绿藻Heterochlorella luteoviridis SAG211-2a 叶绿体16S rRNA基因研究

为了研究绿藻Heterochlorella luteoviridis SAG211-2a 叶绿体16S rRNA 基因中内含子和双发夹结构在 rRNA 成熟过程中是否被切除,以来自德国歌德堡大学藻种库的绿藻藻株SAG 211-2a 为材料,提取其基因组DNA 作为模板,PCR 扩增并测序叶绿体16S rRNA 基因,与同源物种的16S rRNA 基因进行比对;并提取SAG211-2a 的总 RNA,用一管法RT-PCR 法扩增16S rDNA 基因成熟转录子后,克隆至pMD19-T 表达载体上,转化大肠杆菌DH5琢, 提取质粒并测序。结果表明,绿藻SAG211-2a 叶绿体16S rRNA 基因中存在1 个长度为46 bp 的双发夹结构(DHE） 和1 个长度为537 bp 的玉类内含子,内含子在rRNA 成熟过程中被切除,而双发夹结构却保留在rRNA 中,从而验证 了双发夹结构在rRNA 成熟过程中没有被切除。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

巴西橡胶树线粒体50S核糖体蛋白L21 cDNA的克隆与分析(英文)

[目的]在橡胶生产中,一种叫做"死皮"的生理综合症严重制约了橡胶树(Hevea brasiliensis)单产的提高。为揭示橡胶树"死皮"发生的分子机理,研究对一差异表达的HbmRPL21进行了克隆,并在此基础上对其进行深入的生物信息学分析。[方法]在早期构建的差减文库中,筛选到一条在死皮植株中下调表达的基因片段,该片段编码的蛋白与线粒体50S核糖体蛋白L21(mRPL21)同源。通过ESTs序列拼接和RT-PCR,获得一条853bp的cDNA序列(命名为HbmRPL21,GenBank登录号为HM800425),该序列包含一个完整的开放读码框。[结果]信息分析表明,HbmRPL21编码271个氨基酸,理论分子量为30.52kD,等电点为8.40,HbmRPL21是一个包含Ribosomal_L21p保守结构域的线粒体定位蛋白。进化分析表明,植物和动物界间mRPL21序列差异很大,而植物界内则相对比较保守。[结论]研究为下一步阐明HbmRPL21在橡胶树"死皮"中的生物学功能奠定了理论基础。     

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

核糖体RNA基因在酵母分类鉴定中的应用

核糖体DNA在酵母分类鉴定中发挥着重要作用。本文介绍了核糖体的构成,核糖体RNA基因26S rDNA D1/D2区域、18S rDNA、ITS-5.8S rDNA和IGS rDNA片段作为分子标记的原理方法、在酵母菌种鉴定和分子系统发育中的应用,同时对rDNA各个序列片段在国内外酵母分类鉴定应用中的问题和前景进行探讨。     

米氏凯伦藻18S rDNA和转录间隔区序列分析

对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS) 区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp.结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系.遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum )等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%～99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18S rDNA序列.以18S rDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18S rDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助.     

核核糖体DNA在植物系统发育中的应用与研究进展

总结了核核糖体RNA的基因(nrDNA)的结构特点,分析了nrDNA中的内转录间隔区(ITS)、编码区及非编码区序列和5S核糖体RNA在植物系统学上的应用和研究进展,并对它们的前景进行了讨论。     

海南不同地理群体羊鲍18SrDNA的克隆与序列分析

[目的]对海南不同地理群体羊鲍18S rDNA进行克隆,并对其进行序列分析。[方法]采用分子生物学的方法,对海南不同海区的2个羊鲍地理群体18S rRNA基因全长进行克隆和序列分析,并将得到的羊鲍18S rRNA基因序列与同海域耳鲍的进行比较。[结果]同一地理群体内羊鲍核糖体18S rRNA基因序列完全一致;不同地理群体间羊鲍核糖体18S rRNA基因在碱基组成上的相似率为99.5%,仅在某些位点处发生了碱基替换,即腺嘌呤(T)被鸟嘌呤(G)替换;同时,将这两个不同群体中羊鲍的18S rRNA基因与同一海域耳鲍18S rRNA基因序列进行比较分析发现,它们之间也只是发生了碱基替换。[结论]为海南鲍鱼特别是羊鲍的遗传多样性、遗传结构、种质鉴定及其种质资源的保护和利用等方面的研究提供可靠依据。     

巴西橡胶树核糖体蛋白S6基因的克隆及生物信息学分析

核糖体蛋白S6是核糖体蛋白家族的重要成员,在核糖体中发挥重要作用。利用农业部橡胶生物学重点开放实验室获得的部分序列设计引物,采用3-′RACE技术从巴西橡胶树胶乳中获得一个核糖体蛋白S6基因的完整阅读框,该基因编码249个氨基酸的多肽,含有一个典型的真核生物核糖体蛋白S6结构域。在HbRPS6氨基酸序列中没有预测到跨膜区和信号肽,二级结构分析表明：HbRPS6属于混合型蛋白。对10个RPS6系统进化分析表明：巴西橡胶树的RPS6基因在进化上具有保守性,与植物类玉米的RPS5基因亲缘关系最近,而与动物和酵母的亲缘关系相对较远。该基因的克隆和生物信息学分析为深入研究其功能奠定了基础。     

柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列的克隆及分析

 【目的】克隆柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列并和亚洲种相应区域进行比对,阐明黄龙病3个种核糖体RNA操纵子之间的关系。【方法】根据亚洲种23S-5S rRNA基因区域序列的保守性设计引物,在非洲种和美洲种DNA样品上扩增,对PCR产物进行克隆和测序,并对新获得的序列进行序列验证和分析。【结果】 非洲种获得了3 057 bp 序列包括23S rRNA 基因、细胞壁脱氢酶假基因和5S rRNA 基因;美洲种获得了3 033 bp序列包括23S rRNA 基因、glpK基因和5S rRNA 基因。3个种核糖体基因顺序分别是：亚洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA 和 tRNAMet;非洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因和 5S rRNA;美洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、glpK 基因和5S rRNA。【结论】黄龙病病原菌核糖体RNA基因有特殊的排列方式,即在23S rRNA和5S rRNA基因区间均有反向编码的细胞壁脱氢酶基因,其中亚洲种和非洲种为假基因,美洲种为glpK基因。     

中国北方地区甘草根瘤菌表型及遗传多样性研究

【目的】了解中国北方地区甘草根瘤菌的生物多样性。【方法】采用表型数值分类、16S rDNA PCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的方法对北方地区的甘草根瘤菌进行表型、遗传多样性分析。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中约85％的相似水平上产生2个表观群，有11株菌未与已知参比菌株聚群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明，供试的20株菌共产生14种遗传型，表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明与甘草共生的根瘤菌的基因组也具有多样性。【结论】在中国北方地区与甘草共生的根瘤菌在Sinorhizobium、Rhizobium和Mesorhizobium属中均有分布。     

一种快速高效提取革兰氏阳性菌微杆菌基因组DNA的新方法

[目的]探索可以快速从革兰氏阳性菌微杆菌中提取高质量基因组总DNA的新方法。[方法]采用3种不同方法提取微杆菌基因组DNA,并进行DNA纯度、完整度鉴定及16SrDNA扩增检测。[结果]紫外吸收结果表明,采用改良方法所获DNAA260/A280大于1.80,A260/A230为2.0,5ml过夜菌液可得6.5μg基因组总DNA。DNA凝胶电泳结果表明,DNA完整度高且无RNA污染。以此方法提取的基因组总DNA样品为模板,可灵敏有效地扩增16SrDNA基因。[结论]该方法用时短,操作简易,纯度好、产率高、成本低,适用于革兰氏阳性菌各相关的分子生物学研究。     

我国亚热带地区快生型大豆根瘤菌遗传多样性研究

利用16S rDNA PCR-RELP、16S rDNA基因序列分析以及16S-23S rDNA IGS PCRRELP技术,对分离自我国江苏盐城、浙江温州、湖北仙桃及重庆等亚热带地区的31株大豆快生型根瘤茵(fast-growing rhizobia)进行了群体遗传多样性研究.16S rDNA PCR-RELP分析结...     

一株高产脂肪酶产生菌16S rDNA的序列分析

[目的]对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础.[方法]对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLΠ-4)进行培养,提取其基因组DNA.设计16S rDNA通用引物,扩增16S rDNA基因片段,并连接到pUC19-T载体上,转化大肠杆菌DH5X,经PCR鉴定的阳性克隆摇菌培养后测序.[结果]提取获得较高质量的基因组DNA,扩增获得新分离菌株16S rDNA基因片段,长度为1528 bp,BLAST相似性比对分析结果表明,其与伯克霍尔德氏菌16S rDNA序列相似性达97%,是一株与伯克霍尔德氏菌最近的革兰氏阴性菌.[结论]初步将高产脂肪酶细菌JTΠ-4鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德菌.     

1株氟氯氰菊酯降解菌GZ-3的分离和鉴定

[目的]研究氟氯氰菊酯降解菌GZ-3的分类鉴定和降解性能。[方法]通过富集筛选的方法,从农药污染的土壤中筛选到1株氟氯氰菊酯的高效降解菌GZ-3,观察其菌落及菌体形态特征,通过培养观测其对氟氯氰菊酯的降解率,并对其进行16S rDNA同源性序列分析和生理生化特征分析,还利用Biolog生态板就氟氯氰菊酯降解菌对31种碳源利用情况进行初步研究。[结果]氟氯氰菊酯降解菌GZ-3在37℃和220r/min培养条件下培养72h后对初始浓度为50mg/L的氟氯氰菊酯的降解效率可达80%以上。同源性分析结果表明,该菌株的16S rDNA序列与多数铜绿假单胞菌的序列同源性均在99%以上,结合生理生化特性,初步鉴定该菌株属于铜绿假单胞菌。[结论]该研究为进一步利用该菌对氟氯氢菊酯农药污染的治理奠定基础。     

嗜水气单胞菌的分离与16S rDNA鉴定

[目的]分离并鉴定鱼嗜水气单胞菌,并构建系统发育分析.[方法]从云南某鱼场采集发病鱼的病变组织进行细菌分离与培养,并对分离菌株进行初步鉴定、16S rDNA鉴定和系统发育分析.[结果]分离培养到1株细菌,命名为Ah1305.经表型鉴定、生化试验及16S rDNA系统发育分析,鉴定为嗜水气单胞菌.[结论]该研究可为快捷、准确检测鱼嗜水气单胞引起的疾病提供参考.     

猪粪堆肥升温期细菌分子生态学研究

为了探明猪粪堆肥升温期的细菌多样性和堆肥过程中由"梯度效应"导致的细菌空间分布差异,采集了堆体上、中、下3层的堆肥样品,对其进行了16S rDNA序列和PCR-DGGE分析。序列分析结果表明:从3层样品中获得的121条16S rDNA序列,其中的113条与GenBank数据库中已知菌的16S rDNA序列表现出了同源性,且大多数与梭菌属有较近的亲缘关系,7条序列与已知菌的序列无任何相似性。上层样品中Shigellasp.、Acinetobactersp.和Clostridiumsp.占优势;中层样品中Clostridiumsp.占绝对优势;下层样品中Clostridiumsp.和Lactobacillussp.占优势。PCR-DGGE结果显示:3层堆肥样品都具有较丰富的微生物种群多样性,同时存在着明显的优势种群结构变化,中层多样性最为丰富。     

甘露聚糖酶产生菌F1-5的鉴定

[目的]鉴定1株高产甘露聚糖酶菌株。[方法]以高产甘露聚糖酶的菌株为对象,采用形态观察、生理生化试验及16S rDNA系统发育分析手段对其进行鉴定。[结果]该菌株在牛肉膏蛋白培养基上培养24h后,菌落表面粗糙,不透明白色,革兰氏阳性,杆状,能形成芽孢,表明其属于芽孢杆菌属。对F1-5进行生理生化特征鉴定,结果表明,其为枯草芽孢杆菌或蜡样芽孢杆菌。PCR扩增获取该菌的16S rDNA基因。经BLAST同源序列比对,结果显示,菌株F1-516SrDNA与枯草芽孢杆菌的16S rDNA具有99％的同源性,表明F1-5为枯草芽孢杆菌。[结论]该研究为甘露聚糖酶工业化开发应用奠定了基础。     

观音土曲乳酸菌的分离与分子鉴定

[目的]指导白酒生产,提高白酒质量。[方法]采用平板分离法从观音土曲中分离到7株乳酸菌（B1~B7）,测定其发酵产乳酸的量。选取乳酸产量最高的1株菌B7,提取其DNA并进行16S rDNA的PCR扩增、克隆、测序。从GenBank中选取与B7同源性最高的典型菌株,下载其16S rDNA序列,采用邻位相连法构建进化树。[结果]B1~B7的产乳酸量分别为：24.7、20.7、30.7、15.2、9.5、21.8、35.7mg/100m l;对B7的基因组DNA进行16S rDNA的PCR扩增,并对纯化后的扩增产物进行TA克隆,阳性克隆经琼脂糖凝胶电泳后在3000和1 600 bp处出现电泳条带,说明B7的16S rDNA PCR扩增产物已克隆到测序载体上。同源性分析结果表明,B7为乳杆菌属的短乳杆菌。[结论]该研究从观音土曲中分离到1株高产乳酸菌——短乳杆菌。     

广西北海红树林土壤放线菌的分离与鉴定

[目的]鉴定广西北海红树林土壤放线菌的物种多样性。[方法]从广西北海红树林土壤中分离、筛选10株典型放线菌菌株,提取基因组DNA,进行16SrDNAPCR扩增与测序,并构建进化树。[结果]通过Blast比对,10株放线菌属于2个属,其中8株为链霉菌属（80%）,2株为拟诺卡氏菌属（20%）。[结论]广西北海红树林土壤蕴藏着种类丰富的放线菌。