不同绵羊群体KAP2基因多态性分析

为了探究KAP2基因在不同绵羊群体的多态性,本次试验利用PCR-SSCP的方法,分析新吉细毛羊、道赛特羊和小尾寒羊的基因型和突变位点,并对KAP2基因编码区序列进行多态性分析。结果:新吉细毛羊基因序列第292位点处发生T→C的突变,绵羊群体基因型可分为AA、AB、BB基因型;A基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.3261、0.3696、0.5217,B基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6739、0.6304、0.4783,AA基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.2609、0.3043、0.3913,AB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.1304、0.2174、0.2609,BB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6087、0.4783、0.3478。结论:绵羊群体分为AA、AB、BB基因型,BB基因型为优势基因型。     

绵羊GLP2R基因多态性及其与肉质性状的相关分析

为探索胰高血糖素样肽-2受体(glucagon-like peptide-2 receptor,GLP2R)基因多态性与绵羊肉质性状的相关性,试验选用68只南非肉用美利奴羊×东北细毛羊和102只杜泊羊×小尾寒羊的杂交后代为研究对象,采用Sanger测序方法寻找GLP2R基因外显子11序列的突变位点,根据测序结果分析该突变位点的基因型频率和基因频率及卡方适合性检验、纯合度(Ho)、杂合度(He)和多态信息含量(PIC)。结果显示,绵羊GLR2R基因外显子11处存在C/T突变,存在3种基因型:CC、TC和TT,2种等位基因:C和T,其中在南非肉用美利奴羊×东北细毛羊群体中,TC基因型为优势基因型,在杜泊羊×小尾寒羊群体中,CC基因型为优势基因型;2个群体中C均为优势等位基因。卡方适合性检验结果显示,2个群体的C/T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);C/T突变位点在群体内变异较小且处于中度多态(0.25PIC0.5),有一定遗传学意义。不同基因型肉质性状差异结果显示,南非肉用美利奴羊×东北细毛羊TC基因型剪切力显著高于CC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05);杜泊羊×小尾寒羊CC基因型剪切力显著高于TC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05)。本研究在GLP2R基因外显子处发现C/T突变,可能是影响肉质性状的潜在位点,是否能够作为遗传标记还需要进一步探索。     

FSHβ基因CDS区遗传特征及其与小尾寒羊产羔数关系的研究

选择小尾寒羊等5个绵羊群体为研究对象,采用PCR-SSCP和克隆测序等分析方法,检测促卵泡素β(FSHβ)基因CDS区的单核苷酸多态性,并分析其对小尾寒羊产羔数的遗传效应。结果表明:FSHβ基因CDS区第2外显子存在多态性,在5个绵羊群体中都表现出AA、AB和BB3种基因型。BB型第147位发生T→C的单碱基同义突变。高产羔数的小尾寒羊与甘肃高山细毛羊、特克塞尔羊、陶蒙杂种羊之间的基因型分布差异明显(P0.01)。5个绵羊群体均处于中度多态(0.25PIC0.5)。固定效应分析结果表明,场-年-季对小尾寒羊产羔数无影响(P0.05),胎次和基因型均影响产羔数(P0.05)。AA型小尾寒羊产羔数最小二乘均值比AB型的多0.77只(P0.05),比BB型的多0.74只(P0.05)。研究表明,FSHβ基因可能是控制小尾寒羊产羔数的一个主效基因或与之存在紧密连锁的一个分子遗传标记。     

布莱凯特黑牛心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR-SSCP方法测定96头布莱凯特黑牛H-FABP基因外显子2和内含子2的部分序列多态性,并对含有多态序列的片段进行了序列分析。结果表明,引物1、3的扩增序列不存在多态性,引物2、4的扩增序列存在多态性;引物2在内含子第323位点处存在G→A突变,在群体中产生了AA、AB、BB 3种基因型,基因型频率分别为0.448、0.146、0.406,多态信息含量(PIC)为0.375,属于中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率不处于Hardy-Weinberg平衡状态;引物4在内含子2第872位点处存在C→G的突变,产生了HH、Hh、hh3种基因型,基因型频率分别为0.104、0.417、0.479,多态信息含量(PIC)为0.337,为中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

欧拉型藏羊GH基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变.     

梅山猪脂多糖结合蛋白基因292G/A和1168G/A多态性及其对部分免疫指标的影响

本试验采用PCR-RFLP方法对81头梅山猪群体进行脂多糖结合蛋白（lipopolysaccharide binding protein,LBP）基因292G/A和1168G/A位点的多态性检测,进而分析这2个位点的多态性与部分重要细胞因子之间的关系,旨在探讨能否将其作为机体一般抗病力的有效遗传标记。结果发现,LBP基因292G/A MspⅠ酶切位点和1168G/A Bsh1236 Ⅰ酶切位点在梅山猪群体中均可检测到3种基因型：AA、AB和BB。遗传多态性分析表明,1168G/A位点PIC值介于0.25～0.5之间,表现为中度多态;292G/A位点PIC值小于0.25,表现为低度多态。关联分析结果显示,梅山猪LBP基因292G/A位点处,BB基因型个体的IFN-α显著高于AA和AB基因型个体（P<0.05）;1168G/A位点处,3种基因型个体之间所检测的免疫指标均无显著差异（P>0.05）。因此,LBP基因292G/A突变对梅山猪的一般抗病力可能具有一定的影响,有必要对292G/A的遗传效应开展进一步分析与验证。     

绵羊GLP2R基因多态性及其与肉质性状的相关分析

为探索胰高血糖素样肽-2受体（glucagon-like peptide-2 receptor，GLP2R）基因多态性与绵羊肉质性状的相关性，试验选用68只南非肉用美利奴羊×东北细毛羊和102只杜泊羊×小尾寒羊的杂交后代为研究对象，采用Sanger测序方法寻找GLP2R基因外显子11序列的突变位点，根据测序结果分析该突变位点的基因型频率和基因频率及卡方适合性检验、纯合度（Ho）、杂合度（He）和多态信息含量（PIC）。结果显示，绵羊GLR2R基因外显子11处存在C/T突变，存在3种基因型：CC、TC和TT，2种等位基因：C和T，其中在南非肉用美利奴羊×东北细毛羊群体中，TC基因型为优势基因型，在杜泊羊×小尾寒羊群体中，CC基因型为优势基因型；2个群体中C均为优势等位基因。卡方适合性检验结果显示，2个群体的C/T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；C/T突变位点在群体内变异较小且处于中度多态（0.25 < PIC < 0.5），有一定遗传学意义。不同基因型肉质性状差异结果显示，南非肉用美利奴羊×东北细毛羊TC基因型剪切力显著高于CC和TT基因型，TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型（P<0.05）；杜泊羊×小尾寒羊CC基因型剪切力显著高于TC和TT基因型，TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型（P<0.05）。本研究在GLP2R基因外显子处发现C/T突变，可能是影响肉质性状的潜在位点，是否能够作为遗传标记还需要进一步探索。     

绵羊MyoG基因内含子Ⅱ多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】 分析肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因内含子Ⅱ的多态性及其对绵羊生长性状的影响,筛选对绵羊生长发育有显著影响的分子标记,以期为绵羊的分子育种提供参考。【方法】 选取大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、湖羊、杜泊羊5种绵羊为研究对象,采用PCR-RFLP技术对MyoG基因内含子Ⅱ(Eco72 Ⅰ)进行基因分型,利用PopGene32软件计算绵羊MyoG基因内含子Ⅱ的群体遗传多样性,利用SPSS 17.0软件对不同基因型与绵羊生长性状进行关联分析。【结果】 小尾寒羊、杜泊羊、湖羊群体中MyoG基因内含子Ⅱ均存在3种基因型:AA(368/540 bp)、AB(908/368/540 bp)和BB(908 bp);大尾寒羊和豫西脂尾羊群体中仅检测到2种基因型:AB(908/368/540 bp)和BB(908 bp)。大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、湖羊、杜泊羊的AB基因型频率分别为0.845、0.633、0.917、0.706和0.811,BB基因型频率分别为0.155、0.033、0.083、0.176和0.054,AA基因型频率分别为0、0.333、0、0.118和0.135。小尾寒羊的杂合度最低(0.455),杜泊羊的杂合度最高(0.497),表明杜泊羊的遗传多样性要高于其他群体;5个群体多态信息含量(PIC)均为中度多态(0.25<PIC<0.5)。关联分析发现,小尾寒羊MyoG基因内含子Ⅱ BB基因型个体胸围、胸宽、头长、颈长均显著低于AA、AB基因型(P<0.05)。【结论】 MyoG基因内含子Ⅱ Eco72 Ⅰ位点可作为影响绵羊生长性状的分子标记,结果可为今后绵羊生长性状的分子标记辅助选择提供参考。     

绵羊CD9基因g.208082881C>A位点多态性与产羔数的关联分析

为了探究绵羊CD9基因g.208082881CA位点多态性与产羔数之间的关系,利用Sequenom Mass ARRAYR~SNP技术对多羔绵羊品种(小尾寒羊380只)和单羔绵羊品种(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、杜泊羊和草原藏羊共380只)CD9基因g.208082881CA位点多态性进行了检测,并与产羔数进行关联分析。结果表明:CD9基因g.208082881CA位点存在AA和CA两种基因型,A基因为优势等位基因,等位基因频率在单羔、多羔绵羊品种间差异达到极显著水平(P0.01);群体遗传学分析表明,该位点在杜泊羊群体中表现为低度多态(PIC0.25),而在其他绵羊品种中均为中度多态(0.25PIC0.5);卡方适合性检验表明,该位点仅在杜泊羊群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);关联分析表明,该位点多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间并无显著关联(P0.05),AA型第二、三胎产羔数高于CA型。综上可知,CD9基因g.208082881CA位点多态与小尾寒羊产羔数没有显著相关性。     

绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性分析

试验旨在探讨心脏脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)基因在绵羊中的遗传多态性,并寻找可用于辅助选择的分子标记。本研究以滩羊(250只)及滩羊×湖羊杂交F1代(174只)为试验动物,利用SNaPshot分型技术对H-FABP基因(GenBank登录号:AY157617)的多态位点进行单核苷酸多态性(SNP)分析,统计基因频率和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体重、体长、体高、胸围、胸深、胸宽和管围等生长性状的关联性。结果显示:(1)检测到9个多态位点:939[A/G]、980[G/A]、1018[T/C]、2878[C/T]、2956[C/T]、3017[G/A]、3341[G/C]、3394[T/A]、1056[-/G],其中有6处转换、2处颠换、1处单碱基插入。(2)939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]和1018[T/C]的He为0.3200~0.4666,PIC为0.2688~0.3577;2878[C/T]、3017[G/A]位点的He为0.0283~0.1272,PIC为0.0279~0.1191,为低度多态;1056[-/G]位点的He在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0120和0,PIC在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0119和0;9个多态位点在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中均符合Hardy-Weinberg平衡定律。(3)5个多态位点:939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]处于紧密连锁(D’0.99),将H-FABP基因分为3个单倍型:AA、AB和BB。(4)在41只滩羊×湖羊杂交F1代羊中,BB单倍型在各生产性状上具有最大值,但各单倍型间差异不显著(P0.05)。结果表明,绵羊H-FABP基因具有丰富的遗传多态性,939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]5个位点紧密连锁,BB单倍型可能是与绵羊生产性状相关的优势单倍型。     

6个绵羊群体骨形态蛋白受体1B基因多态性分析

试验旨在分析6个绵羊群体骨形态蛋白受体1B（bone morphogenetic protein receptor-1B，BMPR-1B）基因多态性，为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。采集新吉细毛羊、中国美利奴羊（无角型）、东北细毛羊、杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）、白头杜泊羊6个绵羊群体共381只个体的血样，通过PCR-RFLP技术检测BMPR-1B基因多态性，并用DNAStar软件预测蛋白质二级结构，利用Excel 2003软件计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡，以及遗传多样性参数（杂合度（He）、纯合度（Ho）、有效等位基因数（Ne）和多态信息含量（PIC））。结果显示，新吉细毛羊、东北细毛羊、中国美利奴羊（无角型）、白头杜泊羊BMPR-1B基因均不存在多态性；杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）具有多态性，存在3种基因型：++、B+和BB。杜×寒杂交羊（F1）χ²值达到显著水平，处于Hardy-Weinberg不平衡状态；杜×寒杂交羊（F3）χ²值未达到显著水平，处于Hardy-Weinberg平衡状态。杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）的PIC分别为0.311和0.264，为中度多态。推测BMPR-1B基因不是新吉细毛羊、东北细毛羊、中国美利奴羊（无角型）、白头杜泊羊4个绵羊群体多胎性状的主效基因，但可作为杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）多胎性状的主效基因。     

崇明岛山羊群体H-FABP基因多态性的研究

以崇明岛53只崇明白山羊、30只徐淮山羊、37只杂山羊为实验材料,利用直接测序寻找心脏型脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)部分exon2及intron2序列上的SNPs,PCR-RFLP分析其多态性。结果表明:存在3个SNP位点(A1017G、C1115T、G999-)。A1017G通过HaeⅡ-RFLP得到BB、Bb、bb 3种基因型,除徐淮山羊外,崇明白山羊和杂山羊处于Hardy-Weinberg非平衡状态,3个群体均为低度多态(PIC<0.25)。C1115T未引起酶切位点改变。G999-通过SauⅠ-RFLP得到DD、Dd、dd 3种基因型,崇明白山羊处于Hardy-Weinberg非平衡状态,为低度多态(PIC<0.25);徐淮山羊和杂山羊只有DD基因型,呈严重的偏态,没有多态性。本研究表明H-FABP在不同山羊品种中具有单核苷酸多态性,可进一步作为候选基因分析其与肌内脂肪含量性状的关联性。     

4个绵羊品种Callipyge基因和Meg3.1、DLK1-INTR1.1位点的SNPs分析

对宁夏滩羊(TAN,n=87),特克塞尔(TX,n=73),萨福克(SF,n=70)和无角道塞特(PD,n=112)4个绵羊群体DLK1-GTL2印记化结构域的Callipyge、Meg3.1和DLK1-INTR1.1基因座位进行SNP检测,并对Callipyge基因进行PCR-RFLP分析。结果表明:Callipyge基因没有发现A→G的突变,但在该位点其上游35bp处检测到1个C→T的突变。在Meg3.1位点附近发现了2个呈紧密连锁的突变,在DLK1-INTR1.1座位附近发现了5个SNP位点。提示,上述绵羊群体在DLK1-GTL2印记化结构域表现丰富的SNP多态,基因及基因型频率群体间差异显著。     

6个绵羊群体BMP15、GDF9基因多态性分析

本研究旨在检测新吉细毛羊、中国美利奴羊（无角型）、东北细毛羊、杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）、白头杜泊羊6个绵羊群体骨形态发生蛋白15（bone morphogenetic protein 15,BMP15）、生长分化因子9（growth differentiation factor 9,GDF9）基因的多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。以6个绵羊群体共378只个体为研究对象,利用PCR-SSCP技术检测BMP15、GDF9基因多态性;用DNAStar软件与I-TASSER软件预测蛋白质二级结构和三级结构;计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡、杂合度（He）、纯合度（Ho）、有效等位基因数（Ne）和多态信息含量（PIC）。运用GraphPad Prism 6软件对新吉细毛羊群体BMP15基因多态性与产羔数进行相关性分析。结果显示,BMP15基因P1引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型：AA、AC、CC,该突变为BMP15基因外显子1上58-60 bp 3个碱基（CTT）缺失,新吉细毛羊、杜×寒杂交羊（F3）、白头杜泊羊的χ²值均达到显著水平,处于Hardy-Weinberg不平衡状态,不同基因型间新吉细毛羊平均产羔数差异均不显著（P>0.05）;GDF9基因P2引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型：DD、DE、EE,其中新吉细毛羊仅有1种基因型：DD,该突变为GDF9基因外显子2上477 bp处T→C的转换,该突变未导致氨基酸的改变,除新吉细毛羊外其余5个群体χ²值均未达到显著水平,处于Hardy-Weinberg平衡状态,说明GDF9基因T477C突变不能作为新吉细毛羊多胎性状遗传标记位点。     

中国美利奴羊DLX3基因3′UTR的多态性及其与羊毛品质性状的关联分析

为探讨DLX3基因的多态性与绵羊羊毛品质及生长性状的关系,本研究以5个品系的中国美利奴羊(新疆军垦型)为试验材料,采用PCR-RFLP方法开展了DLX3基因3′UTR区4个SNPs的多态性检测。通过卡方检验分析了4个SNPs在各品系绵羊中的等位基因频率,采用连锁不平衡分析构建了这4个SNPs的单倍型,最后将单位点和单倍型分别与绵羊羊毛品质和生长性状进行关联分析。结果表明:4个SNPs在5个品系间的等位基因频率均存在极显著差异(P<0.01);超细毛绵羊品系与其他4个品系间的基因型分布均存在极显著差异(P<0.01),2个多胎品系与其他3个品系间的基因型分布同样存在极显著差异(P<0.01);相关分析显示,这4个SNPs及其单倍型均对羊毛卷曲度有显著影响(P<0.05),而对其他羊毛性状及生长性状无显著影响(P>0.05)。由此可见,中国美利奴羊(新疆军垦型)DLX3基因3′UTR区的多态性与绵羊毛发卷曲度性状显著相关,可以尝试使用这些SNPs开展高品质细毛羊的分子标记辅助选择。     

细毛羊KRT26基因多态性及其与羊毛细度的关联性分析

本研究旨在揭示影响绵羊重要经济性状的功能基因的分子遗传特征及其与细毛羊群体的遗传关系,为高效选育绵羊品种经济性状及其种质资源的保护与利用提供分子遗传学依据。试验利用PCR-SSCP、DNA测序和生物信息学对289个细毛羊的KRT26基因进行遗传变异分析及其与细毛羊羊毛细度的关联性分析。结果表明,KRT26基因在该细毛羊群体中存在AA、AB、BB 3种基因型,其基因型频率分别为0.221、0.426和0.353,A、B等位基因频率分别为0.434、0.566,细毛羊群体的多态信息含量为0.371,呈中度多态水平,且处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P0.05)。经过BioEdit软件比对序列和Chromas软件分析测序结果显示,KRT26基因发现5处碱基突变:83bp(G/C)、86bp(T/C)、112bp(C/T)、140bp(G/A)和247bp(C/T),并通过氨基酸序列的比对结果表明,2处发生了氨基酸的替代,即Val/Ile和Asn/Lys。KRT26基因在细毛羊群体中AA基因型个体极显著高于AB和BB基因型(P0.01)。因此,KRT26基因可能作为羊毛细度性状的一个新的分子标记。     

绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性分析

试验旨在探讨心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein，H-FABP）基因在绵羊中的遗传多态性，并寻找可用于辅助选择的分子标记。本研究以滩羊（250只）及滩羊×湖羊杂交F1代（174只）为试验动物，利用SNaPshot分型技术对H-FABP基因（GenBank登录号：AY157617）的多态位点进行单核苷酸多态性（SNP）分析，统计基因频率和基因型频率，进行Hardy-Weinberg平衡性检测，计算期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ne）等遗传多态指标，分析候选基因不同基因型与体重、体长、体高、胸围、胸深、胸宽和管围等生长性状的关联性。结果显示：①检测到9个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、1018[T/C]、2878[C/T]、2956[C/T]、3017[G/A]、3341[G/C]、3394[T/A]、1056[-/G]，其中有6处转换、2处颠换、1处单碱基插入。②939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]和1018[T/C]的He为0.3200~0.4666，PIC为0.2688~0.3577；2878[C/T]、3017[G/A]位点的He为0.0283~0.1272，PIC为0.0279~0.1191，为低度多态；1056[-/G]位点的He在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0120和0，PIC在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0119和0；9个多态位点在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中均符合Hardy-Weinberg平衡定律。③5个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]处于紧密连锁（D'>0.99），将H-FABP基因分为3个单倍型：AA、AB和BB。④在41只滩羊×湖羊杂交F1代羊中，BB单倍型在各生产性状上具有最大值，但各单倍型间差异不显著（P>0.05）。结果表明，绵羊H-FABP基因具有丰富的遗传多态性，939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]5个位点紧密连锁，BB单倍型可能是与绵羊生产性状相关的优势单倍型。