四川凉山地区黑绵羊Y染色体单核苷酸多态性的分析研究

为探索四川省凉山地区地方黑绵羊的遗传多样性和父系起源，本试验对黑绵羊Y染色体单核苷酸的多态性进行了分析研究。在凉山州盐源县、普格县、布拖县三个县采集43只黑绵羊公羊的抗凝全血，从血液中提取基因组DNA作为模板，通过PCR扩增Y染色体SRY基因片段后直接测序。结果显示：黑绵羊Y染色体上8个单核苷酸位点中仅一个位点检测到多态性（o Y1,G/A），据此将黑绵羊分为OAR1和OAR2两种单倍型，其个体数量占比分别为90.70%和9.30%，单倍型多样性为0.173±0.072，核苷酸多样性为0.000 38±0.000 13。本试验表明凉山地区黑绵羊Y染色体的遗传多样性较低，初步推测其可能存在两个父系起源。     

基于Y染色体遗传标记分析建昌马的遗传多样性

为了分析建昌马的Y染色体遗传多样性和父系起源进化,试验从建昌马公马(n=21)血液样本中提取基因组DNA,对马Y染色体上4个遗传标记位点(Y-25 345、Y-45 288、Y-45 701/977、Y-50 869)进行PCR扩增后直接测序,分析测序结果并定义马Y染色体单倍型。结果表明:在建昌马的1个遗传标记位点发现单核苷酸多态性(Y-50 869,T/A),共鉴定出2种单倍型,即CHT1和CHT2,其中CHT1单倍型占绝对优势,单倍型多样性为0.095±0.084,核苷酸多样性为0.000 36±0.000 32,Y染色体遗传多样性低。说明建昌马可能有2个父系起源。     

家畜Y染色体分子遗传多样性研究进展

Y染色体分子遗传多样性研究主要包括Y染色体单核苷酸(Y-SNP)多态性、Y染色体微卫星(Y-STR)多态性及Y染色体基因拷贝数变异(CNV)。Y-SNP和Y-STR多态性分析是研究早期动物起源、驯化历史及迁徙路线的理想技术手段,同样对于研究现代动物的父系遗传多样性与起源也具有非常重要的价值;而CNVs作为一种最近发现的在哺乳动物Y染色体广泛存在的多态性也逐渐受到关注。论文综述了几种重要家畜在Y染色体分子遗传多样性与起源进化方面的研究进展。     

隆林黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

金川牦牛和中国西门塔尔牛肉品质差异研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

黄牛Y染色体分子遗传多样性研究进展

Y染色体分子遗传多样性是追溯动物起源、驯化历史和迁徙路线的重要工具,也可以用来反映动物的父系遗传多样性及用于研究群体间父系介导的杂交情况。Y染色体单倍型多样性可以分别通过Y染色体单核苷酸多态性(Y-SNP)和Y染色体微卫星多态性(Y-STR)或这二者结合起来构建精确的Y染色体单倍型。黄牛有3种父系起源(普通牛Y1、Y2和瘤牛Y3单倍型组),可以通过Y-SNP来区分,通过-STR标记可以区分Y1、Y2和Y3所具有的丰富的精细单倍型。本文汇集了包括中国在内的国内外黄牛Y染色体遗传多样性与起源进化的研究进展。     

马鹿的起源进化与遗传多样性研究进展

马鹿是非常重要的物种资源,由于栖息地的流失和人为干扰进行近亲繁殖等导致野生马鹿数量急剧减少,而家养马鹿多经过改良,因此马鹿的纯种数量锐减。对马鹿进行分子遗传学研究不仅可以加深人们对马鹿起源和物种形成的认识,还能帮助开展遗传多样性保护研究。随着高通量测序技术、分子生物学和生物信息学的迅速发展,马鹿的起源进化研究已发展到全基因组水平,并取得了一定的成果。马鹿的起源进化研究从最初对体态外貌和染色体核型的研究逐渐发展到对DNA序列与生理指标的研究。文章回顾了近年来国内外对马鹿起源进化和遗传多样性方面的研究,从起源时间、起源地和迁徙路线等方面揭示了马鹿的演化历史,介绍了父系、母系和常染色体研究方面分析了马鹿遗传多样性选取的不同分子标记,为进一步揭示马鹿种群的遗传变异、分化情况、迁徙路线和系统发育关系等提供基础信息,同时为马鹿遗传资源的利用和保护以及马鹿产业的良性发展提供重要的借鉴与参考。     

延边牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的]为了研究延边牛Y染色体遗传多样性以及父系起源。[方法]采用PCR扩增、直接测序和生物信息学方法,分析延边牛的2个Y-SNPs标记(UTY19和ZFY10)和2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)的遗传多样性。[结果]Y-SNPs标记检测发现延边牛有Y1和Y2单倍型组,2个Y-STRs标记在延边牛品种检测发现只有INRA189表现多态性(98bp/102bp/104bp)。结合Y-SNPs与Y-STRs的分型结果,确定延边牛有3种Y染色体单倍型Y1-98-158、Y2-102-158和Y2-104-158,所占频率分别为0.031、0.938和0.031,其Y染色体单倍型多样度为0.1230±0.0777,表明延边牛父系遗传多样性很低,父系遗传稳定。[结论]延边牛为普通牛父系起源,其中Y2单倍型组占明显优势。     

青海省同德牦牛群体的父系遗传多样性及遗传背景探析

【目的】为从分子水平上揭示青海省同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。【方法】本研究对32头同德公牦牛使用5个Y-SNPs标记（SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10）和1个Y-STR标记（INRA189）进行PCR扩增、测序和分型,使用BioEdit、Arlequin和Network等生物信息学软件综合分析同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。【结果】32头同德牦牛5个Y-SNPs标记即SRY4（969bp）、USP9Y（470bp）、UTY19（290bp）、AMELY3（971bp）和OFD1Y10（763bp）的PCR扩增产物测序长度与先前研究结果一致,INRA189标记分型分析共检测到155bp、157bp和159bp 3个等位基因;在同德牦牛群体AMELY3标记中检测到一个新的Y-SNP位点（即g.719 C>T）;基于5个Y-SNPs标记11个Y-SNPs位点和INRA189标记3个等位基因的联合分型,共确定了6种Y染色体单倍型（即Y1H1、Y1H2、Y1H3、Y1H4、Y1H5和Y2H6）,Y染色体单倍型多样度（Hd）为0.714±0.060,表明同德牦牛具有丰富的父系遗传多样性;系统发育分析显示同德牦牛由2个父系支系组成（即Y1和Y2）,提示其拥有2个父系起源。【结论】同德牦牛拥有特殊的父系遗传信息,具有丰富的父系遗传多样性,由2个父系支系组成,拥有2个父系起源。     

SRY基因和MCM158、MAF45鉴定哺乳动物性别

为了研究SRY基因和Y染色体上微卫星标记对性别鉴定的影响,试验以哺乳动物为研究对象,采用多重PCR技术扩增绵羊和牛基因组中Y染色体上的2个微卫星标记和SRY基因,根据其基因型进行性别鉴定,试图通过一次DNA扩增同时提供性别鉴定和基因分型的信息。结果表明:所设计的SRY基因引物具有高度特异性,是性别鉴定的主要依据;Y染色体上的MCM158、MAF45两标记由于特异性不好而不适用于性别鉴定。     

绵羊基因组测序及应用研究进展

随着测序技术的不断发展,测序价格的平民化使得基因组测序及应用普及到各个物种。绵羊作为人类重要的经济动物,其基因组研究近年来取得了重要进展,在绵羊起源、进化和适应性及功能基因鉴定等方面的研究取得了重要成果。该文重点综述绵羊的全基因组de nono测序进展及全基因组重测序在解析绵羊品种遗传多样性、揭示进化适应机制、功能基因定位等方面的研究应用,以期为绵羊的生物学研究提供方法参考,也为绵羊品种资源的保护和利用及分子育种提供参考。     

藏系绵羊mtDNA和Y染色体遗传多样性的检测与系统进化关系的分析

为了评估青海地区藏系绵羊各类群的遗传结构与分子进化关系,试验选择青海地区四个典型的地理生态类群(山谷型、欧拉型、高原型和扎什加型)藏羊,提取血液基因组DNA后,分别对线粒体D-loop区序列和Y染色体Sry基因序列进行特异性扩增并测序。结果表明:D-loop序列的核苷酸多样性为0.031±0.004,单倍型多样性为0.994±0.006;而Sry序列的核苷酸多样性为0.046±0.005,单倍体多样性为0.861±0.044。说明高原型藏羊在母系遗传上更接近扎什加型藏羊,而在父系遗传上扎什加型藏羊与其他三个类群间的隔离较为明显,三个类群在父系遗传上的基因交流更为频繁。     

涠洲牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性及父系起源研究

[目的]为从分子水平上探究涠洲牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]本研究利用PCR测序及生物信息学方法,对28头涠洲公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)及2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)进行多态性检测。[结果]发现28头涠洲牛全部为Y3单倍型组,根据Y-SNPs标记的核苷酸变异及Y-STRs标记的等位基因大小确定单倍型(Y-SNP-INRA189-BM861),结果显示28头涠洲牛有Y3-88-156和Y3-90-156两种单倍型,单倍型频率分别为89.29%和10.71%,说明涠洲牛只有1个瘤牛Y3父系起源。Y染色体单倍型多样度为0.1984±0.0924,表明涠洲牛的父系遗传多样性较低。[结论]涠洲牛属于瘤牛父系起源,遗传基础十分稳定。     

柴达木黄牛Y染色体单倍型组构成及父系起源——基于USP9Y基因多态性的分析

为从分子水平上探究柴达木黄牛的父系遗传多样性、起源及群体遗传结构,对62头柴达木黄牛公牛进行Y染色体USP9Y基因多态性分析。结果表明:柴达木黄牛USP9Y基因的PCR产物显示471 bp和552 bp 2种带型,其中552 bp带型不能被Ssp I酶酶切,这2种带型对应Y1和Y2 2种普通牛Y染色体单倍型组,表明柴达木黄牛含有Y1和Y2 2个父系支系,有2个普通牛父系起源。单倍型多样度为0.3369,说明柴达木黄牛具有较低的父系遗传多样性。     

鹿科动物Y染色体概述及其主要基因的研究进展

在现代分子遗传学研究中,线粒体DNA和Y染色体非重组区DNA是最主要的两种标记。目前,鹿科动物的研究主要集中在线粒体DNA方面,本文对Y染色体以及其主要基因在鹿科动物物种识别、遗传多样性方面的研究进展进行概述。     

日本和牛Y染色体USP9Y基因多态性与父系起源研究

【目的】为了分析日本和牛Y染色体USP9Y基因遗传多态性与父系起源。【方法】利用PCR扩增与限制性酶酶切方法。【结果】对8头日本和牛纯种及19头和秦F1代杂种牛进行Y染色体USP9Y基因多态性及父系起源研究,结果表明:日本和牛与其杂种牛都具有USP9Y基因多态性,USP9Y基因的PCR产物均显示471bp和552bp两种带型,其中552bp带型不能被SspI酶酶切,则这2种带型对应Y1和Y2两种普通牛单倍型组,表明日本和牛含有Y1和Y2两个父系支系,有2个普通牛父系起源。日本和牛和杂种牛单倍型多样度分别为0.5714±0.0945和0.1988±0.1121,提示日本和牛具有较高的父系遗传多样性。【结论】日本和牛具有较高的父系遗传多样性及2个普通牛父系起源。     

湘西黄牛Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]通过Y-SNP分子标记方法研究湘西黄牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序与生物信息学方法,对24头湘西黄牛的2个Y-SNPs(UTY-19和ZFY-10)标记进行多态性分析。[结果]结果表明,湘西黄牛有Y1和Y3两种单倍型组,频率分别为12.5%和87.5%,表明湘西黄牛可能有普通牛和瘤牛2个父系起源。湘西黄牛的Y-SNP遗传多样度为0.2283±0.0978,表明湘西黄牛具有较低的父系遗传多样性,品种纯度较高。[结论]湘西黄牛的父系起源为瘤牛Y3单倍型组,其Y1单倍型组为国外肉牛杂交所致。     

中国地方鸡种DNA分子水平遗传多样性的研究进展

遗传多样性的研究主要包括形态学水平,染色体水平、蛋白质水平、DNA水平等。中国地方鸡种类繁多,研究地方鸡种的遗传多样性,不仅能加强生物多样性的保护,同时对起源、进化、分类鉴定及遗传育种等都有重要意义。20世纪80年代以来,分子生物学技术的快速发展为遗传多样性检测提供了更直接、更精确的方法,即直接通过分析DNA水平的序列变化检测动物遗传多样性。DNA分析方法成为目前最有效的遗传分析方法,避免了根据表型性推断基因型时可能产生的误差。作者对目前中国各种鸡群的遗传多样性在DNA水平的研究进行了综述,旨在发掘地方鸡种的优良基因,为地方鸡种的分子育种、改良提供参考。     

关岭牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的]探究关岭牛Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]采用PCR扩增、限制性酶切和生物信息学方法,分析关岭牛Y-SNP(USP9Y基因)和2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)的遗传多样性。[结果]发现32头关岭牛USP9Y基因的PCR产物均为552bp,其中4头牛的552bp片段不能被SspI酶切开,属于普通牛Y2单倍型组,占0.125,其余28头牛的PCR产物均可被酶切成两条带(215bp和338bp),属于瘤牛Y3单倍型组,占0.875。2个Y-STRs标记INRA189和BM861在关岭牛品种均表现多态性(88/104bp和156/158bp)。结合Y-SNP与Y-STRs的分型结果,界定关岭牛有2种Y染色体单倍型Y2-104-158和Y3-88-156,其Y染色体单倍型多样度为0.2258±0.0882,表明关岭牛父系遗传多样性很低。[结论]关岭牛具有普通牛Y2和瘤牛Y3两种父系起源,其中瘤牛占明显优势。     

夏南牛Y-STRs和Y-SNPs多态性及父系起源研究

[目的]为从分子水平上探究夏南牛的父系遗传多态性、群体遗传结构及起源。[方法]采用直接测序、荧光微卫星分型方法。[结果]通过2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)分析发现,32头夏南牛属于普通牛Y2单倍型组,所占频率为100%。通过2个Y-STRs位点(INRA189和BM861)的遗传多态性分析,发现32头夏南牛在2个Y-STRs标记中均无多态性,INRA189标记只有102bp等位基因,BM861标记只有158bp等位基因。结合Y-SNP与Y-STRs的分型结果,判定夏南牛只有1种Y染色体单倍型(Y2-102-158),其Y染色体单倍型多样度为0。[结论]夏南牛只有Y2普通牛父系起源且父系遗传基础稳定、单一,这与夏南牛的培育历史相一致。