杧果品种亲缘关系的CDDP分析

利用保守DNA衍生多态性(CDDP)分子标记技术,对广西亚热带作物研究所保存的31个杧果品种进行遗传多样性分析,为杧果种质资源的鉴定及分子辅助育种提供理论依据。筛选出8条CDDP引物对供试的杧果品种进行PCR扩增,分析电泳图,并进行聚类分析和主成分分析。从31个杧果品种中共扩增出107条清晰条带,其中多态性条带(NPB)100条,多态性比率(PPB)达到93.57%。平均每条引物可扩增出13条带和12条多态性带。每个位点的平均等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei's基因多样性(H)、Shannon信息指数(I)分别为1.847 1、1.636 8、0.410 8、0.84,表明杧果品种间具有丰富的遗传多样性。供试杧果品种间相似性系数范围为0.620 6~0.920 8。UPGMA聚类结果表明,在遗传相似系数0.690 6处可以将供试杧果划分为7类,主成分分析结果与聚类分析结果基本一致,划分结果与杧果来源地无密切关系。筛选获得的CDDP引物对杧果种质资源有较高的多态性检测率,适用于资源鉴别及亲缘关系分析。     

浙江省柑橘胶孢炭疽菌遗传多样性的ISSR分析

为了解柑橘炭疽病菌的种内遗传多样性,从32条ISSR引物中筛选出多态性好、条带清晰的5条引物,对28株炭疽病菌株进行ISSR-PCR扩增.结果显示:5条引物共扩增出43个条带,多态性条带41个,多态性比例为95.34%,说明柑橘炭疽病菌种内遗传多样性丰富.利用NTSYS软件分析并构建UPGMA聚类图,当相似系数为0.73时,28株菌可以分为5个类群,不同菌株间遗传变异较大,遗传变异与地域来源无显著的相关性.     

大杯蕈遗传多样性的ISSR分析

本研究通过观察10个大杯蕈菌株的菌丝及子实体形态特征,并结合ISSR分子标记技术,分析10个大杯蕈菌株的遗传多样性.结果表明,从30条ISSR引物中筛选出8条多态性好、 清晰度高的引物,共扩增出111条条带,多态率达81.98％,10个大杯蕈菌株遗传相似系数为0.477～0.856,平均遗传相似系数为0.730.聚类分...     

狼尾草遗传多样性SRAP分析

利用SRAP分子标记技术分析了19份狼尾草资源间的遗传关系.结果表明:100对SRAP引物中,38对引物多态性较好,每对引物产生9～22条条带,共扩增出682条谱带,其中多态性条带为157条,平均每对引物组合产生4.13个多态性条带,表明在这19份狼尾草资源中具有较高的遗传多样性.经NTSYS pc2.01软件聚类分析,狼尾草品种间简单匹配相似系数为0.53～0.82.在相似系数为0.60时,可将19个狼尾草品种分为A、B、C3类;在相似系数为0.67时,B类分为2个亚类,C类分为3个亚类.此结果与狼尾草形态学特征相配合,为鉴别狼尾草资源亲缘关系提供了科学依据.     

78份杧果种质亲缘关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,分析78份杧果种质的遗传多样性。从100条引物中筛选出12条优选引物,共扩增出148条DNA条带,其中多态性带142条,多态性百分率为95.95%。聚类分析结果将78份杧果种质分为5大类。在5大类资源中,大部分种质(87.34%)都聚在第Ⅰ类,表明大部分杧果种质之间亲缘关系较近,供试种质之间能互相区分开来并表现出丰富的遗传多样性。     

山西省桑树地方品种遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记技术对来自山西省的73个桑树地方品种的遗传多样性进行分析,基于遗传相似系数,采用UPGMA法,对这些品种的遗传关系进行研究.结果表明:用15个ISSR引物从73个地方品种的总DNA中共扩增出条带129条,其中多态性条带115条,多态性条带的比率为89.15％.说明参试的桑树地方品种间存在丰富的遗传多样性,遗传相似系数变异范围为0.589 1 ～ 0.945 7,平均Nei's遗传相似系数为0.767 4;平均每个位点等位基因数为1.891 5,有效等位基因数为1.477 1,Nei's遗传多样性指数为0.278 0,Shannon's信息指数为0.419 7,总基因多样度为0.278 0.聚类结果说明山西桑树地方品种可被分为差异明显的3大类.     

福建省花生青枯病菌遗传多态性分析

利用RAPD分子标记对37个福建省花生青枯病菌菌株遗传多样性进行分析,从150条随机引物中筛选出9条具有多态性的引物,共扩增出85条带,其中84条为多态性条带,多态检测率为98.82%.UPGMA聚类分析显示:供试的37个菌株划分为7个遗传聚类组(RAPD Group),其中31个菌株集中在RG2和RG6两个聚类组中;菌株间遗传距离变化较大,变化范围从0.08到0.95.结果表明:供试的福建省不同地理来源的花生青枯病菌菌株之间具有明显的遗传差异.37个花生青枯病菌菌株间存在一定遗传相似性,原因可能是不同地域之间病原菌远距离传播的结果.     

部分杧果种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记,对20份杧果种质资源进行遗传亲缘关系分析,为杧果种质资源的鉴定和杂交育种亲本选配提供参考依据。结果显示,在SRAP分析中,从80对引物中选出12对引物组合共扩增出224条谱带,每对引物组合扩增谱带数在13~21条,平均为18.7条,其中多态性谱带为194条,平均多态性谱带为16.2条,多态性比率为86.61%,材料间相似遗传系数变化范围为0.54~0.94;在ISSR分析中,从100条引物中选出10条引物共扩增出179条谱带,每条引物扩增谱带数在11~20条,平均为17.9条,其中多态性谱带为153条,平均多态性谱带为15.3,多态性比率为85.35%,材料间相似遗传系数变化范围为0.58~0.90。SRAP和ISSR标记分别在相似系数0.624和0.665水平上,均可将20份杧果种质资源分成4大类群,SRAP和ISSR标记都能将供试材料完全区分开来,聚类结果具有很高的一致性,均适用于杧果材料的遗传多样性分析,可用于杧果遗传亲缘关系的研究。     

19个香菇菌株基于ISSR、SRAP和TRAP分子标记的遗传多样性分析

利用简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeat,简称ISSR)、相关序列扩增多态性(sequencerelated amplified polymorphism,简称SRAP)和目标区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,简称TRAP)分子标记对19个香菇栽培菌株进行遗传多样性分析。结果显示,共筛选出34对(条)多态性丰富的引物,获得303条数据条带,其中多态性条带254条,多态性比例为83. 83%,在遗传相似系数为0. 75的水平上,将19个菌株分为6类。3种标记的多态性比例排序如下:TRAP(91. 14%) ISSR(83. 15%) SRAP(80. 00%)。由结果可知,综合不同分子标记进行香菇的遗传多样性分析,可更加准确地反映菌株间的亲缘关系。     

陕西省油菜菌核病菌遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术对陕西省的144株油菜菌核病菌（Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary）和18株不同寄主来源的菌核病菌进行遗传多样性分析。从150对SRAP引物中筛选得到9对多态性高、稳定性好的引物组合,对不同地区的144株菌株进行PCR扩增共得到76条多态性条带,多态性比例为88.4%,相似系数为0.346~0.936。对不同寄主的18株菌株扩增后得到多态性条带62条,占总数的84.9%;相似系数为0.358~0.976。UPGMA聚类分析显示,不同地区的144株菌在相似系数0.658处被划分为4个类群,第Ⅰ类为汉中类群,主要菌株来源为陕南汉中各县,第Ⅳ类为安康类群,主要菌株来源为陕南安康2县,第Ⅱ与Ⅲ类为混合类群;不同寄主的18株菌在相似系数0.788时被聚为3个类群,其中83.3%的菌株聚在同一类群中但来自不同供试寄主;已知致病力的38株菌在相似系数0.730处被分为3个类群,A类群主要由相对较弱的致病力菌株组成,而B与C类群为致病力混合类群。以上研究结果表明,陕西省油菜菌核病菌存在丰富的SRAP多态性,其遗传多样性与地理来源为总体相关性不明显,与寄主种类及致病力差异也无显著相 关性。     

河南和河北冬小麦区假禾谷镰孢的遗传多样性

【目的】运用ISSR-PCR技术揭示中国河南和河北省冬小麦区6个地理群体小麦茎基腐病优势病原菌假禾谷镰孢（Fusarium pseudograminearum）的遗传多样性。【方法】利用筛选的17个ISSR引物对从河南和河北冬小麦区收集的166株假禾谷镰孢菌株进行扩增。根据群体扩增的结果,用POPGENE version l.32软件计算各项遗传多样性参数。根据不同地理群体的遗传相似系数,用NTSYSpc version 2.11软件进行群体聚类分析。【结果】从97个ISSR引物中筛选出了17个多态性较好的引物,用这17个引物对河南和河北冬小麦区的166株假禾谷镰孢菌株进行扩增,共扩增出234个DNA片段,其中多态性位点为218个,占总扩增片段的93.16%。平均每个引物可以扩增出13.76个条带,扩增产物大小在150-2 500 bp。POPGENE分析表明,6个地理群体的多态位点数在58-208,平均为124;多态位点百分率在24.79%-88.89%,平均为52.92%;有效等位基因数在1.1548-1.3293,平均为1.2584。遗传多样性分析表明,在地理种群水平上,Nei’s基因多样性指数在0.0897-0.2069,平均为0.1548;Shannon’s信息指数在0.1337-0.3257,平均为0.2368,这表明不同地理群体间存在一定的遗传变异。河南北部地区的Shannon’s信息指数和Nei’s基因多样性指数最高,表明该地区假禾谷镰孢菌株之间的遗传多样性最丰富。河南南部地区的Shannon’s信息指数和Nei’s基因多样性指数最低,表明该地区假禾谷镰孢菌株之间的遗传多样性最低。遗传相似性分析证明,河南北部地区假禾谷镰孢种群和河南东部地区种群最近,河南南部地区假禾谷镰孢种群和河南东部地区种群最远。6个地理群体间的遗传分化系数Gst为0.1571,群体内为0.8429,群体内多样性大于群体间的多样性。6个地理群体间的基因流Nm为2.6819,说明不同地理群体假禾谷镰孢菌株间存在较大的基因流动。6个地理群体总基因多样度Ht为0.1837,各地理群体内基因多样度Hs为0.1548,地理群体间基因多样度Dst为0.0289,这说明相同地理来源的菌株有具有较近的亲缘关系。在遗传相似系数为0.966时,可将6个地理群体划分为2个不同的类群。第Ⅰ类群包括河南北部、河南东部、河南中部、河北中部和河南西部地区,河南南部地区属于第II类群。【结论】河南和河北冬小麦区小麦茎基腐病假禾谷镰孢6个地理群体之间的遗传分化与其地理来源之间有一定的相关性,群体内多样性大于群体间,不同地理群体假禾谷镰孢菌株间存在较大的基因流动。     

木薯种质资源遗传多态性ISSR分子标记的研究

[目的]研究广西壮族自治区亚热带作物研究所保存的39份木薯种质资源遗传多样性。[方法]筛选出对木薯具有较好多态性和效果的ISSR引物,应用筛选出的引物对39份木薯种质资源进行PCR扩增,并对扩增条带进行统计和分析。同时根据品系间的遗传相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析。[结果]筛选出10个ISSR引物,每个引物检测等位基因3～9个,平均为7个,获得70个扩增带形,扩增产物的片段大小范围在150～2 000 bp之间;聚类分析得到,在遗传相似系数0.67上将39个木薯品系分为2个类群,同时聚类分析结果表明,木薯之间的遗传距离基础非常狭窄,遗传相似系数大多在0.80～1.00之间。[结论]为我国优质木薯的育种奠定基础。     

山西天南星科栽培植物遗传多样性ISSR分析

采用ISSR标记技术对山西6种天南星科(Araceae)种质资源遗传多样性进行分析。利用NTSYS-pc2.01、POPGEN32软件对扩增结果进行统计和聚类分析,从17个ISSR引物中共检测出146条清晰条带,其中143条为多态性条带,平均多态性位点比率为97.95%,6种种质资源遗传相似系数为0.20～1.00,根据UPGMA法将试验材料聚类为3个类群。结果表明:山西主栽的天南星科资源在分子水平上差异较大;各栽培类型间的差异不仅受遗传因素决定,而且与外界环境因素也有关。遗传多样性的研究可为有效发掘和利用山西天南星科资源提供理论依据。     

ISSR分子标记对杧果实生苗父本的早期鉴定

[目的]采用ISSR分子标记技术对杧果实生苗进行亲本早期鉴定,为提高杧果育种效率提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术,筛选不同引物鉴定97-1实生苗的父本.[结果]采用优化的ISSR反应体系,从18条引物中筛选获得4条特异引物UBC-848、UBC-857、UBC-864和UBC-868,其扩增条带多、稳定性强、多态性高、背景清晰.利用引物UBC-848、UBC-857、UBC-864、UBC-868分别对四川红柁、紫花柁和97-1实生苗进行扩增,获得的扩增片段长度在100～2000bp,四川红杧与97-1实生苗、紫花杧与97-1实生苗的共有特异性条带约为180和380 bp、280和380 bp、180和680 bp、680和770bp.[结论]采用ISSR分子标记技术和引物UBC-848、UBC-857、UBC-864、UBC-868构建了杧果实生苗亲本鉴定体系,可鉴定出97-1实生苗的父本为四川红杧,97-1实生苗是紫花杧和四川红杧的杂交种.     

利用RAMP和ISSR标记分析大麦种质资源的遗传多样性

 利用RAMP和ISSR两种标记分别对60份大麦种质资源遗传多样性进行了检测。结果发现，两种标记都能揭示材料间较高的遗传多样性，其中ISSR标记多态性又高于RAMP标记。在RAMP分析中，每个引物可扩增出1～10条DNA片段，平均为5.27条；22个RAMP引物共扩增出116条DNA片段，其中98条具有多态性，多态性比率（PPB）为84.48%；平均多态信息量（PIC）为0.277；每个位点有效等位基因数（Ne）为1.602；材料间遗传相似系数GS变化范围为0.551～0.965，平均值为0.830。在ISSR分析中，每个引物可获得1～10条DNA片段，平均为5.95条；19个ISSR引物共扩增出113条DNA片段，其中111条具有多态性，多态性比率（PPB）为98.23%；平均多态信息量（PIC）为0.427；每个位点有效等位基因数（Ne）为2.033；材料间遗传相似系数GS变幅为0.203～0.931，平均达0.676。聚类分析表明，两种标记都能将供试材料完全区分开，聚类结果具有一定的相似性，但也存在明显差异。Mantel检测表明，这两种标记极显著相关（r = 0.346, t = 2.808）。     

香蕉种质资源亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR标记对3个基因型(AAA,AA和ABB)共35份香蕉种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,筛选出的6条ISSR引物共扩增出38条带,扩增片段长度为200～2 000bp,27条具有DNA多态性,多态性为71.05%,遗传距离为4.30%～33.33%。用UPGMA聚类分析结果显示,以遗传距离25%为阈值,35份香蕉种质可分成6个类群,除贡蕉(AA)和金粉1号(ABB)分别归为Ⅲ和Ⅳ两个类群之外,其余33份种质分为4个类群,其中Ⅰ类群包含着来自不同地方的基因型为AAA和ABB的22份香蕉种质。基因型为AAA和ABB的香蕉种质并不被简单地划分成两类,部分基因型相同的香蕉种质之间没有表现出紧密的亲缘关系。本研究所用的6条引物能把香蕉种质区分开,ISSR分子标记对研究香蕉种质资源的亲缘关系是有效的。     

基于ISSR的野生桑树桑黄菌株遗传多样性分析

为保护开发野生桑树桑黄种质资源,对17个不同来源的野生桑树桑黄菌株开展种内遗传多样性分析,利用简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记技术对桑黄菌株DNA进行扩增,分析扩增条带,利用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果表明:16条ISSR引物中,有10条ISSR引物多态性丰富,条带清晰;10条引物共检测到904个位点,其中,多态性位点717个,多态性百分比79.3%。在DNA指纹图谱中,引物P5、P812扩增条带多态性最高。NTSYS-PC2.10e软件分析表明,17个桑树桑黄遗传相似系数为0.57~0.99。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数(GS)约0.65处,可将17个桑树桑黄划分为2大类群: S4,S23,S26为一大类群,其余为一大类群。综上可知,桑树桑黄种质资源具有丰富的遗传多样性,ISSR分子标记可有效区分不同桑树桑黄菌株。     

用ISSR标记分析甜荞栽培品种的遗传多样性

[目的]研究用ISSR标记分析甜荞栽培品种的遗传多样性。[方法]采用ISSR分子标记对来自11个省的90份甜荞种质的遗传多样性进行了分析。[结果]19条ISSR引物共扩增出508条条带,平均26.7条;其中多态性条带462条,平均24.3条,多态性带的百分率为90.1%。Nei’s遗传相似系数在0.67~0.95。UPGMA聚类分析显示,聚类结果与地理来源有较强的一致性,来自辽宁、内蒙古、陕西、四川、甘肃等省的甜荞都是按来源各自聚为一类,但是发现了几个特殊的类型,即来自河北的甜荞E、安徽的82F以及辽宁的辽荞37号均单独聚为一类。不同地区材料之间的多态性信息指数（PIC）差异较大,其中,辽宁的最高,为0.842,内蒙古的最低,为0.633。[结论]采用ISSR分析甜荞遗传多样性,甜荞表现出丰富的多态性,表明可以用ISSR标记对甜荞进行分子水平的鉴定和遗传多样性分析。     

应用ISSR分子标记评价我国丝瓜种质资源遗传多样性

应用简单重复序列间扩增(ISSR)对73份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,从60条ISSR引物中筛选获得多态性引物15条,共扩增出99条DNA条带,平均每条引物扩增6.6条,多态性条带92条,非多态性条带7条,多态性比例在66.67%~100%,平均多态性比例为92.90%,种质间具有较高的遗传多样性,种质间遗传相似系数在0.454 5~0.959 6。通过UPGMA聚类分析可知,0.59为阈值时,分为2类,有棱丝瓜和普通丝瓜;0.66为阈值时,分为4类,分别是常山花斑普通丝瓜、绿色或淡绿色普通丝瓜、来源于浙西地区的短棍棒有棱丝瓜和来自两广地区的长棍棒有棱丝瓜。     

24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析

[目的]了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析.[结果]从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条.供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61.UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群.类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县.[结论]24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源.