基于SRAP分子标记的栽培种花生遗传连锁图谱构建

采用新型分子标记SRAP(sequence-related amplified polymorphism)技术,以杂交组合(豫花4号×郑8903)的F2群体为材料构建花生栽培种的分子遗传连锁图谱。采用238对SRAP引物对豫花4号和郑8903进行多态性筛选,结果表明用SRAP引物能充分反映两亲本之间的多态性,每个引物组合可产生10~30个左右清晰可辨的条带。筛选多态性较好的78对引物对其F2群体进行分析,共得到287条多态性条带,每对引物组合产生的多态性条带从1~9条不等,平均产生3.68个多态性条带。采用Mapmaker/EXP3.0软件对产生的287个标记位点构建连锁群(LOD≥3.0),共223个标记位点进入到22个连锁群中,总长2 129.4cM,标记间平均间距为9.55cM。标记在整个连锁群中分布相对比较均匀,这是目前首张基于SRAP分子标记建立的花生栽培种遗传连锁图谱。     

基于SRAP标记的国兰种质资源遗传多样性分析

采用SRAP（sequence related amplified polymorphism）技术对154份国兰（杂交兰）种质资源的亲缘关系进行分析。从168对SRAP引物中筛选出16对条带多、带型清晰、多态性强的引物组合对所有样品进行扩增,共获得874条带,其中多态性条带857条,多态性比率为98.1%,平均每对引物每个样品产生5.74条带。UPGMA聚类分析表明:Me6-Em3引物能较好地揭示154份国兰种质间的遗传多样性与亲缘关系,在遗传相似系数0.818处将它们分为8个类群,遗传相似系数变化范围为0.772~1.000。此外,发现引物Me8-Em4、Me11-Em2和Me12-Em11可以较可靠地联合鉴定建兰。该研究结果可为国兰种质资源利用及杂种后代鉴定提供参考。     

利用SRAP分子标记技术分析茄子遗传多样性

利用SRAP技术对36份茄子栽培种进行遗传多样性分析。结果表明：22对引物对36份茄子DNA进行PCR扩增，经过染色后共获得292条多态性条带，平均每个引物组合扩增出13.27条多态性条带。36份茄子品种间遗传相似系数在0.568～0.870，平均遗传相似系数为0.757，这表明该群体的遗传背景相对狭窄。利用UPGMA法对36份茄子资源进行聚类分析，结果显示，在相似系数为0.690处，可将36份茄子资源划分为5个组。     

利用SRAP标记绘制中国芥菜基因源分子指纹图谱

以中国9个省份和地区的86份芥菜种质资源为供试材料,利用SRAP分子标记和DNA指纹图谱分析软件,绘制芥菜遗传资源基因组DNA指纹图谱。从270对SRAP引物中筛选出40对多态性明显、条带清晰的引物组合,对86份供试材料基因组DNA分子进行扩增,共扩增出632条谱带,其中多态性条带427条,多态性比率为67.56%,表明芥菜种质资源遗传多样性较丰富。以供试的86份芥菜种质资源的SRAP扩增条带为基础,建立供试材料扩增条带指纹数据库的Excel文件,然后利用自主开发的DNA指纹图谱软件,构建86份芥菜种质资源的DNA指纹图谱,获得了所有芥菜种质资源的分子"身份证"。结果表明,SRAP分子标记非常适合芥菜DNA指纹图谱的构建。     

花生序列相关扩增多态性(SRAP)标记的研究

研究了分属3个市场型的10个中国花生栽培种的序列相关扩增多态性（SRAP）。结果表明，SARP技术可以揭示花生栽培种的遗传差异。在所试验的51对SRAP引物中，2对只获得了单态性条带，其余49对总共产生了1087条带，其中503条（46．27％）为多态性带，每对引物组合平均获得22．18条总带、10．26条多态性带。在这49对引物组合中，总带数和多态性条带的数目分别为7～63和2～32条。 10个花生栽培种间的简单匹配相似系数为0．7712～0．9250不等，根据SRAP指纹图谱进行聚类分析可将这10个品种分为4类。另外一项采用作图亲本24-3和B4的研究中，40对SRAP引物共计获得了160条多态性带。本研究为花生品种鉴定和遗传研究提供了新的DNA分子标记技术手段。     

红麻SRAP、ISSR遗传连锁图构建的初步研究

应用SRAP、ISSR标记构建红麻分子遗传连锁图,以半野生种Ga42（源自加纳）和栽培种阿联红麻（源自埃及）杂交产生的203株F2代分离群体作为作图群体。筛选出多态性好的27对SRAP引物组合和5个ISSR引物,对F2作图群体进行PCR扩增,共产生108个多态性条带,平均每个引物组合产生3．4个多态性条带。最多的可产生8条多态性条带。应用MAPMAKER／EXP3．0软件对108个多态性条带进行遗传连锁分析,被分为16个连锁群（LOD≥3．0）,初步构建了首张红麻遗传连锁图谱。该图谱总长为1336．6cM,平均两个标记位点间距为17．82cM。本文还讨论了图谱构建存在的偏分离有关问题与对策。可为进一步构建较高密度、分布均匀的遗传图谱及基因定位奠定了良好的基础。     

中国龙血树属SRAP遗传多样性分析

利用SRAP标记技术对来自我国龙血树属（Dracaena）的24份材料进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示,从80对SRAP引物组合中筛选出的15对引物组合共扩出155条条带,其中多态性条带为135条,占87.1％,平均每对10条,最好的引物组合为F18Em6。利用NTSYS软件分析数据得出24份材料间的Jaccard相似系数变化范围为0.27～0.97,平均值为0.56,UPGMA聚类显示,在相似系数为0.34处将一未定名种与其它材料分开,其他23份材料在相似系数0.46处又可分成2类,其中勐腊龙血树     

巴西橡胶树的离体微繁殖

利用SRAP分子标记技术对8种海南野生兰属植物的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果显示：从30对引物中筛选出20对SRAP引物组合，共扩增出195条多态性条带，平均每个引物组合产生9.75个多态性条带。UPGMA聚类分析可将8种供试材料划分为4类：第Ⅰ类为冬凤兰；第Ⅱ类为纹瓣兰；第Ⅲ类为多花兰和独占春；第Ⅳ类为寒兰、建兰、墨兰和兔耳兰，这与传统的形态分类学结果基本一致。本研究可为兰属品种的鉴定和系统分类研究提供依据。     

文心兰种质遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记分析文心兰部分种质资源的遗传多样性，采用30对引物组合对33份文心兰种质进行扩增，从中筛选出19个多态性较高的引物组合，共产生277条多态性条带，平均每个引物组合产生14.6个多态性条带，相似系数在0.280～0.927。通过聚类分析发现，在值为0.37时，可将33份文心兰种质划分为4大类群。第Ⅰ类厚叶大花品种，第Ⅱ类为厚叶小花品种，第Ⅲ、第Ⅳ类均为类薄叶品种。 结果表明，文心兰种质的聚类与其遗传背景有很大的关系。     

利用SRAP分析东北地区甜菜品系遗传多样性

采用SRAP分子标记方法对东北地区的100份甜菜材料进行了遗传多样性分析。利用4个表型差异显著的甜菜品系对SRAP的88对引物组合进行扩增,筛选出有效引物组合33对。SRAP的33对引物组合共产生694条扩增带,其中有424条多态性条带,多态性条带的比率平均为61.0%。按照UPGMA方法进行聚类分析,在遗传距离0.20处,将参试材料分为四大类群,分别为高产低糖低抗型、中产高糖高抗型、高产高糖高抗型、高产低糖抗丛根病型。聚类结果与生物学和经济学性状分类基本吻合,较好地显示了甜菜材料丰富的遗传多样性和遗传基础的差异性。遗传相似系数平均值大小为国外引进品种0.8642单胚品系0.7910多胚四倍体品系0.7497多胚二倍体品系0.7101。从聚类图来看,只有个别材料和外国品种聚类到一起,可能是由外国品种杂交改良而成,遗传基础相近。从SRAP扩增条带来看,外国材料只有8～12条,东北材料有16～28条之多,中外材料之间确实存在较大差异,东北材料中缺少丰产基因型,可能是基因组成比较复杂所致。     

不同来源花生品种的ISSR分析及亲缘关系研究

利用13对ISSR引物对28个栽培种花生品种进行PCR扩增,研究这些品种的DNA多态性及其亲缘关系。结果表明,有7对引物检测到明显的多态性,从28个花生品种中扩增出90条带,其中多态性带达到79条,多态性比率为87.8%,平均每个引物可扩增出12.86条带,11.29条为多态性条带。品种间的遗传相似系数值在0.411~0.800之间,平均为0.620。在UPGMA聚类分析简单匹配系数值为0.57处,可把28个花生品种分成3个品种群。由此表明,这些不同来源的花生品种具有较高的DNA多态性,亲缘关系不同。     

凤凰单丛古茶树资源的遗传多样性AFLP分析

采用AFLP技术,选用分辨能力强、多态性高的5对引物组合对34个凤凰单丛古茶树资源进行遗传多样性分析。结果表明,5对引物共扩增出438条带,平均每对引物扩增87.6条带,多态性条带348条,多态性频率为79.3%。34个凤凰单丛古茶资源之间遗传距离的变异范围在0.13~0.49之间,平均为0.33。其中大庵宋茶与棕蓑挟之间的遗传距离最低,为0.13,字茅黄栀香与福南蜜兰、白叶单丛与通天香之间的遗传距离最大,均为0.49。构建的聚类图表明,34个凤凰单丛古茶树资源的遗传关系和它们的生物学特性和香味类型没有必然的联系。     

利用RAPD进行茶组植物遗传多样性和分子系统学分析

对张宏达系统山茶属茶组植物24种、变种的遗传多样性和分子系统学进行了RAPD分析。从冬梢中获得了高质量和高得率的基因组DNA, A260/A280平均为1.71,平均得率为331μg/g鲜重。从Operon技术公司的61个十聚体随机引物中筛选出15个用于茶组植物的RAPD扩增,在所扩增得到的107条可重现谱带中(平均7.1条/引物)有102条(平均6.8条/引物)是多态的,多态性程度是95.3%。每个引物扩增的谱带数在211条之间,相对多态性频度在0.04—0.96之间,不过总平均多态性频度只有0.30,     

SRAP对东北区骨干甜菜单胚品系的遗传多样性分析

为了探明东北区甜菜单胚不育系的遗传基础和类群划分,使用SRAP分子标记技术对48份东北区甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性进行分析。筛选出21对多态性较高的引物组合对供试材料进行PCR扩增,共扩增出366条带,其中196条是多态性带,平均多态性条带比率是53.6%。平均遗传距离是0.3945,平均遗传相似系数是0.6740。利用MEGA3.1软件,在遗传距离0.20处,供试材料被分为5个类群。结果表明,东北区48份甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性较为丰富,利用各类不育系做亲本,将可获得杂交优势好的杂交组合。     

104个甘薯品种的cpSSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

基于甘薯叶绿体基因组,利用cpSSR分子标记,对104份甘薯栽培品种和地方品种进行遗传多样性分析并构建指纹图谱,为甘薯资源的保护鉴定和遗传改良提供参考。使用了11对cpSSR引物,在104个甘薯材料中总共扩增得到58条条带,多态性条带为47条,单条引物平均扩增的条带数为5.27,平均多态性百分率为81.03%。根据引物在甘薯材料中的扩增结果,构建104个甘薯品种的指纹图谱。对104个甘薯品种的扩增结果进行聚类分析,每个品种间的遗传距离为0.0386~5.2723,平均遗传距离为0.2201,在遗传系数为0.74时将104个甘薯品种分为5组。     

不同含油量甘蓝型油菜品种（系）的遗传差异分析

用SSR、SRAP和EST标记对40份含油量在43%以上和6份含油量在40%以下的甘蓝型油菜品种（系）进行含油量的遗传多样性分析。81对引物共扩增出192条多态性带,引物扩增位点多态性信息（PIC）值的变化范围为0.122～0.943,平均值为0.512。供试材料的平均遗传距离为0.409,变化范围为0.016～0.662,国外材料比国内材料显示出更远的亲缘关系,其中Hektor与7份材料间的遗传距离超过0.6,Sollux与15份材料间的遗传距离超过0.5。聚类分析显示：在相似系数为0.66处,供试材料被划分为5类;在相似系数为0.70处,供试材料被划分为9类;在相似系数为0.73处,46份材料被划分为18类。研究结果表明,高含油量供试品种间存在着较大的遗传差异,暗示它们可能含有不同的增加含油量的位点;通过聚合这些可能的非等位高含油量位点,有望获得高含油量的油菜品种。     

利用微卫星标记分析核盘菌遗传多样性

利用微卫星(SSR)标记,分析来自欧洲和中国的30个核盘菌菌株的遗传多样性和群体结构。结果表明,3对微卫星引物共扩增出21条清晰的谱带,平均每对引物扩增7条谱带,片段长度为158bp～358bp。根据SSR分析结果,30个核盘菌分离物具有较高的遗传相似性。物种水平的Nei遗传多样性指数为0.139 3,Shannon多样性指数为0.248 8。不同菌株群体的Nei遗传距离都较小,为0.009 6～0.049 6。其中俄罗斯群体和奥地利及英国群体之间的遗传距离最大。从30个菌株的UPGMA聚类分析结果看,核盘菌群体结构与地理来源没有明显的直接关系。许多地理来源相同的菌株分散在不同的组里。仅第三组组内的菌株地理来源一致,均来自于中国,且遗传距离比其他菌株的远。群体遗传分析显示,总群体的基因流比较高（2.111 6）,基因分化系数比较低（0.191 5）。     

利用SRAP标记分析花生属花生区组种质亲缘关系

利用54对SRAP引物分析花生属花生区组11个物种28份材料间的遗传变异,结果表明, 28份材料共扩增出327条多态性DNA带,平均每对引物扩增出5.95条多态性DNA带,扩增变幅为2～25条。聚类分析表明,28份花生材料间的遗传距离变幅为0.12～0.75,平均为0.42,A基因组物种A. duranensis与栽培种花生的亲缘关系最近,可能是栽培种花生的A基因组的供体。28份种质分为两大类,第一大类包含四倍体种质及A基因组的A. villosa和A. duranensis,第二大类包含B基因组、D基因组及其他A基因组。主成分分析结果与聚类分析结果相似,仅将第二大类中的B基因组种质A.batizocoi独立作为第三大类;第一和第二个主成分可以解释81%（57.5%和23.5%）的总变异。     

Genetic Diversity of Chinese and CIP Potato (Solanum tuberosum L.) Germplasm Assessed by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Markers

The genetic diversity of 123 potato clones, consisting of 103 clonal accessions from the International Potato Center (CIP) and 20 Chinese cultivars, was assessed using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Ten polymorphic primer combinations were selected to analyse and compare the diversity of the two sources of clones. A total of 521 reproducible bands were amplified, of which 488 were polymorphic. These AFLP markers were analysed to estimate the genetic distance (GD) and genetic similarity (GS) coefficient of all clones. The GD between pairs of clones ranged from 0.03 to 0.48. Nei’s gene diversity index was between 0.236 and 0.387, with an average of 0.330. The index of Shannon’s information varied from 0.361 to 0.567 with an average of 0.498. A high degree of polymorphism was observed with an average of 93.6% loci found to be polymorphic. Cluster analysis showed that the CIP accessions were grouped together at the GS 0.59 clustering line, whereas most Chinese cultivars grouped at the GS 0.82 clustering line. The diversity in CIP potato resources was found to be higher than that of the Chinese cultivars, indicating that the genetic base of Chinese potato cultivars is narrow and may benefit from broadening.