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相似文献
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1.
利用生物信息学分析大肠杆菌O157∶H7鞭毛蛋白FliC的二级结构及亲水性、抗原指数、柔性区域和表面可能性等指数,预测大肠杆菌O157∶H7鞭毛蛋白FliC的潜在B细胞抗原表位,为其致病性研究提供理论基础。利用DNAStar软件Protean程序中Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法分析鞭毛蛋白FliC的α-螺旋、β-折叠、转角区域和卷曲区域,通过Kyte-Doolittle方法、Karplus-Schulz方法、Emini方法和Jameson-Wolf方法分析鞭毛蛋白FliC的亲水性、柔性区域、表面可能性和抗原指数。综合分析得出鞭毛蛋白FliC 63—74、236—247、338—349、460—471、542—553位氨基酸序列为潜在的B细胞优势抗原表位。化学合成法合成优势抗原表位338—349和460—471肽段,免疫BALB/c小鼠3次后,采用ELISA方法验证抗体水平。ELISA结果显示,338—349、460—471肽段具有很强的抗原性,能引起BALB/c小鼠产生高滴度的抗体。  相似文献   

2.
为评价合成的O157∶H7Ivy146—157多肽作为疫苗抗原的可行性,本试验利用生物信息学方法分析Ivy的二级结构、氨基酸亲水性、蛋白柔性区域、表面可及性和抗原指数,筛选获得1条含有B细胞抗原表位的多肽序列Ivy146—157,进行化学合成。多肽免疫BALB/c小鼠,测定免疫后小鼠的抗体水平及Ivy146—157多肽对小鼠脾淋巴细胞的刺激增殖情况。结果显示,合成的Ivy146—157多肽第3次免疫小鼠后抗体水平达到1∶6 400,制备的Ivy146—157多克隆抗体能够识别天然菌株中的目的蛋白;MTT试验结果显示,Ivy146—157免疫后小鼠脾淋巴细胞增殖明显,与对照组差异显著(P0.05)。结果表明,Ivy146—157多肽能够诱导机体产生体液免疫和细胞免疫反应,为其作为疫苗用抗原的进一步研究奠定了理论基础。  相似文献   

3.
为了探究沙门氏菌鞭毛蛋白共同抗原模拟表位阳性克隆生物学特性。用从噬菌体线性肽库及限制性库中筛选出的阳性克隆1和62分别免疫BALB/c小鼠,其高免血清对单抗de7的竞争-ELISA郊价达10^6以上,而其他血清则无抑制作用。在间接免疫荧光试验中,免疫血清均能与11株不同血清型的沙门氏菌反应,而不与大肠杆菌反应。以上结果表明,筛选获得的沙门氏菌鞭毛蛋白共同抗原模拟表位,不仅很好地模拟了天然表位,而且具有很好的抗原性。这为该表位分子基础及模拟表位疫苗的研究奠定了基础。  相似文献   

4.
目的 应用生物学软件与单克隆抗体技术相结合的方法鉴定PEDV S2基因B细胞表位肽。方法 利用CLC Sequence viewer 6.8软件及在线数据库IEDB筛选出PEDV S2基因B细胞表位,并人工合成表位肽。将表位肽与钥孔血蓝蛋白(KLH)耦联后作为抗原,免疫雌性BALB/c小鼠,通过ELISA法筛选出抗体效价较高的小鼠进行1次加强免疫,3 d后取脾脏制备脾细胞悬液进行细胞融合。经HAT选择培养基培养筛选有效杂交瘤细胞,采用ELISA法筛选阳性克隆继续进行扩大培养。将部分阳性杂交瘤细胞进行小鼠腹腔注射,并收集腹水。通过ELISA方法分别检测小鼠腹水和单克隆细胞株培养上清液抗体效价,确定最高效价作为后备细胞株。结果 筛选出B细胞表位肽序列为:MQYVYTPTYYML;免疫多肽抗原后融合前血清抗体效价达到1:2 000;BALB/c小鼠腹水及单克隆细胞株培养物上清液ELISA检测结果显示抗体效价达到1:4 000。结论 筛选出了PEDV S2基因B细胞表位,为PEDV表位肽疫苗载体构建研究提供参考。  相似文献   

5.
为了获得更多抗原信息,预测猪口蹄疫病毒Hankou/99株结构蛋白的二级结构及B细胞抗原表位,试验采用DNAStar生物学软件,以Hankou/99株的基因组序列为材料,推导出相应的氨基酸序列,采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测蛋白质的二级结构;按KyteDoolittle、Emini及Jameson-Wolf方法分别预测蛋白质的亲水性、表面可能性以及抗原性指数,并综合分析预测此株结构蛋白的B细胞抗原表位。结果表明:此株VP1结构α-螺旋少,转角和无规卷曲多,柔性区域很丰富,VP2和VP4α-螺旋复杂,VP3含有较多的α-螺旋,但亲水性较差,出现在蛋白质表面的可能性不高。在VP1第144~147位、177~182位,VP2第132~134位和VP3第117~119位的氨基酸残基最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。说明此株抗原位点不仅局限在VP1区,VP2和VP3也存在抗原表位。  相似文献   

6.
为了制备乙型脑炎病毒E蛋白抗原表位特异性单克隆抗体,将编码乙型脑炎病毒E蛋白抗原表位E39的DNA序列进行人工合成,随后插入表达载体pGEX-6p-1的限制性酶切位点BamHⅠ与XhoⅠ之间,构建了表位肽与GST的融合表达质粒。该表住融合蛋白经亲和层析纯化后免疫BALB/c小鼠,按常规方法进行细胞融合。以化学合成的E39表位多肽为抗原,对融合细胞上清进行间接ELISA筛选。结果,筛选出1株分泌E39表位特异性抗体的杂交瘤细胞株,该杂交瘤细胞分泌抗体能力稳定。经鉴定,该单克隆抗体亚型为IgG2b,轻链类型为κ链。结果表明,用表位融合蛋白为抗原可以制备表位特异性单克隆抗体。  相似文献   

7.
研究以福氏2a志贺菌(Shigella flexneri 2a,s.f 2a)的基因组序列为材料,采用Gamier-Robson法、Chou-Fasman法和Kamplus-Schulz法预测了其DNA结合转录激活蛋白MarA的二级结构,用Kyte-Doolittle法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini法预测了蛋白的表面可能性,以Jameson-Wolf法预测了蛋白的抗原指数,然后综合评价了福氏2a志贺菌转录激活蛋白MarA的B细胞抗原表位.结果表明:福氏2a志贺菌MarA蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角和无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋和β-折叠区段,该蛋白有多处抗原指数较高的区段,其中含有潜在的B细胞优势抗原表位,因此其在免疫学中的地位也应当引起重视.  相似文献   

8.
为了预测羊种布氏杆菌NN1202和LA1105株Ugp B蛋白B细胞抗原表位情况,试验应用PCR方法对羊种布氏杆菌NN1202和LA1105株的Ugp B基因进行扩增、克隆和测序,并应用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法分析Ugp B蛋白的α-螺旋、β-折叠、转角区域和无规卷曲及应用Kyte-Doolittle方法、Karplus-Schulz方法、Emini方法和Jameson-Wolf方法分析蛋白的氨基酸亲水性、蛋白柔性区域、溶剂表面可能性和抗原指数。结果表明:NN1202和LA1105株的Ugp B蛋白在布氏杆菌种间高度保守,Ugp B蛋白的36~41、48~57、64~72、78~85、115~19、131~138、159~174、180~191、209~221、248~258、273~280、293~307、354~372、378~386、409~419位氨基酸序列区域可能是优势B细胞抗原表位。说明Ugp B蛋白序列存在合成肽疫苗的靶位点。  相似文献   

9.
基于SLT—IIeB的蛋白基因组序列,采用Garnier-Robson法、Chou—Fasman法和Karplus—Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域.利用Kyte—Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson—Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPred在线分析预测其可能的B细胞抗原表位.综合以上方法最终预测SLT—IIeB可能的B细胞抗原表位。经过分析推测,SLT—IIeB最有可能的B细胞抗原表位位于N端第31—36区段内。  相似文献   

10.
用生物素标记的沙门氏菌属特异性单克隆抗体de7作为分子探针,应用亲和筛选法从噬菌体肽库中筛选该单抗所针对的表位克隆,最终进行定位。经三轮筛选后,用斑点印迹法检测,得到良好的富集效果。通过免疫筛选法从第三轮筛选物中桃取了24个阳性克隆,再以斑点印迹、竞争ELISA进一步鉴定阳性克隆,证实已获得了沙门氏菌鞭毛属特异性共同抗原的模拟表位。测得的序列为SRRSFTTE,将其与沙门氏菌鞭毛蛋白氨基酸序列相比较,同源性较小,但在不同血清型沙门氏菌鞭毛蛋白氨基酸序列的Ⅰ区高度保守序列中,发现61-65位氨基酸的RSXXT序列与所得的线性表位有相同的排列,而大肠杆菌鞭毛蛋白氨基酸在此段的序列为RAXXT,且这种序列排列的几率为1/20^5,因此推断该单抗所针对的表位在该区段上。此外,以阳性克隆免疫Balb/c小鼠,并制备高免血清进行间接荧光检测和竞争ELISA鉴定,结果表明其具有优良的免疫原性和高度的特异性,这亦为模拟表位疫苗的研究提供了新思路。  相似文献   

11.
Our objective was to generate hypotheses about associations between management, climate, and the presence of Escherichia coli O157 in feedlot–cattle water tanks and in feedlot–cattle feed. Water samples from 710 tanks on 73 feedlots, and feed-samples from a subset of 504 pens on 54 feedlots, in four US states were tested for E. coli O157. Management and climate factors were ascertained by survey and observation. Escherichia coli O157 were isolated from 13% of the water tanks and at least one water tank was positive on 60% of the feedlots. The factors significantly associated with E. coli O157 in water were greater percentage of cattle shedding E. coli O157 in faeces within the same pen, higher concentration of total E. coli in the water, lack of the clarity of the water, the use of fly traps, the reported frequency of rodent sightings in the pen or alley area, and the weather at the time of sampling. Escherichia coli O157 were isolated from 14.9% of the feed samples obtained from the feedbunks. Factors positively associated with E. coli O157 in feed were higher heat index at the time of sampling, the presence of cottonseed meal in the ration, and the feedlot location (state). Coliform counts in feed, presence of E. coli O157 in water tanks and faecal prevalence of E. coli O157 were not associated with the presence of E. coli O157 in feed.  相似文献   

12.
为了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)分布和结构特征及cas基因分布情况,本试验通过GenBank数据库和CRISPRdb database获得92株O157∶H7型大肠埃希菌全基因组序列、CRISPR位点位置、CRISPR的侧翼序列及cas基因簇的序列范围,利用多序列比对、启动子预测和RNA二级结构预测等方法分析细菌中CRISPR系统的特点。结果显示,O157∶H7型大肠埃希菌的基因组存在3个CRISPR位点(CRISPR1、CRISPR2和CRISPR3),每个CRISPR位点上的序列一致;CRISPR1和CRISPR2的重复序列可形成茎环状结构,环上的碱基易发生变化;CRISPR2中存在一段长451 bp的序列(命名为序列X),该序列X将CRISPR2分为2个部分CRISPR2a和CRISPR2b,其碱基A和T比例为74%,在91株O157∶H7型大肠埃希菌中均存在该序列,在该序列中可预测出至少有1个启动子和9个转录因子结合位点;侧翼序列中的疑似前导序列位于CRISPR2下游,序列长340 bp,其碱基A和T比例为69%,在92株O157∶H7型细菌中均存在该序列,其可预测出至少有1个启动子和3个转录因子结合位点;在20株O157∶H7型大肠埃希菌的全基因组序列中,有15株具有完整的cas基因簇,有5株缺乏cas3基因。本试验结果表明,O157∶H7型大肠埃希菌的CRISPR系统结构稳定,序列具有较高保守性,cas基因簇也相对保守。CRISPR2的结构与其他类型大肠埃希菌有较大差别。本研究发现的序列X在O157∶H7型大肠埃希菌分布广泛且序列保守,可作为鉴定O157∶H7型大肠埃希菌的潜在分子靶标。  相似文献   

13.
To evaluate the feasibility of synthetic polypeptides O157:H7 Ivy146-157 as a vaccine antigen, a bioinformatics method was employed to analyze the secondary structures, hydrophilicity plot, flexibility plot, surface probability plot and antigenic index of the Ivy. A B-cell epitope peptide sequence was identified and synthesized. BALB/c mice were immunized with Ivy146-157, antibody titers and splenic lymphocytes proliferations in mice were tested. The results showed that the antibody titers were 1:6 400 after immunized mice three times. And the native Ivy protein of O157:H7 R14 strain was identified by polyclone antibody Ivy146-157. The MTT assay results indicated the splenic lyphocytes were increased after immunized polypeptides Ivy146-157, and had significant difference with the control group (P<0.05). These results indicated that polypeptides Ivy146-157 could induce a strong humoral and celluar immune respond, and it would provide a theory as a vaccine antigen for further researches.  相似文献   

14.
【Objective】 This study was aimed to explore the biological characteristics and genome characteristics of broad-spectrum Escherichia coli O157∶H7 phage.【Method】 The broad-spectrum Escherichia coli O157∶H7 lytic phage was seperated from a swine farm sewage in Nanning of Guangxi using the double-layer agar culture method.The host range and the corresponding titers of phage were determined through the methods of spot tests and plaque tests.The methods of transmission electron microscope observation,determination of the best multiplicity of infection in the plural,one-step growth curve drawing,thermal sensitivity and pH stability evaluation,sterilization experiment and the whole genome sequencing were used to analyze the morphological features,biological characteristics and the whole genomic characteristics of phage.【Result】 A broad-spectrum lytic phage against Escherichia coli O157∶H7 was successfully isolated and purified which was named as vB_EcoM_GXBP08.Phage vB_EcoM_GXBP08 could lyse 14 Escherichia coli strains with high efficiency,and the phage titers could reach 109 to 1010 PFU/mL.Using Escherichia coli O157∶H7 CVCC4050 as host bacteria,the optimal multiplicity of infection (MOI) of phage vB_EcoM_GXBP08 was 1.One-step growth curve indicated that the latent period of vB_EcoM_GXBP08 was 20 min,the outbreak period was 50 min,and the outbreak quantity was 154 PFU/cell. The tolerable temperature range of phage vB_EcoM_GXBP08 was 30 to 70 ℃,and it could maintain activity at pH 4.0 to pH 10.0.The results of bactericidal experiment against CVCC4050 showed that phage vB_EcoM_GXBP08 had good germicidal efficacy when MOI was 1.According to transmission electron microscope observation and the whole genome analysis,phage vB_EcoM_GXBP08 belonged to Caudovirales order,Myoviridae family,T4-like Phagus,which had a genome consisting of 108 114 bp with a GC content of 36.23%.Phage vB_EcoM_GXBP08 genome harbored 8 CDS associated with lysis proteins and lacked virulence genes and drug resistance genes associated with antibiotic resistance,toxins and virulence factors.【Conclusion】 Phage vB_EcoM_GXBP08 had a broad host range,high titer,good thermal stability and acid-base stability,and a strong bactericidal effect in liquid medium.The results provided reference for the development of broad-spectrum phage and its application in the prevention and treatment of Escherichia coli O157∶H7 infection in food industry and breeding industry.  相似文献   

15.
Our objective was to generate hypotheses for potential on-farm control strategies for Escherichia coli O157 by identifying associations between management practices and climate, and the presence of E. coli O157 in feedlot cattle. Faeces were obtained from 10,622 cattle in 711 pens on 73 feedlots between May and August 2001. Management and climate information was obtained by questionnaire and observation at the time of sampling. The prevalence of E. coli O157 was 10.2% at the sample level, 52.0% at the pen-level, and 95.9% at the feedlot-level. The factors associated with the presence of E. coli O157 in cattle faeces were the frequency of observing cats in the pens or alleys (most common when observed daily), the presence of E. coli O157 in the water tanks (positive association), the historical use of injectable mass medication (positive association), the use of antibiotics in the ration or water (negative association), the wetness of the pen, number of cattle in the pen (negative association), wind velocity (positive association), and height of the feed bunk (positive association).  相似文献   

16.
为了探究高渗对多重耐药菌外排泵和外膜孔道蛋白基因表达及其生长的影响,试验应用生长曲线和相对适应性测定,对比考察不同盐胁迫条件对多重耐药大肠杆菌QL15和敏感大肠杆菌ATCC 25922的生长差异,采用RT-PCR方法考察2种盐胁迫条件下外排泵与外膜孔道蛋白基因表达差异。结果表明,大肠杆菌QL15为高水平多重耐药菌,其中对大观霉素和恩诺沙星耐药最为严重,可达耐药标准MIC的32倍;独立培养时大肠杆菌QL15对NaCl胁迫的敏感性大于大肠杆菌ATCC 25922,并且在6.0% NaCl胁迫下,大肠杆菌QL15在10 h内生长缓慢,但是在24 h细菌峰值浓度更高;混合培养时大肠杆菌QL15在6.0% NaCl胁迫时具有更高的适应性,在体外培养中更具竞争优势。大肠杆菌QL15共携带5大类、15种耐药相关基因,其中含8种外排泵基因和3种外膜孔道蛋白基因;大肠杆菌ATCC 25922在6.0% NaCl浓度下的5种基因表达量较3.5% NaCl均出现约50%的显著下调(P<0.05),大肠杆菌QL15在6.0% NaCl浓度下除acrB、ompF基因下调外,其余3种外排泵与外膜孔道蛋白基因的表达量则显著上调(P<0.05)。推测大肠杆菌QL15对盐胁迫具有更高的适应性的原因可能与细胞膜相关蛋白的表达相关。  相似文献   

17.
为研究不同病例发病动物的发病原因,并对不同病例病料分离出的细菌进行16S rDNA同源性分析,本试验对10种不同病例发病动物病料进行细菌分离培养并对分离获得的细菌进行微生物学鉴定,设计1对16S rDNA基因引物,对分离出的10株细菌进行PCR扩增、测序及16S rDNA同源性分析。结果显示,分离获得的10株细菌经微生物学鉴定均为大肠杆菌,10株大肠杆菌中哺乳类动物病例犬乳房炎、犬子宫蓄脓、犬肺炎、犬皮肤化脓疮、奶牛乳房炎、犊牛腹泻6株大肠杆菌之间16S rDNA同源性为100.0%,家禽类动物病例肉鸽腹泻、肉鸡腹泻、野鸡腹泻和白孔雀腹泻4株大肠杆菌之间16S rDNA同源性也为100.0%,10株不同病例动物来源大肠杆菌之间16S rDNA同源性为97.5%~100.0%。本试验探明了10种不同病例发病动物的发病原因均为大肠杆菌感染引起,且10株大肠杆菌16S rDNA之间具有高度同源性。  相似文献   

18.
旨在建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157 ∶ H7、沙门菌和产单核细胞李氏杆菌3种食源性致病菌的TaqMan多重荧光定量PCR(qPCR)方法.针对大肠杆菌O157 ∶ H7 rfbE基因、沙门菌invA基因和产单核细胞李氏杆菌hlyA基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPCR反应体系,进行...  相似文献   

19.
【目的】 探究大肠杆菌噬菌体BP16对O2血清型禽致病性大肠杆菌感染引起的鸡大肠杆菌病的防治效果, 以及噬菌体BP16的最佳治疗剂量。【方法】 将O2血清型禽致病性大肠杆菌新鲜培养物稀释成5×1010、5×109、5×108、5×107和5×106 CFU/mL 5个浓度梯度, 以测定禽致病性大肠杆菌的半数致死量(LD50), 确定其感染剂量; 选取常用的对革兰阴性菌有抑菌或杀菌作用的药敏纸片进行药敏试验, 筛选出阳性对照药物; 经无菌试验和安全性试验确定噬菌体裂解液的无菌性及安全性, 用于后续试验。将80只雏鸡随机分为5个试验组与3个对照组, 试验组在雏鸡攻毒前后不同时间腹腔注射大肠杆菌噬菌体BP16, 3个对照组分别腹腔注射氟苯尼考、大肠杆菌菌液、生理盐水, 其余条件一致, 连续饲养7 d, 记录雏鸡的死亡率, 评价大肠杆菌噬菌体BP16对大肠杆菌人工感染试验鸡的防治效果。【结果】 O2血清型大肠杆菌的LD50为1.5×108 CFU/mL, 筛选出氟苯尼考作为阳性对照药物, 噬菌体裂解液中无菌, 噬菌体悬液对雏鸡安全, 可用于后续防治试验。雏鸡感染大肠杆菌前6 h使用噬菌体能有效预防大肠杆菌病, 在感染同时至感染后6 h内使用噬菌体, 能有效治疗大肠杆菌病, 且噬菌体治疗效果优于氟苯尼考; 当大肠杆菌攻毒剂量为1.5×108 CFU时, 噬菌体剂量为1.5×109 PFU时治疗效果为最佳。【结论】 大肠杆菌噬菌体BP16对大肠杆菌病具有防治作用, 本研究为进一步应用噬菌体防治大肠杆菌病及开发大肠杆菌噬菌体制剂提供了科学依据。  相似文献   

20.
为探究绿原酸对鸡源抗生素耐药大肠杆菌抑菌及耐药消除的作用机制,以影印法分离绿原酸浓度为1.25 mg/mL(亚抑菌浓度,1/2 MIC)的LB肉汤培养的第3代禽源大肠杆菌耐药逆转菌株,以微板法测定耐药逆转菌株的左氧氟沙星最小抑菌浓度(MIC),并进一步通过转录组测序方法分析绿原酸消除大肠杆菌耐药性的分子机制。结果显示:耐药逆转菌株对左氧氟沙星的MIC由16 μg/mL降低至4~8 μg/mL,说明1.25 mg/mL的绿原酸可在一定程度上消除耐药大肠杆菌的左氧氟沙星耐药性。为进一步解析绿原酸对鸡源大肠杆菌耐药消除作用的分子机制,通过转录组测序方法对耐药性消除前后鸡源大肠杆菌基因表达水平进行对比分析发现:绿原酸作用后共有12个基因的表达量发生显著下调,通过荧光定量PCR验证结果基本一致。经过GO功能富集分析和KEGG代谢通路富集分析发现,差异表达基因在功能上集中于膜组成成分和DNA重组,在代谢通路富集中差异基因均与代谢相关,差异基因中bhsA、cysP为Coli-HB染色质转录RNA(GenBank登录号:CP020933),oqxA、oqxR、emaA、pinR、xerD、folA、repA、repC、adhP、IS26为Coli-HB质粒1转录RNA(GenBank登录号:CP020934)。从差异表达基因的分布可以看出,绿原酸可以抑制细菌DNA重组、使细菌抗逆性减弱、抑制耐药基因活性等,在一定程度上消除大肠杆菌的左氧氟沙星耐药性,起到抑菌及耐药消除作用。  相似文献   

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