CAPN1基因在寿光鸡群体中的遗传变异分析

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系。结果表明,含有CAPN1基因外显子5的引物CE5扩增的座位在群体中检测到3种基因型AA、AB和BB,基因型频率分别为0.266、0.520和0.214;等位基因A和B的频率分别为0.524和0.476。CE8引物扩增的座位在群体中也检测到3种基因型AA、AB和BB,基因型频率分别为0.378、0.510和0.112;等位基因A和B的频率分别为0.633和0.367。关联分析结果表明:含有CAPN1基因外显子5的引物CE5座位对肌内脂肪含量和腿肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05),CE8座位对胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05)。     

吉林梅花鹿IGF-I基因启动子区单核苷酸多态性分析

[目的]对吉林梅花鹿IGF-I基因进行单核苷酸多态性分析,为梅花鹿产茸性状的分子育种提供新的分子生物学依据。[方法]采用PCR-SSCP技术分析IGF-I基因在吉林左家梅花鹿群体中的多态性,并对IGF-I基因多态片段进行克隆、测序,确定多态位点的突变位置。[结果]P1引物扩增的群体出现了AA、BB、AB和CC4种基因型,基因型频率分别为0.100、0.300、0.433和0.167,等位基因频率为0.317、0.517和0.166;P2引物扩增的群体出现3种基因型,分别用GG、TT和GT,基因型频率分别为0.500、0.333、0.167,等位基因频率为0.667和0.333。测序结果表明,在引物P1扩增片段中,在105～107处发生了AGT碱基的插入,在125和126处发生了T→A的突变,落在IGF-I基因的启动子区;引物P2扩增片段中,在236处有1个C→T的突变,落在IGF-I基因的启动子区。2个SNPs形成AG、AT、BG、BT、CG和CT6种单倍型,频率分别为0.239、0.077、0.311、0.206、0.117和0.050。[结论]IGF-I基因在吉林左家地区梅花鹿群体中具有遗传多态性,发现了多个突变位点,然而这些碱基的突变是否影响到IGF-I基因的生物活性,还有待进一步研究。     

朝鲜牛尿黑酸酶基因的遗传多样性分析

采用PCR—SSCP技术分析了尿黑酶基因（14CO）在朝鲜牛群体中的多态性。结果表明,HGD基因在2对引物扩增片段中均存在PCR-SSCP多态性。P1引物扩增的群体出现了1Tr和CC2种基因型,基因型频率分别为0．90和0．10;P2引物扩增的群体出现了Gc、AA和GA3种基因型,基因型频率分别为0．53、0．07和0．40。测序结果表明,P1引物扩增的片段存在1个g．24581T〉c的突变,落在HGD基因第6内含子上;P2引物扩增的片段存在1个g．29858G〉A的突变,落在HGD基因第10外显子上,并导致了Arg—His氨基酸的改变。2个SNPs形成TG、TA和CG3种单倍型,频率分别为0．47、0．43和0．10。     

CAPN1基因的多态性与鸡肉质性状的关系研究

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因的外显子14、外显子20及其侧翼区序列进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系.CE14引物扩增的座位在群体发现3个单核苷酸多态性(SNPs)位点:g.13715409 A＞G、g.13715387 T＞C位于外显子14中,g.13715467 C＞T位于内含子13中;共检测到AA、AB、AC、BB、BC及CC 6种不同基因型,基因型频率分别为0.238、0.273、0.197、0.095、0.102、0.095,等位基因A、B、C的频率分别为0.473、0.282、0.245.CE20引物扩增的座位在群体发现6个SNPs位点:g.13713224 C＞A位于外显子20中,g.13713320 A＞T、g.13713289 G＞A、g.13713277 T＞C位于内含子19中,g.13713185T＞C、g.13713184 G＞A位于内含子20中;共检测到AA、AB、AC、BC、AD、BB、CD及DD 8种不同基因型,基因型频率分别为0.122、0.354、0.197、0.143、0.061、0.034、0.048、0.041,等位基因A、B、C、D的频率分别为0.429、0.282、0.194、0.095.最小二乘统计分析结果表明,CE14座位对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量、腿肌剪切力及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05),CE20座位对胸肌pHu及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05).     

娟姗和荷斯坦奶牛HSPA1A基因SSCP多态性与耐热性能的相关分析

设计引物扩增HSPA1A基因的5′侧翼区,通过PCR SSCP技术分析启动子区的多态性,寻找SNPs位点,分析发现:扩增片段大小280 bp,扩增产物具有基因多态性。供试的70头娟姗牛和荷斯坦奶牛共发现4种基因型,分别为AA型、BB型、AB型和AC型,卡方检验奶牛在该位点基因频率差异极显著(P<0.01),未达到Hardy Weinberg平衡。AC型奶牛耐热性能高于其他基因型(AA,AB,BB)奶牛,差异显著(P<0.05),建议作为抗热应激的奶牛选育分子遗传标记。     

中国草原红牛CAPN I基因的遗传多样性分析

［目的］利用PCR SSCP技术研究中国草原红牛CAPN I基因的多态性。［方法］以90头草原红牛的全血为试材,用酚/氯仿/异戊醇法提取基因组DNA,采用PCR SSCP技术分析了钙蛋白酶 I 基因（CAPN I）在草原红牛群体中的多态性。［结果］试验所设计的18对引物用于PCR扩增均获得良好的结果。经PCR SSCP 分析,E7 1引物扩增的群体出现了AA、BB、AB和AC 4种基因型;E14 1引物扩增的群体出现了 AA和BB 2种基因型,E14 5、E14 6和 E20 2引物扩增的群体出现了 AA、BB和AB 3种基因型。对不同基因型的测序表明,在第14内含子4 685 bp处发生了CT的碱基突变,在第17内含子6 545 bp处发生了CT的碱基突变,在第21内含子上8 462 bp处发生了G A、8 561 bp处A G、8 696 bp处A T的碱基突变。［结论］该研究为改善牛肉质性状的分子育种提供新的分子生物学基础数据。     

鹌鹑MC4R基因编码区群体遗传变异检测分析

 根据GenBank数据库提供的鹌鹑黑素促黑素受体4（MC4R）基因序列,设计出5对扩增引物,采用PCR SSCP分段检测方法对朝鲜鹌鹑MC4R基因外显子区域的多态性进行了检测,并对存在多态性的DNA片段进行了序列测定。SSCP分析的结果显示,第4号引物扩增的基因片段具有明显的多态性,并检测到了3种基因型（AA型,AB型,BB型）。将测序结果与GenBank数据库中鹌鹑MC4R基因序列进行比对,发现了一个单核苷酸多态性（SNP）位点：855bp位点存在一个T→C同义转换突变。基因型AA,AB和BB的频率分别为0.1933,0.6867和0.1200;等位基因A和B的频率分别为0.5367和0.4633;多态信息含量（PIC）和杂合度（H）分别为0.3736和0.4974;χ2检验的结果表明,该突变位点的基因频率未处于Hardy Weinberg平衡状态（P<0.01）。     

13/17罗伯逊易位猪CMYA 3基因多态性分析

[目的]对13/17罗伯逊易位杂合子猪[2n=36,rob（13;17）]互交后代中的148个个体进行了CMYA3基因的多态性分析。[方法]采用PCR-RFLP方法。[结果]通过PCR扩增所有个体均能获得507bp的目的片段,PCR产物经限制性内切酶Bsh1236I酶切,琼脂糖凝胶电泳结果表明该基因在此群体中具有A和B2个等位基因,基因频率分别为0.699和0.301;具有AA、AB和BB3种基因型,基因型频率分别为0.615、0.169和0.216。因此,该试验猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率最大。[结论]该研究为13/17罗伯逊易位猪的分子育种和标记辅助选择提供理论依据。     

虾夷马粪海胆CYP51基因cDNA的克隆及其SNPs分析

采用RT-PCR、PCR-SSCP等分子生物学技术和关联分析等方法对虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius CYP51基因的cDNA序列进行了克隆和单核苷酸多态性分析.结果表明:虾夷马粪海胆的CYP51基因包括一个1491 bp的开放阅读框,编码496个氨基酸;其开放阅读框的第161个核苷酸处存在1个单核苷酸多态性,即核苷酸发生了A→G突变.关联分析结果表明,该单核苷酸多态性与虾夷马粪海胆的体质量、性腺质量之间存在显著相关性(P＜0.05).本研究中首次克隆了虾夷马粪海胆CYP51基因的cDNA序列并进行了SNPs分析,研究结果可为虾夷马粪海胆的分子标记辅助育种提供参考.     

德化黑鸡黑素皮质素受体1(MCIR)基因单核苷酸多态性分析

采用聚合酶链式反应及单链构象多态(PCR-SSCP)技术以及DNA直接测序的方法,对德化黑鸡MCIR基因编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)分析.结果表明:引物Pz扩增片段具有多态性,并表现为AA、AB和BB等3种基因型;经序列分析发现,BB型存在2个突变位点:分别在1 094处(G-A)和1095处(T-C),其中在1 095处的突变还导致氨基酸的改变(Cys-Arg).由基因型分布情况表明,德化黑鸡C系(乌色)和D系(非乌色)均以AA型为主;BB型(含SNP)仅存在于C系中,而在D系中未发现,推测BB型可能是乌色性状特有或与乌色性状相关.     

藏猪肌肉生长抑制素基因外显子1的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了藏猪肌肉生长抑制素(MSTN)基因的单核苷酸多态性.根据GeneBank上猪MSTN基因全序列设计的两对引物,扩增了MSTN基因完整的外显子1,经SSCP分析,只有P1扩增产物存在多态性,表现为3种基因型(AA、AC和CC),A和C两种等位基因的频率分别为46.88%和53.12%.测序分析发现,CC型与AA型相比在MSTN基因编码区的第71bp处有一个A→C的单碱基突变,该突变导致编码的第24位氨基酸由天冬酰胺改变为苏氨酸.     

德化黑鸡黑素皮质素受体1（MC1R）基因单核苷酸多态性分析

采用聚合酶链式反应及单链构象多态(PCR-SSCP)技术以及DNA直接测序的方法,对德化黑鸡MC1R基因编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)分析。结果表明:引物P2扩增片段具有多态性,并表现为AA、AB和BB等3种基因型;经序列分析发现,BB型存在2个突变位点:分别在1094处(G-A)和1095处(T-C),其中在1095处的突变还导致氨基酸的改变(Cys-Arg)。由基因型分布情况表明,德化黑鸡C系(乌色)和D系(非乌色)均以AA型为主;BB型(含SNP)仅存在于C系中,而在D系中未发现,推测BB型可能是乌色性状特有或与乌色性状相关。     

藏绵羊孕酮受体基因第4外显子多态性分析

以391只藏绵羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术分析孕酮受体(PGR)基因第4外显子在藏绵羊中单核苷酸多态性(SNPs),探讨PGR的生理功能及其对藏绵羊繁殖力的影响。结果表明:PGR基因扩增片段在藏绵羊品种中存在PCR-SSCP多态性,序列比对分析发现2个SNPs位点,全为颠换。在该群体中发现3种基因型,分别为AA、BB和AB,其中AA为优势基因型,A为优势等位基因。χ2独立性检验表明,PGR基因扩增片段上各基因型呈极显著差异。     

小尾寒羊MyoG外显子2和MyoD 5'侧翼区的多态性研究

采用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊肌细胞生成素Myo G基因外显子2和生肌决定基因Myo D 5'侧翼区的多态性,结果表明:Myo D 5'侧翼区在小尾寒羊中检测到2种基因型(BB、AB),BB和AB基因型频率分别为0.975 0和0.025 0,A和B等位基因频率分别为0.012 5和0.987 5;小尾寒羊的Myo G外显子2不存在多态性。对Myo D 5'侧翼区的BB基因型测序分析发现,其与牛的Myo D1基因序列(XM_592330.2)相比,发生了2处突变,分别是第960位发生了T→C突变、第972位发生了C→A突变。     

绵羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术,用两对引物分析了GnRHR基因外显子2和外显子1部分序列在小尾寒羊、多赛特羊2个绵羊品种中的多态性.结果表明,对于引物1扩增片段,2个绵羊品种均只检测到AA基因型.对于引物2扩增片段,2个绵羊品种均检测到AA、AB基因型;小尾寒羊AA、AB基因型频率分别为0.83和0.17,多赛特羊AA、AB基因型频率分别为0.60和0.40.引物2的多态片段测序分析表明,位于GnRHR基因cDNA第230处发生了碱基的改变(G→C),该突变导致了氨基酸的改变(甘氨酸→半胱氨酸).     

13/17罗伯逊易位猪CMYA3基因多态性分析（摘要）（英文）

[目的]对13/17罗伯逊易位杂合子猪[2n=36,rob（13;17）]互交后代中的148个体进行CMYA3基因的多态性分析。[方法]采用PCR-RFLP方法分析CMYA3基因在13/17罗伯逊易位猪群中的多态性。用酚-氯仿抽提法从猪耳组织中提取基因组DNA。以基因组DNA为模板进行PCR扩增,反应体系为25μl：dNTPs 2μl,上下游引物各0.5μl,Taq酶1 U,模板DNA1μl,用ddH2O补足至25μl。PCR反应条件为：94℃预变性5 min;94℃变性30 s,53℃退火45 s,72℃延伸30 s,共35个循环;72℃延伸10 min。PCR产物经PCR纯化试剂盒纯化,限制性内切酶Bsh1236 I 37℃酶切过夜后,1%琼脂糖凝胶电泳,检测酶切结果。[结果]通过PCR扩增所有个体均能获得507 bp的目的片段,PCR产物经限制性内切酶Bsh1236I酶切,琼脂糖凝胶电泳结果表明该基因在此群体中具有A和B 2个等位基因,基因频率分别为0.699和0.301,具有AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.615、0.169和0.216。因此,在该试验猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率最大。[结论]该研究为13/17罗伯逊易位猪的分子育种和标记辅助选择提供了理论依据。     

荷斯坦种公牛HSFl和HSBPl基因多态性分析

[目的]研究荷斯坦种公牛HSF1和HSBP1基因多态性。[方法]通过DNA测序技术对牛HSF1和HSBP1基因进行SNPs位点扫描,利用CRS-PCR和PCR-RFLP方法对4个单核苷酸多态性（SNPs）进行基因型分型,分析162头荷斯坦种公牛HSF1和HSBP1基因的多态性。[结果]扫描结果表明,在HSF1基因1451（G/T）处发现1个新SNP。在HSBP1基因第2内含子上发现3个新SNPs,分别为324（G/C）、589（C/T）和651（C/G）。多态性分析结果表明,HSF1基因1451（G/T）位点的SNP的AA基因型频率最高,优势等位基因为A,而HSBP1基因3个SNP频率最高的基因型分别为AB、AA和BB,优势等位基因589（C/T）为A,而324（G/C）和651（C/G）均为B。χ2适合性检验表明,HSF1基因1451（G/T）位点在荷斯坦种公牛群体中已达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）,而HSBP1基因324（G/C）、589（C/T）和651（C/G）位点的突变在荷斯坦种公牛群体中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0.05）。[结论]该研究可为HSF1和HSBP1基因的功能研究提供试验依据     

滩湖杂羊多胎基因(FecB)TaqMan探针SNP分型的研究

研究绵羊多胎基因FecB在滩湖杂羊群体中的多态性,可辅助开展滩羊多胎新品种(系)的培育工作。该试验利用TaqMan探针对滩湖杂羊G0、 G₁和G₂代242份样品进行,通过对FecB基因的SNP进行分型,研究FecB基因在滩羊和湖羊杂交后代种群中的多态性及遗传规律。FecB基因来源于骨形态发生蛋白受体1B (bone morphogenetic protein receptor type 1B, BMPR1B),该基因外显子第746位A突变为G即为FecB。而FecB基因在滩湖杂羊群体中具有3种基因型,分别为BB型(突变型)、 B+型与++型(野生型)。结果表明:G0代群体中BB、 B+、++基因型频率分别为2.56%、 14.10%和83.33%, B、+等位基因频率为9.62%和90.38%; G₁代群体中BB、 B+、++基因型频率分别为28.17%、 38.73%和33.10%; B、+等位基因频率为47.54%和52.46%; G₂代群体中BB、 B+、++基因型频率分别为18.18%、 5...     

藏绵羊ANGPTL4基因第3内含子、第6外显子多态性分析

为分析高寒牧区藏绵羊ANGPTL4基因多态性,应用PCR-SSCP与测序结合的方法,对391只藏绵羊ANGPTL4基因第3内含子、第6外显子进行多态性检测。经扩增,分别获得大小为280 bp和289 bp的2个片段。ANGPTL4基因第3内含子发现AA、BB和AB 3种基因型,各基因型频率分别为0.648 8、0.313 0和0.038 2,在C.400+90处发生G/T的突变,多态信息含量为0.265 6,呈中度多态。ANGPTL4基因第6外显子发现AA和AB2种基因型,基因型频率分别为0.961 8和0.038 2,在C.837处发生C/T的突变,为错义突变,并导致P.279处苏氨酸变为丝氨酸,多态信息含量为0.036 9,为低度多态。对藏绵羊ANGPTL4基因的多态性进行分析,发现的2处突变位点可作为藏绵羊品种改良以及种质资源保护的潜在分子标记。     

松辽白鹅PRLR基因5′调控区多态性研究

[目的]通过研究催乳素受体（PRLR）基因多态性,为松辽白鹅的选种与选育提供理论依据。[方法]参照鹅PRLR基因5′调控区序列设计引物,运用PCR-SSCP技术进行多态性分析。[结果]扩增片段存在多态性,得到AA、AB和BB 3种基因型,AA为优势基因型,等位基因A占主要优势;在PRLR基因5′调控区80处发生了单碱基突变（A→G）。[结论]PRLR基因5′调控区存在突变位点。