不同方法从大豆不同组织中提取基因组DNA效果的比较

从大豆组织中获得高质量和足够产量的基因组DNA,是进行大豆分子生物学研究的基础.为进行大豆基因组的PCR,RAPD,SSR等分子生物学研究,分别以大豆种子和其叶片为实验材料,采用改良的SDS法和CTAB法对大豆基因组DNA进行了提取.对DNA的提取效果,采用紫外分光光度检测、琼脂糖凝胶电泳分析及DNA的限制性内切酶图谱分析进行了综合比较.结果表明,在以叶片为材料时,SDS法和CTAB法的大豆基因组DNA的提取效果差别不大,SDS法稍好于CTAB法.在以大豆种子为材料时,SDS法的提取效果明显优于CTAB法,SDS法可从大豆种子中提取到能够充分满足各种分子操作的高质量和数量的大豆基因组DNA.     

大麻基因组DNA提取方法的比较与优化

以大麻的幼嫩叶片和风干叶片为材料,分别采用优化的SDS法、CTAB法、高盐低pH法和碱裂解法这4种不同方法提取基因组DNA,并比较提取质量和效率.结果表明,采用4种提取方法,大麻干样叶和鲜样叶均可获得清晰DNA目的条带,鲜样叶基因组DNA纯度和得率的顺序为：SDS法＞CTAB法＞高盐低pH法＞碱裂解法,干样叶基因组DNA纯度和得率的顺序为：高盐低pH法＞SDS法＞CTAB法＞碱裂解法,优化的SDS法适用于大麻鲜样叶基因组DNA提取,而大麻干样叶基因组DNA的提取选用优化的高盐低pH法最适宜.     

一种适于PCR扩增的荞麦DNA大量提取及纯化方法

为满足对大批量材料进行分子标记检测的需要,以荞麦叶片为材料,针对荞麦叶片中黄酮含量高,提取荞麦基因组DNA时采用改良的CTAB方法,该方法提取的DNA经琼脂糖凝胶电泳和检测,获得的DNA条带较亮、无RNA、无拖尾现象;经分光光度计检测获得数据证明酚类、蛋白质较少。利用ISSR引物对提取的荞麦基因组DNA进行PCR检测,能获得清晰稳定的条带,说明该方法提取的荞麦基因组DNA能满足PCR反应的需要。     

2种保存方法对五唇兰基因组DNA提取质量的影响

采用改良CTAB法研究经硅胶干燥法和保鲜法保存的五唇兰叶片DNA降解规律,并比较两种保存方法叶片DNA的保存时间,为叶片的野外远距离采集提供指导。结果显示,采取硅胶干燥法进行保存的五唇兰叶片DNA和SOD以及POD的含量下降迅速,第1天DNA的产率已经下降到65.4 ng/g,ISSR引物可以检测出7条清晰的条带,第2天DNA则降解完全,SOD和POD含量2 d内快速较少,第2天分别降到68%和27%;采取叶片保鲜法保存的五唇兰叶片DNA一周内保存完好,产率较高,为71 ng/g左右,ISSR引物可以检测出7条清晰的条带,7 d之后DNA开始降解,ISSR引物扩增出的条带变得模糊,随着叶片衰老进程的加剧以及叶片开始出现腐烂等性状,DNA降解逐渐加速,第13天降解完全,SOD和POD含量的变化呈现出与DNA产率一致的趋势,先上升后下降,在第9天达到峰值。叶片DNA的降解规律和衰老规律呈现出一致性,离体五唇兰叶片DNA降解主要原因来自于叶片衰老的加剧以及期间产生的有毒物质的积累,野外远距离采集五唇兰叶片可采用保鲜法保存以防止DNA的快速降解。     

大豆叶片DNA提取方法的比较研究

以大豆叶片为材料,对大豆基因组DNA提取方法中若干影响因子如提取液、提取液的浓度、蛋白质去除次数、提取步骤等进行比较研究,试图寻找大豆叶片DNA提取的最佳方法.结果表明,碱裂解法提取速度快,但提取的DNA量少,在SSR分析中,银染效果较CTAB、SDS提取液差,CTAB、SDS提取液均能得到较高质量的DNA;在1%～4%CTAB、SDS提取液浓度下,4%CTAB易使DNA产生降解,但不同浓度提取液提取DNA均可用于SSR分析;提取叶片重量在一定范围内时,随抽提次数减少,DNA浓度增加,纯度下降,但即使用氯仿/异戊醇抽提一次,也能够满足SSR分析的需要;不同提取步骤下,使用氯仿/异戊醇抽提2次后使DNA沉出后再溶解抽提2次和直接抽体4次相比,A260/A280值偏大,但A260/A230值较好.     

小麦TILLING突变体检测中基因组DNA提取方法的优化

为了优化小麦高通量TILLING突变体扫描所需基因组DNA提取的方法,对利用SDS法、改良SDS法、CTAB法、改良CTAB法、AxyPrep DNA提取试剂盒、Qiagen DNeasy Plant Mini Kit试剂盒以及再生Qiagen硅胶柱方法提取的小麦基因组DNA进行了系统比较。结果表明,尽管7种方法所提取DNA的纯度及琼脂糖凝胶电泳检测结果均良好,但再生Qiagen硅胶柱方法、CTAB法和改良SDS法的DNA浓度显著高于其他方法。根据小麦细胞分裂素氧化酶基因1(TaCKX1)的DNA序列设计引物,以新鲜DNA样品用于PCR扩增大于1 000bp的片段时,后4种方法扩增效果优于前3种方法;DNA在-20℃下保存100d后重新进行PCR扩增时,则只有Qiagen试剂盒和再生Qiagen硅胶柱2种方法提取的DNA能扩增出大于1 000bp的片段。采用本实验室与新西兰坎特伯雷大学合作建立的再生硅胶柱与自配提取液提取小麦基因组DNA,既保证了DNA的高质量,又降低了使用试剂盒的成本,为小麦TILLING库的构建及其他相关试验提供了一种经济有效的DNA提取方法。     

彩色甜椒基因组DNA提取方法的优化

以不同颜色的甜椒为试验材料，采用CTAB法、SDS法、ROSE法和氯化苄法提取彩色甜椒基因组DNA。结果表明，CTAB法所提取DNA的质量和纯度较高，以此DNA为模板进行RAPD-PCR分析，DNA扩增效果较好，带形清晰、整齐，说明CTAB法提取的DNA较为完整，能用作RAPD-PCR模板来开展彩色甜椒分子水平的研究。     

快速大量提取甜菜DNA的新方法

以甜菜幼嫩叶片为材料,通过冷冻真空干燥将材料变成干粉,利用CTAB法对DNA提取程序进行了研究,建立了一种简单、快速的甜菜DNA提取程序,既节省时间,又可获得高质量的DNA,可以满足SSR及SRAP扩增的需要。     

橡胶树炭疽病菌Cap20基因的克隆和序列分析

根据鳄梨胶孢炭疽菌Cap20基因序列设计引物,利用同源基因克隆法获得橡胶树胶孢炭疽菌和尖孢炭疽菌Cap20基因,同时进行核苷酸序列、氨基酸序列及聚类分析。结果表明:2种橡胶树炭疽菌的Cap20基因均含2个外显子和1个内含子,编码183个氨基酸;橡胶树胶孢炭疽菌与鳄梨胶孢炭疽菌同源性最高,其核苷酸序列同源性达90.3%,氨基酸序列同源性达98.9%;来自橡胶树的2种炭疽菌Cap20基因序列存在较大差异,其核苷酸水平同源性仅为73.8%,氨基酸水平同源性为79.8%;炭疽菌CAP20和绿僵菌MPL1蛋白结构具有42%的同源性,所含蛋白结构域相似,推测炭疽菌Cap20基因可能与绿僵菌Mpl1基因功能具有相似性。     

基因组DNA快速提取及在转基因大豆检测中的应用

基因组DNA的提取是DNA分子水平研究和检测的重要环节.为补充完善现场检测方法,根据硅膜吸附DNA的特性,结合过滤膜和注射器,开发一种现场快速提取植物基因组DNA的方法.选取大豆、棉花、油菜、玉米、水稻5种主要作物的叶片和种子为样品提取DNA,利用PCR和普通重组酶聚合酶扩增(recombinase polymeras...     

玉米叶片DNA快速提取方法改进研究

分子生物学研究需要大量的DNA样品,DNA的快速提取是提高研究效率的关键。研究比较多种植物DNA的提取方法,对部分实验步骤做了修改,建立了适于玉米叶片DNA微量快速提取的新方法。该方法不仅操作步骤简单、速度快、省时间,而且可以确保提取的玉米基因组DNA有足够的浓度和纯度。利用此方法,在一般实验室条件下每人每天可以提取150～200个DNA样品,一个DNA样品可供50～60次PCR反应使用,DNA 质量可以确保一般的PCR扩增,适用于玉米遗传多样性、分子标记辅助选择、引物筛选和分子标记定位等多种研究目的。     

一种快速微量提取橡胶树胚基因组DNA的方法

为了建立一套快速检测橡胶树早期胚基因组变异情况的微量检测体系,需先建立一种快速微量提取橡胶树胚中基因组DNA的方法。运用CTAB改良法、尿素改良法、SDS法分别对1 mm3橡胶树早期胚进行基因组DNA提取,并对其DNA进行质量检测和PCR验证。结果表明,尿素改良法的DNA提取率高于SDS法和CTAB改良法;样品的DNA适合PCR检测需要。因此尿素改良法是适宜于微量橡胶树胚基因组DNA提取的理想方法。     

Potato cultivar identification using simple sequence repeats markers (SSR)

Summary Identification of potato cultivars is currently based on phenotypic characters. Crop inspections are needed at different stages and the increasing number of cultivars means the process is becoming more and more complex. Molecular markers are a possible complementary tool to identify potato cultivars and to rapidly check the identity of seeds lots. In this study 286 potato cultivars produced in France were characterized by Polymerase Chain Reaction (PCR) using Simple Sequence Repeats (SSR) markers. Sequential amplifications with 4 to 5 of the chosen SSR markers enabled complete discrimination between all the cultivars. The patterns were registered in a database and the procedure is now used routinely in France.     

TILLING技术的形成和发展及其在麦类作物中的应用

TILLING（Targeting induced local lesions in genomes,定向诱导基因组局部突变技术）是一种高通量的等位变异创制和突变体快速鉴定技术,其实质是将传统的化学诱变方法和突变的高效筛选有效结合的反向遗传学研究方法。其技术原理是将传统的酶切技术与PCR技术相结合后采用红外双色荧光系统进行结果鉴定,从而筛选出相应的突变体。传统的TILLING技术主要用于筛选由人工诱导产生的突变体。Ecotilling技术由TILLING技术延伸而来,主要用于鉴定自然界中已经存在的突变体,其与传统的TILLING技术的区别主要为构建DNA池时略有差异。随着该项技术在拟南芥等模式植物中的成功应用,越来越多的人开始将其用于基因组较大的植物之中。本文对近年来TILLING技术在麦类作物中的应用进行了分析,并通过比较不同植物突变体库中的突变频率发现,经EMS处理的小麦等麦类作物突变体库中的突变频率显著高于其他植物,因此相信,TILLING技术将会作为一种常规手段在麦类作物尤其是普通小麦改良中得到越来越广泛的应用。     

香蕉枯萎病菌cyp1基因的克隆与序列分析

为了解亲环素基因(cyp1,其编码亲和蛋白)在尖孢镰刀菌古巴专化型生理小种1号和生理小种4号之间及与其他镰刀菌之间的差异,分析cyp1基因与两生理小种之间的寄主选择性差异的关系,通过比对现有镰刀菌属的亲环素基因序列,设计并合成引物,采用PCR和RT-PCR方法扩增了尖孢镰刀菌古巴专化型生理小种1号和生理小种4号2个生理小种的cyp1基因,并测序进行比较分析,同时对编码蛋白进行了氨基酸序列比对和功能分析。结果表明,2个生理小种cyp1基因全长均为1066bp,开放阅读框均为675bp,编码224个氨基酸,基因序列间差异性为0.8%,编码蛋白间仅存在1个氨基酸的差异;两生理小种的cyp1基因序列与镰刀菌属其他专化型或不同种间存在差异性,与不同属之间其他种间的差异最大达50%,比对蛋白序列发现仅存在0.85%的差异,这进一步证明亲和蛋白在真菌中较保守。从cyp1基因序列及其编码蛋白的氨基酸序列在两生理小种之间的差异性分析结果推测,2个生理小种寄主选择性差异与cyp1基因并无明显对应关系,这为进一步研究cyp1基因功能奠定了基础。     

一种利用菠萝蜜叶片提取高质量DNA 的方法

以菠萝蜜的干胞和湿胞类型的叶片为试材,用CTAB法初提DNA后,经过苯酚-氯仿纯化,并在高盐条件下4℃盐析、离心去多糖,乙醇沉淀,成功地从菠萝蜜叶片中提取出了可用于PCR扩增和限制性酶切分析的高质量DNA,产量在300 ugk 左右。     

碱裂解叶片两步快速制备PCR模板技术研究

广泛采用提取DNA作为PCR模板的方法主要有CTAB和SDS法2种,但步骤烦琐、耗时长。根据Taq酶储存液和PCR反应缓冲液所含K+离子、Cl-离子和Tween-20等成分,以0.05mol/LKOH为强碱裂解物、2%Tween-20为稳定剂配制碱裂解液,以0.05mol/L三羟甲基氨基甲烷盐酸(Tris-HCl)和2mmol/LEDTA为中和液,经加热裂解和中和两步制备PCR模板。以甘蔗叶片为材料,用新鲜配制含KOH和Tween-20的裂解液,将适量叶片放入一定体积的裂解液中加热裂解,再中和,形成裂解混合物。直接以裂解混合物为模板,甘蔗内源基因为靶基因,在优化KOH裂解浓度、模板体积、加热裂解时间以及添加适量聚合酶稳定剂的情况下,PCR反应稳定,重复性强。以有代表性的单子叶和双子叶植物叶片为材料,经过多种内源基因PCR反应的反复验证,证实了这种方法的广泛适用性。该方法通过两步制备PCR模板,无需DNA提取过程,使用材料少,可以实现活体PCR检测,为遗传分析和分子诊断提供简便、快速和高效的分析方法。     

Genetic variation of wild rice populations from Thailand and the Lao PDR based on molecular markers

The two wild rice species, Oryza rufipogon and O. nivara, which inhabit Thailand and the Lao PDR, are threatened with the loss of their natural habitats. The losses are primarily attributable to human intervention. Before this process advances, it is crucial to obtain basic information on the genetic variations of these species, so important knowledge about the current status of genetic variability. In this study, genetic variation within and between fourteen natural populations of the two populations from Thailand and Lao PDR was investigated at the DNA level by analysis of Polymerase Chain Reaction (PCR) mediate molecular markers. The results illustrated that wild rice from Thailand carried deletion (D) type ORF 100, but deletion and non-deletion type (ND) were found in wild rice samples from the Lao PDR. Five different plastid subtypes (7C7A, 6C8A, 7C6A, 6C7A and 9C7A) were found in the collected samples. Both polymorphism and pattern of distribution of p-SINE1-r2 in the two wild rice species were found among the populations. These data indicated that genetic variation existed in these natural populations of wild rice, suggesting that the strategies should be developed that are conducive to the conservation of wild rice in its natural environment.     

Assessment of genetic diversity of Xanthomonas oryzae pv. oryzae

Bacterial blight of rice, caused by Xanthomonas oryzae pv. Oryzae(Xoo. ), is one of the major rice diseases in China. Making clear the shift of genetic diversity of the pathogen will provide important information for rice breeding. Strains collected from 11 provinces located in Southern region of the Changjiang River in China were assessed by using inoculation method and IS-PCR(Insertion Sequence-Based Polymerase Chain Reaction) analysis.     

橡胶树体胚遗传转化中早代转化胚状体的PCR鉴定

橡胶树体胚遗传转化体系已成功建立,但抗性胚状体的循环增殖可获得大量抗性胚状体的同时,其后期的继代工作繁重.本文对橡胶树基因组DNA的CTAB提取方法进行了优化,同时筛选出了适合PCR检测的胚块重量.文中建立的胚块DNA的CTAB提取方法及筛选出的1～3mg重的胚块提取的DNA量均可满足早代胚状体PCR分析鉴定,且PCR鉴定结果与胚块的GUS染色结果吻合.该方法可用于橡胶树体胚遗传转化抗性胚状体早代筛选.