牛源多杀性巴氏杆菌Oma87基因的分子特征、抗原性及遗传进化分析

为研究牛源多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)Oma87基因的分子特征及同源性,本研究对荚膜血清A型(capsular serotype A,Pm8)Oma87基因进行扩增、克隆和测序,利用在线软件对其进行分子特征、抗原性及遗传进化分析。结果显示,Oma87基因全长为2 376 bp,编码791个氨基酸;氨基酸序列分析发现,该蛋白为酸性的亲水性蛋白,稳定性高,具有信号肽结构但不存在跨膜区域;二、三级结构分析发现,该蛋白为无规则卷曲及多段延伸链所形成的"N"字型三维立体结构。遗传进化分析显示,新疆分离株Pm8 Oma87基因与其他不同地域的牛源A型Pm和部分猪源A型Pm的同源性较近,与其他型Pm的同源性较远;通过VaxiJen软件分析发现,Oma87蛋白的保护性抗原的总体预测值为0.5478,高于正常阈值0.4,证明Oma87蛋白可作为免疫原性蛋白,为进一步研究Oma87蛋白奠定了理论基础。     

牛荚膜血清A型巴氏杆菌病的分子流行病学调查

本研究针对多杀性巴氏杆菌(Pm)特异性基因kmt1,进化保守基因16S rRNA基因,以及荚膜血清型A、B、D、E和F型对应的荚膜生物合成基因hayD-hayC、bcbD、dcbF、ecbJ和fcbD,设计特异性PCR扩增引物,采用PCR方法扩增相应基因和进行序列测定,并对分离菌株进行分子鉴定和同源性分析。结果显示,来自不同地区的分离菌株均含有Pm种特异性基因kmt1、A型荚膜生物合成基因hayD-hayC和16S rRNA基因。不同地区的分离株,kmt1基因的同源性为100%;A型荚膜生物合成基因hayD-hayC同源性大于99.9%;与国外牛源分离株的hayD-hayC基因的同源性大于98%;不同地区分离株的16S rRNA基因的同源性为100%,而与英国牛源分离株Pm338的16S rRNA基因的同源性高达99.93%。这些结果表明,在我国6个省市流行的牛出血性败血症由同一来源的荚膜血清A型多杀性巴氏杆菌所致,与英国牛源A型分离株Pm338具有共同的进化来源。     

梅花鹿S100A16基因的克隆及生物信息学分析

为探索梅花鹿（Cervus nippon）S100A16基因序列及生物学特性，本研究根据GenBank数据库中牛、绵羊S100A16基因序列设计引物，以梅花鹿鹿茸顶端组织cDNA为模板，采用RT-PCR技术和分子克隆技术成功获得梅花鹿S100A16基因的cDNA序列。生物信息学分析发现，梅花鹿S100A16基因CDS区全长312 bp，编码103个氨基酸；蛋白含有11个磷酸化位点，有跨膜结构域，无信号肽，为在细胞内发挥作用的稳定蛋白；蛋白仅在C端含有S100蛋白家族经典的EF螺旋结构域，由12个氨基酸组成，N端EF螺旋结构域由15个氨基酸组成；蛋白C端含有FGF-1蛋白结合位点；梅花鹿S100A16蛋白的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成；三级结构显示该蛋白有2个Ca²⁺结合位点；梅花鹿S100A16蛋白氨基酸序列与东欧马鹿同源性最高，为100%，与其他部分物种S100A16蛋白氨基酸序列构建系统进化树，分析表明S100A16基因在进化上比较保守，符合功能基因的特点。研究结果为进一步揭示梅花鹿S100A16基因的功能及表达机制提供依据。     

猪细环病毒1a型ORF1基因的克隆与序列分析

为明确猪细环病毒(porcine Torque teno sus virus,PTTSuV)1a型福建株ORF1基因的特征,本研究采用分段扩增的办法从PTTSuV 1a型感染阳性粪便中扩增PTTSuV 1a型福建株ORF1基因,对PCR扩增产物胶回收克隆测序后利用SeqMan软件拼接出完整的PTTSuV 1a型福建株ORF1基因,通过分子生物学软件对其编码蛋白进行生物信息学分析。结果表明,PTTSuV 1a型福建株ORF1基因全长为1 947 bp,编码648个氨基酸,其理论等电点为10.06。核苷酸同源性比对结果表明,本试验PTTSuV 1a型福建株ORF1基因和PTTSuV 1a型TTV1 Bj2-1株(GenBank登录号:HM633243)同源性最高,达99.7%。利用Mega 6.06绘制其遗传进化树,可见PTTSuV 1a型ORF1基因在遗传进化上呈两个大的遗传进化分支(分支Ⅰ和分支Ⅱ),分支Ⅰ又可分为两个小的分支(Ⅰa和Ⅰb),本研究为丰富福建源PTTSuV 1a型分子流行病学数据库奠定基础。     

一株鸭源H3N6亚型禽流感病毒遗传进化分析

从活禽交易市场健康鸭体内分离到一株H3N6亚型禽流感病毒,命名为A/Duck/Guangdong/E9/2012(H3N6),这是该亚型禽流感病毒在我国广东地区的首次分离报道.为分析其遗传进化特征,对该病毒全基因组序列进行了测定,进行了遗传进化分析.结果显示,其HA裂解位点附近的氨基酸序列为PEKQTR↓ GLF,只含有1个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的HA裂解位点氨基酸序列的分子特征;其HA基因与2011年蒙古国分离的鸭源A/Duck/Mongolia/OIE-7457/2011(H3N5)禽流感病毒的HA基因同源性最高,其NA基因与2011年蒙古国分离的鸭源A/Duck/Mongolia/OIE-7438/2011(H4N6)禽流感病毒的NA基因同源性最高.全基因组分子遗传进化分析结果显示,其8个基因均属于欧亚谱系的禽源进化分支.     

1株H6N6亚型禽流感病毒贵州分离株HA和NA基因克隆与序列分析

为了解 H6亚型禽流感病毒(AIV)在贵州地区的流行情况,本研究对2014年从贵州省三穗鸭体内分离鉴定出的1株H6N6亚型AIV (A/duck/Guizhou/013/2014) HA和NA基因进行了克隆和序列分析。结果显示,A/duck/Guizhou/013/2014的HA基因与华东地区2009年鸭源H6N6亚型AIV同源性最高,达97.5%,HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为P-Q-I-E-T-R-G,符合低致病性AIV的分子特征;而NA基因则与福建2007年鸭源H6N6亚型AIV同源性最高,达98.2%;由遗传进化树分析结果可知,HA和NA基因在遗传进化关系上,与湖南毒株位于同一分支,而与2007年贵州分离的3株H6N6亚型AIV不处于同一分支,说明A/duck/Guizhou/013/2014与本地区的H6N6亚型AIV亲缘关系较远。本研究结果表明当前贵州地区H6N6亚型AIV存在明显的遗传多样性。     

血清4型禽腺病毒广西分离株GX2019-010全基因组测序与分析

为了解广西地区血清4型禽腺病毒（FAdV-4）的基因特征,本研究对实验室前期分离的一株FAdV-4（命名为GX2019-010）进行了全基因组测序,对所获核苷酸序列进行同源性比对和遗传进化分析,并进一步分析了主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列。结果显示,GX2019-010全长43 719 bp,GC含量为54.9%,主要包括43个潜在蛋白质编码区域。核苷酸序列同源性比对发现,GX2019-010与致病株MX-SHP95的同源性为95.8%,与非致病株ON1和KR5同源性分别为95.0%和95.2%。遗传进化分析显示,GX2019-010与中国FAdV-4近几年的流行毒株在同一分支,而与国外FAdV-4毒株不在同一分支,说明FAdV-4存在遗传差异,主要的差异存在于基因组的右端,国内分离株均出现1 966 bp的缺失,其中包括ORF19、ORF48和ORF27基因的缺失,说明中国流行的FAdV-4具有地域性。对主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列分析发现,3个主要结构蛋白均有氨基酸位点的突变,其中Fiber-2的突变位点最多。本研究丰富了广西地区FAdV-4的基因库,为今后心包积液-肝炎综合征（HHS）的防控及流行病学调查研究提供了参考依据。     

金华猪PPARGC1A基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究

试验旨在研究过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子1α（PPARGC1A）在金华猪和大白猪中的遗传特征和表达情况，探究PPARGC1A基因在mRNA水平和蛋白质水平的表达模式。以金华猪和大白猪为试验动物，分别提取背脂组织的总RNA，根据GenBank中公布的猪PPARGC1A基因序列（登录号：NM_213963.2）设计编码区和实时定量PCR引物，以猪GAPDH基因和β-actin蛋白作为内参，应用多种生物信息学方法对PPARGC1A基因编码蛋白进行功能分析，并通过实时荧光定量PCR及Western blotting检测其在金华猪背脂中的表达水平。结果表明，金华猪PPARGC1A基因CDS区全长2 361 bp，编码786个氨基酸，该蛋白分子大小90 336.01 u，其中丝氨酸（ser）所占比例最高（13.7%），色氨酸（Trp）所占比例最低（0.8%）。同源性比对结果显示，金华猪PPARGC1A基因与山羊、牛和绵羊的同源性较高，分别为95.0%、94.9%和94.9%，在物种进化中具有较强的保守性；金华猪PPARGC1A蛋白不稳定指数为74.88，属于不稳定亲水蛋白，无跨膜结构，其二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角及无规则卷曲4种结构组成，所占比例分别为26.59%、5.73%、5.73%和61.96%，PPARGC1A蛋白同源建模经折叠、弯曲等一系列复杂的过程获得三级结构模型；实时荧光定量PCR试验和Western blotting试验结果一致，显示PPARGC1A基因在背脂较厚的金华猪中表达量显著低于瘦肉型的大白猪（P<0.05）。本研究为探明PPARGC1A基因对猪脂肪沉积的分子生物学功能提供了理论基础。     

白洗猪PID1基因克隆及序列分析

本研究旨在对白洗猪磷酸酪氨酸互作结构域1 (phosphotyrosine interaction domain containing 1,PID1)基因进行克隆和生物信息学分析。采用Nest PCR及T克隆技术对白洗猪PID1基因进行克隆测序,运用生物学分析软件分析其结构功能及其在种内及种间的遗传进化关系。结果表明,白洗猪PID1基因CDS区全长654 bp,编码217个氨基酸,白洗猪与山东莱芜猪、广西陆川猪PID1蛋白氨基酸同源性为98.2%与97.7%;进化树分析结果表明白洗猪与两个猪种间遗传关系相对较远,种间比对黄牛、牦牛、猕猴、小鼠、眼镜王蛇、人、原鸡、非洲爪蟾、大鼠和斑马鱼PID1蛋白氨基酸同源性依次为96.6%、96.6%、96.3%、95.0%、93.9%、91.7%、90.8%、88.2%、69.7%和67.3%;系统进化树分析表明PID1基因在多物种之间的进化高度保守,结构功能分析表明白洗猪PID1基因功能区主要是编码链氨基酸C端的PTB结构域。本研究成功克隆了白洗猪PID1基因,为探究其对白洗猪肌内脂肪沉积方面的影响及为白洗猪种资源开发利用奠定理论基础。     

云南蓝舌病病毒1型毒株M6基因序列分析

为了解云南蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV) 1型M6基因流行株的遗传变异及其与国内外流行病毒的遗传进化关系,试验从细胞培养物中分别提取4株云南分离株BTV-1 (Y863、SZ120169、6-12和7-12) RNA,用M6基因特异引物进行RT-PCR扩增和测序,采用生物信息学软件对获得的M6基因编码区序列进行核苷酸、氨基酸同源性比对及遗传进化分析.结果表明,分别获得4株云南分离株BTV-1 M6基因1 763 bp序列;4株云南分离株BTV-1核苷酸同源性在95.2%~99.9%之间,氨基酸同源性在97.6%~99.8%之间,1979年师宗分离的Y863病毒毒株与2012年师宗(SZ120169)、2013年江城(6-12、7-12)分离的3株病毒毒株核苷酸同源性分别为95.5%、95.2%和95.2%,氨基酸同源性分别为97.6%、98.4%和98.2%,而近两年(2012、2013)分离病毒核苷酸和氨基酸同源性较高,分别在96.9%~99.9%和99.1%~99.8%之间;遗传进化分析发现,4株云南分离株BTV-1为Eastern基因群病毒,它们之间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.2%~99.9%和97.6%~99.8%;进一步分析发现4株云南分离株BTV-1与希腊及澳大利亚 BTV-1型毒株亲缘关系较近,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.4%~95.6%和95.1%~99.1%,而与地中海国家(意大利、法国、阿尔及利亚、摩洛哥和突尼斯)和南非毒株关系较远,核苷酸和氨基酸同源性分别在83.8%和95.7%以下.4株云南分离株BTV-1属于Eastern基因群病毒,云南分离株BTV-1 M6基因在自然进化中发生遗传变异缓慢,该基因可以用来进行BTV-1基因群分布及毒株的地理区域来源相关的研究.     

Isolation,Identification and Genotyping of Pasteurella multocida from Fowl Cholera

In order to determine the suspected avian cholera pathogen and geneotypes, bacteria isolation technology was used to isolate and culture pathogenic bacteria, the isolated bacteria were identified by traditional methods and molecular biological methods. Geneotyping of the isolated bacteria were determined using PCR technology and gene sequence analysis. The results demonstrated that the isolated bacteria had typical culture characteristics of Pasteurella multocida (Pm),and the morphology of the colony, the characteristics of cell staining, the physiological and biochemical characteristics were consist with Pm; 457 bp fragment was amplified by PCR. Geneotyping results showed that only A primer amplified the target gene fragment of 1 050 bp, sequence analysis also showed that the isolated bacteria shared 97.6% to 100.0% sequence homology with reference strains, and phylogenetic tree analysis showed that the isolated bacteria and A type Pm were in a branch.The experimental results indicated that the isolated bacteria was identified as capsular serotype A of Pm, the results provided reference for the prevention and control of fowl cholera.     

禽霍乱巴氏杆菌的分离鉴定及基因分型

为确定疑似禽霍乱病例病原种类及其病原基因型,本研究采用细菌分离技术对病原菌进行实验室分离培养,应用传统方法和分子生物学方法对分离细菌进行鉴定,并应用PCR扩增和基因序列分析对分离细菌进行基因分型。结果显示,分离菌具有多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida,Pm）典型培养特征,菌落形态和菌体染色特征、生理生化特性均与多杀性巴氏杆菌相符;PCR扩增到457 bp的基因片段。采用5对分型引物对分离菌进行基因分型显示,仅有A型引物扩增到大小1 050 bp的目的基因片段,序列分析也显示分离菌荚膜基因与A型多杀性巴氏杆菌参考菌株荚膜特异性基因同源性高达97.6%~100.0%,系统进化与A型多杀性巴氏杆菌处于同一进化分支。结果表明,疑似禽霍乱病例病原为A型多杀性巴氏杆菌,本研究结果将为禽霍乱的防控提供参考资料。     

猪多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及oppA基因遗传进化分析

【目的】了解福建省猪场猪多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida,Pm）的流行及oppA基因遗传进化情况。【方法】本研究采用细菌分离培养、生化试验、16S rRNA PCR扩增测序、PCR荚膜分型、oppA基因克隆及相似性分析、动物回归试验等方法对分离菌株进行鉴定和分析。【结果】本研究共分离到10株菌,分离菌在血平板上形成淡灰白色、湿润光滑、奶油露珠状菌落;分离菌株能酵解蔗糖、果糖、麦芽糖和甘露醇,不能分解葡萄糖、枸橼酸盐、乳糖、硫化氢等,与多杀性巴氏杆菌生化特性基本一致;分离菌株16S rRNA序列与GenBank中登录的多杀性巴氏杆菌相似性达99.9%以上,10株分离菌均为多杀性巴氏杆菌;PCR荚膜分型显示,6株分离菌为荚膜A型,4株为荚膜D型;基于oppA基因的遗传进化树显示,10株分离菌均位于同一分支内;动物回归试验结果显示,在24 h内攻毒小鼠死亡率较高（21/30）,分离菌有较强的致病力。【结论】福建省猪场猪多杀性巴氏杆菌流行菌株的荚膜血清型主要是A和D型,且大部分菌株都来源于共同的祖先,本研究结果丰富了猪多杀性巴氏杆菌的流行病学资料,并为该病的防控奠定基础。     

Overexpression and immunogenicity of the Oma87 outer membrane protein of Pasteurella multocida

The outer membrane protein of Oma87 from Pasteurella multocida A:1 has significant similarity to the D15 protective antigen of Haemophilus influenzae (Ruffolo and Adler, 1996). Four fragments of Oma87 from a P. multocida serotype D strain were cloned into a pGEX expression vector and transformed into E. coli JM105. Western blot analysis revealed that convalescent chicken sera reacted with only GST-F1 fusion protein which contained amino acids 18 through to 130 of Oma87 fused to the GST protein. Vaccination with the GST-F1 protein failed to protect chickens against challenge with a virulent P. multocida serotype A.     

鸭源多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及耐药性分析

为鉴定临床疑似鸭多杀性巴氏杆菌感染肉鸭的病原菌，本试验通过细菌分离培养、菌体形态观察、细菌生化鉴定、16S rRNA基因测序分析、细菌种特异性鉴定、荚膜分型鉴定和动物回归试验进行鉴定，并通过药敏试验和耐药基因检测进行耐药性分析。结果显示，从患病鸭肝脏组织分离到的细菌在鲜血琼脂培养基中呈现表面光滑凸起、灰白色菌落，为革兰氏阴性短小杆菌，瑞氏染色呈两极浓染；生化鉴定结果显示，分离菌能发酵葡萄糖、蔗糖和甘露醇，硫化氢、氧化酶和吲哚等试验阳性；16S rRNA基因序列系统进化树分析显示，该分离菌与多杀性巴氏杆菌聚为一支，同源性 > 99%；细菌种特异性鉴定结果与多杀性巴氏杆菌相符；荚膜分型鉴定结果仅扩增到约为1 050 bp的目的基因片段，与荚膜血清A型相符；动物回归试验显示，该分离菌有较强的致病性；药敏试验结果显示，该分离菌对羧苄西林、氨苄西林、复方新诺明和四环素等12种药物耐药；经耐药基因PCR检测显示，该分离菌携带Sul1、Sul3、tet（X）和Intl1 4种耐药基因，与药敏表型相符。本试验成功分离到1株鸭源荚膜血清A型多杀性巴氏杆菌，为鸭多杀性巴氏杆菌病的防治提供参考依据。     

牛源多杀性巴氏杆菌血清分型及毒力相关基因的检测研究

为确定新疆北疆部分地区疑似病例中分离的牛源多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida,Pm）流行的血清型、ST型及毒力相关基因的分布情况,本研究以分离的17株牛源Pm为研究对象,采用荚膜多重PCR分型法、脂多糖多重PCR分型法（LPS-mPCR）、多位点序列分型法（MLST）及PCR方法检测17株Pm分离株的荚膜型、脂多糖型、MLST型及7类共25个毒力相关基因的分布情况。结果显示,13株Pm的荚膜脂多糖型为A：L3型,ST型均为ST1型,4株Pm荚膜脂多糖型为B：L2型,ST型均为ST44;17株Pm毒力相关基因（exbB、exbD、fimA、fur、hgbA、hsf2、nanB、oma87、ompA、ompH、plpB、psl、ptfA、sodA、sodC、tonB和tbpA）的检出率高达100%,toxA基因的检出率为0。结果表明,从新疆北疆部分地区规模化牛场疑似病例中分离的Pm主要血清型为A：L3：ST1型。     

犊牛支原体肺炎继发牛A型多杀性巴氏杆菌感染的诊治

某奶牛场犊牛相继发生肺炎和关节炎,为确诊该牛场犊牛群发病的原因并提出防控方案,本试验剖检新生犊牛并采集病料,分别开展牛支原体及其他病原菌的分离培养、PCR鉴定及药敏分析;进行牛病毒性腹泻病毒、牛口蹄疫病毒和牛传染性鼻气管炎病毒PCR检测;制作犊牛肺脏组织病理切片并进行观察和评估。从犊牛肺脏组织分离到牛支原体和牛A型多杀性巴氏杆菌;牛病毒性腹泻病毒、牛口蹄疫病毒和牛传染性鼻气管炎病毒检测均为阴性;肺脏组织病理切片可见肺泡结构破坏、出血及大量炎性细胞浸润;药敏试验结果显示,牛支原体和牛A型多杀性巴氏杆菌分别对泰乐菌素和头孢唑啉敏感,但对青霉素、庆大霉素、林可霉素和氨苄西林均呈现耐药。该犊牛群确诊为牛支原体肺炎继发牛A型多杀性巴氏杆菌感染,采用泰乐菌素联合头孢唑啉肌肉注射,配合对症治疗和规范管理,有效控制了该场犊牛疾病。     

西藏牦牛、绵羊棘球蚴病病原的分子鉴定

本研究旨在对西藏自治区那曲地区和拉萨市牦牛、绵羊体内棘球蚴病原进行分子生物学鉴定并分析其遗传变异规律。对2016年11月底采自西藏拉萨市当雄县和那曲地区嘉黎县的5只绵羊体内的5个棘球蚴包囊、15头牦牛体内的18个棘球蚴包囊分别分离棘球蚴原头蚴或生发层组织，提取基因组DNA，应用PCR方法扩增nad1基因，通过测序获得nad1全基因序列。运用DNAStar MegAlign软件对序列进行同源性分析。以GenBank中已公布的棘球属的nad1全基因序列为比对对象，采用最大似然法（ML）构建系统发育树。结果显示，所测定的牦牛和绵羊的23个棘球蚴病原nad1基因序列与GenBank登录的细粒棘球蚴狭义种（G1基因型）nad1基因序列高度同源，同源性为99.6%~99.8%，23条nad1基因的遗传距离为0~0.0022447。同源基因的碱基变异率为0.2%~0.4%；与棘球属其他棘球绦虫同源基因的碱基变异率为14.9%~19.8%。有5个样本的nad1基因在不同位点发生碱基突变，变异位点发生序列转换。以上结果表明，本研究所采集牦牛和绵羊的棘球蚴为细粒棘球绦虫G1基因型，其nad1基因变异小，序列一致性高。     

Cloning and characterization of the gene coding for NADPH-sulfite reductase hemoprotein from Actinobacillus pleuropneumoniae and use of the protein product as a vaccine.

An expression library was constructed from an Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 1 clinical isolate and screened with serum produced in pigs that had been vaccinated with the anionic fraction of a sodium chloride extract. One E. coli transformant was isolated that produced a large amount of a protein with an electrophoretic mobility of about 67,000 molecular mass. The A. pleuropneumoniae-derived DNA encoding the protein was localized and characterized by restriction enzyme digestion and nucleotide sequence analysis which showed strong homology with the cysI gene of E. coli. One open reading frame of 1764 bases in length was detected which encoded a cysI protein from serotype 1, with a calculated molecular mass of 66,678. The DNA encoding the protein was labeled with radio-isotope and the homologous gene was isolated from an A. pleuropneumoniae serotype 5a library. The serotype 5a gene was the same length, but the cysI protein from serotype 5a was slightly larger (66,849) due to 8 substitutions in the amino acid sequence. Expression plasmids containing cysI from either serotype of A. pleuropneumoniae complemented an E. coli cysI mutant. Pigs vaccinated with the recombinant cysI were protected from challenge with A. pleuropneumoniae of the homologous serotype.     

副猪嗜血杆菌sapA基因克隆与生物信息学分析

试验旨在克隆副猪嗜血杆菌（Haemophilus parasuis,Hps）sapA基因,并对其进行生物信息学分析,以期为sapA基因缺失疫苗的开发与应用提供理论依据。以71株临床菌株为研究对象,经PCR扩增鉴定其中的阳性菌株;将扩增得到的sapA基因片段与pGEM-T载体连接,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,经PCR和双酶切鉴定为阳性克隆后进行测序;用生物信息学软件进行核苷酸与氨基酸序列比对、系统进化树分析、蛋白二级和三级结构预测、疏水性预测、柔性区域位预测、B细胞抗原表位预测和Jameson-Wolf抗原指数预测。试验结果显示,在71株临床菌株中,有29株成功扩增出sapA基因,29株Hps的sapA基因核苷酸序列与已公布的SH0165菌株相似性为96.5%~98.8%,除H88菌株外,氨基酸序列与SH0165菌株相似性为98.9%~100%。sapA蛋白二级结构主要有α-螺旋、β-转角和无规则卷曲,有13个亲水区、38个柔性区和23个B细胞潜在抗原表位。以上结果表明,Hps的sapA基因是一个保守基因,各菌株间核苷酸序列、氨基酸序列都有很高的相似性,sapA蛋白具有较强的抗原性。