适于SSR分析的不同生长型桃幼叶基因组DNA提取方法

以6种不同生长型桃幼叶为材料,为适应SSR分析要求,对常规CTAB法、改进CTAB法、常规SDS法以及SDS-CTAB结合法4种基因组DNA提取方法的效果进行了比较研究.结果表明:常规CTAB法所提取的DNA呈黏稠状的浅褐色沉淀,难以溶解;常规SDS法和SDS-CTAB结合法提取的桃基因组DNA浓度较低,在品种间差异较大;而改进CTAB法提取DNA完整性较好,D260nm/D280nm值介于1.8 ～2.0,RNA去除干净,其SSR分析(引物CPPCT26)条带清晰,多态性好,表明此方法提取的不同生长型桃幼叶基因组DNA完全适于SSR分析.     

一种快速微量提取柑橘早期胚基因组DNA的方法（英文）

[目的]建立一种快速微量提取柑橘基因组DNA的方法。[方法]采用优化的CTAB微量提取法,以20.0,10.0,5.0,2.5mg的早期杂种胚为材料进行基因组DNA的提取,并对其DNA进行质量检测和SSR验证。[结果]该方法简单易行,所需材料少,提取的DNA纯度较高,OD260nm/OD280nm在1.800～2.000,可满足SSR等以PCR扩增为基础的试验需要。[结论]建立的方法可以用于快速微量提取柑橘基因组DNA。     

枇杷核基因组DNA提取方法的改良及其SSR分析

[目的]获得高质量基因组DNA,探讨并改进快速提取枇杷基因组DNA的方法。[方法]比较了3种传统的基因组DNA提取方法并对CTAB法进行改良,同时以27对适用苹果属扩增的SSR特异引物,对15种枇杷品种和2个组合的杂交后代进行PCR扩增,分析品种扩增片断多态性构建聚类关系树,统计了杂种后代等位性位点。[结果]改良CTAB法所提取的DNA具有良好的质量;27对引物15个品种中扩增出33个多态性片段,用NTYST软件进行分析聚为6类;一个杂种杂交后代扩增出32条片段,确定22个等位位点。[结论]改良CTAB适合于快速提取枇杷基因组DNA,SSR在枇杷基因组中具有多态性。     

一种快速微量提取柑橘早期胚基因组DNA的方法

[目的]建立一种快速微量提取柑橘基因组DNA的方法。[方法]采用优化的CTAB微量提取法,以20.0、10.0、5.0、2.5 mg早期杂种胚为材料进行基因组DNA的提取,并对其DNA进行质量检测和SSR验证。[结果]该方法简单易行,所需材料少,提取的DNA纯度较高,OD260nm/OD280nm在1.800～2.000,可满足SSR等以PCR扩增为基础的试验需要。[结论]建立的方法可以用于快速微量提取柑橘基因组DNA。     

一种改良的棉花总DNA提取方法

为了获取高质量的棉花基因组DNA,进行了后续分子实验,通过对已有的几种DNA提取方法进行综合比较,寻找一套优化的适于棉花高质量DNA的提取方法。结果表明,优化的棉花基因组DNA提取方法所提取的DNA纯度高,无降解现象,适用于进行常规PCR扩增以及进行高精度要求的SSR扩增。     

成品茶基因组DNA提取及其PCR验证

从成品茶中快速、高效地提取高质量的基因组DNA，是对成品茶进行分子鉴别的前提。利用简化CTAB法和改进CTAB法，提取茶树品种金牡丹鲜叶及其加工而成的红茶、绿茶、乌龙茶基因组DNA，并进行PCR验证，结果表明：2种方法均能提取成品茶基因组DNA；与鲜叶材料相比，虽然成品茶基因组DNA均呈现不同程度的降解现象，但主带清晰；2种方法所提取的基因组DNA质量无显著差异，但简化CTAB法由于操作简单，更适宜实际应用；提取的成品茶基因组DNA均可以用来进行PAPD以及SSR分析。     

中国榛属植物SSR反应体系的建立

榛子鲜叶组织中富含酚类、糖类及其他次生代谢物,致使鲜叶易发生褐变,从而严重影响基因组DNA的提取质量。为了探讨适合中国榛属植物基因组DNA的提取方法,建立SSR反应体系,以榛属植物叶片为材料,通过对CTAB法的改良,摸索出了适于中国榛属植物基因组DNA提取的方法,并以核酸产量、纯度、片断分布情况等指标来评价基因组的质量。结果表明,获得的基因组质量较高,能够满足SSR反应体系的建立。并对影响榛属基因组DNA提取的因素进行了简要的分析讨论。     

4种高梁基因组DNA快速提取方法的比较

[目的]寻找快速、简单、成本低的高粱基因组DNA提取方法。[方法]首先,分别使用液氮研磨法、缓冲液研磨法、烘干研磨法和直接研磨法这4种方法从高粱叶片中提取基因组DNA,然后,通过凝胶电泳、SSR分析和SRAP分析检测所提DNA的浓度和纯度。[结果]采用4种方法提取高粱基因组DNA时的产量相差不大;采用前2种方法提取的DNA降解少、纯度高,可进行有效的SRAP-PCR和SSR-PCR,但缓冲液研磨法的SRAP-PCR结果稍差;而采用后2种方法提取的DNA降解严重、纯度低,但可进行有效的SSR-PCR。[结论]采用4种方法均可在短时间内提取到足够几十次PCR反应的高粱基因组DNA,液氮研磨法和缓冲液研磨法所提取的DNA应用范围更大,而烘干研磨法和直接研磨法所提取的DNA只能用于对片段较小的目的DNA进行特异性PCR。     

4种高粱基因组DNA快速提取方法的比较

[目的]寻找快速、简单、成本低的高粱基因组DNA提取方法。[方法]首先,分别使用液氮研磨法、缓冲液研磨法、烘干研磨法和直接研磨法这4种方法从高粱叶片中提取基因组DNA,然后,通过凝胶电泳、SSR分析和SRAP分析检测所提DNA的浓度和纯度。[结果]采用4种方法提取高粱基因组DNA时的产量相差不大;采用前2种方法提取的DNA降解少,纯度高,可进行有效的SRAP-PCR和SSR-PCR,但缓冲液研磨法的SRAP-PCR结果稍差;而采用后两种方法提取的DNA降解严重,纯度低,但可进行有效的SSR-PCR。[结论]采用4种方法均可在短时间内提取到足够几十次PCR反应的高粱基因组DNA,液氮研磨法和缓冲液研磨法所提取的DNA应用范围更大,而烘干研磨法和直接研磨法所提取的DNA只能用于对片段较小的目的DNA进行特异性PCR。     

棉花DNA提取方法的探讨

就提取棉花基因组DNA的两种基本方法及其相应的改进方法作了系统比较研究.结果表明:改进的SDS法和CTAB法分别优于原SDS法和CTAB法,两种改进方法提取棉花基因组DNA效果一致.DNA的得率与提取方法有关,还与棉花的取材部位有关.改进的CTAB法DNA得率高于改进的SDS法;采用改进的CTAB法提取棉花不同部位基因组DNA,其DNA得率的高低依次为花药>花瓣>叶片>纤维.由改进方法提取的棉花基因组DNA能完全双酶切,能满足SSR和AFLP等后续分子生物学研究的需要.     

快速提取玉米DNA方法的研究

[目的]为了探索一种快速、简便,能够用于SSR分析的玉米DNA提取法。[方法]采用改进的常规DNA提取法和DNA快速提取法提取玉米种子胚和黄化苗叶片中的DNA,进行SSR分析,通过琼脂糖电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR产物进行检测。[结果]用常规法提取时,用氯仿∶异戊醇(24∶1)抽提1次就可获得质量好和浓度高的DNA;无须抽提,直接吸取上清液,可得到高浓度的DNA,也能满足SSR分析的需要;同样的提取法,SDS的提取效果比CTAB好。对快速提取法进行分析表明,相同的提取液和提取方法,采用种子胚提取的DNA浓度和质量明显高于叶片DNA。[结论]该研究为SSR在玉米种质及纯度鉴定上的应用提供了技术上的保证,有利于该项技术的普及和推广。     

棉花SSR分子标记体系优化研究

研究以陆海杂交棉为试材,研究了SSR检测体系中PCR扩增的各主要成分对检测结果的影响,确立了适宜的退火温度和反应体积,改进了PCR扩增程序,进一步优化了适用于棉花的SSR检测体系.同时,对聚丙烯酰胺凝胶银染程序作了调整,优化后的棉花SSR检测程序可得到条带强度适中、对比度好的结果.     

两种聚丙烯酰胺凝胶银染方法的比较

比较了两种聚丙烯酰胺凝胶的DNA染色方法。对小麦SSR扩增产物的染色结果显示,改进的Bassam银染法颜色背景浅,灵敏度较高,能够看到副带染色。改进的Sanguinetti方法对条带的鉴别力稍差,但因省时省力,成本较低可用于大规模引物筛选时的染色。     

荔枝基因组DNA提取与SSR反应条件优化

对荔枝野生、半野生和栽培种质分子遗传多样性研究中遇到的DNA提取和SSR扩增条件优化问题进行了试验。针对荔枝体细胞内富含多酚、多糖、色素以及蛋白质等次生物质的特点,以叶片为试材,采用改良的CTAB法获得了高质量的基因组DNA,有效应用于SSR扩增。同时,对SSR反应中的一些重要参数进行了优化,确定了荔枝SSR分析的适宜反应体系。     

SSR标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳方法改进

[目的]改良SSR标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)技术,提高大规模SSR分子标记分析的工作效率。[方法]在利用SSR标记构建中国春/兰考大粒F2群体遗传图谱的基础上,对变性PAGE点样方法进行改进,并对中国春/兰考大粒筛选的122对差异引物进行组合分析。[结果]试验表明,引物扩增条带特异性强、覆盖范围不大即可采用两次点样法分析;两次点样和单次点样的凝胶扩增条带均清晰可辨;分析相同数量的样品,两次点样法较单次点样法节约了41%的试验时间,节约了50%的试剂用量。[结论]两次点样法简化了试验步骤,节约了试验成本,加速了试验进程,更适用于遗传作图。     

大豆SSR标记PAGE银染方法的改进

比较改进后的两种最常用的银染方法Bassam和Sanguinetti,建立了一种更加行之有效、简便快捷的应用于大豆SSR标记的PAGE银染检测方法。     

沉香属植物基因组DNA提取及SSR反应体系的优化

以白木香为材料,研究沉香属植物基因组DNA提取方法 ,并优化SSR-PCR反应体系。通过改良CTAB法提取白木香叶片基因组DNA,经电泳和吸光度检测。优化影响白木香SSR-PCR主要参数,确立适合沉香属植物的SSR-PCR反应体系和扩增条件:在20μL反应体系中,模板DNA、引物、Mg2+、dNTP和Taq DNA聚合酶等5种主要成分的最适浓度分别为2.5 ng/μL、1μmol/L、2 mmol/L、0.2 mmol/L、1.2 U;并用9份沉香属植物DNA样品对SSR-PCR反应体系验证,能扩增清晰条带。SSR优化系统的建立为进一步利用SSR分子标记技术进行白木香种群及不同地区沉香属种群遗传多样性研究提供基础。     

榛属7种植物与虎榛微卫星测序及分析

为了研究榛属(Corylus)植物种间及与虎榛(Ostryopsis davidiana Decne)间的同源性,利用Sanger 末端终止法测序原理,在Beckman2000测序仪上,对榛属7种植物及虎榛的PCR产物进行了直接测序,并进行了同源性分析.结果表明:欧榛微卫星在榛属植物种间及虎榛属间具有高度的同源性,1个种已开发的微卫星引物可用于近缘种研究,榛属微卫星跨种(属)的转移为SsR分子标记的引物开发设计及利用提供了重要的参考;根据已知序列构建的系统进化树与目前所认知的榛属亲缘关系基本一致,从分子水平上为榛属植物研究提供了依据.