T-RFLP分析技术在肉鸡肠道微生物研究中的应用

本文阐述了末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析技术的基本原理和技术路线,讨论了应用T-RFLP分析技术相对于应用传统方法研究肉鸡肠道微生物的优势,总结了应用T-RFLP分析技术研究肉鸡肠道微生物的发展历程,分析了应用T-RFLP分析技术研究肉鸡肠道微生物存在的问题及解决方法,并对其应用前景进行了展望.     

末端限制性片段长度多态性分析技术在鸭肠道微生物群落结构研究中的应用

本研究采用T-RFLP技术，基于末端限制性片段长度多态性分析，对鸭肠道微生物群落结构进行研究。结果表明，鸭肠道微生物群落具有较高的多样性和复杂性，其中包括了多种细菌和古菌。同时，不同饲养模式和饲料类型对鸭肠道微生物群落结构有一定影响，但这种影响并不明显。此外，本研究还发现鸭肠道微生物群落中存在着一些特定的菌群，这些菌群可能对鸭的生长和健康状态有一定的影响。本研究为深入了解鸭肠道微生物群落结构及其功能提供了重要参考。     

原生滨海湿地不同恢复类型土壤细菌多样性分析

为了研究不同恢复阶段湿地土壤细菌的变化规律,试验采用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术对江苏盐城原生滨海湿地处于不同恢复阶段的土壤细菌进行群落组成和多样性分析。结果表明:不同湿地类型的细菌多样性指数呈逐渐下降的趋势,芦苇滩的细菌多样性指数最高,泥螺滩的多样性指数最低。说明细菌群落结构的相似性随着植被类型的变化而变化,随着湿地的演化,细菌群落的相似性越来越低。     

PCR-DGGE技术及其在微生物群落结构研究中的应用

PCR-变性梯度凝胶电泳（PCR—DGGE）技术具有可靠性强、重复性好、方便快捷等优点，是一种被广泛应用于环境生态学中微生物群落多样性、动态性分析和功能细菌跟踪的指纹识别技术。本文介绍了PCR—DGGE分析技术的基本原理和方法，并就该方法在对生态环境中、动物和人体内微生物群落结构的研究应用情况做了综述，并对该技术自身存在的局限性和应用前景进行了评价。     

T-RFLP技术及其在动物胃肠道微生物群落多样性研究中的应用

随着分子生物学技术的飞速发展,越来越多的新兴研究手段应用于胃肠道微生态系统的研究之中。介绍了末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)的基本原理、操作流程和优缺点,并总结了该技术在动物胃肠道微生态研究中的应用现状。     

动物胃肠道微生物研究技术的应用进展

随着现代分子生物学技术的快速发展,动物胃肠道微生物领域的研究技术也进入了一个新的阶段。文章从传统及现代分子生物学两方面介绍了几种常用的研究动物胃肠道微生物技术及其应用进展,主要包括:传统微生物培养技术、16S r DNA序列分析技术、16S rRNA序列分析技术[变性梯度凝胶电泳(DGGE)、温度梯度凝胶电泳(TGGE)、单链构象多肽性(PCR-SSCP)、末段限制性长度多态性(T-RFLP)]、ERIC-PCR技术、RAPD技术等,并对动物肠道微生物研究技术的发展进行了展望。     

DGGE技市在动物胃肠道微生态研究中的应用

变性梯度凝胶电(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)术是通过直接分离核酸片段对微生物群落进行研究,由于其具有可靠性强、重复性好、方便快捷等优点.被广泛应用于微生物群落多样性和动态性分析,并成为微生物分子生态学研究中的热点技术之一.本文主要介绍DGGE技术的原理、工作流程及优缺点.并着重分析了其在动物胃肠道微生态研究中的应用.     

高通量测序在环境微生物学中的应用

微生物群落是生态系统中最活跃的结构单位和功能单位,因此了解各种环境中微生物的群落结构有着重要的意义,其研究的技术也一直在进步。高通量测序可以一次获得多条基因序列,使得其在环境微生物学中的研究中倍受青睐。探讨了454高通量测序早在环境微生物学中的应用。     

微生物发酵床养猪的研究进展及展望

本文从微生物发酵床养猪技术原理、垫料的组成、垫料微生物群落结构、重金属残留、使用年限等方面综述了国内微生物发酵床养猪技术进展,分析了该技术推广应用中存在的问题,提出构建微生物发酵床垫料资源化利用体系今后重点研究与发展方向。     

湖南地区桑园害虫-天敌群落结构及季节动态研究

基于对湖南地区桑园害虫-天敌群落的系统调查,应用群落参数和系统聚类的方法分析了桑园害虫-天敌群落结构及季节动态。桑园害虫-天敌群落多样性指数全年存在较大的差异,均匀度指数也极不一致,害虫亚群落一直保持很高的物种丰富度和群落生态优势度,少数几种害虫的种群优势度特别大。桑园害虫-天敌群落还呈现明显的季节消长规律,全年基本上呈单峰曲线,与月均温度曲线基本一致,且与桑叶采伐、农药治虫、月降雨量等密切相关,并表现出天敌-害虫-桑树之间明显的追随现象。桑园害虫-天敌群落季节动态可分为:越冬期、活跃期、波动期和过渡期4个阶段。     

Coarse structured feed stimulates members of the genera Lactobacillus and Mitsuokella as well as propionate and butyrate producers in the pig stomach

Pigs in four groups were fed fine non-pelleted (F-NP), fine pelleted (F-P), coarse non-pelleted (C-NP) or coarse pelleted (C-P) diets. DNA fingerprints, T-RFLP, revealed a strong dietary effect on bacterial community structure in the stomachs. Pigs fed the C-NP diet had the highest microbial diversity in stomach and the T-RFLP fingerprints suggested that bacteria tentatively identified as Lactobacillus delbrueckii, L. mucosae, L. reuteri, L. amylovorus/L. sobrius, Mitsuokella multiacida and Megasphera elsdenii were specifically stimulated. Lactobacilli may be responsible for the previously reported increase in stomach lactate levels of pigs fed the C-NP diet [Mikkelsen, L.L., Naughton, P.J., Hedemann, M.S., Jensen, B.B., 2004. Effects of physical properties of feed on microbial ecology and survival of Salmonella enterica serovar Typhimurium in the pig gastrointestinal tract. Appl. Environ. Microbiol. 70, 3485–3492.]. Moreover, earlier observations of butyrate and propionate accumulation in the stomach of pigs fed C-NP diets could be due to stimulation of M. elsdenii and S. ruminantium according to the T-RFLP fingerprints.     

Fecal microbiome of growing pigs fed a cereal based diet including chicory(Cichorium intybus L.) or ribwort(Plantago lanceolata L.) forage

Background: The purpose of this study was to investigate how inclusion of chicory forage or ribwort forage in a cereal-based diet influenced the fecal microbial community(microbiome) in newly weaned(35 days of age) piglets.The piglets were fed a cereal-based diet without(B) and with inclusion(80 and 160 g/kg air-dry forage) of vegetative shoots of chicory(C) and leaves of ribwort(R) forage in a 35-day growth trial. Fecal samples were collected at the start(D0), 17(D17) and 35(D35) days after weaning and profiles of the microbial consortia were generated using terminal restriction fragment length polymorphism(T-RFLP). 454-FLX pyrosequencing of 16 S r RNA gene amplicons was used to analyze the microbial composition in a subset of the samples already analyzed with T-RFLP.Results: The microbial clustering pattern was primarily dependent on age of the pigs, but diet effects could also be observed. Lactobacilli and enterobacteria were more abundant at D0, whereas the genera Streptococcus, Treponema,Clostridium, Clostridiaceae1 and Coprococcus were present in higher abundances at D35. Pigs fed ribwort had an increased abundance of sequences classified as Treponema and a reduction in lactobacilli. However, the abundance of Prevotellaceae increased with age in on both the chicory and the ribwort diet. Moreover, there were significant correlations between the abundance of Bacteroides and the digested amount of galactose, uronic acids and total non-starch polysaccharides, and between the abundance of Bacteroidales and the digested amount of xylose.Conclusion: This study demonstrated that both chicory and ribwort inclusion in the diet of newly weaned pigs influenced the composition of the fecal microbiota and that digestion of specific dietary components was correlated with species composition of the microbiota. Moreover, this study showed that the gut will be exposed to a dramatic shift in the microbial community structure several weeks after weaning.     

黄河源区黑土滩人工草地地表结皮与未结皮区土壤微生物多样性

为研究微生物群落多样性对土壤生物结皮的响应,本试验通过对有生物结皮和无生物结皮土壤微生物多样性的研究,分析黑土滩人工草地有生物结皮和无生物结皮土壤微生物细菌群落多样性。结果显示,无论是否有土壤生物结皮,土壤微生物细菌群落门水平的优势群落相同。变形菌门Proteobacteria群落都表现出在有生物结皮土壤中的百分含量大于五生物结皮土壤。放线菌门Actinobacteria和酸杆菌门Acidobacteria微生物含量在无生物结皮土壤中高于有生物结皮土壤。PCA分析结果表明,在相同采样地点有土壤生物结皮与无土壤生物结皮群落之间微生物细菌群落遗传距离较近,而不同采样点之间的微生物细菌群落遗传距离相对较远。本研究认为土壤生物结皮的形成与土壤中微生物群落结构的变化密切相关,微生物群落结构组成的变化在一定程度上能够说明土壤生物结皮的发生。     

荧光原位杂交技术在动物肠道微生物定量中的应用

以16S rRNA为靶序列的寡核苷酸探针荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)已广泛应用于分析环境中复杂的微生物群落构成。作者简要介绍了荧光原位杂交技术的原理和操作方法,对其在动物肠道中微生物鉴定和计数上的应用进行了概述,最后探讨了FISH技术的局限性及其应用前景。     

呼伦贝尔草原不同利用方式对土壤微生物群落结构的影响

土壤微生物是土壤生态环境变化的敏感因子,其群落组成及结构易受到人为干扰的影响。本研究通过比较内蒙古呼伦贝尔草地在围封、割草、连续放牧、休牧等不同利用方式下土壤微生物群落组成及结构的差异,结合土壤理化性状的变化阐明影响土壤微生物群落的主要因素,探索有利于土壤微生态环境的草地利用方式。结果显示：生长季节休牧处理的土壤微生物磷脂脂肪酸总量均高于其他利用方式,随着休牧时间的推后,土壤微生物数量呈升高趋势;连续放牧处理下土壤中的革兰氏阳性菌/革兰氏阴性菌比值最大,表明连续放牧降低土壤底物的养分供给能力,影响微生物生长;土壤理化性质与微生物的冗余分析表明,土壤pH值及电导率是影响土壤微生物群落结构的主要因子,高电导率且偏碱性土壤更有利于土壤微生物生存。因此,土壤盐碱度和pH值可作为呼伦贝尔草原土壤微生物群落结构及功能的关键预测指标。     

基于Biolog技术的外来种意大利苍耳与本地种苍耳根际土壤微生物功能多样性的比较

通过盆栽试验,采用Biolog技术对比研究了外来入侵植物意大利苍耳与本地植物苍耳根际土壤微生物群落功能多样性及对土壤碳源利用的差异,以未种植任何植物土壤为空白对照。结果表明,入侵植物意大利苍耳的土壤微生物群落功能多样性显著高于本地植物苍耳的土壤微生物群落功能多样性。意大利苍耳显著提高了根际土壤微生物31种碳源的平均颜色变化率(AWCD)(72 h, P<0.05),AWCD变化规律如下:意大利苍耳>苍耳>CK(对照);意大利苍耳的Shannon多样性指数(H)、优势度指数(D)和丰富度指数(S)均显著高于苍耳和空白对照,与苍耳相比,意大利苍耳的H,D,S分别增加了3.13%,0.77%和21.67%,与CK相比,意大利苍耳的H,D,S分别增加了4.59%,0.89%和35.18%,CK最低;碳代谢指纹图谱分析表明意大利苍耳和苍耳的碳源利用存在显著差异,意大利苍耳显著提高了根际微生物对胺类、酚酸类、氨基酸类和糖类等碳源的利用;主成分分析(PCA)表明,两种植物根际土壤微生物碳源利用特征出现分异,意大利苍耳集中在第一主成分,得分系数3.3103,苍耳主要分布在第二主成分,得分系数-1.9616;糖类物质、羧酸类化合物、多聚物和氨基酸类是根际微生物利用的主要碳源。改变入侵地土壤微生物群落的结构与功能,提高根际土壤微生物的代谢活性,形成对自身有益的土壤微生态环境可能是意大利苍耳成功入侵的原因之一。     

鸭瘟病毒强毒感染鸭肠道菌群的分子解析

应用ERIC-PCR法对鸭瘟病毒强毒株经皮下和口服感染20日龄鸭的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和直肠中细菌菌群的结构多样性和动态变化进行了检测.结果表明:对照鸭肠道内的菌群结构相对稳定,其中十二指肠和空肠的ERIC-PCR条带最少,盲肠最多;皮下感染24 h和口服48 h前,各肠段ERIC-PCR扩增条带没有明显变化,皮下感染48 h的鸭盲肠、口服感染72 h的鸭盲肠和回肠条带数量明显增加,随着感染时间的延长,条带数呈逐渐减少的趋势,死亡鸭各肠段的条带最少.对ERIC-PCR扩增条带中主带的测序结果表明,大肠杆菌、志贺菌、沙门杆菌等需氧菌或兼性厌氧菌成为皮下感染鸭的直肠、口服感染鸭的盲肠(回肠和直肠)的优势菌群;口服感染鸭的回肠中一个未知菌成为优势菌群.     

饲粮纤维影响猪肠道健康的研究进展

肠道健康包括有效的营养物质吸收、稳定的肠道微生物群落及健全的免疫功能等多个方面。肠道的健康状况决定了动物的健康状况。肠道健康取决于饲粮、肠道黏膜和肠道微生物群落3个主要方面。饲粮纤维是由纤维素、半纤维素、果胶和木质素等组成的成分和结构复杂的混合物,具有改善肠道营养物质吸收、降低肠道环境p H、改变有益菌与潜在致病菌比例、优化肠道微生物群落组成及加强黏膜屏障作用等功能。来源不同和理化性质相异的饲粮纤维对肠道健康的影响及作用机理并不一致。本文就饲粮纤维的分类、理化性质及其对肠道健康影响的研究进展进行综述,以促进饲粮纤维在猪饲粮生产上的进一步广泛合理利用。     

基于宏基因组学的野生动物肠道微生物研究进展

动物肠道中寄生着数以亿计的微生物,参与到动物机体中如代谢和免疫等重要的生理过程中。然而,在粪便等复杂样本中包含着大量微生物,无法通过纯培养技术进行研究,无法评估样本中的微生物多样性。通过宏基因组学技术可以对微生物群总DNA进行分析,使其成为目前研究复杂样本微生物结构和功能的重要工具。并且伴随高通量测序技术和生物信息学的进步,对微生物的分析流程也在不断地被改进。本文比较了在宏基因组学中普遍应用的标志基因扩增子分析和全宏基因组分析,对宏基因组技术在几类野生脊椎动物肠道微生物领域中的应用进行综述,以期使宏基因组技术在野生动物领域研究中拥有更加广泛的应用。