山羊FSHR基因第10外显子序列的克隆与比较研究

根据牛FSHR基因序列设计引物,以波尔山羊和莱芜黑山羊基因组为模板,应用PCR技术克隆测定了FSHR基因第10外显子序列,并与牛该区段序列进行了比较研究。结果表明,PCR扩增获得的片断为1643bp,三畜种FSHR基因第10外显子长均为1233bp。莱芜黑山羊和波尔山羊的第10外显子序列与牛该序列相比,同源性分别为97.49%和97.41%,分别在31个和32个位点发生碱基突变。均引起10处氨基酸密码改变。波尔山羊该序列与莱芜黑山羊的比,同源性为99.60%,且3个位点有碱基突变,其中 1184和 1365位点突变引起氨基酸密码改变。     

藏猪生长激素基因核苷酸多态性分析

本文应用PC R方法,体外扩增了藏猪5个个体的生长激素(GH)基因64～2022位之间1959 bp的片段(包含完整的5个外显子和4个内含子),并进行了序列测定。结合网上下载的猪GH基因同源区段序列进行比较分析,结果表明:藏猪GH基因有较丰富的核苷酸多态性;检出的24个核苷酸突变位点中有6个发生在外显子区,外显子2内有4个突变位点,导致2个氨基酸变异,外显子3和外显子4内各有一个突变位点,特别是外显子4内这个突变位点引起了1个氨基酸变异;单核苷酸转换(21个位点)大于颠换(5个位点)。     

咸阳地区猪瘟病毒 E2基因扩增与序列分析

为了解陕西咸阳地区猪瘟流行毒株 E2基因变异情况，采用套式 PCR 方法，扩增了17个流行毒株和2个市售疫苗毒株 E2基因主要抗原区，并进行了序列比对分析。结果表明，17个流行毒株和兔化弱毒株（HCLV）株相比，E2基因主要抗原区核苷酸同源性在79．0％～80．9％，氨基酸同源性在80．0％～84．4％。市售疫苗和 HCLV 株核苷酸同源性为93．4％，氨基酸同源性为90．0％。系统发育树分析发现17个流行毒株同属基因Ⅱ群。流行毒株与 HCLV 相应氨基酸位点相比，总体变异氨基酸位点占26．4％，呈现出典型的变异特征。17个流行毒株在2个氨基酸关键位点出现了705（T→I）、729（L→A）变异现象，可能导致抗原性发生改变。发现 E2蛋白高保守序列 RYLASLH（713～719）变异现象，即 XYSY01株719位发生了 H→R 变异。结果提示，近年陕西咸阳地区猪瘟病毒流行毒株变异较为一致，E2基因核苷酸与编码氨基酸有较明显的变异。     

山羊FSHR基因第10外显子序列的克隆与比较研究

根据牛FSHR基因序列设计引物，以波尔山羊和莱芜黑山羊基因组为模板，应用PCR技术克隆测定了FSHR基因第10外显子序列，并与牛该区段序列进行了比较研究。结果表明，PCR扩增获得的片断为1643bp，三畜种FSHR基因第10外显子长均为1233bp。莱芜黑山羊和波尔山羊的第10外显子序列与牛该序列相比，同源性分别为97．49％和97．41％，分剐在31个和32个位点发生碱基突变。均引起10处氨基酸密码改变。波尔山羊该序列与莱芜黑山羊的比，同源性为99．60％，且3个位点有碱基突变，其中＋1184和＋1365住点突变引起氨基酸密码改变。     

鸡白细胞介素-17基因的克隆和序列分析

根据GenBank中收录的鸡白细胞介素-17（ChIL-17）基因的cDNA序列设计了1对特异性引物，以经ConA刺激3h的鸡脾淋巴细胞总RNA为模板，用RT-PCR方法成功克隆了ChIL-17的cDNA。该cDNA全长725bp，其中第2～508位是该基因的阅读框（ORF），共编码169个氨基酸。与已报道的序列相比较，二者核苷酸序列的同源性为99．6％（722／725），共有3个碱基发生变异，其中有2个变异位于阅读框之内。DNAssit软件分析表明，二者推导的氨基酸序列同源性为100％。同时，以鸡脾淋巴细胞DNA为模板，用PCR方法首次扩增获得了ChIL-17的基因组DNA序列，经序列分析，其序列全长1934bp，由2个内含子和3个外显子组成，3个外显子分别位于第2～27、569～815和1484～1720bp处。     

固始鸭白细胞介素-18全基因克隆与分子进化分析

根据GenBank发表的鸭IL-18cDNA基因序列设计、合成一对引物,应用RT-PCR技术,无需用非特异性免疫原如PHA等刺激脾淋巴细胞,直接提取脾淋巴细胞总RNA,扩增固始鸭IL-18基因,并克隆、测序。测序结果表明固始鸭IL-18基因全序列为610bp,包含1个完整阅读框,编码1条由200个氨基酸残基组成的多肽。序列分析发现,固始鸭IL-18基因与GenBank中两条鸭IL-18基因(AF336122和DQ490137)核苷酸同源性分别为98.8%、99.8%,与AF336122有5个碱基发生非同义变异,2个碱基为同义变异,氨基酸同源性为97.5%,与DQ490137有一个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为99.5%。固始鸭IL-18前体蛋白第30位谷氨酸处有一个IL-1β转换酶的caspase-1切割位点及在人和其他动物中已证实的IL-1标签序列,推测鸭IL-18成熟蛋白由170个氨基酸组成。固始鸭与人和其他动物的IL-18基因进化分析表明,IL-18基因存在着种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高。     

鸡MHC基因B-G区域的生物信息学分析

根据鸡主要组织相容性复合体（MHC）基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域（207bp）进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示：该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%、33.4%,C＋G含量为53.2%,T＋A含量为46.8%,C＋G含量高于T＋A含量;同时检测到27个核苷酸变异位点,导致14个氨基酸位点的变异;16条序列进行单倍型构建获得16种单倍型,单倍型多样度达到了高的多样水平。试验结果表明,鸡MHC-B-F基因外显子2的序列表现出了高度的多态性,而且其序列的多态性更多地表现在氨基酸水平上。     

超强毒IBDV GX8/99株不同传代毒致病性与VP5基因的关系分析

将vvIBDV GX8/99株原代毒、鸡胚毒、克隆化毒、回传SPF鸡10代次毒及克隆化细胞传20代次毒分别测定ELD50,以相同的ELD50病毒量分别接种SPF鸡,从而观察vvIBDV GX8/99株在传代过程中致病性的变化规律。同时分别提取病毒RNA,通过RT-PCR、PCR扩增、基因克隆、核苷酸序列测定和分析,对IBDV GX8/99株的24株不同传代毒的VP5基因进行比较,发现其同源性在94%～100%,并且有15个易发生变异的位点,其中位点bp#2、#8、#52、#145、#232、#272、#310、#364、#385、#409的碱基变异引起了相应氨基酸的改变,而位点bp#18、#285、#331、#354、#397的碱基变异没有引起相应氨基酸的变化。通过比较分析,可以看到在致死率由原代毒的86.7%降为GXE10的43.0%时VP5基因的核苷酸有4个位点发生了变异,致死率由GXE10的43.0%降为GXC23的3.3%时VP5基因的核苷酸有10个位点发生了变异;而将GXC23克隆化后的4株毒株致病性变化不大,并且仅在GXCL1-1的#8位点,GXCL2-1和GXCL4-1的#364位点发生变异;将4株克隆化毒株回鸡传10代后的致死率有一定程度的回升,且有2个位点发生变异;4株克隆化毒株在细胞上连续传20代后其致死率都降为0.0%,并且克隆株5没有发生核苷酸变异而克隆株1,2,4也仅有1个核苷酸位点发生变异。由此推论vvIBDVGX 8/99株的致病性与VP5基因某些氨基酸的变异有一定的关系,更可能与病毒对细胞的亲嗜性关系密切;这为探明vvIBDV毒力改变的分子基础,从而解释自然界中vvIBDV出现和致弱的原因提供了佐证。     

野猪生长激素基因的克隆与序列分析

参考家猪GH基因序列[M17704.1],设计1对特异引物,用PCR方法从野猪基因组中扩增出1条长约1.8kb的DNA片段。PCR产物经PMD18-TVector载体转化感受态DH5α株大肠杆菌,获得重组克隆子。结果表明:野猪生长激素基因DNA序列长1792bp,含完整的5个外显子和4个内含子,与家猪、牛、山羊、河马、狗、小鼠和恒河猴的GH基因cDNA序列同源性分别为99.19%、89.6%、89.7%、94.6%、92.9%、86.9%、77.3%。其cDNA所编码氨基酸与牛、山羊、河马、狗、小鼠和恒河猴同源性分别为98.74%、83.9%、83.9%、92.5%、90.7%、81.6%、65.5%。所测野猪生长激素基因序列与13个家猪品种的GH基因序列比较,检出54个核苷酸变异位点(外显子12个,内含子36个,侧翼区6个),其中24个为各家猪品种内所不具有的新变异位点,即野猪种群特有变异位点。在外显子的12个变异位点中,有8个可导致氨基酸残基的改变。这些结果,表明了野猪GH基因在进化过程中的保守性和多态性。     

福建地区猪瘟病毒流行株基因分型及E2基因遗传变异分析

为了解福建地区2013—2014年猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的分子生物学特性与变异规律,采集了福建地区多个猪场的40份疑似猪瘟样品,应用RT-PCR技术对E2基因的主要抗原编码区进行扩增及序列分析,其中31份为猪瘟阳性。序列分析结果表明,31株CSFV流行毒株之间核苷酸与氨基酸的同源性分别为78.5%~100.0%和82.2%~100.0%,与国内外分离株的核苷酸同源性为81.1%~98.9%,氨基酸同源性为79.8%~95.6%;遗传进化树分析表明,31株CSFV属于1.1和2.1亚群,其中23株为1.1亚型,8株为2.1b和2.1c亚群,没有发现2.2和2.3亚群毒株。氨基酸序列分析表明,流行株在免疫逃逸相关位点705,713,729和734位氨基酸发生变异,FJ02毒株B细胞表位关键位点771位氨基酸发生变异,表明福建地区CSFV流行毒株呈现遗传变异多样性。     

林麝AR基因外显子1、4、8的克隆和多态性检测

雄性激素受体(AR)基因外显子多态性可能与动物生产性能存在一定的相关关系。检测雄性林麝AR基因外显子1、4、8的多态性,探究其多态位点与泌香量的相关性,以期为选育高产优质麝香的林麝奠定基础。采用聚合酶链反应-单链构象多态性分析方法检测雄性林麝AR基因外显子1、4、8的多态性,并对其单核苷酸序列进行测序分析。结果发现:雄麝AR基因外显子1、4、8的扩增片段在雄麝中均不存在多态性。雄性林麝AR基因外显子1、4、8具高度保守性。     

中国南方荷斯坦奶牛κ-CN基因第四、第五外显子的多态性研究

本文利用PCR-RFLP技术，检测了中国南方荷斯坦牛κ-酪蛋白（κ-casein，κ-CN）基因第4、第5外显子的遗传多态性。结果表明：κ-CN基因第4、第5外显子均存在遗传多态性，第4外显子上存在突变位点g．10943A〉C，第5外显子上存在突变位点g．15153T〉C。第4外显子有两种基因型（AA，AB），等位基因频率分别为0．9379和0．0621，第5外显子有三种基因型（AA，BB，AB），等位基因频率分别为0．6512和0．3488。κ-CN两个外显子PCR-RFLP位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律（p〉0．05）。κ-CN基因第4、第5外显子座位的多态信息含量分别为0．1097和0．3511，第4外显子呈现低度多态，第5外显子呈现中度多态；其杂合度、有效等位基因数分别为0．1165、1．1318和0．4543、1．8324。     

中国荷斯坦奶牛κ-CN基因第四、第五外显子的多态性研究

本文利用PCR-RFLP技术,检测了中国南方荷斯坦牛κ-酪蛋白(κ-casein,κ-CN)基因第四、第五外显子的遗传多态性.结果表明:κ-CN基因第四、第五外显子均存在遗传多态性,第四外显子上存在突变位点g.13100A＞C,第五外显子上存在突变位点g.15153 T＞C.第四外显子有两种基因型(AA,AB),等位基因频率分别为0.9379和0.0621,第五外显子有三种基因型(AA,BB,AB),等位基因频率分别为0.6512和0.3488.κ-CN两个外显子PCR-RFLP位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定理(P＞0.05).κ-CN基因第四、第五外显子座位的多态信息含量分别为0.1097和0.3511,第四外显子呈现低度多态,第五外显子呈现中度多态;其杂合度、有效等位基因数分别为0.1165、1.1318和0.4543、1.8324.     

The Correlation Between Polymorphisms of Exon1 and Exon4 of DRB1 Gene and Brucellosis in Kazakh Sheep

The purpose of this experiment was to study the correlation between exon 1 and 4 polymorphisms of DRB1 gene and brucellosis in Kazakh sheep.Using RBPT serological tests to try sheep serum,reference in GenBank sheep MHC Class Ⅱ area DRB1 gene sequences (Accession No.:NC_040271.1),the exon 1 and 4 pieces designed primers,using PCR-SSCP and DNA sequencing technology to 230 Kazak sheep DRB1 gene polymorphism detection,analyze its polymorphism loci and the relationship between the Kazak sheep Brucella susceptibility.The results showed that 66 Kazakh sheep were positive for Brucella in RBPT test,and the positive detection rate was 28.7%.There was one SNP locus (F1-G22A) in exon 1 fragment,and sequencing determined two genotypes (GG and GA),the dominant allele and genotype were G and GG respectively,and the susceptibility genotype of the polymorphisms of F1-G22A was GA.Chi-square test showed that there was no significant correlation between the polymorphisms of DRB1 gene F1-G22A and Brucella susceptibility in Kazakh sheep (P>0.05).According to the analysis of bioinformatics online software,the F1-G22A polymorphic sites lead to the change of RNA secondary structure and the decrease of minimum free energy,and lead to the change of protein secondary structure.No SNPs were found in DRB1 exon 4 fragment.Therefore,there might be a certain correlation between the polymorphisms of DRB1 gene F1-G22A and Brucella susceptibility in Kazakh sheep.     

哈萨克绵羊DRB1基因外显子1和4多态性与布鲁氏菌病的相关性研究

试验旨在对哈萨克绵羊DRB1基因外显子1和4多态性与布鲁氏菌病的相关性进行研究。使用虎红平板凝集试验（RBPT）对试羊的血清进行血清学检测，参考GenBank中绵羊MHC ClassⅡ区DRB1基因序列（登录号：NC_040271.1），对其外显子1和4片段设计引物，采用PCR-SSCP和DNA测序技术对230只哈萨克绵羊的DRB1基因进行多态性检测，分析其多态位点与哈萨克绵羊布鲁氏菌易感性之间的关系。RBPT检测发现66只哈萨克绵羊为布鲁氏菌感染阳性，阳性检出率为28.7%。外显子1片段存在一个SNP位点（F1-G22A），测序确定两种基因型（GG、GA），优势等位基因和基因型分别为G、GG，F1-G22A多态位点的易感基因型为GA。卡方检验表明，哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性的相关性不显著（P>0.05）。通过生物信息学在线软件分析得出，F1-G22A多态位点导致了RNA二级结构的改变和最小自由能的降低，引起了蛋白质二级结构的改变。DRB1基因外显子4片段未发现SNPs。由此得出，哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性可能存在一定的相关性。     

通过PCR-SSCP检测乌珠穆沁马ELA-DQA第二外显子的多态性

实验通过PCR-SSCP技术检测了50匹中国乌珠穆沁马的ELA-DQA第二外显子。结果表明:50匹乌珠穆沁马中共出现11种基因型:5种纯合子分别记为AA、BB、CC、DD和EE型,其中AA型为单带;其余4种纯合子均为3条带;6种杂合子分别记为AB、AC、AD、AE、BD和BE型,带型不一,其中A、B、C、D和E等位基因频率分别为0.28、0.25、0.11、0.16和0.20。这表明乌珠穆沁马ELA-DQA第二外显子多态性丰富。     

BMY牛MSTN基因exon 2克隆及序列分析

[目的]克隆BMY牛MSTN基因外显子2的序列,以期分析其遗传变异.[方法]通过对PCR产物进行克隆,比较哺乳动物MSTN基因外显子2之间的同源性,并构建其系统发育关系.[结果]通过PCR扩增,对PCR产物克隆得到BMY牛MSTN基因exon 2序列为372 bp编码124个氨基酸残基,牛亚科物种间的核苷酸同源性较高,在98.7％～100.0％之间,BMY牛、瘤牛、牦牛与大额牛079-gayal(Bos frontalis)的氨基酸序列一致,而日本和牛在第89位发生了天冬酰胺(Asn)→丝氨酸(Ser)的突变.构建的牛亚科几个物种之间的系统发育关系表明,含有瘤牛血统的BMY牛与瘤牛、牦牛的关系较近,且大额牛079-gayal与瘤牛的关系也近,推测大额牛在其形成历史中曾经受过瘤牛的基因渐渗.牛亚科物种的牦牛、大额牛、日本和牛、瘤牛与BMY牛聚为一支,而与水牛的关系较远.人与黑猩猩、猕猴聚为明显的一支.[结论]BMY牛MSTN基因外显子2长度为372 bp,系统聚类分析表明BMY牛含有瘤牛血统和典型的瘤牛特征.     

大额牛Bola-DRB3基因第2外显子的PCR-RFLP多态性分析

本文应用PCR-RFLP方法研究了大额牛MHC Ⅱ类基因座位的Bola-DRB3基因第2外显子的遗传多态性.结果表明:Hae Ⅲ酶切出现3种基因型,即NN、OO、NO,由N和Q两个等位基因控制;NO为优势基因型,O为优势基因.RsaⅠ酶切也出现3种基因型,即PP、Pq、QQ,由P和Q两个等位基因控制;QQ为优势基因型,Q为优势基因,说明大额牛在有些基因位点上,特别是在Bola基因系统中还是具有较为丰富的遗传多态性;经X2适合性检验表明两位点均符合Hardy-Weinberg平衡,这对保种是有利的.作者认为目前大额牛的保种应以传统保种方法为主,在泸水县、福贡县等地引种,异地纯繁成功的基础上,国家给予重点扶持,建立保种场和核心群进行重点保种;同时,应积极探索冻精、冻胚以及分子标记辅助保种和基因库保种等方法,加大生物技术保种的研究和应用力度;在必要的条件下建立大额牛冻精、冻胚的"基因库",开展细胞工程、胚胎工程方面的研究,并探讨细胞核移植作为大额牛遗传资源保存的可行性和现实性.     

霍阿基亚型羊驼显性白毛调控基因外显子2的克隆与序列分析

羊驼作为一种高品质毛皮经济动物,对其毛色的研究可以为提高羊驼经济价值提供理论依据。本试验应用RT-PCR技术克隆羊驼显性白位点基因(KIT)第2外显子(exon2),并与其他动物相应区域进行同源性比较,结果发现其序列与牛和山羊的同源性较高,可达到96%,其编码的氨基酸更高,达98%;而与人和家鼠的同源性较低,只有78%和57%。该研究结果为加快霍阿基亚型羊驼育种进展提供了理论依据。     

Polymorphism Analysis of the Agouti-related Protein Gene Exon Ⅰof Quail

The poultry feather color inheritance has been a hot research topic, because the feather color is a kind of important quality character.In this study, we used polyacrylamide gel electrophoresis to detect the polymorphisms of four quail populations of different feather color (China Yellow quail, Black quail, Korean quail, Beijing White quail) of agouti-related protein gene (Agrp) exon Ⅰ, so as to investigate the relationship of Agrp exon I with quail plumage color, and to provide reference for the breeding and production of quail.The results showed that two alleles were detected in the Agrp exon Ⅰ of China Yellow quail, Black quail, Korean quail, Beijing White quail populations,and expressed by A and B, respectively. Frequency of allele A in Beijing White quail was up to 0.9500. The frequency of B allele in Korean quail was the highest, reaching 0.3392, in Beijing White quail genes in the lowest frequency is only 0.0500. The genotype frequency of AA genotype in Beijing White quail was the highest (0.9500), the lowest in Korean quail and Black quail (0.4286). BB genotype was not observed in Beijing White quail. We speculated that it may have a certain relationship between Agrp exon Ⅰ B allele and feather color of quail.