3个绵羊群体INHA基因的遗传多态性及对产羔数的影响

【目的】比较滩羊、蒙古羊和小尾寒羊INHA基因的多态性,分析不同基因型对产羔数的影响,为绵羊繁殖力标记的辅助选择提供理论依据。【方法】利用PCR-SSCP方法检测和分析3个绵羊品种INHA基因的多态性,通过最小二乘分析方法研究不同基因型对产羔数的影响。【结果】(1)滩羊和蒙古羊INHA基因在5′调控区282核苷酸处发生1处A→G突变(P1位点),在第2外显子的第470核苷酸处发生1处A→T突变(P2位点),3个绵羊品种在第2外显子第903核苷酸处发生G→A突变(P3位点)。(2)滩羊、蒙古羊和小尾寒羊P1位点C、D基因频率分别为0.840和0.160,0.852和0.148及0.162和0.838,均处于中度多态;P2位点E、F基因频率分别为0.784和0.216,0.787和0.213及1.000和0.000,滩羊和蒙古羊在该位点均处于中度多态;引物P3扩增片段中,滩羊和蒙古羊表现为A、B和C 3种单倍体基因型,而小尾寒羊仅表现出A和B 2种基因型。滩羊、蒙古羊和小尾寒羊的A、B、C基因型频率分别为0.136,0.037和0.147;0.800,0.926和0.853及0.064,0.037和0.000,B基因在3品种中均为优势基因型。(3)P1位点DD型小尾寒羊产羔数较CD型提高0.636只,CD型滩羊产羔数较CC型提高0.332只,差异均显著(P0.05),CD型蒙古羊产羔数较CC型有提高的趋势;P2位点EF型滩羊产羔数较EE型降低0.387只,差异显著(P0.05),EF型蒙古羊产羔数较EE型提高0.053只,差异不显著(P0.05);P3位点,滩羊B基因型平均产羔数较A、C基因型分别多0.215只和0.200只,蒙古羊B基因型平均产羔数较C基因型多0.250只,小尾寒羊B基因型平均产羔数较A基因型多0.620只,差异均显著(P0.05)。【结论】3个绵羊群体在INHA基因P1、P2位点均表现一定的多态性;滩羊和蒙古羊P2位点可能为控制产羔数的"不利"突变位点,3个绵羊群体INHA基因P1、P3位点可能为控制产羔数的"有利"突变位点。     

猪PRLR基因intron 9多态性与产仔性能关联性分析

采用PCR-SSCP技术分析豫南黑猪、杜洛克猪、长白猪和大约克夏猪4个猪种PRLR基因内含子9多态性,检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AC、BB、BC及CC 5个基因型。对纯合子序列比对发现,在此区域内有5个位点突变,分别为G→A、T→G、C→A、C→G和T→G突变。采用最小二乘法分析其对产仔数影响的遗传效应,结果表明,豫南黑猪不同基因型对产仔数没有显著影响(P>0.05);外来猪种在初产产活仔数(NBA)上基因型CC型比BC型多产2.38头,差异显著(P<0.05),而在初产总产仔数(TNB)和经产产仔数上不同基因型对产仔数影响都不显著。     

多聚免疫球蛋白受体(pIgR)基因多态性及其与仔猪腹泻关系

采用PCR-SSCP结合测序方法,在民猪、长白猪两群体中检测p Ig R基因外显子1多态性,研究母猪基因多态性与仔猪腹泻关系。结果表明,p Ig R基因外显子1存在两个错义突变,第373位C→T导致丙氨酸→缬氨酸变异,第394位A→G导致天冬氨酸→丝氨酸变异。民猪群体有AA、AB和BB三种基因型,长白猪群体有AA和AB两种基因型,两群体基因型分布差异极显著(P0.01)。民猪群体,不同基因型母猪仔猪腹泻指数和腹泻致死率均存在显著差异(P0.05),但长白猪群体,仅腹泻指数表现显著差异(P0.05)。     

皖东牛CAPN1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。     

圩猪OB基因SNPs检测及其与产仔性能的关系

为探讨圩猪OB基因的单链核苷酸多态性及其与产仔性状之间的关系,本试验采用PCR-SSCP方法检测了70头圩猪OB基因第2、3外显子的遗传多态性.结果表明:1)圩猪群体OB基因外显子2上没有检测到突变,而外显子3所扩增的片段中存在3个突变位点(C3619G、G3620C和G3714T);2)在G3714T突变位点上检测出AA、AB和BB 3种基因型,其频率分别为0.7000、0.2286和0.0714;群体中A的基因频率为0.8143,B的基因频率为0.1857;3)x2检验表明,本研究群体OB基因外显子3的多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;4)最小二乘分析表明,G3714T位点3种基因型在初产总产仔数、初产产活仔数及经产总产仔数、经产产活仔数性状上差异不显著(P>0.05),但呈现出BB>AB>AA的趋势.     

猪TGFβ1和TGFβRⅠ基因多态性与产活仔数的关联分析

为探讨猪转化生长因子β1(TGFβ1)及其受体(TGFβRⅠ)基因多态性与大白猪和长白猪产活仔数的相关性。采用PCR-SSCP方法检测了TGFβ1第6内含子和TGFβRⅠ第7内含子中与猪繁殖力相关的2个突变位点在大白猪和长白猪(共计232头)中的单核苷酸多态性,同时分析多态位点基因型与大白猪和长白猪产活仔数的关联性。结果发现:TGFβ1基因第7外显子上游的第9位碱基存在C→T突变,在大白猪和长白猪中均检出CC和TT 2种基因型,且不同基因型对2猪种产活仔数的影响差异不显著(P0.05);TGFβRⅠ基因第7内含子第808位碱基存在A→G突变,在大白猪中检出AA、AG、GG 3种基因型,长白猪中未检出GG基因型,大白猪中GG型母猪产活仔数极显著高于AA型(P0.01),长白猪中,AA型和AG型产活仔数的影响差异不显著(P0.05)。研究结果表明,TGFβ1基因的突变位点对大白猪和长白猪的产活仔数没有显著影响,TGFβRⅠ基因多态位点与母猪产活仔数显著相关,可作为猪分子遗传育种的候选基因,加快猪育种进程。     

霍寿黑猪和长白猪TLR4基因第3外显子的SNP检测及其遗传差异分析

为了对安徽地方猪霍寿黑猪和引进猪种长白猪TLR4 基因进行多态性分析,采用PCR-SSCP结合PCR产物双向测序的方法研究了86头霍寿黑猪及44头长白猪2个群体共130个样本TLR4 基因外显子3部分片段的单核苷核多态性,并对检测到的突变位点进行群体遗传学分析。结果检测到1个突变C1027A,C1027A突变为错义突变。群体遗传学分析表明,该多态位点基因型的分布在霍寿黑猪和长白猪2个中外猪种间存在极显著差异(P<0.01)。C1027A位点多态性在地方猪品种和引进品种间的差异,是否与品种抗病性有关,值得进一步研究。     

OB基因对安徽4个地方品种猪产仔性能的影响

利用现代分子标记技术寻找影响猪产仔数的标记基因座,为应用标记辅助选择培育高繁殖率猪的品种或品系提供依据。试验采用PCR-SSCP技术检测了安徽4个地方品种猪(安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪、定远黑猪)OB基因第2、第3外显子的多态性,同时探讨该基因对安徽4个地方品种猪产仔性能的效应。结果显示：①安徽4个地方品种猪的OB基因外显子2上没有检测到多态性突变位点,而在外显子3上两对引物的扩增片段均存在多态性突变位点;经克隆测序分析发现,外显子3在3 469 bp处存在T→C突变,在3 714 bp处存在G→T突变,但这两个突变位点均属于同义突变。②T3469C突变位点上检测到AA、AB、BB 3种基因型,其中安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪与定远黑猪等位基因A基因频率分别为0.617 6、0.637 3、0.527 3、0.609 6;G3714T突变位点上检测到CC、CD、DD 3种基因型,其中安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪与定远黑猪等位基因的C频率分别为0.705 9、0.578 4、0.663 6、O.637 0;A、C等位基因占主导地位。③最小二乘分析表明,T3469C和G3714T位点上3种基因型对4个地方品种猪在头胎产活仔数和经产产活仔数上的效应均为BB＞AB＞AA、DD＞CD＞CC。初步推断OB基因可能是影响安徽地方猪产仔性状的候选基因之一或该基因与主基因相连锁,因此可以用该标记位点对安徽地方猪产仔性状进行标记辅助选择。     

IGFⅡ基因SNPs及其与京海黄鸡生长性能关系的研究

以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术检测到IGFⅡ基因外显子区5个SNPs位点,并分析其对不同周龄京海黄鸡体重的遗传效应。结果表明:5个位点分别发生G64A、C173A、G6707C、T7506C、G7641A的单碱基突变,P3位点偏离Hardy-Weinberg平衡。最小二乘方差分析表明,FF和FG基因型个体的12周龄体重存在显著差异,FF基因型个体的16周龄体重显著大于其余基因型;组合基因型AB/CC/EE的12、16周龄体重显著大于AB/CD/EE基因型个体,AB/CD/EG基因型个体的8周龄、300日龄体重均显著大于AB/CD/EE基因型个体,推断IGFⅡ基因可能是影响京海黄鸡体重的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因。     

MyoG和MEF2a基因多态性聚合效应对鸭屠宰性状的影响

【目的】探讨MyoG和MEF2a基因聚合效应对鸭屠宰性状的影响,为进一步确定与鸭屠宰性状相关的分子遗传标记提供研究基础,为鸭屠宰性状的多基因聚合育种提供依据。【方法】试验以240只三穗鸭为研究素材,扩增MyoG和MEF2a基因并进行PCR产物直接测序以检测两基因所有外显子的单核苷酸突变（SNPs）位点。运用SPSS 18.0软件中的GLM统计模型对MyoG和MEF2a基因的SNPs所对应的不同基因型与三穗鸭屠宰性状进行关联分析,根据单基因关联分析结果,将对屠宰性状存在显著影响的MyoG和MEF2a基因的多态位点利用软件PHASE 2.0构建聚合基因型,再进行聚合基因型与屠宰性状的关联分析。【结果】在试验群体中一共发现8个SNPs,其中在MyoG基因中有6个SNPs被找到,MEF2a基因中找到2个SNPs位点,在所有突变位点中,其中MyoG基因的g.2977G＞C位点发生的G/C突变使密码子由GAG变为GAC,所编码的氨基酸由谷氨酸变成天冬氨酸;而MEF2a基因中的两个多态位点,g.47915G＞A位点发生的G/A突变使密码子由GAA变为AAA,编码的氨基酸由谷氨酸变成赖氨酸,g.47918G＞A位点的G/A突变引起的密码子由GAT变成AAT,所编码的氨基酸由天冬氨酸变成天冬酰胺。剩下的5个突变位点均属于同义突变,并未引起编码氨基酸的改变。此外,进行?2适合性检验,除了MyoG基因的g.1131C＞T位点和MEF2a基因的g.47915G＞A、g.47918G＞A位点未处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＜0.05）外,其他的突变位点均处于平衡状态。单基因关联分析结果表明,MyoG基因g.1131C＞T和g.2204G＞A突变分别对胸肌率、体重和全净膛重有着显著影响,其所对应的纯合子基因型CC、GG型为优势基因型。MEF2a基因g.47915G＞A/g.47918G＞A位点影响全净膛率,GA基因型个体属于优势基因型个体。通过挑选出与屠宰性状（胸肌率、体重、全净膛重和全净膛率）有关联的MyoG基因g.1131C＞T/g.2204G＞A位点与MEF2a基因g.47915G＞A/g.47918G＞A进行聚合效应分析,结果显示,聚合后的8种聚合基因型个体的全净膛率,在各基因型间无显著差异（P＞0.05）,TTGAGA基因型的平均值最高,其次为CCGGGA基因型;其他3个指标各基因型间差异达到了显著,其中体重和全净膛重存在正相关,都是CCGAGA基因型的平均值最高,CTGGGA基因型的平均值次之;CCGGGG基因型的胸肌率平均值最高,其次是CCGGGA基因型。结果显示,单个基因的平均值最高的基因型分别为CC、GG和GA,在两基因聚合后在4个指标中CCGGGA基因型都不是最优的组合,说明两个基因间存在互作效应。【结论】两个基因间存在互作效应,所以用单个基因分子标记进行选育可能会顾此失彼,不能收到良好的效果,但是本研究的聚合优势基因型个体偏少,有待于进一步扩大样本进行验证分析,进行更多基因的聚合效应分析。     

猪H-FABP基因内含子1的一个遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）、3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

猪H-FABP基因内含子1的遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）,3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量的差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

OPN基因多态性与猪繁殖性状相关分析

研究长白猪、大白猪、杜洛克猪及槐猪的骨调素(OPN)基因多态性及其与猪繁殖性状的关系.研究表明:OPN基因在6136 bp处发生同义突变(C→A),发现大白猪、长白猪和槐猪群体中存在3种OPN基因型(CC、CA和AA),而在杜洛克群体中仅发现AA型.在槐猪群体中,CC、AA型初产母猪个体的总产仔数(TNB)均显著高于CA型(P<0.05),不同基因型初产母猪的产活仔数(NBA)差异均不显著(P>0.05);CC、AA型经产母猪个体的TNB均极显著高于CA型(P<0.01),CC型经产母猪的NBA极显著高于CA型(P<0.01),AA型经产母猪的NBA显著高于CA型(P<0.05),但无论是初产母猪还是经产母猪,CC型和AA型的TNB和NBA差异均不显著(P>0.05).在大白猪、长白猪和杜洛克猪群体中,OPN基因对其TNB和NBA均无显著影响(P>0.05).     

猪HB-EGF基因多态性与产仔数的关联性分析

 【目的】研究猪HB-EGF基因的多态性及其与产仔数的关系,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以加快猪育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术研究HB-EGF基因外显子多态性,利用最小二乘均数法对其与产仔数的关系进行分析,同时对两个多态位点的方差组分进行了分析。【结果】在两对引物（E5和E7）中各检测到一个多态位点,均出现3种基因型（AA、BB、AB）。E5位点：对于大白猪,在3～8胎中,BB型个体的TNB和NBA均显著高于AA型个体（P＜0.05）,在所有胎次中,BB型个体的TNB显著高于AA型个体（P＜0.05）,NBA极显著高于AA型个体（P＜0.01）,TNB和NBA的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在4个阶段中3种基因型个体的TNB和NBA之间差异不显著（P＞0.05）。E7位点：对于大白猪,在3～8胎和所有胎次中,AA型个体的TNB均显著高于BB型个体(P＜0.05),TNB的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在3～8胎和所有胎次中,AB型个体的NBA均显著高于BB型个体。【结论】对于大白猪,E5位点BB基因型可作为在TNB和NBA性状上的标记基因型,E7位点BB基因型可以作为TNB性状的标记基因型。     

猪催乳素受体基因3′-UTR多态性及其与产仔性能的关联分析

通过研究PRLR基因多态性与母猪产仔性能的关系,为该基因在标记辅助选择中的应用提供依据。采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪5个品种(系)共计323个个体PRLR基因3′-UTR的多态性.并采用单变量动物模型,分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明,PRLR基因3′- UTR存在多态性,在所研究的群体中检测到A、B两个等位基因和AA、AB、BB三种基因型。在马身猪和山西白猪中,A等位基因占优势,频率分别为0.97和0.88;而在大白猪、长白猪和山西黑猪中,A、B两个等位基因的频率基本相似,分布在0.47～0.53之间。PRLR基因3′-UTR多态位点对母猪产仔性能无显著影响(P>0.05),不同基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数均没有显著差异,但均表现出AB>AA>BB的趋势。     

PLIN1第2、4外显子多态性与猪脂肪沉积性状的相关性分析

为探索编码脂滴包被蛋白的PLIN1基因对猪脂肪沉积的作用,随机选择190头杜×长×大三元商品杂交猪屠宰,采用常规方法测定部分脂肪沉积性状,同时采集样品提取DNA;运用PCR-SSCP技术对猪PLIN1基因第2、4外显子进行SNP筛查;采用一般线性模型分析所得基因型对各脂肪沉积性状的影响作用.在猪PLIN1基因第2、4外显子分别发现一处碱基替换突变.第2外显子的AA型背膘厚高于AB和BB型(P＜0.01),AA型剪切力值低于AB型和BB型(P＜0.01);第4外显子的CD型背膘厚高于CC型(P＜0.05),CD型肌内脂肪含量高于CC型(P＜0.01).结果表明,PLIN1基因的第2、4外显子SNP对猪脂肪沉积相关性状有显著作用.     

草原红牛IGF2基因外显子4的遗传多态性及遗传效应分析

运用PCR-SSCP方法检测草原红牛IGF2基因第4外显子的多态性,采用最小二乘法拟合线性模型将突变位点的不同基因型与牛胴体和肉质性状进行关联分析.结果表明:在外显子4上有1个SNP位点(C250G),该基因具有AA和AB 2种基因型,草原红牛AB基因型个体肋脂质量比AA基因型个体高3.1%(P＜0.05),骨质量和眼...     

陕北白绒山羊H-FABP基因多态性及其与部分生产性能的相关研究

[目的]探讨陕北白绒山羊群体的遗传特性,为陕北白绒山羊的选育提高和分子标记辅助选择等提供理论和试验依据。[方法]利用PCR-SSCP技术分析253只陕北白绒山羊H-FABP基因多态性及其与生长和胴体性状的关系。[结果]结果表明:该座位存在两个突变位点(G→A和T→C),且该群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;H-FABP基因的AA型和CC型个体的周岁重差异在0.05水平显著,AA型和BB型个体的体斜长差异达0.05显著水平,其AA型与BB型、CC型个体的眼肌面积差异均在0.05水平显著,其他性状在不同基因型间均不存在差异;此外,断奶重、周岁重、胸围和眼肌面积4项指标均表现为AA>BB>CC,出生重表现为AA>CC>BB。[结论]H-FABP基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因和绒山羊肉用性能的分子标记。     

浦东白猪毛色的遗传基础研究——KIT基因变异的检测

浦东白猪是国内唯一一个毛色全白的地方猪种。但是对其毛色全白的分子遗传基础,迄今一直无人研究。为此,本研究通过聚合酶链式反应-单链构象多态性分析（PCR—SSCP）以及对KIT基因内含子17和内含子18的测序探讨了浦东白猪白毛色的遗传控制体系与长白猪和大白猪白毛色控制体系的异同。结果证明,浦东白猪与长白猪和大白猪一样。其白毛色均为KIT基因内含子17发生了G—A的突变,内含子18的序列中存在AGTT的缺失造成的。