鸡血糖性状的全基因组关联分析

旨在挖掘影响鸡血糖性状的有效SNP位点及功能基因,为优质肉鸡分子育种工作提供有效的理论支撑。本试验选取407只京星黄母鸡于98日龄屠宰,酚仿法提取血液DNA,进行深度为10×的全基因组重测序;葡萄糖氧化酶法测定血清中血糖水平,基于全基因组重测序和血糖表型数据进行全基因组关联分析(GWAS)。结果,GWAS共筛选到6个血糖相关的SNPs位点(关联阈值P1.43×10~(-6))。基因注释发现,rs734134177在UBE3D基因第8内含子上,其编码蛋白为泛素蛋白连接酶。该位点携带野生型(AA)个体的血糖水平极显著高于突变型(GG)个体(P0.01);rs794554022位于ACAD9基因下游D 93.5 kb处。ACAD9蛋白为酰基辅酶A脱氢酶家族的成员之一,是细胞线粒体中脂肪酰基辅酶A进行β-氧化过程中的限速酶。rs794554022位点携带野生型(AA)个体的血糖水平极显著低于携带突变型(CC)个体的(P0.01)。以上位点可能是调控血糖水平的相关候选SNPs位点,这两个位点所在基因可能参与了肉鸡血糖代谢的调控过程,这些结果将为调控肉鸡血糖代谢进而改善肉品质的育种工作提供候选的分子标记,为肉鸡血糖代谢的调控提供了新的思路。     

京海黄鸡腹脂重性状的全基因组关联分析

试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点。结果显示,共检测到5个在全基因组水平上与腹脂重存在潜在显著关联的SNP位点(P<1.1×10^-5),并且4个处于染色体水平显著,分别为rs18144674、rs18144680、rs12246236、rs12257795。其中rs18144674、rs18144680、rs19745739位于2号染色体上一个1.6Mb区域内,rs12246236、rs12257795位于14号染色体上1个12kb区域内。筛选这2个区域0.1Mb范围内的基因,共找到11个可能的候选基因,分别为VIM、TRDMT1、AXIN1、PDIA2、ARHGDIG、gga-mir-1763、gga-mir-1564、CLCN7、ECL1、DNASE1和SDOS基因。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断出这些基因可能为影响京海黄鸡腹脂重性状的候选基因。     

猪RXRB基因SNPs检测及其与生长育肥和繁殖性状的关联分析

旨在研究猪RXRB基因多态性位点,并筛选与猪生长育肥和繁殖性状显著相关的SNPs,为种猪的遗传改良提供新的遗传标记位点。本研究通过采集962头健康大白猪（美系大白459头,法系大白503头）的血液DNA,利用直接测序法和PCR-RFLP技术分别检测两个品系大白猪RXRB基因SNP位点,并进行遗传多态性分析。利用SAS 8.0软件中的混合线性模型（Mixed）对RXRB基因SNP位点与表型性状值进行关联分析。利用Haploview 4.2软件对RXRB基因SNP位点进行连锁不平衡分析。结果显示,在两个品系大白猪群中共检测到10个SNPs,其中,美系大白有5个SNPs,法系大白有5个SNPs。经X²适合性检验,该10个SNPs在大白猪群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,rs340542491、rs330162688和rs326226767与达100 kg体重日龄达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs330162688、rs336609453和rs332169586与活体背膘厚达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs325538588、rs691889709和rs323107853与初生重达到显著相关（P<0.05）;在体长中,仅rs324141460的GA基因型个体显著大于GG基因型（P<0.05）;rs325538588和rs80789331与眼肌面积达到显著相关（P<0.05）;在乳头数中,rs340542491和rs330162688与左乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs324141460与左、右乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs336609453和rs332169586与右乳头数达到显著相关（P<0.05）。连锁不平衡分析结果显示,在美系大白中,rs326226767-rs325538588处于强连锁不平衡状态（D’=0.96,r²=0.91>0.33）,rs330162688-rs324141460处于完全连锁状态（D’=1）,rs324141460-rs340542491处于完全连锁状态（D’=1）,单倍型组合关联分析结果与单个SNP关联分析结果一致,单倍型组合与达100 kg体重日龄、活体背膘厚、初生重和乳头数等性状存在极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关;在法系大白中,rs691889709-rs323107853处于完美连锁状态（D’=1,r²=1）,单倍型组合关联分析结果显示,单倍型组合与体长和乳头数达到极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关。以上结果提示,RXRB基因内的10个SNPs可以作为猪育种改良的分子标记,同时对深入研究该基因功能具有一定的参考意义。     

大白猪ENO3基因多态性及其与生长性状的关联分析

[目的] 挖掘大白猪β-烯醇化酶（β-enolase,ENO3）基因单核苷酸多态性（SNP）位点,分析SNP间的连锁不平衡程度及其与生长性状的相关性。[方法] 选取大白母猪316头,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定ENO3基因SNP位点。采用GenoPlexs分型技术对每个个体的目标SNP位点进行基因分型,并与大白猪体重达100 kg时的日增重、日龄、背膘厚、眼肌面积和眼肌厚进行连锁不平衡和关联分析,探究ENO3基因SNP与大白猪生长性状的相关性。[结果] 共鉴定出9个SNPs位点,均为已知SNPs,其中rs196953768与rs324943047、rs345530479、rs329283992完全连锁（D'=1,r²=1）,与rs342598032呈强连锁（D'=1,r²=0.99）;rs327882211与rs341541240、rs325279236呈强连锁（D'=1,r²>0.7）。ENO3基因rs196953768及完全连锁位点与大白猪体重达100 kg时的日龄和日增重均呈显著相关（P<0.05）;rs327882211和rs341541240位点与体重达100 kg时的眼肌面积和眼肌厚均呈显著相关（P<0.05）;rs325279236与体重达100 kg时的眼肌面积呈显著相关（P<0.05）;rs786427749和rs342598032位点与上述各性状的相关性均不显著（P>0.05）。[结论] 本研究共鉴定出9个SNPs,4个完全连锁的SNPs;筛选到7个与生产性状显著相关的SNPs,为大白猪的分子标记辅助选育提供了参考数据。     

摩拉水牛PRKAA2基因多态性与生长性状的关联分析

试验旨在探讨PRKAA2基因在摩拉水牛群体中的遗传多态性及其与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为摩拉水牛的分子标记辅助选择提供理论依据。利用DNA测序法等技术进行候选基因PRKAA2外显子4及部分内含子3单核苷酸多态性（SNPs）检测,并采用生物信息学方法结合统计软件分析PRKAA2基因与摩拉水牛生长性状的关联性。结果显示,摩拉水牛PRKAA2基因中共检测到4个SNPs位点：c.462 G>A、IVS3.557 T>C、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A,均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡。4个SNPs位点在水牛群体中均为中度多态,可以构建3种单倍型,T-C-G-G为优势单倍型,其中IVS3.560 C>T与c.462 G>A位点之间存在完全连锁不平衡,关联分析结果显示,单倍型H2与摩拉水牛体斜长和腰角宽呈显著相关（P<0.05）。c.462 G>A位点与摩拉水牛体高、十字部高、尻长、坐骨端宽和腰角宽呈显著相关,其中GG和AA基因型个体的体高和十字部高均显著高于GA基因型个体,GG基因型个体的尻长显著高于GA和AA基因型个体,AA基因型个体的坐骨端宽和腰角宽显著高于GA基因型个体（P<0.05）;IVS3.557 T>C位点与摩拉水牛的生长性状指标未达到显著相关（P>0.05）;IVS3.560 C>T位点与摩拉水牛体高、十字部高和尻长呈显著相关,其中CC和TT基因型个体的体高和十字部高均显著高于CT基因型个体,CC基因型个体的尻长显著高于CT基因型个体（P<0.05）;IVS3.565 G>A位点与体斜长呈显著相关,其中GG和GA基因型个体的体斜长显著高于AA基因型个体（P<0.05）。综上,PRKAA2基因的c.462 G>A、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A位点对摩拉水牛部分生长性状均有显著影响,可作为摩拉水牛品种早期选育的候选基因和分子辅助标记。     

中国肉用西门塔尔牛生长曲线参数的全基因组关联分析

旨在通过对中国肉用西门塔尔牛纵向体重性状的全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS）,定位与肉牛生长发育性状显著关联的候选基因。本研究利用808头中国肉用西门塔尔牛公牛0、6、12、18月龄的纵向体重数据,采用Gompertz、Logistic和Brody 3种非线性模型拟合个体的体重预测模型,估计参数A（成熟体重）、b（达到最大生长率的时间）和K（成熟率）,然后以参数值为表型,BovineHD （770K） 芯片数据质控后剩余671 991 个SNPs,利用GAPIT进行关联分析,结合基因注释筛选影响肉牛发育的候选基因。选取拟合度最高的Gompertz模型（R²=0.954）确定相应参数估计值,GWAS共筛选到了9、49和7个显著的SNPs分别与A、b和K关联,且主要分布在2、3、7、9、11、14、22和25号染色体上。基因注释结果发现,PLIN3、KCNS3、ANGPTL2和ALPL与生长发育过程相关,其中KCNS3被认为是肌内脂肪含量的候选基因;IGF-1、TMCO1、PRKAG3和SHISA9影响肌肉发育过程,其中IGF-1被报道为生长发育过程的核心调控元件;ASPH基因参与调控肉牛胴体发育和肉质性状。本研究利用体重预测模型的参数估计值作为表型进行GWAS分析,定位到了一些与生长发育性状相关的候选基因,为其他纵向数据的研究提供了参考,也为调控肉牛生长发育进而提高产肉量的育种工作提供了新的候选分子标记。     

贵州地方黄牛GHR基因遗传变异、功能预测及其与生长性状的关联性分析

为探究黄牛生长激素受体（GHR）基因多态性，筛选出对贵州地方黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点，本研究以150头贵州地方黄牛（关岭牛、思南牛、威宁牛各50头）为研究对象，以GHR为候选基因，根据GenBank收录的黄牛GHR基因外显子序列设计引物，提取贵州地方黄牛血液基因组DNA并构建混池；通过PCR扩增测序法验证GHR基因SNPs和分型，运用DNAStar、SPSS 19.0软件对GHR基因SNPs进行遗传学分析，并与贵州地方黄牛生长性状进行关联性分析，寻找各位点不同基因型间贵州地方黄牛生长性能差异，同时使用生物信息学分析GHR突变前后mRNA二级结构的变化，预测分析贵州地方黄牛GHR蛋白的结构与功能。结果显示，贵州地方黄牛GHR基因共检测出8个SNPs，分别为Exon9-C162T、Exon9-C201T、Exon9-G243C、Exon9-G383A、Exon9-A495T、Exon9-C622T、Exon9-C642T和Exon9-A650C，其中思南牛无Exon9-G243C。遗传学分析表明，除Exon9-G243C位点在威宁牛中偏离Hardy-Weinberg平衡外，其余SNPs均未偏离Hardy-Weinberg平衡。相关性分析发现，GHR基因突变位点在关岭牛和思南牛中均未检测到显著性差异，但在威宁牛中，Exon9-G243C基因型GC个体胸围显著低于GG和CC基因型（P<0.05），Exon9-A650C基因型AA个体的体斜长、坐骨端宽均显著高于CC基因型（P<0.05），而胸深显著低于AC和CC基因型（P<0.05），其余6个SNPs差异均不显著（P>0.05）。生物信息学分析发现突变前后，除Exon9-G383A mRNA二级结构未发生改变外，其余SNPs mRNA二级结构均发生了改变，Exon9-G243C、Exon9-A650C会影响蛋白质二级结构的变化，但突变不影响蛋白质三级结构的变化。此外，贵州地方黄牛GHR蛋白是一种分泌蛋白，具有信号肽剪切位点且具有6个N-糖基化位点，证实该基因变异程度高。本研究提示GHR基因Exon9-G243C、Exon9-A650C这2个SNPs对贵州地方黄牛生长性状具有显著影响，可作为贵州地方黄牛生长发育的候选分子标记。     

DHRS4基因在猪骨骼肌中的表达及其与生长性状的关联分析

为探讨猪DHRS4基因在骨骼肌中的表达及其与生长性状的相关性,本研究分析了DHRS4基因在长白猪出生后30、180和300 d不同类型骨骼肌中的表达,并在蓝思白猪资源群体中筛选DHRS4基因的多态性位点,进一步通过Sequenom SNP分型技术对DHRS4基因进行基因分型,分析了DHRS4基因多态性位点与猪生长性状（料重比、平均日增重和平均背膘厚）的相关性。结果显示,DHRS4基因在30、180和300 d长白猪的胸肌、腿肌和背肌中均有表达,在胸肌和腿肌中,DHRS4基因在30 d的表达显著或极显著高于180和300 d（P<0.05;P<0.01）,而在背肌的不同发育时期中,其表达水平没有显著差异（P>0.05）。此外,本研究在蓝思白猪资源群体中找到了3个位于DHRS4基因上的单核苷酸多态性位点：rs334250151、rs342446613和rs326982309。关联分析结果表明,rs334250151位点与料重比呈显著相关,该位点AA基因型个体的料重比显著低于TT基因型个体（P<0.05）。研究揭示,DHRS4基因可能参与猪的骨骼肌发育,rs334250151位点可以作为一个新的分子标记应用于猪生长性状的遗传改良中。     

湖羊PLAG1基因5'调控区多态性及其与早期体重的关联分析

旨在克隆湖羊PLAG1基因5'调控区序列,明确PLAG1基因5'调控区多态性与湖羊早期体重的关系,寻找用于湖羊生长性状辅助选择的分子标记。本研究利用5'RACE技术鉴定PLAG1基因转录起始位点,以456只断奶湖羊为对象,利用测序法筛选PLAG1 5'调控区SNP位点,使用SPSS 18.0软件分析不同基因型对湖羊初生体重和断奶体重的影响。结果表明,PLAG1基因转录起始位点均位于g.30535位点,测序发现,PLAG1基因5'调控序列存在15个SNPs位点,在湖羊群体中均有3种基因型,均处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析发现,g.28888A>T位点AA型、g.28901G>T位点GG型、g.30802C>T位点CC型、g.30825A>G位点AA型的初生体重均显著大于相应的杂合基因型（P<0.05）,g.30737T>C位点CC型断奶体重显著小于TC型（P<0.05）。连锁分析发现,g.28888A>T、g.28901G>T、g.28913T>A、g.29717G>C、g.29724A>C、g.29725G>A、g.29768T>C、g.29771A>G、g.30141T>A、g.30144A>G、g.30691C>A、g.30694A>T、g.30737T>C、g.30802C>T、g.30825A>G,15个位点连锁且有18种单倍型。将样本量较多的5种单倍型与湖羊早期体重进行关联分析发现,AAGGTAGGAAGGTTAATTAACCAATCCCAA单倍型初生体重显著大于ATGTTAGCACGATCAGTAAGCAATTCCTAG单倍型（P<0.05）,断奶体重显著大于AAGGAAGGAAGGTTAATTAACCAACCCCAA单倍型（P<0.05）。上述结果表明,湖羊群体中PLAG1基因5'调控区存在15个连锁的SNPs位点,其中g.28888A>T、g.28901G>T、g.30802C>T、g.30825A>G位点与初生体重显著相关（P<0.05）,g.30737T>C位点与断奶体重显著相关（P<0.05）,AAGGTAGGAAGGTTAATTAACCAATCCCAA单倍型与初生体重和断奶体重显著相关（P<0.05）,说明PLAG1基因可作为湖羊生长性状选择的候选遗传标记。     

基于全基因组Fst和nSL分析鉴别苏淮猪中性洗涤纤维表观消化率相关候选基因位点

旨在鉴定苏淮猪（含25%淮猪和75%大白猪血统的国家级新品种）在培育过程中受选择的与纤维表观消化率性状相关的基因片段，为解析苏淮猪耐粗饲遗传机制奠定基础。本研究首先检测分析了331头160日龄苏淮猪个体的中性洗涤纤维（neutral detergent fiber，NDF）表观消化率，计算群体NDF表观消化率估计育种值（estimated breeding value，EBV），选择其中EBV极高和极低各10%的个体（N=66）进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数（fixation index，Fst）和按长度划分隔离点数（number of segregating sites by length，nSL）法分析苏淮猪群体内的选择信号分布情况，寻找选择信号区域内与纤维消化相关的重要基因。最后，选择两种分析中受选择的共有SNPs位点在苏淮猪全群分型，开展与NDF表观消化率的关联性分析，进一步确定影响苏淮猪NDF表观消化率的SNPs位点。结果显示，通过对高、低NDF表观消化率苏淮猪群体芯片分型数据质控，共有51 367个有效SNPs位点用于后续分析。通过Fst和nSL选择信号分析，共鉴定到146个受选择信号区域和361个受选择的基因，其中多个基因被报道与肠道健康和肠道发育等功能相关，包括MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5等基因。选择两种分析中受选择且共有的8个SNPs位点，通过SNP与苏淮猪全群NDF表观消化率的关联性分析，发现rs81363074、rs327393763和rs81404927位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在显著关联（P<0.05），rs81347101和rs318870857位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在极显著关联（P<0.01）。其中，rs81363074位点位于MCC基因第二内含子上。通过高、低NDF表观消化率苏淮猪群体Fst和nSL选择信号分析，筛选到146个受选择信号区域，鉴定到影响苏淮猪NDF表观消化率的受选择候选基因MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5，筛选到了5个与NDF表观消化率显著关联的SNPs位点。本研究结果为解析苏淮猪耐粗饲性状的遗传机制奠定了重要基础。     

波尔山羊PLAG1基因克隆、多态性鉴定及其与出生体重、体尺性状的关联分析

【目的】 试验旨在研究多形性腺瘤基因1（plemorphic adenoma gene 1,PLAG1）基因序列特征、多态性以及对山羊出生体重、体尺的影响。【方法】 以波尔山羊为研究对象,克隆PLAG1基因序列并测序,采用实时荧光定量PCR鉴定其在不同年龄和体重波尔山羊组织中的表达模式,采用Western blotting方法检测PLAG1在不同体重羔羊腿肌中的表达水平,进一步筛选PLAG1基因CDS和3'-UTR区SNP,并分析各位点不同基因型与波尔山羊出生体重、体尺的相关性。【结果】 波尔山羊PLAG1基因CDS全长1 500 bp,编码499个氨基酸,PLAG1蛋白相对保守。组织表达谱显示,PLAG1基因在出生体重较大的羔羊心脏、小肠和腿肌中表达水平显著或极显著高于出生体重较小的羔羊,在胎羊各组织中mRNA表达水平均显著或极显著高于成年母羊（P<0.05;P<0.01）;PLAG1蛋白在出生体重较大的羔羊腿肌中表达量极显著高于出生体重较小的羔羊（P<0.01）。在波尔山羊PLAG1基因3'-UTR区共筛选到6个SNPs位点,分别为：2664 A>G、2712 A>G、2721 T>C、2879 T>A、2990 A>T和3270 A>G。关联分析发现,2664 A>G位点AG基因型个体出生管围显著大于GG基因型（P<0.05）;2721 T>C位点TT基因型个体出生体长显著大于TC基因型（P<0.05）;2879 T>A位点TA基因型个体出生管围显著大于AA基因型（P<0.05）;2990 A>T位点AA基因型个体出生体重显著高于AT基因型（P<0.05）;3270 A>G位点GG基因型个体出生体长显著大于AA基因型,AG基因型个体出生胸围显著大于AA基因型（P<0.05）。【结论】 PLAG1基因在波尔山羊胎羊各组织中表达水平均高于成年母羊,发育早期的表达水平与出生羔羊体重相关。PLAG1基因可作为分子标记用于波尔山羊早期生长选育。     

北京黑猪FUBP3和USP43基因多态性与眼肌面积性状的关联分析

旨在研究上游远端元件结合蛋白3(far upstream element binding protein 3，FUBP3)及泛素特异性蛋白酶43(ubiquitin specific protease 43，USP43)基因多态性与北京黑猪眼肌面积性状的关系，从而在分子水平指导北京黑猪的育种工作。本研究选取408头北京黑猪收集眼肌面积性状数据并采集肉样提取DNA，根据FUBP3和USP43基因序列设计43对引物进行PCR扩增及测序，运用DNAstar软件分析测序结果，对FUBP3和USP43基因不同基因型与北京黑猪眼肌面积性状进行关联分析并运用荧光定量PCR对两基因进行基因表达差异分析。在FUBP3基因启动子区共有8个突变，其中rs701769847G>A与5~6肋眼肌面积和最后肋眼肌面积均关联显著(P<0.05)，rs332131528C>G仅与5~6肋眼肌面积关联显著(P<0.05)，rs325550799T>C、rs339464012T>C和rs326069041T>C只与最后肋眼肌面积关联显著(P<0.05);基因表达差异分析表明，rs701769847G>A位点GG型个体的FUBP3基因mRNA水平显著低于AA型个体(P<0.05)。USP43基因启动子区的rs335310752C>T和剪切区的rs323463345G>A均只与最后肋眼肌面积关联显著(P<0.05)。基因表达差异分析表明，rs323463345G>A中GG型个体和AA型个体的USP43基因mRNA水平差异不显著。上述两基因中共有两个位点与5~6肋眼肌面积性状关联显著(P<0.05)，6个位点与最后肋眼肌面积性状关联显著(P<0.05),可以作为北京黑猪眼肌面积性状变异的候选基因功能位点，也可以作为潜在的眼肌面积性状分子标记。     

拜城油鸡FSHR基因多态性及其与生产性能的关联分析

【目的】探究促卵泡激素受体(follicle stimulating hormone receptor,FSHR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系,为选育高生产性能的种鸡提供新的分子标记。【方法】以129只拜城油鸡为研究对象,利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点,采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关位点分型,通过SPSS 26.0软件的一般线性模型进行FSHR基因多态性与拜城油鸡生产性能的关联分析。【结果】FSHR基因外显子1上存在2个SNPs位点:SNP1(g.7640519 C＞A)、SNP2(g.7640639 T＞C);外显子4和5上分别存在1个SNP位点:SNP3(g.7692270 C＞T)、SNP4(g.7698478 A＞G);外显子10上存在3个SNPs位点:SNP5(g.7716725 G＞C)、SNP6(g.7715900 A＞G)、SNP7(g.7716470 T＞C),除SNP6外,检出率均在90%以上。SNP1位点仅检测到2个基因型:CC和CA,CC为优势基因型;SNP2、SNP3和SNP7位点均存在3种基因型:TT、TC和CC;SNP4位点存在3种基因型:AA、AG和GG;SNP5位点存在3种基因型:CC、CG和GG。相关分析结果表明,SNP2位点CC基因型个体开产日龄极显著高于TT基因型(P＜0.01),显著高于CT基因型(P＜0.05);TT基因型个体蛋重显著高于CT基因型(P＜0.05),入孵蛋死胚率显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP3位点TT基因型个体蛋壳厚度显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP5位点CG基因型个体300日龄总产蛋量极显著高于CC和GG基因型(P＜0.01),300日龄平均蛋重和开产蛋重均显著高于GG基因型(P＜0.05),开产体重显著高于CC基因型(P＜0.05);GG基因型个体蛋壳厚度显著低于CC和CG基因型(P＜0.05)。SNP7位点TT基因型个体开产蛋重和个体蛋重均显著高于CC和CT基因型(P＜0.05),蛋白高度和蛋黄重均显著高于CT基因型(P＜0.05),哈氏单位值极显著高于CC和CT基因型(P＜0.01)。【结论】FSHR基因SNP5(g.7716725 G＞C)位点CG基因型可作为影响拜城油鸡产蛋性能的标记基因型,SNP7(g.7716470 T＞C)位点TT基因型可作为影响拜城油鸡蛋品质的优势基因型。     

BRCA1基因多态性及其与奶牛乳房炎抗性的相关性研究

为了研究BRCA1基因突变与荷斯坦奶牛体细胞数和体细胞评分的关系,试验通过对BRCA1基因外显子13、14进行克隆、序列比对和挖掘已有突变的方法确定该基因的多态位点,采用SNaPshot技术检测了BRCA1基因25025 T>A和46126 G>T突变位点在北京郊区荷斯坦奶牛群体中的分布,并对突变位点与体细胞数和体细胞评分进行了关联分析。结果表明,荷斯坦奶牛BRCA1基因2个位点均检测到3种基因型,其中25025 bp位点TT基因型为优势基因型,46126 bp位点GT基因型为优势基因型。25025 bp位点AA基因型个体体细胞数(P<0.05)和体细胞评分(P<0.01)都显著低于TT和TA基因型;46126 bp位点TT基因型个体体细胞数显著低于GG和GT基因型个体(P<0.05),但3种基因型个体体细胞评分无显著差异(P>0.05)。本研究结果初步表明,BRCA1基因25025和46126 bp位点可作为中国荷斯坦牛乳房炎抗性的标记辅助选择。     

松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取178头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法查找METTL23基因外显子1~5的单核苷酸多态性(SNP),使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生重、3周龄重、断奶重、乳头数)的关联性。结果显示,仅在松辽黑猪METTL23基因外显子4发现1个SNP位点,命名为A62G,在A62G位点上检测到3种基因型,分别是AA、AG和GG。GG和G分别为优势基因型和优势等位基因,且A62G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。该位点的遗传纯合度(Ho)为0.6516,高于遗传杂合度(He,0.3484),说明其在松辽黑猪群体中的变异较小;多态信息含量(PIC)为0.2877,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.5),说明该遗传标记能够提供一定量的遗传信息。关联分析结果表明,GG基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著或极显著高于AA基因型个体(P<0.05;P<0.01),总产仔数还显著高于AG基因型个体(P<0.05);AG基因型个体断奶仔猪数显著高于AA基因型个体(P<0.05);初生重、3周龄重、断奶重、乳头数各基因型间差异均不显著(P>0.05)。综上所述,METTL23基因外显子4存在多态性位点A62G,该位点与松辽黑猪产仔数存在显著关联,可作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,用于分子育种。     

中国荷斯坦牛PIK3CB基因多态性及其与繁殖和产奶性状的关联分析

【目的】 探究磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚单位β（PIK3CB）基因多态性及其与中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的关系。【方法】 通过混池测序对中国荷斯坦牛PIK3CB基因进行单核苷酸多态性（SNP）位点筛选,采用竞争性等位基因特异性PCR （KASP）技术在1 160头健康泌乳中国荷斯坦牛中进行SNP分型并进行群体遗传学分析,采用线性模型进行SNP与11个繁殖和产奶性状基于单位点和单倍型组合的关联分析。【结果】 在PIK3CB基因中共检测到了17个SNPs,筛选出7个SNPs用于后续分析。关联分析发现,7个SNPs与多个目标性状存在显著或极显著的关联（P<0.05;P<0.01）;位于外显子区域的g.130433743 A>G位点AA基因型个体和位于可变剪接区域的g.130448069 G>A位点GG基因型个体,其经产牛首末次配种间隔、产奶量、乳蛋白量和乳脂量最低,体细胞评分最高,上述基因型个体具有较短的首末次配种间隔,而产奶性能相对较差;g.130387717 G>A位点AA基因型个体,其初配日龄和青年牛首末次配种间隔最低,产奶量、乳蛋白量和乳脂量最高,该基因型个体的繁殖和产奶性能均较好,上述3个SNPs位点可作为中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的候选位点重点关注。单倍型分析发现,PIK3CB基因的g.130387717 G>A、g.130430832 A>－、g.130433743 A>G、g.130433982 C>T、g.130446073 C>T和g.130448069 G>A 6个SNPs紧密连锁形成一个单倍型块,且与多个目标性状存在显著或极显著关联（P<0.05;P<0.01）,其中H2H3和H2H4单倍型组合个体的繁殖和产奶性能较好,为优势单倍型组合。【结论】 中国荷斯坦牛PIK3CB基因存在丰富的遗传变异,其多态性与繁殖和产奶性状存在关联,g.130433743 A>G、g.130448069 G>A和g.130387717 G>A位点可作为潜在分子标记,为中国荷斯坦牛的平衡育种提供理论依据。     

富含棉籽肽发酵棉粕对AA肉鸡生长性能和免疫功能的影响

试验旨在研究富含棉籽肽的发酵棉粕（枯草芽孢杆菌-1和扣囊复膜酵母Su 2019混菌发酵）对AA肉鸡生长性能和免疫功能的影响。试验选取240羽1日龄健康的AA肉鸡母雏,根据体重相近原则分为4组,对照组（CK,添加6%棉粕）,试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组（分别添加4%、6%、8%富含棉籽肽发酵棉粕）,每组4个重复,每个重复15羽鸡。试验分为1~21和22~42日龄两个阶段,试验期42 d。每个阶段结束时,对肉鸡称重,采集血液样本,测定每个阶段肉鸡的生长性能和免疫功能指标。结果表明：①与CK相比,Ⅱ组肉鸡21 d 平均日增重（ADG）极显著提高（P<0.01）,且显著高于Ⅰ组（P<0.05）;Ⅲ组肉鸡42 d平均日采食量（ADFI）显著提高（P<0.05）,且极显著高于Ⅱ组（P<0.01）;②与CK相比,Ⅲ组肉鸡21 d胸腺指数显著增加（P<0.05）,且其42 d胸腺指数显著高于Ⅰ组（P<0.05）;Ⅱ组42 d法氏囊指数极显著提高（P<0.01）;③Ⅲ组肉鸡21 d吞噬指数显著高于其他处理组（P<0.05）;试验Ⅰ、Ⅱ组42 d吞噬指数均显著高于CK（P<0.05）;④Ⅲ组肉鸡21 d的IL-2、IL-1β含量显著高于CK和Ⅰ组（P<0.05）,IL-6含量极显著高于CK（P<0.01）;与CK相比,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组42 d的IL-2含量均显著提高（P<0.05）,Ⅲ组IL-1β极显著提高,而IL-6含量极显著降低（P<0.01）,Ⅰ、Ⅲ组TNF-α含量极显著提高（P<0.01）;⑤与CK相比,试验Ⅲ组肉鸡21 d的IgM、IgA含量极显著提高（P<0.01）,Ⅰ组IgG含量极显著高于其他组（P<0.01）;Ⅱ组42 d的IgM和IgA含量均极显著提高（P<0.01）。综上所述,肉鸡日粮中添加一定比例的富含棉籽肽的发酵棉粕,可以提高肉鸡的生长性能和免疫功能。     

北京黑猪MYH3和MYH13基因多态性与肉质性状的关联分析

【目的】 试验旨在研究肌球蛋白重链3（myosin heavy chain 3，MYH3）和肌球蛋白重链13（myosin heavy chain 13，MYH13）基因遗传变异对猪肉质性状的影响。【方法】 利用北京黑猪背最长肌样本进行肉质性状（肌内脂肪（intramuscular fat，IMF）、水分、滴水损失、酸碱度（pH）、肉色L^*值、肉色a^*值和肉色b^*值）表型数据的测定。利用PCR和Sanger测序技术对MYH3和MYH13基因启动子区和CDS区进行基因分型。将性别、场、日龄作为协变量，采用协方差分析，确定与猪肉质性状相关的SNPs，利用实时荧光定量PCR检测基因表达水平。【结果】 试验共筛选到9个SNPs，其中MYH3基因CDS区有1个错义突变（c.5782 G>C）与IMF显著相关（P<0.05），且MYH3基因表达水平与IMF呈正相关；MYH13基因CDS区有4个SNPs，其中2个（c.1923 G>A、c.1308 G>A）与肉色a^*值显著相关，1个（c.963 G>A）与滴水损失显著相关，1个（c.237 G>T）与肉色L^*值显著相关（P<0.05）；MYH13基因启动子区有4个SNPs，其中2个（rs699287502、rs318639161）与肉色L^*值显著相关，2个（rs321315318、rs330770991）与滴水损失显著相关（P<0.05），且MYH13基因表达水平与滴水损失呈负相关。【结论】 MYH3基因有1个SNP与IMF显著相关，且其基因表达水平与IMF呈正相关。MYH13基因中存在3个SNPs与滴水损失显著相关，且该基因启动子区2个SNPs基因表达水平与滴水损失呈负相关；3个SNPs与肉色L^*值显著相关；2个SNPs与肉色a^*值显著相关。以上SNPs均可作为影响北京黑猪肉质性状的候选基因功能位点。