一株H1N1亚型猪流感病毒的遗传演化分析及在雪貂体内复制和飞沫传播能力评估

本实验室于2016年在天津分离到一株猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Tianjin/312/2016(H1N1)(简称为TJ312株)。为了解该株病毒的生物学特性及遗传演化特征,本研究对经PCR分段扩增该病毒全基因组并测序,采用SeqMan软件拼接成全基因组序列经BLAST比对,得到与该SIV各基因节段序列同源性最高的病毒株,采用mafft分析其各基因节段编码氨基酸序列的分子特征,利用MEGA5.1软件分别构建该病毒8个基因节段的进化树。结果显示,SIV TJ312株各基因节段与2016年分离自天津的H1N1 SIV相应各基因节段的同源性在99%～100%。进化树结果显示该病毒株HA、NA和M基因均来自欧亚类禽H1N1 (EA H1N1) SIV谱系;PB2、PB1、PA和NP基因来自2009/H1N1流感病毒谱系;NS基因来自北美三重配H1N2 SIV谱系。蛋白分子特征分析结果显示,HA蛋白碱性氨基酸裂解位点序列为PSIQSR↓G,符合低致病性流感病毒分子特征;受体结合位点符合人源唾液酸受体(α-2,6唾液酸受体)的分子特性;NA蛋白aa275为H、aa295为N,且该蛋...     

广东省猪流感病毒的分离鉴定及遗传进化分析

为了解广东地区猪流感病毒(SIV)的流行和变异情况,本研究于2013年10月至2014年1月从广东省4个不同地区采集猪鼻拭子和肺脏病料共203份,对样品处理之后进行鸡胚分离和RT-PCR检测,从中分离得到5株SIV,对其进行病毒纯化、全基因组测序和遗传进化分析。结果表明,5株SIV分离毒株其中3株为H1N1亚型,2株为H1N2。分离毒株HA裂解位点位于PSIQSR↓GL,具有典型的低致病性流感病毒特征。HA基因序列比对结果显示,5株SIV分离毒株与A/Jiangsu/ALS1/2011(H1N1)株同源性最高,核苷酸相似性为97%~99%。遗传进化分析结果显示,5株分离毒株的PB2、PB1、PA和NP基因片段属于PDM/09分支,M基因片段以及外部基因片段HA属于欧亚类禽分支,NS基因片段属于北美三元重组分支,3株H1N1亚型的NA基因属于欧亚类禽分支,2株H1N2亚型的NA基因属于人季节性流感分支。抗原位点分析结果表明,分离毒株的抗原位点基本保守,但YJ28分离株HA1蛋白上发现3个氨基酸突变,分别是L69S、S137P、E222G。本研究通过对广东省不同地区分离到的SIV进行鉴定分析,掌握SIV的变异趋势,为猪流感的防控提供切实有效的理论依据。     

一株猪流感病毒的遗传进化分析及其致病力研究

为研究猪流感病毒(Swine influenza virus,SIV)A/swine/Dezhou/37/2015(H1N1)株的遗传进化和致病力,本研究对该分离株的8个基因节段进行了遗传进化分析,并接种小鼠观察临床表现及检测其肺脏的病理变化情况。结果显示:分离株HA基因的裂解位点为PSIQSR↓G,无多个连续碱性氨基酸插入,为低致病性SIV;HA、M、NA节段处于欧洲类禽H1N1分支;NP、PA、PB1、PB2节段处于2009甲型H1N1分支;NS节段处于北美三源重排分支;对小鼠致病力研究显示该毒株可感染小鼠并引起其肺脏组织病理学变化,但对小鼠无致死性。以上结果表明该分离株为一株低致病性的新型三源重排SIV。本研究为山东地区SIV的流行特点及变异情况提供了实验依据。     

一株猪流感病毒A/swine/Shanghai/01/2019(H1N1)的分离鉴定及遗传进化分析

为鉴定上海地区猪流感病毒的流行株及其分子生物学特征,本研究从上海地区养殖场采集疑似流感症状的猪咽拭子样品40份,采用套式PCR结合鸡胚分离鉴定方法,从中分离到1株H1N1亚型猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Shanghai/01/2019(H1N1)。经全基因组测定和遗传进化分析结果显示该分离株的8个基因节段与欧亚类禽H1N1 SIV同源性最高,其PB2、PB1、PA基因节段可能来源于A/swine/Jiangsu/49/2012(H1N1)病毒,NA、NP和M基因节段可能来源于A/swine/Shanghai/3/2014(H1N1)病毒。该分离病毒的HA蛋白裂解位点为PSIQSR↓GLFGAI,为低致病性流感病毒的分子特征。该分离株NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变,M2蛋白S~(31)N突变表明该病毒可能对金刚烷胺类药物具有一定的耐药性。PA蛋白~(224)S和PB2蛋白~(701)N突变提示该分离株对哺乳动物的适应性增强,可能导致其致病性增强,需要加强对此类SIV的监测。结合近年来的监测表明,上海地区猪群中H1N1亚型SIV持续存在,需要持续跟踪监测SIV变异趋势。本研究为防控猪流感提供实验依据。     

一株鸭源H11N3亚型禽流感病毒的遗传进化分析及对小鼠的致病性研究

为了解H11N3亚型禽流感病毒(AIV)的生物学特性，本研究对2020年在福州市某活禽市场鸭中分离的一株H11N3亚型AIV进行了全基因组测序、遗传进化分析和对BALB/c小鼠的致病性试验。测序结果显示，分离株HA裂解位点为PAIASR↓GLF，符合低致病性AIV分子特征；HA蛋白²²⁶L和²²⁸S突变显示病毒具有结合人源受体(SAα-2,6 Gal)的特征性氨基酸。PB1、PA、NP和M1蛋白均出现对哺乳动物致病性增强的特征性氨基酸。遗传进化分析显示，H11N3 AIV的8个基因节段均属于欧亚分支，其HA基因与A/duck/Fujian/SD061/2017 (H11N3)株HA基因序列相似性最高，而NA基因与A/EN/Fujian/02754/2016 (H3N3)株NA基因序列相似性最高。该病毒内部基因分别与浙江、福建和云南等地鸭和鸡体内分离的H7N9、H7N7、H1N2、H7N2、H7N7和H9N6等亚型AIV相关基因高度同源。小鼠致病性试验结果显示，该病毒未经适应即可在小鼠鼻甲和肺脏中高效复制，表明该病毒株具备感染哺乳动物的能力。上...     

类禽H1N1亚型与Pdm/09H1N1亚型猪流感重组病毒的分离鉴定及其遗传进化分析

为了解猪流感病毒(SIV)的流行情况,本试验在2014年10月-2015年9月期间在广东省各地区采集猪的鼻拭子和肺脏病料,将样品处理之后进行鸡胚分离和RT-PCR检测,分离到1株SIV,对其进行全基因组测序和遗传进化分析,结果表明为H1N1亚型SIV,病毒HA,NA,M和NS基因片段属于类禽分支(EA),病毒PB2、PB1、PA和NP基因片段属于Pdm/09分支。HA基因序列同源性结果显示,核苷酸相似性为93.2%~99.1%,其中与A/swine/Jiangxi/3858/2011(H1N1)SIV同源性最高。抗原位点分析结果表明,分离毒株的抗原位点基本保守。本研究通对广东省各地区分离的SIV分析,为SIV的重组和变异趋势及公共卫生安全的防控提供依据。     

1株H1N1亚型猪流感病毒的全基因组特征及其对小鼠的致病性

旨在了解河南省猪流感病毒的流行情况及其遗传进化和基因组特征。2018年4月，从河南省某一出现疑似流感症状猪群中采集鼻拭子样品150份用于分离病毒，对分离病毒的全基因组进行序列测定和分析。同时感染6周龄BALB/c小鼠，研究其对小鼠的致病性。结果显示，获得1株H1N1亚型病毒[命名为A/swine/Henan/NY20/2018（H1N1）]。遗传进化表明，其HA和NA基因属于欧亚类禽H1N1分支，PB2、PB1、PA、NP和M基因属于2009甲型H1N1分支，NS基因属于经典H1N1分支。HA蛋白的裂解位点序列为PSIQSR↓GL，具有低致病性流感病毒的分子特征，在小鼠肺和鼻甲有效复制并能引起肺组织病理学变化。本研究分离到1株3源重排H1N1亚型病毒，对小鼠呈现一定致病力，提示应进一步加强对SIV的监测。     

一株欧亚类禽H1N1猪流感病毒分子特征分析

为调查国内猪流感病毒流行和遗传演化状况,将2013年从山东某屠宰场的采集样品接种SPF鸡胚,分离到1株病毒,通过RT-PCR鉴定和全基因测序,并运用生物软件对病毒基因组关键氨基酸位点和遗传演化关系进行分析。结果显示,分离株A/Swine/Shandong/5513/2013(H1N1)为欧亚类禽H1N1猪流感病毒,基因片段未发生重排,与中国大陆近几年分离株类似。HA蛋白受体结合位点具有结合哺乳动物气管上皮细胞特性;HA蛋白抗原位点与欧亚类禽H1N1猪流感代表株A/swine/Hong Kong/1780/2008(H1N1)仅有一处不同,Q196H;裂解位点氨基酸为PSIQSR/GL,PB2蛋白毒力关键氨基酸位点为T271和E627,分离株为典型低致病力毒株。本毒株的分离鉴定为分析中国大陆猪流感流行状况和分子特征提供了数据。     

1株欧亚类禽猪流感病毒的分离鉴定及遗传进化分析

【目的】了解广东地区猪流感病毒(Swine influenza virus, SIV)的流行情况并探究其分子生物学特征。【方法】采集广东某猪场疑似猪流感病毒感染猪的鼻拭子和肺脏组织样品进行病毒分离鉴定、遗传进化和关键氨基酸位点分析。【结果】样品经实时荧光定量RT-PCR检测为猪流感病毒核酸阳性;在红细胞凝集试验中,该病毒对鸡红细胞有凝集作用,血凝效价为1∶128;8个基因片段序列结果经BLAST比对和进化树分析显示,HA、NA基因属于欧亚类禽猪流感病毒(H1N1)分支,PA、PB1、PB2、NP和M基因属pdm/09分支,NS基因属于北美三源重组分支,因此,本试验分离株属于G4基因型欧亚类禽猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/CJM2/2022(H1N1)。关键氨基酸位点分析显示,分离株HA蛋白裂解位点序列为PSIQSR/GL,具有典型低致病性流感病毒的分子特征。HA基因在受体结合位点处的190、225、226位氨基酸分别为D、E、Q,表明其既具有结合人型唾液酸受体的潜能又具有结合禽型唾液酸受体的潜能。NA基因关键氨基酸残基均未发生突变,提示分离株对奥司他韦和扎那...     

猪流感病毒H1N1广东分离株HA基因的克隆与进化分析

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR,从广东不同地区猪场分离鉴定出8株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)。用流感病毒血凝素(HA)基因通用引物扩增了8株病毒的血凝素(HA)基因,经克隆测序,HA基因全长1 757 bp,编码566个氨基酸。8个毒株的HA基因推导氨基酸序列分析表明,均含有8个潜在的N糖基化位点,且糖基化位点相同,其HA1、HA2之间切割位点序列为IPSIQSR↓G,从分子水平推论,此8株H1N1 SIV均属于非高致病性毒株。同源性分析表明,此8株病毒的氨基酸序列与经典SIV之间的同源性在92.3%~94.7%之间;与2009年甲型H1N1流感病毒同源性在80.4%~92.4%之间;与欧洲类禽SIV分离株同源性在80.4%~84.1%之间。进化关系表明,该8株SIV与A-swine-Shanghai-3-2005-H1N1同处一分支,与2009年甲型H1N1流感病毒和经典SIV分离株亲缘关系较近,与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远。     

1株野鸟源H7N3亚型禽流感病毒的全基因组序列分析及其对小鼠感染性研究

旨在对2021年分离自我国宁夏回族自治区野鸟粪便中的1株低致病性H7N3禽流感病毒(AIV)A/mallard/Ningxia/Y37/2021(H7N3)株进行了全基因组测序、遗传进化分析及对小鼠致病性试验。全基因组序列分析表明，HA基因裂解位点仅有1个碱性氨基酸，符合低致病性AIV的分子特性。遗传进化分析结果表明，HA基因和韩国野鸭源H7N7亚型AIV同源性较高；NA基因与韩国野鸟源H5N3亚型AIV同源性较高；PB2、PA基因与H5N2亚型AIV有较高的同源性；PB1基因与H5N3亚型AIV有较高的同源性；NP基因与H3N2亚型有较高同源性；M、NS基因与H3N8亚型有较高同源性，具有明显的遗传多样性。血凝抑制(HI)试验结果表明，该毒株与H7N9-Re4疫苗株抗血清的HI效价比同源毒株低16倍，抗原性差异显著。小鼠感染性试验结果显示，该病毒能在小鼠的肺部与鼻甲中复制，并引起感染小鼠体重下降，表明该毒株有感染哺乳动物的风险。本试验通过对1株野鸟源H7N3亚型AIV部分生物学特性的分析，为H7N3亚型禽流感的预警和综合防控提供重要理论参考。     

1株中国北方鸭H4N6亚型禽流感病毒的分子特征

2010年,从山东省水禽市场健康鸭体内分离鉴定了1株H4N6禽流感病毒,命名为A/duck/Shandong/1/2010(DK/SD/1/2010)。对该病毒进行全基因组测序,并与Gen Bank中相关序列进行遗传和进化分析。结果表明,DK/SD/1/2010的7个基因(PB2,PB1,PA,HA,NP,M和NS)来源于欧亚系,NA基因来自于欧亚系和北美系。DK/SD/1/2010 HA裂解位点氨基酸序列(PKKASR↓GLF)和低致病性禽流感的特征一致。动物接种试验表明该病毒不能在鸡和小鼠中复制。推测DK/SD/1/2010可能是不同来源的流感病毒在鸭体内重组和演变形成的重组病毒,该病毒对鸡和鸭无明显致病性。     

两株H1N1亚型猪流感病毒HA蛋白中和性单克隆抗体的制备及抗病毒活性研究

为了制备抗欧亚类禽型(Eurasian avian-like,EA)H1N1猪流感病毒(SIV)血凝素(HA)蛋白的单克隆抗体(MAb)并对其生物学活性进行检测,利用SIV A/swine/Henan/11/2005(HN11)增殖、纯化的全病毒蛋白作为免疫原,免疫BALB/c小鼠,取免疫小鼠的脾细胞与骨髓瘤细胞(SP2/0)融合,采用间接ELISA和HI检测方法进行筛选。结果获得了两株能稳定分泌抗HA蛋白MAb的杂交瘤细胞株,分别命名为2B6和4C7;两株MAbs的腹水ELISA和HI效价均分别高于1∶107和5log2;两株MAbs能够在IFA试验中与病毒HA蛋白发生反应,而在Western blot试验中不能检测到病毒HA蛋白;病毒中和试验结果显示这两株MAbs对EA H1N1SIV具有病毒中和活性;MAbs的抗病毒活性又进一步通过小鼠的感染试验进行了评估,结果表明接种了MAbs的小鼠获得了有效抵抗同源及异源H1N1SIV感染的保护效果。研究证实制备的两株MAbs具有较高的病毒中和活性和较强的抗病毒感染能力,可以将其进一步应用于抗EA H1N1SIV的感染及开展病毒抗原性变异的分子基础研究。     

一株人源H1N1亚型猪流感病毒的进化分析与生物学特性研究

为了解猪流感病毒(SIV)的变异情况,我们2009年11月从河北某养殖场采集呈流感症状的猪鼻拭子40份,接种10日龄SPF鸡胚,分离到一株猪流感病毒,通过RT-PCR和血凝抑制试验鉴定为H1N1亚型,命名为A/swine/Hebei/15/2009(H1N1),其全基因序列测定及同源性分析发现,8个基因片段均与2000年左右H1N1人流感病毒有较高的同源性。系统遗传演化显示,该病毒分离株是由2000年人源H1N1流感病毒A/Dunedin/2/2000(H1N1)进化而来。抗原性分析显示该株与甲型H1N1流感病毒和经典H1N1病毒株抗原性差异较大。对小鼠致病性试验表明该病毒株可以直接感染小鼠并导致小鼠轻微临床症状和组织病理学变化,但不致死小鼠,表现为低致病性。     

一株H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定及其遗传进化分析

为了解广东地区猪流感的流行和变异情况,本研究于2013年11月~12月从广东省5个猪场中采集疑似流感症状的猪鼻拭子115份,接种10日龄SPF鸡胚,分离得到一株猪流感病毒(SIV),对其进行血凝和血凝抑制试验、RT-PCR检测及全基因测序分析,结果表明该分离株为H1N1亚型,将其命名为A/Swine/Guangdong/L2/2013(H1N1)。HA蛋白裂解位点序列为PSIQSR↓GL,具有典型的低致病性流感病毒特征。系统遗传进化分析显示,该病毒与A/swine/Shanghai/2/2005(H1N1)亲缘关系密切。小鼠的致病性试验表明该病毒株可以直接感染小鼠,导致小鼠轻微临床症状和肺脏组织病理学变化,但未在其他组织器官中分离到病毒,并且对小鼠无致死性,为低致病性SIV。该病毒的分离鉴定为广东地区SIV的流行特点和变异情况提供实验依据。     

2株H1N1猪流感病毒的遗传进化分析及其生物致病性

对挑选的2株猪流感病毒A/swine/Guangdong/BRT15/2016(H1N1,BRT15)和A/swine/Guangdong/YJ4/2014(H1N1,YJ4)进行遗传进化分析与小鼠致病性试验。全基因组序列的遗传进化分析结果显示,BRT15与YJ4的HA、NA、M基因属于欧亚类禽猪源流感病毒分支,NP、PA、PB1和PB2基因属于pdm/09分支,NS基因属于北美三元重组分支。分别将BRT15与YJ4感染BALB/c小鼠进而比较分离株对小鼠的致病力,结果显示BRT15与YJ4毒株对小鼠具有不同的致病力,YJ4攻毒组小鼠死亡率高于BRT15组。肺部滴度检测显示,感染病毒后3d,YJ4组病毒滴度显著高于BRT15(P0.01),感染病毒后6d,YJ4和BRT15组病毒滴度无明显差异(P0.05);脑部滴度检测显示,感染病毒后3,6d,YJ4组和BRT15组病毒滴度均无明显差异(P0.05)。     

华南地区猪群猪流感病毒病原学和血清学调查

为了解华南地区猪群中猪流感病毒(SIV)的流行及其遗传变异情况,本研究从2016年~2017年广东、广西等地猪群236份猪肺脏病料组织和143份鼻拭子样品中分离鉴定得到3株SIV,全基因组测序和遗传演化分析结果显示,3个分离株均属于H1N1亚型欧亚类禽分支SIV,并且均与pdm09分支病毒株发生了重组。HA蛋白分子特征分析结果显示,A/Swine/Guangxi/NK/2016 HA蛋白第23位糖基化位点发生了缺失。3265份血清样品抗体监测结果显示,欧亚类禽H1N1、pdm09 H1N1和H3N2 SIV的血清抗体阳性率分别为27.53%、20.98%和34.85%。另外,0.64%的(21份)血清样品为H9N2亚型流感病毒抗体阳性,并且猪群中不同亚型和不同分支SIV之间混合感染的情况非常普遍。猪群中流感病毒血清抗体监测结果显示,EA H1N1、pdm09和H3N2亚型SIV HI抗体滴度最高均可达到1:1280,而H9N2亚型HI抗体滴度最高为1:160,表明H9N2 AIV虽然可以感染猪,但对猪还不适应。各月份的血清抗体阳性率分析显示,SIV的流行具有季节性,冬季(11月、12月和1月份)的流行最为严重。本研究可为华南地区猪群SI防控及疫苗株的筛选提供参考依据。     

一株pH1N1/2009猪流感病毒的进化分析与生物学特性研究

为了解SIV A/swine/Liaoning/5/2014(H1N1)分离株的生物学特性与遗传进化关系,本研究对该分离株的全基因序列进行测定,并对其进行小鼠致病性实验。基因组序列分析表明:该病毒的8个基因节段均来自A型H1N1流感病毒。HA蛋白裂解位点为~(325)PSIQSRG~(331),属于低致病性流感病毒的分子特征,其HA基因与A/Xia Men/SWL1280/2013(H1N1)的相似性达到98.9%。对动物致病性试验结果显示:该病毒可以感染哺乳动物模型BALB/c小鼠,但仅能够在鼠的肺脏和鼻甲骨粘膜上皮细胞中复制,病毒滴度分别为5.5 log_(10)EID_(50)/m L和3.3 log_(10)EID_(50)/mL,该病毒株对小鼠的生长具有抑制作用,可以导致感染后7 d内小鼠体质量下降15.2%,随后逐渐恢复,但始终低于正常对照小鼠,呈现一定的致病性。本研究为该病毒已在我国动物群体内流行提供了新的证据。     

一株类禽H1N1亚型猪流感病毒的进化研究

为了解猪流感病毒(SIV)的变异情况,2013年1月份从山西某养殖场采集呈流感症状的猪鼻拭子10份,采用常规方法接种10日龄SPF鸡胚,进行RT-PCR鉴定及全基因序列分析。结果表明:分离到1株类禽H1N1亚型猪流感病毒,命名为A/swine/Shanxi/02/2013(H1N1);全基因序列测定及同源性分析发现,8个基因片段均与2011年江苏地区流行的类禽型H1N1亚型猪流感病毒有较高的同源性;系统遗传演化发现,该病毒株是由2011年类禽型H1N1流感病毒A/swine/Jiangsu/40/2011(H1N1)进化而来的;HA1氨基酸位点差异分析发现,该病毒株与2009年人群中流行的甲型H1N1流感和经典H1N1毒株抗原性差异较大,其HA裂解位点基序为PSIQSRGLF,呈低致病性特征。     

一株新型三源重配H1N2亚型猪流感病毒的进化分析及对小鼠的感染性研究

为了研究我国广西地区流行的猪流感病毒分子特征和感染性,本研究对分离自广西临床健康猪群中的H1N2亚型猪流感病毒(SIV)A/swine/Guangxi/238/2018(H1N2)(简称GX238株)进行了分子进化分析和致病性研究。扩增该病毒株8个基因节段后进行分子进化分析,结果显示其8个节段均与2015年～2016年在美国分离的H1N2亚型SIV有高度同源性(98.9%～99.7%),其中HA基因可能来自于2009年之前的人季节性H1N1亚型流感病毒,PB2、PB1、PA、NP、NA和NS可能来自北美三重配H1N2亚型SIV,M基因可能来自H1N1/2009。以10~6EID_(50)SIV GX238株病毒鼻腔感染BALB/c小鼠后记录小鼠的体质量变化及死亡情况,感染后第3 d检测小鼠各脏器病毒复制情况。结果显示,感染组小鼠体质量与PBS对照组小鼠相比有明显下降趋势,感染小鼠40%死亡;在小鼠肺脏和鼻甲中病毒滴度分别达6.3 Log_(10)EID_(50)/mL、4.8 Log_(10)EID_(50)/mL,表明该病毒对小鼠表现出中等的致病力。本研究结果表明输入型SIV持续对我国猪群造成威胁,凸显了在世界范围内开展猪流感监测的必要性。