鸡QTL定位的研究进展

鸡的大多数重要经济性状均属于数量性状,研究鸡数量性状遗传对鸡育种具有十分重要意义。数量遗传性状变异位于染色体特定位点的连锁编码基因被称为数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)。近年来,大量研究揭示了鸡QTL的基本特征,剖析了重要经济性状的遗传基础,已经精细定位和克隆了鸡特定数量性状基因,给鸡资源保护遗传改良提供了新策略。文章综述了QTL定位的理论基础及鸡QTL定位的研究进展,并对鸡QTL研究的趋势进行了展望。     

全基因组关联分析在畜禽重要经济性状中的研究进展

以往通过候选基因分析和数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)连锁分析等策略使我们对一些基因的功能有了一定了解,但是很多控制畜禽经济性状的基因还无法分离和鉴定。随着高通量测序技术的不断发展以及人类全基因组计划(human genome project,HGP)和许多动植物的全基因组测序完成,全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已经成为研究复杂性状的重要方法。文章针对GWAS在重要畜种复杂经济性状中的研究进展进行综述,梳理了近几年在动物经济性状研究中利用GWAS取得的成果,并且对GWAS研究策略与方法进行了归纳总结,旨在利用GWAS为畜禽复杂性状的遗传基础研究提供参考,同时为今后的动物育种工作奠定基础。     

畜禽生长发育相关性状的全基因组关联分析研究进展

全基因组关联分析(GWAS)是近年兴起的用于分析复杂性状的重要研究方法。高通量测序技术的成熟发展使得基于全基因组测序技术和基因芯片技术的GWAS解析畜禽复杂性状成为可能,GWAS的运用对畜禽经济性状相关的SNP、QTL和候选功能基因研究起到关键作用。本文主要对GWAS的基本原理和方法、优劣势以及GWAS在畜禽生长发育相关性状中的应用现状进行综述,并对GWAS在今后畜禽育种中的应用前景进行展望,以期为GWAS在畜禽育种中的深入研究提供参考。     

全基因组关联分析在鸭育种中的研究进展

全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)是一种在人类或动植物全基因组中寻找变异序列，并筛选与目的性状相关位点的方法。目前，GWAS在畜禽重要经济性状研究中广泛应用。文章叙述了GWAS的基本原理，归纳了GWAS的研究方法和优缺点，并且列举了通过GWAS已定位到的鸭重要经济性状相关的标记位点和候选基因，旨在为后续鸭育种研究提供理论基础。     

数量性状基因座定位与家蚕育种

传统的育种方法一般根据数量遗传学的原理和方法,对育种亲本及后代进行适当的选种选配,以提高育种群的优良基因频率,降低不良基因频率,从而达到改良经济性状的目的.数量性状基因座(Quantity Trait Locus QTL)一改传统数量遗传学将控制某个数量性状的多个基因作为一个整体来研究的方法,直接将研究目标指向各个基因座,借助各种遗传标记,通过统计学处理,将影响数量性状的多个基因剖分开来,使其定位于特定的染色体上,确定它们与其它基因的关系,最终还将分析出其DNA序列.这样,就可以充分利用先进的分子生物学技术对数量性状进行遗传操纵.QTL一经提出即受到育种家们的高度重视并成为研究热点,目前在植物和畜禽中的研究较为广泛并取得可喜的进展,但在蚕的研究中尚处于萌芽阶段.本文就QTL有关的原理、定位方法及在家蚕中的研究情况作一概述.     

家蚕主要经济性状的QTL定位研究进展

家蚕经济性状改良一直是蚕育种工作者的重要目标之一,随着分子生物学技术的发展,控制家蚕经济性状的数量性状位点(QTL)定位研究工作得以大量开展,使得家蚕分子标记辅助育种成为可能。综述了家蚕遗传图谱的构建进程、家蚕QTL定位常用分离群体、茧质性状QTL定位研究现状,并分析了家蚕经济性状QTL定位研究中存在的问题,以期为推进家蚕分子标记辅助育种提供参考。     

猪重要性状全基因组关联分析的研究进展

全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是在关联分析的基础上对全基因组范围内的遗传标记进行检测,以研究复杂疾病和性状遗传的一种有效方法。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS,鉴定出大量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记、数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)和候选基因为猪育种提供必要的分子基础,同时有助于后续相关功能基因的研究和数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotide,QTN)的鉴定。本文主要对GWAS在猪重要性状上的研究进展进行综述,同时简单介绍猪重要性状QTN的研究进展。     

全基因组关联分析在畜禽中的研究进展

全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是近几年逐渐发展起来研究复杂性状的方法,并且在人类疾病和动植物复杂性状研究中得到广泛应用。文章主要综述了GWAS方法及近几年GWAS在畜禽重要经济性状的研究进展,主要目的是通过GWAS为畜禽复杂性状遗传机理的研究提供参考依据,为动物分子育种研究奠定基础。     

畜禽数量性状基因座位的精细定位

数量性状基因座位(QTL)的精细定位是实施QTL克隆及标记辅助选择(MAS)的重要基础。然而就目前畜禽QTL定位的结果来看,除了通过候选基因法识别的少数基因外,大多数QTL定位的精度仍无法满足实际应用的要求。为进一步提高QTL定位的精度,缩小QTL定位的置信区间,人们相继提出并发展了一系列新的QTL定位方法。本文在分析畜禽QTL定位的基本方法及影响畜禽QTL定位精度的主要因素基础上,对提高QTL定位精确性的策略和方法进行了相应的探讨。     

生物技术在养猪业中的应用

进入八十年代以来,由于分子生物学、分子遗传学、分子克隆重组技术的发展,出现了许多新的研究领域,如分子标记、动物分子遗传学、抗病育种等。这些方法在分子水平上研究解决以下几个方面问题：①畜禽基因组及重要经济性状（肉蛋奶）的基因（QTL）定位。研究内容包括基因组及基因图谱;产量和质量主基因分析;基因（QTL）定位;单位性状基因的分离、克隆和测序;转基因动物。②畜禽超高产育种的分子生物学基础。研究内容包括肉蛋奶超高产的分子生物学基础,畜禽杂种优势的机理及预测,分子遗传鳖记辅助选择。③畜禽遗传资源保护与利用…     

畜禽经济性状的分子遗传标记研究进展

畜禽的经济性状大多数是与动物的生长发育、生产性能、生理代谢关系密切的多基因性状,对人类的生产和生活具有重要的经济价值.发现与研究畜禽重要经济性状位点(QTLs)的遗传标记及其相关性,是基因定位的基础,也是目前畜禽遗传育种工作的研究重点之一.数量性状主效基因相关性的研究在动物遗传育种领域所取得的进展远不及在植物方面.畜禽分子遗传标记的研究,不仅需要试验技术和手段的创新,更期待在基础理论方面有新的突破.文章对相关研究工作进行了简要的综述.     

全基因组关联分析的扩展方法及其在畜禽中应用的研究进展

全基因组关联分析(GWAS)是一种通过对大规模样本集合进行基因型和表型数据的比较分析,寻找与特定性状相关的遗传变异的方法。随着高通量测序技术、生物信息学技术和统计学方法的不断发展,一些频率更小的遗传变异或小分子物质能够被更加精准和经济的方式检测。基于技术进步衍生出GWAS的扩展方法,为畜禽精准育种和遗传改良提供了新的思路,其中包括基于拷贝数变异(copy number variation, CNV)、结构变异(structural variation, SV)和串联重复序列(tandem repeats, TR)的GWAS和基于单倍型、基因表达和代谢组的GWAS。研究人员期望利用不同分子标记以提供更全面和详细的遗传变异信息来增加GWAS的解释性和准确性,或通过结合其他类型的数据来进一步解释和深化GWAS的结果,从而深入研究遗传变异与性状之间联系并确定影响复杂性状的关键基因。作者介绍了基于不同分子标记的GWAS在畜禽研究当中的应用并对其结果进行讨论,分析了不同方法的优势与可行性,为进一步推动GWAS在畜禽研究中的应用,精准育种和遗传改良提供更多的思路和支持。     

全基因组关联分析在德国牧羊犬髋关节发育不良研究中的应用现状

犬髋关节发育不良(canine hip dysplasia,CHD)是犬常见的骨科疾病,传统放射学诊断对降低CHD发病率的作用有限,而基因诊断技术则可以有效促进CHD的育种改良。全基因组关联分析(genome wide association study,GWAS)是一种全基因组范围内的遗传标记的检测技术,对复杂性状功能基因的鉴定十分有效,已成为挖掘畜禽复杂疾病和性状遗传的重要方法。随着犬全基因组测序的完成以及犬不同密度SNP芯片的商业化,GWAS已经成为CHD致病基因筛选的一个重要手段。本文综述了GWAS的定义与影响因素,CHD在国外的育种现状及GWAS在德国牧羊犬中的研究进展。     

全基因组关联分析在德国牧羊犬髋关节发育不良中的研究进展

犬髋关节发育不良(Canine Hip Dysplasia, CHD)是犬常见的骨科疾病,传统放射学诊断对降低CHD发病率的作用有限,而基因诊断技术则可以有效促进CHD的育种改良。全基因组关联分析(Genome wide association study, GWAS)是一种全基因组范围内的遗传标记的检测技术,对复杂性状功能基因的鉴定十分有效,已成为挖掘畜禽复杂疾病和性状遗传的重要方法。随着犬全基因组测序的完成以及犬不同密度SNP芯片的商业化,GWAS已经成为CHD致病基因筛选的一个重要手段。本文综述了GWAS的定义与影响因素,CHD在国外的育种现状及GWAS在德国牧羊犬中的研究进展。     

奶牛生长性状研究进展与展望

近年来,生长性状在奶牛育种中备受关注,随着对奶牛生长性状研究的日益深入,其与重要经济性状间的相关性逐渐凸显出来,对奶牛的育种工作也变得越来越重要。本文就奶牛生长性状定义、遗传参数、与经济性状的关联、生长性状QTL定位、GWAS分析等方面进行了综述,并明确了生长性状在奶牛未来育种中的地位。     

不同遗传群体在数量性状基因定位分析中的应用概述

在农业动植物中，许多重要的经济性状都是数量性状或具有明显的数量性状特征。因此，解析数量性状的遗传基础，对基于现代生物技术的农业育种及遗传改良具有十分重要的意义。数量性状的遗传效应主要由单基因效应(包括加性效应和显性效应)、上位性、杂种优势及环境效应等共同组成。为了解析这些遗传效应的分子基础，研究人员构建了大量的遗传定位群体，并开发了相应的分析模型。特定的定位分析群体是解析数量性状遗传方式的基础，其应用推动了该研究领域的发展。本文针对数量性状遗传定位群体的发展进行综述，并讨论今后的研究重点，以期能为该领域的研究及应用提供参考。     

猪分子标记辅助选择研究进展

随着分子标记技术的发展,标记辅助选择(MAS)作为一种新的选种方法,被认为是提高育种选择效率的有效手段之一.本文综述了近年来猪的重要经济性状主效基因和数量性状位点(QTL)定位及猪标记辅助选择的应用概况、实施方法和策略等方面的研究进展,并在此基础上就当前应用分子标记辅助选择进行猪经济性状遗传改良的相关问题进行了讨论.     

畜禽QTL定位研究

畜禽多数经济性状受数量性位点(QTL)控制，深入研究QTL定位问题将使育种工作从表型选择深入到基因型选择。随着分子生物技术的发展，对QTL的定位研究也越来越深入和细致了。本文对检测数量性状座位的两种方法进行了讨论，并对进行数量性状座位定位研究的前提条件及目前畜禽QTL定位的研究进展作一概述。     

猪数量性状位点的定位和候选基因研究进展

数量性状位点(QTL)的定位是鉴别家畜控制重要经济性状基因的第一步。分子生物学技术的飞速发展及其应用,为人们在DNA水平上研究猪重要经济性状的遗传机制奠定了坚实的基础。本文综述了影响猪繁殖、生长发育、肉质等主要经济性状的QTLs定位和候选基因研究进展情况。     

家畜全基因组关联分析研究进展

全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是一种研究经济性状候选基因的分析方法。近年来,随着家畜全基因组测序的完成,大量的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)被标识,GWAS也越来越多地应用于家畜重要性状的研究领域中,在动物遗传育种中,通过对家畜基因组进行GWAS分析研究,找到控制家畜主要经济性状的重要SNPs,从而挖掘重要经济性状的候选基因。作者详细综述了GWAS的分析方法及其在重要家畜育种中的研究进展。GWAS分析方法包括基因组控制法(genommic control)、分层分析法(stratification analysis)、主成分分析法(principal components analysis,PAC)和混合线性模型分析法(mixed-linear-model association,MLMA),通路分析方法包括非核算法(基因功能富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)和分层贝叶斯优取(hierarchical Bayes prioritization,HBP))和核算法。依据不同的目标性状选择合理的分析方法,提高GWAS分析结果的准确性,为进一步利用GWAS分析各种性状的遗传基础提供合理的借鉴。