番茄SRAP-PCR体系优化与品种分子鉴定

对番茄基因组DNA的SRAP-PCR体系中Mg2 、dNTPs和引物浓度进行了优化,结果表明反应体系中适宜浓度为Mg2 1.5～3.0 mmol·L-1,dNTPs 0.05～0.20 mmol·L-1,引物0.25 μmol·L-1;模板DNA为10～20 ng(10 μL反应体系).运用优化的体系,筛选获得3个合作906与其父母本多态性标记引物组合.利用15个引物组合对11个番茄主要品种以及1个近缘野生种进行种质鉴定的SRAP标记分析,10个多态性的引物组合共检测到55个多态性位点,平均每个引物可鉴别3.7个品种,双引物组合me8/em8-1与me6-1/em14-1可以区分所有供试材料.应用NTSYS-pc软件进行聚类分析(UPGMA),园艺性状相似的品种在较近的遗传距离聚类,表明SRAP可有效用于番茄品种资源鉴定与遗传多样性分析.     

苦荞SRAP分子标记体系优化与遗传多样性分析

通过正交试验设计,比较苦荞序列相关多态性-聚合酶链式反应(Sequence related amplified polymorphism-polymerase chain reaction,SRAP-PCR)扩增反应体系的组合,选出最佳扩增体系用于苦荞SRAP分子标记进行遗传多样性分析。其中最佳SRAP-PCR反应扩增体系为Taq DNA聚合酶2 U、Mg2+1.5 mmol/L、DNA模板75ng、引物0.5μmol/L。从238对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,并对15个苦荞品种进行遗传多样性分析。结果表明:20对引物组合共扩增出128个位点,其多态性信息量(Polymorphism information content,PIC)值在0.66~0.95,每对引物组合扩增位点为7~13个,多态性比率平均值为81.6%,其中多态性信息量值为0.95的引物组合为me7em11、me9em4和me12em8。基于UPGMA法聚类(GS=0.78)可将15个苦荞品种划分为3大类,但这3类划分的品种没有明显的地域分布特征。     

10个加工番茄品种的分子鉴别

采用 RAPD、RGA和 SRAP分子标记技术对 1 0个加工番茄品种进行了分子鉴别的研究。 1 2个RAPD随机引物扩增后共产生了 2 3个多态性位点 ;2对 RGA引物产生了 1 1个多态性位点 ;1对 SRAP引物产生了 7个多态性位点。分析单引物的品种鉴别能力发现 ,RGA和 SRAP标记具有较高的鉴别效率。通过双引物组合分析发现 ,双引物组合 S391和 em1 me1或 PK1 PK2和 em1 me1可用于 1 0个加工番茄品种的分子鉴别 ,并获得了各品种独特的核酸指纹     

观赏海棠SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选

以观赏海棠叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以Mg^2＋、dNTP、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶5种因素4个水平,对观赏海棠的SRAP反应体系进行了研究,建立了观赏海棠的SRAP最佳反应体系,结果表明,观赏海棠SRAP-PCR最佳反应体系为：Mg^2＋ 2.50mmol·L^-1、dNTP0.2mmol·L^-1、引物0.4μmol·L^-1、Taq DNA聚合酶2U、10ng模板DNA,总体积为25μL。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以dNTP浓度的影响最大,模板浓度的影响最小。运用该体系对观赏海棠4个种进行验证,证明该体系稳定可靠,并从70个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的26个引物组合。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为今后利用SRAP标记技术进行观赏海棠的分子遗传学研究提供了科学的依据。     

怀地黄SRAP分子标记优化体系的建立

为了建立适宜怀地黄的SRAP反应体系,以22个不同类型的怀地黄品种为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对SRAP扩增结果的影响.对SRAP反应体系中的DNA模板浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、引物浓度以及dNTP浓度进行了探索,确立的适合怀地黄SRAP反应的体系为:在25 μL的反应体系中,模板DNA20 ng、2.5 mmol·L-1 Mg2+、0.32 μmol·L-1的上下游引物、0.30 mmol·L-1的dNTPs以及2.5U Taq酶.并利用该反应体系对怀地黄22个不同品种进行了SRAP反应,发现不同品种间的DNA谱带多态性丰富,证实该体系稳定可靠,可以用于怀地黄的分子标记研究.     

大白菜SRAP-PCR反应体系的优化

对大白菜DNA的SRAP-PCR扩增体系进行优化,为大白菜抗软腐病基因图谱的构建和分子标记奠定基础。以大白菜基因组DNA为模板,对PCR反应体系的各影响因子进行梯度试验,筛选可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳体系。该体系(25μL)为:Mg2+3.0 mmol·L-1、dNTPs 0.3 mmol·L-1、Taq酶1.5 U、引物0.2μmol·L-1、模板DNA 60 ng。该体系能很好地满足大白菜基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于大白菜遗传研究是可行的。     

正交设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系及引物筛选

以辣椒基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP反应体系中的5种关键因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行优化,结果表明,辣椒SRAP-PCR最佳反应体系为:Taq DNA 聚合酶0.75 U、Mg2+ 0.6 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.8 μmol/L、模板DNA 50 ng,总体积为10 μL.运用该体系对辣椒3份种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从198个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的35个引物组合.该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒分子遗传学中的应用提供科学依据.     

空心菜SRAP-PCR分析体系的建立与优化

以空心菜为试验材料,利用单因素试验对影响SRAP-PCR反应体系的DNA模板、10×PCR Buffer(含Mg2+)、dNTPs、引物以及TaqDNA聚合酶5个因素进行优化,从而建立适合于空心菜SRAP-PCR分析的反应体系。结果表明:空心菜SRAP-PCR最佳的反应体系(25μL)为:DNA模板80ng、10×PCR Buffer(含Mg2+)2.5mmol·L-1、dNTPs 0.2mmol·L-1、引物0.4μmol·L-1、TaqDNA聚合酶1U。运用所优化的SRAP-PCR分析体系,对"本地空心菜"和"三叉空心菜"2个品种进行SRAP-PCR扩增,扩增结果所获得的电泳谱带清晰明亮,材料间表现出明显的多态性,并且在25对SRAP引物组合中可以筛选出7对多态性高的组合,能明显区分2个空心菜品种。由此可见,本试验所建立的SRAP-PCR体系适用于空心菜的品种鉴定和遗传多样性分析。     

巴东木莲DNA的提取及SRAP-PCR反应体系的正交优化止父优化

研究确定了提取巴东木莲基因组DNA的方法．采用正交试验设计法对影响SRAP—PCR反应的引物浓度、TaqDNA聚合酶的用量、Mg^2＋和dNTPs浓度及PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了比较、优化,同时对DNA模板浓度进行了筛选。结果表明,Mg^2＋、dNTPs、砌酶及引物的不同水平均对PCR反应结果有显著的影响。建立了巴东木莲20μL SRAP—PCR的反应体系为1xbuffer、Mg^2＋浓度为2．0mmol·L^-1、dNTPs浓度为0．25mmol·L^-1、引物浓度为0．45μmol·L^-2、Toq酶为O．5U和模板DNA40ng。适宜的扩增程序为94℃预变性1min,94℃变性1rain,33℃复性1min,72℃延伸1min,10个循环;94℃变性1min,55℃复性1min,72℃延伸1min,30个循环;最后72℃延伸5min。试验表明,该体系重复性好、稳定性强．     

利用SSR、SRAP分子标记鉴定桃早熟芽变

以桃品种小白桃及其早熟芽变品种津柳早红为材料,利用SSR、SRAP分子标记技术,分别使用17对SSR引物、12条SRAP引物,对小白桃、津柳早红基因组DNA进行特异扩增,探讨桃成熟期芽变机制。结果表明,UDP96-008、CPPCT 022、BPPCT 028、UDP98-411、UDP96-99等5个SSR标记具有多态性,并将它们分别定位在1、2、3、6号染色体;SRAP标记中me1/em5、me2/em1、me2/em5、me3/em2、me3/em6、me5/em5、me5/em6、me6/em2具有多态性。SSR、SRAP标记可以用于桃成熟期芽变的鉴定。     

禺毛茛SRAP反应体系优化及引物筛选

以禺毛茛叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以10×Buffer、Mg2+、dNTP和引物4种因素3个水平,对禺毛茛SRAP反应体系进行研究,并比较了不同浓度模板DNA、Taq酶用量对扩增效果的影响,建立了禺毛茛的SRAP最佳反应体系.结果表明,禺毛茛SRAP-PCR最佳反应体系为:20 μl反应体系中,10×Buffer 2.5 μl,25 mmol/L Mg2+ 2.5 μl,2 mmol/L dNTPs 1.5 μl,5 μmol/L引物1.0 μl,模板量为100～200 ng,Taq酶0.5 U.运用该体系对10份禺毛茛进行验证,证明该体系稳定可靠,并从100个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的36个引物组合.这一优化的体系及多态性引物组合为利用SRAP标记技术进行毛茛属植物分子遗传学研究提供了科学依据.     

SRAP构建玉米杂交种指纹图谱的研究

SRAP(相关序列扩增多态性)是近年来发展起来的一种新型的DNA标记技术,作者旨在探讨SRAP技术用于玉米品种鉴定的可行性,并建立相应技术体系.采用25个引物组合对19个玉米杂交种进行了SRAP扩增.19个引物组合扩增出了多态性条带,共扩增出152条多态性条带,平均每个引物组合产生8条多态性带,多态性频率从44.4%(meA/em3)～91.7%(me4/em1).19个引物组合检测到的平均PIC为0.879,而引物组合me4/em1可区分供试的所有19个玉米品种.进一步筛选了5对引物,构建了供试材料的指纹图谱,为SRAP用于玉米鉴定奠定了基础.SRAP具有很高的分辨率,而且操作简便、稳定可靠,具备了用于作物品种鉴定的条件,用于玉米品种鉴定是可行的,可作为SSR技术的重要补充.     

一串红SRAP标记的建立与品种鉴定

为建立一串红相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记,对引物、dNTP、模板DNA、Taq酶用量及退火温度等因素进行了优化,并用建立的SRAP标记对17个一串红品种进行了鉴定。通过测试,确定了适宜一串红的SRAP-PCR反应体系,反应总体积25 μL,包含PCR缓冲液(含2.0 mmol·L-1 MgCl2),模板DNA 60 ng, dNTP 0.2 mmol·L-1,引物0.4 μmol·L-1,Taq酶1 U。温度梯度试验结果表明,SRAP-PCR对第二阶段的退火温度变化(44～56℃)不敏感。在优化SRAP-PCR体系的基础上,采用44对引物组合对17个一串红品种进行了分析。共筛选到37个多态性引物组合。这些引物组合的多态性信息含量(PIC)为0.215～0.941,平均为0.672;所揭示的基因型数为2～17个, 平均为6.76个。仅用F1/R1这一个引物组合就可以鉴别参试的17个品种,包括形态上非常相近的品种‘神州红’和‘帝王’,表明SRAP对一串红品种具有较强的鉴别能力。     

不结球白菜SRAP体系优化与品种聚类分析

通过单因素试验确定了Mg2+、dNTP、TaqDNA 聚合酶和引物4种因素在不结球白菜SRAP反应体系中的适宜浓度范围,并在此基础上利用正交试验设计对不结球白菜SRAP反应体系进行优化,确立了适合不结球白菜的SRAP反应体系,即25μl反应体系中,含Mg2+ 2 mmol/L、dNTP 0.2 mmol/L、TaqDNA 聚合酶1.5 U、引物 0.36 μmol/L、1×PCR Buffer、模板DNA 30 ng.运用优化的体系,利用30个引物组合对17个不结球白菜品种进行遗传多样性的SRAP标记分析,20个多态性的引物组合共检测到90个多态性位点.应用聚类分析(UPGMA)结果显示,园艺性状相似的品种在较近的遗传距离聚类,表明SRAP可有效用于不结球白菜品种资源鉴定与聚类分析.     

二次通用旋转组合设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系

采用二次通用旋转组合设计,对辣椒SRAP反应体系中的Taq酶用量、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA用量等5个主要因素进行优化。结果表明,筛选出的辣椒最优SRAP-PCR反应体系为Taq聚合酶0.5 U,Mg2+2.3 mmol.L-1,dNTPs 0.2 mmol.L-1,引物0.8μmol.L-1,模板DNA 45 ng,总体积10μL。应用该体系对辣椒18份种质材料进行验证,结果证明该体系可靠稳定。因此,该试验的优化方法和优化体系适用于辣椒SRAP分子标记的研究。     

暗纹东方鲀SRAP-PCR体系的建立与优化

以暗纹东方鲀基因组DNA为材料,利用正交设计L16(45)对影响暗纹东方纯SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2、Taq酶、dNTPs、模板DNA、引物)在4个水平上进行正交组合,确立了暗纹东方鲀SRAP反应最佳体系为:20 μL的PCR体系中含有Mg2+ 1.5 mmol·L-1、Taq酶0.5U、模板DNA 75 ng、dNTPs 0.15 mmol·L-1、引物0.2 μmol·L-1.利用30个暗纹东方纯样本对该体系进行验证,结果表明该体系稳定可靠.     

中国兰SRAP-PCR体系的建立及优化

序列相关扩增多态性(SRAP)是新一代的分子标记技术,尚未在兰花中应用过.本实验运用改进了的CTAB法提取国兰总DNA,并L16(45)正交设计,对影响中国兰PCR反应的4个因素(引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs 浓度、扩增模版)在4个水平上进行优化试验,结果采用DPS软件分析.结果表明,在25 μl总体积中,Taq酶为1个单位的情况下,中国兰SRAP-PCR反应最佳扩增体系为: Mg2+ 2 mmol·L-1、DNA模版100 μg、dNTPs 0.25 mmol·L-1、引物0.3 μmol·L-1.这一优化的SRAP-PCR体系的建立为后续国兰SRAP分析奠定基础.     

白芨属SRAP引物筛选及反应体系优化

为给白芨种质遗传多样性评价、分子标记辅助育种和遗传改良研究提供基础,建立适于白芨SRAP-PCR扩增的反应体系,利用L16(45)正交试验设计对白芨SRAP-PCR反应体系中的各影响因子进行探索.结果表明:Mg2+浓度为影响白芨SRAP-PCR反应的关键因素;在优化的20μLSRAP-PCR反应体系中各组分的最适含量为10×Buffer 2.0 μL,Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.5 mmol/L,引物0.2μmol/L,Taq酶1.0U,模板DNA 2.0 ng/μL.利用SRAP反应体系,从72对SRAP引物组合中筛选出条带清晰、扩增稳定、多态性好的引物15对.     

龙眼SRAP反应体系的建立和优化

为获得最佳的龙眼SRAP反应体系,采用分步优化的方法对影响龙眼SRAP-PCR反应的模板DNA用量、Me2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶用量等进行了研究.确立了适合龙眼SRAP分析的反应体系,即体系总体积25 μl,包含1×PCR Buffer,Mg2+ 2.0 mmol/L,dNTPs 0.5 mmol/L,引物0.3 μmol/L,模板DNA 10 ng,TaqDNA聚合酶1.5 U.结果表明,该体系能很好地满足龙眼基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于龙眼遗传研究是可行的.     

梨SRAP体系的优化及其在杂交后代中的分离方式

采用正交设计建立并优化了梨的SRAP-PCR分子标记技术体系，在20 μL的反应体系中含有DNA15 ng/mL，Primer o.5μmol/L，dNTPs 0.1 mmol/L，Mg2+2 mmol/L，Taq DNA聚合酶1.5 U。应用20对引物组合对SRAP标记在“红巴梨×南果梨”F1群体的多态性和分离方式进...