基于转录组测序分析内蒙古绒山羊毛囊退行期与休止期差异表达基因

为了探究内蒙古绒山羊次级毛囊(SHF)退行期到休止期以及相应时间点的初级毛囊(PHF)的差异表达基因,试验对3只内蒙古绒山羊阿尔巴斯型2周岁成年母羊的退行期和休止期的初、次级毛囊进行转录组测序,并采用生物信息学方法分析数据;在检测测序质量合格的基础上,进行差异表达基因的筛选、GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果表明:在次级毛囊中,退行期(1月份)与休止期(3月份)分别对比到50 626个和50 628个转录本,其中1 199个差异表达基因中有953个上调基因和246个下调基因;初级毛囊在这两个时间点分别比对到50 629个和50 626个转录本,其中1 977个差异表达基因中有1 258个上调、719个下调;这两个时期中,共有100个差异表达基因同时比对到初级毛囊与次级毛囊中。GO功能富集结果显示,次级毛囊两个时期的差异表达基因主要富集在肌肉重建、肌丝滑动等功能上;初级毛囊两个时期差异表达基因主要富集在翻译延伸、转录拼接等功能上。     

燕山绒山羊绒细与毛、绒性状间的相关、回归及通径分析

为探究燕山绒山羊毛、绒性状(产毛量、产绒量、毛细、毛长、绒长和绒厚)对绒细的影响,选取健康、年龄相近(2～3岁)的成年燕山绒山羊母羊共119只,利用Excel 2010和SPSS 26对该山羊各毛、绒性状进行了相关、回归和通径分析,并建立最优回归方程。结果表明,燕山绒山羊产毛量、产绒量、绒厚与绒细呈极显著正相关;毛、绒性状与绒细的最优回归方程为：Y=0.114X₁(毛细)+0.641X₂(绒厚)+0.346X₃(绒长)+7.712X₄(产毛量),其中毛细对绒细的直接作用最大,产毛量对绒细的间接影响最大。生产上,以羊绒细度为主要指标选育优质燕山绒山羊时,需同时兼顾毛细、产毛量等性状,以获得最优选育结果。     

基于RNA-Seq绒山羊皮肤两种毛囊差异表达基因的分析

为了研究绒山羊皮肤初级毛囊和次级毛囊之间的表达基因模式的差异,筛选影响毛囊发育的重要基因,对6只内蒙古绒山羊阿尔巴斯型个体进行RNA-seq测序,利用生物信息学方法对转录组数据进行分析,在测序结果质量控制后的基础上,对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。共筛选到617个在初级毛囊和次级毛囊中差异表达的基因,其中,上调表达基因297个,下调表达基因320个。GO功能注释结果显示,上调表达基因主要行使电子传递链、呼吸链电子传递、线粒体电子传递、基因表达等生物学功能;下调表达基因主要行使细胞吞噬、蛋白质复性、中性粒细胞聚集、细菌真菌防御反应等生物学功能。利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与半胱氨酸和蛋氨酸代谢、RNA聚合、RNA可变剪切、底物磷酸化等通路。PPP2R2A和CDK2AP1基因可能在皮肤毛囊发育中发挥重要作用,以上结果为今后深入研究皮肤毛囊发育相关基因及功能提供了依据。     

全基因组关联分析在畜禽重要经济性状中的研究进展

以往通过候选基因分析和数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)连锁分析等策略使我们对一些基因的功能有了一定了解,但是很多控制畜禽经济性状的基因还无法分离和鉴定。随着高通量测序技术的不断发展以及人类全基因组计划(human genome project,HGP)和许多动植物的全基因组测序完成,全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已经成为研究复杂性状的重要方法。文章针对GWAS在重要畜种复杂经济性状中的研究进展进行综述,梳理了近几年在动物经济性状研究中利用GWAS取得的成果,并且对GWAS研究策略与方法进行了归纳总结,旨在利用GWAS为畜禽复杂性状的遗传基础研究提供参考,同时为今后的动物育种工作奠定基础。     

绒山羊毛被类型多样性研究进展

根据被毛纤维特征、生长时间和颜色特点等，可将绒山羊分为长毛型和短毛型，粗毛型和细毛型，嵌合型，穗状弯曲型和直绒型，常年长绒型和季节性长绒型，白绒、青绒以及紫绒等不同类型。相较于其他分类，目前对粗毛纤维性状的多样性研究较为丰富，其不同类型与其他重要经济性状具有中等偏下的表型相关和遗传相关，对绒毛经济性状的间接选择具有一定的参考价值。作者根据近年来绒山羊的相关研究资料，探讨了绒山羊毛被类型的多样性及其划分依据的差异，并对绒山羊不同毛被类型的今后研究方向提出了展望和思考，以期为进一步对不同毛被类型的分子生物学研究和新品系选育提供借鉴和理论依据。