鼠疫菌素和T4溶菌酶结构与功能的关系

<正>鼠疫菌素是鼠疫耶尔森菌产生的一种细菌素。鼠疫耶尔森菌为肠杆菌科耶尔森菌属的成员,是引起中世纪大范围流行"黑死病"的罪魁祸首[1]。鼠疫耶尔森菌含有p YV/p CDl、p Fra/p MTl和PST/p PCPl等3种质粒,其中PST/p PCPl质粒为鼠疫耶尔森菌所特有,为9.6kb。该质粒含有3个致     

鱼源小肠结肠炎耶尔森菌5种毒力基因的检测和分析

采用煮沸法和细菌基因组DNA试剂盒两种方法制备鱼源小肠结肠炎耶尔森菌DNA模板,运用聚合酶链反应(PCR)方法检测小肠结肠炎耶尔森菌的5种毒力基因(ail、yadA、virF、ystB和HPI-int),并对HPI-int基因进行测序分析.结果表明,小肠结肠炎耶尔森菌ail、virF和HPI-int 3种毒力基因被检测出,而另外两种毒力基因ystB和yadA未被检测到.HPI-int基因长度为722 bp,GenBank序列号为JX041513,与该数据库中的小肠结肠炎耶尔森菌强毒力岛基因的相似性达到99％,由此推断该菌株具有较强的致病性.这为深入研究小肠结肠炎耶尔森菌的毒力和危害积累了科学资料.     

猪胸膜肺炎放线杆菌自动转运黏附素基因的克隆与表达

为了研究猪胸膜肺炎放线杆菌保护性免疫机制,试验筛选猪胸膜肺炎放线杆菌3~8 kb随机基因组文库,获得1株阳性克隆,测序拯救质粒得到序列,通过Blast分析确定此片段为猪胸膜肺炎放线杆菌自动转运黏附素(AT-Adhensin)基因,根据序列设计特异性引物PCR扩增该基因,分子克隆表达该黏附素蛋白。结果表明,该蛋白与猪传染性胸膜肺炎康复期血清发生反应。     

耶尔森氏菌质粒分析情况研究进展

<正>鼠疫的病原体为鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)。科学家经研究发现14、16世纪及18世纪欧洲爆发的黑死病和法国的肺鼠疫就是因鼠疫菌耶尔森氏菌引起。1980年,科学家们在耶尔森氏菌中发现了质粒,随后,Ferber和Brubaker研究发现鼠疫耶尔森氏菌含3种质粒,分别是PMT1、Ppst、PYV。近年来,全球学者围绕耶尔森菌的质粒进行了详细的研究,对PMT1、Ppst、PYV这3种常     

疙瘩皮肤病病毒基因组测序完成

疙瘩皮肤病是一种主要在非洲危害养牛业的病毒性传染病 ,其被国际兽疫局 (OIE)列为 A类传染病。病原是痘病毒科羊痘病毒属中的疙瘩皮肤病病毒 (lum py skin disease virus,L SDV)。最近 ,美国科学家报道了 L SDV的基因组序列 ,其基因组长 15 1kb,由中央的编码区和两翼的长为 2 .4kb的倒置末端重复序列 (ITR)组成 ,有 15 6个推测的基因。除了大部分基因与猪痘病毒、Yaba病毒和兔痘病毒有较高的同源性以外 ,还发现了其独有的与病毒感染宿主范围和毒力有关的基因疙瘩皮肤病病毒基因组测序完成@郭志儒…     

猪传染性胸膜肺炎的PCR快速诊断及基因组酶切分析

为了建立猪胸膜肺炎放线杆菌(Actionbacillus pleuropneumoniae,APP)快速PCR诊断方法,试验依据APP的毒素基因Apx ⅣA的序列设计引物,对江西农业大学动物科学技术学院预防兽医学教研组保存的4个血清型APP菌株以及大肠埃希杆菌、沙门杆菌进行PCR扩增,同时对提取的4个血清型菌株的基因组DNA用EcoRⅠ酶切。结果表明:4个APP菌株均成功扩增出预期大小的基因片段,而其他G-菌没有扩增出;4个血清型菌株的基因组DNA经EcoRⅠ酶切后酶切片段有所不同。     

炭疽杆菌基因组解码

美国科学家最近完成了炭疽杆菌的基因组测序 ,其基因组序列长 5 2 0 0 kb,含有 5 0 0 0多个基因。通过与土壤中的几种普通杆菌比较 ,发现它们的 5 0 0 0个基因中只有 15 0个有显著的差别 ,其余都相同或非常相似 ,因此这些不同的基因可能赋于了炭疽杆菌的致病力。这项研究由 NIAID(National Institute of Allergy and Infectious Diseases)资助 ,于 2 0 0 1年启动。至今 ,NIAID已经资助了对 30多种重要的医学微生物进行了测序 ,这些微生物中有许多引起传染性疾病或者是可能的生物战剂。炭疽杆菌基因组解码@郭志儒…     

基因检测技术在布氏杆菌鉴定中的应用

我们经过四年的试验,建立了布氏杆菌基因检测技术。用细菌DNA(脱氧核糖核酸)分子热变性法和DNA浓相分子杂交法测定了布氏杆菌6个种18个生物型DNA分子基因,并测定了5株可疑布氏杆菌和与布氏杆菌有交叉抗原性的耶尔森氏菌(0:9)以及无交叉抗原性的大肠杆菌、绿脓杆菌,共29株菌。21株布氏杆菌的T_m值为76.9～77.9℃,G CMol％(鸟嘌呤 胞嘧啶克分子百分比)在56.1～58.6％,布氏菌DNA液相分子杂交率在82.7～104％。试验结果符合布氏杆菌文献值,测定了5株可疑菌,T_m值在76.9～77.8％、G CMol％为56.1～58.3％、液相分子杂交率81.8～98.4％,最后定为布氏杆菌。对照的大肠杆菌、绿脓杆菌、耶尔森氏菌等T_m值分别是75℃、82.4℃、72.5℃,G CMol％分别是51.5％、69.5％、45.4％.均在各自的文献值内。它们分别与布氏杆菌DNA作液相分子杂交,匹配率是31.1％、28.6％、21.4％,均小于75％,说明3株对照菌与布氏杆菌没有同源性。应用细菌DNA基因测定技术是区别布氏杆菌与非布氏杆菌最可靠的方法。     

宿主抗病性的遗传学研究

鸡全基因组测序的完成和相关的后基因组技术的发展,使得绘制家禽抗病基因图谱成为可能.目前正在使用候选基因筛选法以及全基因组单核苷酸多态性分析(SNP)、基因表达的数量性状座位(QTL)和拷贝数变异等分析方法,来检测家禽对多种病原体的抗病基因.沙门菌和弯曲杆菌是主要的人兽共患病原体.绝大多数的人感染病例,是因为吃了被感染的家禽而引起的.长远的解决方案是确定家禽的抗病基因,从而减少其感染的机会.禽类对沙门菌或弯曲杆菌的抗定植能力大部分是由遗传决定的.61和N分别是对沙门菌或弯曲杆菌耐受和易感的自交系鸡,利用回交和高密度的全基因组SNP面板,我们已经在每个定植模型中发现了4个QTL,其中有一个是相同的.     

鸭肠炎病毒UL41、UL42基因的克隆与分析

依据GenBank登录的鸭肠炎病毒(DEV)核苷酸序列设计引物,利用长片段PCR技术扩增了DEV基因组UL36与UL43基因之间的未知序列,扩增所得片段长度约为15 kb.经EcoRV单酶切,将其中的3.9 kb片段克隆到pUC18中.序列分析表明该3.9 kb EcoR V片段含有2个完整的转录方向相反的与单纯疱疹病毒(HSV)UL41和UL42基因同源的ORF,命名为DEV UL41和ULA2基因.通过氨基酸序列比对发现:DEV UL41基因含有5个高度保守位点,而UL42含有2个,进化树分析表明DEV与疱疹病毒科a疱疹病毒亚科的马立克病毒、火鸡疱疹病毒的进化关系非常相近,为DEV的分类提供了参考依据.     

问号钩体(Leptospira interrogans)Ⅲ型分泌系统相关基因分析

根据鼠疫耶尔森菌Ⅲ型分泌系统和大肠杆菌鞭毛系统中已知蛋白，以NCBI／Blast软件搜索问号钩体全基因组中与之高度同源的蛋白；用TMHMM-2．0对所得蛋白跨膜区进行分析；用Interpro对所得蛋白结构城进行分析，初步整理出问号钩体Ⅲ型分泌系统组成，发现10个被注释为鞭毛系统的相关基因和Ⅲ型分泌系统有关，并和鼠疫耶尔森菌Ⅲ型分泌系统相关蛋白有较高同源性。6个为跨内膜蛋白，4个为胞内蛋白，并共同组成Ⅲ型分泌系统的内膜孔道，但没能发现组成外膜孔道的蛋白组分。问号钩体Ⅲ型分泌系统与鞭毛组装系统共用相同的部分组分，但钩体Ⅲ型分泌系统和经典Ⅲ型分泌系统有一定程度的差别：它缺乏外膜孔道结构，且分泌产物先进入胞周间隙。     

鸡U6核内小RNA基因的克隆与分析

本研究旨在获得鸡U6 snRNA的全序列,并对其序列、启动子及拷贝数等进行分析。本实验通过RT-PCR、克隆、测序获得了鸡U6 snRNA的部分序列(94 bp)。根据测序结果和鸡全基因组序列数据,结合生物信息学分析,结果获得了鸡U6 snRNA的全长序列(106 bp),该序列与人U6 snRNA序列相似性为100%,在鸡基因组中有4个拷贝,其中3个成簇存在于28号染色体上一段2 kb长的DNA片段上;另一个位于18号染色体。已有研究报道,这4个基因拷贝的5′侧翼区均具有启动子活性,说明它们是真基因。结果表明:这4个U6 snRNA基因启动子区均含有潜在的远端序列元件(DSE)、近端序列元件(PSE)和TATA box等RNA聚合酶Ш启动子元件。本研究成功获得了鸡U6 snRNA的全长序列,为选用U6基因作为内参基因开展鸡miRNA定量表达分析以及鸡U6基因的转录调控研究奠定基础。     

伪狂犬病病毒Ma株基因组3.4kb及4.4kbBamHI片段的克隆与鉴定

本试验采用BamHI酶切伪狂犬病病毒 (PRV)Ma株基因组DNA ,电泳回收 3 4kb和4 4kb片段 ,快速克隆了伪狂犬病病毒Ma株BamHI 3 4kb和 4 4kb片段到质粒 pUC1 9中 ,对其进行部分序列测定并与Genebank序列进行同源性分析 ,结果表明BamHI 3 4kb片段包含UL50等基因 ,与Ka株UL50基因同源性为 87% ,BamHI 4 4kb片段包含RSP40及PK等基因片段 ,与Ka株RSP40基因同源性为 98%。Ka株BamHI 3 4kb片段包含TK基因 ,而包含UL50基因的BamHI片段为 7 4kb。结果表明 ,PRVMa株BamHI酶切位点发生了漂移     

耶尔森氏菌感染症及耶尔森氏菌生态学

耶尔森氏菌归属肠杆菌科,本科现区分为12个菌种。对人畜具有病原性的菌种是鼠疫耶尔森氏菌、假结核耶尔森氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌等三种。日本对耶尔森氏菌感染症的研究是1913年开始的,其后50年间关于耶尔森氏菌的研究就未见进展.1972年,禅友氏等从肠炎病人分离出小肠结肠炎耶尔森氏菌,以此为契机,耶尔森氏菌作为人的病原菌,进一步受到了人们的重视.另外,健康的动物一经带有小肠结肠炎耶尔森     

鼠疫一体系双重荧光定量PCR检测方法的建立及评价

本研究根据鼠疫耶尔森氏菌caf1及YPO0392基因,设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,构建一体系的检测体系,对其敏感性、特异性和稳定性进行评价,并对8份鼠疫阳性及24份阴性DNA样本进行应用评价。结果显示,一体系双重检测鼠疫DNA的敏感度为17.93×10-5 ng/μL;19份鼠疫菌DNA都有扩增,25份非鼠疫菌DNA都未扩增;对8份阳性现场DNA样本进行检测,一体系检测结果均为阳性;对24份阴性DNA样本进行检测,结果均为阴性。结果表明,本研究成功建立了可同时检测鼠疫耶尔森氏菌caf1和YPO0392基因的一体系双重荧光定量PCR方法,具有良好的敏感性与特异性,操作方便并节约成本,能够代替单基因检测方法。     

家蚕线粒体基因组EcoRⅠ2.0kb片段的克隆及序列分析

对家蚕线粒体基因组EcoRⅠ 2 .0kb片段进行了克隆和序列分析 ,结果表明该片段包含完整的丝氨酸转移RNA基因、NADH氧化还原酶亚基Ⅰ基因、细胞色素氧化酶b亚基基因的部分序列。与果蝇 (Drosophilamelanogaster)的mtDNA进行了同源性比较 ,并根据无脊椎动物线粒体基因组密码子表 ,推定氨基酸序列。     

细菌重组减毒鼠伤寒沙门氏菌疫苗研究进展

鼠伤寒沙门氏菌 ( St)是一种肠道致病菌 ,通过基因突变可构建许多鼠伤寒沙门氏菌减毒株 ,例如 :X40 72、X42 17、X45 5 0、X4989、X4990、 X40 64、 SL 3 2 61、 GID10 1、 GID10 5、GID10 6和 BRD5 0 9等 ,它们均是两个或多个基因的精确突变 ,其基因型和表型均很稳定 ,可用作构建细菌性疫苗的表达载体。国内外学者相继研制了肺炎链球菌、结核杆菌、百日咳杆菌、产单核细胞李斯特菌、鼠疫耶尔森菌、土拉弗郎西斯菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟菌、牛布氏杆菌、破伤风梭菌、炭疽芽孢杆菌、沙眼衣原体和猪肺炎支原体等细菌的重组减毒鼠伤寒沙门氏菌疫苗。文章着重讨论了这些疫苗的构建及其免疫机制等方面的研究进展 ,从而为新型菌苗的研制提供一种新的思路     

1株西藏牦牛巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析

为进一步对西藏牦牛巴氏杆菌病基因组学研究提供理论基础,从西藏林芝某地病死牦牛肺脏中分离鉴定出1株荚膜A型牦牛巴氏杆菌,并通过SMRT法对该菌株进行全基因组序列测定,对测序数据组装后基因组组分及比较基因组学进行分析。结果显示,获得大小为2.3 Mb基因组,GC含量40.30%。同时预测2 096个编码基因数量,编码基因序列总长度2 047 410 bp。预测出总长度为4 739 bp的重复序列,重复序列含量0.21%。预测非编码rRNA数量为19、tRNA数量为59。假基因数量为3,假基因总长度为736 bp。此外,对测序的1株菌株和2株参考菌株(Mannheimia haeemolytica、Pasteurella multocica)进行基因组共线性分析,显示测序菌株与参考菌株之间共线性良好。对测序的1株菌株和2株参考菌株进行家族分类,共得到2 105个基因族,其中,3株菌共有的基因族类(核心基因族)有1 483个,占总基因组的70.45%。进化分析研究显示,测序菌株与参考菌株Mannheimia haeemolytica较远。表明本研究对西藏牦牛巴氏杆菌分离菌株进行全基因测序,同时进行基因组组分及比较基因组学分析,为牦牛巴氏杆菌病的进一步研究提供数据支持。     

鸡传染性支气管炎病素分子生物学研究进展(下)

4 IBV基因组RNA的结构特征及生物学特性 IBV基因组为一线状单股RNA,5'端有帽子结构,3'端有聚(A)尾,具有感染性,故为正链,大小约20kb.Boursnell等(1987)测定了IBV的基因全序列,共有27608个核苷酸组成[包括聚(A)尾,不同毒株可能有差异],分子量为8md,它比目前所知的任何稳定的RNA病毒要大很多,IBV基因组被分为6个区域,至少有10个开放读码框架(ORF).