沙门菌实时荧光定量PCR检测试剂盒的研制与应用

根据沙门菌保守的fimY基因序列设计合成了引物和TaqMan探针，建立了快速检测沙门菌的实时荧光定量方法，并对反应条件进行了优化，组装成快速检测试剂盒。通过对临床样品的检测，该试剂盒的检测灵敏度达4.5CFU（25μL反应体系），比常规PCR高100倍，而且稳定性良好，至少可以冷冻保存9个月。结果表明，所建立的沙门菌实时荧光定量PCR检测试剂盒具有操作简便、快速、特异性强、灵敏度高、重复性好、稳定性强等优点，适于大量样品的检测。     

猪轮状病毒(G9型)TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立灵敏、特异的G9型猪轮状病毒(Po RV)Taq Man的荧光定量RT-PCR检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的G9型Po RV NMTL株的VP7基因保守区域设计一条特异性引物和探针。以104TCID50的病毒液所提取的总RNA进行10倍系列稀释作为标准品,通过对反应条件进行优化,建立了检测G9型Po RV的Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法。结果显示,该方法的相关系数R2=0.991,对其它常见的Po RV(G5)、猪传染性胃肠炎、猪流行性腹泻、猪繁殖与呼吸综合征和猪圆环病毒2型等猪病病原检测均为阴性,具有良好的特异性;该方法最低可以检测到的病毒滴度为10-3TCID50,比普通RT-PCR方法灵敏度高约1 000倍;组内和组间变异系数均小于0.87%,稳定性高,重复性好。对疑似感染Po RV的45份临床病料样品进行检测,结果表明,该方法阳性率(64.4%)高于普通RT-PCR(44.4%),两者总符合率为80%。本研究建立的方法为Po RV的流行病学调查和早期诊断奠定基础。     

狂犬病病毒快速荧光RT-PCR检测方法研究与应用

采用TaqMan方法,根据古典狂犬病病毒非编码区及N基因编码区序列,设计合成多对引物和多条探针,通过对引物、探针的筛选,反应条件的选择和优化,建立了古典狂犬病病毒荧光RT-PCR检测技术。与病毒分离鉴定、常规RT-PCR试验比较表明,建立的荧光PCR检测技术快速、敏感,检测时限3 h以内。特异性试验表明本方法与犬瘟热病毒,犬细小病毒,犬Ⅰ型腺病毒不发生交叉反应。初步动物感染试验及定量检测研究及表明,本方法可用于感染动物不同组织样品中病毒的相对定量。对132份临床样品和4种商品化疫苗进行检测研究表明,本方法适用于样品中狂犬病病毒的直接检测以及疫苗中活病毒或灭活病毒的检测。     

猪星状病毒4型SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测猪星状病毒4型(PAstV4)的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,根据已知的猪星状病毒4型序列的ORF1a基因设计了特异性引物,并将扩增片段克隆到pMD19-T载体上;将构建的重组质粒作为标准品建立SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,并对建立方法的灵敏性、特异性及重复性进行验证。结果显示,建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法最低检测量为50.3拷贝·μL-1,其灵敏度是普通PCR的100倍;与CSFV、PRRSV、PRV、PEDV、PDCoV无交叉反应,特异性较好;建立的标准曲线呈良好的线性关系,相关系数R2=1.00。应用该方法检测了2018-2019年收集的43份临床样品,阳性率为18.6%。本研究为猪星状病毒4型的临床检测建立了一种快速、灵敏、特异性强的方法。     

猪星状病毒4型SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测猪星状病毒4型(PAstV4)的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,根据已知的猪星状病毒4型序列的ORF1a基因设计了特异性引物,并将扩增片段克隆到pMD19-T载体上;将构建的重组质粒作为标准品建立SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,并对建立方法的灵敏性、特异性及重复性进行验证。结果显示,建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法最低检测量为50.3拷贝·μL~(-1),其灵敏度是普通PCR的100倍;与CSFV、PRRSV、PRV、PEDV、PDCoV无交叉反应,特异性较好;建立的标准曲线呈良好的线性关系,相关系数R~2=1.00。应用该方法检测了2018—2019年收集的43份临床样品,阳性率为18.6%。本研究为猪星状病毒4型的临床检测建立了一种快速、灵敏、特异性强的方法。     

水疱性口炎病毒荧光RT-PCR鉴别检测方法的建立与应用

本研究建立荧光定量RT-PCR鉴别检测水疱性口炎病毒的方法。针对Gen Bank登录的水疱性口炎两血清型-新泽西型(VSV-NJ)和印第安纳型(VSV-IND)的L基因保守区,设计1对引物和2条探针。通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了Taq Man荧光定量RT-PCR快速检测VSV的方法。与常规RT-PCR试验比较表明,所建立的荧光RT-PCR检测技术快速、敏感,检测时限3 h以内,具有很好的特异性和重复性,可以实现水疱性口炎病毒的快速检测分型。通过对342份临床样品进行检测,结果表明,所建立的检测方法适用于样品中水疱性口炎病毒的直接检测。     

鸭源基因Ⅸ型禽1型副黏病毒实时荧光定量RT-PCR方法的建立与应用

我国水禽中流行的禽1型副黏病毒(APMV-1)除基因Ⅶ外,基因Ⅸ型APMV-1日渐增多,且呈现基因型多样性。本研究基于鸭源基因Ⅸ型APMV-1的F基因特异性序列,建立了一种可快速检测基因Ⅸ型APMV-1的实时荧光定量RT-PCR方法。该方法仅能特异性检出基因Ⅸ型APMV-1,其检测敏感性高达100拷贝/μL,重复试验批间变异系数小于5%;应用该方法对人工感染鸭组织和采集的临床样品分别进行检测,其结果与常规RT-PCR检测、病毒分离结果的符合率分别为100.0%,96.1%和90.1%,81.8%。以上结果表明,本研究建立的基因Ⅸ型APMV-1实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,为该病临床样品检测提供了快速有效的手段,适于鸭源基因Ⅸ型APMV-1感染的病原学监测。     

实时荧光定量RT-PCR检测猪传染性胃肠炎病毒方法的建立及应用

本研究将猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因部分片段克隆并连接到pGEM-T Easy载体上,得到重组质粒,以此为标准模板进行SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR扩增并制作标准曲线,建立TGEV的荧光定量RT-PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达10拷贝/μL,具有良好的特异性和重复性;对20份临床疑似病料进行检测,发现14份为荧光定量RT-PCR阳性,而常规RT-PCR只能检测出10份。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR方法具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于临床TGEV感染的早期诊断以及分子流行病学调查。     

施马伦贝格病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立及应用

依据施马伦贝格病毒(Schmallenberg virus,SBV)S基因保守序列,设计了特异性引物和MGB荧光探针,建立了SBV实时荧光RT-PCR检测方法,构建标准曲线,进行特异性、敏感性和重复性等试验评价,并对绵羊和牛全血样品进行了检测。结果表明,所建立的SBV检测方法模板浓度与Ct值呈现良好的线性关系,相关系数R2为0.998;特异性强,仅对SBV RNA出现特异性扩增曲线;灵敏度高,对SBV RNA的检测灵敏度为10copies;重复性好,重复检测灵敏度CV3%;对临床样品的检测均为SBV阴性。所建立的SBV实时荧光RT-PCR方法可以为SBV的诊断和流行病学调查提供一种快速、特异、敏感的检测手段。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank中已登录的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)在Nsp7基因中的保守区域设计合成了1对特异性引物,通过反应条件的优化,建立了检测美洲型PRRSV的SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测方法,同时与商品化荧光定量PCR试剂盒进行比对分析。结果表明,该方法特异性强,灵敏度高,能很好的区分美洲型猪繁殖与呼吸道综合征病毒和其他病毒。使用该方法对14份临床样品进行检测,阳性率85.7%,与商品化试剂盒符合率100%。     

禽流感H5、H7、H9亚型多重实时荧光RT-PCR检测试剂盒灵敏性试验

为了确定深圳出入境检验检疫局和深圳太太基因工程有限公司联合研制的禽流感H5、H7、H9亚型多重实时荧光RT-PCR检测试剂盒对H5和H9亚型禽流感的灵敏度，通过测定已知鸡胚半数致死量（ELD50）的标准毒株的进行了定量。利用9～11日龄SPF鸡胚，对深圳出入境检验检疫局保存的H5和H9亚型标准禽流感毒株进行了鸡胚半数致死量（ELD50）的测定，结果为H5亚型禽流感毒株的半数致死量为10^-7.75/0．2mL，H9亚型禽流感毒株的半数致死量为10^-8.5／0．2mL。用所研制的禽流感H5、H7、H9亚型多重实时荧光RT-PCR检测试剂盒对H5和H9亚型标准禽流感毒株原液进行10倍连续稀释，进行实时荧光RT-PCR灵敏度的测定，结果发现：试剂盒检测H5亚型标准禽流感毒株的灵敏度为标准毒株10^-5倍稀释液，该稀释液含有281ELD50病毒量；检测H9亚型标准禽流感毒株的灵敏度为标准毒株10^-8倍稀释液，该稀释液含有15．8ELD50病毒量。同时检测H5和H9时，试剂盒的灵敏度要比单独检测一个亚型时的灵敏度增加一个数量级。本灵敏度已经能够检测到感染鸡的喉拭子和（或）泄殖腔拭子所采集的病毒量，能够满足检验检疫的实际需要。     

TaqMan探针荧光RT-PCR检测狂犬病病毒

根据GenBank已公布的狂犬病病毒(rabies virus,RV)核蛋白(N)基因序列设计并合成一对特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针的荧光RT-PCR检测狂犬病病毒方法。对狂犬病疫苗提取核酸后进行RT-PCR扩增,将目的条带切胶回收,克隆测序,重组质粒作为标准阳性对照。对建立的TaqMan探针荧光RT-PCR方法做灵敏度、特异性、重复性及稳定性试验。结果显示,该方法可以达到10拷贝/μL的灵敏度,可以将狂犬病病毒与犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒和犬副流感病毒分开,方法重复性好,稳定可靠。     

Nested PCR检测狂犬病病毒方法的建立及病毒在小鼠体内的移行动态

应用建立的Nested PCR特异地检出狂犬病病毒株CVC、HEP-Flury、ERA、RC-HL、1008、Komatsug-awa的RNA,但对类狂犬病病毒Lagos bat、Duvenhage、Mokola及水泡性口膜炎病毒、轮状病毒、犬瘟热病毒均为阴性。该法敏感性很高,能检出3 TCID50或0.8pg的狂犬病病毒RNA。用该法测定了小鼠脑内感染CVS株后的病毒增殖和移行动态,对感染小鼠的主要内脏器官进行了病毒RNA检测,结果发现小鼠脑内感染CVS 5 d以后在其心、肝、脾、肺等内脏器官均检出了病毒RNA。     

鸭Ⅰ型肝炎病毒荧光定量RT-PCR方法建立及初步应用

根据GenBank中鸭Ⅰ型肝炎病毒的基因序列,设计合成一对引物和一条Taq-Man探针。进行优化后,建立了能够检测鸭Ⅰ型肝炎病毒的荧光定量RT-PCR方法。该方法敏感性好,检测敏感性达到20个模板拷贝数,比常规PCR灵敏度高100倍;该方法特异性强,对番鸭细小病毒、鸭圆环病毒和鹅细小病毒等6种病原体的检测全为阴性。对广西地区鸭群收集的118份病料进行检测,结果阳性率为1.69%。结果提示:在广西地区的鸭群中,存在鸭Ⅰ型肝炎病毒的感染,建立的荧光定量RT-PCR方法可用于鸭Ⅰ型肝炎病毒的临床快速检测。     

用荧光定量RT-PCR方法检测猪瘟病毒

为了建立能特异检测不同基因型猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV),同时又能区分其他瘟病毒的基因检测方法,本实验针对CSFV基因组5′端非编码区设计并合成了简并引物和TaqMan探针,在优化反应条件的基础上,成功地建立了特异检测CSFV的荧光定量RT-PCR检测方法。再以已知滴度的CSFV石门株血毒总RNA反转录产物建立标准品,该标准品可以用于定量临床样品中的CSFV滴度,所建立的荧光定量PCR方法可以灵敏地检测出10~(-0.82)个TCID_(50)病毒含量。最后用建立的方法对108份临床样品进行检测并同时进行病毒分离,荧光定量PCR方法检测出73份阳性样品且与病毒分离的符合率为100%,而常规RT-PCR只检测出54份阳性样品,表明本荧光定量RT-PCR法在检测猪瘟病料上具有潜在的应用价值。     

检测猪传染性胃肠炎病毒Taq Man荧光定量RT-PCR方法的建立与初步应用

据GenBank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因的保守区序列设计合成了引物和探针,对荧光定量RT-PCR的反应条件进行了优化,建立了一种特异、灵敏、快速的TaqMan荧光定量RT-PCR方法来检测TGEV。与国外进口的An imal Genetics公司生产TGEV抗原快速检测试剂盒进行比较,符合率达到100%;与常规RT-PCR检测方法相比,灵敏度高100倍。用该方法对辽宁、山东、福建等地的送检疑似病料进行了检测,结果阳性率为24%。试验证明,所建立方法适用于猪传染性胃肠炎病毒的分子诊断、流行病学调查等相关研究。