玉米SSR分子标记技术操作流程研究进展

SSR分子标记是一种基于PCR技术的分子标记技术,以其多态性高、共显性遗传、检测简单等优点在玉米品种鉴定、杂种优势类群划分等方面有广泛的应用。DNA提取、PCR扩增、产物检测是玉米SSR分子标记的技术流程的重要环节。尽管出现了一些能够整合SSR标记流程几个环节甚至是整个流程的实验设备,但这样的仪器常常本身价格昂贵,实验药品、耗材等成本也很高。因此,近年来,科研人员对玉米SSR分子标记技术流程各步骤进行大量的优化和改进,使实验过程更加简化、高效。为此综述了玉米SSR分子标记技术流程的DNA提取、PCR扩增、产物检测3个关键环节,分析认为这一技术流程的发展体现了实验试剂集成化、实验操作标准化、实验流程自动化的总体趋势。     

3种PCR程序扩增甜菜SSR及InDel标记的比较

本研究旨在扩增出条带清晰、非特异性条带少的SSR/InDel标记产物。选择来自6个国家的12份不同基因型甜菜品种,利用SSR及InDel两种标记方法,Touch-down PCR、梯度PCR及常规固定退火温度PCR三种反应程序扩增产物。通过比较扩增产物的多态性、稳定性、清晰度选择适合两种分子标记方法的PCR反应程序。结果表明:Touch-down PCR法可以通过一次反应即顺利扩增出带型清晰,无无效带,扩增效果稳定的样本产物。梯度PCR法扩增结果不稳定,有非特异性条带出现并且弥散现象严重。固定退火温度PCR扩增结果因引物不同而差异较大,同时伴有弥散现象。Touch-down PCR扩增产物特异性,稳定性均高于梯度PCR及固定退火温度PCR,且较梯度PCR法省略了摸索最适退火温度的过程。因此,推荐使用Touch-down PCR程序进行甜菜SSR与InDel分子标记法研究。     

SSR、SFP、InDel和ILP标记在不同抗瘟性水稻品种中的应用比较

利用SSR、SFP、InDel和ILP标记对水稻品种进行通用性分析,明确其PCR扩增的有效性和多态性,以期为分子标记辅助选择的应用效果评价奠定基础。结果表明:选用1678对标记对TY和CO39进行PCR扩增,有扩增产物的标记为1578对,扩增产物率为94.04%,其中,两亲本间共检测到133对多态标记,多态检出率为10.34%。4种分子标记间比较发现,SSR标记具有数量多、染色体覆盖度广等特点,而ILP标记的多态检出率最高,达28.90%,分别是SSR、SFP和In Del标记的2.79、4.77、1.47倍。因此,在水稻育种实践中,将SSR和ILP标记结合用于基因型筛选,可以提高选择效率,加快育种进程。     

ISSR分子标记及其在植物分子生物学中的应用

ISSR分子标记是在PCR基础上发展起来的一种DNA多态性检测技术。其基本原理就是在SSR的3’或5’端锚定1~4个核苷酸,然后对反向排列SSR间的一段DNA进行PCR扩增,而不是扩增SSR本身。ISSR分子标记通常为显性标记,呈孟德尔式遗传,具有简便、快速、稳定、DNA多态性高等优点。目前,在植物遗传多样性、系统发育、品种鉴定、基因定位、遗传作图等研究中已得到广泛的应用。     

ISSR分子标记及其在植物研究中的应用

ISSR(inter simple sequence repeat)分子标记是一种以微卫星序列为引物,进行多位点PCR扩增的技术.ISSR技术简易、快捷,同时兼备AFLP(扩增酶切片段多态性)、SSR(简单序列重复)和RAPD(DNA随机扩增多态性)等分子标记方法的优点.引物设计无需预知基因组序列,只要是目标区域的长度在可扩增范围内,就能扩增出微卫星重复序列间的DNA片段.ISSR标记以其高多态性,已被广泛应用于种质收集、品种鉴定、遗传多样性、系截系、遗传作图、基因定位、标记辅助选择、预测基因组SSR基序的丰度以及SSR引物开发等研究.本文对ISSR技术及其在植物研究中的应用进行全面的概述.     

水稻非对称混合样品中非优势DNA模板SSR标记的PCR检测

利用DNA混合池筛选分子标记可以大大提高检测效率,来自不同亲本的模板DNA的浓度一旦相差悬殊,可能影响PCR扩增结果。本文对不同稀释浓度和混合比例的模板DNA进行SSR标记的PCR扩增。结果表明,单一模板不同稀释倍数的影响不明显,但不同模板DNA竞争造成非对称混合样中非优势模板扩增量的明显降低。对于扩增效果较好的SSR标记而言,模板浓度比为1 ：7时仍可检测到低浓度模板的扩增产物。     

棉花SSR多重PCR技术的初步研究和利用

简单重复序列(simple sequences repeat,SSR)具有数量丰富、高度多态、共显性等优点,是一种极具实用价值的标记,目前已成为研究种质资源遗传多样性、基因组作图的首选标记.SSR多重PCR扩增法可同时完成多个标记检测,具有高效、经济、快捷的特点,并保持了单一SSR引物扩增的高度敏感性和准确性.本文选取6对SSR引物,配成三组SSR两重PCR反应,并设置五种不同反应体系以探索PCR反应体系对其影响,以单一引物PCR扩增为对照,对用于构建亚洲棉(Gossypium arboreum)遗传图谱所用的亲本、F1及F2群体单株的DNA模板进行多重PCR探索、分析;另外,在扩增产物的电泳检测时,结合银染技术,试验了单一引物PCR扩增产物在同一泳道同时上样和先后分时上样的两重检测的方法,以期对这种方法进行多态性位点检测的效果进行评价.结果表明,即使采用与单一引物PCR相同的反应体系,两重PCR扩增也可获得与之相同的多态性产物;而两重检测法的结果亦显示出与相应的单引物检测到的相应的多态性位点,能准确反映单引物所能达到的检测效果,因而为SSR的多重PCR和扩增后多重检测的技术在高效的遗传图谱构建工作中进一步应用提供实验依据.     

基于油楠(Sindora glabra)转录组测序的SSR分子标记的开发

油楠(Sindora glabra)作为极具开发潜力的能源植物,在分子水平上的研究仅局限于ISSR分子标记。本研究利用Trinity软件对油楠转录组数据进行组装,共得到总长为48307806 bp的283998条Unigenes。利用MISA软件寻找到97443个含有SSR的重复基元。SSR位点中主要重复序列为单核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的67.68%和22.56%,其次是三核苷酸,占8.54%。利用Primer 3.0设计引物,并从中随机选择200对引物进行PCR扩增,其中有13对扩增出清晰条带,多态性高,重复性好。油楠SSR分子标记的开发对于研究其遗传多样性、重要性状基因定位及分子标记辅助选择育种等起到重要的推动作用。     

梨品种SSR分子鉴定体系的建立及应用

为了建立梨品种鉴定的分子标记技术体系,本研究以主栽梨品种和育成的梨新品种为试材,开展了梨品种SSR分子标记鉴定体系试验.通过PCR产物的毛细管电泳检测,从200个SSRs中筛选出扩增稳定、多态性高、退火温度较一致的13个SSRs,并将这13个SSRs在68个梨品种上进行扩增,共获得110个等位基因,平均每个SSR的扩增等位基因数为8.46个.13个SSRs的多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.53～0.88,平均PIC值为0.72.用CH02d1ob、CH02b10、NH009b、NH203a、NH013a和NH031a 6个SSR标记能将68个梨品种全部区分开.其中,CH02d1ob、CH02b10和NH009b 3个标记可以区分60个梨品种.本研究建立的SSR分析技术得到了3家检测机构的验证.因此,该SSR分子鉴定体系具有高效性和稳定性的特点,可用于梨的品种鉴定.     

微卫星荧光标记基因分型实验误差控制

分子标记基因分型误差对研究结果的影响越来越为研究者们所关注。本研究以茄子（Solanum melongena L.）野生和栽培类群为研究材料,从微卫星荧光基因分型中PCR扩增实验体系和荧光标记判读两个环节控制实验的误差率,总结出一套简便、快速的微卫星分子标记PCR扩增实验优化流程;并且,针对微卫星荧光标记基因分型中存在的各种误差,提出相应的分析方法和检测方案,为利用微卫星分子标记技术的研究提供实验操作依据和数据处理参考。