我国地方鸡种保种群分子遗传多样性的检测

对国家家禽品种资源基因库中保存的10个地方鸡品种保种群进行了微卫星标记遗传多样性检测，计算各群体遗传参数，并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明：30个微卫星标记在10个地方鸡品种保种群的平均杂合度在0．6189-0．6953之间，其中藏鸡最高，为0．6953；北京油鸡最低，为0．6189；平均多态信息含量均大于0.5，表现为高度多态性；10个鸡品种聚为4类：萧山鸡、茶花鸡、仙居鸡、白耳鸡聚为一类，丝毛乌骨鸡、北京油鸡、大骨鸡、固始鸡聚为一类，狼山鸡和藏鸡分别单独聚为一类。通过对我国地方鸡品种保种群的分子遗传多样性的检测，可以达到监测保种效果的目的。     

微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性

为评估坝上长尾鸡保种群的遗传结构和其他地方品种鸡的遗传关系,本研究利用20个微卫星DNA标记,采用微卫星荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,检测了4个地方鸡品种共120个个体的遗传多样性。结果表明:20个微卫星位点中有19个微卫星位点均为高度多态,120个个体中共检测到253个等位基因,单个位点的等位基因数从4(MCW0103)~27(LEI0094)不等,平均为12.65。所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.697 5和0.673 6;所有群体均显示较高的期望杂合度,坝上长尾鸡最高,为0.747 2,太行鸡相对比较低,为0.698 0,平均遗传分化系数为0.098,群体内的近交系数为20.4%,杂合子缺失的水平不高;群体的Nei′s遗传距离从0.059 7(广西麻鸡-太行鸡)~0.689 0(北京油鸡-太行鸡)不等。UPGMA系统发生树中,广西麻鸡和太行鸡聚为一类,然后又于坝上长尾鸡聚在一起。北京油鸡独自聚为一类。UPGMA系统发育树结果与这些鸡品种的外貌形态相吻合。     

北京油鸡群体世代间遗传结构分析

为探讨北京油鸡群体世代间遗传多样性和遗传分化,评估北京油鸡遗传资源保护效果,对北京油鸡2个世代群体的11个微卫星座位进行检测。结果显示:北京油鸡F0和F1世代平均观测杂合度分别为0.594和0.588,平均预期杂合度分别为0.592和0.604,平均多态信息含量分别为0.487和0.497,近交系数FIS平均值分别为-0.007和0.033,群体间基因分化系数FST平均值0.029。研究提示:北京油鸡群体具有丰富的遗传多态性,世代间的近交程度和遗传分化程度低,维持了北京油鸡群体的遗传稳定性,为北京油鸡遗传资源多样性保护及进一步开发利用提供理论依据。     

浦东鸡遗传多样性和进化的微卫星分子标记分析

利用15个微卫星DNA分子标记对浦东鸡及其它6个鸡品种的群体遗传多样性和进化关系进行了检测分析。结果表明,在15个微卫星位点上群体平均观测杂合度为0.5957,期望杂合度为0.6025,多态信息含量为0.5757;7个品种鸡群的遗传距离差异程度较大(0.1872～0.6003)。其中,浦东鸡同其它6个群体间存在显著的遗传差异。试验结果在一定程度上反映了浦东鸡独特的遗传组成和品种形成过程,而且所选择的15个微卫星DNA分子标记能够有效地分析鸡群的遗传基础。     

内蒙古地方绵羊遗传多样性及尾椎数性状相关选择信号研究

本文旨在通过全基因组重测序技术评价内蒙古地方绵羊遗传多样性,筛选与绵羊尾椎数性状相关的候选基因。利用内蒙古当地2个典型肉羊品种（蒙古羊28只、巴美肉羊21只）进行全基因组重测序,过滤去掉高缺失率以及最小等位基因频率较低的位点,得到高质量SNP;对各品种进行核苷酸多样性（Pi）、群体分化指数（Fst）、Tajima’s D检测以及连锁不平衡衰减分析,评价其遗传多样性;利用2个品种中个体变异位点进行主成分分析、系统进化树分析以及种群结构分析,确定品种间遗传分化水平;采用群体分化指数和核苷酸多样性比值综合筛选确定蒙古羊中与尾椎数性状相关的选择信号。遗传多样性及种群结构分析结果表明,蒙古羊的连锁不平衡衰减速度大于巴美肉羊,当K=2时,2个群体被明显分开,但还存在一定程度的混合,说明蒙古羊较巴美肉羊具有较高的遗传多样性,且2个群体间存在一定程度的遗传背景相似度。通过对巴美肉羊与蒙古羊以及不同尾椎数的蒙古羊的选择信号分析,共筛选出与尾椎数性状相关的候选基因19个,其中HOX基因家族、T-box基因家族、VRTN和BMP2受到强烈选择,可作为后续绵羊尾部性状研究、分子选育的重要线索,同时也为蒙古羊遗...     

利用微卫星标记分析北京油鸡遗传多样性的研究

采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群192个个体进行了遗传多样性检测,通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分析了群体内的遗传变异。共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的观察等位基因数在2~14个之间,观察等位基因数平均为5.90个,多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0.53和0.59,均大于0.50,表现为高度多态性;除MCW0069、ADL0112、MCW0183、LEI0234和MCW0016 5个位点,其余微卫星位点都处于基因平衡状态。说明北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性,北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存,研究结果对该品种的保种工作具有指导意义。     

基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究

研究旨在基因组水平上揭示河南斗鸡的遗传进化机制。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定河南斗鸡与其他18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析河南斗鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因。结果表明,在河南斗鸡中鉴定出SNP标记259,412个。与其他18个地方鸡种相比,河南斗鸡的观察杂合度Ho(0.1560)和核苷酸多样度Pi(0.1752)均为最低,近交系数Fis为0.1099,遗传多样性相对匮乏;河南斗鸡的平均遗传分化系数Fst最高(0.2187),平均基因流Nm最低(0.9017),在以引入品种为外群的系统发育树中形成一个独立的分支。通过Fst和θπ检验,在河南斗鸡中鉴定出24个受选择区域、129个受选择基因。GO和KEGG分析表明这些受选择基因主要富集在能量代谢、神经系统发育、运动行为、微管细胞骨架等生物学通路。     

基于RAD-Seq技术的大围山微型鸡遗传进化分析

【目的】 在分子水平上探讨大围山微型鸡的遗传进化。【方法】 以大围山微型鸡与其他18个地方鸡品种及2个国外引进品种为研究对象,每个品种选取公鸡10只,母鸡20只,采血,提取全基因组DNA,进行简化基因组测序(RAD-Seq),鉴定21个品种基因组SNP,计算大围山微型鸡遗传统计量,分析遗传多样性和遗传结构、筛选受选择基因并进行功能富集分析。【结果】 在大围山微型鸡群体中鉴定出331 892个SNPs。大围山微型鸡的平均杂合度(Ho)为0.219、核苷酸多样度(Pi)为0.245,近交系数(Fis)为0.107,与其他18个地方鸡种相比遗传多样性呈中度多态。聚类分析发现,大围山微型鸡与瓢鸡、茶花鸡和藏鸡聚为一类,亲缘关系较近,且与瓢鸡的群体分化指数(Fst)最低(0.0929),亲缘关系最近,与河南斗鸡的Fst最高(0.2179),亲缘关系最远。共筛选出200个受选择基因。GO分析结果显示,这些受选择基因主要富集在运动、刺激应答、信号传导等生物学过程;KEGG分析结果表明,这些受选择基因主要富集在代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、MAPK等信号通路。【结论】 大围山微型鸡遗传多样性呈中度多态,与瓢鸡亲缘关系最近,本研究筛选出了200个受到选择的基因,这些基因在代谢、信号传导、颅骨发育等多个方面发挥作用。     

两种分子标记对我国斗鸡遗传多样性的联合分析比较

为了准确评价我国斗鸡遗传多样性,以我国重要的5个斗鸡品种为研究素材,应用SSR标记和mtDNA细胞色素b基因标记联合分析5个斗鸡品种的遗传多样性并作相应的比较。微卫星标记分析结果显示:西双版纳斗鸡群体杂合度最高,为0.662;河南斗鸡群体杂合度较低,为0.532。说明河南斗鸡基因型趋于一致。线粒体DNA细胞色素b基因分析结果:5个斗鸡品种共有6种单倍型,单倍型多样度为0.42857~0.78571;核苷酸多样度为0.00081~0.00659。研究表明,微卫星标记比较适合斗鸡群体遗传多样性分析,评价结果更符合品种的历史形成和实际状态。     

简化基因组测序评价高邮鸭保种效果的研究

研究旨在评价高邮鸭原种场的保种效果,为高邮鸭保种提供理论依据。利用简化基因组测序方法ddRAD鉴定高邮鸭原始群体(GS)和原种场群体(GC)的SNP标记,比较分析两个群体的遗传多样性差异,并使用遗传分化指数(F_(ST))和核苷酸多样性比值(π ratio)比率联合筛选选择信号区域及其相关基因,对得到的受选基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果显示:与原始群体相比,原种场群体遗传杂合度保持不变,近交系数有所下降;原种场群体与环境应激和甲基化调控相关的基因受到了一定程度的选择。结果表明高邮鸭原种场群体保种效果较好,可以继续沿用现有的小群保种方法。     

基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究

旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因。本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种(每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母)基因组SNP标记,计算观察杂合度(Ho)、核苷酸多样度(Pi)、近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因。结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400 562个SNPs标记。瓢鸡(PJ)和文昌鸡(WC)的遗传多样性最为丰富,观察杂合度(Ho)分别为0.246 8、0.243 0,核苷酸多样度(Pi)分别为0.278 1、0.265 5;河南斗鸡(DJ)的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.156 0,Pi为0.175 2;东乡绿壳蛋鸡(DX)和边鸡(BJ)的近交系数最高(Fis0.160 0)。瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡(HX)、藏鸡(ZZ)、大围山微型鸡(WX),惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡(CH)间的遗传分化最低(Fst0.100 0),对应的基因流最高(Nm0.240 0)。河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst0.200 0、Nm1.000 0。遗传聚类分析(2个引入品种做外群)将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合。通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因。这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程。利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造。     

基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究

旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因。本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种（每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母）基因组SNP标记,计算观察杂合度（Ho）、核苷酸多样度（Pi）、近交系数（Fis）、遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因。结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400 562个SNPs标记。瓢鸡（PJ）和文昌鸡（WC）的遗传多样性最为丰富,观察杂合度（Ho）分别为0.246 8、0.243 0,核苷酸多样度（Pi）分别为0.278 1、0.265 5;河南斗鸡（DJ）的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.156 0,Pi为0.175 2;东乡绿壳蛋鸡（DX）和边鸡（BJ）的近交系数最高（Fis>0.160 0）。瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡（HX）、藏鸡（ZZ）、大围山微型鸡（WX）,惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡（CH）间的遗传分化最低（Fst<0.100 0）,对应的基因流最高（Nm>0.240 0）。河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst>0.200 0、Nm<1.000 0。遗传聚类分析（2个引入品种做外群）将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合。通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因。这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程。利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造。     

不同鸡种TRNAL-AAG基因序列比较分析

本研究利用目标区域捕获测序技术对TRNAL-AAG(transfer RNA leucine(antico-don AAG))基因进行序列测定,找出不同鸡种TRNAL-AAG基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料。利用MEGA X软件对25个鸡种和6种其他鸟类的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析。结果发现该基因SNP共19个,有义突变16个,均集中在序列第47位和第50位,可作为该基因有关抗病的候选SNPs位点。另外,该基因在25个鸡品种间高度保守,没有碱基插入或缺失且相似性高达98%,仅有雪山草鸡和北京油鸡存在一个有义突变,体现两品种在该基因上的多态性。进化树将31种鸟类分为两类:雪山草鸡和北京油鸡及所选6种鸟类聚为一类,其余鸡种聚为一类。说明鸟类品种间的同源性较小,不同鸟类品种TRNAL-AAG基因具有较为丰富的遗传多样性。     

中国地方鸡种遗传多样性和品种贡献率分析

利用16个微卫星标记,计算10个地方鸡品种群体位点多态信息含量（PIC）、F-统计量、DA遗传距离,用以评价品种遗传多样性。并基于Dn遗传距离采用NJ法构建系统进化树,通过分析其对品种间遗传关系的重建,检验DA遗传距离度量方法的可靠性,用以计算现实多样性和品种贡献率。结果表明：16个微卫星座位均为中度或高度多态位点（PIC〉0．25,PIC〉0．50）,10个地方鸡种群体总近交系数（Fit）为0．147,群体间基因分化系数（Fst）为0．134,群体内近交系数（Fis）为0．015,且3个指标均达到显著水平（P〈0．05）。DA遗传距离较为准确地反映了10个地方鸡品种间的系统进化。基于DA遗传距离获得的10个地方鸡品种群体现实多样性为1．7932,茶花鸡的品种贡献率最大（16．59％）,其次为固始鸡（14．01％）、白耳鸡（11．44％）、狼山鸡（11．34％）、北京油鸡（11．30％）、大骨鸡（8．90％）、仙居鸡（7．03％）、藏鸡（6．28％）、鹿苑鸡（5．81％）,萧山鸡的品种贡献率（5．00％）最低。研究结果可为更有效地保护我国地方鸡种资源遗传多样性提供理论基础。     

西藏牦牛群体遗传多样性及遗传结构分析

采集西藏地区5个牦牛类群（西藏高山牦牛,类乌齐牦牛,帕里牦牛,斯布牦牛,娘亚牦牛）共49头牦牛的血样,利用全基因组重测序技术对其遗传多样性及遗传结构进行了分析,以期为西藏牦牛遗传资源的保护、开发和利用提供参考。SNP变异检测结果表明,经过滤后得到7 655 923个SNP位点;群体遗传多样性分析发现,西藏地区不同牦牛群体之间的基因杂合度差异并不显著,且均存在不同程度的杂合度下降现象,类乌齐牦牛的观测杂合度最高,为0.336 4;群体结构分析发现,5个牦牛类群之间存在基因交流现象。说明目前西藏牦牛各群体整体存在遗传多样性下降的潜在风险,需要进一步加强群体保种工作,以确保不同品种资源的多样性得到有效保护。     

皖岳黑猪基因组遗传变异分析及特征SNPs挖掘

旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况，筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点。本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序，检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数；结合公共数据库信息，下载北京黑猪、杜洛克、大白猪、蓝塘猪、民猪、深县黑猪的SNPs信息，利用挑选最大分类能力方法，将7个品种133个个体的SNPs分成两个数据集，进行皖岳黑猪特征位点选择，并对筛选到的SNPs进行基因功能注释。全基因组重测序分析结果显示，皖岳黑猪群体共获得31 534 384个SNPs, 43 673个SVs, 3 258个CNVRs,并筛选出33个皖岳黑猪特异位点；对33个SNP位点所注释基因进行功能富集分析，发现它们与生长(SUSD4、NELL1、GPC6)、繁殖(KHDRBS2、CRISP1)、免疫(NECTIN1)、神经调节及环境适应性(GRIK4)相关；群体遗传结构分析结果显示，皖岳黑猪有效群体较小为4.2,个体间的遗传距离在0.157 4～0.287 3之间，平均为0.243 5±0.022 2;皖岳黑猪群体期望杂合度为0.320,观察杂合度为0.328,多态性标记...     

安徽省3个地方鸡品种的遗传多样性分析

运用微卫星标记对淮南麻黄鸡、皖南三黄鸡和五华鸡3个地方品种遗传多样性进行了分析.在5个座位中,共检测到23个等位基因数,平均有效等位基因数为1.5396,杂合度为0.2920,多态信息含量为0.4156.3个地方品种中,淮南麻黄鸡遗传多样性最低,五华鸡遗传多样性最高.根据5个微卫星座位等位基因频率计算群体遗传一致度和标...     

安徽省3个地方鸡品种的遗传多样性分析

运用微卫星标记对淮南麻黄鸡、皖南三黄鸡和五华鸡3个地方品种遗传多样性进行了分析。在5个座位中,共检测到23个等位基因数,平均有效等位基因数为1.5396,杂合度为0.2920,多态信息含量为0.4156。3个地方品种中,淮南麻黄鸡遗传多样性最低,五华鸡遗传多样性最高。根据5个微卫星座位等位基因频率计算群体遗传一致度和标准遗传距离并构建系统发生树,五华鸡与皖南三黄鸡遗传关系最近,皖南三黄鸡与淮南麻黄鸡最远。研究结果与这些地方品种的地理分布、育成历史相一致,同时也佐证了微卫星标记是研究鸡群体遗传关系的一个有用工具。     

基于RAD-seq简化基因组测序评价鹿苑鸡不同保种群保种现状

本研究旨在评价基因库与保种场两个鹿苑鸡保种群的保种现状。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定基因库与保种场两个鹿苑鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,比较分析两个群体的遗传差异。结果,经过两步数据质控,在基因库与保种场两个鹿苑鸡群体中分别鉴定出SNPs标记395 021个和428 314个,两个群体的平均杂合度Ho分别为0.211 1和0.206 8,群体间的遗传分化系数Fst为0.005 6;在Structure模型聚类分析中两个群体始终聚为一类,没有个体分离出来,表明两个鹿苑鸡群体未发生显著遗传分化(P0.05)。两个群体的近交系数Fis分别为0.178 8和0.193 5,相对较高的近交水平可能是由于起始基础群规模较小(抢救性保护)所导致的。进一步的选择信号分析发现,两个鹿苑鸡群体在1、2、5、Z等染色体区域(位点)上存在一定分化,通过F_(st)和θ_π检验鉴定出58个受选择区域,筛选到96个受选择候选基因。GO和KEGG分析表明,这些差异基因主要富集在能量代谢、信号传递、应激免疫反应等调控通路。利用全基因组SNP标记信息可以更全面地评价保种现状,研究结果为进一步优化鹿苑鸡保种技术方案提供了依据。     

13个鸡品种NLRC5基因外显子8多态性分析

本研究采用PCR-SSCP方法对13个鸡品种的NLRC5基因外显子8的多态性进行了SNP检测,共检测到2个等位基因,2种基因型,其中北京油鸡、固始鸡、皖南三黄鸡、大骨鸡群体中检测到AA和AB两种基因型,其余群体中只检测出AA基因型。序列分析结果显示,在NLRC5基因外显子8的43bp处存在G/A突变,将该突变翻译为氨基酸仍然为缬氨酸,因此该突变是一个同义突变;卡方适合性检验结果显示:13个鸡品种均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);根据群体遗传变异分析,13个鸡品种均处于低度多态或无多态(PIC<0.25)。本研究为NLRC5基因作为一种新兴研究的抗性基因是否能为鸡抗病性状选育工作的分子标记提供了初步的参考。