血清1型和3型鸭甲型肝炎病毒二重RT-PCR检测方法的建立

根据鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)的基因序列,设计了2对特异性引物,分别建立检测鸭甲型肝炎病毒血清1型(DHAV-1)和鸭甲型肝炎病毒血清3型(DHAV-3)的RT-PCR方法。通过对PCR扩增条件优化建立了鉴别血清1型和血清3型DHAV的二重RT-PCR检测方法,DHAV-1和DHAV-3目的片段大小分别为751bp和448bp,而且对其他禽病病原的PCR扩增结果均为阴性。敏感性试验表明该检测方法最低检测量为10 pg的DHAV-1和8 pg的DHAV-3模板。因此,本研究建立的二重RT-PCR检测方法可用于DHAV-1和DHAV-3感染的临床样品的快速鉴别诊断。     

鸭肝炎病毒基因CRT-PCR快速检测型和A型一步法双重方法的建立和应用

根椐GenBank中已发表的基因C型鸭肝炎病毒(DHV-C)和基因A型鸭肝炎病毒(DHV-A)2种病毒基因序列,分别设计2对特异性引物。在建立2种病毒单项一步法RT-PCR检测方法的基础上,优化一步法双重RT-PCR反应条件,建立了2种病毒的一步法双重RT-PCR检测方法,用这2对引物对同一样品中的DHV-C、DHV-A核酸模板进行一步法双重RT-PCR扩增,结果可同时扩增DHV-C的270bp和DHV-A的479bp的特异性片段,而对其他4种鸭源病原的扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该方法能检出10 pg的DHV-C和10 pg的DHV-A模板。通过对68份临床病料检测,将建立的一步法双重RT-PCR技术和单项一步法RT-PCR方法进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为100%。表明建立的一步法双重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、准确的特点,可用于对DHV-C和DHV-A的同时检测和鉴别诊断。     

鸭甲型肝炎病毒1型与3型双重TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

旨在建立一种针对鸭甲肝病毒1型（DHAV-1）和鸭甲肝病毒3型（DHAV-3）的高效快速、高灵敏度和高特异性的双重TaqMan实时荧光定量PCR （q-PCR）检测方法并应用于临床疑似样品检测。根据DHAV-1和DHAV-3的VP1基因保守区域,分别设计合成了2对特异性引物和探针,在此基础上建立并优化了双重TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果显示：优化后标准曲线的相关系数（R²）均在0.999以上,扩增效率（E）在105%~110%,其组内变异系数（i-CV）与组间变异系数（c-CV）均在0.77%以下。运用双重q-PCR方法对不同稀释度的混合质粒与病毒核酸进行检测,结果表明,建立的双重TaqMan q-PCR特异性高;同时检测DHAV-1和DHAV-3的灵敏度均可达10个拷贝,分别是常规PCR方法的1 000倍和100倍。对40份来自苏中、苏北地区的疑似鸭肝炎病毒感染的鸭组织病料进行检测,结果表明,q-PCR方法检出36份阳性病料,阳性率为90%;而常规PCR方法未能检出高Ct值的样品,阳性率为72.5%（29份阳性病料）。建立的双重TaqManq-PCR检测方法为DHAV-1与DHAV-3的临床样品检测提供了高效、灵敏、特异的工具,推动了临床分子流行病学调查及病毒定量分析等研究。     

3型鸭甲型肝炎病毒逆转录环介导等温扩增技术快速检测方法的建立

为建立一种3型鸭甲型肝炎病毒(DHAV-3)的快速检测方法,本研究针对DHAV-3 VP1基因序列中的8个不同区段设计了3对特异性引物,并对反应体系进行优化,通过加入羟基萘酚蓝(HNB)实现对反应结果的可视化观察,建立了检测DHAV-3的逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)方法,采用已建立的方法对人工感染雏鸭的血清样品和病死鸭肝组织样品提取的核酸进行了检测。结果显示,该方法仅对DHAV-3的RNA进行扩增,而对1型鸭甲型肝炎病毒(DHAV-1)以及鸭常见的病原RNA均无扩增反应;可以检测出10拷贝/μL的DHAV-3 RNA,其敏感性为RT-PCR的1 000倍;最低能够检测到相当于1.1个DELD50的DHAV-3;能够检测到人工感染雏鸭血清和病死鸭肝组织中的DHAV-3;上述结果表明该方法能够特异、灵敏、快速地检测DHAV-3,而且使用方便。     

检测鸡新城疫病毒和鸡传染性支气管炎病毒双重RT-PCR的建立与初步应用

为了快速检测临床样品中新城疫病毒(NDV)和鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的混合感染,根据NDV的F基因和IBV的N基因保守序列分别设计了2对特异性引物,优化双重RT-PCR反应条件,建立了可同时检测NDV和IBV的快速双重反转录PCR(RT-PCR)诊断方法。敏感性试验表明,此方法对NDV和IBV的RNA最小检出量分别为0.014 3和0.013 6ng;NDV的扩增片段大小为459bp,IBV的扩增片段为282bp。对其他病毒如IBDV、AIV和EDSV的检测结果均为阴性,表明此方法具有较好的特异性。对58份临床疑似样品进行检测,NDV和IBV的阳性率分别为44.82%和31.03%,NDV和IBV混合感染率为20.68%,表明本研究建立的NDV与IBV双重RT-PCR检测方法,可用于临床发病病料中NDV和IBV混合感染的快速鉴别诊断。     

鸭甲型肝炎病毒3型和鸭圆环病毒双重荧光定量PCR检测方法的建立

为建立同时检测鸭甲型肝炎病毒3型（DHAV-3）和鸭圆环病毒（DuCV）的双重荧光定量PCR方法，试验根据NCBI中收录的DHAV-3 VP1和DuCV cap基因序列，分别设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针，建立了同时检测DHAV-3和DuCV的双重荧光定量PCR，对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评估，并采用该方法对临床样品进行检测。结果显示：建立的方法不与其他常见鸭病原发生交叉反应，对DHAV-3和DuCV的检测灵敏度分别为3.8 copies/μL和7.3 copies/μL，批内和批间变异系数均小于2%，从65份临床样品中分别检出DHAV-3和DuCV阳性样品11份和28份，与现有地方标准符合率分别为95.4%和90.8%。研究表明，建立的双重荧光定量PCR特异性强、敏感性高、重复性好，可用于DHAV-3和DuCV的快速检测。     

猪圆环病毒2型和3型双重PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立一种鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV-3)和3型(PCV-3)的方法,本研究根据GenBank中PCV-2、PCV-3基因序列分别设计合成特异性检测引物,经过双重PCR反应条件的优化,建立了鉴别检测PCV-2和PCV-3的双重PCR方法。该方法对PCV-2、PCV-3、PCV-2/PCV-3混合物可分别扩增出300 bp、518 bp、300 bp和518 bp的特异性条带,检测PRV、PPV、PRRSV、CSFV、TGEV、PEDV均为阴性,对PCV-2/PCV-3混合物的检测灵敏度达2.1 ng DNA,与PCV-2和PCV-3单项PCR方法的符合率均为100%。该方法在检测136份临床病料样品的应用中,PCV-2阳性率达23.53%(32/136),PCV-3阳性率达18.38%(25/136),PCV-2/PCV-3混合感染率达7.35%(10/136),说明青海省部分地区猪群中存在PCV-2、PCV-3的流行,且存在PCV-2和PCV-3的混合感染。表明该双重PCR具有良好的特异性、敏感性、重复性、准确性和临床适用性,可以用于临床病料中PCV-2和PCV-3的快速低含量鉴别检测,将为PCV-2和PCV-3感染的临床鉴别诊断和流行病学监测提供了一种简便适用的方法,为我国猪圆环病毒病的综合防控提供技术支持。     

一步法RT-PCR检测禽呼肠孤病毒的研究

根据已发表的禽呼肠孤病毒（ARV）S1133株S1基因序列，设计合成了一对扩增跨幅为532bp的引物。这对引物对ARV标准株，分离株以及人工感染SPF鸡跗关节组织抽提的核酸进行一步法RT-PCR扩增，即将反转录和PCR反应在一个PCR反应管中一次性完成。结果该方法对ARV4个标准株和5个分离株的扩增均获得了与预期大小一致的RT-PCR产物，而对照样品的扩增全为阴性；该方法最低可检测到0.16ng的ARV RNA，还可以直接从感染鸡关节组织抽提的核酸中检测到ARV RNA，表明该一步法RT-PCR对于ARV的检测是可行的。     

猪流行性腹泻病毒变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法的建立及临床应用

为了建立一种快速鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株的病原学方法和掌握洛阳市PEDV变异毒株的流行规律,试验根据GenBank中PEDV变异毒株的特异性序列设计引物,通过优化退火温度、模板添加量、引物添加量建立PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法,并分析了该方法的特异性、敏感性和重复性;同时应用该方法检测采集自洛阳市的251份临床样品,并对不同地区、不同年份、不同养殖模式的检测结果进行比较分析。结果表明：优化后的退火温度为51℃,模板添加量为5μL,引物添加量为0.5μL;该方法对PEDV变异毒株能够扩增出550 bp特异性条带,而检测的PEDV经典毒株、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(RV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)均为阴性;对PEDV变异毒株RNA的最低检测限达到0.74 ng,对3份PEDV变异毒株阳性病料和3份PEDV变异毒株阴性病料重复检测3次的结果完全一致;检测采集于洛阳市251份临床样品的平均阳性率为29.48%,其中不同地区阳性率...     

猪圆环病毒2型PCR检测方法的建立及应用

根据Genbank中PCV2全基因组序列设计了扩增片段大小为262bp的引物P1/P2,建立了检测猪圆环病毒2型PCR方法。引物对P1/P2从PCV2阳性病毒感染基因组中扩增出特异性条带的最低DNA含量为10-9ng/mL(约100个PCV2病毒)。用该方法对陕西和甘肃的103份临床发病猪的肺脏和淋巴结样品进行检测,结果有68份样品检测出阳性,阳性率为66%。     

血清3型鸭甲型肝炎病毒TaqMan RT-qPCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank中已发布的血清3型鸭甲型肝炎病毒(DHAV-3)基因序列,针对VP1基因序列的保守区域设计一对引物及一条特异性TaqMan探针建立了DHAV-3的TaqMan荧光定量检测方法(TaqManRT-qPCR)。通过对反应条件和反应体系的优化,建立的TaqManRT-qPCR方法在6.39×10^8~6.39×10^0拷贝/μL范围内具有良好的线性关系,R2值为0.999。该方法能特异地检测出DHAV-3,与血清1型鸭甲型肝炎病毒(DHAV-1)及其他常见鸭病病原无交叉反应,且组内和组间重复性试验变异系数均小于1%。用普通RT-PCR方法和建立的TaqManRT-qPCR方法,对63份临床疑似鸭肝炎的肝组织样品进行检测,结果RT-PCR方法检出DHAV-3的阳性率是34.92%(22/63),TaqManRT-qPCR方法检出的阳性率是41.27%(26/63);对49份DHAV-3感染康复鸭的肛拭子样品进行检测,RT-PCR和TaqManRT-qPCR方法检出阳性率分别为22.45%(11/49)和85.71%(42/49);用TaqManRT-qPCR方法和鸡胚半数致死量法(ELD50)对DHAV-3(SD70株)鸡胚病毒含量进行检测比较,两种方法检测结果呈正相关。结果表明所建立的TaqManRT-qPCR检测方法特异性好,灵敏度高,为DHA-3快速诊断和流行病学调查提供技术手段。     

美洲型和欧洲型PRRSV一步法二重RT-PCR快速检测方法的建立和应用

根椐GenBank中已发表的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)2种病毒基因序列,分别设计2对引物。在建立2种病毒单项一步法RT-PCR检测方法的基础上,优化一步法二重RT-PCR反应条件,建立了2种病毒的一步法二重RT-PCR检测方法,用这2对引物对同一样品中的美洲型PRRSV、欧洲型PRRSV核酸模板进行一步法二重RT-PCR扩增,结果可同时扩增美洲型PRRSV的265 bp和欧洲型PRRSV的451 bp的特异性片段,而对其他4种猪病原的扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该方法能检出10 Pg的美洲型PRRSV和10 pg的欧洲型PRRSV模板。通过对175份临床病料检测,将建立的一步法二重RT-PCR技术和单项一步法RT-PCR方法进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为100%。表明建立的一步法二重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、准确的特点,可用于对美洲型和欧洲型PRRSV的同时检测和鉴别诊断。     

猪星状病毒2型PCR检测分型方法的建立及初步应用

根据GenBank登的猪星状病毒2型(PAstV2)序列,设计1对引物。通过优化反应条件,首次在湖南地区检测到PAstV2型病毒。用该方法通过提取样品RNA,采用RT-PCR进行扩增,得到一条预期的特异性条带(243bp),将扩增产物进行测序分析,结果表明该序列与PAstV2型的参考序列同源性为96%。同时,用该引物检测可引起腹泻的PEDV、TGEV、CSFV和PRRSV四种病毒RNA,RT-PCR结果均为阴性。该RT-PCR的敏感性试验结果表明其最高敏感度为400 pg/μL。采用该方法对湖南境内78份猪肠道和粪便样品进行检测,发现PAstV2型的感染率达到11.5%(9/78)。结果表明该方法可以应用于临床PAstV2检测。     

一步法多重RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪A群轮状病毒方法的建立和应用

根椐Gen Bank中登录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪A群轮状病毒(PARV)基因序列,分别设计3对引物,在建立各病毒单项一步法RT-PCR技术的基础上,优化多重RT-PCR反应条件,建立了3种病毒的一步法多重RT-PCR检测方法,用这3对引物对同一样品中的PEDV、TGEV和PARV核酸模板进行多重RT-PCR扩增,结果可同时扩增PEDV的450 bp、TGEV的609 bp、PARV的241 bp特异性片段,而对其它4种病原的扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该多重RT-PCR技术能检出10 pg的PEDV、10 pg的TGEV和1 pg的PARV模板。用67份临床病料对建立的多重RT-PCR技术和单项RT-PCR技术进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为100%。表明建立的一步法多重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、准确的特点,可用于这3种病毒的同时检测和鉴别诊断。     

猪流行性腹泻病毒G1/G2型RT-PCR鉴别诊断方法的建立及应用

为建立一种快速鉴别猪流行性腹泻病毒(PEDV)G1型/G2型感染的RT-PCR方法,基于PEDV的S基因和E基因序列分别设计了PEDV的分型引物和鉴别引物,经过敏感性试验、重复性试验等一系列反应条件的优化,成功建立了鉴别PEDV G1/G2型感染的双重RT-PCR方法;通过目的片段的数量来判断PEDV的感染类型,其中,PEDV G1型感染可扩增得到一条目的片段(249bp),G2型感染扩增得到两条目的片段(840bp和249bp)。利用该方法对采自广西不同地区的92份临床样品进行检测,结果显示,阳性样品55份,其中,G2型样品53份,G1型样品2份。结果表明该方法操作简易,具有良好的敏感性和特异性,能快速鉴别PEDV G1/G2型的感染。     

一步法多重RT-PCR检测猪圆环病毒2型和猪繁殖与呼吸道综合征病毒

根据猪圆环病毒2型（PCV2）的ORF2和猪繁殖与呼吸道综合征病毒（PRRSV）ORF7相对保守区序列分别设计了两对引物PH1／PH2和PT1／PT2，将PCV2和PRRSV细胞毒按1：1混合，设为模拟样品，采用病毒基因组DNA／RNA提取试剂盒同时提取PCV2 DNA和PRRSVRNA核酸，利用2对引物进行一步法多重RT-PCR。结果同时得到与实验设计相符的560bp（PCV2）和398bp（PRRSV）特异性扩增条带，而对其他5种猪病原的扩增均为阴性。敏感性试验表明，建立的一步法多重RT-PCR方法可检测出10ngPCV2 DNA和5ngPRRSVRNA。     

多重RT-PCR鉴别诊断鸭甲肝病毒1型和3型感染

根据Genbank中鸭甲型肝炎病毒的全基因序列,设计合成了4条引物,建立了检测DHAV不同血清型毒株感染的多重RT-PCR方法鉴别诊断方法。该方法检测的敏感性为103拷贝数,对健康鸭、鸭疫里默氏菌及大肠杆菌感染鸭肝组织的检测为阴性;人工试验感染鸭的鉴别诊断符合率为100%;18份自然感染病料的检测结果为DHAV-1、DHAV-3及二者混合感染分别为8份、6份和4份,与已有文献报道的结果完全符合。结果表明:建立的多重RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可以用于DHAV 1型和3型感染的鉴别诊断。     

Ⅰ型和Ⅲ型鸭肝炎病毒双重RT-PCR检测方法的建立与优化

为了快速鉴别诊断Ⅰ型和Ⅲ型鸭肝炎病毒(DHV),根据NCBI中发表的DHV毒株序列设计2对特异性引物,针对西南大学荣昌校区疾病快速诊断中心保存的DHV-Ⅰ型和DHV-Ⅲ型毒株进行了RT-PCR双重检测方法的建立及条件的优化试验。结果表明:所建立的方法可同时对两种血清型的DHV分别扩增出440 bp和642 bp的特异性条带,灵敏性可以达到18.7×10-1ng/μL;利用该方法对鸭瘟病毒、小鹅瘟病毒、鸭圆环病毒、番鸭细小病毒、鸭副黏病毒、新型鸭肝炎病毒进行扩增,扩增结果均为阴性。说明所建立的双重RT-PCR检测方法特异性好,具有较高的灵敏性,可用于DHV-Ⅰ型和DHV-Ⅲ型的鉴别诊断。     

一步法多重RT-PCR检测新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒和传染性法氏囊病病毒方法的建立和应用

根椐GenBank中登录的新城疫病毒(NDV)、H9亚型禽流感病毒[AIV(H9)]和传染性法氏囊病病毒(IBDV)基因序列,分别设计3对引物,在建立各病毒单项一步法RT-PCR技术的基础上,优化多重RT-PCR反应条件,建立了3种病毒的一步法多重RT-PCR检测方法,用这3对引物对同一样品中的NDV、AIV(H9)和IBDV核酸模板进行多重RT-PCR扩增,结果可同时扩增NDV的466bp、AIV(H9)的685bp和IBDV的244bp的特异性片段,而对其他4种病原的扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该多重RT-PCR技术能检出10pg的NDV、10pg的AIV(H9)和1pg的IBDV模板。用53份临床病料对本研究多重RT-PCR技术和单项RT-PCR技术进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为100%。表明建立的一步法多重RT-PCR检测方法,具有特异、快速及准确的特点,可用于对这3种病毒的同时检测和鉴别诊断。     

PCV3和PCV2双重PCR鉴别诊断方法的建立及应用

本研究根据GenBank中报道的PCV2和PCV3毒株全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了一种多重PCR鉴别诊断方法,两种病毒的预期扩增片段分别大小分别为1 007 bp和505 bp。通过对扩增条件的优化,获得最佳的反应体系为25μL体系,最佳退火温度为56℃。该鉴别方法可以同时扩增PCV3和PCV2的特异性片段,而猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、轮状病毒(RV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪德尔塔冠状病毒的基因组及阴性对照均未扩增出任何条带。该方法对PCV3和PCV2的最低检出量均为10 ng/μL。对采自湖北省内规模化猪场的260份淋巴结样品检测。结果显示,PCV3阳性率为16.9%(44/260),PCV2阳性率为46.5%(121/260),PCV3和PCV2混合感染率为4.6%(12/260),双重PCR检测与测序分析的符合率为100%。结果表明,本研究建立了一种简便、灵敏、稳定可靠且特异性强的双重PCR鉴别诊断方法,可为临床样品中PCV3和PCV2的快速鉴别诊断及流行病学研究提供技术支持。