西瓜炭疽菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增4个来自不同地方的西瓜炭疽病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列分析.结果表明:西瓜炭疽病菌的ITS全长481 bp,其中ITS1长163 bp,5.8 S长153 bp,ITS2长165 bp,各碱基A、T、G、C的个数分别为110、106、118、147,GC含量为55.1%.用Mega3软件对此4个序列以及GeneBank中登录的炭疽属其他24个种的ITS1和ITS2聚类分析,结果显示:Colletotrichum 属可以分为13个聚类组,各聚类组间存在着一定的遗传多样性,其中Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana在ITS1、ITS2上都聚为一组,这就为用ITS作为靶序列来设计特异性引物将Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana与其他种分开提供了分子依据.     

周口地区番茄白粉菌的鉴定

[目的]鉴定周口地区番茄白粉菌的形态学及分子生物学.[方法]通过显微学对周口地区的番茄白粉病菌分生孢子及孢子梗的形态、大小进行观察对比,并分析了核糖体DNA转录间隔区（ITS）和进化树.[结果]在扫描电子显微镜下病菌分生孢子呈圆柱形或椭圆形,无支链;目的序列同来自日本番茄上的O.neolycopersici（AB094991）和来自美国番茄上的O.neolycopersici（AB163915）同源性最高聚为一支,与来自韩国绣球花上的O.hortensiae（JQ669944）等由于寄主植物不同而另聚为一条分支.[结论]不同物种的白粉菌间的遗传距离较远,来自周口地区的番茄白粉菌为O.neolycopersici.     

芦笋枯萎病菌的鉴定及rDNA ITS序列分析

为准确鉴定芦笋枯萎病致病菌并确定其分类地位,通过形态学观察和核糖体DNA内转录间区(rDNA ITS)序列比对方法,对该病菌进行形态学和分子生物学鉴定,比较其与近缘真菌rDNA ITS序列的差异,并进行系统发育分析。鉴定结果表明,芦笋枯萎病的致病菌为尖孢镰刀菌天门冬专化型Fusarium oxysporum f.sp.asparagi。芦笋枯萎病菌F.oxysporumf.sp.asparagi及其同属近缘种木贼镰刀菌F.equiseti和变红镰刀菌F.incarnatum的rDNA ITS序列比对结果表明,其序列在76~80、104~115、129~138、151~158、175~178、382~402、438~445和473~479bp等rDNA ITS区段上存在差异性碱基。芦笋枯萎病菌及其近缘真菌系统发育分析结果表明,6属真菌大致聚为2个组群2个亚群,芦笋枯萎病菌F.oxysporum f.sp.asparagi与木贼镰刀菌F.equiseti和变红镰刀菌F.incarnatum亲缘关系最近。     

‘秦美’猕猴桃贮藏期病原真菌的鉴定

以‘秦美’猕猴桃为试材,分离纯化在贮藏过程中引起腐烂的主要病原真菌。采用形态学观察及核糖体rDNA-ITS(Internal transcribed spacer)区序列分析法进行鉴定。结果表明:从腐烂猕猴桃中共分离出5株致病菌,对ITS区序列测序结果经GenBank数据库BLAST比对,A的ITS序列与Trichothecium roseum(EU552162.1)同一分支,支持率达100%;B的ITS序列与Fusarium tricinctum(AB587078.1)同一分支,支持率达99%;C的ITS序列与Penicillium expansum(AF330635.1)同一分支,支持率达99%;D的ITS序列与Colletotrichum boninense(KF819619.1)同一分支,支持率达99%;E的ITS序列与Botrytis elliptica(KJ638600.1)同一分支,支持率达100%。由形态学及ITS区序列分析,构建系统发育树,最终鉴定A为粉红聚端孢(Trichothecium roseum),B为镰刀菌属(Fusarium tricinctum),C为扩展青霉(Penicillium expansum),D为炭疽病菌(Colletotrichum boninense),E为灰葡萄孢(Botrytis cinerea)。5种病原真菌中灰葡萄孢为主要致病菌。     

瓜类作物枯萎病病原菌的分类鉴定及其ITS序列差异性分析

 【目的】鉴定福建省几种重要瓜类作物枯萎病菌,比较和分析它们的ITS序列差异和种内群体分化状况。【方法】通过分子鉴定结合形态鉴定,确定瓜类作物枯萎病菌的种类;通过它们的ITS序列亲缘关系和多重比较分析,分析该病原菌种内群体分化特点。【结果】供试的26个菌株属于两种镰孢菌：尖孢镰孢（Fusarium oxysporum）和串珠镰孢（Fusarium moniliforme）,其中F.oxysporum占54%,为优势种;这两种类型菌株的ITS序列差异较大,且主要表现在ITS2区间,差异达20.4%,而ITS1区间的序列完全相同或只有1个碱基的差异;F.oxysporum种内存在3类ITS序列,类型I与类型Ⅱ在376 bp处有1个碱基（C/T）的差异,类型Ⅱ比类型Ⅲ少1个碱基（A）;F.moniliforme种内也存在3类,类型Ⅰ与类型Ⅱ在320 bp处有1个碱基差异（T/C）,类型Ⅰ与类型Ⅲ有3个碱基的差异,分别是在38 bp处有1个碱基差异（A/C）,在395 bp处有1个碱基差异（T/C）,在429 bp处有1个碱基的差异（T/A）。【结论】福建省瓜类作物枯萎病菌为F.oxysporum和F.moniliforme。这两种镰孢菌种间的ITS序列差异较大且主要差异在ITS2区间,但是这两种类型镰孢菌种内ITS序列差异却很小。     

几种树皮腐烂病菌的分子鉴定

一些引起树皮腐烂病的病原菌往往不产孢,利用传统形态学方法很难对病原菌进行准确鉴定,因此,本研究拟通过ITS序列分析对引起几种腐烂病菌进行分子鉴定。本试验对采自河北省5个不同县市的苹果树、杨树、柳树、槐树和杏树等5种树木上的腐烂病菌进行了分离和致病性测定。通过测定的ITS序列与GenBank中的同源序列的分析对其进行分子鉴定,从5种寄主植物上共鉴定出Valsa mali var. mali、Valsa sordida、Botry-osphaeri dothidea和Botryosphaeria rhodina等4种树皮腐烂病菌,结果表明,通过ITS序列分析,可对树皮腐烂病菌进行准确鉴定,并对系统发育树上代表不同病原菌种类的每个分支上序列的名称、寄主范围以及地理来源进行了详细地讨论。     

检疫性真菌病害向日葵黑茎病菌和茎溃疡病菌的三重PCR分子检测

向日葵黑茎病菌Leptosphaeria lindguistii和向日葵茎溃疡病菌Diaporthe helianthi是向日葵上寄生的2种重要的检疫性真菌病害.针对这2种致病菌,目前国内外已有形态学鉴定和危害的研究报道以及向日葵黑茎病菌的ITS序列分析和RFLP初步研究,但未见有2种病原菌同步分子检测的报道.本研究首先通过培养,观察比较了2种病原菌的菌落和形态特征.发现前者菌落絮状,分生孢子器深褐球型,分生孢子为单胞肾形;后者菌落短绒毛状,分生孢子器柠檬黄,分生孢子为线型.通过油菜黑茎病菌L.biglobosa的肌动蛋白基因设计供试材料的通用引物act F/act R,扩增产物片段约为720 bp,然后采用真菌通用引物ITS1/ITS4和引物act F/act R,针对所有菌株菌丝DNA进行ITS区域和Actin基因PCR扩增,经克隆测序结果比对分析发现,向日葵黑茎病菌和向日葵茎溃疡病菌的ITS区域存在极高的相似度.因此,依据Actin基因特异位点分别设计出向日葵黑茎病菌和向日葵茎溃疡病菌的特异引物LLF/LLR和DHF/DHR.在同一PCR管中3组引物(ITS1/ITS4,LLF/LLR和DHF/DHR)经优化体系后,ITS1/ITS4扩增序列作为所有菌株菌丝基因组DNA提取模板的质量监控,针对向日葵黑茎病菌和向日葵茎溃疡病菌单一模板的ITS区域与Actin基因中的两个位点同时进行三重PCR扩增.利用此方法检测向日葵黑茎病菌出现580 bp的ITS保守区扩增片段和255 bp的Actin基因的特异扩增带,向日葵茎溃疡病菌出现580 bp的ITS保守区扩增片段和394 bp的Actin基因特异扩增带.所有菌株均未见非特异性片段的干扰.此三重PCR检测体系的建立为此两种检疫性真菌病害的同步分子检测提供了特异方法.     

辽宁地区辣椒疫病菌鉴定及同源性分析

对采集到的辣椒疫病病原菌通过形态学观察和rDNA-ITS序列分析进行鉴定及同源性研究。利用真菌通用引物ITS4、ITS5对病菌基因组进行PCR扩增,将测序结果与已知序列进行比对,并利用Clustalx1.83及MEGA4.0软件进行聚类分析。试验结果表明:病菌菌落为白色,菌丝呈鹅毛绒状,无隔膜,孢子囊卵圆形或梨形,乳突单生;测得病菌ITS序列为805～877bp,rDNA-ITS序列同源性高,致病菌病原均为辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leonian)。     

基于ITS序列大豆茎褐腐病菌的PCR鉴定

提取了分别来自11个种共13株真菌(都是大豆上的常见病害的病原菌)的DNA.采用ITS序列扩增通用引物对其进行PCR扩增,并对大豆茎褐腐病菌的PCR产物进行测序.根据所得大豆茎褐腐病菌与其常见易混淆品所在属在ITS区的基因序列比较分析,设计并合成了1对特异性引物.采用此对引物,只有大豆茎褐腐病菌能扩增出500 bp条带,检测的灵敏度达到4.2 pg/μL.将此对引物应用于人工接种大豆茎褐腐病菌大豆的检测,结果表明,此方法能够成功区分大豆茎褐腐病菌及其近似种.     

一株分离自水稻种子的真菌的鉴定及系统进化分析

真菌病害是制约水稻高产稳产的重要障碍因素之一。为了研究水稻种子中真菌发生情况,对分离自水稻种子中的一株真菌进行系统发育分析及功能评价。在形态学鉴定基础上,以通用引物ITS1/ITS4对目标真菌序列进行PCR扩增、序列对比分析、邻接法(NJ)构建系统发育树。通过菌落培养特征、孢子形态特征观察,分离菌株S-51的形态特征与文献中雪霉叶枯病菌(Microdochium nivale)的描述极为相似;序列比对结果表明,目标真菌与雪霉叶枯病菌(M. nivale)相近,相似率为100%;系统发育树显示,其与雪霉叶枯病菌株在同一条分支上,雪霉叶枯病菌M. nivale和M. musae的亲缘关系最近。利用ITS片段开展的序列分析和系统进化树构建,结合形态特征,能够确定分离自水稻种子中的S-51菌株为雪霉叶枯病菌(M. nivale)。     

传统中药材麦冬的DNA条形码鉴定

该文分析了DNA条形码序列(ITS、psb A-trnH、matK、rbcL和trn L-F)对采自10个不同产区的麦冬进行PCR扩增及测序。结果表明,ITS序列变异位点为11 bp且较稳定。叶绿体序列的变异位点较低。本研究构建了ITS及联合叶绿体片段与ITS的系统发育树,4个叶绿体片段各自构建的系统发育树结果不理想,以ITS构建的系统发育树为主。广西桂林、贵州贵定与浙江余杭聚为一支;四川什都、四川珙县与广东肇庆聚为一支;云南麻栗坡与云南石林聚为一支;江西庐山与湖南桑植聚为另一分支,位于发育树基部;以上分支均得到G+C含量和遗传距离的支持,种内具有较近的亲缘关系。ITS序列具有稳定的变异位点和鉴定位点,能够准确的鉴定不同产地的麦冬,基于ITS构建的系统发育树能够较好的区分其亲缘关系。     

聊城市城区大叶黄杨白粉病消长规律及病情相关性分析

[目的]了解大叶黄杨白粉病的消长动态。[方法]于2006年调查聊城市城区大叶黄杨白粉病的发生规律,同时对大叶黄杨叶片正反面病情的相关性进行分析。[结果]大叶黄杨白粉病的发生在聊城市城区有明显的季节性,每年有两个发病高峰,即4月中旬至5月中旬和9月上旬至10月上旬。大叶黄杨叶片正反面的病情指数呈极显著正相关,感病叶片背面的病情随正面病情的加重而加重。防治大叶黄杨白粉病的关键是抓住关键时期,统一行动,综合防治。[结果]该研究为聊城市城区综合防治大叶黄杨白粉病提供了理论依据。     

小麦白粉菌在小麦属以外的寄主范围

温室接种试验证明,小麦白粉病能成功地侵染小麦属以外的6属18种禾草,其中6属17种为国内首次报道的该菌寄主。野外调查中发现,纤毛鹅观草(Roegneria ciliaris(Trin.)Nevski)雀麦(Bromus japonicusThunb.)、早熟禾一种(Poa sp.)和披碱草属一种(Elymus sp.)上的白粉菌发生严重,但室内试验证实前两种禾草上的白粉菌与小麦白粉病无关,后两种禾草上的白粉菌需进一步研究。用小麦白粉菌河南菌系和陕西菌系分别接种同一物种的禾草,所得结果不尽一致。关于野生禾草在小麦白粉病流行中的作用,尚需进一步研究。     

葫芦白粉病病原菌观察及系统进化分析

为确定侵染葫芦使其感染白粉病的病原菌,并鉴定其生理小种,通过种植葫芦材料,采集自然发病的葫芦病叶及分生孢子,显微观察感病叶片上白粉病菌的形态特征,克隆病原菌的ITS区并测序进行分析,在形态和分子水平证明单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii)是侵染葫芦使其感染白粉病的病原菌之一。通过进行与不同地区、不同寄主作物的白粉病菌ITS区的系统进化分析,进一步说明该病原菌为单囊壳白粉菌。并且通过种植13份葫芦科白粉病鉴别寄主,发现该生理小种为1号生理小种。     

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析

1材料与方法 1．1菌株来源菌株来源见表1。 1．2菌丝体培养将链格孢菌株接种到PDA培养基上,25℃恒温、倒置培养7d左右,用灭菌的刀片将菌丝从培养基上刮下,以备DNA提取用。     

Identification of Powdery Mildew Pathogen and Ribosomal DNA-ITS Sequence Analysis on Melon

Identification of powdery mildew pathogens on melon（Cucumis melo） is important for melon breeding and diseaseresistant germplasm selection. In this study, a powdery mildew pathogen that infected melon plants in Heilongjiang Province, China, was investigated in terms of host identification, morphological characteristics and phylogenetic relationships. The morphological characteristics of the pathogen were observed at five phases in the life cycle： germinating conidia, primary germ tube, hyphae, conidiophores, and colonization. The conidia were elliptical, colorless, catenulate, and the average length was 29.07 μm and average width was 17.82 μm. One ascus and eight ascospores were produced. DNA was extracted from 0.01 g conidiophores from a strain of powdery mildew pathogen that infected melon. ITS ribosomal DNA region（524 bp） was amplified with the universal ITS1 and ITS4 primers. The nucleotide sequence showed 100% similarity with ITS sequences for three Podosphaera fusca strains obtained from the GenBank database. The identity of the pathogen was confirmed as Sphaerotheca fuliginea. International standard differential hosts were used to identify S. fuliginea strain as 2F race. These results supported the notion that Podosphaera fusca was a synonym of S. fuliginea.     

中国不同地区杜仲rDNA的ITS序列分析

运用克隆测序法,对分布于中国不同地区的杜仲(Eucommia ulmoides)的核糖体DNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S和ITS-2)进行测定.结果表明,杜仲植物的ITS区序列总长度为587-589 bp,长度变异仅为2 bp,其中ITS-1区为218～219 bp,在ITS-2区为205～206 bp,5.8SrDNA均为164bp,且高度保守,无变异位点.采用DNASTAR软件进行系统发育分析表明,来自不同地区的杜仲样品同源性均在96.9以上.根据ITS序列特征构建的系统树,来自同一地区的样     

Phylogenetic analysis of a section of the provirus <Emphasis Type="Italic">pol</Emphasis> gene of bovine leukemia virus isolates from animals in various regions of the Russian Federation

The nucleotide sequence of a section of the provirus pol gene of 18 bovine leukemia virus (BLV) isolates from animals from some farms in the Russian Federation is determined. A phylogenetic analysis showed that all investigated isolates belong to the same group as BLV isolates from Argentina, Australia, Brazil, and United States.     

河南省几种白粉菌的ITS序列分析

采用改良CTAB法提取河南省5种植物白粉菌DNA,扩增其rDNA内转录间隔区(ITS)序列,并进行亲缘关系分析。结果表明:寄生于凤仙、豇豆和菊芋的叉丝单囊壳属白粉菌,其ITS序列聚在一支,遗传距离小,亲缘关系近;寄生在大叶黄杨上的冬青卫矛白粉菌和番茄上的新番茄粉孢菌,其ITS序列聚在另外一支。此分析结果与5种白粉菌的形态学分类结果相一致,说明ITS序列分析技术可以为病原菌的分类鉴定及系统发育等研究提供依据。