北京鸭群体遗传多样性及遗传资源分析

为研究北京鸭群体的遗传结构及遗传多样性,实验分别采集北京鸭F_0(120只)、F_1(100只)和F_2世代(100只)的血液样本,采用荧光标记毛细管电泳方法对北京鸭11个微卫星座位进行分析。结果表明:11个微卫星座位在北京鸭F_0、F_1和F_2世代的平均等位基因/有效等位基因数量分别为4.6/2.5、3.5/1.9和4.5/2.2个;平均多态信息含量分别为0.441 3、0.303 8和0.415 0;平均期望杂合度分别为0.487 7、0.363 3和0.454 2;北京鸭3个世代间的遗传变异指标差异不显著。近交系数及基因流分析结果表明,北京鸭群体3个世代近交系数较低,群体内近交系数为0.086 9,微卫星位点的平均基因流为0.934 1。总体来看,北京鸭群体遗传分化程度低,保持了北京鸭群体遗传多样性。     

基于RAD-seq技术分析北京油鸡的遗传进化

为分析地方鸡种北京油鸡保种群的遗传多样性和遗传进化机制,本研究对北京油鸡和其他20个不同品种鸡进行简化基因组测序,鉴定其SNP标记,计算遗传统计量,分析北京油鸡的遗传结构和遗传多样性,筛选受到强烈选择的前200个基因并进行功能注释分析。结果显示:北京油鸡保种群体共鉴定出295 849个SNP标记,核苷酸多样度为0.205 9、保种群体的平均观察杂合度为0.200 4、近交系数为0.026 5,在21个品种中近交水平最低;连锁不平衡分析表明北京油鸡群体各等位基因不存在连锁不平衡现象;利用MEGA模型进行聚类分析,结果表明北京油鸡形成一个独立的分支,这与北京油鸡的历史背景相符;通过GO和KEGG对前200个受到强烈选择的基因进行功能注释分析,发现这些差异基因主要富集在细胞形态发生分化、分泌系统、脉管系统、心血管系统、蛋白质磷酸化等信号通路。本研究从分子水平对北京油鸡的种质特性进行了评价,为北京油鸡的品种保护及开发利用提供了分子理论依据。     

利用特定基因监测小规模畜禽保种群遗传多样性变化的研究

利用计算机模拟技术,观测特定基因在小规模畜禽保种群体中基因频率的变化,进而探讨畜禽保种群体遗传多样性的变化规律,为畜禽品种资源特定的种质特性保护提供科学依据和理论支持。运用Fotran90程序模拟重建Buri经典果蝇实验的保种过程,以基因频率、F-statistics和杂合度为度量指标,观测特定基因在保种世代推进过程中保种群体内和群体间遗传多样性的变化;随后,通过OMPG(one-migration-per-generation)原则研究迁移对畜禽保种群体遗传多样性的维持效应。结果发现,保种群体的遗传多样性总体趋势随保种世代的延长而逐代降低,具体表现群体分化程度加剧:Fst,Fit从初始世代0.0421,0.0011,上升到19世代的0.3885,0.3305,上升幅度高达89.16%和99.67%;杂合度降低:群体hi,hs从初始世代0.4994,0.4790下降到19世代0.3347,0.3057,下降幅度达32.98%和36.18%;而后利用OMPG原则操作保种群体,群体分化程度减弱:Fst,Fit从操作OMPG原则后初始世代0.3667,0.3504,下降到19世代的0.2341,0.1944,下降幅度达36.16%和44.52%;杂合度回升:群体hi,hs从操作OMPG原则后初始世代的0.3248,0.3166,上升到19世代的0.4025,0.3826,回升幅度分别达23.92%和20.84%。结论遗传漂变效应导致群体内遗传多样性丢失,OMPG原则输入效应可抵消小保种群体的遗传衰退,维持保种群体遗传多样性的稳定性。     

利用微卫星标记分析不同保种场的保种效果

分别采用23对微卫星引物分析了我国两个地方品种北京油鸡和北京鸭在不同保种场的保种效果。检测了北京油鸡和北京鸭共计240个个体的基因型,通过计算等位基因数量、遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、F统计量和Nei氏遗传距离分析了北京油鸡和北京鸭群体内与群体间的变异,比较了两个品种不同保种场的保种效果。在所检测的4个群体中,各群体均有较高的多态性,其杂合度均超过了0.5,除微卫星座位APL82(北京鸭Ⅱ)为纯合位点外,各位点等位基因数量为2~16个。结果表明,4个保种场均较好地保存了这些品种的遗传多样性,但同一品种保种场间保种群体已经发生了分化。     

新疆13个绵羊群体遗传多样性及遗传分化的研究

利用10个微卫星标记对新疆13个绵羊群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析。通过计算多态信息含量（PIC）、平均杂合度（H）、群体内近交系数（Fis）、遗传分化系数（Fst）、总群体近交系数（Fit）和基因流（Nm）等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：13个绵羊群体10个微卫星标记的平均多态信息含量为0.6803;平均杂合度为0.7192,其中中国美利奴羊平均杂合度最高为0.7530,山区和田羊最低为0.6754;13个绵羊群体总近交系数为0.1066,群体内近交系数为0.0565,群体间基因分化系数为0.0531,说明5.65%的遗传变异来自群体间,94.35%的遗传变异来自群体内个体间的差异;基因流Nm平均值为4.4621（3.0808~7.4589）,说明各种群间存在或者在过去某个时期发生基因交流;各种群间平均遗传距离较低,为0.1702,平均遗传一致度数值较高,为0.8448,也再次证明了新疆13个绵羊群体间分化程度不高。基于Nei′s标准遗传距离运用UPGMA聚类法获得的新疆13个绵羊群体的聚类图与其品种育成史和地理分布基本相一致。     

辽宁黄渤海沿岸长牡蛎遗传多样性分析

长牡蛎(Crassostrea gigas)又称太平洋牡蛎,是我国乃至世界各国养殖范围最广、养殖产量最高的经济贝类。为了探究辽宁黄渤海沿岸长牡蛎的遗传多样性,利用GBS简化基因组测序技术对渤海沿岸长牡蛎(Cg-B)及黄海沿岸长牡蛎(Cg-H)2个群体进行遗传结构及遗传多样性分析。结果表明:Cg-B和Cg-H这2个群体的平均杂合度观测值分别为0.227 7和0.172 3,平均杂合度期待值分别为0.270 5和0.237 5,表明虽然Cg-B群体遗传多样性较Cg-H群体丰富,但2个群体皆处于杂合子缺失状态;群体间的遗传分化指数(Fst)为0.118 9,说明群体处于中等程度的遗传分化,但还未形成明显的地理隔离。     

江苏省野生及家养中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

利用8对微卫星标记对江苏省野生及家养中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析，评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化，结果表明，共检测到31个等位基因，每个位点的等位基因数从1～7不等，平均等位基因数为3.875；所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.4424和0.4054。野生及家养中华蜜蜂群体8个微卫星位点平均有效等位基因数分别为3.83和4.17，平均基因杂合度为0.0778和0.0993，两个群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性。群体分化系数为4.9%（P<0.001），两个群体的Reynolds’遗传距离和Nm值分别为0.05024和4.852。江苏省野生及家养中华蜜蜂群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性水平，且有相互交流的迹象。     

不同鸡种mtDNA D-loop区的遗传多样性研究

为更好地保护和利用太行鸡、坝上长尾鸡和北京油鸡遗传资源,阐明其遗传多样性及分化关系,采用PCR产物直接测序法,测定了3个鸡种的138个个体mtDNA D-loop全序列。结果显示:在所测定的mtDNA D-loop序列中,共检测到70个变异位点(包括31个单一位点突变和39个简约信息位点),组成49种单倍型。群体内序列间核苷酸平均差异数为9.179,核苷酸多样性为0.0075±0.0002,平均单倍型多样性为0.960±0.006。太行鸡、坝上长尾鸡和北京油鸡的单倍型数分别为24、21和14个,均有品种特异的单倍型。邻接树显示3个鸡种与红原鸡聚为一簇,与灰原鸡分开。Network结构图显示,3个鸡群体可划分到A、B、C、E和Y共5个世系分支中。结果表明,3个地方鸡遗传多样性丰富,群体间存在明显遗传分化;太行鸡和坝上长尾鸡在一定程度上受到商品鸡血统的影响。     

平湖浆蜂与苏王1号遗传多样性的微卫星DNA分析

利用6对微卫星DNA标记对平湖浆蜂与苏王1号两个蜜蜂品种进行遗传多样性分析，评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。结果表明：共检测到40个等位基因，每个位点的等位基因数从4~10不等，所有位点平均的期望杂合度和多态信息含量值分别为0.5078和0.4708。平湖浆蜂和苏王1号6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.67和5.17，平均基因杂合度为0.4981和0.5007，群体分化系数为3.7％，2个品种间的Reynolds’遗传距离和Nm分别为0.03770和6.507。2个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。     

新疆6个地方双峰驼遗传多样性分析

利用11对微卫星引物对新疆阿克苏、和田、伊犁、克孜勒苏柯尔克孜自治州(克州)、阿勒泰、木垒6个地方共167峰双峰驼的遗传多样性、遗传分化、基因流与遗传距离间的关系进行分析,并利用遗传距离构建系统树。结果:所使用的11个微卫星座位均呈现出高度多态性,每个座位上所检测到的等位基因数为3～6个,共检测到50个等位基因,平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为4.545 5和3.567 1个,群体平均杂合度在0.671 5～0.707 8之间,平均多态信息含量在0.609 9～0.655 1之间,因此11个座位均可作为有效的遗传标记用于评估地方双峰驼群体的遗传多样性和系统发生关系;从不同地方资源来看,约有4.36%的变异来自群体间,95.64%的变异存在于群体内个体间的差异;基因流平均值为5.486 9,说明各群体间存在或过去某个时期发生基因交流;各群体间平均遗传距离较小,为0.123 8,平均遗传一致度较高(0.884 0),从而再次证明了群体间遗传分化程度较低;基于Nei氏标准遗传距离构建了聚类关系,其结果与双峰驼起源、育成历史及地理分布情况基本一致。     

贵州地方水牛群体遗传多样性的微卫星分析

利用11个微卫星标记分析了贵州6个地方水牛群体的遗传多样性。结果表明:6个水牛群体的平均杂合度和平均多态信息含量均高,其范围分别为0.7450~0.7922和0.7021~0.7605。以黔南水牛和毕节水牛之间的遗传距离最远为0.3084。由UPGMA聚类法得到系统聚类图,读图能清晰、客观地反映6个水牛群体的地理分布、遗传分化特点和亲缘关系远近程度,这些研究为贵州地方水牛的遗传资源评估、保护与开发利用提供了分子水平的遗传学依据。     

利用微卫星DNA标记分析巴布亚新几内亚三个地方鸡群体的遗传多样性及亲缘关系

为了解巴布亚新几内亚地方鸡群体的遗传多样性和亲缘关系,本研究利用20个微卫星DNA遗传标记,对3个群体、96个个体的基因型进行了测定,估算了群体内的杂合度和近交系数(FIS)以及群体间的遗传分化系数(FST)等多样性参数;根据Nei氏标准遗传距离,构建群体水平的NJ树和个体水平上的无根UPGMA树。结果表明,3个群体内的平均期望(基因)杂合度介于0.665 9至0.680 6,平均FIS介于0.020至0.286,总群体水平上的遗传变异仅占5.5%;3个群体相互之间的遗传分化均达到显著水平,在个体水平的无根UPGMA树上,来源同一群体的个体会优先聚为一类。这说明巴布亚新几内亚的3个地方鸡群体的遗传多样性比较丰富,群体间的遗传分化显著,应该分别加以保护和利用。     

利用微卫星标记技术分析太湖鹅保种效果

本研究利用微卫星标记对太湖鹅两个世代群体10个微卫星位点进行遗传多样性鉴定,通过分析世代间遗传差异来检测小群保种效果。结果表明:太湖鹅2个世代的10个位点共检测到52个等位基因,0世代和1世代分别检测到49和51个等位基因;两个世代的10个微卫星位点的多态信息含量为0.157 2~1.000 0,两个世代平均多态信息含量分别为0.511 7,0.504 0;两个世代的期望杂合度和表观杂合度分别在0.172 8~0.800 7和0.190 0~1.000 0之间,平均值分别为0.584 4,0.569 6和0.650 0,0.627 0,这两个世代在等位基因、多态信息含量、杂合度上差异均不显著(P0.05)。2个世代相似性系数为0.990 7,遗传距离0.009 3,世代间的相似性系数极高,遗传距离极低。在10个微卫星位点中,0世代和1世代分别存在6个位点不平衡,哈代-温伯格平衡趋于下降趋势。近交增量为0.078%,近交系数达到2%需要的世代数为25。结果提示该保种场保种效果可行。     

微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性

为探究四川省6个绵羊群体的遗传多样性,实验应用12个微卫星标记计算基因频率、有效等位基因数、杂合度及多态信息含量来评估群体内遗传多样度,通过遗传距离聚类图、群体结构推测图、主成分分析及群体间分子方差分析来评估群体间遗传关系。结果表明:6个绵羊群体在12个微卫星位点的平均有效等位基因数为3.006~3.176,平均多态信息含量变化为0.559~0.612,平均期望遗传杂合度为0.610~0.670;6个绵羊群体间的遗传关系与地理分布情况及育成史实不完全一致,但遗传距离聚类图、群体结构推测图和主成分分析结果均显示,6个绵羊群体中布拖黑绵羊类群与贾洛绵羊类群遗传关系更近;6个绵羊群体间方差组分F统计量结果为0.112 39,处于中度分化水平。     

山东省地方山羊品种群微卫星基因座的遗传多样性

选用来源于牛和绵羊的27个微卫星DNA标记,对山东省4个地方山羊品种进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、多态信息含量、不同标记的平均杂和度、总群体杂合度、亚群体杂合度、群体杂合度、基因分化系数、不同群体的F-统计量、基因流动数、不同群体间的基因流动个数和遗传距离并进行聚类分析,评估其种内变异和种间变异的关系,以群体平均杂合度、F-统计量和遗传分化系数为基础,结合四个山羊种群的实际生存状况,提出避免近交和种群间杂交符合山东山羊种群实际状况的保种模式。研究结果可为山东地方种质特性研究提供基础数据,为山东地方山羊种群的合理保护利用提供科学依据。     

山东省地方山羊品种群微卫星基因座的遗传多样性

选用来源于牛和绵羊的27个微卫星DNA标记，对山东省4个地方山羊品种进行遗传多样性分析，通过计算等位基因频率、多态信息含量、不同标记的平均杂和度、总群体杂合度、亚群体杂合度、群体杂合度、基因分化系数、不同群体的F-统计量、基因流动数、不同群体间的基因流动个数和遗传距离并进行聚类分析，评估其种内变异和种间变异的关系，以群体平均杂合度、F-统计量和遗传分化系数为基础，结合四个山羊种群的实际生存状况，提出避免近交和种群间杂交符合山东山羊种群实际状况的保种模式。研究结果可为山东地方种质特性研究提供基础数据，为山东地方山羊种群的合理保护利用提供科学依据。     

九州意蜂与肥东意蜂微卫星标记研究

利用5对微卫星DNA标记对安徽九州意蜂与肥东意蜂两个品种进行分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。结果共检测到28个等位基因,所有位点平均的PIC值和期望杂合度分别为0.5510和0.5764。九州意蜂与肥东意蜂5个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.4和5.0,平均期望杂合度为0.5014和0.4979,两个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。     

微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性

为评估坝上长尾鸡保种群的遗传结构和其他地方品种鸡的遗传关系,本研究利用20个微卫星DNA标记,采用微卫星荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,检测了4个地方鸡品种共120个个体的遗传多样性。结果表明:20个微卫星位点中有19个微卫星位点均为高度多态,120个个体中共检测到253个等位基因,单个位点的等位基因数从4(MCW0103)~27(LEI0094)不等,平均为12.65。所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.697 5和0.673 6;所有群体均显示较高的期望杂合度,坝上长尾鸡最高,为0.747 2,太行鸡相对比较低,为0.698 0,平均遗传分化系数为0.098,群体内的近交系数为20.4%,杂合子缺失的水平不高;群体的Nei′s遗传距离从0.059 7(广西麻鸡-太行鸡)~0.689 0(北京油鸡-太行鸡)不等。UPGMA系统发生树中,广西麻鸡和太行鸡聚为一类,然后又于坝上长尾鸡聚在一起。北京油鸡独自聚为一类。UPGMA系统发育树结果与这些鸡品种的外貌形态相吻合。     

华中地区家鸭种质资源的遗传结构研究

利用28个微卫星标记对华中地区6个家鸭资源（淮南麻鸭、攸县麻鸭、临武鸭、荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭）的遗传结构进行了评估。结果表明：6个群体的平均杂合度都较高,最低的为攸县麻鸭（0．5512）,最高的为荆江麻鸭（0．6035）,群体平均杂合度为0．5801,反映了各鸭种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;华中地区各鸭种间存在较大的遗传分化,22．5％的遗传变异来源于群体间的差异,进一步反映了各品种具有本品种特性的多样性;通过计算DA遗传距离发现各品种间的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将华中地区家鸭资源聚为3类,湖北省的荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭聚为一类;湖南省的攸县麻鸭和临武鸭聚为一类;河南省的淮南麻鸭独聚为一类。本研究结果为华中地区家鸭品种种质特性研究提供了基础,也为中国家鸭资源的合理保护和开发利用提供了科学依据。     

3个蒙古犬品系8个微卫星基因座的遗传结构分析

为了在分子水平上分析蒙古犬群体结构,试验以蒙古犬3种毛色类型群体为试验动物,对其基因组中的微卫星结构进行分析,研究其群体的微卫星多态性。结果表明:8个微卫星位点在3个蒙古犬品系中均呈现高度多态,由相关公式计算的平均杂合度、群体多态信息含量分别为0.5614～0.6770和0.5030～0.6171;3个品系间的基因遗传分化系数为0.2183,群体分化程度较大;迁移率在0.4532～1.4178之间变动,平均值为1.0234。说明3个蒙古犬品系8个微卫星基因座的遗传结构存在一定程度的相似性,分析其品系间相似的遗传结构可能与品种的形成史有关。