals（P<0.05);GG genotype individuals in Ssc1:30781169 A>G had significant lower RFI（116.18 g/d）and ADFI（0.23 kg/d）than AG genotype individuals（P<0.05);GG genotype individuals in Ssc1:30940839 A>G had significant lower FCR（0.10%）than AG genotype individuals（P<0.05);AA genotype individual in Ssc1:30962276 G>A had significant lower ADG（0.04 kg/d）than GG genotype individuals（P<0.05). All in all,the results suggested that four SNPs polymorphisms of MAP3K5 gene had the significant impact on RFI, ADFI, FCR and ADG traits in Duroc pigs.     

大白猪BMPR-ⅠB基因多态性及其与繁殖性状的相关性研究

试验旨在研究不同品系大白猪骨形态发生蛋白受体ⅠB（bone morphogenetic protein receptor-ⅠB,BMPR-ⅠB）基因多态性及其与繁殖性状的相关性。采用Hi-SNP中高通量基因分型技术对BMPR-ⅠB基因多态位点进行分型,利用SPSS统计软件,采用最小二乘法将各位点不同基因型与总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形头数进行相关性分析。结果显示,不同品系大白猪在BMPR-ⅠB基因746A > G和852G > A位点均未检测到多态性,804G > C位点上均表现为GG基因型为优势基因型,G为优势等位基因;960C > T位点在美系大白猪中以CC基因型频率较高,而在英系大白猪中以TT基因型频率较高,在加系大白猪中CT基因型频率较高,3个不同品系大白猪群体在804G > C和960C > T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。804G > C位点在3个不同品系大白猪中对总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形数等繁殖性状均无显著影响（P > 0.05）。960C > T位点在美系大白猪群体中TT基因型死胎数极显著低于CC基因型1.027头（P < 0.01）;英系大白猪群体中TT基因型总产仔数显著高于CC基因型1.976头（P < 0.05）,极显著高于CT基因型2.118头（P < 0.01）;加系大白猪中TT基因型产活仔数显著高于CC基因型0.886头（P < 0.05）,死胎数、畸形头数显著低于CC基因型0.707和0.337头（P < 0.05）。960C > T位点中TT基因型可作为3个不同品系大白猪繁殖性状的标记基因型。     

SIRT3基因多态及其与德州驴生长性状的关联分析

[目的]旨在探讨SIRT3基因多态与德州驴生长性状之间的关系,寻找与不同性别的德州驴体尺性状相关的分子标记.[方法]本研究采用质谱分型方法检测190头健康成年德州母驴及214头德州公驴SIRT3基因的多态性,分析其多态位点不同的基因型与不同性别德州驴生长性状的关联性.[结果]结果发现,SIRT3基因扩增序列区间存在2个...     

Study on HMGA1 Gene Polymorphism Site and Its Association with Feed Efficiency Related Traits in Duroc Pigs

The objective of this study was to analyze two SNPs of HMGA1 gene,and investigate its association with feed efficiency related traits in Duroc populations.HMGA1 gene SNPs(g.-543 T > C and g.1356 C > T) in Large White pig and Min pig were detected by re-sequencing technology,SNP genotyping of g.-543 T > C and g.1356 C > T sites in Duroc populations were performed using Sequenom mass spectrometry,and the association of HMGA1 gene SNPs with growth and feed efficiency related traits in Duroc populations were analyzed.The results indicated that the individuals of CT genotype in g.-543 T>C increased 2.15 kg on 90 d body weight (P<0.05),decreased 3.21 d at 30 kg weight age (P<0.05),weaning weight was increased and 100 kg age were decreased,residual feed intake,30 to 100 kg average daily gain (ADG),40 to 90 kg average daily feed intake (ADFI) and 40 to 90 kg ADG were decreased,comparing with CC individuals.Moreover the individuals of CC genotype in g.1356 C>T had significantly increased 90 d body weight (0.37 kg,P<0.05),ADFI (less 0.13 kg,P<0.05),back fat (BF, less 0.43 mm,P<0.05),RFI (less 70.40 g,P<0.05),30 kg age (less 0.56 d,P<0.05) and 40 to 90 kg ADFI (less 0.17 kg,P<0.05) were significantly decreased;Weaning weight and 100 kg age were increased;30 to 100 kg ADG,40 to 90 kg ADG were decreased than TT genotype individuals.And the CT genotype individual in g.1356 C>T had the similar results with CC genotype individuals that compared with TT genotype individuals.All in all,the two SNPs of HMGA1 gene would be helpful in feed efficiency related traits in Duroc population.     

萨×哈杂交母羊GHRH基因与生长性状关联分析

为探讨GHRH基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,寻找与绵羊生长性状相关的分子标记,对萨福克羊与哈萨克羊杂交成年母羊GHRH基因rs400079090和rs419322328位点的多态性及其与生长性状的关联性进行了研究。结果表明：rs400079090位点检测到3个基因型,rs419322328位点TT基因型缺失;rs419322328位点GG基因型个体胸宽显著大于GT基因型个体（P〈0.05）,体斜长极显著小于GT基因型个体（P〈0.01）。说明GHRH基因2个SNP位点多态性对萨福克羊与哈萨克羊杂交成年母羊生长性状有一定的影响,可以作为进行绵羊生长性状分子标记辅助选择的候选基因。