高原型藏绵羊KAP基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP7和KAP8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP3.2和KAP8基因座达中度多态,而在KAP7基因座为低度多态,在KAP3.2和KAP8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP3.2和KAP8基因上分别存在1个C→T(271 bp)和1个T→C(1122 bp)的突变,均属于同义突变,KAP7基因5′调控区存在1个T→C(102 bp)的突变。     

藏系绵羊KAP3.2基因多态性及其对部分经济性状的影响

采用PCR-SSCP和DNA测序技术,对高原型、欧拉型和乔科型3个类型共254只藏绵羊KAP3.2基因的部分序列进行多态性分析,并利用最小二乘线性模型研究了其多态性与体质量、毛长和产毛量性状的关联性。结果,3个群体藏绵羊在KAP3.2基因座上均检测到AA、AB和BB 3种基因型,高原型以A等位基因为主,欧拉型和乔科型以B等位基因为主。3个群体基因型频率均处于Hardy-Weinberg非平衡状态,高原型和欧拉型达中度多态,乔科型为低度多态。测序表明KAP3.2基因271 bp处存在1个C→T的突变,属同义突变。体质量性状上,3类藏绵羊各基因型间均差异不显著;毛长性状上,3类藏绵羊AA基因型均显著高于BB型(P<0.05或P<0.01),而与AB型间无显著差异;产毛量性状上,3类藏绵羊AA基因型均显著高于BB和AB型(P<0.05)。结果表明,KAP3.2基因可作为影响藏系绵羊毛长和产毛量性状的分子标记。     

3个山羊品种角蛋白辅助蛋白7基因的遗传多态性分析

本研究采用PCR-SSCP方法对陕北白绒山羊、太行黑山羊及南疆绒山羊的角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)7基因进行遗传多态性研究。结果显示,KAP7基因在3个山羊品种中有多态性,有AA和AB 2种基因型,AA基因型均为其优势基因型。测序结果发现,KAP7基因在129 bp处存在C→G的突变,突变的位置位于5'调控区。     

欧拉型藏羊GH基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变.     

新吉细毛羊KAP24.1基因多态性及羊毛性状的相关性分析

为了解角蛋白关联蛋白(KAP)24.1基因在新吉细毛羊群体中的多态性与其毛用性状的关联性,试验采用DNA测序法对新吉细毛羊基因组编码区进行测序,找出基因突变位点,然后采用PCRSSCP技术对497只新吉细毛羊KAP24.1基因编码区序列进行多态性分析,并利用最小二乘模型对其多态性与产毛量、纤维直径、拉伸长度进行关联性分析。结果表明:在编码区有两处突变点,一处在348 bp处发生C→T的突变,脯氨酸突变为亮氨酸;另一处在414 bp处发生T→C的突变,丝氨酸突变为脯氨酸,均属于错义突变,KAP24.1基因的AA、AB、BB和CC基因型与纤维直径不相关(P0.05),BB基因型的产毛量和拉伸长度显著大于AB基因型、CC基因型(P0.05)。说明KAP24.1基因可以作为新吉细毛羊产毛量和拉伸长度主要候选基因之一,BB基因型可以作为分子标记用于预测绵羊产毛量和拉伸长度。     

小尾寒羊KAP6.4基因PCR-SSCP分析

KAP6.4是角蛋白关联蛋白KAP基因家族中的一员。为探究小尾寒羊中KAP6.4基因是否存在多态性,试验通过提取小尾寒羊血液样品DNA,利用PCR-SSCP技术检测KAP6.4基因的SNP多态。试验检测到2种基因型,其中AA(基因型频率为0.778)为优势基因型,A(等位基因频率为0.889)为优势等位基因。测序结果显示,AA型基因和Gen Bank登陆序列相一致,AB型基因在编码区发生了7处碱基突变和增添36 bp片段。分析表明,AB型变异造成了3个氨基酸残基的变化。以上结果表明,KAP6.4基因在小尾寒羊群体中存在多态性,这为进一步在小尾寒羊群体中开展绒毛性状与KAP6.4基因多态性的关联分析提供依据。     

不同绵羊群体KAP2基因多态性分析

为了探究KAP2基因在不同绵羊群体的多态性,本次试验利用PCR-SSCP的方法,分析新吉细毛羊、道赛特羊和小尾寒羊的基因型和突变位点,并对KAP2基因编码区序列进行多态性分析。结果:新吉细毛羊基因序列第292位点处发生T→C的突变,绵羊群体基因型可分为AA、AB、BB基因型;A基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.3261、0.3696、0.5217,B基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6739、0.6304、0.4783,AA基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.2609、0.3043、0.3913,AB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.1304、0.2174、0.2609,BB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6087、0.4783、0.3478。结论:绵羊群体分为AA、AB、BB基因型,BB基因型为优势基因型。     

朗德鹅A-FABP基因内含子2多态性及其与产肝性能的关联分析

采用PCR-SSCP法检测77只朗德鹅A-FABP基因内含子2的多态性,并对基因多态性与肥肝性能进行关联分析。结果表明:扩增序列大小为482 bp,发现有2个突变位点,在162 bp处发生T→C突变,在322 bp处发生C→T突变,鹅群中表现出AA、AB和BB 3种基因型,且基因型频率分别为0.1948、0.5455、0.2597,A和B等位基因基因频率分别为0.4676、0.5324,群体该多态位点处于Hardy—Weinberg遗传平衡状态。单因素方差分析显示,AB型个体的肝重和肝体比均最高,其中AB、AA型个体肝体比差异显著(P<0.05),AB、BB型个体肝重差异显著(P<0.05)。初步推断,A-FABP基因可作为影响朗德鹅产肝性能的候选基因,其中基因型AB为有利基因型。     

甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究

为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示：武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.9167、0.0833;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。     

巢湖鸭生长素基因和垂体特异性转录因子1基因的PCR-SSCP检测

以生长素基因Ghrelin和垂体特异性转录因子1 Pit-1基因为候选基因,采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测2个候选基因在巢湖鸭群体中的单核苷酸多态性(SNPs)。结果表明,Ghrelin基因exon 3第54 bp位置有G→A碱基的点突变,在巢湖鸭群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.49,B等位基因频率为0.51;在exon 5第149位和166位发生了C→A和G→T的突变,检测到MM、MN、NN 3种基因型,M等位基因频率为0.19,N等位基因频率为0.81。Pit-1基因的2对引物的扩增片段均未检测到多态性,说明所检测的Pit-1基因外显子3和4序列比较保守。     

ESR基因多态性对不同胎次的大白猪母猪产活仔数的影响

为了研究ESR基因对大白猪经产母猪整个生产周期的影响并应用于猪繁殖性状改良,试验检测了该基因在472头大白猪经产母猪中的多态性分布,并根据基因分型结果分析了不同基因型对该群体1774胎产活仔数的影响。结果表明,AA、AB、BB基因型频率为0.206、0.572、0.222,AB基因型为优势基因型;A、B基因频率为0.493、0.507,B等位基因为优势等位基因。通过对不同胎次的分析发现,头胎AB基因型个体的产活仔数高于AA、BB基因型个体;2胎BB基因型个体的产活仔数高于AA、AB基因型个体;3胎AB、BB基因型个体的产活仔数高于AA基因型个体;4～7胎AA基因型个体的产活仔数最多（5胎除外）,8胎及以上胎次AB基因型个体的产活仔数最多,呈现一定的规律性,但是各胎次内的差异均不显著。     

ESR、FSHβ及OPN基因多态性与母猪繁殖性状的关联分析

采用PCR-RFLP法对大白猪和长白猪猪群进行了雌激素受体基因（ESR）、卵泡促激素β亚基基因（FSHβ）和骨桥蛋白基因（OPN）等3个与繁殖性能相关的基因多态性检测,并对不同基因型的总产仔数、产活仔数及出生窝重进行了相关分析。结果表明：①在长白猪中,ESR和OPN基因的优势基因是A等位基因,FSHβ基因的优势基因是B等位基因;在初产母猪中,ESR基因BB型个体比AA型个体总产仔数、产活仔数及出生窝重高,FSHβ基因AA型个体比BB型个体总产仔数、产活仔数及出生窝重上高,OPN基因BB基因型个体比AA基因型个体总产仔数少1.20头,差异显著（P＜0.05）;在经产母猪中,OPN和FSHβ基因AA型个体比BB型个体总产仔数和产活仔数高,ESR基因总产仔数、产活仔数规律与初产母猪相反。②在大白猪群体中,ESR基因的优势基因是A等位基因,FSHβ和OPN基因的优势基因是B等位基因;在初产母猪中,ESR基因AA型比BB型个体产活仔数和出生窝重高,OPN和FSHβ基因AA型个体比BB型个体总产仔数和产活仔数高;在经产母猪中,ESR、FSHβ及OPN基因全都表现出BB型比AA型个体总产仔数和产活仔数高的趋势。     

鲁西黄牛GH基因3′末端序列多态性及其与生产性状的关联分析

本研究检测了鲁西黄牛GH基因3′末端序列的多态性,并分析了其与生产性状的相关性。结果发现,由于2639 bp处碱基C→G的突变造成HaeⅢ内切酶增加了一个酶切位点,该位点检测到AA、AB、BB 3种基因型。利用最小二乘拟合线性模型对GH基因多态位点不同基因型与生产性状指标进行显著性检验,结果发现,GH位点上AB基因型的体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数显著高于AA、BB基因型(P0.05);BB基因型的个体体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数略高于AA基因型,但差异不显著(P0.05)。因此,等位基因B可初步确定为影响牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数的优势基因。     

苏太猪ESR基因多态性及其与繁殖性能的关联分析

本研究采用PCR-RFLP方法对苏太猪的ESR基因PvuⅡ位点多态性进行检测,并分析其与繁殖性能间的关系。结果表明,ESR基因的3种基因型AA、AB、BB在苏太猪中的频率分别为0.089、0.570、0.341;其中在初产母猪中,AA基因型个体的产活仔数（NBA）和初生窝重（BLW）显著高于AB、BB 基因型的个体（P<0.05）;在经产母猪中,AA基因型个体的总产仔数（TNB）及断奶成活数（NW）显著高于AB和BB基因型的个体（P<0.05）,AA和AB 基因型与BB 基因型之间的断奶窝重（WWL）差异显著（P<0.05）;总体上苏太猪ESR基因PvuⅡ 3种基因型个体的繁殖性状存在AA>AB>BB的趋势。     

延边黄牛骨骼肌特异性钙蛋白酶基因多态性及其与肉质性状关系的研究

Calpain3(CAPN3)在肌肉组织中特异表达,其多态位点与畜禽诸多生产性状相关。本研究采用PCR-SSCP方法,设计2对基因特异性引物CAPN3-1、CAPN3-3,对96头延边黄牛CAPN3基因进行了SNPs检测,并将其与部分肉质性状进行了方差分析。试验结果显示,分别在CAPN3基因54982bp处发现A→G突变,56094bp处发现G→A突变。方差分析结果表明,2个位点中各个基因型与肉质嫩度、蒸煮损失均无显著相关性,CAPN3-3片段BB基因型仅在第3天时的pH显著高于AA纯合型个体(P0.05)。2个位点与肉质色度方差分析结果显示,2个位点中各个基因型黄色度呈显著相关(P0.05),与肉色中其他色度无相关性。CAPN3-1位点处,BB基因型较AA、AB基因型具有更高的黄色度值,此规律并不随时间的延续而改变,而在CAPN3-3位点处则无此规律。     

PRLR、RBP4基因多态性分布及其对大白猪产仔数的影响

为了研究猪繁殖性状候选主效基因PRLR、RBP4多态性在大白猪群中的遗传效应,并应用于遗传改良,试验检测了278头大白母猪的基因多态性分布,分析了2个基因多态性位点不同基因型与该群体1418胎总产仔数和产活仔数的遗传效应。结果表明,PRLR基因位点上优势等位基因为B,其频率为0.538;头胎、二胎和所有胎次各基因型母猪的总产仔数大小均为BBABAA,经产胎次各基因型母猪则为ABBBAA,但均没有显著差异,产活仔数的分析也得到了相似的结果;RBP4基因位点在该群体中均为AA型纯合子。     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。     

甘肃马鹿MyoG基因5′UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号：FJ746497)5′UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析。结果表明：①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5′UTR -237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型、等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC＜0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子。②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(—46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型, 基因型频率分布为CC＞CD＞DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25＜PIC＜0.5),但该变异并未引起潜在调控元件及蛋白质结合位点的改变。本研究结果为进一步分析MyoG基因SNPs位点与甘肃马鹿胴体、肉质性状的关联性奠定了基础。     

草原红牛胰岛素样生长因子Ⅰ受体基因3′UTR序列多态性分析

以58头草原红牛为试验材料,采用PCR-SSCP技术对胰岛素样生长因子Ⅰ受体(IGF-ⅠR)基因3′UTR序列多态性进行了检测。结果表明,在IGF-ⅠR基因3′UTR中发现PCR-SSCP的多态位点,有2种等位基因和3种基因型。对所得基因型与生长和胴体性状的相关性分析结果发现,在3′UTR中AB型的胴体产肉率、肉骨比显著高于AA、BB型(P0.05);AA型的脂肪覆盖率显著高于BB型(P0.05),与AB型差异不显著(P0.05)。