基于Seoulin研究所生命科学通用引物标记的水稻种质资源快速DNA指纹图谱分析

用两个Seoulin研究所生命科学通用引物标记即SRILS6与SRILS8,通过建立相应的指纹图谱,对菲律宾国家水稻所水稻种质资源库中265个地方品种的遗传亲缘关系进行了分析。DNA指纹图谱结果显示,两个引物在整个群体材料中共扩增出了55条多态带,每个品种平均33.3条,而平均多态带率达60.5%。根据两个引物的DNA指纹谱带数据,进行单个及合并聚类分析,计算出3个极为相似的聚类系统树图:将样品主要聚成两个大类群,类群Ⅰ与Ⅱ。聚类分析的结果表明,两个SRILS标记便能完全鉴别出所有265个品种,而且揭示了一个相对高的群体遗传多样性。3个聚类系统树图的聚类分布以及类群的组成均极为相似,有91%~95%的相似度,这说明SRILS引物扩增的基因组区域可能已经发生了一定程度的变异以至于表现出高度一致的遗传系谱。SRILS分子标记体系可成为水稻种质资源快速指纹图谱及多样性分析的理想工具,因而是水稻资源管理方面的重要助手,如进行资源鉴定、生物多样性分析以及核心种质构建等。     

运用抗性基因同源序列标记快速进行水稻种质资源DNA指纹图谱分析

用2个抗性基因同源序列(RGA)引物分析了菲律宾国家水稻所水稻种质资源库中265个抗或感水稻东格鲁病(RTV)的种质资源的遗传差异。引物CLRR的分辨能力极高,共扩增出了48条多态带,平均每个品种28.6条。每个品种平均扩增出46.9条多态带。DNA指纹图谱分析结果表明,通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,RGA引物能有效地分析群体材料在分子遗传上的差异,这说明RGA标记是水稻种质资源DNA指纹快速识别的理想选择。通过聚类分析还发现本研究的水稻品种间存在很大的遗传差异。     

基于SSR标记的葡萄品种(系)遗传多样性分析与指纹图谱构建

[目的]对供试葡萄材料进行遗传多样性分析,构建其指纹图谱,为葡萄分类、种质鉴定和制干葡萄定向育种提供科学依据.[方法]利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄(VitisL)品种(系)进行遗传多样性分析及指纹图谱构建.[结果]以52对SSR引物对供试材料的基因组DNA进行PCR扩增,筛选出8对多态性高、谱带清晰的引物.共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100;.多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.686 8～0.964 0,平均为0.908 4.UPGMA聚类分析表明,44份葡萄品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.63～0.92,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系.利用Vmc9a2.1、UDV-017、UDV-033和UDV-041等4条引物构建了品种DNA指纹图谱,可区分44个供试材料.[结论]SSR标记方法可分析供试材料的亲缘关系,利用筛选出的4种引物可构建其DNA指纹图谱.     

梅花宫粉品种群品种遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR标记对梅花60个宫粉品种群品种进行了遗传多样性和亲缘关系分析,11个引物共扩增出106条DNA片段,其中多态性DNA带为93条,占总扩增片段的87.7%。引物扩增DNA片段数在6～13条之间,平均每个引物扩增DNA带数为9.6,扩增DNA片段大小在220～2500bp之间;品种间Nei's遗传距离介于0.081～0.543之间,显示宫粉品种群品种间的遗传差异较大;根据ISSR扩增结果,利用UPGMA法构建树状聚类图,聚类分析将60个品种分为2类,聚类群与品种来源有明显的相关性。     

9个果蔗品种(系)遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

【目的】对9个果蔗品种(系)进行遗传多样性分析并构建其DNA指纹图谱,为果蔗品种鉴定和分子育种等提供理论依据。【方法】利用21个SSR分子标记和毛细管电泳技术对来自4个省份的9个果蔗品种(系)进行遗传多样性分析,应用NTSYS-pc 2.11计算供试材料间遗传相似系数,并运用UPGMA法进行聚类分析,同时构建其DNA指纹图谱。【结果】21对SSR引物共扩增出204条带,多态性比例为75.99%,每对引物可扩增出4~31条带,平均为9.71条。其中,17对引物含有9个果蔗品种(系)的44个特征位点,仅有5对引物鉴别能力最强,单个引物即可将其完全区分开。选择多态性高、鉴别力强且含有品种(系)特征位点的3对引物(SMC36BUQ、SMC597CS和SMC851MS)构建了9份果蔗品种(系)基于44个位点的DNA指纹图谱。9份果蔗材料的遗传相似系数为0.62~0.90,平均为0.77。UPGMA聚类结果显示,9个果蔗材料可分为三大类群,且与材料来源地无直接关系。【结论】9个果蔗品种(系)间的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,遗传多样性并不丰富,在育种中应加大果蔗亲本遗传背景的差异,提高其遗传多样性。     

我国部分香稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

以太湖稻区和引自国内其它地区的39个香稻品种以及2个籼型恢复系对照品种为研究材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析.从已公布的40对水稻SSR引物中筛选出13对核心引物,在这41个水稻品种中共检测到36个多态性片段.据此建立41个水稻品种的DNA指纹图谱,进行聚类分析,发现它们的遗传相似系数在0...     

基于SSR构建中国主栽草莓品种指纹图谱

【目的】利用SSR分子标记构建中国主栽草莓品种的DNA指纹图谱,为保护育种者权益和实现草莓资源的高效鉴定提供基础数据。【方法】以中国目前主栽的草莓品种(70个)为材料,采用荧光毛细管电泳技术对28个SSR分子标记进行评估,利用筛选后的高效SSR标记构建草莓品种的DNA指纹图谱。【结果】从28对引物中选出了5对多态性较高、重复性较好的核心引物。核心引物共检测出40个等位位点,平均每对引物检测出8个等位位点;共检测到142个带型,平均每对引物检测出28.4个带型;各标记的多态信息含量(PIC)为0.79～0.87,平均PIC值为0.83;聚类分析结果表明,草莓品种之间的相似系数范围为0.65～0.97。【结论】成功构建了具有唯一对应关系的70个草莓品种的DNA指纹图谱,为未来草莓品种的资源保护和利用推广提供数据支撑。     

基于SSR小豆新品种(系)DNA指纹图谱构建及亲缘分类初探

为寻求鉴定小豆品种基因型的新途径,对不同地区来源的37个新品种(系)和12个品种资源进行了SSR分析。利用7对SSR引物扩增出的22个多态位点,对供试品种(系)进行了区分,初步构建出供试品种(系)DNA指纹图谱。聚类分析表明,当截值取0.37时,49个小豆材料可划分为7个类群。37个育成品种(系)全部聚在同一类群内,遗传差异相对较小;在育成品种类群内,可划分为8个具有不同特征的亚类群,聚类结果与品种(系)的系谱来源相吻合。地方品种资源内的遗传多样性较高,与育成品种间遗传距离较远。     

新疆早熟陆地棉SSR标记遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用SSR分子标记对41份北疆地区早熟陆地棉品种进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。最终100对引物筛选出8对多态性较好引物,共检测50条带,其中多态性33条,多态性比率66%,每对引物平均扩增到6.25条条带。多态信息含量(PIC)为0.568 0~0.784 6,平均值为0.646 2。聚类分析表明,供试材料在遗传距离为0.42时可划分为3类,第3大类又可以划分为2大亚类,多数品种属于第3大类。利用其中7个特异性标记引物获得的数据构建供试材料的分子指纹图谱。新陆早系列在选育过程中亲本的来源较为广泛,遗传背景较复杂,获得的SSR分子指纹图谱能够用于新疆早熟陆地棉品种及相关材料的鉴定。     

28份余甘子品种遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建

【目的】利用ISSR分子标记技术对28份余甘子种质资源进行遗传多样性分析,并构建其指纹图谱。【方法】从96条ISSR引物中筛选得到9条核心引物,用作广东省农业科学院收集的华南地区28份余甘子品种分子标记,利用UPGMA聚类分析余甘子种质资源遗传多样性,以核心引物UBC809和UBC886组合构建余甘子DNA指纹图谱。【结果】9条ISSR核心引物对28份余甘子样品扩增共得到686条条带,其中多态性条带667条,多态率为97.23%。通过聚类分析将28份余甘子样品聚为4类,其中大果油甘和甜油甘5号遗传分化较大,各单独聚为一类,珍珠油甘、甜油甘2号和甜油甘4号聚为一类,其余23个品种聚为一类。利用核心引物UBC809和UBC886组合,成功构建了余甘子DNA指纹图谱,供试28份余甘子品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。【结论】成功构建了28份余甘子种质的指纹图谱,可用于余甘子种质资源的分类与鉴定,同时可用于余甘子杂交新品种选育。     

芥菜遗传多样性的RAPD分析

随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）是一种新的分子标记技术,利用ＲＡＰＤ标记对芥菜（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ Ｃｏｓｓａ）１６个变种的遗传多样性进行了分析,从６０个１０ｂｐ随机引５物中筛选出２７个有效的,这２７个有效引物共扩增出３３６条ＤＮＡ带,其中２７５条为多态性带,占总数的８１．８５％,平均每个引物扩增出的ＤＮＡ带数为１２．４４,不同引物扩增出各自不同的ＤＮＡ指纹图谱,大部分图谱均有特征或特     

果桑种质资源SRAP指纹图谱构建及遗传差异分析

为了有效区分15份果桑种质资源,利用分子标记SRAP技术进行遗传差异分析并构建DNA指纹图谱。从42对SRAP引物组合中筛选出17对引物进行PCR扩增,得到306条清晰条带,其中多态性条带253条,多态性比率为82.68%,供试材料间的遗传相似系数(GS)在0.390 9～0.811 1之间。选用2对多态性引物（Me2/Em1 和Me7/Em5）,初步构建了15份果桑种质材料的DNA指纹图谱。经过非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,以遗传相似系数0.666为阈值,将供试材料分为3组;根据条带的有无转换为二进制编码形成数字指纹图谱,简便快速区分每份种质材料。采用SRAP分子标记建立的指纹图谱适合于果桑品种的分类和鉴定。     

新疆梨种质资源亲缘关系的ISSR和RAPD分析

[目的]探讨新疆梨种质资源亲缘关系以及遗传多样性,旨在为供试梨资源的分类提供科学依据.[方法]采用ISSR和RAPD分子标记对48份梨种质资源进行聚类分析和遗传关系研究.[结果]14条ISSR引物共扩增出113条清晰的谱带,其中101条显示多态性,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.19条RAPD引物共扩增出163条清晰的谱带,其中多态性谱带138条,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.基于ISSR和RAPD两种标记,利用UPGMA分别构建了48份梨资源的聚类树状图.ISSR和RAPD分别聚类以及两种标记混合聚类均将48份梨种质分为3类:第Ⅰ类群中包括1份种质;第Ⅱ类群中包括23份种质;第Ⅲ类群中包括24份种质.[结论]两种标记适合于梨种质资源亲缘关系和遗传多样性分析,可为梨资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据.     

薹菜种质资源的RAPD和ISSR分析

【目的】对29份薹菜(Brassica campestris L.ssp.chinensis Makino var.tai-tsai Hort) 种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为薹菜的种质资源保护和利用奠定基础。【方法】利用优化的RAPD和ISSR标记体系,对采自山东、江苏和北京的29份薹菜品种进行DNA多态性分析,并采用类平均法对29份薹菜品种的RAPD和ISSR扩增结果进行聚类分析。【结果】从273条RAPD引物中筛选的33个RAPD引物,共扩增出了336条清晰的谱带,其中293条显示多态性,平均每个引物扩增出10.2条多态性谱带,多态性比率为87.2%。利用RAPD标记构建了29份薹菜资源的聚类树状图,距离系数为0.63～0.79。从100条ISSR引物中筛选的45个ISSR引物,共扩增出了522条清晰的谱带,其中414条显示多态性,平均每个引物扩增出9.2条多态性谱带,多态性比率为79.3%;利用ISSR标记构建了29份薹菜资源的聚类树状图,距离系数为0.70～0.86。【结论】基于RAPD和ISSR标记构建的29份薹菜品种的聚类树状图虽有一定差异,但总体趋势一致,1、20、21号薹菜与其他品种的遗传距离相对较远。     

基于分子标记的江西省芝麻地方种质遗传多样性分析

为进一步评价“第三次全国农作物种质资源普查与收集行动”中江西收集的132份芝麻地方种质资源的遗传多样性,明确其遗传基础和群体分类特点。利用筛选获得的28对简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物和26对相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)引物组合对132份江西芝麻地方种质进行遗传多样性研究。结果显示,28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中,多态性条带221条,比例为83.40%,平均每对引物扩增的DNA条带和多态性条带分别为9.46条和7.89条。26对SRAP引物组合扩增得到DNA条带和多态性条带分别为601条和268条,多态性比例为44.59%,每对引物可扩增9~36条DNA条带和2~23条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带为10.31条。132份种质的遗传相似系数为0.598 2~0.960 7,平均为0.813 5,可见总体的遗传多样性不丰富。6个不同地理区域的芝麻遗传相似系数从北至南呈逐渐下降趋势,赣南区域的地方种质遗传多样性较赣北区域丰富;不同粒色类型比较结果显示,其他粒色芝麻类型(黄色、褐色、黄褐色、红褐色等)的遗传多样性最丰富,其次是白芝麻类型和黑芝麻类型。聚类分析结果表明,来源不同的芝麻种质呈区域性聚集特点,种质间的遗传相似性与地理分布距离有一定的关联,来自赣北和赣东的芝麻种质资源因在亲缘关系上更近而被聚为一类,其余区域聚为一类,这与总体聚类结果基本一致。不同粒色类型中,区域来源不同的种质均相互交错,其聚类结果与地理来源无直接关联。在今后芝麻种质收集工作中,应注重赣南与其他粒色种质的利用,扩展江西乃至我国芝麻品种遗传基础。     

咖啡种质资源DNA指纹图谱的构建

选用4份咖啡种质资源为材料,对S1-S100共100个RAPD引物进行筛选,选出多态性好的引物10个。利用这10个RAPD引物对28份咖啡资源进行扩增,共获得86条带,平均每个RAPD引物扩增出8.6条带,多态性谱带74条,多态性条带比率为86.0%。结果表明:供试咖啡种质资源遗传多样性较丰富;10个多态性好的RAPD引物中S8的鉴别效率最高,能将全部供试材料全部区分开,通过整合软件录入如所属种类、种质名称、采样地点、引物、RAPD-PCR扩增数据以及电泳图片等相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成咖啡种质资源的DNA指纹图谱,为咖啡种质资源品种权益保护及分子身份证构建奠定了基础。     

利用ISSR和RAPD标记构建红麻种质资源分子身份证

【目的】对来源于不同国家和地区的51份红麻栽培种、野生种和近缘种进行遗传分析,构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用ISSR和RAPD标记对不同类型的51份红麻种质资源进行分析,计算其遗传相似系数,利用UPGMA法作聚类图,建立分子身份证。【结果】19个ISSR标记共产生113条条带,其中101条为多态性带,多态性比率(PPB)为89.38%;20个RAPD标记共产生118条条带,其中112条为多态性带,多态性比率(PPB)为94.92%。品种间多态性丰富,结合特征带、特异谱带类型和不同引物组合3种分析方法,可有效建立51份红麻种质资源的特异分子身份证。【结论】材料间遗传多样性较高,有较远的遗传距离和较宽的遗传基础,ISSR和RAPD标记技术可有效用于建立红麻种质资源分子身份证。     

东北地区野生百合遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD标记对中国东北地区6种3变种共34份野生百合试材的遗传多样性进行研究.筛选12个随机引物对其总DNA进行扩增,共扩增出101条带,其中83条带具多态性,多态性比率为82.1%,平均每个引物扩增出6.9条多态性谱带.基于 RAPD标记,利用 UPGMA构建了聚类树状图,34份野生百合资源的Nei&Li相异系数介于 0.013 7与0.601 3 之间.结果表明,中国东北地区野生百合具有丰富的遗传多样性,聚类树状图将34份试材分为2大类,第1类包括细叶百合和垂花百合,共5份试材,第2类包括卷丹、毛百合、有斑百合、大花百合、大花卷丹、朝鲜百合和东北百合,共29份试材;卷丹与有斑百合的亲缘关系较近,而与同为卷瓣组的朝鲜百合、细叶百合、大花卷丹等亲缘关系较远.细叶百合与垂花百合亲缘关系较近.