我国农区及农牧交错区绵羊与蒙古羊遗传分化研究

采用中心产区典型群随机抽样方法和多种电泳技术检测小尾寒羊、滩羊编码血液蛋白16个结构基因座上的变异，与蒙古国蒙古羊、我国湖羊和同羊的相同资料进行比较分析，探讨其遗传分化关系。除Alp和X-p，结构基因座的基因遗传分化程度均低于7．3417％，群体间遗传差异占5．3705％。标准遗传距离、模糊聚类分析表明，湖羊、同羊、小尾寒羊和滩羊与蒙古羊亲缘关系逐渐疏远。遗传贴近度是否适合用于受研究群体和已知其始祖的现代群体之间的比较有待进一步验证。从结构基因座方面进一步证实小尾寒羊、滩羊的蒙古羊属性，揭示了5个绵羊群体之间的部分遗传差异。     

利用微卫星标记对六个羊群体性的研究

采用中心产区典型群随机抽样方法采集了67只洼地绵羊样品,并用PCR-PAGE电泳技术检测了其7个微卫星位点(oarFCB11,oarFCB128,oarFCB48,oarFCB304,MAF33,MAF70和oarAE101)的遗传多态性,同时引用了小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊及长江三角洲白山羊(参照群体)相同资料进行群体遗传关系分析。研究结果表明:7个微卫星标记在洼地绵羊、小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊及长江三角洲白山羊6个品种中均存在多态性,可以用于绵羊群体遗传多样性的评估;7个微卫星标记在6个群体中的多态信息含量、平均有效等位基因数和平均杂合度分别为0.9182、13.9839、0.9511、0.9250、14.5013、0.9579、0.9157、12.9416、0.9446、0.9249、15.1723、0.9639、0.8835、10.0377、0.9333、0.8880、12.5156、0.9550、0.9078、12.1543、0.9389,其中oarFCB304遗传变异最大,oarAE101最小;6个绵(山)羊群体中小尾寒羊和洼地羊的遗传变异较大,对照群体(山羊)最小。通过计算DA距离和DS标准遗传距离,采用非加权配对算术平均法(UPGMA)绘制聚类图,得出洼地羊先和小尾寒羊聚为一类,然后和滩羊合并为一类;同时湖羊和同羊聚为一类;绵羊五个品种为一类后与山羊合并为一类。     

我国主要地方绵羊品种遗传亲缘关系

利用 10种 10碱基的随机引物 ,分析了我国 8个地方绵羊品种计 88只绵羊的随机扩增多态 DNA。结果表明 ,我国地方绵羊品种基因组 DNA多态位点百分率为 81.36 % ,群体平均遗传多样性指数为 1.3370 ,具有丰富的群体遗传多样性。但滩羊、小尾寒羊、藏绵羊和蒙古羊群体遗传多样性程度较低 ,应加强保种措施。群体遗传分化指数为0 .9172 ,说明遗传变异主要存在于群体间。品种间的分子聚类关系基本上反映了品种间的遗传亲缘关系 ,与品种的形成历史及我国地方绵羊的起源进化学说基本一致 ,具有相同来源的蒙古羊、乌珠穆沁羊、小尾寒羊和湖羊的分子聚类关系表明 ,4个地方绵羊品种间已经有了明显的遗传分化 ,小尾寒羊、乌珠穆沁羊间遗传分化较低 ,湖羊与蒙古羊之间相对较高 ,而小尾寒羊和乌珠穆沁羊与湖羊和蒙古羊之间的遗传分化最高     

利用微卫星标记对六个羊群体性的研究

采用中心产区典型群随机抽样方法采集了67只洼地绵羊样品，并用PCR—PAGE电泳技术检测了其7个微卫星位点（oarFCB11，oarFCB128，oarFCB48，oarFCB304，MAF33，MAF70和oarAEl01）的遗传多态性，同时引用了小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊及长江三角洲白山羊（参照群体）相同资料进行群体遗传关系分析。研究结果表明：7个微卫星标记在洼地绵羊、小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊及长江三角洲白山羊6个品种中均存在多态性，可以用于绵羊群体遗传多样性的评估；7个微卫星标记在6个群体中的多态信息含量、平均有效等位基因数和平均杂合度分别为0．9182、13．9839、0．9511、0．9250、14．5013、0．9579、0．9157、12．9416、0．9446，0．9249，15．1723，0．9639，0．8835，10.0377，0.9333，0.8880，12.5156，0.9550，0.9078、12．1543、0．9389，其中oarFCB304遗传变异最大，oarAEl01最小；6个绵（山）羊群体中小尾寒羊和洼地羊的遗传变异较大，对照群体（山羊）最小。通过计算DA距离和DS标准遗传距离，采用非加权配对算术平均法（UPGMA）绘制聚类图，得出洼地羊先和小尾寒羊聚为一类，然后和滩羊合并为一类；同时湖羊和同羊聚为一类；绵羊五个品种为一类后与山羊合并为一类。     

东亚和南亚固有绵羊群体X-蛋白等位基因特有频率分布的研究

本研究利用单向水平板淀粉凝胶电泳以我国5个固有地方绵羊品种包括湖羊（Hu）、同羊（Tong）、滩羊（Tan）、小尾寒羊（Han）、洼地羊（WD）为研究对象对X-蛋白遗传多样性进行了检测,并引用我国周边国家、地区绵羊品种为分析背景。结果表明以喜马拉雅山脉为界的亚洲东部和南部的北部群体和南部群体在编码的X（＋）型的显性等位基因X频率上存在极显著差异（P〈0．01）。北部检测的群体中X等位基因频率范围为0～0．18,平均值为0．0878,包括属于藏羊和蒙古羊系统的小尾寒羊（Han）、不丹羊（Bhutan）、同羊（Tong）、湖羊（Hu）、滩羊（Tan）、洼地绵羊（WD）、Bhyanglung绵羊（Bhy）、Baruwal绵羊（Bar）、云南绵羊（Yunnan）、哈拉和林绵羊（Kh）和乌兰巴托绵羊（Ub）。南部检测的群体中X等位基因频率范围为0．2037～0．4655,平均值为0．3082,包括属于印度绵羊系统的孟加拉国绵羊（Ban）、Kagi绵羊（Kagi）、Lampuchhre绵羊（Lamp）、越南占部落绵羊（Cham）和缅甸绵羊（Mya）。本研究揭示X等位基因可作印度绵羊的标记,在绵羊群体尤其是亚洲东部和南部绵羊系统形成的研究中具有潜在的重要作用。     

我国6个绵(山)羊群体遗传分化的微卫星分析

为进一步了解我国绵(山)羊群体的品种特性及其遗传分化,本文利用微卫星标记对我国6个绵(山)羊群体遗传分化进行了分析。采用中心产区典型群随机抽样方法用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测乌珠穆沁羊7个微卫星位点,并引用同实验室小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊、长江三角洲白山羊(参照群体)的相关资料进行群体遗传分化水平分析。研究表明:7个微卫星位点在乌珠穆沁羊、小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊、山羊这6个品种中均存在遗传多态性,各座位等位基因均较丰富。根据标准遗传距离、DA遗传距离以及模糊相容关系进行聚类分析,湖羊与同羊首先聚为一类,乌珠穆沁羊和小尾寒羊聚为一类,然后与滩羊聚为一类,5个绵羊品种最后与山羊相聚。     

基于酶切的简化基因组测序在绵羊品种进化关系研究中的应用

以基于酶切的简化基因组测序技术对3个绵羊品种(滩羊(TY)、蒙古羊(MGY)、湖羊(HY))进行测定,通过序列比较发现品种间存在SNP,在分析品种群体遗传参数的基础上,建立系统发生树。结果表明,滩羊的SNP位点平均数为24 008个,湖羊SNP位点平均数为23906个,蒙古羊SNP位点平均数为23 306个。系统发生树分析表明,3个绵羊群体未能明确分类。基于个体间的SNP差异程度,利用PCA分类成2个亚群,蒙古羊和湖羊聚为一类,滩羊单独为一类。通过样本的群体结构,推翻了3个绵羊群体来自于同一祖先的说法。品种之间存在大量的SNP,该研究为地方绵羊识别和进化提供依据。     

7个绵羊群体形态及生态特征的主成分分析

 以7个绵羊群体（内蒙古苏尼特羊、内蒙古乌冉克羊、滩羊、大尾寒羊、小尾寒羊、同羊、湖羊）的体尺、形态及生态特征指标为研究对象,进行数据统计分析,确定主成分,得到主成分值, 再以主成分值进行样品系统聚类,探讨群体间的遗传分化。结果表明: 选取累计贡献率达到85%时的3个特征值作为主成分,将7个绵羊群体按其生存环境的降水量分为两大类,内蒙古苏尼特羊、内蒙古乌冉克羊和滩羊生活在较干旱地区,大尾寒羊、小尾寒羊、同羊以及湖羊生活在较湿润地区。因此,在畜禽品种区域分类上,生态因子是一个重要因素。     

洼地绵羊与四个羊种分子遗传标记的比较研究

采用RAPD技术，利用混合基因池(DNA pool)法，对洼地绵羊、小尾采羊、大尾寒羊、滩羊和鲁北白山羊进行了遗洚相关分析。其中洼地绵羊与大尾寒羊间的遗传距离为0．0560，与小尾寒羊的遗传距离为00678，与滩羊的遗传距离为0.1266，而与鲁北白山羊的遗传距离为0．3607。可以认为洼地绵羊、小尾寒羊、大尾寒羊、滩羊有共同的原始祖先，均是由蒙古羊在不同的生态条件下，经过长时期的自然选择和人工选择而形成的地方优良品种。根据遗传距离做出了它们之间的聚类图。同时在分析过程中发现，洼地绵羊、小尾寒羊、大尾寒羊和鲁北白山羊均出现了具有品种特征的特异性条带。可以作为各自的分子标记来进行品种鉴定。     

线粒体DNA ND4基因在绵羊群体中的多态性研究

为了分析线粒体DNA ND4基因在3个绵羊群体中的多态性,试验采用PCR扩增与基因测序的方法,以宁夏地方品种滩羊、小尾寒羊和蒙古羊为研究对象,利用已发表的羊ND4基因全序列设计特异性引物。结果表明:ND4基因在绵羊群体中具有多态性,扩增的目的基因序列长度为268 bp。     

乌珠穆沁羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性（SNP）。结果未发现多态。测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明：绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%。提示：为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据。     

成年滩羊和小尾寒羊皮肤毛囊差异表达miRNA的筛选

为比较miRNA在小尾寒羊和滩羊皮肤毛囊中的表达差异,本研究利用高通量测序技术分析了成年滩羊(TY_1)和小尾寒羊(XWHY_1)皮肤毛囊组织中miRNAs的表达谱,在2个品种绵羊皮肤毛囊组织中共鉴定出561个miRNAs,其中包括138个已知和423个新发现的miRNAs。鉴定出的miRNAs进行表达量差异分析发现,在TY_1与XWHY_1共筛选到63个上调和16个下调的miRNAs。对差异表达miRNA靶基因预测后与基因本体数据库(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)比对,分别获得靶基因的注释信息为3 886个和4 449个。GO统计发现,差异表达miRNA的靶基因主要参与代谢过程、催化活性、细胞进程和细胞组分等;而KEGG通路分析表明,4 449个靶基因富集到113个信号通路上,其中在嘌呤代谢、内吞作用和糖酵解/糖异生等信号通路上富集显著。综上,在小尾寒羊和滩羊皮肤毛囊中筛选到的差异表达miRNA可能通过调控其靶基因最终参与了绵羊皮肤毛囊的发育。     

Polymorphism of MyoG Gene Exon 1 and Its Association Analysis with Meat Quality Traits in Sheep

Myogenin (MyoG) gene plays a central regulatory role in the process of muscle cell differentiation, which directly affects meat production capacity of animal. In this study, 6 sheep varieties including Large-tail Han sheep, Small-tail Han sheep, Yuxizhiwei sheep, Lanzhou fat-tailed sheep, Mongolia sheep and Tong sheep were selected as experimental materials to detect the polymorphism of MyoG gene exon 1 by non denaturing polyacrylamide gel electrophoresis, and analyze the association analysis between the polymorphism of MyoG gene exon 1 and meat quality traits in sheep. The results showed that 2 alleles (A, B) and 3 genotypes (AA, BB, AB) were detected in MyoG gene exon 1 of six sheep populations. The A allele frequency in Small-tail Han sheep, Large-tail Han sheep, Yuxizhiwei sheep, Lanzhou fat-tailed sheep, Mongolia sheep and Tong sheep were 0.5167, 0.2500, 0.4375, 0.6500, 0.5750 and 0.7125, respectively, the B allele frequency of six sheep populations were 0.4833, 0.7500, 0.5625, 0.3500, 0.4250 and 0.2875, respectively. MyoG gene exon 1 mainly affected the moisture and color of mutton, the moisture content of BB genotype was significantly higher than that of AB genotype (P< 0.01) and AA genotype (P< 0.05). The color of AB genotype was significantly higher than that of BB genotype (P< 0.01) and AA genotype (P< 0.05).     

绵羊MyoG基因外显子1的多态性及其与肉质性状的关联分析

肌细胞生成素（myogenin,MyoG）基因在肌细胞分化过程中起着中心调节作用,直接影响着动物的产肉能力。本研究以大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、兰州大尾羊、蒙古羊、同羊6个绵羊品种为试验材料,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测MyoG基因外显子1的多态性,并与绵羊的肉质性状进行关联分析,探讨MyoG基因外显子1对绵羊肉质性状的影响。结果表明,MyoG基因外显子1在6个绵羊群体中均检测到3种基因型（AA、BB、AB）和2个等位基因（A、B）,在小尾寒羊、大尾寒羊、豫西脂尾羊、兰州大尾羊、蒙古羊、同羊群体中检测到MyoG基因外显子1的A等位基因频率分别为：0.5167、0.2500、0.4375、0.6500、0.5750和0.7125,MyoG基因外显子1的B等位基因频率分别为：0.4833、0.7500、0.5625、0.3500、0.4250和0.2875。MyoG基因外显子1主要对羊肉的水分和色泽有影响,主要表现为BB基因型水分极显著高于AB基因型（P< 0.01）,显著高于AA基因型（P< 0.05）;AB基因型的色泽极显著高于BB基因型（P< 0.01）,显著高于AA基因型（P< 0.05）。     

中亚以东南绵羊群体亲缘血统判别式的研究

在将中亚以东南绵羊群体划分为“蒙古羊”、“南亚羊”和“欧洲羊”三大集团的既有研究结论的基础上,论证了这一广阔地域的血统两个判别式;以10个群体10个基因座33个等位基因频率为例对这两个判别式进行验证。根据遗传贴近度的思想确定判别式2为最理想的判别式。以该式判别一个未知群体的血统是否符合已知的畜牧学逻辑,结果肯定判别式2定义的遗传贴近度是中亚以东南绵羊群体血统判别的可靠依据,可以反映湖羊、同羊和云南绵羊的血统育成过程。该式也适用于其它层次的遗传标记。     

东亚近海大陆绵羊群体遗传分化研究

采用中心产区典型群随机抽样方法在山东省济宁市抽取小尾寒羊60只，应用电泳技术检测了11个编码血液蛋白的结构基因座，引用东亚近海大陆的4个绵羊群体的相关资料进行遗传分析。研究表明：(1)5个群体哈拉和林绵羊、乌兰巴托绵羊、小尾寒羊、湖羊、占部落绵羊的基因平均杂合度分别为0．3742、0．3565、0．3184、0．3620和0．2473；(2)前人关于小尾寒羊和湖羊都是由蒙古羊分化而来的考证得到遗传学实验的进一步证明；(3)越南占部落绵羊与山东小尾寒羊关系最近；(4)小尾寒羊、湖羊和占部落绵羊受蒙古羊血统的影响递减。     

滩羊和湖羊背最长肌全基因组甲基化差异分析

本研究旨在通过不同品种绵羊背最长肌的全基因组甲基化差异分析,鉴定差异甲基化区域（DMR）和差异甲基化基因（DMG）,为解析绵羊骨骼肌发育差异奠定基础。采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术开展了周岁龄滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组DNA的甲基化水平检测和差异甲基化区域分析,探讨品种间DNA甲基化水平的差异。结果显示,全基因组范围内滩羊、湖羊和滩湖F2代胞嘧啶（C）甲基化（mC）率分别为3.55%、3.18%和3.56%,3个群体的甲基化水平基本一致。对滩羊和湖羊的甲基化水平进行比较,在不同序列环境下共检测到97 731个DMRs和10 784个DMGs。在CG、CHH、CHG序列环境下3个群体甲基化水平无显著差异。对DMGs通过基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）分析,共检测到419个GO条目和20个信号通路,显著富集在细胞过程、细胞组分、结合、长期抑制等相关条目中。筛选出5个与肌肉调控有关的候选基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究绘制了滩羊、湖羊和滩湖F2代全基因组甲基化图谱,为表观遗传调控肌肉发育研究和肉质候选基因的筛选提供理论参考。