秦川牛和中国荷斯坦奶牛FSH 基因SSCP多态性分析

利用SSCP分子标记对秦川牛和中国荷斯坦奶牛的FSHβ基因5’侧翼区进行了多态性分析。结果表明:在秦川牛中检测的FSHβ基因5’侧翼区有AA型、BB型和AB型三种基因型,在中国荷斯坦奶牛中只有AA型。秦川牛中AA基因型的频率为0.395,BB基因型的频率为0.026,AB基因型的频率为0.579,中国荷斯坦奶牛的AA型的频率为1。秦川牛中A的基因频率为0.6842,B的基因频率为0.3158,中国荷斯坦奶牛A的基因频率为1.0。秦川牛群体中多态信息含量为0.3389,多态性高,遗传变异大。     

中国荷斯坦奶牛DGAT1基因3′UTR的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP分子标记方法对中国荷斯坦奶牛DGAT1基因3′非翻译区进行了多态性分析。结果表明:在中国荷斯坦奶牛中检测的DGAT1基因3′UTR有AA型、BB型和AB型3种基因型,其频率分别为0.2931,0.0431,0.6638;不同基因型与中国荷斯坦奶牛的乳蛋白率和乳脂率有极显著和显著的相关性(P<0.01和P<0.05),BB型产奶量均显著高于AA型和AB型(P<0.05),基因型对SCS影响不大,没有达到显著水平。     

荷斯坦母牛TLR1基因多态性及其与体细胞评分关系

 【目的】阐明Toll-like receptor 1（TLR1）基因多态性与荷斯坦母牛乳房炎抗性之间的关系,为奶牛乳房炎抗性的标记辅助选择提供依据。【方法】采用PCR-SSCP和PCR-RFLP检测208头荷斯坦母牛TLR1基因多态性,用最小二乘法分析基因多态性与荷斯坦母牛体细胞评分（somatic cell score,SCS）的关系。【结果】TLR1基因mRNA序列中存在G1409A、A1475C、G1550A和G1596A 突变位点,其中G1596A突变使异亮氨酸变为缬氨酸;G1409A突变位点经BsiYⅠ酶切产生2种基因型AA和AB,频率分别为0.375和0.625,χ2检验表明荷斯坦母牛在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡;AA和AB基因型SCS最小二乘均值差异不显著（P＞0.05）;A1475C突变位点经BstXⅠ酶切产生2种基因型CC和CD,频率分别为0.178和0.822,荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;CC和CD基因型SCS最小二乘均值差异不显著（P＞0.05）;G1550A突变位点经BsiYⅠ酶切产生3种基因型EE、EF和FF,频率分别为0.236、0.370和0.394,荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;EE、EF和FF基因型SCS最小二乘均值差异均不显著（P＞0.05）;G1596A突变位点经BclⅠ酶切产生3种基因型GG、GH和HH,频率分别为0.260、0.567和0.173,荷斯坦母牛在该位点处于Hardy-Weinberg平衡;HH基因型SCS最小二乘均值极显著低于GH基因型所对应的值（P＜0.01）,极显著低于GG基因型所对应的值（P＜0.0001）;GH基因型SCS最小二乘均值极显著低于GG基因型所对应的值（P＜0.01）。【结论】对奶牛乳房炎抗性,HH是最有利基因型,GG是最不利基因型,初步证明TLR1基因G1596A多态位点的H等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的一个潜在的DNA标记。     

中国荷斯坦奶牛LOX-1基因3′UTR的PCR-SSCP分析

为了寻找影响奶牛产奶性状的候选基因,采用PCR-SSCP分子标记方法,对中国荷斯坦奶牛LOX-1基因3′非编码区进行了多态性分析。结果表明,在中国荷斯坦奶牛中检测的LOX-1基因3′UTR有AA型、BB型和AB型3种基因型,其频率分别为0.1374,0.3130和0.5496;不同基因型与中国荷斯坦奶牛的乳脂率之间有显著的相关性(P<0.05),但对乳蛋白率、产奶量和体细胞评分(SCS)影响不大,未达到显著水平。初步认为LOX-1基因可能是控制中国荷斯坦奶牛产奶性能的一个候选基因,或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。     

娟姗和荷斯坦奶牛HSPA1A基因SSCP多态性与耐热性能的相关分析

设计引物扩增HSPA1A基因的5′侧翼区,通过PCR SSCP技术分析启动子区的多态性,寻找SNPs位点,分析发现:扩增片段大小280 bp,扩增产物具有基因多态性。供试的70头娟姗牛和荷斯坦奶牛共发现4种基因型,分别为AA型、BB型、AB型和AC型,卡方检验奶牛在该位点基因频率差异极显著(P<0.01),未达到Hardy Weinberg平衡。AC型奶牛耐热性能高于其他基因型(AA,AB,BB)奶牛,差异显著(P<0.05),建议作为抗热应激的奶牛选育分子遗传标记。     

中国荷斯坦奶牛DGAT1基因3′UTR的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP分子标记方法对中国荷斯坦奶牛DGAT1基因3'非翻译区进行了多态性分析.结果表明在中国荷斯坦奶牛中检测的DGAT1基因3'UTR有AA型、BB型和AB型3种基因型,其频率分别为0.2931,0.0431,0.6638;不同基因型与中国荷斯坦奶牛的乳蛋白率和乳脂率有极显著和显著的相关性(P＜0.01和P＜0.05),BB型产奶量均显著高于AA型和AB型(P＜0.05),基因型对SCS影响不大,没有达到显著水平.     

荷斯坦奶牛HSP70-A8基因多态性及其与DHI测定性能的关联分析

以319头荷斯坦奶牛为材料,采用PCR-SSCP方法检测牛群HSP70-A8基因的多态性,并对其与DHI测定性能进行关联分析。结果表明,在荷斯坦奶牛HSP70-A8基因的第1外显子1522 bp处发生GC突变,检测到AA、AB和BB 3种基因型,其中AA基因型频率为38.56%,AB基因型频率为31.03%,BB基因型频率为30.41%;多态信息含量(PIC)为0.3733,在该位点均处于中度多态;卡方检验表明该荷斯坦奶牛群体处于哈迪-温伯格非平衡状态;群体HSP70-A8的第2至8外显子都没有检测到多态。关联分析结果表明,BB基因型荷斯坦奶牛个体总产奶量、标准乳总产奶量、305 d标准乳产量、305 d乳脂产量、305 d乳蛋白产量、总乳脂产量和总乳蛋白产量皆极显著高于AA型个体和AB型个体(P0.01),AA基因型个体体细胞数极显著低于AB型个体和BB型个体(P0.01)。因此,HSP70-A8基因第1外显子该位点的多态性可以作为奶牛生产性能选择的候选分子遗传标记。     

中国荷斯坦牛CXCR1基因遗传多态性与体细胞评分的关联分析

【目的】研究中国荷斯坦奶牛CXCR1基因的多态性及其与体细胞评分(Somaticcellscore,SCS)的关系,寻找与中国荷斯坦牛SCS相关的分子遗传标记,加快抗病育种进程。【方法】采用PCR-SSCP技术对来自30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛CXCR1基因进行多态性检测,利用最小二乘均数法对CRCR1基因的多态位点与SCS进行相关分析,利用PHASE软件对4个多态位点进行单倍型分析。【结果】检测到4个SNPs,在5侧翼区发现了3个SNPs(-1830(A/G)、-1768(T/A)、-344(T/C)),在编码区783(C/A)位点为新发现的SNP。-1830(A/G)位点AA基因型个体SCS极显著低于AG基因型个体(P0.01),-1768(T/A)位点TT基因型个体SCS极显著低于TA基因型个体(P0.01),-344(T/C)位点TT基因型个体SCS极显著低于TC、CC个体(P0.01)。783(C/A)位点基因型个体的SCS差异不显著。单倍型Haplo2(ATTA)纯合基因型的SCS极显著低于Haplo1(ATCA)、Haplo3(GACA)和Haplo4(GATA)单倍型纯合基因型(P0.01)。【结论】-1830(A/G)位点AA基因型、-1768(T/A)位点TT基因型和-344(T/C)位点TT基因型以及单倍型Haplo2(ATTA)纯合体对中国荷斯坦牛的SCS具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性的筛选。     

中国荷斯坦奶牛DGATl基因3′UTR的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP分子标记方法对中国荷斯坦奶牛DGATl基因3′非翻译区进行了多态性分析。结果表明：在中国荷斯坦奶牛中检测的DGATl基因3′UTR有AA型、BB型和AB型3种基因型，其频率分别为0．2931，0．0431，0．6638；不同基因型与中国荷斯坦奶牛的乳蛋白率和乳脂率有极显著和显著的相关性（P〈O．01和P〈0．05），BB型产奶量均显著高于AA型和AB型（P〈O．05），基因型对SCS影响不大，没有达到显著水平。     

中国荷斯坦奶牛CSN1S2基因第二外显子SSCP多态性与产奶性状的关系

利用PCR-SSCP分子标记技术,研究了中国荷斯坦奶牛sα2-酪蛋白基因(CSN 1S 2基因)第二外显子的多态性,并分析了其与产奶性状之间的相关性。结果表明,中国荷斯坦奶牛CSN 1S 2基因第二外显子存在A和B2个等位基因,有AA、BB和AB 3种基因型,A和B的等位基因频率分别为36.54%和63.46%,AA、BB、AB基因型的频率分别为19.2%,46.1%和34.6%,群体中多态信息含量为0.356 3,达中度多态性,遗传变异较大;CSN 1S 2基因第二外显子对产奶量和乳脂含量没有明显影响,但AA基因型个体乳蛋白含量显著高于BB和AB基因型个体(P<0.05),表明A基因对中国荷斯坦奶牛乳蛋白含量有明显影响。     

中国荷斯坦奶牛LOX-1基因3′UTR的PCR-SSCP分析

为了寻找影响奶牛产奶性状的候选基因，采用PCR-SSCP分子标记方法，对中国荷斯坦奶牛LOX-1基因3′非编码区进行了多态性分析。结果表明，在中国荷斯坦奶牛中检测的LOX-1基因3′UTR有AA型、BB型和AB型3种基因型，其频率分别为0．1374，0.3130和0．5496；不同基因型与中国荷斯坦奶牛的乳脂率之间有显著的相关性（P〈O．05），但对乳蛋白率、产奶量和体细胞评分（SCS）影响不大，未达到显著水平。初步认为LOX-1基因可能是控制中国荷斯坦奶牛产奶性能的一个候选基因，或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。     

奶牛催乳素基因多态性与产奶性状的关系

通过PCR-RFLP的方法,分析催乳素基因exon3在543头北京荷斯坦母牛中的多态性,得到3种基因型:AA、AB和BB,基因型频率分别为0.734,0.257,0.009,并对不同基因型间产奶性能进行了最小二乘法拟合线性模型分析。结果表明:在泌乳Ⅰ期,AA和AB基因型奶牛的奶、乳脂和乳蛋白产量高于BB基因型(P<0.01),在泌乳Ⅱ期,AB基因型奶牛的的奶、乳脂和乳蛋白产量高于AA基因型(P<0.01);在泌乳Ⅱ和Ⅲ期,AA基因型奶牛的乳蛋白率高于AB基因型(P<0.05)。     

中国荷斯坦牛GlyCAM1基因遗传多态性与乳房炎关联性分析

以273头中国荷斯坦牛为研究对象,利用CRS-PCR、PCR-SSCP及DNA测序技术检测糖基化依赖细胞粘附分子1（GlyCAM1）基因外显子3、内含子3的遗传多态性。结果表明：GlyCAM1基因分别在外显子3和内含子3的第2081（A/C）、2417（C/T）位存在突变,两位点在牛群中的等位基因频率A/B分别为0.752 5/0.2475,0.904 6/0.095 4;经χ^2适合性检验,
中国荷斯坦牛群2417位点的突变达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）,但2081位点的突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0.05）。采用最小二乘法拟合线性模型将该基因座不同基因型与奶牛乳房炎进行了关联分析,结果表明：胎次效应（P〈0.01）、场效应（P〈0.01）和泌乳月（P〈0.05）对乳房炎的影响较大。2081位基因型效应对SCCS的影响达到了显著水平（P〈0.05）,且AA基因型个体的SCS显著低于AB和BB基因型个体（P〈0.05）。     

TOLLIP基因3′侧翼区的群体遗传多态分析

为了寻找TOLLIP基因的突变位点,揭示中国荷斯坦牛的群体遗传特征。以中国荷斯坦牛群体66头个体为研究对象,用PCR方法扩增了牛TOLLIP基因3′侧翼区的部分片段,通过直接电泳与测序相结合的方法检测该片段的多态性,计算基因型频率,基因频率和多态信息含量,分析该多态位点在中国荷斯坦牛群体中的遗传特征。结果表明,该扩增片段的第43 bp处存在5个碱基(TCGGG)的缺失,致使多态性产生。其AA,AB和BB的基因型频率分别为0.3485,0.5152和0.1364;A等位基因(243 bp)和B等位基因(238 bp)的频率分别为0.6061和0.3939;多态信息含量和杂合度分别为0.3635和0.4775,表明该缺失突变在中国荷斯坦奶牛群体中处于中度多态;χ2适合性检验结果表明,中国荷斯坦牛群体在该位点的缺失突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。     

中国荷斯坦牛LYZ基因多态性及其与乳房炎的关联分析

【目的】通过研究中国荷斯坦牛溶菌酶基因(lysozyme,LYZ)编码区多态性与乳房炎的关联性,寻找与乳房炎相关的分子标记,加快中国荷斯坦牛的抗病育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术对30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛LYZ基因进行多态性检测,利用最小二乘均数法对LYZ基因的多态位点与SCS和305d产奶量进行相关分析【结果】LYZ基因的外显子1上存在115(TG)突变位点,突变使精氨酸变为亮氨酸;突变位点经PCR-SSCP法检测发现了3种基因型TT、TG和GG,频率分别为0.270、0.508和0.222,χ2检验表明中国荷斯坦牛在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡;GG基因型个体的SCS最小二乘均值极显著低于TT基因型个体(P0.01),显著低于TG基因型个体(P0.05);GG基因型个体的305d产奶量最小二乘均值极显著高于TT基因个体(P0.01),显著高于TG基因型个体(P0.05)。【结论】115(TG)位点GG基因型,对中国荷斯坦牛的SCS和305d产奶量有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性的筛选。     

中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区SNP多态与临床乳房炎和生产寿命的关联分析

【目的】探讨中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区SNP突变与临床乳房炎和生产寿命的相关性。【方法】根据CXCR1基因编码区序列,利用PCR-直接测序法对低SCS和高SCS样本各20个样本进行SNP筛查,最后对所选择的4个SNP位点利用飞行质谱法对866头中国荷斯坦牛进行检测,同时收集所检测牛只临床乳房炎和生产寿命等信息,利用多因素方差分析法、Logistic回归、Cox生存回归等方法分析以上SNP位点突变与临床乳房炎发生次数和生产寿命的相关性。【结果】CXCR1基因编码区共发现13个SNP位点(291 CT、333 CG、337 AG、365 CT、570 AG、642 AG、735 CG、816 AC、819 AG、980 AG、995 AG、1008 CT和1068 AG),分为4个连锁群,随后从每个连锁群中各选择1个SNP位点(642 AG,816AC,980 AG和1068 AG),利用飞行质谱法对大样本中国荷斯坦牛进行检测。4个SNP位点共有9种单倍型,其中单倍型GAGG频率最高(0.3141),而单倍型ACAA频率最低(0.0017)。CXCR1-642与2胎牛患临床乳房炎次数有显著相关(P0.05),AG基因型个体2胎奶牛患临床乳房炎次数显著高于AA基因型(P0.05),CXCR1-816 AA基因型个体3胎奶牛患临床乳房炎次数显著低于AC和CC基因型(P0.05),其它SNP位点与各胎次临床乳房炎发生次数均无显著相关(P0.05)。CXCR1-816与奶牛离群月龄有极显著相关(P0.01),与奶牛生产月龄和离群胎次有显著相关(P0.05),CXCR1-816 AA基因型个体生产月龄、离群月龄和离群胎次均显著高于CC基因型个体(P0.05),而其它SNP位点对生产月龄、离群月龄和离群胎次均无显著相关(P0.05)。Cox生存分析表明:只有CXCR1-816位点与奶牛生存时间有显著相关(P0.05),CXCR1-816 CC基因型个体在各时间段的生存概率均低于AA和AC基因型个体。【结论】CXCR1-816 AC突变与中国荷斯坦牛患临床乳房炎次数和生产寿命有显著相关,在进一步验证其功能后,可用于中国荷斯坦牛生产寿命的分子标记辅助选择。     

贵州小香羊GH基因5’端侧翼区多态性与生长性能的关系

为贵州小香羊品种遗传资源的保护和进一步开发利用提供科学依据,利用单链构型多态性(SSCP)技术对贵州小香羊GH基因5’端侧翼区多态性进行筛选,并分析其与生长性能指标的关系。结果表明:贵州小香羊GH基因5’端侧翼区第60位、372位发现C→T的突变,均产生3种基因型,其中,第60位突变产生AA型、AB型和BB型,AA型为优势基因型,A等位基因为优势等位基因,且各生长性能指标(体重、体长、体高、胸围、管围)呈现AA基因型>AB基因型>BB基因型,但差异不显著(P>0.05);而第372位突变产生CD型、CC型和DD型,其中CD型为优势基因型,各基因型群体间的各项生长性能指标均没有显著差异(P>0.05)。GH基因5’端侧翼区存在多样性,但该多态性对贵州小香羊生长性能的影响甚微。     

中国荷斯坦牛催乳素基因型与产奶性状的相关分析

采用PCR -RFLP技术 ,以 99头荷斯坦牛为试验材料 ,对牛催乳素 (bPRL)基因进行了检测分析 ,检测到AA、AB、BB三种基因型 ,其基因型频率分别为 0 .2 6 2 6、0 .3737、0 .36 37;同时结合产奶性状进行最小二乘分析 ,结果表明 :不同基因型的奶牛平均产奶量差异显著 (P <0 .0 5 ) ,BB型高于AB型 ,AB型高于AA型 ,证明B等位基因为优势等位基因 ;同时 ,基因型对乳蛋白率的影响极显著 (P <0 .0 1 ) ,表明PRL基因对奶牛产奶性状具有重要影响。     

湖羊高繁殖力候选基因ESR的研究

利用 PCR-SSCP技术对高繁殖力绵羊品种湖羊雌激素受体（estrogen receptor,ESR）基因第一外显子的部分序列进行单核苷酸多态性研究。结果表明,湖羊ESR基因中存在 3 种基因型 AA,BB,AB,且A等位基因频率为0.554,B 等位基因频率为0.446。经测序,BB型与AA型相比在外显子 1 第 363 位发生 1 处C→G的碱基突变。据产羔数统计,AB 基因型和 BB 基因型的湖羊产羔数分别比 AA 基因型多0.98只（P<0.01）、1.47只（P<0.01）。说明ESR基因可能是控制湖羊多羔性能的一个主效基因或与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

小尾寒羊MyoG外显子2和MyoD 5'侧翼区的多态性研究

采用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊肌细胞生成素Myo G基因外显子2和生肌决定基因Myo D 5'侧翼区的多态性,结果表明:Myo D 5'侧翼区在小尾寒羊中检测到2种基因型(BB、AB),BB和AB基因型频率分别为0.975 0和0.025 0,A和B等位基因频率分别为0.012 5和0.987 5;小尾寒羊的Myo G外显子2不存在多态性。对Myo D 5'侧翼区的BB基因型测序分析发现,其与牛的Myo D1基因序列(XM_592330.2)相比,发生了2处突变,分别是第960位发生了T→C突变、第972位发生了C→A突变。