熊猫EST序列的生物信息学分析

熊猫是我国的国宝,是生物界的"活化石".但是由于种种原因,熊猫的数量逐渐减少,其中繁殖率低是一个很重要的因素.所以通过各种方法提高熊猫的繁殖率就显得尤为重要,而熊猫基因组序列图谱的绘制不失为解决这一问题的好办法之一.本文运用生物信息学方法分析了公共数据库中熊猫EST序列,以期为熊猫基因组学研究提供科学依据.研究结果表明:从NCBIdbEST数据库中获得709条熊猫的EST,并对其预处理、拼接和聚类,获得46条Contig和527条singlets.利用在线软件SSRIT对636条EST进行SSR筛选分析,共获得150个SSR,出现频率26.17％,平均每1.79 kb就出现一个SSR.熊猫EST—SSR中二核苷酸SSR最多为124条,比例为82.67％;其次是三核苷酸,共有21条,比例为14％;四核苷酸共有5条,比例为3.33％;不包含五、六核苷酸.熊猫EST—SSR一共有31种重复基元,其中出现最多的是AT/AT和AG/CT.在筛选出的150条SSR中,重复数为4次的SSR有117个,重复数为5次的有19个,6次的有8个,7次的有1个,8次的有3个,9次的有2个.对部分含有SSR的EST序列进行了开放阅读框查找和理化性质分析,其中除6条未能找到开放阅读框外,其他的EST都能找到开放阅读框,最大的开放阅读框为561 bp,最小的为75 bp.     

影响新美系长白猪断奶重的因素分析

长白猪早期的健康成长对长白猪的育肥增重有着重要作用.本研究对正阳储美种猪场2008～2010年资料中记录的仔猪断奶重进行了影响因素分析,研究结果表明:公仔猪的断奶重高于母仔猪,但是差异不显著(P>0.05);2009年和2010年的断奶重极显著高于2008年(P<0.01);第7胎次断奶重显著高于其他胎次(P<0.05);ZYSBC场的断奶重显著低于ZYSBCH场(P<0.05);断奶重在春季、夏季、秋季和冬季之间有极显著差异(P<0.01),断奶重按照夏季、秋季、冬季和春季的顺序呈现递减趋势.     

新美系长白猪21日龄重的影响因素分析

长白猪早期的健康成长对长白猪的育肥有着至关重要的作用,研究长白猪21日龄重的影响因素,分析在生产中如何利用好这些因素,可以更好地进行长白猪的生产管理,同时把握好各种因素之间的相互作用关系并比较其影响程度.本研究对正阳诸美种猪场2008～2010年所记录的关于21日龄重的资料进行了影响因素分析,研究结果表明,公仔猪的21日龄重高于母仔猪,但差异不显著(P>0.05).2009年和2010年的21日龄重极显著地高于2008年(P<0.01).第7胎次的21日龄重显著高于其他胎次(P<0.05).ZYSBC场的21日龄重极显著地低于ZYSBCH场(P<0.01).21日龄重在春季、夏季、秋季、冬季之间有极显著的差异(P<0.01),21日龄重按夏季、秋季、冬季、春季的顺序呈现递减趋势.     

河南地方绵羊品种LHR基因的多态性分析

本研究采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析方法检测3个绵羊的促黄体素受体(LHR)基因第11外显子的多态性.结果表明,促黄体素受体(LHR)外显子11在小尾寒羊、大尾寒羊和豫西脂尾羊中存在3种基因型,记为AA、BB和AB.小尾寒羊、大尾寒羊和豫西脂尾羊的AA、BB和AB基因型频率分别为:0.045、0、0.174;0.659、0.902、0.565;0.295、0.098、0.261.测序结果发现,不同基因型之间有5个位点发生突变,其中在37位发生G、A突变;在49位发生T、C突变;在93位发生T、C突变;在139位发生T、G突变;在184位发生A、G突变.     

影响新美系长白猪初生重的因素分析

长白猪早期的健康成长对其育肥有着至关重要的作用,研究与长白猪早期体重有关的影响因素,分析在生产中如何利用好这些因素,可以更好地开展长白猪的生产管理.本研究对正阳储美种猪场2008～2010年所记录的初生重进行了影响因素分析,研究结果表明,公仔猪的初生重极显著地高于母仔猪(P<0.01),2008年的初生重极显著地高于2009年和2010年的初生重(P<0.01).第7胎次的初生重显著高于其他胎次(P<0.05).ZYSBC场的初生重极显著地高于ZYSBCH场(P<0.01).冬季的初生重极显著地高于春季、秋季和夏季(P<0.01),而秋季和冬季的初生重显著高于春季和夏季(P<0.05).     

蛋用鹌鹑的部分蛋品质随周龄的变化规律分析

本研究对朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑及中国黄羽鹌鹑的部分蛋品质随着周龄的变化规律进行分析.结果表明,在8～13周龄时,3种蛋用鹌鹑的蛋长随周龄的增加而呈上升趋势,基本表现为朝鲜鹌鹑>北京白羽鹌鹑>中国黄羽鹌鹑,14～18周龄时蛋宽随周龄增长呈现平稳波动.3种蛋用鹌鹑的蛋黄高度随着周龄的增加总体呈波动下降的趋势.3种蛋用鹌鹑的蛋黄宽度随着周龄的递增轻微上升.本研究还表明,朝鲜鹌鹑在蛋长和蛋宽上具有一定的优势,说明其蛋比较大.     

两个鹌鹑品种的PRLR基因多态性分析

催乳素受体(PRLR)通过与催乳素结合,介导包括动物泌乳和繁殖在内的多种生理功能.本研究以2个肉用鹌鹑群体(法国巨型肉用鹌鹑、莎维麦脱肉用鹌鹑)为研究对象,利用PCR-RFLP技术和测序技术检测PRLR基因在以上2个鹌鹑群体中的多态性.结果表明,法国巨型肉用鹌鹑CC基因型频率为0.165,CT基因型频率为0.032,TT基因型频率为0.803,其等位基因频率C为0.181,T为0.819;莎维麦脱肉用鹌鹑CC基因型频率为0.217,CT基因型频率为0.041,TT基因型频率为0.742,其等位基因频率C为0.238,T为0.762.     

绵羊高繁殖力候选基因的研究进展

该文主要总结了绵羊高繁殖力候选基因的相关研究进展,以期为进一步提高绵羊经济效益寻求有效途径。     

瑞典长白猪早期体重的影响因素分析

猪的繁殖性能对生产者的经济效益有着直接影响,原产丹麦的长白猪作为世界著名的瘦肉型猪种,具有优良的繁殖性能.本研究以瑞典长白猪为研究对象,利用SPSS软件对瑞典长白猪的初生重、21日龄重和断奶重进行方差分析和多重比较分析.结果表明,2007年的仔猪初生重极显著高于2006年、2008年、2009年和2010年(P<0.0...     

小尾寒羊MyoG外显子2和MyoD 5'侧翼区的多态性研究

采用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊肌细胞生成素Myo G基因外显子2和生肌决定基因Myo D 5'侧翼区的多态性,结果表明:Myo D 5'侧翼区在小尾寒羊中检测到2种基因型(BB、AB),BB和AB基因型频率分别为0.975 0和0.025 0,A和B等位基因频率分别为0.012 5和0.987 5;小尾寒羊的Myo G外显子2不存在多态性。对Myo D 5'侧翼区的BB基因型测序分析发现,其与牛的Myo D1基因序列(XM_592330.2)相比,发生了2处突变,分别是第960位发生了T→C突变、第972位发生了C→A突变。