基于SSR和SRAP标记的苦瓜品种鉴定及亲缘关系分析

本研究应用SSR和SRAP 2种标记对11个苦瓜品种进行鉴定和亲缘关系分析。结果发现,应用筛选的8对SSR引物共扩增条带860条,多态性条带占68.0%,10对SRAP引物共扩增条带961条,多态性条带占79.4%。SSR标记检测到品种间遗传相似系数介于0.344~0.779,平均值为0.652;SRAP标记检测到品种间遗传相似系数介于0.373~0.700,平均值为0.625。聚类分结果发现,在遗传相似系数为0.54和0.52时,SSR和SRAP 2种标记都可以将11个品种分为相同的两组。每对SSR和SRAP引物能平均区分3.1和3.7个品种。最少用3对SSR引物或3对SRAP引物组合就可成功区分11个苦瓜品种。研究结果表明,SSR和SRAP标记均可高效地被用于苦瓜的品种鉴定和亲缘关系分析。     

甘蓝种质资源遗传多样性的SRAP分析

本研究利用26对SRAP引物组合对46份甘蓝材料的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,以期为甘蓝亲本选配提供参考。结果表明这26对引物共扩增出稳定清晰的条带439条,其中多态性条带为227条,多态性位点比率为51.7%。根据SRAP扩增结果,应用NTSYSpc2.1数据分析软件计算各品种间的遗传相似系数,结果表明这些材料间的遗传相似系数的变化范围是0.41～0.99。在相似性系数为0.568的水平上,可将46份甘蓝品种分为4大类,除第4类是形态特征明显有别于其它材料的抱子甘蓝外,其余3类结球甘蓝的主要聚类依据是其开花时间依次间隔一个星期左右。     

SRAP和CDDP标记在巴戟天遗传多样性分析中的应用

分析肇庆地区主要的巴戟天种质资源,明确各个品种之间的亲缘关系,为巴戟天的培育、保护与鉴别提供科学依据。本研究应用SRAP和CDDP分子标记技术对肇庆9份巴戟天材料进行遗传多样性分析,运用NTSYS-pc 2.1软件计算样品间的遗传相似系数,按照UPGMA方法进行聚类分析,并对两种分子标记结果进行比较与分析。28对SRAP引物组合和16条CDDP引物分别扩增得到140条和83条条带,其中多态性条带数分别为68条和63条,多态性比率(PPB)各为48.6%和75.9%,遗传相似系数变化范围各为0.69～0.96和0.53～0.95,平均遗传相似系数各为0.83和0.69。SRAP在遗传相似系数为0.86时与CDDP在遗传相似系数为0.71时均将广宁特型、广宁特嫁接型、本地大叶型、本地小叶型4个品种聚为一类。SRAP和CDDP两种分子标记均可用于巴戟天的遗传多样性分析,但两种分子标记的聚类结果有一定的差异,所以两种标记联合分析能够更加准确地揭示巴戟天种质之间的亲缘关系。且CDDP的聚类结果与两种标记联合分析的结果更吻合,说明CDDP比SRAP更适用于巴戟天遗传多样性分析。     

菜心种质资源遗传多样性的SRAP分析

为了合理利用菜心种质资源及提高菜心的育种效率,以44份菜心为试验材料,采用SRAP分子标记对菜心及其近缘种进行了遗传多样性分析。结果表明,27对引物共扩增出稳定清晰的条带418条,其中多态性条带为171条,多态性位点比例为40.2%。根据SRAP扩增结果,应用NTSYSpc2.1数据分析软件计算各品种间的遗传相似系数,表明这些材料间的遗传相似系数的变化范围是0.509~0.900。在相似系数为0.638的水平上,可将44份菜心分为2大类,第一类包括来自湖南的紫红菜薹,另一类包括其他所有绿叶菜薹品种。     

不同类型黄瓜亲缘关系的AFLP分析

用AFLP分子标记对4种不同类型黄瓜种质资源进行了多态性分析.利用NTSYS软件分析遗传相似系数,UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图.从50对AFLP引物中筛选出24对多态性高、扩增稳定、重复性好的引物.结果表明:24对引物组合共产生1 367条扩增带,平均每对引物组合产生56.96条;共产生多态性位点297个,多态性比率为21.7%.28份材料两两间的遗传相似系数在0.841 3～O.994 9之间.聚类分析结果显示,28份材料被聚成7小组,各组内生态类型基本一致.其中,华北有刺类型黄瓜在DNA水平上的同源性极高,遗传变异度较小,多样性水平较低,不如其他3个类型黄瓜多样性丰富.试验结果表明AFLP标记位点多,重复性好,可以揭示不同类型黄瓜种质之间的遗传基础.     

红花品种遗传多样性的SRAP分析

利用相关序列扩增多态性SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)技术对8份国内不同来源以及8份国外不同国家的,共计16份红花栽培种进行遗传多样性分析。选用20对多态性较高的引物组合对材料进行PCR扩增,而后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,获得多态性条带。共获得354条清晰的条带,其中,135条为多态性条带,多态性比率为38.14%。遗传相似系数在0.3~0.9之间,平均相似系数为0.65,表明红花种内不同栽培种之间具有较高的遗传多样性和相似性。     

利用SSR和SRAP标记分析花椰菜自交系的遗传多样性

为选育优质花椰菜新品种,指导种质资源引进和利用,本研究采用简单重复序(simple sequence repeat,SSR)标记和相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记对38份花椰菜自交系进行了遗传多样性分析,分别从48对SSR引物、48对SRAP引物中各筛选出4对有效引物。4对SSR引物扩增的总条带数为47个,多态性条带为39个,平均多态性比率达83.0%;4对SRAP引物扩增的总条带数为86个,多态性条带为51个,平均多态性比率为59.3%,该结果显示花椰菜自交系间具有较丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析揭示了花椰菜自交系的熟期与其遗传差异相关。     

芒果杂交F_1代群体的遗传多样性分析及遗传图谱的构建

以芒果品种贵妃、金煌及其98株杂交F_1代为材料,利用SRAP标记构建了芒果的遗传图谱,并对杂交后代的遗传多样性进行分析。从266对SRAP引物中筛选了35对多态性引物,扩增出200条多态性条带,多态性条带比率为43.18%。UPGMA聚类分析表明,材料间的遗传相似系数为0.52~0.92,有8份材料表现出较强的变异。用JoinMap4.0作图,构建了一张总长801.6 cM的芒果遗传图谱,包含20个连锁群,113个标记位点,标记间的平均距离为9.32 cM。这是首张芒果SRAP标记的遗传图谱,可为芒果高密度遗传图谱的构建提供参考。     

南紫薇、福建紫薇和37个栽培品种亲缘关系的AFLP分析

本研究以南紫薇、福建紫薇以及37个栽培品种为材料,利用AFLP分子标记分析其亲缘关系。PCR实验结果表明,清晰计数的条带共有270条,多态性条带占了220条,百分比最高为80.98%;单对引物组合扩增出的可计数条带最高81条,最少32条,五对引物组合扩增出的多态性条带平均54条,多态性百分比最高为84.5%,最低为74.47%;种质资源相似系数为0.5407～0.9151,平均相似系数为0.6846。UPGMA聚类结果显示39个材料可划分成三大部分,其中南紫薇及南紫薇与紫薇产生的杂交品种被划分为第Ⅰ组,福建紫薇及福建紫薇与紫薇产生的杂交品种划分为第Ⅱ组,所有紫薇种间的杂交品种划分到第Ⅲ组。本实验表明AFLP标记技术能从分子水平上较为准确地体现紫薇种质资源的亲缘关系。     

利用SRAP标记分析彩色棉与白色棉的遗传差异

利用SRAP分子标记技术对彩色棉遗传多样性进行研究,应用NTSYS软件对30种供试棉花材料的SRAP-PCR结果进行分析,从中筛选得到29对条带清晰的多态性引物,共产生1067条清晰条带,多态性条带132条,平均每个引物组合得到4.55条多态性条带。聚类分析29对引物组合的扩增结果,Jaccard’s相似系数在0.5405-0.9109之间,利用SRAP标记可以判明彩色棉和白色棉的遗传差异,可有效地应用于彩色棉的遗传多样性及亲缘关系的研究。     

结缕草属植物杂交后代的SRAP分子标记鉴定

相关序列扩增多态性（sequence—related amplified polymorphism,SRAP）是基于PCR技术的一种新型分子标记技术。本文通过SRAP分子标记技术对结缕草属植物种间杂交的5个组合44份杂交后代进行了真假杂种的鉴定,拟为杂交后代的进一步研究奠定基础。首先通过5个杂交组合的亲本材料分别筛选10对SRAP引物组合,然后应用具有父本特征带的多态性引物组合对各个杂交组合亲本及其所有后代进行PCR扩增、电泳。结果表明,5个杂交组合的44个杂交后代中有39个后代具有父本特征带,被鉴定为真杂种,其余5个后代因不具有父本特征带,被鉴定为自交种。杂种真实性的鉴定结果为杂交后代的进一步研究及应用奠定了良好的基础,本研究结果也表明SRAP分子标记技术是比较稳定可靠的标记系统,可有效应用于结缕草属植物杂种真实性的鉴定和遗传分析。     

适合甜菜品种鉴定的SRAP核心引物的筛选

为筛选适合甜菜品种纯度鉴定的SRAP核心引物,以12个进口国外甜菜品种为材料,对546对SRAP引物组合进行扩增,利用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离,选择适合甜菜品种纯度鉴定的SRAP核心引物组合。结果从546对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、重复性好的引物组合23对,这23对引物组合共扩增出177条多态性条带,引物的PIC值均大于0.6。平均每对引物扩增7.7条多态性条带,从理论上讲,这些核心引物完全可以实现对现有甜菜品种的鉴定。     

Genetic variation among lentil (Lens culinaris Medik) landraces from Southeast Turkey

The molecular characterization of cultivated plant genepools is of foremost importance for germplasm utilization in plant breeding. However, no comprehensive genetic fingerprinting of Turkish lentil landraces existed so far. To overcome this gap, 38 lentil landraces from southeast Turkey, together with six commercial varieties, were molecularly characterized using inter simple sequence repeat (ISSR) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) molecular markers. The ISSR analysis, performed with 14 primers, yielded 105 polymorphic bands and the AFLP analysis, carried out with six primer combinations, amplified 119 polymorphic fragments. Even though the AFLP produced more bands per primer combinations, the ISSR detected more polymorphisms. Unweighted pair-group method with arithmetic means dendrograms based on Jaccard similarities obtained from three data sets: (i) ISSR, (ii) AFLP and (iii) combined ISSR and AFLP data, were similar and separated the landraces into two main groups. Turkish lentil landraces exhibited considerable genetic diversity. One landrace from Karacadag/Diyarbakir region was significantly different from the rest of the germplasm analysed. Jaccard distances highlighted sharp differences among landraces over short geographic distances. The knowledge of regional differentiation has practical utility in the management of germplasm and in breeding programmes.     

西瓜种质资源遗传多样性的SRAP分析

【研究目的】研究西瓜材料之间的亲缘关系及其分类,为进一步利用和创新材料、培育新的品种提供依据;【方法】采用SRAP技术对64份西瓜种质资源的遗传多样性进行了研究;【结果】从700多个引物组合中筛选出了51个条带清晰、多态性高的引物组合来分析供试材料,共产生431条扩增带,其中243条带具有多态性,多态性频率平均为56.4%,除去非洲野生型57号材料,其它材料间多态率为39.4%。将243条多态性SRAP条带,利用NTSYS软件计算了64个材料间的遗传相似系数,其变化范围为0.47~0.97,除非洲野生型材料57号等4个差异较大的材料,其它材料间变化范围仅为0.87~0.97;【结论】说明目前西瓜育种的大多数材料间同源性较高,遗传分化较小,其遗传基础非常狭窄。该研究结果对利用特殊种质、合理选择杂交亲本具有一定的参考价值。     

光萼荷属植物SRAP-PCR反应体系建立与引物筛选

为了建立光萼荷属植物(Aechmea) SRAP-PCR反应体系,为今后光萼荷属植物种质资源研究提供技术支持,本研究通过L16(45)正交试验设计,对光萼荷属植物SRAP反应体系中的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物和模板DNA浓度等5个因素进行优化实验,并筛选多态性SRAP引物组合。结果表明,光萼荷属植物的最佳SRAP反应体系为1.50 mmol/L Mg2+、400 μmol/L dNTPs、1.5 U Taq DNA聚合酶、15 μmol/L引物、30 ng模板DNA及1×PCR buffer。各因素对SRAP-PCR扩增反应结果影响的差异较大,依次为模板DNA>Taq DNA聚合酶>dNTPs>引物>Mg2+。从56对SRAP引物组合中筛选出51对扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物组合,多态性引物比率达90%以上。通过不同光萼荷属植物和不同引物组合对该反应体系进行验证,均获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明本研究建立的光萼荷属植物SRAP-PCR反应体系稳定可靠。     

利用AFLP分子标记鉴定苹果砧木

利用AFLP分子标记技术,对30个苹果砧木进行研究。从64对引物组合中筛选出3对多态性高、分辨能力强的引物用于扩增,共获得199条带,其中多态性带176条,多态性率为88．4％。扩增结果显示,3对引物组合在12个砧木中扩增出特征带,且每对引物组合均能将所有砧木鉴别开,表明AFLP技术用于苹果砧木鉴定的效率很高。通过聚类,对供试砧木的遗传关系进行分析,为中国优良苹果砧木资源的进一步收集和利用提供科学依据。     

利用AFLP技术研究玉米及其野生近缘种的遗传关系

用AFLP分子标记技术对50个有代表性的玉米及其野生近缘种大刍草、摩擦禾、薏苡材料进行了遗传关系分析。利用21个PstⅠ/MseⅠ引物组合检出可辨认带共641条，其中多态性带586条，平均每对引物得到30.52条多态性带，多态性91.4%。聚类分析结果表明，可以将50个材料分为3大类，与已有的玉米族分类一致，但与玉蜀黍属内的种间和种     

Genetic diversity and population structure of four Iranian alfalfa populations revealed by sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers

In the present study, genetic diversity of 48 individual plants from four Iranian cultivated populations of alfalfa (Medicago sativa L.) was evaluated using sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers. Fourteen SRAP primer combinations produced 193 fragments of which 95 were polymorphic. The number of polymorphic fragments detected per primer combination ranged from 3 to 10 bands with an average of 6.78 bands. Average polymorphic information content (PIC) was 0.343 for all primer combinations. Although the AMOVA (analysis of molecular variance) results showed a significant difference in the genetic diversity among the populations (P < 0.0001), the genetic variation mainly caused by the variation of intra population accounted for 93.17% of the total genetic variation. Unweighted pair-group method arithmetic average (UPGMA) analysis of the marker data clearly separated the populations of subtropical (Yazdi) and semi-cold (Hamadani and Nikshahri) as well as Kodi, an improved population. It can be concluded that SRAP markers are useful for studying diversity and relationships among and within alfalfa populations.