猪Calsarcin-2基因遗传多态性与胴体及肉质性状相关性研究

为探讨Calsarcin-2基因的多态性与猪胴体及肉质性状之间的关联性,共采集了4个品种,88头猪血样,利用PCR扩增,获得了Calsarcin-2基因第一内含子的4个核苷酸序列。对其进行测序和基因型分析,发现2个SNP位点(T613C、C936G),与胴体及肉质性状关联分析表明,613位点处AB型个体的肉质性状显著优于AA型(P0.05),而在胴体性状方面则相反;936位点处CC型个体的肉质性状显著优于DD型(P0.05)。     

军牧1号白猪肉质主效基因的多态性检测分析

猪的肉质属于数量性状,受多个主效基因和候选基因的控制。为检测军牧1号白猪肉质主效基因多态性,本试验采用RFLP技术检测了400头军牧1号白猪氟烷基因(RYR1)、心脏脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)和酸肉基因(RN)3个重要肉质基因的多态性。群体遗传结构分析表明,军牧1号白猪群体中RYR1基因的N基因频率为0.908 3,n基因频率为0.091 7;心脏脂肪酸结合蛋白基因的5′区的HinfⅠ位点的H基因频率为0.688 8,h基因频率为0.311 2;H-FABP基因内含子-2HaeⅢ位点D基因频率为0.478 8,d基因频率为0.521 2;H-FABP基因内含子-2MSPⅠ位点不存在多态性;RN基因也不存在多态性。     

肉牛PRKAG3基因多态性及其与胴体和肉质性状的关联分析

本研究以晋南牛、鲁西牛、西门塔尔、安格斯、海福特、利木赞和夏洛莱7个品种共267头肉牛为试验材料,采用PCR-RFLP技术检测PRKAG3基因多态性,找到了PRKAG3基因DNA序列中的2个突变位点T2643C和T2885C(DQ082736),同属第4内含子.2个基因多态性位点与肉牛胴体和肉质共9个性状的关联分析表明:PRKAG3基因T2885C变异位点的3个基因型间嫩度性状差异显著(P<0.05),CC基因型最dx-乘均值显著低于CD和DD基因型最dx-乘均值.本研究结果可为肉牛肉质性状标记辅助选择提供依据.     

苏姜猪A-FABP基因遗传多态性及其与肉质性状的关联分析

研究采用PCR-RFLP技术分析苏姜猪、姜曲海猪、长白猪群体A-FABP基因遗传多态性,并用统计学方法分析基因座多态与肉质性状的相关性。结果表明:3个猪种A-FABP基因内含子1均具有Bsm I酶切多态性,分别检测到3种基因型(AA、AB和BB),χ~2适合性检验显示,3个猪种A-FABP基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。多态信息含量(PIC)分析显示,3个品种猪均为中度多态;基因型与肉质性状关联分析显示,不同基因型肌内脂肪含量、大理石纹差异显著,大理石纹AA、AB型显著高于BB型(P0.05),肌内脂肪含量AA显著高于AB、BB型(P0.05)。结论显示,苏姜猪、姜曲海猪、长白猪A-FABP基因intron 1多态性对肉质性状影响显著。     

荆江麻鸭THRSPα基因内含子酶切多态性及其与屠体性状的研究

采用PCR-RFLP法检测96只荆江麻鸭THRSPα基因内含子的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中未检测到AA基因型,仅有CC和CA2种基因型。其中C等位基因频率为0.9792,为优势等位基因。χ2检验表明,该多态位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。结果表明:荆江麻鸭THRSPα基因内含子多态位点CA基因型个体活重极显著高于CC基因型(P0.01),C基因C型个体全净膛率、胸肌率和瘦肉率极显著高于CA基因型(P0.01),其他性状差异不显著(P0.05)。     

不同猪种肉质相关基因Hal、RN和FTO的多态性研究

为了明确肉质相关基因氟烷基因(Hal)、酸肉基因(RN)和脂肪肥胖相关基因(FTO)在国内外不同猪种群体间的遗传变异特性,本研究以大约克、长白、杜洛克和金华猪等猪种群体为研究对象,应用PCR-RFLP技术分别检测了Hal、RN和FTO基因的多态性,并分析了FTO基因上2个多态位点g.276G＞T和c.594C＞G的遗传变异情况.结果表明:(1)在杜洛克猪中发现了Hal的基因型HalN Haln,其频率为0.166,但未发现基因型Haln Haln,其它猪种群体中仅检测到了基因型HalN HalN;(2)在已检测的所有猪种群体中只检测到RN基因的rn/rn基因型,未发现rn/RN和RN/RN基因型;(3)在FTO的g.276G＞T位点上,金华猪呈现单态,其它猪种群体均呈现多态.在FTO的c.594C＞G位点上,4个猪种群体均呈现多态,3个外来猪种群体均以CC基因型频率较高,而金华猪则以GG基因型频率较高.研究结果提示,由于Hal基因在养猪生产中的利弊双重性,因此在某些猪种群体中仍然存在较高频率的HalN Haln基因型.此外,结合FTO基因的生理功能和已有的研究结果,可在特定的猪群中将其作为影响猪肉质性状的候选基因.本研究发现FTO的基因型分布在我国优良地方猪种金华猪与国外3个种猪群间存在较大差异,为深入研究不同品种猪的肉质形成机理提供了基础数据.     

哈萨克羊多胎基因的多态性研究

为了探索绵羊多胎性的分子机理以及为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据,采用PCR-RFLP及直接测序方法,对哈萨克羊群体BMP15基因Fec XI和Fec XH及第1内含子进行多态性检测。结果表明:BMP15基因Fec XI和Fec XH酶切位点均未出现多态性,在第1内含子存在2种基因型,AA型和AB型;优势基因型为AA型,优势等位基因为A基因,多态信息含量小于0.25,属于低度多态;χ~2适合性检验表明:处于Hardy-Weinberg平衡状态;测序结果表明:AB型个体在该基因第1内含子的第667位点发生G→T的突变,出现G/T的杂合。显著性检验分析表明:该突变位点在哈萨克羊群体中的产羔生产性能无显著性差异(P0.05)。     

草原红牛肌生成抑制素基因内含子1多态性及部分屠宰性状的相关性分析

以草原红牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测肌生成抑制素(MSTN)基因内含子1基因的多态性.结果表明:在内含子1发现多态性位点,有AA、AB和BB 3种基因型;测序结果显示在1 452 bp处存在C→T的碱基突变;该位点的多态性对草原红牛的净内率有显著影响(P<0.05),BB型和AB型显著高于AA型(P<0.05),BB型和AB型之间差异不显著(P>0.05);其他屠宰性状在不同基因型间差异不显著(P>0.05).由此可以初步推断MSTN基因可能是影响草原红牛肉质性状的一个主效基因或是一个影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

草原红牛IGFBP3基因多态性及与部分屠宰性状的相关性分析

以草原红牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测IGFBP3基因的多态性,并将不同基因型与部分屠宰性状进行相关分析.结果表明在第2内含子发现多态性位点,有AA、AB和BB 3种基因型;测序结果显示在8 069 bp处存在C→T的碱基突变;该位点的多态性对草原红牛的眼肌面积有显著影响(P<0.05),AA型显著高于BB型(P<0.05),但与AB型之间差异不显著(P>0.05);其他屠宰性状在不同基因型间差异不显著.由此可以初步推断IGFBP3基因可能是影响草原红牛肉质性状的一个主效基因或是一个与影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

五指山猪FSHβ基因克隆测序及生物信息学分析

为了克隆五指山猪的促卵泡素(follicle-stimulating hormone,FSHβ)基因,获得该基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,试验采用PCR扩增FSHβ基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点,采用PCR产物直接电泳法检测FSHβ基因位点的多态性。结果表明:在猪FSHβ基因组中共发现6处单碱基突变位点,分别位于第1内含子(A-757G、A-645G、A-531G)和第2内含子(C+1 431T、A+1 434G、C+1 502T);多态性分析发现,在五指山猪中存在AA和AB两种基因型,其中A等位基因频率为0.96,B等位基因频率为0.04。     

江口萝卜猪UCP2基因多态性与基因表达量及肉品质的相关性研究

为研究UCP2基因与猪肉品质性状之间的关系,本研究测定10～12月龄144头江口萝卜猪11项肉品质指标,并提取基因组DNA构建DNA池扩增UCP2基因全部外显子序列,测序后筛选SNPs位点,单个样本DNA扩增后测序验证并分型,分析不同基因型个体肉品质差异。检测不同基因型个体背最长肌中UCP2基因表达量,研究UCP2基因表达量与肉品质的相关性。结果表明:共发现3个SNPs位点,分别为UCP2-T5728G、UCP2-T5774G、UCP2-C5878T;群体遗传参数分析发现等位基因频率差异均较大,多态信息含量均为中度多态,UCP2-C5878T位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡;UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点为完全连锁不平衡;UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点野生型的大理石纹评分显著高于杂合型,UCP2-C5878T位点杂合型和野生型的剪切力显著高于突变型;UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点杂合型的UCP2基因表达量极显著高于野生型和突变型,UCP2-C5878T位点杂合型和野生型的表达量极显著高于突变型;UCP2基因在背最长肌中的表达量与剪切力呈极显著正相关,与大理石纹和肌内脂肪含量呈极显著负相关。上述结果说明,江口萝卜猪背最长肌中UCP2基因的表达量越高则肌内脂肪含量越低,肉品质越差,UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位点杂合型为基因高表达型,肌内脂肪沉积效率降低,对肉品质有不利影响,UCP2-C5878T位点突变型基因表达量极显著降低,肌内脂肪沉积效率升高,有利于肉品质性改善。本研究证明UCP2基因可以作为辅助江口萝卜猪选种选育的候选基因,筛选到的3个SNPs位点均可能是影响猪肉品质性状的重要SNPs位点。     

伊犁马MyoG基因外显子1多态性与肉质性状及肌纤维性状关联分析

为寻找伊犁马肉质性能的分子标记,试验以38匹伊犁马为材料,测定肉质性状（失水率、熟肉率、剪切力）和肌纤维性状（肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度）,利用PCR直接测序法检测肌细胞生成素（meyogenin,MyoG）基因外显子1在伊犁马群体中的多态性,并对MyoG基因SNPs不同基因型与肉质、肌纤维性状进行关联分析。结果表明,MyoG基因外显子1检测出5个突变位点,分别为SNP1（g.31187343 A>C）、SNP2（g.31187333 G>A）、SNP3（g.31187132 C>T）、SNP4（g.31187105 C>G）和SNP5（g.31187099 C>T）,其中SNP1为错义突变,碱基A突变为C使得氨基酸由苏氨酸突变为脯氨酸,其他位点均为无义突变。SNP3和SNP4为中度多态位点,SNP1和SNP2为低度多态位点,这4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。MyoG基因外显子1中SNP1和SNP4不同基因型个体失水率、熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP3不同基因型个体熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP2不同基因型个体各指标差异均不显著（P>0.05）。综上,伊犁马MyoG基因外显子1检测到5个多态位点,其中SNP1（g.31187343 A>C）、SNP3（g.31187132 C>T）和SNP4（g.31187105 C>G）位点不同基因型对肉质及肌纤维性状有显著影响,这些位点可作为伊犁马肉质性能潜在分子标记。     

Polymorphism of IGFBP2 Gene and Its Association with Meat Quality Traits in Pigs

This study was aimed to analyze the genetic variation of insulin-like growth factor binding protein 2 (IGFBP2) gene effect on meat quality traits in pigs. A pair of primer was designed,which based on DNA sequence of IGFBP2 gene (GenBank accession No.:BV727778). The genetic polymorphism of IGFBP2 gene was detected by PCR-RFLP in Sujiang pig, Jiangquhai pig and Landrace pig, and the association between IGFBP2 gene polymorphism and meat quality traits in three pig breeds was analyzed. The results showed that three genotypes (AA, AB and BB) were detected. The Chi-square test results showed that the genotype distribution of three pig breeds was in Hardy-Weinberg equilibrium (P > 0.05). The polymorphism information content (PIC) were moderately polymorphic in three pig breeds. According to the association analysis of different genotypes, significant difference was found in color value, intramuscular fat content and marbling, the color value (except for Jianquhai pig) and intramuscular fat content of AA genotype were significantly higher than AB and BB genotypes (P < 0.05), the marbling of AA and AB genotypes was significantly higher than BB genotype (P < 0.05). In conclusion,the polymorphism of IGFBP2 gene intron 3 had significant effects on meat quality traits, and was candidate gene for the potential impact on meat quality traits of pigs.     

猪IGFBP2基因遗传多态性及其与肉质性状的关联分析

试验旨在探究胰岛素样生长因子结合蛋白2（insulin-like growth factor binding protein 2,IGFBP2）基因遗传变异对猪肉质性状的影响,为猪品种选育提供遗传学依据。参考GenBank中猪IGFBP2基因序列（登录号：BV727778）设计1对引物,采用PCR-RFLP技术检测IGFBP2基因在苏姜猪、姜曲海猪、长白猪中的遗传多态性,并分析基因座多态性与猪肉质性状的相关性。结果发现,3个猪种IGFBP2基因内含子3均具有Msp Ⅰ酶切多态性,分别检测到3种基因型：AA、AB和BB;χ²适合性检验显示,3个猪种IGFBP2基因基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）;多态信息含量（PIC）分析显示,3个猪种均为中度多态。IGFBP2基因不同基因型与肉质性状关联分析显示,3个猪种不同基因型肉色、肌内脂肪含量、大理石纹差异显著,AA基因型肉色（姜曲海猪除外）、肌内脂肪含量均显著高于AB、BB基因型（P < 0.05）;AA、AB基因型大理石纹显著高于BB基因型（P < 0.05）,其余指标间差异不显著（P > 0.05）。综上,苏姜猪、姜曲海猪、长白猪IGFBP2基因内含子3多态性对肉质性状影响显著,可作为潜在影响猪肉质性状的候选基因。     

PPP3CA基因多态性与江口萝卜猪肉质性能关联性分析

钙调磷酸酶(CaN)是调节肌纤维转化的重要信号分子,PPP3CA基因编码CaN催化亚基,对畜禽肉质性能有重要影响。本实验以江口萝卜猪为研究对象,测定了112头江口萝卜猪11项主要肉质性状指标,提取背最长肌中基因组DNA,扩增了PPP3CA基因全部外显子和启动子序列并测序。结果显示:发现3个SNPs位点,分别为A-918C、G154767A和G316451A。启动子上的A-918C位点等位基因分布较均匀,生物信息学分析发现A-918C位点位于一个高评分核心启动子区附近,还会导致2个转录因子结合位点的消失和2个转录因子结合位点的产生,可能会对PPP3CA基因的表达产生影响。与肉质的关联性分析发现,A-918C位点AA和AC型个体肉色明显高于CC型个体,而剪切力反之。双倍型分析发现,H6H7(CC-GG-GA)和H7H7(CC-GG-GG)肉色显著低于其余双倍型,剪切力明显高于其余双倍型,也说明A-918C位点AA和AC型猪肉质优于CC型猪,说明了A-918C位点对肉质性能有明显影响。G154767A和G316451A位点等位基因频率差异大,等位基因分布不均匀,表明群体内变异程度较低。G154767A位点会使mRNA二级结构最小自由能降低,稳定性降低,极显著偏离Hardy-Weinberg平衡。与肉质的关联性分析发现,G316451A位点GG型和GA型大理石纹评分显著高于AA型。本研究结果表明,PPP3CA基因对江口萝卜猪肉质存在明显影响,A-918C和G316451A位点可能是影响江口萝卜猪肉质的重要功能SNPs位点。     

SNP技术在猪肉溯源过程中的应用

为筛选可用于梅山猪和申农猪肉质溯源的SNP位点标记,采用PCR-RFLP方法检测13个基因在梅山猪和申农猪群体内14个SNP位点的多态性,以期寻找多态性丰富的SNP位点,通过再次采集样品,进行溯源验证试验,最终确定可用于梅山猪和申农猪肉溯源的SNP位点组合。结果表明：MMP19基因、GRN基因、NR4A1基因的SNP位点和PSMB10基因的2个SNP位点杂合度（H值）均大于0.30,符合肉质溯源要求。可根据MMP19、PSMB10、NR4A1和GRN 4个基因共5个SNP位点编制用于检测梅山猪和申农猪肉质溯源的条形码。     

The Polymorphisms of MSTN Gene and Its Relationship with Meat Quanlity Traits in Gaopo Pig

To explore the influence of Gaopo pig myostatin (MSTN) gene polymorphism on meat quanlity traits (moisture,crude fat,crude protein,crude ash, loin muscle area, marbling score, pH value, color of meat,tenderness,drip loss, water loss rate), MSTN gene was chosen as a candidate gene for research meat quality traits in this study. 50 Gaopo pigs at 10 months old were selected,the single nucleotide polymorphism (SNP) of three exons of MSTN gene in Gaopo pig were detected by direct sequencing of PCR amplification products, and the correlation between MSTN gene SNP and meat quality traits was analyzed using SPSS 20.0 software. The results showed that a C/T mutation had been found at 63 bp of MSTN gene exon 3,the site was silent mutation, and did not caused changes of encoding amino acid. Genotype analysis showed only three samples had mutations in the site, CC genotype was the dominant type and allele C was the dominant gene, but there was no TT homozygous genotype. The test of Hardy-Weinberg equilibrium showed the research group obeyed the genetic equilibrium (P>0.05). Population genetic parameter analysis showed the heterozygosity (He) of C63T was lower, and had a low variation in Gaopo pig population. Polymorphism information content (PIC) analysis showed that it was a low polymorphic loci (PIC<0.25), and the site could provide a little genetic imformation. There was no significant difference between the different genotypes and meat quality traits (P>0.05).Given the above, the polymorphism of MSTNgene exon was found in Gaopo pig, with less variation and relatively conservative.It's needed to expand the number of sample for further explore whether the site could be considered as genetic markers for meat quality traits of Gaopo pig or not.     

高坡猪肌肉生长抑制素基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

为了探讨肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）基因的多态性对高坡猪肉质性状（水分、粗脂肪、粗蛋白质、粗灰分、眼肌面积、大理石纹、pH、肉色、嫩度、滴水损失、失水率）的影响,试验以MSTN基因作为肉质性状候选基因,以10月龄的50头高坡猪为研究对象,采用PCR扩增产物直接测序的方法对高坡猪MSTN基因3个外显子的单核苷酸多态性（SNP）进行研究,运用SPSS 20.0软件分析MSTN基因SNP与肉质性状的关联性。结果表明,仅在高坡猪MSTN基因第3外显子63 bp处检测到1个C/T突变位点,该突变为同义突变,未引起编码氨基酸的改变。基因型分析发现,仅有3个个体在该位点发生突变,CC基因型为优势基因型,C为优势等位基因,无TT纯合基因型。经χ²适合性检验分析,该SNP在研究群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。群体遗传参数分析发现,C63T标记位点的杂合度（He）相对较低,表明其在高坡猪群体中的变异较小;就多态信息含量（PIC）而言,该位点属于低度多态（PIC<0.25）,说明该遗传标记能够提供少量的遗传信息。将该位点的不同基因型与肉质性状指标进行关联分析表明,所有肉质性状指标在不同基因型间差异均不显著（P>0.05）。综上所述,MSTN基因外显子在高坡猪中存在多态性,但变异较少,相对保守,能否作为高坡猪肉质性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步研究。     

酵母双杂交筛选猪Calsarcin-3基因相互作用蛋白的研究

旨在研究猪Calsarcin-3(CS3)基因及其互作蛋白对肌细胞钙离子的调控作用,了解快慢肌纤维分化和转化的分子机理.从猪的骨骼肌组织样中提取mRNA,合成并纯化双链cDNA;然后用长白猪的Calsarcin-3基因构建既无自激活活性又无毒性的pGBKT7-CS3诱饵载体;最后通过酵母双杂交系统的杂交方法筛选与Calsarein-3相互作用的蛋白,在GenBank中对相互作用基因进行比对分析,分析Calsarcin-3在骨骼肌中的功能.通过筛选,共筛选出5个与Calsarcin-3基因互作的蛋白,其中,重要的蛋白有帽蛋白Zβ(CAPZB)、肌联蛋白(TTN)和α-肌动蛋白1(ACTA1).结果提示,CAPZB可能与Calsarcin-3共同作用参与尖锐端肌动蛋白丝戴帽;ACTA1可能与Calsar-cin-3共同作用作为一种收缩蛋白在骨骼肌的活动中发挥重要作用;TTN能与Calsarcin-3结合参与维持Z线结构的稳定.