保育和育肥猪舍气溶胶微生物组成和四环素类抗性基因丰度研究

本研究旨在比较保育舍和育肥舍气溶胶微生物组成和四环素类抗性基因丰度的差异。采集8个保育舍和8个育肥舍的空气样品,用RT-qPCR方法检测特定微生物类群的相对丰度和四环素类抗性基因的绝对丰度。结果表明:与保育舍相比,育肥舍气溶胶微生物组中厚壁菌门、乳酸杆菌属、罗伊氏乳杆菌和约氏乳杆菌丰度显著提高(P<0.05),而拟杆菌门、梭菌属和普雷沃氏菌属丰度显著降低(P<0.05);育肥舍气溶胶中TetB、TetH、TetZ、TetO、TetQ和TetW的拷贝数显著低于保育舍(P<0.05);主成分分析表明,保育舍和育肥舍气溶胶可按照微生物丰度和四环素类抗性基因丰度进行聚类。由此可见,不同猪舍类型微生物组成存在明显差异,保育舍抗性基因丰度显著高于育肥舍。     

宏基因组学揭示二氟沙星对牦牛瘤胃微生态及CAZy谱影响

反刍动物瘤胃微生物结构和功能关系到生态系统正常的物质循环、能量流动。为了探讨抗生素对瘤胃微生态的影响,揭示抗生素对反刍动物瘤胃微生物影响的规律,以牦牛为研究对象,进行二氟沙星(DIF)处理,采集瘤胃液,提取DNA,采用宏基因组学方法分析DIF对瘤胃微生物组成及碳水化合物酶类(CAZy)的影响。结果显示,拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)等相对丰度下降,而厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)等增加。普雷沃菌属(Prevotella)、拟杆菌属(Bacteroides)等相对丰度下降,而金黄杆菌属(Chryseobacterium)、链球菌属(Streptococcus)等增加;CAZy酶类中,CBM17、CBM25等丰度上调(P0.01或P0.05);GH53、CE8、CE13、CBM21、CBM26及对接蛋白(dockerin)等下调(P0.01或P0.05)。结论:DIF影响瘤胃微生物结构,并不同程度改变各优势门、属的相对丰度,抑制部分有益菌的作用;改变CAZy酶中部分家族基因丰度,影响瘤胃微生物对淀粉及果胶的降解作用,降低瘤胃微生物降解植物纤维素的效率。     

山谷型藏羊公羊瘤胃和粪便微生物多样性研究

为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3～V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明：山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科＿RC9＿肠道菌群(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)和普式菌属＿1(Prevotella＿1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....     

山羊瘤胃与粪便微生物多样性

本试验旨在应用高通量测序技术比较山羊瘤胃和粪便微生物的结构与组成。选取6只10月龄波尔山羊,饲喂精粗比为3∶7的饲粮14 d后采集瘤胃液(R组)和粪便样品(F组)(每组6个重复,每个样品为1个重复)。提取总DNA后用古菌/细菌16S rRNA通用引物扩增V4~V5区,并用Illumina Mi Seq平台测序。结果表明:1)共获得有效序列227 729条,聚类后得13 601个运算分类单位(OTU)。2)所得OTU经物种注释99.337%被归类为细菌界,F组相对丰度最高优势菌门为厚壁菌门(65.400%),R组相对丰度最高优势菌门为拟杆菌门(60.188%)。3)从所有样品中共检测到129个科,F组中相对丰度最高为瘤胃球菌科(37.705%),极显著高于R组(P0.01),而R组中,相对丰度最高的为普雷沃氏菌科(29.959%),极显著高于F组(P0.01)。4)在粪便样品和瘤胃液样品种共检测到258个属,F组相对丰度最高的属为瘤胃球菌科未分类的属(26.914%),R组相对丰度最高为普雷沃菌属(28.621%)。5)所有12个样品间共发现了14个共享属,其中相对丰度最高的为厚壁菌门下的梭菌属4(Clostridium_Ⅳ,1.748%)。本试验结果表明瘤胃和粪便中微生物组成存在着较大差异,瘤胃中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的微生物,需要进一步研究。     

饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响

试验旨在研究提高饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响。试验选择健康无病、体重相近的2月龄杜湖杂交公羔,按照体重随机分为2组,每组38只,分别饲喂不同的饲粮,对照组（LW_CK）饲粮为精料+苜蓿,处理组（LW_EG）为精料+苜蓿+全株玉米青贮+花生秧;试验期150 d,其中预试期20 d,正试期130 d,试验结束后,每组随机选择5只羔羊屠宰取瘤胃内容物,通过16S rDNA高通量测序技术分析其微生物多样性及结构变化。结果表明,处理组羔羊瘤胃中细菌多样性显著高于对照组（P<0.05）。在门水平上,处理组羔羊瘤胃中优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）,对照组优势菌门为拟杆菌门和变形菌门（Proteobacteria）。提高纤维水平后显著增加了育肥羔羊瘤胃中厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）;显著降低了变形菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上,对照组与处理组羔羊瘤胃菌群共鉴定出195个属,处理组优势菌属为普雷沃氏菌属（Prevotella_1）和解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）,对照组优势菌属为琥珀酸弧菌属（Succinivibrionaceae）和普雷沃氏菌属（Prevotella_7）。提高饲粮纤维水平,增加了育肥羔羊瘤胃中解琥珀酸弧菌属、密螺旋体属（Treponema_2）、疣微菌属（Ruminococcaceae）、月形单胞菌属（Selenomonas_1）的相对丰度,显著降低了琥珀酸弧菌属相对丰度（P<0.05）。综上所述,适量提高饲粮中纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物菌群结构有一定影响,能够促进部分纤维降解菌的增殖,有利于育肥羔羊的瘤胃发酵和养分消化利用。     

环湖牦牛瘤胃微生物区系特征及性别之间的差异

本试验旨在研究环湖牦牛瘤胃微生物区系特征及性别之间的差异。随机挑选4～5岁环湖牦牛健康公牛5头[平均体重为(228. 0±19. 4) kg]和母牛5头[平均体重为(198. 0±8.4) kg],采用16S rDNA扩增子高通量测序的方法研究公、母牦牛瘤胃微生物区系特征和性别之间的差异。结果表明:2个性别间瘤胃微生物在门水平上组成相似,其中拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和厚壁菌门(Firmicutes)是优势菌门,样品中平均相对丰度分别为51.74%、15.00%和14.34%。在属水平上,普氏菌属_1(Prevotella_1)、理研菌科RC9肠道群(Rikenellaceae_RC9_gut_group)和普雷沃氏菌科_UCG-001(Prevotellaceae_UCG-001)是优势菌属,平均相对丰度分别为16.11%、7.74%和3.43%。Alpha多样性指数中,公牛的Sobs指数为2 689,极显著高于母牛(P 0.01),其余指数无显著性别差异(P 0. 05)。主坐标分析(PCoA)和相似性分析(Anosim)结果说明2个性别之间瘤胃微生物区系存在明显差异。在属水平上,公牦牛Rikenellaceae_RC9_gut_group的相对丰度显著高于母牦牛(P0.05),母牦牛Prevotella_1、毛螺菌科AC2044群(Lachnospiraceae_AC2044_group)、Saccharofermentans、Anaerovorax和Elusimicrobium的相对丰度显著高于公牦牛(P0.05)。瘤胃微生物TAX4FUN预测功能比较发现,公、母牦牛瘤胃微生物功能在糖类代谢、氨基酸代谢、脂肪代谢及疾病相关等功能存在差异。从上述分析来看,性别对牦牛瘤胃微生物区系的组成有显著影响,尤其是在属水平上差异较大。     

柠檬酸对伊拉肉兔盲肠微生物多样性及代谢产物的影响

本试验旨在研究饲粮中添加柠檬酸对伊拉肉兔盲肠微生物多样性及代谢产物的影响。选取35日龄体重相近的健康断奶伊拉肉兔100只,随机分为5组,每组20个重复,每个重复1只兔。空白对照组饲喂基础饲粮,抗生素对照组饲喂添加抗生素的基础饲粮,3个试验组分别饲喂在基础饲粮中添加0.5%(试验Ⅰ组)、1.0%(试验Ⅱ组)、1.5%(试验Ⅲ组)柠檬酸的试验饲粮。预试期5 d,正试期22 d。饲养试验结束后,采用Illumina HiSeq高通量测序技术对试验兔盲肠微生物的16S rDNA基因的V4区进行生物信息学分析。结果表明:1)试验Ⅲ组盲肠微生物Chao指数、Shannon指数和Simpson指数均极显著高于2个对照组及其他试验组(P0.01)。2)在门水平上,各组试验兔盲肠微生物均主要由厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门组成,且饲粮中添加柠檬酸对各主要优势菌门的相对丰度均有极显著影响(P0.01);在属水平上,各组最大的优势菌属均为瘤胃球菌科NK4A214群,除青枯菌属、伯克氏菌科未分类菌属和罕见小球菌属外,饲粮中添加柠檬酸对各优势菌属的相对丰度均有显著或极显著影响(P0.05或P0.01)。3)与空白对照组和抗生素对照组相比,饲粮中添加柠檬酸对试验兔盲肠内容物pH及微生物代谢产物各挥发性脂肪酸的浓度均没有显著影响(P0.05)。由此得出,饲粮中添加柠檬酸可提高伊拉肉兔盲肠微生物多样性,通过改变盲肠微生物组成比例来改变盲肠微生物的动态平衡。     

利用MiSeq测序技术分析锦江牛瘤胃细菌多样性

本研究旨在利用MiSeq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重(400±20)kg],采集瘤胃液样品后提取细菌DNA,对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4~V5区进行MiSeq测序,分析物种的丰度、分布及α-多样性。结果表明:3个样本共获得56 763条高质量16S rDNA序列,946个分类操作单元(OTU),锦江牛瘤胃细菌丰富度指数Chao指数、Ace指数分别为836、841,α-多样性指数Shannon指数、Simpson指数分别为4.96、0.021 5;经过物种注释,15个门、23个纲、26个科以及44个属在所有样品中被鉴定。在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)(64.37%)、厚壁菌门(Firmicutes)(21.20%)和变形菌门(Proteobacteria)(7.59%)数量最多;在纲水平,主要包括拟杆菌纲(Bacteroidia)(52.88%)和梭菌纲(Clostridia)(17.03%);在科水平,主要包括普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(36.26%)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(9.33%)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)(4.89%);在属水平,优势细菌主要包括普雷沃氏菌属(Prevotella)(28.97%)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)(3.08%)、理研菌属(Rikenella)(2.28%)、梭菌_Ⅳ(ClostridiumⅣ)(1.77%)、解琥珀酸菌属(Succiniclastium)(1.62%)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)(1.53%)。结果证明,锦江牛瘤胃细菌多样性相对较低;锦江牛瘤胃中最优势菌门是拟杆菌门,其次是厚壁菌门;普雷沃氏菌属是锦江牛瘤胃中最优势细菌属。     

补饲精料对大青山绒山羊瘤胃细菌及产甲烷菌多样性的影响

本研究利用高通量测序技术,对放牧和补饲条件下大青山绒山羊瘤胃细菌及甲烷菌多样性进行了分析。试验选用10只1岁平均体重为(38.2±1.6)kg的健康大青山绒山羊(羯羊),分成放牧组和补饲组。29 d试验结束后,从抽取的瘤胃液中提取微生物DNA,对瘤胃细菌、甲烷菌的16S rDNA序列V3至V4区进行HiSeq测序。结果表明:在门水平上,与放牧组相比,补饲显著提高了拟杆菌门和变形菌门丰度,显著降低了厚壁菌门和互养菌门的比例;在科水平上,普雷沃氏菌科(40.73%、62.77%)为主要细菌类别,补饲精料后其丰度显著提高,而显著降低了韦荣球菌科、瘤胃球菌科、理研球菌科和互养菌科。补饲显著增加了甲烷杆菌科而降低了甲烷八叠球菌科的丰度;在属水平上甲烷短杆菌属表现出绝对优势,补饲后显著升高,但甲烷微球菌属显著降低,其他甲烷菌属无显著差异。研究表明,补饲精料降低了瘤胃内与纤维分解相关细菌的丰度,产甲烷菌丰度在科、属水平上受补饲的影响也存在差异,但放牧与补饲条件下大青山绒山羊瘤胃中细菌和产甲烷菌的优势菌群并未发生变化。     

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。     

林麝养殖中活体取香的方法及步骤

人工养殖林麝活体取香是有效保护林麝野生资源的重要途径。陕西凤县有着悠久的林麝人工养殖历史,在实践经验基础上,就人工养殖林麝活体取香的时间、工具、取香技术与操作方法步骤等方面进行了总结与阐述。     

牦牛瘤胃微生物抗生素抗性基因对3种外源性刺激因子的响应

通过给牦牛投喂硫酸头孢喹肟(CEF)、盐酸二氟沙星(DIF)和黄曲霉毒素B1(AFB1),并进行瘤胃微生物宏基因组测序,旨在揭示这3种外源性刺激因子对抗生素抗性基因(ARGs)种类、抗性类型、抗性机制等的影响,对于深入研究微生物抗性组特征和抗性机制具有重要价值。选取15头牦牛,随机分5组。Cef组和Dif组分别根据说明书推荐剂量按体重计算、灌服CEF 1 mg·kg^-1和DIF 1 mL·kg^-1;E1组和E2组分别按采食量投喂AFB120、60μg·kg^-1;C组为对照组。处理7 d后,采集瘤胃液,提取DNA,Illumina HiSeq测序,对reads counts进行标准化得到TPM值,并进行方差分析。结果显示,对照组共获得132种ARGs,分属30种抗性类型,其中,四环素类tetQ和tetW基因丰度较高;Cef组tetW基因丰度增加(P<0.05),Dif组tetQ丰度增加(P<0.05);Cef组四环素类和头孢菌素类抗性基因丰度增加(P<0.05),Dif组四环素类和氨基香豆素类抗性基因丰度增加(P<0.05),E1组氨基香豆素和青霉烯类抗性基因丰度增加(P<0.05),E2组青霉烯类、头孢菌素类等9类抗性基因丰度均增多(P<0.05);Dif组Erm基因23S核糖体RNA甲基转移酶丰度增加(P<0.05),E2组中ATP结合盒超家族等3种抗性机制相关基因的丰度增加(P<0.05);3种因子均显著增加四环素类ARGs宿主的种类。结论:瘤胃是蕴含丰富ARGs的储藏库,其中,四环素类抗生素抗性基因tetQ和tetW是主要的ARGs。不仅CEF和DIF使部分ARGs的种类、抗性类型以及耐药机制相关酶等的丰度升高,增加瘤胃微生物的耐药性,而且AFB1也具有类似作用,且高剂量AFB1对抗性类型的影响范围较抗生素大。这3种因子还导致携带四环素类ARGs宿主微生物的种类数量增加,从而强化横向转移机制,加快ARGs传播,增强微生物对四环素类的耐药性。     

滩羊羔羊瘤胃和小肠菌群多样性的比较研究

目的 研究滩羊羔羊瘤胃和小肠菌群多样性的差异。方法 选取健康的断奶滩羊公羔,屠宰后采集瘤胃、十二指肠、空肠和回肠内容物,利用16S rDNA高通量测序技术分析瘤胃和小肠菌群结构及多样性。结果 十二指肠样品Chao1指数高于瘤胃、空肠和回肠,瘤胃样品Shannon指数和Simpson指数均高于其他部位,但差异不显著（P>0.05）。瘤胃液中拟杆菌门（Bacteroidetes）、螺旋菌门（Spirochaetae）、丝状杆菌门（Fibrobacteres）的相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠、空肠和回肠,十二指肠中广古菌门（Euryarchaeota）的相对丰度与瘤胃相比有升高的趋势（0.05<P<0.10）,空肠和回肠中厚壁菌门（Firmicutes）的相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠。瘤胃中的未鉴定菌属（Unidentified）、理研菌属_RC9（Rikenellaceae_RC9_gut_group）、密螺旋体属_2（Treponema_2）、瘤胃球菌属_NK4A214（Ruminococcaceae_NK4A214_group）、普雷沃菌属_UCG-001（Prevotellaceae_UCG-001）相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠、空肠和回肠,空肠中Family_ⅩⅢ_AD3011_group相对丰度显著（P<0.05）高于其他部位。结论 滩羊羔羊瘤胃中细菌的多样性更丰富,瘤胃微生物与十二指肠、空肠和回肠的细菌区系显著不同。     

Comparison of digestibility, passage rate and rumen fermentation between sika deer (Cervus nippon) and cattle fed alfalfa hay cubes

Five female sika deer and three male Holstein cattle were offered alfalfa hay cubes at 2% (deer) and 2.5% (cattle) of bodyweight, respectively. The passage rate through the digestive tract, digestibility and rumen fermentation of the animals were determined. The rate of ruminal passage was higher and the total mean retention time in the digestive tract was shorter in deer than in cattle. In addition, the rate of post‐ruminal passage in deer was lower. The digestibilities of dry matter, organic matter, crude protein and fiber in deer were significantly lower than in cattle (P < 0.05). The concentration of total volatile fatty acids in the rumen was significantly higher in deer than in cattle. The molar percentage of acetic acid was lower and that of valeric acid was higher in deer (P < 0.05). The number of protozoa was somewhat higher in deer. These results suggested that the lower digestibility in deer might be a result of the shorter retention time in the digestive tract.     

大熊猫粪便中微生物与寄生虫的宏转录组学分析

旨在探究大熊猫粪便中微生物组成以及耐药基因和寄生虫的真实情况。采集6只健康成年大熊猫的新鲜粪便,利用宏转录组学测序技术分析大熊猫粪便微生物组成及功能、耐药基因种类、丰度和寄生虫的组成,探讨优势细菌与耐药基因的相关性。结果表明,大熊猫粪便内微生物种类多样,包括细菌、真菌和病毒等,但以细菌为主。在门水平上,细菌类群中厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为优势菌门,在真菌菌门中担子菌门（Basidiomycota）、子囊菌门（Ascomycota）和毛霉亚门（Mucoromycota）相对丰度较高,雌性和雄性大熊猫粪便菌群丰度没有显著性差异（P>0.05）。Unigenes功能分析表明,大熊猫粪便微生物的功能主要涉及碳水化合物、氨基酸代谢等过程。在大熊猫粪便中共检测出25大类、304种耐药基因,其中,外排泵类基因的种类最多、相对丰度最高。此外,在大熊猫粪便中共发现63属126种寄生虫,寄生虫种包括线虫、绦虫和吸虫,其中,线虫为优势虫种。通过相关性分析发现,链球菌属（Streptococcus）、埃希杆菌属（Escherichia）、肠球菌属（Enterococcus）、苏黎世杆菌属（Turicibacter）与外排泵类、喹诺酮类、四环素类、糖肽类、多肽类和磺胺类耐药基因呈显著正相关性（P<0.05）。本研究从宏转录组水平揭示了大熊猫粪便中微生物、耐药基因组成以及寄生虫种类,对大熊猫微生物相关疾病和寄生虫病防控具有重要意义。     

青海省海北州麝香资源及其开发利用和发展前景

麝香是由鹿科动物马麝和林麝成熟雄体香囊中的分泌物干燥而成,为我国特产的名贵药材和世界四大名香之一。介绍了马麝和林麝的动物形态特征以及麝香的采集加工方法、商品质量与鉴别方法及产销情况,并展望了麝香的发展前景。     

半体内法研究DL-蛋氨酸和过瘤胃蛋氨酸的稳定性

选择带有瘤胃、十二指肠前端和回肠末端瘘管、体况良好的 4头肉牛 ,通过小尼龙袋法 ,研究DL Met、吸附MHA、动物油包被Met和脂肪酸包被Met在瘤胃和肠道中的消失率和利用率。结果表明 ,DL Met在瘤胃中 4h便完全消失 ,不宜直接饲喂反刍动物 ;吸附MHA和动物油包被Met稳定性最好 ,脂肪酸包被Met次之 ;几种形式Met在瘤胃、瘤胃后、小肠、大肠和总消化道中的消失率以及蛋氨酸在肠道的利用率差异不显著 (P >0 .0 5 )。     

麝香可持续利用的探讨

笔者根据文献资料结合自己的研究,从麝香的重要作用,麝香来源,天然麝香与人工麝香的比较,野生麝资源状况和发展麝资源等几个方面对麝香资源与应用进行了概述,针对麝香长期供不应求,直接影响医疗用药的问题,根据我国50多年的人工养麝经验,指出人工养麝是保护野生麝资源和实现天然麝香可持续利用的有效途径,并就我国人工养麝概况,人工养麝发展存在的问题,突破人工养麝的瓶颈问题,实现产业化养麝保障麝香可持续利用方面进行了系统总结与探讨。     

Function of the digestive system

The tremendous amounts of feed handled by commercial poultry breeds require an optimally functioning digestive tract. Functionality of the different segments of the digestive tract may be affected by diet and feeding systems, however. Retention time, moisture content, and pH of contents in the crop are, to a large extent, determined by feeding systems, where intermittent feeding is necessary for a stimulation of crop use. Retention time and pH of the gizzard contents are similarly affected by access to structural components, such as whole cereals or coarse fibers. These materials will stimulate normal development of the gizzard, increase retention time, and decrease pH. Less is known about characteristics of an optimally functioning small intestine, but stimulation of gizzard development will possibly improve functionality of the small intestine through a better feed flow regulation. Functionality of the digestive tract will possibly have a large effect on response to dietary manipulations (e.g., enzyme and pre- or probiotics addition), and therefore needs to be taken into consideration in experimental design and results interpretation.